주 문

BB세무서장(이하 “처분청”이라 한다)이 2014.1.22. 컴DD에 대하여 매출누락으로 경정․고지한 2009년 제1기 부가가치세 00,000,000원, 2009년 제2기 부가가치세 000,000,000원, 2010년 제1기 부가가치세 000,000,000원, 2010년 제2기 부가가치세 00,000,000원의 부과처분은 추가공제 매입액 00,000,000원의 실질적인 지출 여부 및 사업에 사용한 사실이 있는지 여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 이GG와 50:50의 지분으로 2006.8.23.∼2013.12.31. 컴퓨터 수리업체인 컴DD를 운영하였다.

나. 처분청은 이GG에 대하여 2013.10.16.∼2013.12.31. 개인제세 통합조사를 실시하여 컴DD의 전산자료 중 2009.1.1.∼2010.9.3. 방문수리 기사별 일일 수리비 매출액과 소요 자재비 및 일정률(일일 매출액의 월합계액에서 자재비와 제세금을 차감한 금액의 40% 또는 50%)의 월급여가 지급된 것으로 기재되어 있는 기사별 월급여 명세서(이하 “쟁점자료”라 한다)상의 일일 매출액으로 보아 2009년 1기 000,403천원, 2009년 2기 0,000,416천원, 2010년 1기 0,000,588천원, 2010년 2기 000,536천원에 2010.10.∼12. 대한 매출세금계산서합계표상의 공급가액 000,551천원과 신용카드 등 발행분 공급가액 000,716천원을 2010년 2기 공급가액에 합한 후 기 신고분 매출 과세표준을 차감한 차액인 2009년 1기 000,839천원, 2009년 2기 000,131천원, 2010년 1기 000,172천원, 2010년 2기 000,675천원을 부가가치세 과세표준 신고누락으로 보아 2014.1.22. 청구인에게 부가가치세로 2009년 1기 00,646천원, 2009년 2기 000,959천원, 2010년 1기 000,664천원, 2010년 2기 00,226천원을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구인은 2014.4.10. 이의신청시 1차로 제출한 매출 취소 환불금 추가증빙에 의하여 2014.5.20. 부가가치세로 2009년 1기 000천원, 2009년 2기 0,000천원, 2010년 1기 0,000천원, 2010년 2기 0,000천원을 각각 감액경정하였고, 2차로 제출한 매입액 신고누락분 추가증빙에 의하여 2014.6.5. 부가가치세 2009년 1기 0,000천원, 2009년 2기 0,000천원, 2010년 1기 0,000천원, 2010년 2기 000천원을 각각 감액경정하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 은행거래내역 등 신빙성 있는 자료에 의하여 실제 지출사실이 확인되는 매입액의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 재산정해야 한다.

나. 처분청에서 청구인이 신고누락 하였다고 과세한 부분은 일부 매출취소를 제외하면 실제 컴DD의 수입금액으로 상식적으로 컴퓨터 수리 매출이 발생하게 되면 그에 따라 부품 매출원가 등이 필수적으로 발생하게 되는데도 불구하고 이 건의 경우 청구인이 수입금액 신고누락 통보를 받고 거액의 소득세를 추가납부해야 되는 상황에 처하여 당황한 나머지, 누락소득에 대응하는 필요경비에 관한 증빙을 제대로 제출하지 못하자 처분청은 매입비 등 0,000,000,000원만 필요경비로 인정하여 과세하였다.

다. 청구인은 컴퓨터 수리 서비스 용역을 제공하고, 부품 등을 판매하는 사업자로 사업을 영위하며, 부가가치세를 신고함에 있어 필수적으로 발생한 매입비용을 누락하였으며 처분청으로부터 과세된 과세기간은 전자세금계산서가 도입되기 이전으로 청구인은 해당 지출 비용에 대한 세금계산서까지 받아 놓았음에도 자료 관리가 미숙하여 부가가치세 신고 당시 매입세액에서 누락(이하 “쟁점매입누락액”이라 한다)하여 매입세액 공제를 받지 못하였다.

라. 청구인은 세무조사를 받은 이후에 당시 거래처였던 ㈜NN알과 ㈜SS컴퓨터로부터 청구인의 매입을 입증하는 신고서 및 공문 등을 수령하고, 처분청으로부터 사업자 현금지출증빙내역을 발급받아 당시 누락된 매입액을 확인하였으며, 업무와 관련하여 비품 등을 구입하며 신용카드로 결제한 내역 또한 추가적으로 확인하였다.

마. 청구인이 제출한 관련 증빙이 청구인 주장을 인정함에 있어 부족함이 있을 경우 청구인은 이 건 세무조사와 관련하여 처분청으로부터 과세처분과 관련된 소명기회를 부여받지 못하여 부당한 과세를 받았으므로 재조사의 기회를 주어야 한다.

바. 컴DD는 형식상 이GG의 사업으로 되어 있지만, 실질상 청구인과 이GG가 공동으로 사업을 영위하였으며 처분청도 공동사업으로 청구인에게 종합소득세 및 부가가치세를 과세하였다.

사. 이GG가 세무조사 대응을 하였다고는 하나 그것이 청구인의 의견까지 대표하는 것은 아니므로 처분청은 청구인에게도 소명기회를 주어야함에도 기회를 주지 않아 경비와 누락매입액 그리고 매출취소 분이 적절하게 반영되지 못한 상태로 조사가 종결되어 청구인에게 실제 부담하여야 할 세액보다 과다하게 과세되었다.

아. 청구인은 금번 제출하는 증빙 자료로 청구인의 주장이 인용되기 어려운 경우 최소한 재조사 결정을 받아 납세의무자로서의 충분한 소명기회를 부여 받아야 할 것이다.

자. 쟁점매입누락액에 대하여 처분청이 조사한 연도에 매출액으로 계상되었으며, 사업과 관련하여 실제로 발생된 것이므로 매입세액 공제대상이다.

3. 처분청 의견

상품 매입분에 대해서는 그 매출액을 실지확인하거나 추계하여 부가가치세 및 소득세를 추가과세함은 별론으로 하더라도 청구인이 심리자료로 제출한 추가증빙만으로는 매입거래 사실을 인정하기에 부족하므로 청구인이 제출한 증빙을 바탕으로 거래가 사실인지 여부 및 매입액에 컴퓨터 등의 상품이 포함되어 있는지 여부 등을 재조사하여 경정함이 타당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

매입누락액을 업무와 관련된 것으로 보아 매입세액 공제가능한지 여부

나. 관련법령

 1) (구)부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

  ① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

   1. (생략)

   2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

 2) (구)부가가치세법 시행령 제69조【추계결정ㆍ경정방법 】

  ② 제1항의 규정에 의하여 납부세액을 계산함에 있어서 공제하는 매입세액은 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 관할세무서장에게 제출하고 그 기재내용이 명백한 분에 대한 것에 한한다. 다만, 재해 기타 불가항력으로 인하여 교부받은 세금계산서가 소멸됨으로써 이를 제출하지 못하는 때에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계

 1) 처분청의 2014.1.자 “개인사업자 조사종결 보고서”에 따르면, ｢기사별 수리비 수입금액의 성과에 따라 급여가 지급된 것으로 표기되어 있는 월급여 명세서 전산자료(2009.1.∼2010.9.)상에서 확인되는 일일 매출액의 합계액(공급대가 2009년도분 0,000,102천원, 2010년도분 0,000,436천원) 및 국세통합전산망에서 각 확인되는 2010년 2기 확정분(10월∼12월) 매출세금계산서합계표의 매출액(공급가액 000,551천원), 신용카드 발행금액(공급대가 000,088천원) 등에 의한 컴DD 사업장의 총수입금액은 2009년도 0,000,820천원, 2010년도 0,000,391천원으로서 그 중 각 1/2 상당액 2009년도 0,000,410천원, 2010년도 0,000,695천원을 조사대상자와 공동사업자 정정한의 각자 수입금액으로 확정하고, 조사대상자의 위 확정 수입금액 중 기 신고분을 차감한 금액 2009년도 000,561천원, 2010년도 00,152천원을 수입금액 신고누락액으로 적출하여 컴DD 사업장의 매출 과세표준 누락 금액 2009. 1기 000,839천원, 2009. 2기 000,131천원, 2010. 1기 000,172천원, 2010. 2기 000,675천원에 대하여 각 과세기간별 부가가치세를 과세｣한다고 보고하고 있다.

 2) 처분청의 제시하고 있는 컴DD의 부가가치세 경정결의서에 의하면 다음의 내용이 확인되고 있다.

(결정내용 표 생략)

 3) 청구인은 ㈜NN알의 매출처별세금계산서합계표(갑)를 제시하고 있으며, ㈜NN알은 컴DD에 대하여 2009년 2기 예정 3건 0,000,000원(공급가액, 세액 000,000원), 2009년 2기 확정 3건 00,000,000원(공급가액, 세액 0,000,000원)의 매출세금계산서를 제출하고 있다.

 4) 이GG의 2009년 2기 매입처별세금계산서합계표를 제시하고 있으며, ㈜SS컴퓨터 5건 00,000,000원(공급가액, 세액 0,000,000원)과 ㈜NN알 5건 00,000,000원(공급가액, 세액 0,000,000원)의 매입세금계산서를 수취하고 있다.

 5) 청구인은 ㈜SS컴퓨터부터 컴DD에게 2009년 1기 00,000,000원, 2009년 2기 00,000,000원, 2010년 1기 00,000,000원, 2010년 2기 00,000,000원의 매출세금계산서를 발행하였다는 “세금계산서 매출 확인 건”의 2014.12.12.자 공문을 제시하고 있다.

 6) 이GG의 2010년 1기 매입처별세금계산서합계표를 제시하고 있다.

 7) 컴DD에 대한 2009.1.1.∼2010.12.31. “사업자 현금지출증빙 내역”을 제시하고 있다.

 8) 청구인은 2009.∼2010. 신용카드 매출전표와 **할인마트 영수증 및 컴퓨터 제조사의 수리에 따른 신용카드 매출전표를 제시하고 있다.

라. 판단

 청구인은 매출누락에 대응한 업무 관련 매입누락액으로 매입세액을 공제하여야 한다는 주장에 대하여 보면,

 청구인은 ㈜NN알의 매출처별세금계산서합계표, ㈜SS컴퓨터의 세금계산서 매출 확인 건 공문, 사업자 현금지출증빙 내역을 제시하면서 매입누락을 입증하고 있는 반면, 처분청은 청구인이 당초 조사시 제출하지 않은 증빙으로 쟁점매입누락액이 실질적으로 업무와 관련하여 지출된 것인지 여부에 대한 확인이 필요하다고 주장하고 있어 청구인이 제시하고 있는 추가공제 매입액 87,191,597원의 실질적인 지출 여부 및 사업과 관련하여 사용된 것인지 여부에 대한 재조사가 필요하다고 판단된다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.