주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 ○○시 △△구 912번지 A아파트 제514동 제405호(이하 “쟁점주택”이라 한다)와 ○○시 □□구 518-46 B자이빌 제201호 등 15채의 도시형생활주택(이하 “장기임대주택”이라 한다)을 소유하다가 2014.4.11. 쟁점주택을 820,000천원에 양도하였다.

나. 청구인은 쟁점주택에서 2년 이상 거주하지 아니하여「소득세법」(2014.1.1. 개정된 것)제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령(2014.7.28. 개정되기 전의 것) 제155조제19항에 따른 1세대 1주택 비과세에 해당하지 않는 것으로 판단하고, 쟁점주택의 양도에 대하여 2014.7.31. 양도차익 699,971,827원에서 장기보유특별공제(30%) 209,991,548원을 공제한 후, 양도소득금액 489,980,279원에 대하여 183,969,092원의 양도소득세를 기한후 신고하면서 이 중 81,517,560원을 납부하고, 102,451,532원은 납부하지 않았다.

다. 처분청은 쟁점주택에 대하여 1세대 1주택에 적용되는「소득세법」제95조제2항표2의 장기보유특별공제(이하 “표2의 장기보유특별공제”라 한다)율 80%를 적용하지 아니하고 표1의 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2014.10.4. 신고시인결정하고, 2014.10.13. 과소납부세액 102,451,532원에 대해 납부불성실가산세를 더하여 105,356,200원을 고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015.2.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

표2의 장기보유특별공제 규정의 입법취지 및 일시적 2주택자에 대한 기존해석사례에 의하면, 쟁점주택은 1세대 1주택으로 보는 주택에 해당하여 표2의 장기보유특별공제율을 적용하여야 함

「소득세법」제95조제2항 표2의 장기보유특별공제 규정의 입법취지가 “장기간 보유한 자산의 세부담을 완화하는 제도의 취지에 맞게 2년 이상 거주요건을 충족하지 아니한 ‘「소득세법 시행령」제155조의 규정에 의해 1세대 1주택으로 보는 주택’에 대하여 세부담을 완화”하는 데 있고, 같은 법 시행령제159조의2의 규정이 같은 법 시행령제155조 전체를 대상으로 하고 있는 점으로 보아

같은 법 시행령 제155조제19항의 요건 중 거주요건을 충족한 거주주택은 1세대 1주택 비과세에 해당하고, 거주요건을 충족하지 못한 경우에는 ‘같은 법 시행령제155조에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하는 것으로 보아 쟁점주택의 양도차익에 대하여 같은 법 제95조제2항 단서 규정의 표2의 장기보유특별공제가 적용되어야 한다(재산세과-483, 2009.10.16. 참고).

3. 처분청 의견

거주요건을 충족하지 않은 쟁점주택은 1세대 1주택으로 보는 주택에 해당하지 아니하여 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음

가. 국세청 해석사례(부동산납세과-608, 2014.8.22.)에 의하면, “장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 1세대가「소득세법 시행령」제155조제19항의 요건을 충족한 해당 1주택(거주주택)을 양도할 때 같은 법 제95조2항 후단의 표2에 따른 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것”이라고 명확히 하고 있다.

나. 청구인의 쟁점주택은「소득세법 시행령」제155조제19항의 요건 중 거주요건을 충족하지 못한 주택에 해당하므로 처분청이 같은 법 제95조제2항 표1에 의한 공제율(30%)을 적용하여 기한후 신고시인 결정하고, 과소납부세액에 대해 고지․결정한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

거주요건을 충족하지 않은 쟁점주택을 1세대 1주택으로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

 1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1>

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

 2-1) 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】 [2011.06.03. 개정된 것]

  ① 법 제89조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 2010.2.18, 2011.6.3>

 2-2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】[2011.06.03. 개정되기 전의 것]

  ① 법 제89조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(○○특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 2010.2.18>

 3) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27>

   1. 토지[「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 4-1) 소득세법 제95조【양도소득금액】[2002.12.18. 개정된 것]

  ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. <개정 2002.12.18>

  2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

    양도차익의 100분의 15[제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

   3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

     양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

 4-2) 소득세법 제95조【양도소득금액】[2005.12.31. 개정된 것]

  ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제1항제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. <개정 2002.12.18, 2003.12.30, 2005.12.31>

   3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

     양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

 4-3) 소득세법 제95조【양도소득금액】[2007.12.31. 개정된 것]

  ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이 아닌 자산의 공제율은 100분의 30을 한도로 한다. <개정 2007.12.31>

 4-4) 소득세법 제95조【양도소득금액】[2008.03.21. 개정된 것]

  ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2007.12.31, 2008.3.21>

 4-5) 소득세법 제95조【양도소득금액】[2008.12.26. 개정된 것]

  ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2008.12.26>

 4-6) 소득세법 제95조【양도소득금액】[2014.01.01. 개정된 것]

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2012.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1>

 5-1) 소득세법 시행령 제159조의2【기준면적미만 고가주택】[2003.07.30. 개정된 것]

  법 제95조제2항제2호에서 "대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

   1. 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택

   2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택

 5-2) 소득세법 시행령 제159조의2 【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】[2005.12.31. 개정된 것]

  법 제95조제2항제3호 단서에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조・제155조의2・제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

 5-3) 소득세법 시행령 제159조의2【장기보유특별공제】[2008.02.22. 개정된 것]

  법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. <개정 2008.2.22>

 6) 소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】

  ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. (후단 생략)<개정 2013.2.15>

  ⑲ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이「임대주택법 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2013.2.15>

   1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

   2. 장기임대주택: 양도일 현재 장기임대주택을 「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

 7) 소득세법 시행령 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례】

  ⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 "대체주택"이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 2014.2.21>

   1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

   2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 2년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주하여야 한다.

   3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것

 8) 소득세법 시행령 제156조【고가주택의 범위】

  ① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. <개정 2014.2.21>

다. 사실관계 등

1) 쟁점주택의 고가주택 해당여부 및 2년이상 거주 여부

쟁점주택에 대한 등기사항 전부 증명서에 의하면, 청구인은 1989.2.28. 취득한 쟁점주택을 2014.4.11. 820,000천원에 양도하여 양도가액이 9억원 이하로서 고가주택에 해당하지 않고, 보유기간은 25년 1월이 넘는 사실이 쟁점주택의 등기부등본에 의하여 확인되며, 청구인이 쟁점주택에서 2년이상 거주한 사실이 없는 것에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2) 장기임대주택에 대한 임대사업자등록 여부 등

청구인은 장기임대주택에 대하여 2012.12.17. 건설임대주택으로 □□구청에 임대사업자로 등록하였으며, 같은 날 C세무서에 사업개시일을 2012.12.12.로 하여 주택임대사업자로 사업자등록 신청하였음이 □□구청 임대사업자등록증 및 국세통합전산망에 의하여 확인되며, 이 건 장기임대주택이「소득세법 시행령」제155조제19항의 장기임대주택에 해당한다는 것에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

 3) 청구인의 쟁점주택에 대한 양도소득세 기한후 신고 및 처분청의 신고시인결정 및 과소납부세액 고지

청구인은 2014.7.31. 처분청에 쟁점주택 양도에 대하여 양도가액 820,000천원에서 취득가액 117,652천원, 필요경비 2,376천원을 차감하여 양도차익 699,971천원으로 계산한 후에 장기보유특별공제(30%) 209,991천원을 차감한 양도소득금액 489,980천원에 대하여 납부할 세액 183,969천원으로 양도소득세를 기한후 신고하면서 이 중 81,517,560원을 납부하고, 102,451,532원은 납부하지 않았다.

 이에 처분청은 쟁점주택에 대하여 1세대 1주택에 적용되는「소득세법」제95조제2항 표2의 장기보유특별공제(이하 “표2의 장기보유특별공제”라 한다)율 80%를 적용하지 아니하고 표1의 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2014.10.4. 신고시인결정하고, 2014.10.13. 과소납부세액 102,451,532원에 대해 납부불성실가산세를 더하여 105,356,200원을 고지한 사실이 쟁점주택의 양도소득세 과세표준 신고서 및 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

4) 쟁점주택에 대한 장기보유특별공제율의 차이(30% 또는 80%)에 따른 이 건 양도소득세 총결정세액 차이

청구인이 주장하는 표2의 장기보유특별공제율 80%를 적용할 경우와 처분청이 적용한 표1의 장기보유특별공제율 30%를 적용한 것과의 이 건 양도소득세 총결정세액의 차이는 다음과 같다.

< 장기보유특별공제율 적용차이에 따른 양도소득세 비교> (단위 : 천원)

5) 1세대 1주택에 대한 연도별 장기보유특별공제율과 개정세법 연혁별 입법취지 등

1세대 1주택에 대한 연도별 장기보유특별공제율과 개정세법 해설상 연혁별 입법취지 등을 정리하면 아래와 같다.

가) 연도별 장기보유특별공제율

< 2006.1.1. 개정전 >

◦기준면적미만의 고가주택의 범위

-공동주택(아파트등) :전용면적 45평 미만

-단독주택:건평 80평 미만이고 동시에 대지 150평 미만인 것

 < 2006.1.1. 개정후 >

나) 2003년 개정

다) 2006년 개정

라) 2008년 개정

마) 2009년 개정

6) 1세대 1주택 비과세 2년 거주요건 폐지(2011.6.3.) 및 임대주택 사업자의 거주용 자가주택 세제지원(2011.10.14.)

가) 1세대 1주택 비과세 2년 거주요건 폐지(2011.6.3.)

나) 임대주택 사업자의 거주용 자가주택 세제지원(2011.10.14.)

라. 판단

살피건대, 2014.1.1. 개정된「소득세법」제95조제2항은 “제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대한 장기보유특별공제액이란 그 자산의 양도차익에 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하고 있고,

2008.2.22. 개정된 같은 법 시행령 제159조의2는 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다”라고 규정하고 있다.

한편, 과세형평을 감안하여 장기간 보유한 자산의 세부담을 완화하는 제도의 취지에 맞게 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제제도 개선으로 2006.1.1. 이후 양도분부터 2년 이상의 거주요건을 충족하지 못해 1세대 1주택 비과세를 적용받지 못하는 1세대 1주택에 대하여 장기보유특별공제율을 상향조정하였고,

「소득세법 시행령」154조제1항의 비과세 요건 중 2년 이상 거주요건은 2011.6.3. 이후 양도분부터 주택거래 활성화를 지원하기 위해 폐지된 반면, 임대주택공급 활성화 유도를 위해 주택임대사업에 따른 거주용 자가주택의 양도소득세 부담완화하여 신설한 같은 법 시행령 제155조제19항은 거주주택에 대해 ‘2년 이상의 거주요건’을 별도로 규정하여 2011.10.14. 이후 양도분부터 적용하고 있는바,

2006.1.1. 이후 양도분부터 2년 이상의 거주요건을 충족하지 못해 1세대 1주택 비과세를 적용받지 못하는 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제제도 개선시 감안한 거주요건은 2011.6.3. 폐지된 ‘같은 법 시행령 154조제1항이 규정’한 2년 이상의 거주요건을 의미하는 것으로서 이 건「소득세법」제95조제2항 표2의 장기보유특별공제의 적용대상을 판단함에 있어 2011.10.14. 신설된 같은 법 시행령 제155조제19항이 규정한 거주요건까지 포함한 것으로 볼 수 없다고 할 것이다.

따라서,「소득세법 시행령」155조․제155조의2․제156조의2에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택의 경우 같은 법 시행령 제155조제19항을 제외한 규정은 대부분 그 자체에 거주요건에 대한 규정이 없으나, 같은 법 시행령 제155조제19항은 ‘거주주택에서 거주한 기간이 2년 이상일 것’을 규정하고 있어, 같은 법 시행령 제155조제19항에 따른 1세대 1주택으로 보는 주택이 되기 위해서는 거주요건이 충족되어야 하는바, 이 건 쟁점주택의 경우 2년 이상의 거주요건을 충족하지 못하여 1세대 1주택으로 보는 주택 자체에 해당되지 않고, 나아가 1세대 1주택으로 보는 주택에 해당하지 않는 이상 쟁점주택의 양도차익에 대하여 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다고 할 것이다(부동산납세과-608, 2014.8.22. 같은 뜻).

이상의 관련법령과 사실관계를 종합하면, 처분청이 쟁점주택의 양도차익에 대하여 30%의 장기보유특별공제율을 적용한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.