주 문

 심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가.청구인은 2013.8.26. 주식회사 OOO(비상장법인이며, 이하 “OOO”라 한다) 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식①”이라 한다)를 특수관계인인 OOO에게 양도하고, 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고하였으며, 2014.5.18. OOO 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식②”라 하고, 쟁점주식①과 합하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 특수관계인인 OOO에게 양도하고, 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나.OOO장은 2015년 처분청에 대한 종합감사 결과, 청구인이 특수관계인에게 쟁점주식을 시가보다 낮은 가액에 양도한 것으로 보아「소득세법」제101조 및 같은 법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 쟁점주식① 및 쟁점주식②의 시가를「상속세 및 증여세법」(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 및 같은 법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26069호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 OOO으로 각 평가하여 청구인에게 과세할 것을 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2015.11.6. 및 2015.11.16. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원, 2014년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2015.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  OOO의 재무상태표상 임차보증금(이하 “쟁점임차보증금”이라 한다)은 OOO 소유의 고속도로휴게시설에 대한 임차보증금으로서, 비록 등기되지는 않았으나,「도로법」제4조에 따라 등기가 불가능한 것인바,「소득세법」제94조 제1항 제2호 다목에서 규정하는 “등기된 부동산임차권”으로 보아야 하며, 이 경우 OOO는 부동산 비율이 OOO% 초과하는 부동산과다보유법인에 해당하므로, 쟁점주식의 시가는「상속세 및 증여세법」제63조및 같은 법 시행령 제54조에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각 3과 2의 비율이 아닌 각 2와 3의 비율로 가중평균하여 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

OOO의 2012년말 및 2013년말 현재 자산총액과 부동산 보유비율은 다음 <표>와 같고, OOO와 OOO의 ‘휴게시설 운영권 임대차계약서’에 따르면, OOO의 2013.8.26. 현재 임차보증금은 OOO원(OOO 외 3개소), 2014.5.8. 현재 임차보증금은 OOO원(OOO 외 9개소)이며, 임차권이 등기된 사실은 없다.

<표>OOO의 자산총액 등 내역

 이 건 부동산임차권은「소득세법」제94조 제1항 제2호 다목에서 규정하는 ‘등기된 부동산임차권’에 해당되지 않으므로 임차보증금을 제외한 OOO의 부동산 보유비율은 OOO% 미만인바, OOO는「상속세 및 증여세법 시행령」제54조 제1항에 따른 부동산과다보유법인에 해당하지 않으므로, 쟁점주식 시가를 순손익가치와 순자산가치를 각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 따른 비상장주식 평가와 관련하여 부동산과다보유법인인지 여부 판단시 등기되지 않은 부동산임차권을 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1)청구인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다.

  (가)주식양도․양수계약서에 따르면, 청구인은 2013.8.26. 특수관계인인 OOO에게 쟁점주식①을 OOO원에 양도하기로 2013.8.14. 계약을 체결한 것으로 나타난다.

  (나)청구인과 OOO가 작성한 휴게시설 운영권 임대차계약서 및 변경계약서 등에 따르면, 청구인은 OOO 외 3개소를 2011.5.1.～2016.4.30.(5년)의 기간 동안 OOO원에, OOO 외 5개소를 2013.8.13.(일부는 2013.9.1.)～2018.8.31.(5년)의 기간 동안 OOO원에 각 임차하기로 OOO와 계약을 체결한 것으로 나타난다.

  (다)OOO의 2012년말 및 2013년말 기준 재무상태표에 따르면, 2012년말 현재 자산총액은 OOO원, 구축물은 OOO원 및 임차보증금은 OOO원이고, 2013년말 현재 자산총액은 OOO원, 건물․구축물은 OOO원 및 임차보증금은 OOO원으로 나타난다.

 (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「상속세 및 증여세법」제63조 및 같은 법 시행령 제54조 제1항에서 비상장주식을 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하되, 부동산과다보유법인의 경우에는 그 비율을 각각 2와 3으로 한다고 규정하면서 부동산과다보유법인을「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다고 규정하고 있고,「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에서는 당해 법인의 자산총액 중「소득세법」제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인을 열거하고 있으며, 같은 법 제94조 제1항 제2호 다목에서 전세권과 등기된 부동산임차권을 규정하고 있는바, 쟁점주식의 시가를 산정함에 있어 OOO의 2012년말 및 2013년말 현재 고속도로 휴게시설에 대한 임차보증금의 경우 그 부동산임차권이 등기되어 있지 않기 때문에 위 법령에서 규정하는 부동산과다보유법인을 판정함에 있어 대상이 되는 ‘등기된 부동산임차권’에 해당한다 할 수 없으므로, OOO를 부동산과다보유법인에 해당하지 않는 것으로 보아 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 쟁점주식의 시가를 산정한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1)소득세법

  제94조(양도소득의 범위)① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

 나. 지상권

 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

  제101조(양도소득의 부당행위계산)① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2)소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것)

  제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는「법인세법 시행령」제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

  제158조(기타 자산의 범위) ① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인

 (3)법인세법 시행령

  제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

 (4)상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것)

  제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

 (5)상속세 및 증여세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26069호로 개정되기 전의 것)

  제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

 (6)도로법

  제4조(사권의 제한) 도로를 구성하는 부지, 옹벽, 그 밖의 시설물에 대해서는 사권(私權)을 행사할 수 없다. 다만, 소유권을 이전하거나 저당권을 설정하는 경우에는 사권을 행사할 수 있다.