주 문

 00세무서장이 2016.4.21. 청구인에게 한 2011년 과세연도 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

가.청구인은 1979.10.10. 서울 송파구0의 상가건물과 부수토지 193.62㎡를 취득한 후 00아파트단지가 재건축됨에 따라 토지의 일부인 59.33㎡는 조합원으로서 아파트 입주권을 취득하고, 38.39㎡는 2004.7.30. 양도하였으며, 나머지 95.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 2011.5.11. 00주공3단지아파트재건축정비사업조합(이하 “재건축조합”이라 한다)에 양도하고 2011.6.30. 쟁점토지에 대한 양도소득세 190,961,780원을 예정신고·납부하였다.

청구인은 2016.3.8. 쟁점토지가 재건축조합으로부터 아파트입주권 및 상가의 분양권을 취득한 사실이 없이 현금청산(소송을 통하여 청산금 1,088,252,030원을 수령)되었으므로, 쟁점토지의 양도는 조합원입주권이 아닌 토지의 양도로서「조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)」 제77조 제1항 제2호에 의한 감면에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 38,192,350원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.

나. 처분청은 「조특법」 제77조는 「도시 및 주거환경정비법(이하 “도시정비법”이라 한다)」에 의한 정비구역(2002.12.30. 개정 전에는 「도시재개발법」에 의한 재개발구역)안의 토지 등을 사업시행자에게 양도하여야하지만, 쟁점토지는 「주택건설촉진법」에 의해 승인된 재건축조합에 양도한 토지로서 감면요건에 해당하지 않는 것으로 보아 2016.4.21. 청구인의 경정청구에 대하여 거부 통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.4.29. 이의신청을 거쳐 2016.6.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

 2002.12.30. 제정된 「도시정비법」 부칙 제3조(일반적인 경과조치)를 보면, “이 법 시행당시「주택건설촉진법」의 재건축 관련 규정에 의하여 행하여진 처분·절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.”고 규정하고 있고, 또한 제5조(주거환경개선지구 등에 관한 경과조치)를 보면, “「주택건설촉진법」제44조 제1항의 규정에 따라 시장의 인가를 받아 조합이 설립된 경우에는 재건축하고자 하는 지역을 본칙 제4조의 규정에 의하여 지정된 정비구역으로 본다.”고 규정하고 있으므로, 쟁점토지는 「도시정비법」이 시행되기 이전인 2002.11.29. 「주택건설촉진법」에 따라 사업계획승인을 받았으므로, 「도시정비법」에 따라 승인받은 것으로 보아야 하고(도시정비법 부칙 제3조), 「도시정비법」에 의하여 지정된 정비구역에 해당하는 것으로(도시정비법 부칙 제5조) 「조특법」 제77조에 따른 감면이 적용된다.

3. 처분청 의견

「조특법」 제77조의 연혁을 살펴보면, 2002.12.30. 개정 전에는 “「도시재개발법」에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)안의 토지”였다가 2002.12.30. 개정 후에는 “「도시정비법」에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지”로 변경되었다. 위와 같이 당초 재개발구역안의 토지만 해당되었다가 「도시재개발법」 폐지 및 「주택건설촉진법」 개정 등으로 「도시정비법」에 의한 정비구역안의 토지로 변경된 것으로, 쟁점토지는 「도시재개발법」이 아닌 2002.11.29. 00구청장으로부터 「주택건설촉진법」에 따라 재건축에 관한 사업계획승인을 받은 재건축용 토지로서 「조특법」 제77조에 규정된 「도시정비법」에 의한 정비구역안의 토지로 보기 어려워 당초 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   쟁점토지가 「도시정비법」에 따른 정비구역에 해당하여 「조특법」제77조의 감면이 적용되는지 여부

나. 관련 법령

 1) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20(괄호 생략)에 상당하는 세액을 감면한다.

    2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 2) 도시 및 주거환경정비법(2002.12.30-6852호)

  가) 제2조 【용어의 정의】

    1. "정비구역"이라 함은 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제4조의 규정에 의하여 지정・고시된 구역을 말한다.

    2. "정비사업"이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 포함한다.

     가. 주거환경개선사업: 도시저소득주민이 집단으로 거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후・불량건축물이 과도하게 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

     나. 주택재개발사업: 정비기반시설이 열악하고 노후・불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

     다. 주택재건축사업: 정비기반시설은 양호하나 노후・불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

    4. "정비기반시설"이라 함은 도로・상하수도・공원・공용주차장・공동구(국토의계획및이용에관한법률 제2조9호의 규정에 의한 공동구를 말한다. 이하 같다) 그 밖에 주민의 생활에 필요한 가스 등의 공급시설로서 대통령령이 정하는 시설을 말한다.

    8. "사업시행자"라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다.

  나) 제4조 【정비계획의 수립 및 정비구역의 지정】

   ① 시장・군수는 기본계획에 적합한 범위 안에서 노후・불량건축물이 밀집하는 등 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 구역에 대하여 다음 각 호의 사항이 포함된 정비계획을 수립하여 14일 이상 주민에게 공람하고 지방의회의 의견을 들은 후 이를 첨부하여 시・도지사에게 정비구역지정을 신청하여야 하며, 정비계획 내용을 변경할 필요가 있을 때에는 같은 절차를 거쳐 변경지정을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

    1. 정비사업의 명칭

    2. 정비구역 및 그 면적

 3) 도시 및 주거환경정비법 부칙(제6852호, 2002.12.30.)

   가) 제3조 【일반적 경과조치】

     이 법 시행 당시 도시재개발법・도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법 및 「주택건설촉진법」의 재건축 관련 규정(이하 "종전법률"이라 한다)에 의하여 행하여진 처분・절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.

   나) 제4조 【기본계획의 수립 및 정비구역 지정에 관한 경과조치】

     ① 본칙 제3조의 규정에 의한 기본계획을 수립하여야 하는 지방자치단체의 장은 이 법 시행후 3년 이내에 기본계획을 수립하여야 한다. 다만, 기본계획수립대상의 지역적 범위가 넓어 단계적으로 수립할 필요가 있는 등 불가피한 사유가 있어 건설교통부장관의 승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.

     ② 이 법 시행 전에 도시재개발법 제3조의 규정에 의하여 수립된 재개발기본계획은 이 법 제3조의 규정에 의한 기본계획(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 본다.

     ③ 제1항의 규정에 의하여 기본계획이 수립되지 아니한 기간 중이라도 본칙 제4조의 규정에 의한 정비구역을 지정할 수 있다.

  다) 제5조 【주거환경개선지구 등에 관한 경과조치】

     ② 이 법 시행 전에 도시재개발법에 의하여 지정된 재개발구역은 이 법의 규정에 의하여 지정된 주택재개발구역 또는 도시환경정비구역으로 본다.

     ④ 이 법 시행 전에 「주택건설촉진법」시행령 제4조의2제2항의 규정에 의하여 노후・불량주택으로 보아 「주택건설촉진법」 제44조제1항의 규정에 따라 시장・군수의 인가를 받아 조합이 설립된 경우에는 재건축하고자 하는 지역을 본칙 제4조의 규정에 의하여 지정된 정비구역으로 본다.

  라) 제6조 【주거환경개선사업 등에 관한 경과조치】

    종전법률에 의하여 사업계획승인이나 사업시행인가를 받아 시행중인 주거환경개선사업・주택재개발사업・재건축사업・도심재개발사업・공장재개발사업은 각각 이 법에 의한 주거환경개선사업・주택재개발사업・주택재건축사업・도시환경정비사업으로 본다.

  마) 제18조 【다른 법률의 개정】

     ⑦ 조세특례제한법 중 다음과 같이 개정한다.

      제77조 제1항 제2호 중 "도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)"을 "도시및주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)"으로 하고, 동조 제2항 제2호 중 "도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가"를 "도시및주거환경정비법에 의한 사업시행인가"로 하며, 동조 제4항 중 "재개발사업의시행자"를 "정비사업의 시행자"로 한다.

다. 사실관계

 1) 쟁점토지는 「조특법」 제77조에 따른 “공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면” 요건 중 “「도시정비법」에 따른 정비구역의 토지”에 해당하는지의 요건을 제외하고는 모두 충족하며 다툼이 없다.

 2) 청구인의 경정청구 현황

 3) 「조특법」 제77조 개정 연혁

<쟁점토지 재건축관련 진행내역>

4) 청구인이 제시한 쟁점토지의 청산금관련 서울고등법원 판결문과 건축물대장, 양도소득세신고서, 경정청구서 등에서 확인되는 주요내용은 다음과 같다.

  가) 재건축조합은 2000.12.16. 「주택건설촉진법」에 따라 주택조합설립 인가를 받고, 2002.11.29. 00구청으로부터 재건축에 대한 사업계획 승인을 받은 것으로 나타난다.

  나) 청구인은 쟁점토지에 대한 분양신청을 하지 않아 현금청산 대상에 포함되었으며, 청산금관련 소송을 통하여 2011.5.11. 쟁점토지에 대한 현금청산금 1,088,252,030원을 수령하고, 2011.6.30. 「조특법」제77조의 감면을 적용하지 않고 190,962,170원의 양도소득세를 납부하였다.

  다) 이후 청구인은 2016.3.8. 쟁점토지가 재건축조합으로부터 아파트입주권 및 상가의 분양권을 취득한 사실이 없이 현금청산 되었으므로 쟁점토지의 양도는 조합원입주권이 아닌 토지의 양도로서 「조특법」제77조 제1항 제2호에 의한 감면대상에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 경정청구를 하였다.

 5) 처분청은 쟁점토지는 「주택건설촉진법」에 따라 송파구청장으로부터 재건축에 관한 사업계획승인을 받은 재건축조합에 양도한 토지로서 「조특법」제77조에 규정된 「도시정비법」에 의한 정비구역안의 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 내역이 경정청구 검토보고서 등에 나타난다.

 6) 이의신청 재결청의 판단

 7) 청구인은 다음의 사유를 들어 쟁점토지가 「도시정비법」에 따른 정비구역에 해당한다고 주장한다.

  가) 2002.12.30. 제정된 「도시정비법」 부칙 제3조(일반적인 경과조치)를 보면 “이 법 시행당시 「주택건설촉진법」의 재건축 관련 규정에 의하여 행하여진 처분ㆍ절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.”고 규정하고 있어, 쟁점토지는 「도시정비법」에 따라 사업계획 승인받은 것으로 보아야하고, 「조특법」 제77조 제2항 제2호에서 규정하고 있는 「도시정비법」에 따른 정비구역에 해당하는 것이다.

  나) “양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 특성상 그 감면요건도 양도 당시의 조세법령에 의하여 판단하여야 하는 것(양도, 국심2006서1243 , 2006.08.16.)”으로, 쟁점토지는 양도일 현재 「도시정비법」에 따른 정비구역의 토지에 해당하고, 청구인이 쟁점토지를 사업시행자인 재건축조합에 양도한 것이므로 「조특법」 제77조 제1항 제2호의 감면대상에 해당하는 것이다.

  다) 이의신청 재결청의 판단은 2003.7.1.부터 시행된 「도시정비법」 부칙 제3조 규정을 감안하지 않은 판단으로 부당한 결정이다.

 8) 처분청은 다음의 사유를 들어 쟁점토지가 「도시정비법」에 따른 정비구역에 해당하지 않는다고 주장한다.

  가) 처분청은 이의신청 재결청의 판단과 동일하게 쟁점토지는 2002.11.29. 「주택건설촉진법」에 따라 재건축에 관한 사업계획 승인을 받은 재건축 사업용 토지일 뿐이고, 승인을 받은 시점에서는 「조특법」 제77조의 감면규정이 적용되는 토지에 해당하지 않았다.

  나) 따라서, 쟁점토지는 2002.12.31. 「조특법」 개정에 따라 「조특법」 제77조에서 규정하는 「도시정비법」에 의한 정비구역안의 토지로 보기는 어려워 감면을 배제한 경정청구 거부는 정당하다고 주장한다.

라. 판단

 쟁점토지가 「도시정비법」에 따른 정비구역에 해당하여 「조특법」제77조의 감면이 적용되는지에 대하여 살펴본다.

조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) 규정은 “「도시정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있고, 「도시정비법」 제2조에서 “정비구역은 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 시장 군수가 지정 고시된 구역을 말하고, 다만 주택재건축사업에 있어서는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 정비사업에 포함하고 있다.”

 또한, 「도시정비법」(2002.12.30-6852호 개정) 부칙 제3조에 따르면 “「주택건설촉진법」의 재건축 관련 규정에 의하여 행하여진 처분・절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.”는 경과조치를 규정하고 있다.

 위 법리에 따라 쟁점토지가 「조특법」 제77조의 감면규정을 적용받기 위하여는 「도시정비법」에 따른 정비구역안의 토지로서 사업시행자에게 양도되어야 하는 것인바, 쟁점토지는 「도시정비법」 제정전인 2002.11.29.에 00구청으로부터 「주택건설촉진법」에 따라 재건축에 대한 사업계획 승인을 받았고, 2002.12.30. 제정된 「도시정비법」은 주택재건축 사업을 정비사업에 포함하고(도시정비법 제2조), 부칙 제3조에서는 「주택건설촉진법」의 재건축 관련 규정에 의하여 행하여진 처분・절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.”는 경과조치를 규정하고 있어, 쟁점토지는 「도시정비법」에 따른 정비구역안의 토지에 해당하는 것으로 해석되므로, 「조특법」 제77조의 감면대상이 된다고 보인다.

  따라서 처분청이 청구인에게 한 2011년 과세연도 양도소득세 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.