주 문

○○세무서장이 2014.12.1. 청구인에게 한 2011년 과세연도 종합소득세 778,474,100원 및 2012년 과세연도 종합소득세 102,285,040원 합계 880,759,140원의 부과처분은,

1. 쟁점 1)과 관련하여 2011년 과세연도의 총매출누락 금액 및 위장매출 금액에 대한 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 쟁점 2)와 관련한 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. $$지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.9.16.부터 청구인이 대표이사로 재직하고 있던 청구외 주식회사□□육가공(이하 “(주)□□육가공”이라 한다)에 대한 법인 통합조사를 실시하던 중 2014.10.27. 청구인에게 2014.10.27.∼11.21. 개인통합조사를 실시한다는 내용의 세무조사 통지를 하였다.

나. 조사청은 청구인의 제수인 청구외 남△△(이하 “남△△”이라 한다) 명의의 ‘○○육가공’(경기 ○○시 WW동 153-5)의 실사업자가 청구인이라고 판단하여 남△△이 신고한 종합소득세를 취소하고, 청구인에게 2011년 매출누락액 920,374,863원에 대한 종합소득세 524,867,497원, 2011∼2012년 계산서 미발급⋅위장(가공)발급가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다) 각 253,606,608원 및 102,285,046원 등 합계 880,759,151원을 과세하는 세무조사 결과를 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 통지하였으며, 처분청은 이에 따라 청구인에게 종합소득세를 부과하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.3.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 2011년도 매출누락, 가공매출 및 위장매출 내용이 쟁점전산자료 내용과 전혀 다르므로 부과를 취소하여야 하며, 2011∼2012년 귀속 ‘계산서미발급 등 가산세’도 사실과 다르므로 취소하여야 한다.

 조사청은 당초 청구인이 대표이사로 재직하고 있던 ㈜□□육가공에 대한 조사를 진행하던 중 ㈜□□육가공의 컴퓨터에 수록된 쟁점전산자료를 제시받아 조사를 실시하였으며, 해당 컴퓨터에 개인사업자 남△△의 2011∼2012년도 매출자료가 있음을 발견하고, 남△△은 단순한 명의위장자이며 실사업자는 청구인이라고 판단하였다.

조사청은 조사착수에서 종결까지 매출누락으로 부과처분한 내용에 대하여 청구인에게 소명 요구한 사실이 전혀 없었으며, 매출누락 내용을 제시해 달라는 청구인의 요구를 수차례 거절하였다.

조사청은 청구인이 처분청으로부터 납세고지서를 송달받은 이후인 2014.12.10. 청구인의 강한 항의에 매출누락으로 정리한 간단한 매출누락명세서를 제시하였고, 이 사건 불복청구 준비 중이던 2015.2.16.에서야 쟁점전산자료에서 발췌한 ‘일자별 매출누락 명세’를 제공하였다.

청구인이 남△△ 명의의 사업장에서 사용한 ‘경영박사’ 프로그램은 거래명세서와 계산서를 발행하고 관리하기에 용이한 간이회계프로그램으로서, 수회에 걸쳐 발행되는 거래명세표를 신속⋅정확하게 발행하고, 매출계산서를 직접 입력하여 발행하기 위하여 사용하였다.

조사청은 2011년 귀속 총매출누락 2,767,918,863원, 가공매출 34,000,000원, 위장매출 1,813,544,000원 등으로 산정하고, 차이 금액(920,374,863원)을 순매출누락으로 확정하였다.

조사청에서 과세근거로 삼은 쟁점전산자료의 2011년도 총 매출금액은 11,712백만원이며(근거 : 2011년 ‘경영박사’ 프로그램상 매출 파일), 청구인이 신고한 2011년 종합소득세 매출금액은 11,760백만원으로, 이를 비교해 보았을 때 청구인이 신고한 매출금액이 오히려 약 37백만원 더 많으므로 쟁점전산자료를 근거로 해서는 매출누락이 없는 것으로 보아야 한다.

그러나, 조사청은, ① 쟁점전산자료 상 매출거래 내역 중에서 사업자등록번호가 기재되지 아니한 것을 “매출누락(2,767,918,863원)”으로 분류하였고, ② 청구인이 신고한 “매출계산서합계표의 매출명세”에는 기록되어 있으나, 쟁점전산자료에는 없는 것을 “위장매출(1,813,544,000원)”로 분류하였으며, ③ ㈜□□육가공과 거래한 것은 전액 “가공매출(34,000,000원)”로 하여 순매출누락액(920,374,863원)을 산정(①­②­③)하였다.

청구인은, 이 사건 불복청구를 위하여 조사청에 요구하여 메일로 받은 쟁점전산자료의 총 매출(11,712,301,158원) 거래내역을 ⓐ 사업자등록번호 기재분과, ⓑ 사업자등록번호가 미기재분으로 분류하였다.

쟁점전산자료에서 사업자등록번호가 확인되지 아니한 명세의 거래처를 일일이 찾고 확인하여 계산서가 발행된 것을 세부적으로 구분하여 최대한 집계한 결과, ⓐ 항목은 9,231,379,092원으로, ⓑ 항목은 2,490,922,066원으로 확인되었다(근거 : 2011년 ‘경영박사’ 프로그램상 매출 파일).

또한, ⓐ 항목은 사업자등록번호 順으로, ⓑ 항목은 거래처 상호 順으로 세부적으로 정리하였으며, 그 중 사업자등록번호 順으로 분류된 항목의 명세와 청구인이 종합소득세 신고 시 제출한 “매출계산서합계표”의 계산서 내역을 대사한 결과, “매출계산서는 발행되었으나 쟁점전산자료에 없는 것”, 즉 조사청에서 ‘위장매출’로 본 명세에서 누락된 금액이 967,016,092원임을 확인하였다(근거 : 거래명세표 없이 계산서 발행내역(위장매출) 누락분 명세).

조사청에서는 이 사건 종합소득세 부과처분의 근거로 산정한 청구인의 매출누락 금액 920,374,863원을 총 매출누락(2,767,918,863원)에서 가공매출(34,000,000원)과 위장매출(1,813,544,000원)을 차감하여 산출하였으므로, 청구인이 확인한 위장매출 누락금액 967,016,092원을 추가하면 순 매출누락 금액은 없는 것이다.

청구인이 확인한 내용과 조사청의 조사내용을 대차대조의 형태로 표시하면 다음과 같다.

〔2011년도 청구인(남△△) 매출현황 분석〕

청구인이 조사청의 조사결과를 확인한 결과, 매출누락으로 본 내용은 청구인의 소명 없이 사실과 다르게 조사기관 임의로 확정한 것으로 판단된다.

조사청은 쟁점전산자료와 ‘매출계산서합계표’를 단순 대사하여 ‘거래처 상호입력내용의 상이함(약칭)’, ‘영업담당자의 호칭으로 전산입력 후 거래처 상호로 발행’ 등 특정한 원인으로 인해 명세 상호간 연결이 어긋나는 부분을 전부 매출누락으로 확정한 것으로 보인다.

청구인은 쟁점전산자료 중 2011년 자료를 ①사업자등록번호가 확인되는 것과 ②그렇지 아니한 것으로 나누어 세밀하게 구분하였으며, 사업자등록번호가 확인되지 아니하는 ②번 항목의 내역을 거래처 명칭 순으로 나열하여 명세를 정리하고, 조사청에서 제시한 ‘계산서 미발행 매출’이라는 명세와 비교한 결과 조사청에서 매출누락에 포함한 거래 중 279,708,542원은 계산서가 발행된 사실을 확인하였다(근거 : ○○육가공 계산서 미발행 매출 중 분류오류 명세).

또한 조사청에서 제시한 ‘계산서 미발행 매출’에 이부장(67백만원), 김부장(403백만원), 동광(755백만원), 사랑이(102백만원) 등의 명칭으로 입력된 거래는 영업담당자와 배송담당자의 호칭으로써, 그들이 관리하던 해당 거래처 명의로 이미 계산서가 발행된 것을 확인하였다.

조사청에서 ‘거래명세서 없이 계산서 발행’이라고 작성한 명세와 소위 ‘위장매출’이라고 표현하고 있는 명세는 매출계산서 목록이다. 쟁점전산자료는 입력의 신속함과 편의를 위하여 거래처의 ‘상호’를 ‘약어’로 줄여 입력되어 있으며, 모두 매출계산서가 발급된 것으로 확인되므로 신고누락은 없는 것으로 확인된다.

나. 조사청은 청구인을 실사업자로 판단하여 쟁점가산세를 부과하였으나, 청구인은 가산세 적용대상이 아니다. 조사청은 당초 남△△ 명의로 사업자등록이 되어 있던 ○○육가공(경기 ○○시 WW동 153-5)을 실제로는 청구인이 경영한 것으로 판단하여 2011∼2012년 과세연도 종합소득세 일체를 청구인에게 부과처분 하였다.

소득세법 제81조(가산세) 제3항의 규정에 의하면 계산서와 관련한 가산세는 ‘복식부기의무자’에 해당하여야 적용할 수 있도록 규정되어 있다.

그러나, ○○육가공 남△△은 2010년 11월에 개업하여 그 해 수입금액이 15백만원에 불과하였으므로 ‘간편장부대상자’에 해당하며, 청구인의 경우 ‘사업자가 경정․결정으로 복식부기의무자에 해당하는 경우에는 경정․결정하는 날이 속하는 과세기간까지는 간편장부대상자로 본다.’는 소득세법 시행령 제147조의5(경정 등의 경우 가산세 적용특례) 규정에 의하여 ‘간편장부대상자’에 해당된다.

따라서 단순 명의위장사업자인 청구인에게 이 사건 종합소득세를 부과하면서 적용한 쟁점가산세(2011년 253,606,608원, 2012년 108,104,968원)는 마땅히 취소되어야 한다.

소득세법 제81조 제3항은 2010.12.27.자로 개정된 것으로 ‘계산서불성실가산세를 세금계산서불성실가산세’ 수준으로 강화하여 계산서 교부질서의 정상화를 유도하기 위하여 제정된 것으로, 계산서의 미발급과 계산서의 가공발행을 방지하고자 세금계산서에 부과하는 가산세와 동일하게 2%의 가산세를 적용하도록 강화되었다. 가산세의 적용대상은 “재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서를 발급한 경우”로서 사업을 하는 자가 자신의 매출을 위장하고자 타인의 명의로 계산서를 발급하는 경우에 한하여 적용하여야 하는 것이다.

청구인의 경우는 청구인의 명의로 사업을 할 수 없는 사정으로 인해 남△△ 명의로 등록한 사업자번호로 매출계산서를 발행한 것은 단순한 명의위장의 경우로써 소득세법 제81조 제3항의 규정의 가산세 적용대상에 해당되지 아니하는 것이다.

3. 처분청 의견

가. 쟁점전산자료 중 거래처의 사업자번호가 없는 건을 계산서미발행(수입금액누락)으로 처분하였으며, 매출계산서는 발행한 것으로 신고하였으나 쟁점전산자료에 없고 계좌거래내역 등 금융증빙도 없는 건을 가공매출로 보아 처분한 것이다.

조사청의 조사내용과 청구인의 주장을 도표로 비교해보면 아래와 같다.

조사청은 쟁점전산자료 중 사업자번호 없이 관리되고 있는 거래금액(A)에서 가공매출(C)을 제외하여 매출누락으로 보아 과세하였다.

청구인은 조사청이 위장매출(C)로 공제한 금액 외에도 거래명세표는 없으나 계산서를 발행한 건이 존재하므로 이를 추가하여 재경정해야 한다고 주장한다.

청구인이 이 건 심사청구 시 조사청의 위장매출 조사내역 중 누락된 것이라고 주장하는 967,016,092원의 명세를 검토한 결과, 쟁점전산자료 중 사업자등록번호가 포함된 자료로서 거래상대방으로부터의 확인이 없이 청구인의 주장만으로 이를 위장매출로 볼 수 없으며, 원시장부에 사업자번호와 함께 관리하고 있지 않은 계산서 발행 거래처만을 위장매출로 처분한 조사청의 처분기준과 일치하지 않아 인정할 수 없다.

매출누락으로 처분된 금액 중 분류 오류로 계산서를 정상발행한 건이 포함되었다는 주장은, 상호가 비슷하다고 하여 거래명세표의 매출이 계산서를 기발행한 매출이라 볼 수는 없고, 거래처별 계산서 발행금액 합계액과 거래명세표상 합계액이 일치하지 않아 차액 발생사유를 같이 제시하여야 할 것이나 이에 대한 언급이 없다. 또한 사업자번호 없이 거래명세서를 관리한 사유 및 구체적인 금융증빙 등을 제시하지 않으므로 이를 받아들일 수 없다.

거래명세서상 거래처란에 ‘이부장’, ‘김부장’, ‘동광’, ‘사랑이’ 등은 영업⋅배송담당자의 직책 또는 별명으로 계산서가 정상 발행되었다고 주장하나, 이들에 대한 급여지급 내역이 없으며, 확인서 외에는 계산서발행 내역과 연관 지을 수 있는 금융거래증빙 등이 전혀 없으므로 원시장부 상 사업자번호 없이 거래한 금액을 ‘계산서미발행건’으로 보아 경정한 당초 처분은 정당하다.

나. 2010년 청구인 명의로 신고한 수입금액과 2011년 남△△ 명의로 신고한 수입금액을 기준으로 판단할 경우 ‘복식부기의무자’에 해당하므로 쟁점가산세 부과는 적법하다.

 청구인은 2011∼2012년에 청구인의 친인척인 남△△의 명의로 사업자등록을 하였고, 청구인은 이 사실을 시인하여 확인서를 제출하였으며 남△△도 명의대여 사실을 인정하였다.

청구인은 2011년과 2012년에 ‘복식부기의무자’에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나, 기장의무를 인별로 판단하는 소득세법에 따라 2010년 청구인 명의로 신고한 수입금액과 2011년 남△△ 명의로 신고한 수입금액을 기준으로 판단할 경우 ‘복식부기의무자’에 해당하고, 사실과 다른 계산서를 발행하였으므로 쟁점가산세 적용은 정당하다.

청구인은 타인 명의로 사업자등록을 하여 매출누락, 위장․가공매출, 매입누락, 가공매입 등 세법질서를 어지럽혔고 세무조사 당시 조사청의 소명요구에 응하지도 않았다. 또한 청구인은 조사청이 확보한 원시장부의 존재 자체를 부인하는 내용으로 이의신청을 제기하였으나 기본 사실관계와 부합되지 않아 취하한 후 본 심사청구를 제기하였다.

이 건 심사청구와 관련하여 청구인의 주장은 그 근거가 부족하므로 처분청이 과세한 처분은 정당하다.

다. 청구인이 근무하고 있는 경기 ○○시 oo구 oo동 206-8번지(현재 (주)□□ 000-00-00021) 소재 사업장 내 PC에 과거 청구인의 사업을 위하여 사용한 ‘경영박사’ 프로그램의 원시장부가 확인되었고, 이 중 매출관련 내역은 청구인이 경기 ○○시에 최초 사업자등록한 시점과 비슷한 2009.3.18.부터 입력되었으며, 또한 최종거래일(2012.9.26.)은 남△△ 명의의 ‘○○육가공’ 폐업일과 유사하다.

라. 조사청은 청구인이 대표이사로 재직하고 있는 (주)□□육가공에 대한 세무조사 중 청구인 개인사업에 있어서도 동일 혐의가 확인됨에 따라 추가로 세무조사대상으로 선정하고 그 취지를 설명한 후 세무조사 통지하였고, 이후 조사공무원의 출장 및 청구인의 조사청 사무실 방문 시 등 조사내용에 대한 소명을 요구하였으나 결국 조사기간 종료 시까지 관련 서류 등을 제출하지 않았다.

마. ○○육가공의 2011년 귀속 사업장현황신고서 상 총매출액은 11,717백만원으로, 이중 계산서발행매출은 11,489백만원이며, 기타 소매매출 신고금액은 228백만원(총매출액 대비 1.9%)에 불과하여 주로 도매업을 영위한 것으로 신고하였다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1) 2011년 과세연도 매출누락으로 조사한 금액이 적정한지 여부

 2) 2011∼2012년 과세연도 ‘계산서미발급등가산세’ 부과가 적정한지 여부

나. 관련법령

 1) 소득세법 제24【총수입금액의 계산】

  ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

  ② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

  ③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2) 소득세법 제80조【결정과 경정】(2013.01.01. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조⋅제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조⋅제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

   1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

   4. 제163조 제5항에 따른 매출⋅매입처별 계산서합계표 또는 제164조⋅제164조의2에 따른 지급명세서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

  ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 다시 경정한다.

 3) 소득세법 제81조【가산세】(2013.01.01. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)

  ③ 제160조제3항에 따른 복식부기의무자가 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1(제2호 및 제3호의 경우 제출기한이 지난 후 1개월 이내에 제출하는 경우에는 공급가액의 1천분의 5를 말한다)에 해당하는 금액을 결정세액에 더하고, 제4호에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 2에 해당하는 금액을 결정세액에 더한다. 다만, 제4항 또는「부가가치세법」제22조제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

   1. 제163조제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서에 대통령령으로 정하는 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 제2호가 적용되는 분은 제외한다.

   2. 제163조제5항에 따른 매출⋅매입처별 계산서합계표를 같은 항에 따라 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 합계표에 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 매출⋅매입처별 계산서합계표의 기재 사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분과 제4호가 적용되는 분의 매출가액 또는 매입가액은 제외한다.

   4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

    가. 제163조제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급하지 아니한 경우

    나. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제163조제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급한 경우

    다. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 제163조제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급받은 경우

    라. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서를 발급한 경우

    마. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서를 발급받은 경우

  ⑭ 제1항, 제3항부터 제7항까지 및 제9항부터 제12항까지의 규정은 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.

 4) 소득세법 제160조【장부의 비치⋅기록】(2013.01.01. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)

  ① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록⋅관리하여야 한다.

  ③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 “간편장부대상자”라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 “복식부기의무자”라 한다.

  ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 장부⋅증명서류의 기록⋅비치에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5) 소득세법시행령 제208조【장부의 비치⋅기록】(2013.01.16. 대통령령 제24315호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제160조 제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다.

  ⑤ 법 제160조제2항 및 제3항에서 “대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의3 및「부가가치세법 시행령」제74조제2항제7호에 따른 사업자는 제외한다.

   1. 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자

   2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자

    가. 농업⋅임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업, 제122조제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 나목 및 다목에 해당되지 아니하는 사업 : 3억원

    나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기⋅가스⋅증기 및 수도사업, 하수⋅폐기물처리⋅원료재생 및 환경복원업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외하고, 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다), 운수업, 출판⋅영상⋅방송통신 및 정보서비스업, 금융 및 보험업 : 1억5천만원

    다. 부동산임대업, 전문⋅과학 및 기술서비스업, 사업시설관리 및 사업지원서비스업, 교육서비스업, 보건업 및 사회복지서비스업, 예술⋅스포츠 및 여가 관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업, 가구 내 고용활동 : 7천500만원

  ⑦ 제5항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 동호 가목 내지 다목의 업종을 겸영하거나 사업장이 2이상인 경우에는 다음의 산식에 의하여 계산한 수입금액에 의한다.

   주업종(수입금액이 가장 큰 업종을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 수입금액 ＋ 주업종외의 업종의 수입금액 × (주업종에 대한 제5항제2호 각목의 금액 / 주업종외의 업종에 대한 제5항제2호 각목의 금액)

다. 사실관계

 1) 처분청이 청구인에게 한 세무조사 통지내용은 아래와 같다.

 * 수입금액 조사내용 : 2011년 920,374,863원(누락), 2012년 △3,059,284,654원(위장⋅가공)

 2) 청구인에 대한 조사청의 조사결정 내용은 다음과 같이 확인된다.

(단위 : 원)

 3) 청구인의 2011년 과세연도 순매출누락은 아래와 같이 산정되었다.

                                                            (단위 : 원)

 4) 청구인 및 남△△은 세무조사 시 청구인이 남△△의 명의를 빌려 사업자등록하였으며, 청구인이 2011년부터 ‘○○육가공’을 실제 운영하였다는 ‘사실 확인서’를 제출하였음이 확인된다.

 5) 청구인은 조사청이 조사 착수에서 종결까지 매출누락 적출내용에 대하여 청구인에게 소명 요구한 사실이 전혀 없었으며 매출누락 내용을 제시해 달라는 청구인의 요구를 수차례 거절하였다고 주장하나, 조사청은 아래와 같이 조사 시 청구인에게 소명 요구한 사실이 있다며 ‘소명요구서’를 제시하였다.

 6) 조사청의 소명요구서 첨부서류에는 거래처 이름은 기재되어 있으나 사업자등록번호나 연락처는 없다.

 7) 청구인은 조사내용 중 ‘쟁점전산자료에 있으나 계산서가 미발행된 거래(매출누락)’ 및 ‘쟁점전산자료에 없으나 계산서가 발행된 거래(위장매출)’에 아래 금액을 가감하여야 한다고 주장한다.

(2011년 기준) (단위 : 백만원)

 8) 청구인은 조사청이 조사한 매출누락액 2,768백만원에서 아래와 같이 280백만원이 제외되어야 한다고 주장한다.

(2011년 기준) (단위 : 원)

 9) 청구인은 조사청이 조사한 위장매출액 1,814백만원에서 아래와 같이 967백만원이 추가되어야 한다고 주장한다.

(2011년 기준) (단위 : 원)

 10) 청구인은 거래처 이름이 ‘이부장’ 등으로 기록된 쟁점전산자료 금액은 대부분 정상적으로 계산서가 교부되었다고 주장하며 ‘이부장’ 등의 ‘영업거래 경위서’를 제시하였다.

 11) 국세청 전산자료로 확인한 청구인의 사업자등록 현황은 아래와 같다.

 12) 국세청 전산자료로 확인한 청구인의 종합소득세 신고내용은 다음과 같다.

(단위 : 천원)

 13) 청구인이 제출한 심리자료 및 쟁점전산자료를 검토한바 다음과 같은 사실이 확인된다.

  가) 조사청이 ‘위장매출(총매출누락에서 차감된 것)’로 조사한 거래 외 23건(967백만원)이 더 있으므로 추가로 총매출누락에서 차감되어야 한다고 주장하는 거래는 아래와 같은 차이가 있음이 확인된다.

(2011년 기준) (단위 : 원)

  * 청구인은 당초 전산자료금액 없이 계산서만 발행된 것으로 제출

  나) 쟁점전산자료에는 있으나 신고내용이 확인되지 않아 조사청이 매출누락으로 확정한 2,767백만원 중 계산서가 정상 발행되었으므로 차감하여야 한다며 제출한 거래분에 대하여 확인 결과는 아래와 같다.

(2011년 기준) (단위 : 원)

  다) 청구인이 종합소득세 신고 시 제출한 ‘매출처별계산서합계표’와 ‘쟁점전산자료’를 비교한 결과, 아래와 같이 추가적인 사실이 확인된다.

(2011년 기준) (단위 : 천원)

 * 쟁점전산자료 중 사업자등록번호(또는 상호)가 확인되는 자료를 계산서 발행내역과 대사

   * 가공매출(○○육가공 → (주)□□육가공)은 청구인과 조사청간 이견(異見)없음

 14) 쟁점전산자료 중 ‘직책’ 등으로 기재된 거래 금액은 아래와 같다.

                                           (단위 : 백만원)

  * 매출누락 총액에 포함

 15) ‘영업경위서’를 작성한 직원들의 원천징수 등 확인 내용은 다음과 같이 확인된다.

 (단위 : 천원)

라. 판단

 먼저 2011년 과세연도 매출누락에 대한 조사청의 조사 내용이 적정한지에 대하여 살펴본다.

 청구인에 대한 조사청의 조사는 청구인이 사용하던 ‘경영박사 프로그램’ 상 쟁점전산자료에 근거하여 사업자등록번호가 기재되지 아니한 것을 매출누락(2,767,918,863원)으로 하고, 여기에 쟁점전산자료에 없이 신고한 위장매출(1,813,544,000원)과 ㈜□□육가공과 거래한 가공매출(34,000,000원)을 차감하여 순매출누락 금액(920,374,863원)을 산정하였다.

 이에 대하여 청구인은 쟁점전산자료에 ‘이부장’ 등으로 표시된 거래는 편의상 배달⋅영업 등을 담당한 직원의 ‘직책’이나 ‘자녀이름’으로 입력하였으며, 실 거래처로 계산서가 발행되어 매출누락이 아니라는 주장인 반면, 조사청은 이들에게 급여를 지급한 사실이 없어 실제 직원인지가 불분명하므로 계산서가 정상 발행되었다는 사실을 인정할 수 없다는 주장이다.

 조사청이 조사한 2011년 과세연도의 총매출누락 금액은 2,767백만원이며, 이 중 ‘직책’ 등으로 입력된 금액은 1,330백만원으로 48%에 해당한다. 그리고 ‘이부장’ 등 관련 직원은 2013년 10월경 퇴사한 이태오 외에는 현재까지 근무하고 있는 것으로 확인된다.

 그렇다면 조사청은 ‘직책’ 등으로 입력된 금액이 사업자등록번호가 없다는 이유를 들어 매출누락으로 확정하기에 앞서 해당 직원들에 대한 질문조사나 실 거래처라고 주장하는 사업자에 대한 거래처 조사가 필요했음에도 이러한 과정 없이 매출누락으로 확정지은 것은 사실관계 확인을 소홀히 한 잘못이 있어 보인다.

 한편 청구인이 총매출누락 금액에서 차감되어야 할 금액이 더 있다며 제출한 거래분에 대한 확인 결과 청구인의 주장 역시 일부 잘못이 있는 것으로 확인된다.

 결국 쟁점전산자료와 신고내용이 서로 달라 사실관계를 다시 확인해야 할 다수의 거래 건이 있는 점, 총매출누락에서 위장매출과 가공매출을 차감하여 순매출누락으로 확정한 조사청의 논리대로 한다면 청구인이 주장하는 거래분 역시 총매출에서 차감해야 하는 점 등으로 볼 때 총매출누락 금액과 위장매출 금액에 대한 사실관계를 재조사할 필요가 있다고 판단된다.

 다음으로 조사청이 2011∼2012년 과세연도에 대한 ‘계산서미발급등가산세’를 부과한 것이 정당한지에 대하여 살펴보면,

 청구인은 2011년과 2012년에 남△△ 명의로 사업자등록을 하여 사업을 영위하였다는 사실을 인정하고 있는바, 국세청 전산자료에서 확인한 청구인 명의로 신고한 2010년 종합소득세 수입금액과 남△△ 명의로 신고한 2011 종합소득세 수입금액으로 볼 때, 장부비치⋅기장의무 등을 판정함에 있어서 사업자별로 직전연도 수입금액을 기준으로 하는 소득세법 규정에 따라 청구인은 2011년과 2012년 모두 복식부기에 의한 기장의무가 있으므로, 처분청이 쟁점가산세를 적용하여 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.