주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 291-11 전 367㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 리 291-26 대지 803.1㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)와 쟁점①토지 위에 축조된 스레트 지붕 창고 및 화장실 26.7㎡, 쟁점②토지 위에 축조된 흙벽돌창고 43.65㎡, 스레트지붕 창고 19.32㎡, 함석조 창고 5㎡, 블록조 계사 49.47㎡(이하 “쟁점지장물”이라 한다)를 2008. 6. 25. ○○공사에 양도(수용)하고, 쟁점토지 및 지장물이 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 양도에 해당한다는 내용으로 양도소득세를 신고하였다.

 나. 처분청은 쟁점지장물이 청구인의 소유가 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 부인하고, 쟁점①토지중 187㎡ 및 쟁점②토지 중 365.36㎡를 8년 이상 자경농지로 인정하여 2009. 10. 5. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 49,909,730원(이하 “당초고지세액”이라 한다)을 경정․고지하였다.

 다. 청구인은 당초고지세액에 대하여 2009. 12. 9. 조세심판원의 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하여 2011. 9. 16. 대법원에 상고하였으나 2012. 1. 12. 자로 청구인의 상고가 기각되어 ‘당초고지세액’은 정당한 것으로 확정되었다.

 라. 이후 처분청은 청구인이 당초 쟁점토지의 수용보상금 413,830,850원 외 2008. 11. 27. 이의재결보상금 12,449,000원을 추가로 수령하였으나 양도소득세를 신고하지 않았음을 확인하고 추가 보상금에 대하여 2013. 6. 11. 2008년 과세연도 양도소득세 1,876,180원(이하 “추가 고지세액”이라 한다)을 경정․고지하였다.

 마. 청구인은 이에 불복하여 2013. 12. 2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점토지 및 지장물은 1세대 1주택의 양도에 해당되어 양도소득세 비과세 대상이다.

 (가) 2008년도 청구인이 처분청에 제기한 과세전적부심사청구에서 처분청은 쟁점토지 및 지장물이 1세대 2주택이라서 양도소득세 감면이 되지 않는다고 결정하였다. 그래서 쟁점토지 및 지장물이 1세대 2주택이 아님을 증명제시하는 것이다.

 (나) 청구인이 소유한 주택은 ○○시 ○○면 ○○리 291-26번지에 존재하고 있음에도 처분청은 같은 리 291-11번지 공부상의 건축물 대장으로 잘못 알고 있으며, 청구인의 장안동 주택은 2004년도에 멸실되어 입주권으로 있다가 2007. 8. 15. 준공되어 입주하였다.

 재건축조합입주권을 주택으로 간주하는 소득세법 제89조 제2항의 개정 전(2005. 12. 31. 개정)의 입주권이므로 준공입주시기를 주택취득개시일로 보아야 하며(본 내용은 소득세법 부칙에 명기됨) 준공 입주일인 2007. 8. 15.(취득세 부과기준일)로부터 1년 이내의 기간(일시적 2주택 보유기간)에 ○○시 ○○면 ○○리 291-26 소재한 주택의 양도가 2008. 6. 15. 이루어졌으므로 양도소득세 감면대상이다.

 (다) 소득세법 시행령 제156조의 2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】제4항에 “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.”라고 규정하고 있어 동 규정에 의해 쟁점토지 및 지장물은 양도소득세 감면대상이다.

 (라) 청구인이 이의를 제기하는 것은 2008년도에 부과한 세금에 대한 것이 아니고 2013. 6. 30. 추가 경정세금부과에 관한 것이다. 따라서 2008년도 부과세금에 대한 대법원의 확정판결과는 무관하다. 처분청은 대법원이 기 판결한 것을 경정(기판부정)하고 2013. 6. 30. 이 건 양도소득세를 경정부과하였다. 2008년도 세금부과 관련 재판과정에서 청구인이 주장한 내용과 금번에 주장하는 내용이 다르므로 대법원의 기판내용을 적용할 수 없다.

 (2) 부과근거 법률조문의 부재로 양도소득세를 부과할 수 없다.

 (가) 처분청은 양도소득세는 양도당시의 세법을 적용해야한다고 주장하나 국세기본법이나 소득세법상에 그러한 (소득세율에 대한) 법규정조문은 없다. 근거를 제시 못하고 있다.

 양도소득세율근거는 소득세법 제55조(세율)제1항이다. 2008년도 귀속 양도소득세에 대한 부과세율을 다음과 같이 확인할 수 있다.

  소득세법(법률제8825호. 2007.12.31.개정) 부과세율 있음

  소득세법(법률제9270호. 2008.12.26.개정) 부과세율 없음

  소득세법(법률제9672호. 2009.5.21.개정) 부과세율 없음

  소득세법(법률제9897호. 2009.12.31.개정) 부과세율 없음

  소득세법(법률제10408호. 2010.12.27.개정) 부과세율 없음

  소득세법(법률제11146호. 2012.1.1.개정) 부과세율 있음

 처분청이 2013. 6. 30. 이 건 과세당시 소득세법 제55조(세율) 제1항은 2012. 1. 1.에 개정된 것이다. 그러므로 국세기본법 제18조 제2항에 의거 본인에게 이를 근거로 소급과세할 수 없다. 그 이전 소득세법(2009.법률9897호,10408호)에 의거 양도소득세를 부과해야한다.

 소득세법(법률제9897호, 2009.12.31.)은 2008년도 귀속 양도소득에 대한 부과세율이 없기 때문에 부과할 수 없다. 2008년 이전의 소득세법(법률제8825호. 2007.12.31.)에 의거 부과하는 것은 부당하다.

  * 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제2항

 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

 (나) 양도소득세 부과세율은 법에 명시되어 있어야 한다. 2008년도 이전 양도소득에 대한 세율 근거가 법률 제9270호로 2008. 12. 26. 개정되어 2008년도의 소득에 대한 세율근거는 폐기된 것으로 보아야 하며, 신법우선의 법칙을 적용하여 현행법에 의거하면 2009년 이후 개정된 소득세법에 2008년도 이전의 양도소득세에 대한 세율의 명시가 없어 2008년도 귀속 양도소득은 소득세법상 세율근거가 없어 더 이상 양도소득세 부과대상이 아님에도 처분청이 이 건 양도소득세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 1세대 1주택 해당여부는 이미 대법원에서 확정 판결된 내용으로 더 이상 불복청구 대상이 아니다.

 청구인의 쟁점토지 및 지장물이 1세대 1주택에 해당하는지에 대하여는 청구인이 2009. 10. 5. 당초 고지세액(49,909천원)에 대한 불복청구 과정〔조심2010서****(2010.03.24.결정), 서울행정법원2010구단****(2011.01.31.선고), 서울고등법원2011누****(2011.08.26.선고), 대법원2011두****(2012.01.12.선고)〕에서 청구인의 주택이 존재한 근거가 없어 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되지 않는 것으로 확정 판결된 것으로 더 이상 불복청구 대상이 아니다.

 (2) 양도당시의 소득세법에 의한 세율을 적용한 것은 정당하다.

 청구인은 2008년도의 양도소득에 대하여 2013. 6월에 양도소득세를 부과하는 것은 2009. 1. 1. 이후 개정 소득세법으로 인해 폐기된 법률에 의하여 과세근거가 없는 부당한 고지라고 주장하나, 양도소득세는 양도당시의 세법을 적용하는 것으로 이 건 양도소득세를 양도당시인 2008년 양도소득세율을 적용하여 고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1) 쟁점토지 및 지장물이 1세대 1주택에 해당되는지 여부

2) 양도당시의 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제22조의2 【경정 등의 효력】

① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

(2) 소득세법 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2005.12.31>

 3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2005.12.31>

(3) 부칙 <법률 제7837호, 2005.12.31> 제12조 (조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례)

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 「주택건설촉진법」(법률 제6852호 「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매ㆍ상속 등으로 인하여 승계 취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

(4) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 2008.12.26>

 1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

    제55조 제1항에 따른 세율

(5) 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(6) 소득세법 시행령 제156조의2 【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

① 법 제89조 제2항 본문에서 "대통령령이 정하는 1세대"라 함은 제154조의 규정에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 내지 제11항의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. <개정 2008.2.29, 2008.11.28>

 1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다) 또는 동법에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다)의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

 2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 291-11번지 및 291-26 번지 토지 및 위 지상 건축물을 ○○공사에 양도(수용)하고 받은 지번별 보상금 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점토지의 양도(수용)와 관련하여 2008.11.27. 지급받은 쟁점토지에 대한 이의재결 보상금 12,449,000원을 포함하여 ○○공사로부터 총 426,279,850원을 지급받은 것으로 확인된다.

(나) 쟁점토지의 지상에 있는 농가주택과 계사 등은 등기되어 있지 아니하나 ○○공사 ○○신도시 사업본부의 보상금내역서 및 감정평가서에 의하면 소유자는 황○○으로 나타나며, 쟁점지장물 중 유일하게 건축물대장이 작성되어 있던 291-11 토지 위의 건축물(창고 및 화장실 26.7㎡)의 소유자가 황○○으로 등재되어 있다.

 한편, 황○○은 쟁점토지 옆 지번인 291-4 등에서 가옥, 컨테이너창고, 비닐하우스, 농작물 등에 대하여 보상받은 것으로 나타난다.

(다) ○○공사가 2007년 경 쟁점지장물에 대한 물건조서를 작성하면서 쟁점지장물이 황○○의 소유인 것으로 인정하자 청구인이 이의를 제기하면서 쟁점지장물이 청구인의 소유라고 주장하였고, 그 후 청구인과 황○○간 합의에 따라 쟁점지장물 보상금 12,568,110원 중 5,568,110원이 청구인에게 나머지 금액이 황○○에게 지급되었다.

(2) 처분청이 쟁점토지에 대한 양도소득세 경정내용은 다음과 같다.

                                                              (단위 : 천원)

(가) 청구인이 쟁점토지에 대하여 1세대 1주택 비과세되는 부수토지로 당초 양도소득세를 신고(신고납부세액 0원)하였으나, 처분청이 쟁점지장물이 청구인의 소유가 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 양도소득세를 부인하는 한편, 쟁점①토지 중 187㎡, 쟁점②토지 중 365.36㎡를 8년 이상 자경농지의 양도로 보아 양도소득세를 감면하는 등으로 하여 2009. 10. 5. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 49,909,730원(당초고지세액)을 경정․고지하였다.

(나) 이후 처분청은 청구인이 2008. 11. 27. 보상금 12,449,000원을 추가로 수령한 금액에 대하여 2013. 6. 11. 2008년 과세연도 양도소득세 1,876,180원(추가고지세액)을 경정․고지하였다.

(3) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 329-2번지 88-507호(2004. 5. 6. 취득)와 93-108호(2004. 6. 29.취득)를 보유하다가 2005. 1. 7. 재건축 관리처분인가 및 2007. 8. 14. 준공된 같은 곳 ○○아파트 1008동 1201호에서 2007. 11. 6.부터 입주하여 계속 거주하고 있는 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 처분청의 2009. 10. 5. 당초 고지세액(49,909천원)에 대하여 쟁점토지가 1세대 1주택 및 8년 이상 자경농지에 해당한다 하여 불복청구 및 행정소송을 제기하였는바 그 결과는 다음과 같으며, 2012. 1. 12. 대법원에서 청구인의 상고를 기각하여 당초고지세액은 정당한 것으로 확정되었다.

(가) 불복청구 및 행정소송 내용

(나) 쟁점토지가 1세대 1주택의 비과세되는 토지에 해당되는지 여부에 대한 각 심급별 법원 판결내용을 요약하면 다음과 같다.

 ① 서울행정법원 판결내용 (2010구단****, 2011. 1. 31. 선고)

 ② 서울고등법원 판결내용(2011누****, 2011. 8. 26. 선고)

 ③ 대법원 판결내용(2011두****, 2012. 1. 12. 선고)

(5) 양도소득세 세율에 대한 소득세법 제104조가 2008.12.26. 개정되었는바, 부칙(법률 제9270호, 2008.12.26. 개정) 제2조【일반적 적용례】에 ‘양도소득에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.’라고 규정되어 있어, 처분청은 이 건 양도와 관련 양도당시인 2008.12.26. 개정전 세율을 적용하여 경정 결정하였다.

(6) 이 건 추가고지세액과 관련 쟁점토지에 대한 추가보상금 12,449,000원에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

(7) 쟁점1에 대하여 살피건대, 청구인이 쟁점토지가 2008. 7. 15. ○○공사에 수용됨에 따라 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 양도에 해당한다는 내용으로 양도소득세를 신고한 것에 대하여, 처분청은 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택에는 해당되지 아니하나 쟁점토지 중 일부면적이 농지에 해당하는 것으로 보아 그 토지 부분의 수용에 관하여 8년 이상 자경농지의 양도로서 양도소득세를 감면하는 등으로 하여 2009. 10. 5. 양도소득세 49,909,730원을 부과 처분하였다.

 이에 대하여 청구인은 조세심판원의 심판청구를 거쳐 2011. 9. 16. 대법원에 상고하였으나 대법원은 ‘쟁점지장물이 청구인의 소유라거나 상시 주거용으로 사용되는 건물이라고 인정하기에는 부족하다’는 이유를 들어 2012. 1. 12. 청구인의 상고를 기각함에 따라 처분청이 2009. 10. 5. 청구인에게 경정 고지한 세액은 정당한 것으로 확정되었다(대법원2011두****, 참조).

 이 건 처분청의 과세처분(고지세액 1,876,180원)은 쟁점토지의 당초 보상금에 대하여 청구인이 이의를 제기하여 추가로 수령한 보상금에 대한 양도소득세 추가 고지세액으로서, 이 건 심사청구시 청구인은 ○○시 ○○면 ○○리 291-26번지에 청구인이 소유한 주택이 존재하고 있어 쟁점토지가 1세대 1주택의 양도에 해당한다는 주장을 하고 있으나 앞에서 살펴본바와 같이 이미 대법원에서 쟁점토지는 1세대 1주택의 양도에 해당되지 않는 것으로 판결하여 청구인의 주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

(8) 쟁점2에 대하여 살피건대, 청구인은 양도소득세 세율을 규정한 「소득세법」 제104조가 2008. 12. 26. 개정되었고 그 이후 법률에 2008년 양도소득에 대한 세율명시가 없어 법률 부존재로 2008년 양도소득에 대하여는 과세를 할 수 없다고 주장하나, 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 양도당시의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 산출세액으로 하고 있어 처분청이 이 건 양도소득에 대하여 2008. 12. 26. 개정 전의 양도세율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

4. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.