주 문

ㅇㅇ세무서장이 2013.5.1. 청구인에게 한 2007년 과세연도 양도소득세 12,203,470원의 부과처분은 양도소득금액에서 양도소득기본공제와 신축주택 감면소득을 차감한 금액으로 과세표준을 계산하여 산출세액을 경정하고 나머지는 기각합니다.

이 유

1. 처분내용

청구인은 2001.4.23. 토지를 매입하고 동 토지에 2001.9.4. 다가구주택을 신축하여 2007.3.15. 동 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 함)을 425,000,000원에 양도한 후 산출세액 11,998,108원에 대하여 신축주택감면으로 양도소득세를 전액 감면 신고한 사실이 있다.

 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 함)은 신축주택감면 신고자에 대한 기획점검에 따라, 청구인이 양도소득세 감면세액을 과다하게 공제받은 것을 확인하고 2013.5.1. 2007년 과세연도 양도소득세 12,203,470원을 경정․고지하였다.

2. 청구주장

가. 처분청은 다음 산식에 의하여 감면소득금액을 산출하였음.

나. 쟁점부동산의 양도가 건물의 사용승인일 기준으로 5년이 경과한 후의 양도라도 5년간 발생한 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 건물, 토지를 각각 계산하고 감면소득금액을 차감하여 그 과세표준과 세액을 계산하여야 함.

 1) 국세청 고객만족센터의 질의를 통해 받은 회신 및 유사해석사례를 살펴보아도 토지 및 건물의 양도소득금액에 대한 각각의 감면소득을 계산하는 것이 타당함.

 2) 청구인의 감면대상소득금액은 다음과 같이 계산됨.

  가) 양도소득금액

   ① 주택의 양도가액 : 425,000,000원

   ② 토지분 양도소득금액

    ㉠ 기준시가로 안분한 양도가액 : 167,459,475원

    ㉡ 환산취득가액 및 필요경비(개산공제) : 117,106,541원

    ㉢ 양도차익 : 50,352,934원

   ③ 건물분 양도소득금액

    ㉠ 기준시가로 안분한 양도가액 : 257,540,525원

    ㉡ 환산취득가액 및 필요경비(개산공제) : 215,351,734원

    ㉢ 양도차익 : 42,188,791원

  나) 감면대상소득금액

   ① 토지 감면대상소득금액 : 50,352,934

                       5년 후 토지기준시가 - 사용승인시 토지기준시가

         토지 양도소득금액 × ㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡ

                           양도시 토지기준시가 - 취득시 토지기준시가

                       104,760,000 - 73,260,000

        50,352,934 × ㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡ

                         104,760,000 - 73,260,000

   ② 건물 감면대상소득금액 : 37,151,325

                          5년 후 건물기준시가 - 사용승인시 건물기준시가

         건물 양도소득금액 × ㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡ

                            양도시 건물기준시가 - 사용승인시 건물기준시가

                       157,961,920 - 134,720,640

        42,188,791 × ㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡ

                         161,113,280 - 134,720,640

  다) 양도소득세 과세표준

    ① 양도차익 : 92,541,725원

    ② 감면대상소득금액 : 87,504,259원

    ③ 양도소득기본공제 : 2,500,000원

    ④ 양도소득세 과세표준 : 2,537,466원

  라) 양도소득세 산출세액

      2,537,466원 × 9% = 228,370원

3. 처분청 의견

가. 청구인의 쟁점부동산에 대한 취득 후 5년간 발생한 감면대상 양도소득 계산 산식은 다음과 같음.

2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문 그대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합함(대법원97누20090, 1997.3.27)

4. 심리 및 판단

1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

  ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.(단서 생략)

  1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

     2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

   2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

     신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

  ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

  ① 법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 양도소득금액 이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

 3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

  ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

 4) 소득세법 제90조【양도소득세액의 감면】

  ① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

  ② 제1항에도 불구하고 「조세특례제한법」에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다.

* 부칙 14조(2013.1.1) : 제90조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 신고, 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.

 5) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

  ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

 6) 소득세법 시행령 제176조의2【추계결정 및 경정】

  ② 법 제114조 제5항에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

   1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × (취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가)

다. 사실관계

1) 청구인에 대한 양도소득세 결정내용을 국세청 국세통합시스템에서 확인한 결과 다음과 같다.

                                                                            (단위 : 원)

 2) 청구인이 제출한 국세청 고객만족센터의 답변내용은 다음과 같음.

라. 판단

   청구인은 국세청 고객만족센터에서 2013.5.13. 답변한 내용에 따라서 청구인의 쟁점부동산 양도에 따른 신축주택 감면소득은 토지와 건물을 각각 구분하여 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴보면,

   국세청 고객만족센터의 답변서 하단에 “상기 답변내용은 귀하께서 제시한 자료만을 근거로 작성된 것으로, 법적효력을 갖는 유권해석(결정, 판단)이 아니므로 각종 신고, 불복청구 등의 증거자료로서의 효력은 없습니다.”라고 표기되어 있는 점,

  조세특례제한법 시행령 제40조 제1항에서 도시 및 주거환경 정비법에 의한 주택재개발의 경우와 이 건과 같은 주택법 등에 의한 자가건설의 경우를 별도로 구분하고 있지 않은 점 등을 볼 때, 처분청에서 쟁점부동산의 감면소득금액을 토지와 건물을 구분하지 않고 산식에 따라 계산한 것은 잘못이 없는 점(조심2012서4305, 2013.8.5 같은 뜻),

   토지만을 보유한 조합원이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합에 기존 토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 과세특례 적용대상 신축주택을 취득하여 양도하는 경우 같은 법 시행령 제40조제1항에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산시 산식 분모의 취득당시 기준시가는 기존 토지의 취득당시 기준시가를 적용하는 점(법규과-684, 2012.6.18) 등에 비추어 볼 때,

   처분청에서 청구인에 대한 쟁점부동산의 신축주택 감면소득금액을 토지와 건물을 구분하지 않고 산식에 따라 계산한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

   하지만, 2013.1.1. 신설된 소득세법 제90조 제2항에서 “조세특례제한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다.”고 규정하고 있으며, 부칙 14조에서 “제90조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 신고, 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다.

   따라서, 처분청은 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 과세표준을 양도소득금액에서 양도소득기본공제와 신축주택 감면소득을 차감한 금액으로 계산하여야 함에도, 먼저 산출세액을 구한 후 그 세액에 감면소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 감면세액으로 계산한 것은 잘못이라 하겠다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.