주 문

 SSS세무서장이 2014.**.26. 청구인에게 한 2011사업연도 법인세 **,805,440원･2012사업연도법인세***,553,630원‧2013사업연도법인세***,089,650원, 합계 *,***,448,720원의 부과처분은,

1.청구법인이 2011사업연도부터 2013사업연도까지 계산서를 미발행하여 매출누락 하였다고 본 2011사업연도 **,***,960원, 2012사업연도 *,***,071,520원, 2013사업연도 *,***,229,520원, 합계 *,***,056,000원에 대하여 청구법인이 심사청구 시 제시한 자료를 확인하여 이미 매출계산서를 발행하고 법인세를 신고하였는지 여부와 매출처 표기오류라고 주장하는 내용이 사실인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세 표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 처분내용

청구법인은 **광역시 *서 KJ동 *82에서 2011.10.21. 개업하여 도매 ****처리업을 영위하는 사업자로 2011･2012･2013사업연도 법인세 정기신고를 하였다.

 KK지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.*.16.부터 2014.**.23.까지 2011‧ 2012‧2013사업연도 법인통합조사를 실시하여 2011･2012･2013사업연도 매출누락 *,***,056,010원, 2011･2012사업연도 가공매입 *,***,9**,000원, 2012사업연도 가공매출 *,***,089,000원을 적출하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

처분청은 이에 따라 2014.**.26. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 **,805, 440원, 2012사업연도법인세***,553,630원, 2013사업연도법인세***,089,650원, 합계 *,***,448,720원을 결정·고지하였다.

 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.8. 이의신청을 제기하였으나, 재결청이 이의신청 결정기간 내에 결정통지를 아니하자, 2015.4.30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 처분청이 2011･2012‧2013사업연도 매출누락으로 익금에 산입한 금액은 청구법인이 이미 매출계산서를 발행하고 법인세를 신고하였으므로 부당하다.

1) 조사청은 청구법인 ‘KY박사’ 회계프로그램의 매출처와 매출계산서합계표의 매출처 상호를 비교하여 상호가 일치하지 않는 거래금액을 계산서 미발행 매출누락액(이하 “쟁점계산서 미발행 매출누락액”이라 한다)으로 산정 하였다.

처분청은 쟁점계산서 미발행 매출누락액 2011사업연도 84,***,960원･2012사업연도*,***,071,520원･2013사업연도*,***,229,520원,합계*,***,056,000원을 익금에 산입하고, 그 금액을 대표자 DYJ에게 상여처분하였다.

2) 청구법인이 사용하는 ‘KY박사’ 프로그램은 복식장부를 기장할 수 없는 수준의 회계프로그램으로 일일 주문거래의 내역을 비망하고, 한꺼번에 몰려 오는 거래처들에게 거래명세표를 신속하게 발행하기에는 적당하지만, 법인 전체 거래를 모두 표시할 수 없는 간이 회계프로그램이다.

3) 정육소매점이나 음식점사업자 등이청구법인 사업장을 직접 방문하여 돈육을 구입하는 경우 청구법인은 ‘KY박사’ 프로그램에 주문내역을 입력하고 거래 명세표를 발행하였으며, 이를 토대로 월별로 합계하여 계산서를 교부하였다.

4) 청구법인에는 영업직원 혹은 정규직은 아니지만 돈육의 신선도를 유지 하기 위하여 배송을 담당하며 일정액의 대가를 받는 배송기사가 있었다. 배송기사가 상품을 배송하는 경우에는 ‘KY박사’ 프로그램에 일단 해당 직원의 이름이나 특징적인 호칭을 기록해두고, 월별로 해당 직원들로부터 상품을 공급받은 정육소매상이나 음식점 등의 공급내역을 제공받아 계산서를 발급하여 배송기사를 통해 전달하였다.

5) 조사청이 제시한 쟁점계산서 미발행 매출누락 명세에는 다음과 같이 ‘KY박사’ 거래처 명칭인 ‘이BJ’ ‘김BJ’ ‘사RE’ ‘DK(KJE)’ 등이 있는데 이는 청구 법인 영업‧배송직원들의 통상적인 호칭임에도 청구법인에게 구체적인 소명요구를 하지 않고, 임의대로 매출누락으로 판단하였다.

(단위 : 원)

6)청구법인의 ‘KY박사’ 매출목록과 ‘매출계산서합계표’의 신고내용을 비교하면 다음과 같으나,

 조사청은 위 표의 “3 매출계산서합계표 목록에는 있으나 KY박사의 매출목록에 없음”에 해당하는 금액(2012년:27억원, 2013년 26억원)을 전혀 고려 하지 않고, “1 KY박사 매출목록은 있으나, 매출계산서합계표 목록에 없음”에 해당하는 금액을 쟁점 계산서 미발행 매출누락액으로 산정한 것은 부당하다.

조사청은 2개월반에 걸친 법인세통합

조사를 실시하면서 위 표의 1번과 3번 항목이 상호 연관이 있다는 것을 이미 알고 있었으면서도 전혀 확인하지 않았으며, 매출누락혐의 항목에 대하여 구체적인 소명을 요구하지 않았다.

 7)조사청은 위 6)의 1(KY박사 매출목록은 있으나, 매출계산서합계표 목록에 없음) 방법으로 쟁점계산서 미발행 매출누락액 2011년 84,854,960원, 2012년 *,***,071,520원, 2013년 *,***,229,520원, 총 *,***,056,010원을 산정하였으나,

위 4)에서 설명한 영업사원을 통한 계산서 발행 신고액과 직원 복리비 성격의 금액은 쟁점계산서 미발행 매출누락액에서 제외하여야 하며, 그 금액은 2012년 *,***,421,310원과 2013년 *,***,067,890원이다.

청구법인이 제출한 ｢계산서 발행 소명자료｣는 청구법인 영업‧배송직원들을 통해 교부한 매출계산서 내역과 청구법인의 직원들에게 명절이나 경조일 등에 복리후생 차원에서 소비한 내역〔KY박사에는 ‘소매(직원이름)’으로 표시됨〕을 정리한 것이며,

청구주장을 입증하기 위해 ｢계산서 발행 소명자료｣의 ‘이BJ’ ‘김BJ’ ‘사RE’ ‘DK(KJE)’ 등 해당 영업사원의 영업거래경위서‧배송거래확인서‧갑종근로소득세 증명원‧사업소득 원천징수영수증을 추가로 제출한다.

8) 위 7)과 같이 청구법인이 이미 매출계산서를 발행하여 법인세로 신고납부한 ｢계산서 발행 소명자료｣의 2012사업연도 *,***,421,316원과 2013사업연도 *,***,067,899원에 대하여 이 사건 법인세 과세처분을 취소하여야 한다.

 나. 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액 84,***,964원은 청구법인의 매출이 아니므로 매출누락금액에서 제외하여야 한다.

1) 청구법인은 ****시 ** KJ동 *82에서 2011.**.21. 법인을 설립하여 현재는 RR도 BC시 OJ구 OJ로 *11번길 13으로 이전하여 사업을 영위하고 있다. 당초 소재지인 KJ동에는 개인사업자인 박YS(BP육가공, ooo-91-51***)이 돈육 도매업을 2011.*.24. 개업하여 2011.**.31.까지 사업을 영위하였고, 청구법인이 개인사업자 박YS의 사업을 그대로 인수하여 사업을 개시하였다.

또한 조사 당시 대표이사인 DYJ은 제수(弟嫂) NYS(19**.4.8.) 명의의 BC육가공(***-9*-*1***)을 RR도 BC시 OJ구 YJ동 **3-5에서 동일업종인 돈육 도매업을 2010.**.8. 개업하여 2012.**.07.까지 사업을 영위하였다.

2) 청구법인이 사용하는 간이회계프로그램 ‘KY박사’는 YJ동의 개인사업자 NYS(DYJ)과 KJ동 전사업자인 박YS이 2011.*.24.부터 사용하던 것을 2012년도부터 청구법인이 사용하였다.

3) 청구법인과 개인사업자 NYS(DYJ), 박YS이 매출계산서합계표로 신고납부한 과세연도별 내역은 다음과 같다.

                                                  (단위 : 원)

청구법인은 2011년 11월 초에 사업을 시작하며 SS시 *서 KJ동 *82에서 사업을 하다가 폐업한 박YS이 사용하던 프로그램(KJ)을 인수받아 사용하기로 하였으나, 담당 직원의 사용이 익숙하지 아니하여 시범적으로 사용하였으며, 프로그램 사용이 익숙해진 2012년도부터 정상적으로 사용하였다.

4) 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락 관련 조사청이 제시한 매출누락명세를 살펴 보면, 2011년도분 ‘KY박사’ 매출에 개인사업자 박YS의 개업일과 동일한 2011.*.24.부터 2011.**.31.까지의 매출기록이 입력되어 있는데,

조사청은 2011년 11월부터 12월까지 2개월분만을 별도로 발췌하여 구분하였으며, 이를 청구법인의 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액으로 판단하여 부과처분 하였다.

5) KY박사프로그램은 2011년 11월부터 영업을 개업한 청구법인과 개인 사업자NYS(2010.**.8.～2012.**.17.),박YS(2011.*.24.～2011.**.31.)이혼재해 사용하던 것이며,

 2011년 11월부터 2011년 12월까지 영업의 인계인수와 법인의 본･지점 영업이 서로 혼재하던 기간이었음에도, 조사청에서 일방적으로 그것을 구분하여 청구법인의 귀속으로 부과처분한 것은 근거과세에 위배된 처분이므로, 해당 매출누락의 구체적인 귀속의 구분은 처분청에서 입증하여야 할 것이다. 따라서 2011년 귀속 법인세 과세처분은 부당하다.

다. 청구법인과 개인사업자 DYJ의 정상적인 거래를 특별한 사유 없이 가공거래로 판단하여, 손금불산입하고 대표자 상여처분한 것은 부당하다.

 1) 조사청은 청구법인과 전혀 다른 곳에서 사업을 하고 있던 개인 사업자인 DYJ(명의:NYS, 1**-92-51***, BC육가공, RR BC시 YJ동 **3-5)간에 서로의 필요에 의하여 돈육(豚肉)을 매매하였던 정상적인 사실 거래를 특별한 사유 없이 가공거래로 판단하였고,

 청구법인이 정상적으로 수취한 매입계산서 거래금액(2011년 **,000,000원, 2012년 *,***,9**,000원)에서 청구법인이 발행한 매출계산서 거래금액(2012년 *,***,089,000원)을 차감한 차액을 손금불산입하고, 대표자 상여로 처분하였다.

2) 처분청이 2011‧2012‧2013사업연도에 대하여 청구법인과 DYJ에게 처분한 과세자료의 내용을 검토해 보면, 해당 거래의 실질여부에 대한 조사도 없이, 청구법인 등이 필요에 의하여 ‘KY박사’에 입력하지 아니하고 발행한 계산서를 ‘가공계산서’로 인식하고 있으며, 그 거래의 내용을 일방적으로 부인하였다.

3) 청구법인과 특수한 관계로서, 하루에도 수차례 주문을 주고받는 거래처인 ‘BC육가공(NYS-DYJ)’과의 거래는 일일이 거래명세서의 발행이 필요하지 아니하므로 고정된 장부에 거래의 내역을 기록해 놓은 후 출고하고, 매일매일 상호 정산한 후 차액을 입금하였으며, 거래 장부를 집계하여 월별로 매출매입계산서를 주고받는 방식으로 NYS이 사업을 폐지한 2012.**.17.까지 운영해 왔으며, 주고받은 계산서에 대하여 법인세와 종합소득세를 신고하였다.

4) 조사청은 그 어떤 특별한 사유를 입증하거나 제시하지 아니하면서도 두 당사자의 거래를 가공의 거래로 확정하고, 해당 연도의 법인세로 부과처분을 하고, 해당 금액을 대표자 인정상여로 처분하였다.

5) 청구법인은 2011년 11월부터 2012년 11월까지약1년1개월에 걸쳐 각자의 사업장인 ‘SS KJ동’과 ‘RR도 BC YJ동’에서 상품인 돈육을 서로의 필요에 따라 거래하였 으며, 거래한 내용에 합당하게 계산서를 주고받은 것이 명백하므로, 처분청에서 가공거래로 보아 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

가. 처분의 개요

1) 조사청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 쟁점계산서 미발행 매출누락 *,***,056,016원과 가공매입 *,***,9**,000원, 가공매출 *,***,089,000원을 적출하였다.

 2) 처분청은 청구법인이 사용한 회계프로그램 ‘KY박사’의 매출내역 원시 데이터 중 매출처 사업자번호가 없는 건을 쟁점계산서 미발행 매출누락액 으로 보아 경정하였고, 개인사업자 BC육가공(1**-92-5****)과의 계산서 수수와 관련하여 거래증빙 및 대금증빙이 전혀 확인되지 않아 이를 가공거래로 보고법인세를 경정･고지하였다.

나. 기본 사실 관계

 1) 청구법인은 매출액 관리를 위해 ‘KY박사’ 프로그램을 사용하면서 이를 통해 매출거래일자, 품목, 거래처, 단가, 수량, 거래금액 등을 관리하고 거래처의 상호, 사업자번호, 업종, 소재지, 전화번호 등도 별도 테이블로 관리하였다.

 2) 조사청은 2014.**.20. 최초로「세무조사 소명자료 제출 요청」공문에 의해 ‘KY박사’ 프로그램에서 확인되는 매출액 중 거래상대방의 사업자번호와 인적사항이 확인되지 않는 매출액에 대한 소명을 요청한 바 있으나 청구법인은 이에 불응하였고,

 2014.**.29. 조사청에서 청구법인 사업장에 직접 방문하여 또 다시「소명요구서」 (DYJ 수령 서명)에 의해 인적사항이 확인되지 않는 거래상대방에 대한 자료제출을 요청하였으나 이 또한 불응하였다.

 청구법인의 소명자료 제출 불응으로 인해 2014.**.13.부터 2014.**.21.까지 세무 조사를 중지하는 등 조사청에서는 관련 내용에 대하여 적극적으로 소명기회를 부여 하였으나, 청구법인은 결국 조사기간 종료할 때까지 이에 응하지 않았다.

 3) 청구법인은 법인세 신고시 수입금액을 전액 계산서발행매출로 신고하였고, 기타매출 신고금액은 없다.

 4) 청구법인이 작성한 분개장에 의하면 2012년 224억원, 2013년 177억원 등 매출대금 회수 등 거액의 자금을 운용할 때 현금 계정을 빈번하게 사용하여 기장하였다.

다. 처분의 적법‧타당성

 1) 2011･2012‧2013사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액 과세는 정당하다.

  가) 처분청에서는 청구법인이 제출한 법인세 신고서상 계산서발행매출 외에 기타 매출이 없으므로 청구법인의 ‘KY박사’ 프로그램에 사업자등록번호가 없는 자들에게 매출한 거래가액을 쟁점계산서 미발행 매출누락으로 보아 익금에 산입하였다.

  나) 청구법인은 쟁점계산서 미발행 매출누락액에는 배송직원을 통해 납품하고 이후 계산서를 정상적으로 발행한 건이 포함되어 있으므로 당초 처분이 부당 하다고 주장하나,

청구법인이 제시한 증빙자료는 영업부장‧배송직원이라고 주장하는 LTO, KBJ, OJS이 작성한「영업거래경위서」뿐으로 이는 사후작성이 가능하여 객관적 증빙으로 볼 수는 없고, 이들을 통해 청구법인이 주장하는 거래상대방 에게 공급하였다는 구체적인 거래증빙(실제 거래에 사용한 거래명세표 등)과 대금증빙 등의 자료를 전혀 제시하지 못하고 있다.

또한 ‘KY박사’ 거래처 관리 테이블을 살펴보면 청구법인이 일명 ‘딜러’라 주장하는 이들을 다른 매출처와 동일한 방식으로 관리하였고, 이들에게 급여를 지급하였다 주장하면서 원천징수내역을 제출하였으나 청구법인의 통장 에서 이들에게 급여를 지급한 내역은 확인되지 않았으며 LTO의 경우 고액의 거래금액을 청구법인의 통장에 송금한 점 등으로 미루어 보아 청구주장과 같이 단순 배송을 담당한 직원으로 보기 어렵다.

아울러 딜러를 통해 단순배송하였다 주장하는 거래처 중 가장 큰 규모인 KRA축산은 해당 거래처의 사업자번호 등 인적사항이 거래처 관리 명세에 존재하고, 수입금일계표상 이들과의 거래내역이 일부 확인되므로 직원을 통해 이들 거래처를 관리하였다는 청구주장은 신빙성이 부족하다.

다) ‘LTO’가 청구법인계좌로 이체한 금액은 총 724백만원으로 청구법인의 주장 대로라면 이는 모두 외상매출금을 회수한 금액일 것이나, 청구법인은 이를 모두 [(차) 보통예금 XXX/(대) 현금 XXX]으로 기장하여 장부기록내역과 청구주장은 일치하지 않으며, 매출누락으로 처분한 금액과 단순배송이라 주장하는 거래처의 계산서 발행 금액합계 또한 일치하지 않아 연관성을 찾을 수가 없다.

 2) 2011년사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락이 청구법인 소득인지 여부

가) 박YS은 청구법인과 동일한 사업장「SS 서 KJ *82, 111～113호」에서 2011.*.24. 개인사업자인 BP육가공(ooo-91-5****)을 개업하여 2011.**.31. 폐업하였고, 청구법인은 2011.10.21. 같은 장소에서 사업을 개시하여 같은 회계 프로그램을 사용 하였음이 박YS의 진술에 의해 확인된다.

나) 박YS의 진술서에 의하면 청구법인은 매출을 ‘KY박사’ 프로그램에 의하여 관리하였고, 해당 프로그램의 거래내용이 실제 거래내용으로 2011년 자료에는 박YS의 개인사업자 매출이 포함되어 있다고 한다.

  다) ‘KY박사’의 매출자료 또한 박YS의 사업개시 직후인 2011.5.26.부터 작성되었으며 이에 따라 처분청에서는 박YS 명의 ‘BP육가공’의 폐업 직후인 2011.**.1.부터 2011.12.31까지의 자료 중 거래상대방의 사업자번호가 기재되지 않은 매출자료에 대하여 다른 사업연도의 처분내용과 같이 경정한 것으로서 이와는전혀무관한개인 사업자BC육가공(실사업자DYJ,NYS명의 1**-92-5****)의 매출로 신고하였다는 청구주장은 타당하지 않다.

 3) 청구법인과 BC육가공(실사업자 DYJ)의 거래가 가공거래인지 여부

  가) 청구법인은 개인사업자인 BC육가공(실사업자 DYJ)으로부터 매입계산서 *,***,9**,000원을 수취하고, 매출계산서 *,***,089,000원을 발행한 거래는 실지거래이나 단순히 ‘KY박사’ 프로그램의 거래내역을 관리하고 있지 않다는 사실만으로 가공거래로 경정한 처분이 부당하다고 주장하고 있다.

  나) 청구법인과 BC육가공(실사업자 DYJ)은 경영자가 DYJ으로 같고, 소재지가 원거리로 인격이 서로 다른 두 사업자간 거래사실을 입증하기 위해서는 구체적인 거래증빙‧대금지급내역‧배송내용 등이 있어야 하나,

청구법인과 BC육가공(실사업자 DYJ)의 계좌거래가 전혀 없음에도 매입액과 매출액의 차액을 다음 기장내용 일부와 같이 현금거래로 기장하였고, 현금입금 내역 또한 확인되지 않으며, 외상매출금과 외상매입금을 상계하는 등 정상 거래로 볼 수 있는 근거가 전혀 없으므로 가공거래로 보는 것이 타당하다.

4) 결론

 청구법인은 돈육 도소매업을 운영하면서 다수의 거래처와 계산서를 수수 하지 않고 현금거래를 하거나 실물거래 없이 계산서를 주고 받는 수법 등으로 세법질서를 어지럽혔고,

 세무조사기간 중 처분청에서 수차례 요청한 소명요구사항에 대하여 소명하지 않아 매우 불성실하게 세무조사에 임하였으며 불복청구내용 또한 구체적인 증빙이 없어 그 근거가 부족하므로 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1)2011･2012･2013사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액에 대하여 청구법인이 이미 매출계산서를 발행하고, 법인세 신고를 하였는지

 2) 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액이 다른 사업자의 소득인지

 3) 2011･2012사업연도 청구법인과 BC육가공의 거래가 가공거래인지

나. 관련법령

 1) 법인세법 제112조【장부의 비치・기장】

 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장 하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치・보존하여야 한다. 단서 생략

 2) 법인세법 제116조【지출증명서류의 수취 및 보관】a

 1 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 단서 생략

 2 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다)

 2. 현금영수증

 3. 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서

 4. 제121조 및「소득세법」제163조에 따른 계산서

 3) (구)법인세법 제121조【계산서의 작성・발급 등】

 1 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

 2「부가가치세법」제12조제1항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물・축산물・수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 5 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출・매입처별합계표(이하 "매출・매입처별 계산서합계표"라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 단서 생략

 7 계산서등의 작성・발급 및 매출・매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 4) 법인세법 시행령 제155조【복식부기에 의한 기장】

 법 제112조에 규정하는 복식부기에 의한 기장은 법인의 재산과 자본의 변동을 빠짐없이 이중기록하여 계산하는 정규의 부기형식에 의하여 기장하는 것으로 한다.

 5) (구)법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성ㆍ교부 등】

 1「소득세법 시행령」 제*11조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다.

 2 법 제121조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우"란 위탁자 또는 본인의 명의로「소득세법 시행령」제212조제2항의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다.

 4 법 제121조제5항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기한"이란 매년 1월 31일을 말한다.

 5 법인은 기획재정부령이 정하는 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제4항에 규정한 기한(외국법인의 경우에는 매년 2월 19일)까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 6「소득세법 시행령」제212조의 규정은 이 영에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 제5항의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 이를 준용한다.

6) (구)소득세법 시행령 제212조【매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출 등】

 2 제*11조의 계산서의 작성ㆍ교부 및 제1항의 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「부가가치세법」 제16조 및 제20조와 동법시행령 제54조 내지 제59조ㆍ제66조ㆍ제66조의2 및 제67조의 규정을 준용한다.

 7) (구)부가가치세법 제16조【세금계산서】

 1 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

다. 사실관계

 1) 조사청이 실시한 법인세 조사내용과 경정내용

  가) 조사청은 청구법인과 대표이사 DYJ, 자녀 DHM를 조사대상으로 2014.*.16.부터 2014.**.21.까지세무조사를 실시하였고, 조사기간 중 2014.**.13.부터 2014.**.21. 까지는 조사중지기간이며, 관련 조사복명서의 주요내용은 다음과 같다.

  나) 위 조사청 조사내용에 근거한 처분청 법인세 경정결의서의 소득금액 조정합계표 조정내역은 다음과 같다.

     (단위 : 원)

  다) 처분청 소득금액조정합계표의 조정사항을 반영한 세법상 청구법인 매출액과 매출원가는 다음과 같다.

   (단위 : 원)

  라) 조사청은 조사기간 중 청구법인에게 소명요구를 한 사실이 있다라며 다음 자료를 제출하였다.

(소명요구서 기재생략)

 2) 2011･2012‧2013사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액 관련 사실관계

  가) 청구법인의 사업연도별 법인세 수입금액 신고내역과 매출계산서합계표 제출 내역은 다음과 같다.

     (단위 : 원)

  나) 조사청이 확보한 청구법인 KY박사 프로그램의 매출총액과 매출계산서 합계표 신고내역을 비교한 내용은 다음과 같다.

     (단위 : 원)

  다) 위 나) 조사청 비교표에 나타난 KY박사 2012년 공급가액 10,559,033,324원은 조사청이 조사과정에서 확보한 자료를 근거로 작성한 것이며, 청구법인은 2012년 KY박사 청구법인 지점(OJ)의 원시자료라며 8,645,933,7**원의 명세를제출하였으나, 국세청전산망에청구법인지점사업개시일은2013.*.20.이고, 제출한 자료는 1월부터 8월까지 명세가 청구법인 본점자료와 중복자료이다.

 처분청이 2012년 손금에 산입한 BP육가공 가공매출 *,***,089,000원은 KY박사 프로그램에 나타나지 않으므로 그 금액을 차감한 비교표는 다음과 같다.

   (단위 : 원)

  라) 위 다) 비교표의 차이금액과 처분청 소득금액조정합계표의 쟁점계산서 미발행 매출누락을 비교하면 다음과 같고, 2012･2013사업연도는 단순 총액으로 비교할 때 매출누락 혐의금액은 없다.

  마) 조사청은 KY박사 매출목록에 사업자등록번호가 없는 거래처 상호와 매출계산서합계표의 상호를 대사하여 상호가 일치하지 않는 목록의 공급가액을 쟁점계산서 미발행 매출누락액으로 산정하였으며, 조사복명서에 첨부된 청구 법인의 쟁점계산서 미발행 매출누락 명세는 다음과 같다.

 (단위 : 원)

  바) 청구법인은 쟁점계산서 미발행 매출누락액은 다음과 같이 영업사원 관련 매출액으로 계산서를 이미 발행･신고하였거나, 매출처 표기 오류 및 직원 복지 차원 지출로 쟁점계산서 미발행 매출누락액에서 제외하여야 한다라고 주장하고 있다.

 (단위 : 원)

 위 표에서 밑줄로 표시한 금액은 청구법인 계산서 신고금액과 국세청 전산망 금액이 서로 달라 국세청 전산망 내용을 기초로 수정하였고, 청구인은 2011 사업연도에 대하여 별도 소명자료를 제출하지는 않았다.

  사) 청구법인은 위 바)의 소명자료와 관련하여 영업사원 확인서와 인감증명서를 제출하였고, 그 외 구체적인 증빙자료 제출은 없으며, 영업사원 원천징수내역은 다음과 같다.

 (단위 : 원)

조사청 금융거래 조사내역에는 청구법인이 위 영업사원 4명에게 급여를 송금한 내역은 없으나, LTO가 청구법인 계좌(WR TTT*-*TT-T*****, KY *UU-UUUU*-UU-***, KM **TTTT-UU-U*****)로 2011.**.17.부터 2013.9.30.까지 총 ***회 724,057,060원을 송금한 사실이 있고, 청구법인은 직원 복지 관련 증빙자료와 직원 인적사항을 별도로 제출하지 않았다.

 조사청이 확보한 청구법인 장부(분개장) 확인결과 청구법인은 LTO와의 현금거래를 다음과 같은 형식으로 기록하고 있다.

(단위 : 원)

  아) 영업사원별 쟁점계산서 미발행 매출누락액과 청구법인이 주장하는 매출계산서 발행･신고금액과 차이금액은 다음과 같다.

 3) 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액 관련 사실관계

  가) 청구법인은 2011사업연도 KY박사 매출목록은 청구법인과 청구법인 지점, NYS 명의의 BC육가공, 전사업자 박YS의 BP육가공 자료가 혼재한 것 이라고 주장하고 있으며, 청구주장 관련 사업자의 세적변동내역은 다음과 같다.

  나) 조사청은 2011.**.1. 이후 KY박사 매출목록을 기초로 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액을 산정하였고, 전사업자 박YS의 BP육가공의 폐업일은 2011.10.31.로 조사청이 기초로 삼은 자료와는 기간적으로 중복되지 않고, 청구법인 지점도 2013.1.20. 사업을 개시하여 기간이 중복되지 않는다. NYS 명의의 BC육가공은 계속사업자로 KY박사 매출목록이 별도로 존재한다.

 4) BC육가공과 청구법인 거래 관련 사실관계

  가) 처분청이 청구법인과 BC육가공의 거래를 가공거래로 보아 소득금액을 조정한 내역은 다음과 같다.

     (단위 : 원)

  나)청구법인은 ｢BC육가공과 하루에도 수차례 주문을 주고받았고, 거래는 일일이 거래명세표를 발행하지 않았으나, 고정된 장부에 거래내역을 기록한 후 출고하였으며, 매일매일 상호 정산한 후 차액을 입금하였다. 계산서는 장부를 집계하여 월별로 수수하였다｣라며 정상거래를 주장하고 있다.

  다) 위 나) 주장과 관련하여 심리담당이 대리인에게 ｢고정된 장부｣ 제시를 유선으로 2015.*.8. 요구하였으나, ｢별도로 존재하지 않는다｣라고 답변을 하였다.

  라)조사청 실무자에게 청구법인과 BC육가공의 금융거래내역이 있는지에 대해 2015.6.8. 확인 요청하였으나, ｢금융거래내역은 없다｣라고 답변하였다.

  마) 조사청이 확보한 청구법인의 BC육가공 관련 분개장은 다음과 같다

라. 판단

 1) 청구법인은 2011･2012･2013사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액에 대하여 청구법인이 이미 매출계산서를 발행하고, 법인세 신고를 하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

 조사청은 KY박사 매출목록에 사업자등록번호가 없는 거래처 상호와 매출계산서 합계표의 상호를 대사하여 상호가 일치하지 않는 목록의 공급 가액을 쟁점계산서 미발행 매출누락액으로 산정하였으나,

 매출계산서합계표의 신고금액이 청구인이 사용하는 회계프로그램의 매출총액보다 큰 점, 국세청 전산망에 의하면 청구법인이 주장하는 영업사원 4명 중 LTO(이BJ), KBJ(김BJ)의 원천징수 신고내역이 있는 점, 조사청 서류에 의하면 영업사원 LTO가 청구법인 다수의 계좌에 2011.**.17.부터 2013.9.30.까지 총 ***회 ***,057,060원을 송금한 내역이 있는 점과 조사청 쟁점계산서 미발행 매출누락명세의 ｢HK 외 4개 업체｣의 상호와 청구인이 매출처 표기 오류라고 주장하는 계산서 발행업체인 ｢HK 식품 외 5개 업체｣의 상호가 유사한 점, 조사 당시에는 조사청이 청구주장에 대해 검토 확인이 불가능하였던 점 등을 종합하여 볼 때,

 청구법인이 쟁점계산서 미발행 매출누락에 대하여 이미 매출계산서를 발생하고 법인세를 신고하였는지 여부와 매출처 표기오류라고 주장하는 내용에 대하여 사실관계를 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

 2) 청구법인은 2011사업연도 KY박사 매출목록은 청구법인과 청구법인 지점･NYS 명의의 BC육가공･전사업자 박YS의 BP육가공 자료가 혼재된 것 이라며, 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락은 청구법인의 소득이 아니라고 주장하므로 이에 대하여 본다.

 조사청은 2011.**.1. 이후 KY박사 매출목록을 기초로 2011사업연도 쟁점계산서 미발행 매출누락액을 산정하였고, 청구법인과 동일 장소에서 개인사업자를 운영한 전사업자의 폐업일은 2011.**.31.로 그 기간이 중복되지 않는 점, 청구법인 지점도 2013.*.20. 사업을 개시하여 기간이 중복하지 않는 점, 또한 청구법인 대표가 실사업자인 타인 명의의 BC육가공은 계속사업자로 회계프로그램을 별도로 사용하여 매출을 관리하는 점 등을 볼 때 청구주장은 받아들이기 어렵다.

 3) 청구법인은 ｢BC육가공과 하루에도 수차례 주문을 주고받았고, 거래는 일일이 거래명세표를 발행하지 않았으나, 고정된 장부에 거래내역을 기록한 후 출고하였으며, 매일매일 상호 정산한 후 차액을 입금하였다. 계산서는 장부를 집계하여 월별로 수수하였다｣라며 BC육가공과의 거래를 정상거래라고 주장하므로 이에 대하여 본다.

 청구법인과 청구법인 대표가 실사업자인 타인 명의의 BC육가공은 영자가 동일한 점, 청구법인은 장부상 BC육가공과의 거래를 월별로 기재했으나, 고액의 현금거래가 다수 있음에도 금융거래내역이 없고, 외상매입금과 외상매출금을 상계하는 방식으로 장부를 계상하여 이를 정상 거래로 인정하기 어려운 점, 또한 계산서 외에 거래를 입증할 증빙서류가 부족한 점 등을 볼 때, 2011･2012사업연도 청구법인과 BC육가공의 거래는 정상거래로 보기 어렵다.

 따라서 처분청이 BC육가공과의 거래를 가공거래로 보아 법인세를 과세한 당초 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.