주 문

 OO세무서장이 2015.2.2. 청구법인에게 한 2009년 제1기분∼2013년 제2기분 부가가치세 1,163,104,757원 및 2009.1.1.∼2013.12.31.사업연도 법인세 983,687,507원의 부과처분은, 청구법인이 매출누락차감항목으로 제시한 내역에 대하여 거래상대방 확인 등을 통해 매출누락여부를 제조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분개요

 청구법인은 2008.4.18. 개업하여 건강식품 도소매업을 영위하는 법인으로, OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.10.18.부터 2015.1.20.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인 대표이사 주OO 명의의 8개 예금계좌(이하 “쟁점계좌”라 한다)에 입금된 37,841백만원 중 세금계산서 교부내역 등으로 확인되는 정상적인 매출 신고금액을 제외한 7,624백만원을 매출누락으로, 같은 기간 출금내역 중 정상적인 매입신고 금액을 제외한 3,537백만원을 매입누락으로 보아 부가가치세 및 법인세 경정결의서를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2015.2.2. 청구법인에 부가가치세 1,564,653,484원 및 법인세 1,534,432,373원을 고지하고 대표자에 대한 상여 4,495,761,741원을 소득처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2015.4.8. 이의신청을 제기하여, 청구법인이 제시한 금전소비대차금액 합계표 상 입출금 내역 및 사유 등을 재조사하라는 결정을 받았다.

 조사청은 2015.2.26.부터 2015.7.11.까지 청구법인에 대한 법인세 부분조사를 실시하여 당초 매출누락 결정금액에서 1,920백만원을 차감하고 당초 무자료 매입 결정금액에서 482백만원을 차감하여 부가가치세 401,548,727원 및 법인세 550,744,866원을 경정감 결정하였으며, 대표자에 대한 상여 1,509,721,224원을 취소하였다.

 청구법인은 이에 불복하여 2015.8.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인 대표이사 개인계좌 입금액을 거래상대방에 대한 확인 없이 매출누락으로 확정하는 것은 근거과세 원칙 위반이고, 이의신청 재조사 결정 주문에 한정하여 재조사를 실시한 것은 결정취지에 반하며, 매출누락명세서상 입금내역에는 이의신청 시점까지 제출하지 못한 금전거래 등이 포함되어 있으므로 이 건 심사청구에서 제출하는 자료를 통해 매출과 관계가 없는 것으로 확인되는 부분은 매출누락명세에서 차감되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제출한 확인서, 잡기장, 거래내역 등에 근거하여 매출누락명세를 확정했으므로 근거과세 원칙에 위배되지 않고, 이의신청 결정은 청구법인이 이의신청에서 자금거래로 주장하는 거래에 대하여만 재조사 범위 한정하고 있으며, 청구법인이 자금거래 등으로 주장하는 부분은 관련 증빙에 의해 확인되지 않으므로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 청구법인 대표이사 개인계좌로 입금된 금액을 법인 매출누락으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

   (1) 국세기본법 제16조【근거과세】

    ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

    ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

    ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

 (2) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

     1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

     2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출・매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

   (3) 부가가치세법 제57조【결정과 경정】

  ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

     2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

     3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

   1) 청구법인 기본내용

 청구법인은 2008.4.18. 개업하여 OO O구 OO로에 사업장을 둔 건강기능식품 도매업체로 동일 사업장 소재지에 청구법인 외 OO물산(대표 주OO), (주)OO조아(대표 주OO), (주)OO세상(대표 김OO), OO개발(주)(대표 주OO) 등 5개 업체가 모여 있고 OO개발(주)를 제외한 4개 업체는 건강식품 도소매업체이다.

※ 김OO는 주OO의 배우자이고, 주OO는 주OO의 동생임

※ OO물산은 김OO가 1996.11.2. 개업하여 2006.3.10. 폐업한 후 주OO가 동일한 상호로 다시 개업한 것으로, 조사청이 명의위장여부를 검토하였으나 주OO가 사업자임이 확인되어 명의위장 혐의를 발견할 수 없는 것으로 결론

   가) 청구법인 부가가치세 신고내역

   2009년부터 2013년까지 청구법인 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

(단위:백만원, %)

    나) 청구법인 대표이사 사업이력

    청구법인 대표이사 주OO은 1992년경부터 두부 야채 생선 노점상으로 사업자등록 없이 사업을 시작하여 1993년부터 “OO”라는 상호로 악세사리 등을 판매하였고, 2008년 “OO”이라는 상호로 건강식품 도소매업체를 설립하였다가 3개월만에 폐업하고 같은 장소에서 청구법인을 설립하여 계속 사업중이다.

   2) 조사진행경과 및 처분

   청구법인에 대한 조사 진행과정은 다음과 같고, 청구법인은 조사청이 과세근거로 제시한 주OO 메일(2014.11.13), 잡기장은 조사청의 지시에 의해 청구법인이 임의로 만들어낸 자료이고 청구법인 대표이사 주OO 매출누락확인서(2015.1.6.) 및 무자료매입확인서(2014.12.31)는 확인서에 기재된 금액으로 조사종결 한다고 하여 날인한 것이라고 주장한다.

    가) 법인세통합조사(조사종결복명서)

  조사청은 2014.10.8.부터 2015.1.20.까지(2014.12.16.∼2015.1.5. 소명지연으로 1회 조사중지) 청구법인의 2009.1.1.∼2013.12.31. (5개 사업연도)에 대한 법인세통합조사를 실시하여 대표자 개인계좌 8개로 입금된 37,841백만원(2,347건) 중 계좌 간 대체 입․출금, 자금거래, 정상적인 세금계산서를 발행하여 신고한 금액 등을 제외한 7,624백만원(120명)을 매출누락으로, 같은 기간 입금된 금액 중 무자료 매입으로 확인한 3,537백만원(17명)을 매입누락으로, 매출누락 금액에서 무자료 매입금액을 차감한 금액을 대표자 상여로 보아 부가가치세 및 법인세 경정결의서를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2015.2.2. 청구법인에 부가가치세 1,565백만원, 법인세 1,534백만원 및 대표자에 대한 상여 4,496백만원을 소득처분하였다.

(단위:천원)

    ① 조사종결복명서에 의하면 청구법인 대표이사 주OO은 조사 초기 매출누락을 기재한 잡기장 일부를 제출하였고, 2014.11.11. 4천 건의 거래내역을 삭제한 본인 명의 계좌 3개의 거래내역 구분란에 매출누락 여부를 표기하여 매출누락 1,264백만원(공급대가) 및 무자료 매입 257백만원(공급대가)의 내역을 임의제출 하였으며, 2015.1.6. 1,234백만원(공급대가) 매출누락 금액에 대한 확인서에 서명 날인했다고 기재되어 있다.

    ② 주OO은 2014.11.17. 본인 명의 계좌 5개의 입출금 거래내역을 추가로 제출하였고, 2014.12.2. 매출누락 2,509백만원(공급대가)과 무자료매입 1,779백만원(공급대가)의 명세를 제출하였으며, 2014.12.31. 무자료매입 3,891백만원(공급대가)에 대하여 확인서에 서명 날인하였다고 기재되어 있다.

    ③ 주OO은 1차 진술서(2014.12.8.)에서 본인 명의 8개 계좌 입금액에는 실제 매출누락도 있고 자금거래도 있다고 진술하고 있고, 개별 거래에 대한 질문에는 거래 정황상 자금거래인 것 같다고 진술하고 있으며,

    2차 진술서(2015.1.6.)에서도 동일하게 실제 매출누락도 있고 자금거래도 있다고 진술하면서 매출누락이라고 확인해준 금액이 매출누락이 맞지만 매출누락명세서 금액을 매출누락으로 확정하는 것이면 더 이상 진술할 필요가 없다고 하여 질문이 진행되지 않은 것으로 기재되어 있다.

    나) 청구법인 이의신청

    청구법인은 2015.4.8. 이의신청을 제기하면서 조사청의 매출누락명세서상 입금내역에는 물품거래와 관련 없는 개업자금 지원금 또는 운영자금 지원금¹⁾ 등이 포함되어 있고 우선 확인되는 일부 거래에 대하여 증빙서류(자금거래 상대방 확인서 및 금전소비대차계약 공정증서)를 제출하며 추가 확인되는 대로 입증서류를 보완하겠다고 주장하였으며, 재결청은 2015.4.30. 조사청의 매출누락명세서 중 청구법인이 제시한 금전소비대차금액 합계표 상 입출금 내역 및 사유 등을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 하였다.

이의신청 결정문(주문)

이의신청 결정문 판단(주요내용)

    다) 불복재조사(재조사종결복명서)

    조사청은 이의신청 결정에 따라 2015.5.26.부터 2015.7.11.까지(2015.6.12.∼2015.7.11. 소명지연으로 1회 조사연장) 청구법인에 대한 재조사를 실시, 청구법인의 자금거래 주장분에 대하여 거래처를 현장확인하고 관련인 계좌내역 및 관련인 조사를 통해 입금액 중 1,920백만원(공급가액)을 매출누락 결정금액에서 차감하고, 당초 무자료 매입 원가산입분 중 실지 자금거래분으로 매입부인액 482백만원을 적출하여 부가가치세 401,548,727원 및 법인세 550,744,866원을 경정감 결정하였으며, 대표자에 대한 상여 1,509,721,224원을 취소하였다.

※ 재조사를 통해 청구법인 대표이사 주OO이 무자료매입처로 확인서에 서명날인한 부분 중 김OO, 백OO 관련 입금액을 자금거래로 인정

  라) 재조사를 통해 자금거래로 인정된 부분에 대한 당초 조사자 의견

    청구법인이 재조사를 통하여 재조사 확인대상의 89.1%가 금전소비대차로 확인되었으므로 당초 처분이 잘못되었다고 주장하는 것에 대해서 당초 조사자는 의견서에서, 자금거래인 경우 송금과 입금이 같이 확인되어야 하나 오랜 기간 고액 입금만 확인되고 송금 내역은 확인되지 않는 거래를 최근 하이패스 기록으로 보아 OO을 방문한 사실이 있으므로 그 당시에도 OO을 방문하면서 현금을 차용할 개연성이 있다 하여 당사자 진술을 그대로 인정하고, 송금액과 입금액이 맞지 않는 부분은 확인이 불가능한 현금 지급을 넣어 금액을 맞추거나 송금 받은 자와 입금한 자가 다름에도 당사자 진술만으로 자금거래로 인정하는 등 객관적인 증빙자료에 의하여 자금거래로 확인된 것이 아니라 당사자의 진술에만 근거하여 무리하게 인용한 것이라는 의견이다.

※ 재조사청은 당초 조사자 의견에 대해 당사자 진술을 그대로 신뢰하여 현금대여를 인정한 것이 아니라 거래상대방의 업종 자체가 청구법인과 관련이 없고, 거래상대방 계좌내역 확인결과 건강식품판매업체와 관련된 자금 유입이 전혀 없어 청구법인의 매입처(청구법인 매출누락)로 보기 어려우며, 거래상대방에 대한 조사 및 거래상대방의 진술을 뒷받침하는 정황증거까지 추가 파악해 현금대여 여부를 판단했으므로 정당하다고 진술함

   3) 심사청구 시 추가 매출누락차감 주장 항목

   청구법인은 재조사 당시 추가로 확보한 증빙을 제시하였으나 조사청이 재조사 범위에 포함되지 않는다는 이유로 접수 거부하자, 이 건 심사청구에서 거래 상대방의 확인서와 경위서 및 계좌거래내역 등을 첨부하여, 확인되는 금액을 매출누락명세에서 차감해 달라는 주장을 했고, 처분청은 당초 법인세통합조사가 정당하므로 차감할 부분이 없다고 답변하였다.

   청구법인이 주장하는 매출누락차감항목은 ① 금전소비대차 ② 상품권거래 ③ 세금계산서발행(정상거래)과 금전거래가 혼합된 거래 3가지 종류로 금액은 다음과 같다.

(단위:백만원)

    가) 금전소비대차거래

    청구법인은 거래처에 대한 자금거래는 소매상들의 열악한 자금상황 때문에 개업자금이나 운영자금을 대여해주는 것이 업계관행이고, 비사업자들에 대한 자금거래는 개인적으로 아는 지인들이나 거래처 소매상들의 지인들 요청으로 발생한 것이라고 주장하며, 거래 상대방의 확인서와 신분을 확인할 수 있는 자료(주민등록증사본, 가족관계증명서, 사업자등록증 등) 및 차용증 일부와, 현금대여에 대한 증빙으로 주OO 개인계좌 현금출금내역을 제출하였으며, 처분청 의견 및 확인서의 주요 기재 내용은 다음과 같다.

(표 생략)

※ 차입금사용내역 기재 시 물품매입 등에 대해서는 거래 상대방의 연락처와 구입 품목이 기재되어 있음

※ 박OO, 조OO, 정OO은 다음과 같은 차용증 일부를 제출함

※ 처분청 답변에 대한 청구법인 주장요약

   ① 주OO 개인계좌에서 현금출금내역이 확인되지 않아 자금거래로 인정할 수 없음²⁾: 자금거래는 대여와 변제가 반복적으로 발생함에도 처분청이 모든 거래가 한꺼번에 현금으로 거래된다는 전제하에 판단한 것으로 거래구조를 잘못 이해한 것, 주OO 계좌(배우자 김OO 계좌 포함)에서 현금출금 내역 확인됨

   ② 잡기장에 의해 주OO이 물품거래로 인정한 부분이 있음: 조사 초기 조사청에서 조사실적이 없어 매출누락자료를 만들어 달라고 요청하여 일정 금액의 매출누락자료와 그에 맞는 원시자료를 만들어준 것으로 잡기장을 근거로 물품거래라고 주장하면서 처분청이 증빙서류로 제시하였다는 것은 받아들일 수 없음

   ③ 자금거래 내역 중 차용인과 입금인이 달라 자금거래로 볼 수 없음: 차용인과 입금인이 친인척 관계인 사실이 명백함

   ④ 소액 입금은 자금거래가 아니라 물품거래임: 자금거래의 경우 특정기간의 이자 금액만 별도로 계산하여 송금하는 경우가 있으므로 소액이라고 자금거래가 아니라는 주장은 부당함

    나) 상품권거래

    상품권거래에 대해서 청구법인은 거래 상대방의 확인서와 신분을 확인할 수 있는 자료(주민등록증사본, 가족관계증명서, 사업자등록증 등)를 제출하였고, 처분청 의견 및 확인서의 주요 기재 내용은 다음과 같다.(표 생략)

※ 청구법인은 상품권 거래금액 중 18천원 등 소액의 거래내역이 있는 것은 상품권 종류가 백화점상품권, 구두상품권, 주유상품권, 도서상품권 등 종류가 다양하고 액면가가 5천원부터 50만원까지 있어 소액거래는 언제든지 발생할 수 있다고 주장

※ 상품권거래는 동생 주OO가 주관하던 것으로 조사당시 입출금 내역서상 이름만으로 거래대방이 누구인지 알기 어려워 사실대로 진술했을 뿐 허위진술을 한 것이 아니며, 심사청구에 와서 주OO 및 거래상대방의 도움으로 소명을 하게 된 것임. 조사당시 주OO는 조사충격으로 정신병원에서 치료를 받기도 하여 자세히 물어볼 수 있는 상황이 아니었다고 주장

   다) 세금계산서발행(정상거래)과 금전거래가 혼합된 거래

    정상거래 등은 청구법인 매출과 금전소비대차거래가 결합된 것으로, 청구법인은 매출금액을 주OO 개인 계좌로 입금 받았다가 법인계좌로 다시 입금 받은 후 세금계산서를 발행해주고 개인 계좌로 입금 받은 금액은 현금으로 지급한 것으로 주장하고 있고, 거래 상대방의 확인서와 주OO 통장의 현금출금내역을 제시하고 있으며, 처분청 의견 및 확인서의 주요 기재 내용은 다음과 같다.(표 생략)

   4) 무자료매입 원가인정 항목 중 청구법인 자금거래 주장

 청구법인은 매출누락에서 차감될 항목을 주장하는 동시에 다음과 같이 무자료매입금액으로 원가로 인정된 부분 중 1,018백만원이 자금거래이므로 원가인정액에서 차감되어야 한다고 주장하면서 거래상대방의 확인서 및 현금입금 내역을 제출하였다. (표 생략)

 나) 판 단

  법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고(대법원92누15162, 1993.02.23. 참조), 또 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있지만, 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니한다고 할 것이다(대법원2011두12818, 2011.09.29. 참조).

 조사청에서 이 사건 과세처분의 자료로 제출한 것은 잡기장과 청구법인 대표이사 동생 주OO의 메일(2014.11.13.), 청구법인 대표이사 주OO의 매출누락 확인서(2015.1.6.)인데, 청구법인은 잡기장과 주OO 메일의 진위여부를 다투고 있고, 청구법인 대표이사 주OO의 매출누락 확인서는 구체적 내용 없이 매출누락 금액만 기재되어 있어 신빙성이 높지 않아 보인다.

 또한 이의신청 당시 청구법인이 자금거래로 주장한 부분에 한정하여 재조사를 실시하였는데 상당부분(1,920백만원)이 자금거래로 인정되었고, 그 중에는 조사청이 송금회수와 송금액 등에 비추어 상거래로 보인다고 했던 거래들도 다수 포함되어 있어 단순히 송금회수와 송금액만으로 상거래로 판단하기는 어렵다고 생각된다.

 한편 이 건 심사청구에서 청구법인은 이의신청 당시 소명되지 않은 부분과 관련한 입증자료(거래상대방 확인서와 자금거래내역)를 추가로 제출하고 있는데, 청구법인이 제출한 자료만으로는 사실판단이 어렵고 원칙적으로 과세요건에 대한 입증책임을 과세관청이 부담하는 점을 고려하면 조사청이 거래상대방에 대한 확인 및 금융자료 확인을 통해 대표이사 개인계좌로 입금된 금액을 청구법인 매출누락으로 볼 수 있는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.