주 문

 ㅇㅇ세무서장이 2013.7.8. 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 **,***,***원, 2010년 제2기 부가가치세 *,***,***원, 2010사업연도 **,***,***원, 법인세, 2011사업연도 법인세 **,***,***원의 부과처분은

 쟁점기계장치1과 쟁점기계장치2 및 쟁점원재료가 청구법인의 제품생산에 실지 사용되었는지 여부 등을 재조사하여, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분내용

가. 청구법인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ***-*에서 전자기기 제조업을 운영하는 법인사업자로 2010.6.30. ㅇㅇ전자(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 취득한 기계장치(이하 “쟁점기계장치1”이라 한다)에 대하여 2010년 제1기 과세기간 중 공급가액 ***백만원의 매입세금계산서를 수취한 후 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 2011.11.1. 청구외법인으로부터 비품과 시험장비 등 기계장치 ***백만원(공급가액, 이하 “쟁점기계장치2”이라 한다)을 취득하였으며, 2010～2011년 사업연도 법인세 신고시 쟁점기계장치1,2에 대한 감가상각비를 손금에 산입하였고, 청구외법인으로부터 원재료 매입(이하 “쟁점원재료”라 한다)관련 매입세금계산서의 공급가액 **백만원을 손금산입하여 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점기계장치1, 2와 쟁점원재료 매입을 가공거래로 보아 2010～2011년 기간 중 청구외법인에서 수취한 쟁점기계장치1의 매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 쟁점기계장치에1,2에 대한 감가상각비와 쟁점원재료의 제조원가를 손금불산입하여 2013.7.8. 청구법인에게 부가가치세 2010년 제1기 **백만원, 2010년 제2기 *백만원과, 법인세 2010사업연도 **백만원, 2011사업연도 **백만원, 합계 ***백만원을 경정․고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.26. 심사청구를 제기 하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인은 2010.6.30. SMT-LINE-1과 SMT-LINE-2을 취득하였고, SMT-LINE-1은 공급가액이 ***백만원으로 나타나며 SMT-LINE-2의 공급가액은 ***백만원이다.

 1) 청구법인은 2010～2011사업연도 중 아래와 같이 기계장치를 취득하였다.

(단위 : 원)

 2) 처분청은 SMT-LINE-1(쟁점 기계장치1)과 SMT-LINE-2의 공급가액이 다르고, SMT LINE-2의 취득가액은 ***캐피탈의 시설대여 승계계약서에 의하여 미상환 잔액을 공급가액으로 승계한 것이 명확하게 나타나나, SMT-LINE-1은 시가를 기준으로 취득하였기에 마치 쟁점기계장치1을 가공으로 매입한 것처럼 오해를 하고 있다.

 3) 당초 조사시 “장비매매 및 거래약정서이외에 입증자료를 제출하지 않았으며”와 관련하여

 장비매매에 따른 어떤 입증자료인지 이해할 수 없고 장비매매가 이루어졌다면 “거래약정서”가 이를 입증하는 가장 중요한 내용이고 그 외 입증자료는 조사시에 구체적으로 요구사항이 있는 경우에 그에 맞는 서류를 제출하는 것이라고 본다.

 4) 또한, 조사자는 “쟁점기계장치1의 대금결제는 분할지급액을 2010년까지 공제하지 않다가 2011년말 청구외 법인의 외상매출금과 미지급금을 상계처리하였으나 동 금액중 쟁점기계장치1의 금액은 구분되지 않고”와 관련하여

 쟁점기계장치1에 대한 대금결제는 동 기계장치에서 생산된 제품을 납품한 가격과 상계된 것임. 그리고 대금결제 지연사유에 대한 진술에서 번복한 내용을 가지고 기계장치가 없다고 해석함은 지나친 확대해석이라고 본다.

 5) 쟁점기계장치1의 인도일은 계약서대로 설치완료일이나 청구법인은 정확한 인도일을 소명하지 못한다고 조사자의 일방적인 추측으로 인해 기계장치가 설치되었는지 불분명한 것으로 해석하였고 아울러 쟁점기계장치1이 청구외 법인의 공장재단으로 근저당권이 설정된 상태로 사실상 관련 채무 인수 없이는 자산의 인도가 불가능한 것으로 볼 때 당초조사가 정당하다는 의견이나 쟁점기계장치1은 이전이나 설치를 새로하는 것이 아니라 당초부터 설치된 공장을 청구법인이 임차하여 본사를 AA시 BB구 CC동 ***-**에 2010.04.14에 이전하여 공장을 가동 생산 판매상태를 점검한 후 같은해 6월 30일자로 쟁점기계장치1,2를 취득한 것이다.

나. 처분청은 쟁점기계장치2(일련번호 4번과 5번)에 대하여도 부가가치세 신고사실이 없다는 이유만으로 감가상각비를 부인하였다.

 그 이유는 기계장치에 대한 세금계산서를 보관하지 않고 있으며 청구법인과 청구외 법인 모두 이에 대한 부가가치세 신고 사실이 없다는 이유와 문서파쇄기 등 비품이 5년이상 경과한 설비, 시험장비 등 213개(평균가 663천원)으로 사실상 잔존가치가 없는 것으로 판단하여 감가상각을 부인하였기에 취소를 구한다.

다. 청구법인은 청구외법인으로부터 구입한 쟁점 원재료를 이용하여 제품을 완성하였고, 이를 2012.01.30에 한국ㅇㅇ전자(주)에 납품을 하였으며, 2011.12.30. 재고자산명세서에 나타나듯 장부에 반영한 것만으로도 정상거래임을 알 수 있다.

 따라서 ｢부가가치세법｣ 제16조 제2항에 의해 세금계산서를 전자적 방법으로 발급하지 않고 수동으로 발급하였다 하여 이를 가공매입으로 보아 부인함은 ｢국세기본법｣ 제19조(세무공무원의 재량의 한계)의 정신을 벗어난 것이며 실질과세의 원칙과 근거과세에도 역행하는 재량권의 남용이라 할 것이다.

3. 처분청 의견

가. 청구외 법인으로부터 취득한 쟁점기계장치1 ***백만원은 정상거래이기 때문에 법인세 고지금액 **백만원의 취소를 해달라는 주장에 대하여 살펴보면

 1) 처분청의 세무조사시 쟁점기계장치1에 대한 취득 근거로 “장비매매 및 거래약정서”(이하 “쟁점계약서”라 한다)이외 제출한 서류가 없으며, 처분청에서 조사시 소명요구 서면질문에 ‘취득가 결정 내부 의사결정서류 및 산출근거’에 대하여 청구법인은 어떠한 자료도 제시하지 못하였다.

 2) 쟁점계약서를 통하여 거래내역을 살펴보면(갑 : 청구법인, 을 : 청구외 법인), 제3조(납기 및 방법)에서 「‘을’은 발주 후 2010년 7월 31일까지 제1조에 명시된 장비를 ‘갑’이 지정하는 장소에 설치완료 하여야 한다」라고 명시하고 있으며

 제4조(대금지불조건)은 60개월(5년) 분할지급이며, 매월 분할지급액은 *백만원으로 하였으며, 대금지급방법은 ‘갑’이 ‘을’에게 제공하는 용역대가에서 공제하는 것으로 약정하고, 계약일 2010.06.30.을 쟁점장비의 취득일로 계상하였으나

 실제 대금결제는 분할지급액을 2010년 동안 공제하고 있지 않다가 2011년말 청구외 법인의 외상매출금과 미지급금 ***백만원을 상계 회계처리 하였으나 이 금액 중 장비대금의 금액이 구분되지 않았다(처분청의 소명요구에 청구법인은 소명하지 못함).

 조사시 장비대금 결제 지연사유에 대하여 계약서 제5조(거래의 약정)의 규정에 의하여 보장하는 물량에 미달하여 대금지연하였다고 답변하다가 서면질문에 대하여는 청구외법인의 수금이 제대로 이루어지지 않아 지급 못한 것으로 답변하였다.

 3) ｢법인세법 시행령｣ 제68조 제4항에서 ｢"장기할부조건"이라 함은 자산의 판매 또는 양도 ....중략.....당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 말한다.｣이므로

 쟁점기계장치1의 인도일은 계약서대로라면 설치완료일이나 청구법인은 정확한 인도일을 소명하지 못하고 있으며, 또한 쟁점계약서에 의하여 물리적으로 이전설치 등은 이루어지지 않은 것으로 판단되며

 또한 쟁점계약서 제6조(장비의 소유권이전)에 관한 규정을 살펴보면

 제1항에서 “제2조에 정한 목적물 대금을 완불하기 전까지는 제1조의 정한 장비의 모든 소유권은 ‘을’에게 있으며, ‘갑’은 대금 완불시 까지 계약 장비에 대하여 어떠한 권리도 행사 할 수 없다”라고 규정하고 있고,

  제2항에서는 ‘갑’은 ‘을’의 동의 없이 본 장비를 임의 이전 및 양도 처분할 수 없다‘ 라고 규정되어 있으며,

  제3항에서는 본 목적물은 분할대금 완불과 동시에 모든 소유권은 ‘갑’에게 귀속된다 라고 규정하고 있다.

 4) 또한, 유지보수 비용에 대한 회신내용에서 “사내 외주에 따른 기타 비용 발생건에 대하여 견적가에 적용하여 비용처리 하는 것으로 협의 하였고”등으로 회신하여 청구외 법인의 매출액에 포함한다는 내용으로 독립적으로 유지보수비용을 부담한 사실이 없음이 확인되므로 쟁점기계장치1을 청구법인이 독립적으로 사용수익하였다고 볼 수도 없다.

 (쟁점기계장치1에 대한 전기요금 부담사실 없음)

 청구법인은 청구외 법인과 청구법인이 계약당시 쟁점기계장치1이 청구외 법인 소유의 부동산과 공장재단이 ㅇㅇ은행에 담보된 사실을 2012.3.12. 개시 공매사건으로 알게 되었다고 주장하나 경매개시 이전인 2012.2.29. 청구외 법인에 공급가액 ***백만원에 재판매 세금계산서를 교부한 사유가 불분명하다.

 계약당시 대표자 김ㅇㅇ은 2006.7.31. 청구외 법인을 퇴사하고 청구외 법인의 사내하청법인 ㅇㅇ코리아㈜에 근무하다가 2010.4.14.부터 청구법인에서 근무한 사실이 있으며, 현재 대표자 이ㅇㅇ(2011.1.26. 취임)은 계약당시 청구외 법인에 근무하다가 퇴사한 직원으로 계약당시 쟁점장비의 담보사실을 알 수 있는 위치에 있었으며 재판매한 금액의 산출근거도 밝히지 않고 있다.

 5) 청구법인은 쟁점계약서와 세금계산서를 근거로 쟁점기계장치1을 2010.6.30. 취득한 것으로 하여 감가상각자산으로 계상하여 손금산입하였으나 장비대금의 산출근거를 제시하지 못하고 있으며 물리적으로 인도된 사실도 없고 실제인도일을 알 수 없으며 독립적으로 쟁점장비의 유지보수비용을 부담한 사실도 없고 대금결제기한 또한 물량보장규정과 맞물려 있어 원청회사인 청구외 법인의 의도에 따라 임의로 변경이 가능하고 쟁점장비가 공장재단으로 묶여 산업은행의 근저당권이 설정되어 있는 상태이므로 사실상 관련채무의 인수 없이는 자산의 인도가 불가능하므로 “쟁점계약서”는 단순히 매매예약을 약정한 것에 불과하다.

 청구법인은 쟁점기계장치1을 감가상각자산으로 계상하여 손금산입 하였으나 쟁점기계장치1이 사실상 인도되지 않아 감가상각비를 부인한 당초 결정은 정당하다.

나. 쟁점기계장치2(장비 취득내용중 일련번호 4번과 5번)에 대하여 감가상각비 부인 결정을 취소하여 달라는 주장에 대하여

 1) 쟁점기계장치2에 대한 세금계산서를 보관하지 않고 있으며 청구법인과 청구외 법인 모두 이에 대한 부가가치세 신고 사실이 없다(관련 전자세금계산서 없음).

 2) 매매계약서의 설비명세는 문서파쇄기 등 비품, 5년이상 경과한 설비, 시험장비 등 213개(평균가 663천원)으로 사실상 잔존가치가 없는 것으로 판단된다.

 3) 쟁점기계장치2 취득관련 대금 결제내용에 대한 처분청의 조사내용에 따르면 2011.11.1 선급금 ***백만원과 상계하였고 2011.9.21 선급금 ***백만원을 ㅇㅇ엘이디(주)에서 차용한 것으로 소명하나 현금 **백만원은 출처가 불분명(2011.9.26. 입금증)하고 어음2매 ***백만원은 청구외 법인이 2011.9.1. 발행하였고 ㅇㅇ엘이디(주)가 1차배서하였으며 청구법인이 최종배서한 것으로 회계장부 작성 및 세무업무를 ㅇㅇ엘이디(주)의 박ㅇㅇ 대리가 하고 있는 것으로 보아 신빙성이 없다.

다. 2011.11.1. 쟁점원재료매입 2건 **백만원 계상액을 증빙없음으로 부인한 것에 대하여 청구법인은 수동 세금계산서 2매를 제출하며 대응 매출로 2012.01.30. 한국ㅇㅇ전자㈜에 납품하는 등 정상거래이므로 관련 결정을 취소하여 달라는 주장에 대하여

 1) 회계전표와 부가가치세 신고내용을 비교 검토한 바, 2011.11.1. 원재료 2건 **백만원 계상액이 부가가치세 신고한 사실이 없는 것으로 확인되었고, 조사시 제시받은 세금계산서철에서 당해 세금계산서를 찾을 수 없어 부인한 것이며, 거래상대방인 청구외법인 부가가치세신고에서도 해당 거래내역을 신고한 사실이 없다.

 2) 처분청은 청구법인에 대하여 조사기간 중 원청회사인 청구외법인과의 매출․매입 관련 주문서류, 임가공비 산출근거에 대한 전반적인 자료를 요구하였으나 청구법인은 그 당시 청구외 법인의 전산시스템을 이용하여 관리하였고 현재는 청구외법인의 폐업으로 관련자료를 제출할 수 없고 “기계가동일보”만 보관중으로 소명하였고 청구법인이 비치하고 있어야 할 생산일지는 조사기간 동안 제시된 바 없다.

 3) 또한, 조사기간 동안 고무줄로 묶여있는 전표철과 증빙을 제시받아 이를 근거로 성실히 조사한 것이며 제시받지 못한 증빙(2010년 108건, 2011년 119건의 복리후생비 증빙 등)에 대하여 “장부․서류 등 자료 제출 요구”를 공문요청 하여 받은 자료를 기초로 판단하였다.

 4) 청구법인이 세금계산서를 수동발급을 원인으로 부인한 것으로 주장하나 청구법인이 신고한 해당 매입처별세금계산서합계표의 “위 전자세금계산서외의 발급받은분”에 쟁점 매입의 신고내용이 없고 전자세금계산서에도 발급내용이 없어 조사보고서에 “관련 전자세금계산서 없음”이라는 표현을 오인한 것이다.

 청구외 법인의 2011년 11월분 매출처별세금계산서합계표의 “위 전자세금계산서외의 발급받은분”은 “0”이다.

 5) 한편, 청구외 법인은 가공세금계산서를 발급․수취한 혐의로 ㅇㅇ세무서에서 조사를 받았으며 자료상혐의로 고발된 전력이 있다.

 6) 청구인은 기계장치를 매도한 소외 법인 즉 청구외 법인이 코스닥 상장법인으로 기업의 외부 이해관계인의 손실배상책임과 공인회계사의 회계감사까지 받는 책임과 의무가 막중한 기업이라고 이해하여 달라고 하나 2011년 감사보고서에서 회계기록의 부실로 회계감사기준에서 요구하는 감사절차를 취하지 못하여 의견을 표명하지 아니하였으며 20**.**.**일에 상장폐지된 법인이다.

 7) 청구법인 대표자 이ㅇㅇ진과 청구외 법인 전 대표자 이○○는 형제관계인 것으로 제적등본에 의하여 확인되었다.

 8) 조사시 증빙도 없고 신고도 되지 않은 쟁점 매입을 부인한 것으로 당초 결정은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 1) 쟁점기계장치1을 가공매입으로 보아 매입세액 불공제 및 감가상각비를 손금불산입한 처분의 당부

 2) 쟁점기계장치2를 가공매입으로 보아 감가상각비를 손금불산입한 처분의 당부

 3) 쟁점원재료 매입거래를 가공으로 보아 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련법령

 1) 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

 ① 법 제23조제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2005.6.30, 2010.6.8, 2010.12.30, 2012.2.2>

  1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산

  가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다)

  나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품

  다. 선박 및 항공기

  라. 기계 및 장치

  마. 동물 및 식물

  바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

  가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

  나. 특허권, 어업권, 「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권, 유료도로관리권, 수리권, 전기가스공급시설이용권, 공업용수도시설이용권, 수도시설이용권, 열공급시설이용권

  다. 광업권, 전신전화전용시설이용권, 전용측선이용권, 하수종말처리장시설관리권, 수도시설관리권

  라. 댐사용권

  마. 삭제 <2002.12.30>

  바. 개발비:상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

  사. 사용수익기부자산가액:금전외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 법 제24조제2항제4호부터 제7호까지의 규정에 따른 법인 또는 이 영 제36조제1항제1호에 따른 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액

  아. 「전파법」 제14조의 규정에 의한 주파수이용권 및 「항공법」 제105조의2의 규정에 의한 공항시설관리권

  자. 「항만법」 제16조에 따른 항만시설관리권

 ② 법 제23조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산"이란 제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산 중에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <신설 2010.12.30, 2012.2.2>

  1. 감가상각비를 손금으로 계상할 때 적용하는 내용연수(이하 "결산내용연수"라 한다)를 확정할 수 없는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 무형고정자산

  2. 국제회계기준을 최초로 적용하는 사업연도 전에 취득한 제24조제1항제2호가목에 따른 영업권

 ③ 감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다. <개정 2010.12.30>

  1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)

  2. 건설 중인 것

  3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것

  ④ 제68조제4항에 따른 장기할부조건 등으로 매입한 고정자산의 경우 법인이 해당 고정자산의 가액 전액을 자산으로 계상하고 사업에 사용하는 경우에는 그 대금의 청산 또는 소유권의 이전여부에 관계없이 이를 감가상각자산에 포함한다. <개정 2010.12.30> (이하생략)

 2) 법인세법 시행령 제31조 【즉시상각의제】

 ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

 3) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

 ① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. <개정 2007.2.28, 2012.2.2>

  1. 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날

  2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

  3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

  4. 자산의 위탁매매：수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날

  5. 「자본시장과 금융투자에 관한 법률」 제9조제13항에 따른 증권시장에서 같은 법 제393조제1항에 따른 증권시장업무규정에 따라 보통거래방식으로 한 유가증권의 매매: 매매계약을 체결한 날

 ② 법인이 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우로서 판매 또는 양도한 자산의 인도일(제1항제3호에 해당하는 자산은 같은 호 단서에 규정된 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 해당 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 수익과 비용으로 계상한 경우에는 제1항제1호 및 제3호에도 불구하고 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 중소기업인 법인이 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우에는 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010.12.30>

 ③ 제2항을 적용할 때 인도일 이전에 회수하였거나 회수할 금액은 인도일에 회수한 것으로 보며, 법인이 장기할부기간 중에 폐업한 경우에는 그 폐업일 현재 익금에 산입하지 아니한 금액과 이에 대응하는 비용을 폐업일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. <신설 2010.12.30>

 ④ 제2항에서 "장기할부조건"이라 함은 자산의 판매 또는 양도(국외거래에 있어서는 소유권이전 조건부 약정에 의한 자산의 임대를 포함한다)로서 판매금액 또는 수입금액을 월부·연부 기타의 지불방법에 따라 2회 이상으로 분할하여 수입하는 것중 당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 말한다. <개정 2010.12.30> (이하생략)

 4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

 ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

  1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 <이하생략>

 5) 구 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

  1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

  2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

 6) 구 부가가치세법 제17조 【납부세액】

 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인은 PCB 임가공업을 주업으로 하고 있으며 청구외 법인의 사내하청을 통한 매출이 가장 큰 업체로 법인세 신고내역은 다음과 같다.

 2) 청구법인의 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

 3) 청구법인은 2010～2011사업연도 중 아래와 같이 기계장치를 취득하였다.

(단위 : 백만원)

 * SMT LINE-1(2008년식)과 SMT LINE-2(2010년식)는 ㅇㅇ공장에 설치되어있는 장비이다.

 4) 쟁점기계장치1과 관련하여 청구법인이 제시한 서류

  가) 청구법인과 청구외법인간에 2010.6.30. 작성한 쟁점기계장치1의 장비매매 및 거래약정서의 주요 내용을 살펴보면 다음과 같다.

  나) 청구법인이 제시한 쟁점기계장치1(SMT-LINE-1)의 이전 명세서를 보면, 청구법인과 청구외법인간의 거래한 내역은 아래 <표>와 같다.

  다) S**-LINE-2는 청구외 법인이 2010년에 취득하여 ㅇㅇㅇ캐피탈에 매각하여 리스로 사용중인 자산이며 취득명세 및 가격은 다음과 같다.

  라) 쟁점기계장치1(S**-LINE-1)과 S**-LINE-2의 비교

  마) 쟁점기계장치1은 청구외법인이 소유한 공장용지 4981.8㎡, 같은번지 건물 3,160.29㎡, 공장 및 광업재단 저당법 제6조에 의한 기계․기구 목록에 포함되어 저당권이 설정되어 있었으며, 동 담보물은 2012.3.12. 경매개시되었고, 2012.3.15. 광주지방법원 경매18계에서 감정평가한 기계․기구 목록의 평가액은 ***백만원으로 확인된다.

  바) 2010.6.30. 청구외법인이 발행한 쟁점기계장치1의 매입세금계산서를 보면, 거래품목은 LINE이고, 공급가액 ***백만원이며 청구법인과 청구외법인간에 작성한 장비매매 및 거래약정서상의 쟁점기계장치 거래금액과 일치하는 것으로 확인된다.

  사) 청구법인은 2012.2.29. 쟁점기계장치1을 청구외법인에게 공급가액 ***백만원에 재매각하였음이 청구법인이 발행한 전자세금계산서를 보면, 품목은 설비 매각이고, 세금계산서를 발행한 것으로 확인된다.

 5) 쟁점기계장치1과 관련하여 처분청의 조사내용

  가) 처분청이 청구법인을 조사하고 2013.4월 작성한 법인사업자 조사종결보고서를 보면 다음과 같다.

  나) 처분청이 쟁점기계장치1의 운영과 관련한 전기요금 등을 청구법인이 매월 부담하지 아니하여 청구외법인이 부담한 사유에 대하여 소명자료를 요청하였는 바, 청구법인은 쟁점기계장치1을 취득한 후 매월 약 ***백만원을 청구외법인에 매출하였고, 견적가를 적용함에 있어서 청구외법인이 청구법인을 대신하여 부담한 전기료 및 기타비용을 15%로 적용하여 통상 다른 업체의 견적가의 85% 수준으로 책정하였다고 소명하였다.

  다) 청구법인은 2010.6.30. 계약당시 쟁점기계장치1이 청구외법인의 소유의 부동산과 공장재단이 ㅇㅇ은행에 담보된 사실을 2012.3.12. 개시 경매사건으로 알게 되었다고 주장하면서, 경매개시 이전인 2012.2.29. 청구외법인에 공급가액 ***백만원에 쟁점기계장치1을 재판매하여 세금계산서를 교부한 거래는 정상적인 거래라고 주장하나 처분청은 정상거래로 보기는 어려운 것으로 판단하였다.

  라) 쟁점기계장치1의 취득계약당시 청구법인 대표자 김ㅇㅇ은 2006.7.31. 청구외법인을 퇴사하고 청구외법인의 사내하청 법인인 ㅇㅇ코리아(주)에 근무하다가 2010.4.14.부터 청구법인에서 근무한 사실이 있으며, 현 대표자 이ㅇㅇ은 계약당시 청구외법인에 근무하다가 퇴사한 직원으로 계약당시 쟁점기계장치1의 담보사실을 알 수 있는 위치에 있었으나 재판매한 금액의 산출근거를 밝히지 못하고 있다.

  마) 처분청은 쟁점기계장치1에 대한 2010.6.30. 매입세금계산서 공급가액 ***백만원에 대한 매입세액을 부인하였고, 청구법인이 2012.2.29. 청구외법인에게 매출세금계산서를 교부한 공급가액 ***백만원에 대해서는 매출감 경정을 하지 않았다.

  바) 처분청은 청구외법인에 대한 세무조사 결과, 청구외법인이 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지 실물거래 없이 *,***백만원의 가공매출세금계산서를 교부하였고, 2009년 제1기 ***백만원의 가공매입세금계산서를 수취한 자료상으로 확정하여 검찰에 고발한 사실이 있다.

  사) 청구법인이 추가 제출한 2010～2012 사업연도 세무조정계산서의 유형고정자산 감가상각비 조정명세서를 보면, 쟁점기계장치1을 매년 정률법으로 감가상각 하였고 상각률은 45.1%이며, 내용연수는 5년으로 확인된다.

 6) 쟁점기계장치1의 장비매매 및 거래약정서를 보면 매월 *백만원씩 분할지급하고, 대금지급방법은 청구법인이 청구외법인에게 제공하는 용역대가에서 공제하는 것으로 약정하였으나, 청구법인은 쟁점기계장치1 취득이후 매월 상계한 사실이 없이 2011.12.31. ***백만원의 외상매출금과 미지급금을 상계처리하였고 2012.3월 **백만원의 외상매출금과 미지급금을 상계한 것으로 확인되었다.

 7) 청구법인은 쟁점기계장치1을 재매각하면서 재매각가액에서 감가상각누계액을 차감한 ***백만원의 유형자산처분이익을 계상하였다.

 8) 청구법인은 2009.8.21. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ***-*에서 개업하고, 2010.4.14. AA시 BB구 CC동 ***-**로 사업장을 이전하였으며 2011.1.21. 사업장을 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ***-*로 재이전하여 현재까지 사업을 영위하고 있는 것으로 확인된다.

 9) 청구법인의 현재 사업장인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ***-*에서 청구외법인이 2000.1.12.부터 2012.7.31.까지 동일 장소에서 사업을 영위한 것으로 확인된다.

 10) 청구법인 대표자 이ㅇㅇ과 청구외법인의 전 대표자 이○○은 형제관계인 것으로 제적등본에 의하여 확인된다.

 11) 쟁점기계장치2에 대한 처분청의 조사내용은 다음과 같다.

 12) 쟁점기계장치2의 취득계약서 및 목록은 붙임과 같다.

 13) 쟁점기계장치1,2에 대한 감가상각비 손금부인내용은 아래와 같다.

 14) 쟁점 원재료 매입에 대한 처분청의 조사내용은 다음과 같다.

 15) 청구법인은 쟁점 원재료에 대한 매입세금계산서를 종이로 발급받아 신고당시부터 매입세액을 공제받지 못한 것으로 확인된다.

 16) 쟁점 원재료 매입과 관련하여 청구법인이 제시한 매입세금계산서를 보면, 청구법인과 청구외법인간에 거래한 내역은 아래 <표>와 같으며, 거래품목은 PWBA 자재외, LED 등으로 되어 있다.

(단위 : 천원)

   18) 청구법인은 청구외법인으로부터 매입한 원재료를 사용하여 한국ㅇㅇ전자(주)에 납품하였다고 주장하고, 2012.1.30. 공급가액 ***백만원, 동 일자 공급가액 ***백만원의 세금계산서 2매를 한국ㅇㅇ전자(주)에 발행한 것으로 확인되고 이 건 증빙자료로 전자세금계산서와 거래명세서를 제출하였다.

 라. 판단

  위 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  1) 쟁점①과 관련하여

  처분청은 청구법인이 쟁점기계장치1을 청구외법인으로부터 취득하기로 하는 계약을 체결하였으나, 대금결제와 장비의 이동 등 실질적으로 소유권이 청구법인에게 이전되지 아니한 것으로 보아, 청구외법인으로부터 발급받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 감가상각비를 손금불산입하였다.

  쟁점기계장치1의 매입세금계산서 관련 매입세액 불공제에 대하여 살펴보면 쟁점기계장치1이 청구외법인의 공장재단으로 은행의 근저당권이 설정되어 있어 관련 채무의 인수 없이는 자산의 인도가 불가능한 점, 쟁점기계장치1의 매입가액이 청구법인이 동일 날짜에 취득한 SMT LINE-2 기계장치보다 효율성이 떨어짐에도 SMT LINE-2의 매입가액보다 ***백만원 과다하게 계상한 점, 청구외법인은 허위의 세금계산서 발행혐의로 자료상으로 고발된 이력이 있는 점 등으로 보아 쟁점기계장치1에 대한 실질적인 매입이 의심스러우나,

  처분청이 쟁점기계장치1의 사용 여부와 가공자산 해당 여부에 대한 확인 없이 대금결제와 장비의 이동 등 실질적으로 소유권이 이전되지 아니하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 부인 하면서도,

  청구법인이 2012.2.29. 청구외법인에게 쟁점기계장치1을 재매각하고 매출신고한 공급가액 ***백만원에 대하여는 매출감 경정을 하지 아니하였고, 2012사업연도 유형자산처분이익 ***백만원에 대해서도 익금불산입 처분을 하지 않는 등 처분의 일관성을 잃고 있으므로 쟁점기계장치1의 거래사실과 제품생산에 사용 여부 및 가공자산 해당 여부에 대해 재조사가 필요하다고 판단된다.

  쟁점기계장치1에 대한 감가상각 손금불산입에 대해 살펴보면, 자산의 취득시기를 ｢법인세법 시행령｣ 제68조 제1항 제3호에서는 원칙적으로 대금청산일이 속하는 사업연도를 손익의 귀속시기로 하되, 대금청산 전에 소유권이전등기를 하거나 자산을 인도 또는 매입자가 사용수익하는 경우에는 소유권이전등기일(등록일 포함)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하고 있고,

｢법인세법 시행령｣ 제24조 제4항에서는 ｢법인세법 시행령｣ 제68조 제4항에 따른 장기할부조건 등으로 매입한 고정자산의 경우 법인이 해당 고정자산의 가액 전액을 자산으로 계상하고 사업에 사용하는 경우에는 그 대금의 청산 또는 소유권의 이전여부에 관계없이 이를 감가상각자산에 포함하는 것으로 하고 있다.

  이와 같이 고정자산의 감가상각대상 자산 여부는 대금청산 또는 소유권이전 여부와 무관한 것이므로 청구법인이 쟁점기계장치1을 장부에 자산으로 계상하고, 실제 사업에 사용하였는지가 중요한 판단기준이다.

  처분청은 대금청산 여부가 불분명하고, 쟁점기계장치에 근저당권이 설정되어 있어 채무인수없이 자산의 인도가 불가능하고, 대금 완불시까지 어떠한 권리도 행사할 수 없는 점에 비추어 사실상 양도가 이루어지지 않은 것이라고 판단하였는바,

  처분청이 청구법인의 감가상각비를 손금불산입하기 위해서는 쟁점기계장치1을 사업에 사용하지 않았다는 사실에 대한 입증이 필요하므로 청구법인의 판매 제품이 쟁점기계장치1을 사용하여 생산한 것이 아님을 입증하거나, 쟁점기계장치1의 기계구입대가의 지급과 관련하여 실지 지급한 것이 아님을 밝혀 쟁점기계장치1이 가공자산임을 입증하여야 함에도

  처분청은 실제 사업에 사용 여부에 대한 확인이 없이 대금결제와 장비의 이동 등 실질적으로 소유권이전이 없음을 사유로 감가상각비를 부인한 당초 처분은 적정하지 아니한 것으로 보이므로 청구법인이 쟁점기계장치1의 사용여부에 대한 재조사가 필요하다고 판단된다.

 2) 쟁점②와 관련하여

  처분청은 청구법인이 쟁점기계장치2를 청구외법인으로부터 취득하면서 취득관련 대금 결제가 신빙성이 없는 것으로 보아 쟁점기계장치2에 대한 감가상각비를 손금불산입하였으나,

  처분청이 청구법인을 조사(2013.2.17.～2013.3.18.)할 당시에는 쟁점기계장치2를 보관하고 있었던 것으로 보이므로 청구법인이 쟁점기계장치2를 사용하여 제품을 생산․판매한 것이 아님을 입증하거나, 쟁점기계장치2의 구입대가를 청구법인의 선급금과 상계한 것이 아님을 입증하여 쟁점기계장치2를 가공자산으로 확정하고 감가상각비를 부인함이 타당함에도, 쟁점기계장치2의 사용 여부와 가공자산 해당 여부에 대한 확인 없이 취득 관련 대금 결제내용이 신빙성이 없다는 이유로 감가상각비를 부인한 당초 처분은 적정하지 아니한 것으로 보이므로 쟁점기계장치2의 사용 여부와 가공자산 해당 여부에 대하여 재조사가 필요하다고 판단된다.

 3) 쟁점③과 관련하여

  처분청은 청구법인이 부가가치세 신고시 세금계산서합계표에 쟁점 원재료 매입세금계산서 공급가액을 신고하지 아니하였고, 전자세금 계산서 수수내역이 없으며, 당초 세무조사시 제시받은 세금계산서철에 쟁점 원재료 매입세금계산서가 확인되지 아니하였고, 청구외법인의 폐업으로 거래사실을 확인할 수 있는 자료를 제시하지 못하고 있는 점에 비추어 원재료를 가공매입한 것으로 판단한 반면,

  청구법인은 쟁점원재료를 이용하여 제품을 생산하였으며, 거래처 원장에 쟁점원재료에 대한 외상매입금 **백만원을 계상한 사실이 있는바,

  전자세금계산서 교부 여부만으로 가공매입 여부를 확정하기는 어려우므로 청구외법인의 장부상 매출 계상 여부 등 쟁점원재료의 실제 매입 여부에 대한 재조사가 필요하다고 판단된다.

5. 결 론

 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.