주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1987.7.14. 경기도 ⧈⧈시 ⧍⧍동 187 답 355㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)를 취득한 후 2008.10.1(착공일자) 위 토지 지상에 상가건물 731.79㎡(이하 쟁점토지와 상가건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다.)를 신축하던 중 청구외 이⧫⧫에게 토지가액 700백만원, 신축 중인 건물가액 272백만원에 2009.7.27.양도하고 쟁점토지를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 2009.8.31. 양도소득세 137,471,130원을 예정신고 납부하였다.

나. ⧭⧭국세청장은 2011.4월 ⦾⦾세무서 업무감사 시 쟁점토지에 대하여 사업용토지 여부를 검토한바, 쟁점토지는 청구인이 취득 이전부터 개발제한구역으로 지정된 농지이고 청구인이 재촌 자경요건을 충족하지 못한 농지이며 양도 직전인 2009.7.3. 대지로 지목이 변경되고 2008.10.1. 건물 착공 후 2009.7.1 완공되어 2009.7.27양도하였기에 사업용토지의 판정기준 중 기간요건을 충족하지 못하므로 쟁점토지를 비사업용토지로 판단, 처분청에 장기보유특별공제를 배제하여 경정결정할 것을 처분지시 하였고, 이에 처분청은 2011.11.7. 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 89,834,300원을 경정․고지하였다.

이에 청구인은 2012.2.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  청구인은 개발제한구역으로 지정된 토지를 취득한 후 건축이 불가능하여 보유하던 중 개발제한구역 해제 및 지목변경이 가능하게 되어 2009.7.3 지목변경 후 쟁점부동산을 신축 중에 양도하였으며 처분청이 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  쟁점토지는 청구인이 취득 시 부터 양도일 직전까지 농지로서 사업용 토지에 해당하는 재촌 자경요건을 충족하지 못하였고, 취득 시부터 이미 개발제한구역으로 지정되어 있어 ‘토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한이 된 토지’에 해당되지 아니하며, 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 건설에 착공한 경우 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안은 비사업용토지로 보지 아니하나 2008.10.1. 착공 이후 2년이 안된 상태에서 양도되어 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 공제하지 아니한 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  쟁점토지가 비사업용토지에 해당한다 하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

  (1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  (2) 소득세법 제 104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제 104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지” 라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다. (2005.12.31. 신설)

   1. 논․밭 및 과수원(이하 이조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 경우.

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

   … (이하 중략)

  ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용금지나 그밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용토지로 보지 아니할 수 있다.

 (3) 소득세법 시행령 제168조의 6 【사업용 토지의 기간 기준】

법 제104조의 3 제1항 각호외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

   1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각목의 모두에 해당하는 기간

   가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

   다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

    (이하 생략)

(4) 소득세법 시행령 제168조의 14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의 3 제2항에 따라 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용토지에 해당하는지의 여부를 판정한다.

   1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간.

   2〜3호 생략

   4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황, 취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 (5) 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의 14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

   1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다) 면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간.

   2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가․면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

   5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생, 그밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

 (6) 소득세법 시행령 제168조의 8 【농지의 범위 등】

 ① 법 제104조의 3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적 공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

  ② 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구인과 매수인 이⧫⧫와의 쟁점부동산 매매계약서 내용 요약하면 다음과 같다.

  가) 매매대금은 총 972,727,272원으로 하고 이 중 토지대금은 7억원, 건물가액은 공사기성에 따라 발급된 세금계산서 기준인 272,727,272원으로 한다.

  나) 당사자는 신축중인 건물의 매매대금에 대하여는 세금계산서 수수는 생략하고 부가가치세법 제6조 제6항에 의하여 현 상태 그대로 인도일에 양도 양수한다.

  다) 당사자는 취득목적대로 건축공사를 계속할 수 있도록 2009.6.5부터 공사현장을 정리하여 매매목적물을 인도하기로 한다.

(2) 청구인과 매수인 이⧫⧫와의 사업포괄양도양수 계약서 내용 요약

  가) 청구인은 장부상 자산 및 부채 전부를 이복희에서 포괄양도 양수한다.

  나) 청구인은 쟁점부동산을 2009.6.5까지 을에게 양도한다.

(3) 쟁점부동산 건축물대장에 기재된 내용은 다음 같음

  가) 건축허가일자 : 2008.8.29

  나) 착공일자 : 2008.10.1

  다) 사용승인일자 : 2009.7.1

  라) 소유자등록자 및 등록일 : 이⧫⧫, 2009.7.1

라. 판단

  비사업용토지의 범위를 규정하고 있는 소득세법 제104조의 3 제1항에서 비사업용토지라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 일정 기간 동안 일정한 요건을 갖추지 못한 토지라고 규정하고 있는바, 쟁점토지가 일정 요건을 갖춘 사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상 토지인지 살펴본다.

소득세법 제104조의 3 제2항 규정은 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖의 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 비사업용토지로 보지 아니할 수 있으나 청구인의 경우 법률에 따른 사용 금지 이후에 쟁점토지를 취득한 경우로 부득이한 사유에 해당되지 않아 사업용토지로 볼 수 없고, 달리 재촌 자경농지임을 주장하거나 이와 관련된 증빙을 제출한 사실이 없다.

소득세법 시행령 제168조의14 규정에 따른 동법 시행규칙 83조의 5 제1항 제5호 규정에서 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지의 경우 당해 토지 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용토지 판단 시 제외할 수 있으나 쟁점토지는 청구인이 1987.7.14 취득하여 2009.7.27 양도된 점, 쟁점부동산을 2008.10.1 건설에 착공하여 2009.7.1. 사용승인되어 완공된 점으로 보아, 총 토지 소유기간 중 사업용으로 볼 수 있는 기간이 100분의 80 이상이면 비사업용으로 보지 않겠다는 취지의 규정인 소득세법 시행령 제168조의 6 제1호 규정에 해당하지 않으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 경정한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.