주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분내용

청구인은 제조업을 영위하는 개인사업자로 2012년 과세연도 종합소득세 성실신고확인대상사업자인데, 성실신고확인서 제출 없이 소득금액을 추계로 계산한 후,｢조세특례제한법｣ 제7조 규정에 의거 중소기업에 대한 특별세액 41,516,800원을 감면세액(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)으로 하여 2013.6.13 2012년 과세연도 종합소득세 124,551,289원을 신고하였다.

감사원은 2014.11.17.∼2014.12.12. 기간 중 실시한 ｢세무대리 등 납세협력제도 운용 실태｣ 감사에서, “성실신고확인대상사업자가 과세기간의 다음 연도 5월 31일 이후 종합소득세를 신고하면서 성실신고확인서를 제출하지 않는 경우, 중소기업특별세액을 감면해 주어서는 아니 된다.”는 사유로 쟁점감면세액은 부당 감면에 해당한다고 보아 감면을 배제하도록 처분지시 하였고, 이에 따라 처분청은 ｢조세특례제한법｣ 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 2015.4.4. 2012년 과세연도 종합소득세 49,699,760원을 과세하였다.

청구인은 이에 불복하여 2015.6.30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구인은 2012년 과세연도 종합소득세 성실신고확인대상사업자로서 부득이한 사유로 2015.6.13. 소득금액을 추계하여 신고하면서, 추계신고에 대한 성실신고 확인내용이 없어 성실신고확인서를 제출하지 못하였을 뿐이므로 성실신고확인대상 사업자인 청구인이 2015.6.30.이내에 기한 내 신고를 하였음에도 이를 기한후 신고로 보아 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

｢소득세법｣ 제70조제1항 및 제70조의2 제2항의 규정에 따르면 종합소득세는 과세기간의 다음 연도 5월 31일까지 신고하여야 하나, 성실신고확인대상 사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우 1개월 후인 6월 30일까지 신고할 수 있도록 되어 있고, ｢조세특례제한법｣ 제7조 및 제128조 제2항의 규정에 따르면 기한 후 신고를 하는 경우에는 중소기업에 해당하는 경우에도 중소기업특별세액감면을 배제하도록 규정되어 있기 때문에 2012년 과세연도 종합소득세 성실신고대상 사업자인 청구인이 성실신고확인서 제출 없이 2013.6.13. 추계로 신고한 것은 기한 후 신고에 해당하므로 중소기업특별세액감면을 배제한 이 건 고지처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하지 않고 2013.6.13. 2012년 과세연도 종합소득세 신고한 것을 기한후 신고로 보아 중소기업특별세액 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

1) 소득세법 제70조 【종합소득과세표준 확정신고】

 ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2010.12.27>

2) 소득세법 제70조의2 【성실신고확인서 제출】

① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 "성실신고확인대상사업자"라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치・기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 "성실신고확인서"라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항에 따라 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 제70조제1항에도 불구하고 종합소득과세표준 확정신고는 그 과세기간의 다음 연도 6월 30일까지 할 수 있다.

③ 납세지 관할 세무서장은 제1항에 따라 제출된 성실신고확인서에 미비한 사항 또는 오류가 있을 때에는 그 보정을 요구할 수 있다.

3) 소득세법 시행령 제160 조 【장부의 비치・기록 】

① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록・관리하여야 한다.

② 업종・규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치・기록한 것으로 본다(이하 생략).

4) 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다. <개정 2014.12.23>

5) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

1. 감면 업종

 마. 제조업

2. 감면 비율

 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

6) 조세특례제한법 제128조 【추계과세 시 등의 감면배제】

② 「소득세법」 제80조제1항 또는 「법인세법」 제66조제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항・제5항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항을 적용하지 아니한다.

다. 사실관계

1) 다툼 없는 사실관계

청구인은 20**.10.1. 개업(20**.6.30. 신고 폐업)하여 제조업을 영위하는 개인사업자로, 2012년 과세연도에 대해 성실신고확인대상사업자에 해당(2012년 수입금액 19억원)하여 성실신고확인서를 제출해야함에도 불구하고, 성실신고확인서 제출 없이 2013.6.13. 소득금액을 추계하여 신고하면서 41,516,801원의 중소기업특별세액감면을 받은 사실에 대해서는 다툼이 없다.

2) 처분청의 결정결의서 내용

처분청은 감사원 감사결과 처분지시[국세청 ▲▲▲과-□□□호(****.*.**.), ◯◯청 ◑◑◑2과-172호(2015.3.19)]와 관련하여 청구인에 대해 2012년 과세연도 성실신고확인대상사업자의 성실신고확인서 미제출 및 기한 후 신고에 따른 부당감면 중소기업특별세액감면분 49,699,762원을 추징한 것으로 확인된다.

3) 감사원의 감사결과 처분지시 공문 및 처분지시 내용

감사원은 2014.11.17.부터 2014.12.12.까지 실시한 ｢세무대리 등 납세협력제도 운용 실태｣ 감사에서 “종합소득세는 과세기간의 다음 연도 5월 31일까지 신고하여야 하나, 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우 1개월 후인 6월30일까지 신고할 수 있도록 되어 있고,

｢조세특례제한법｣제7조 및 제128조 제2항의 규정에 따르면 기한 후 신고를 하는 경우에는 감면대상 업종을 경영하는 중소기업일지라도 중소기업에 대한 특별세액을 감면할 수 없도록 되어 있다. 따라서 성실신고확인대사업자가 과세기간의 다음 연도 5월 31일 이후 종합소득세를 신고하면서 성실신고확인서를 제출하지 않는 경우 중소기업특별세액을 감면해 주어서는 아니 된다.”는 사유로 쟁점감면세액은 부당 감면에 해당한다고 보아 감면을 배제하도록 처분지시를 하였다.

라. 판단

청구인은 성실신고확인대상사업자로서 6월 13일 부득이한 사유로 소득금액을 추계하여 신고하면서 성실신고확인서를 제출하지 못하였는데, 성실신고확인대상사업자의 종합소득세 법정신고기한은 6월 30일인바, 기한 내 신고를 하였음에도 불구하고 이를 기한후 신고로 보아 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴보면,

｢소득세법｣ 제70조 제1항에서 종합소득세 확정신고는 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제70조의2 제1항 및 제2항에서 성실신고확인대상사업자는 성실신고확인서를 제출하여야 하며, 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 그 과세기간의 다음연도 6월 30일까지 종합소득세 확정신고를 할 수 있도록 규정하고 있는바,

청구인이 성실신고확인대상사업자에 해당한다 하더라도 성실신고확인서를 제출하지 않은 경우에는 종합소득세 법정신고기한이 5월 31일이 되므로 종합소득세를 법정신고기한이 경과한 6월 13일에 신고한 것은 국세기본법상 기한 후 신고에 해당되고, 기한 후 신고를 하는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제7조 및 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 경우에도 중소기업특별세액감면을 배제하여야 하는 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세를 고지처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.