주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분내용

 가. 청구인과 청구외 김○○는 2011.9.1. ○○ ○○ ○○ ○○ 345-31에서 ○○○이라는 상호로 일반건축공사, 주택신축판매를 영위하는 공동사업자로 2012년 제1기 부가가치세 신고시 건물신축에 대한 매입세액 380,000,000원의 부가가치세 조기환급을 신고하였다.

 나.청구인은 2012년 제1기 부가가치세 조기환급신고 내용 중 공통매입세액 안분계산의 오류가 있음을 파악하여 2012.8.6. 매입세액을 295,436,000원으로 감액하여 수정신고 하였다.

 다. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2012.8.30. 2012년 제1기 부가가치세 수정신고 내용대로 295,436,000원을 조기환급 결정하였다.

 라. 처분청은 ○○지방국세청의 부가가치세 부당환급 점검 자료에 따라 2013.6.4. 청구인에게 수정신고시 누락한 초과환급신고가산세 등 9,252,990원을 고지하였다.

 마. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

 가. 조기환급 결정전에 수정신고를 통해 조기환급 신고를 취소한 경우 초과환급가산세가 적용되지 아니하므로(기획재정부-420, 2008.3.12.) 청구인에게 고지된 부가가치세는 전액 취소되어야 한다.

 나. 가산세가 전액 취소되지 않는다면 국세기본법 제48조 제2항 제1호 가목의 규정에 따라 청구인에 부과된 초과환급신고가산세의 50%는 감면해야 한다.

3. 처분청 의견

 가. 청구인이 주장하는 초과환급신고가산세를 적용하지 않는 예규(기획재정부-420, 2008.3.12.)는 재화의 공급에서 제외되는 사업의 포괄양도․양수와 관련하여 세금계산서를 교부받고 조기환급신고를 한 후 관할세무서의 조기환급결정 전에 수정신고를 통해 조기환급신고를 취소한 경우에 해당하는 것으로 본 건 과세처분은 동 예규가 해당되지 않는다.

 나. 청구인은 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내 과세표준 수정신고서를 제출하면서 초과환급신고가산세를 제외하고 신고하여 무납부 하였으므로 가산세 감면을 배제함이 타당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 부가가치세 확정신고시 조기환급을 신고하였다가 조기환급 결정전에 수정신고한 경우 초과환급신고가산세 적용대상인지 여부

 ② 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 과세표준 수정신고서를 제출하면서 초과환급신고가산세를 신고 누락한 경우 가산세 감면 적용 여부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제45조【수정신고】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

   1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

   2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

   3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

  ② ～ ③ (생략)

2) 국세기본법 제46조【추가자진납부】

  ① 세법에 따라 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정된 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미치지 못할 때에는 그 부족한 금액과 이 법 또는 세법에서 정하는 가산세를 과세표준수정신고서 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 납부하지 아니한 경우에는 제48조제2항제1호를 적용하지 아니한다.

  ③ 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하였으나 과세표준신고액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 자는 그 세액과 이 법 또는 세법에서 정하는 가산세를 세무서장이 고지하기 전에 납부할 수 있다.

 3) 국세기본법 제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】

  ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (단서 생략)

 1. (생략)

   2. 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우 : 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액

② ～ ⑦ (생략)

 4) 국세기본법 제47조의4【납부불성실ㆍ환급불성실가산세】

  ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액

보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

  1. (생략)

   2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  ② ～ ⑦ (생략)

5) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

  ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

  ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다. <개정

   1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

    가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

    나. ～ 다. (생략)

   2. ～ 3. (생략)

  ③ (생략)

다. 사실관계

 1) 국세통합시스템에 의하면 청구인의 2012년 제1기 부가가치세 신고(수정신고 포함)내역은 아래와 같다.

(원)

 2) 처분청은 2012.8.30. 환급금 295,436,000원, 환급가산금 194,270원을 결정하여 2012.8.31. 청구인의 ○○은행 계좌로 이체하였음이 국세통합시스템에 의해 확인된다.

라. 판단

 1) 청구인은 조기환급 결정전에 수정신고를 했으므로 이 건 부가가치세 가산세 적용은 취소되어야 한다고 주장하나

 법정신고기한내에 정당하게 신고의무를 이행하지 아니한 상황에서 부가가치세 확정신고기한을 경과한 이후 수정신고를 하였다는 사정이 가산세를 면할 수 있는 정당한 사유가 될 수 없으므로 청구인에게 국세기본법 제47조의 3 제1항의 규정의 초과환급신고가산세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 2) 청구인은 법정신고기한 경과 후 6개월 이내에 과세표준 수정신고서를 제출하였으므로 초과환급신고가산세의 50%를 감면해야 한다고 주장하나

 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 국세기본법 제46조【추가자진납부】규정에 의거 가산세를 과세표준수정신고서 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 하는바, 청구인은 법정신고기한 경과 후 1개월 이내인 2012.8.6. 2012년 제1기 부가가치세 과세표준 수정신고서 제출시 매입세액만 감액하여 기재하고, 초과환급신고가산세를 신고 누락하여 납부하지 않았으므로 초과환급신고가산세의 감면을 적용하지 아니함이 타당하다 할 것이다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.