주 문

이 건 심사청구는【기각】결정합니다

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 주택공사 건설업을 영위하는 법인으로 2010년 중 청구법인이 보유하고 있던 임대주택을 분양전환하고 분양수입금액을 34,686,837,000원으로 하여 2010년 사업연도 법인세 11,126,260원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 2014.5.26.부터 2014.7.9.까지 2010년 사업연도 법인정기조사를 실시하여 임대주택 분양전환 관련 분양수입금액에 대한 분양원가 과다계상분 333,892,220원 및 증빙 없는 경비 119,400,000원을 손금불산입하여 법인세 174,050,270원 고지·결정하고, 453,292,220원에 대하여 소득금액변동통지(상여처분)하였다.

다. 청구법인은 상여처분한 금액 중 분양원가 과다계상분 333,892,220원은 취소되어야한다고 주장하며 2015.3.30. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인은 임대의무기간 이후 분양하는 업체로 공사원가를 과다계상하였다면 재고자산 취득 당시 귀속으로 상여처분하여야 한다.

청구법인은 준공 후 임대의무기간이 끝난 후에 분양을 할 수 있는바, 준공후 10년 후에 분양이 되는 경우 공사원가와 관련된 모든 지급증빙을 보관하는 경우는 현실적으로 어렵다. 처분청에서는 공사원가의 지급증빙이 없으므로, 지방자치단체에 제출하는 표준건축비를 적용하여 공사원가를 계상하였으나 표준건축비는 실제건축비와는 많은 차이가 있으며, 청구법인이 신고한 실제건축비와 표준건축비와의 차이를 보면, 부도사업장을 인수한 안성사업장만 실제 건축비가 크며 다른 사업장은 표준건축비가 더 큰 것으로 확인되는바, 이는 청구법인이 실제건축비를 과대계상하지 않았다는 것을 반증할 수 있는 것이다.

결산서상 이월되어온 재고자산(즉, 분양원가)은 허위로 조작할 수 없다는 것은 상식적으로나 복식부기 원리상 불가능한 것인바, 15년전 취득한 재고자산의 증빙을 제시하지 못한다는 이유로 결산서상의 재고자산을 부인하는 것은 부당하고 또한 청구법인이 재고자산을 과대계상하였다면 당해 귀속년도 법인의 자금이 사외로 유출된 것이므로 재고자산 취득 당시 귀속으로 상여 처분하는 것이 타당하다.

나. 청구법인과 같이 장기임대 후 분양하는 특수한 형태의 경우 과세관청에서 국세기본법상의 장부 의무보유기간이나 국세의 부과제척기간 내에 성실신고 검증 등의 조치를 취했어야 하므로 당초 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

 공사원가의 근거가 없는 상황에서 법인의 공공임대주택분양전환시 시·군·구청에 승인을 받기 위해 임대주택 분양전환승인신청서를 제출하고 있으므로 이를 근거로 하여 분양원가를 재계산하여 추계결정한 처분은 근거과세에 반하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가.쟁 점

  법인세 추계결정시 상여처분한 소득금액의 귀속시기

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제16조 【근거과세】

  ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

  ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

  ④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

  ⑤ 제4항의 요구는 구술(구술)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

 2) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

   1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

   2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출・매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(추계)할 수 있다.

  ④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

 3) 법인세법 제67조【소득 처분】

  제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(상여)・배당・기타사외유출(기타사외유출)・사내유보(사내유보) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 4) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

  ① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2011.6.3>

   1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

   2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재・상품・제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

   3. 기장의 내용이 원자재사용량・전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

  ② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

   1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

    가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

    나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

    다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

   2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재・지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

 5) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ② 제104조제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

  ③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

다. 사실관계

 1) 청구법인의 기본사항 및 신고내용

  ○ 업 종 : 건설/주택공사업

  ○ 개업일 : 1996.10.23.(계속사업자)

  ○ 2010사업연도 법인세 신고내용 요약

  ○ 대표이사 변경이력

2) 세무조사 내용

  ○ (당초조사내용) 분양원가 818,269,000원, 건물수선비 61,700,000, 기타수수료 57,700,000원 합계 937,669,000원에 대하여 손금불산입 상여처분하여 법인세 358,261,726원 과세예고통지

   - 과세전적부심사 결과 분양원가 484,376,779원에 대하여 감액결정* 및 재조사 결정됨

  ○ (재조사 결정) 분양원가 333,892,221원, 건물수선비 61,700,000, 기타수수료 57,700,000원 합계 453,292,221원에 대하여 손금불산입 상여처분하여 법인세 174,050,270원 고지·결정함

   - 청구법인은 분양원가의 상여처분에 대하여만 심사청구 제기함

 3) 청구법인의 2010년 법인세 결산시 계상한 분양전환 수입금액, 공사원가 계상액과 관할 지방자치단체에 분양전환 신고시 건설원가 신고금액

(단위 :원)

 4) 공사원가 계산방법(법인세 신고 및 결정)

  ○ (법인세 신고) 청구인에 대한 2014.6.24. 작성한 문답서에 의하면 공사원가 계상액은 임대주택자산(아래표ⓑ)에서 분양전환비율(분양면적/총면적,ⓒ)에 따라 산정하였으며 임대주택자산에 대한 산정근거는 10여 년전의 일이고 부도 및 은행에 관리가 들어간 회사라서 보관하고 있지 않다고 진술함

  ○ (법인세 결정) 처분청이 청구법인의 2010년 귀속 분양전환 수입금액에 대한 분양원가를 산정한 근거는 청구법인이 지방자치단체에 임대주택 분양전환 승인 신청시 제출한 세대별 건설원가총액(ⓔ)에 분양전환 비율(ⓒ)에 따라 결정함

  ○ 법인세 신고 및 결정시 공사원가 상세내역(표1)

(단위 :원)

  - 임대주택자산 신고원가 기준(표1ⓑ)의 계상근거

   · 조사청에서 청구인의 문답서 등에 의한 임대주택자산에 대한 산정근거는 없는 것으로 확인됨

 - 분양전환신고시 건설원가 신고금액(표1ⓓ)의 계상내역

   · 처분청에서는 임대주택 분양전환 승인신청서 관련서류를 지방자치단체로부터 수보하여 건설원가를 산정하여 결정함

   · 그 중 ** 27평형 174세대의 승인신청서

(단위:원)

  ○ 청구법인의 법인세 신고시 제출한 대차대조표의 자산내역

(단위:원)

4) 과세전적부심사청구 결정문(재조사 결정) 주요내용

  ○ 청구법인은 매년 지급증빙에 의하여 정상적으로 신고하였다고 주장하면서 2009년 및 2010년 임대주택채권내역을 제출하였으나, 2008년부터 2010년까지 제출한 분양원가명세서에 따르면 당기총공사비용의 구성항목이 외주비로만 구성되어 있어 분양원가에 대한 구체적인 근거자료의 제시가 없으며, 손익계산서의 경우 연도별 원가율의 편차가 크고 2003년 및 2005년의 기말재고금액의 차기 계상금액이 없는 것으로 확인되고 있어 청구법인이 정상적인 재무제표를 제출하였다고 보기 어려워 보임

  ○ 처분청에서는 청구법인이 분양원가에 대한 구체적인 증빙서류를 제출하지 못하고 있으므로 임대주택 분양승인신청 시 제출하는 임대주택 매각가격 산출근거에 따른 공사원가를 분양원가로 보아 법인세를 결정하였으나 이는 표준건축비에 의한 공사원가로 실제 분양원가와는 거리가 있어 합리적인 분양원가 산정근거로 보기는 어렵다고 판단됨

  ○ 따라서, 이 건 과세전적부심사청구는 재조사를 통하여 실제 분양원가를 확인하여 결정하여야 할 것으로 판단됨

 5) 과세전적부심사청구시 청구인 주장내용

  ○ 청구법인의 대표자 ○○○은 2004년 4월경부터 2008년 6월경까지 청구외 **상호저축은행에 경영권을 빼앗기는 특수한 상황으로 건설원가의 증빙이 불충분하다고 주장함 (제주지방법원 제1민사부 판결문과 진술서 제출)

  ○ 청구법인이 분양전환 승인신청시 지방자치단체에 보고한 건설원가가 실제 공사원가와 무관하다고 주장하면서 주택원가의 산출근거 및 성격, 공공건설임대주택 분양전환가격 산정기준, 임대주택의 분양전환승인 통보 공문을 제출함

 6) 과세전적부심사청구 재조사 내용

  ○ 실제 분양원가 검토

   - 조사착수 후 대표자에게 2010년 임대주택 분양전환분에 대한 분양원가와 관련한 근거서류 제출을 수차례 요구하였으나 2014.11.10. 우리서에 출서하여 “분양원가와 관련한 근거서류를 보관하고 있지 않다”고 최종 진술(문답서 작성)함

   - 공사와 관련하여 실제로 지출한 금액을 확인할 수 있는 장부 또는 증빙서류(세금계산서, 계산서, 공사계약서, 기타서류)가 없어 실제 분양원가를 확인하여 결정하는 것은 어렵다고 판단됨.

  ○ 법인세 추계결정 대상 여부 검토

   - 법인세법 시행령 제104조제1항에서 장부·증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에는 추계결정 하도록 규정하고 있음

   - 청구법인은 10년∼15년전에 준공한 임대주택에 대하여 재무재표 등에 자산으로 계상한 후 의무임대기간이 끝나면서 분양을 하는 사업연도에 해당 자산을 분양원가를 대체하는 방법으로 법인세를 신고하는 업체로 10∼15년전 공사원가에 대한 지출증빙을 보관하는 것이 현실적으로 어려운 특수한 사정이 있다고 판단됨

   - 추계로 법인세를 결정할 경우 법인세법 시행령 제104조 추계결정 및 경정에 의거 수입금액에서 매입비용, 임차료, 인건비, 기준경비율을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정하도록 규정되어 있어 추계로 결정한 과세표준은 32,327백만원이며, 세액은 12,677백만원임

   - 매입비용 및 인건비가 조사업체의 주요 필요경비이나 이를 공제할 수 있는 증빙서류가 없어 추계결정 과표 및 총세액이 비정상적으로 높게 산출되며 이는 재조사결정내용에서 주문한 합리적인 분양원가나 실제 분양원가로 보기 어렵다고 판단됨

  ○ 표준건축비에 의한 분양원가 적정여부 검토

   - 공사원가에 대한 실질적인 근거가 없는 상황에서 법인의 공공임대주택 분양전환시 시·군·구청에 승인을 받기 위해 ‘임대주택 분양전환 승인신청서’를 제출(임대주택법 관련규정에 의하여 신청서에 분양전환가격산정의 근거서류를 첨부)하고 있으므로 지자체에 공문 요청하여 이를 확인하고 분양원가를 재계산한 표준건축비에 의한 분양원가가 가장 합리적인 분양원가 산정근거로 보이며 조사대상자도 문답서를 통하여 이를 확인함.

   - 문답서 주요내용

라. 판단

  청구법인은 분양원가 과다계상분은 재고자산 취득 당시 귀속으로 소득금액 변동통지하여야 한다고 주장하고 있는바 이에 대하여 살펴본다.

  「법인세법」제66조, 제67조, 같은 법 시행령 제104조에 의하면 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하나, 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계결정 하여야 한다고 규정하고 있다.

  살피건대, 공사원가에 대한 실질적인 근거가 없는 상황에서 법인의 공공임대주택 분양전환시 시·군·구청에 승인을 받기 위해 ‘임대주택 분양전환 승인신청서’를 제출하고 있는바, 표준건축비에 의한 분양원가가 가장 합리적인 분양원가 산정근거로 보이는 점, 청구인도 문답서를 통하여 다른 합리적인 방법이 없다고 진술한 점, 분양전환신고시 건설원가 신고금액은 분양당시인 2010년을 기준으로 분양원가를 산정한 점 등으로 비추어 볼 때 추계소득금액을 재고자산 취득 당시 귀속으로 소득처분하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.