이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1970. 2. 19. 경기도 GG시 JJ구 MM동 234에서 건설업을 주업으로 설립한 법인으로, 「조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)」상 중소기업에 해당한다고 판단하여, 2011사업연도부터 2014사업연도까지 조특법 제10조제1항제3호에서 규정한 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액을 세액공제액으로 적용하여 법인세를 신고․납부하였다.

나. 이후, 처분청은 청구법인이 민간투자대상사업의 시행을 위해 설립된 특수목적법인(SPC)인「○○○학교사랑주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)」의 발행주식 중 166,980주(지분율 30.52%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하게 되어 「중소기업기본법(이하 “중기법”이라한다) 시행령」제3조제1항제2호에서 규정하고 있는 소정의 관계기업에 해당되므로 중소기업에서 배제되는 것으로 판단하여 청구법인이 신고한 2012사업연도부터 2014사업연도까지의 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 부인하고 2015. 11. 30. 납기로 법인세 240,088,590원(2012사업연도 91,409,490원, 2013사업연도 76,874,120원, 2014사업연도 71,804,980원)을 부과처분 하였다.

다. 이에 청구인은 2016.2.5. 이의신청을 거쳐, 2016.7.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 쟁점주식은 2009.4.8. ◎◎◎교육청과 체결한 “◊◊초 외 4교 임대형 민자사업(BTL, 이하 “쟁점사업”이라 한다) 실시 협약”상 시공출자자의 의무출자규정에 따라 취득한 것으로 그 실질은 주식이 아니라 건설공사를 수주하기 위한 초기 매몰비용(Sunk Cost)이며 의결권은 물론 청산시 잔여재산 분배에도 전혀 참여할 수 없는 주식이므로, 관계기업제도 취지상 관계기업과는 전혀 무관한 것임에도 불구하고 형식만을 보고 청구법인의 중소기업 유예를 배제한 처분청의 처분은 부당하다.

나. 쟁점법인은 쟁점사업을 수행하기 위해 설립된 특수목적법인으로서 매출액은 물론 상시 근로자도 없으므로 관계기업제도에 따라 쟁점법인의 매출액 및 상시 근로자 수를 합산하더라도 합산 전 청구법인의 매출액 및 상시 근로자 수 등에 하등의 변화가 없는바 이 경우까지 관계기업이라는 이유로 중소기업 유예기간을 배제한 것은 부당한 처분이다.

다.「구 조특법 시행령」(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 본문에서 “중소기업”이 매출액 1천억원 이상인 경우에는 “중소기업에 해당하지 않는다”고 분명하게 천명하고 있는 만큼 동항 단서에서 규정하고 있는 “중소기업”의 범위에는 매출액 1천억원 미만 등의 요건을 갖춘 기업, 즉 “중소기업 유예중이 아닌 기업”으로 국한하여 해석하여야 하며, 관계기업제도에 따른 중소기업 유예 배제 규정 역시 “중소기업 유예중이 아닌 중소기업”만을 대상으로 하여야 한다(서울행정법원2015구합55318, 2015.12.4., 대전지방법원2014구합3176, 2015.1.14. 참조). 청구법인은 2011사업연도에 이미 매출액이 1천억원 이상이 되어 중소기업에 해당하지 않는다.

라. 설령 ‘중소기업’을 ‘중소기업 유예중인 기업’까지 확대해석하는 것이 타당하다고 하더라도 청구법인은 ‘관계기업제도’ 시행전인 2011년말 종전 규정에 따라 2014년까지 중소기업으로 의제되는 권리를 부여받았는바, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 시행되는 ‘관계기업제도’를 인용하여 청구법인의 중소기업 유예기간을 박탈한 것은 소급입법금지 원칙을 위반한 부당한 처분이다.

3. 처분청 의견

가.「조특법 시행령」제2조제2항 단서 및 제3호는 관계기업에 속하는 기업이 기준에 맞지 아니하는 경우 유예기간을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있고, 2015.2.3. 「조특법 시행령」제2조제2항(유예기간 규정)을 개정하여 관계기업에 따른 독립성 위배 시에도 유예기간을 적용받을 수 있도록 하였으나 그 적용 시기는 2015.1.1 이후 최초로 그 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 하였으므로 청구법인은 이에 해당하지 않는다.

나. 쟁점법인은 부동산업(민간투자사업시설임대)을 영위할 목적으로 ’09.4.10. 설립된 영리법인으로 「중기법 시행령」제2조제3호, 제3조제1항 및 제3조의2제1항에 따라 관계기업에 해당하며, 관계기업제도는 일정기준에 따라 산정한 관계기업들의 매출액 등이 「조특법 시행령」제2조제1항 단서에 해당할 경우 실질적인 중소기업으로 볼 수 없어 중소기업 특례 적용을 배제하겠다는 것이므로 종속기업 주식의 취득사유 등은 고려할 바 아니다.

다. 국세청은 법령에 따라 세무행정을 집행하는 기관이고 처분청은 개정 법령의 확대 해석 없이 조문에 따라 처분하였음에도 청구법인은 실질적 가치가 없는 쟁점주식의 단순 보유를 주장하며 새로 도입된 관계기업제도를 적용하여 중소기업 유예기간을 박탈함은 부당하다는 것은 법령을 잘못 이해한 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1) “연구·인력개발비세액공제”를 적용받던 ‘중소기업 유예기간중인 기업’이 관계기업에 해당하여 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 경우에도 계속 유예기간 적용을 받을 수 있는지 여부

 2) 청구법인과 쟁점법인이 조세특례제한법상 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 ‘관계기업’에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 1) 조세특례제한법 제10조【연구・인력개발비에 대한 세액공제】(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부 개정된 것)

  ① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력개발비에 대해서만 적용한다. <개정 2011.12.31>

   3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 일반연구・인력개발비 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

    가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

    나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구・인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

     1) 중소기업인 경우: 100분의 25

     2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 (이하 생략)

 2) 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

  ① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. <개정 2010.2.18, 2010.12.30>

   1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

   3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제2호다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

   3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  ④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

  ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호가목ㆍ나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <개정 2010.2.18>

 3) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】 (2011.7.25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것)

  ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

   1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

    가. 업종의 특성 나. 상시 근로자 수 다. 자산규모 라. 매출액 등

   2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

  ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업과 중기업으로 구분한다.

  ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

 4) 중소기업기본법 시행령 제2조【정의】 (2011.1.28. 대통령령 제22652호로 개정된 것)

  이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2009.3.25, 2011.1.28>

   3. "관계회사"란 개인 또는 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다.

 5) 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】 (2011.1.28. 대통령령 제22652호로 개정된 것)

  「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. <개정 2009.3.25, 2009.11.19>

   1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

    가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

    나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.

    다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업

    라. 직전 3개 사업연도의 평균매출액이 1천5백억원 이상인 기업

   2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

    가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

    나. 제1호나목에 따른 법인(「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식(「상법」 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

    다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 <2009.3.27. 신설>

 6) 중소기업기본법 시행령 제3조의2 【지배 또는 종속의 관계】 (2011.1.28. 대통령령 제22652호로 개정된 것)

  ① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.

   1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 "주식등"이라 한다)의 100분의 50 이상을 소유하는 경우

    가. 지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 "최다출자자"라 한다)

    나. 가목에 해당하는 자의 친족[배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다), 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말한다]

   2. 지배기업, 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상 100분의 50 미만을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

   3. 지배기업과 제1호 또는 제2호의 관계에 있는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 단독으로 또는 그 지배기업의 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

   4. 지배기업과 자회사가 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

   5. 지배기업과 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자가 자회사와 합산하거나 지배기업과 자회사와 공동으로 합산하여 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하면서 그 종속기업의 최다출자자인 경우

 7) 중소기업기본법 시행령 제7조의2 【관계회사의 상시근로자수등의 산정】(2011.1.28. 대통령령 제22652호로 개정된 것)

  ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

  ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

  ③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다.

 8) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】 (2011.1.28. 대통령령 제22652호로 개정된 것)

  법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. <개정 2009.3.25>

   1. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

   2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조제1호의 기준을 초과하게 되는 경우

   3. 중소기업이 제3조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   4. 중소기업이 제3조제2호에 해당되지 아니하는 경우

 9) 중소기업기본법 시행령 「별표 2」

  1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   가. “형식적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다.

   나. “실질적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다.

   다. “직접 지배”란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이 표에서 같다)의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

   라. “간접 지배”란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

  2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수등으로 보아야 할 상시근로자수등(이하 “전체 상시근로자수등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.

   가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

   나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 지배기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

  3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

   가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 종속기업의 상시근로자수등을 합산한다.

   나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 상시근로자수등을 합산한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인은 건설업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 사업연도별 상시 근로자 수 및 매출액은 아래와 같이 확인된다.

(단위 : 억원, 명)

 2) 청구법인이 법인세 신고서에 기재한 “일반 연구 및 인력개발비 명세서”의 내역은 다음과 같다.

< 일반 연구 및 인력개발비 명세서 >

(단위 : 원)

 3) 처분청이 청구법인에 대하여 2015.11.30. 납기로 과세한 내역은 다음과 같다.

< 법인세 과세내역 >

(단위 : 원)

 4) 청구법인이 2010사업연도부터 2014사업연도까지 법인세 신고서에 첨부한 “중소기업검토표”의 기재 내역을 보면, 업종, 종업원 수, 자본금, 매출액, 자산기준, 소유․경영의 독립성 등이 중소기업 요건에 적합한 것으로 되어 있다.

< 중소기업 검토표 (2011년∼2014년) >

(단위 : 억원)

 5) 청구법인이 2009.4.8. ◎◎◎교육청과 쟁점법인의 출자자가 연서하여 체결하였다는 “쟁점사업 실시협약서”를 제출하였는데, 각 출자자의 구성 및 지분비율은 다음과 같다.

< 출자자 구성 및 지분율 >

 6) 위 AAAA생명보험(주)가 2009.8.18. 쟁점법인에게 “쟁점사업 출자포기서 제출의 건”으로 보낸 공문을 보면, AAAA생명보험(주)가 민자사업에 재무적 투자자로 출자할 예정이었으나, 지분출자에 대한 최종 내부승인을 득하지 못하여 출자를 포기한다는 내용이 기재되어 있으며, 쟁점법인이 2009.8.24. 경기도교육감에게 보낸 “쟁점사업 출자자 및 출자지분 변경 승인 요청” 제목의 공문에 따르면, ㈜BB은행을 재무출자자로 변경하겠다는 내용의 사유서와 (주)BB은행 등 6개 투자법인의 투자확약서, 출자자 및 출자 지분 변동현황이 기재되어 있다.

< 출자자 및 출자지분 변동현황 >

 7) 청구법인이 제출한 2015.12.31. 현재 쟁점법인의 주주명부에서 확인되는 주주별 소유주식 금액은 아래와 같다.

(단위 : 주, 천원)

 8) 청구법인이 제출한 쟁점법인의 재무상태표 및 손익계산서에서 확인되는 쟁점법인의 자산규모 및 매출액은 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

 또한 쟁점법인의 2011사업연도부터 2014사업연도까지 손익계산서상 각 항목별 상세 기표내역은 아래와 같이 확인된다.

(단위 : 백만원)

 9) 청구법인은 2011.12.31. 현재 쟁점법인의 출자지분을 “매도가능증권(자산)”에서 “투자증권손상차손(손익)”으로 대체 분개한 사실이 청구법인의 “계정별 원장”에서 확인된다.

 10) 기타 청구법인이 주장하는 요지를 정리하면 다음과 같다.

  가) 쟁점법인의 설립배경 등

청구법인은 2011사업연도에 최초로 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 기준을 초과하였는바, 규모 기준에 의할 경우 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도인 2011사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2012사업연도부터 2014사업연도까지는 「조세특례제한법」에 따른 “중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업”에 해당한다.

  ◎◎◎교육청은 2008.9.5. “◎◎◎교육청 고시 제2008-46호”를 통하여 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제8조의2 제2항의 규정에 따라 쟁점사업을 민간투자대상 사업으로 지정하고, 동법 제10조 제3항의 규정에 의거 시설사업기본계획을 고시하였다.

  이에 청구법인을 포함한 민자시설사업단(가칭 ○○○학교사랑 주식회사)은 상기 민간투자 사업시행자로 지정받기 위하여 입찰에 참여하여 2009.4.8. ◎◎◎교육청으로부터 최종 사업시행자로 지정받았으며, 이에 따라 청구법인을 포함한 민자시설사업단은 2009.4.8. ◎◎◎교육청과 쟁점사업의 실시협약을 체결하였다.

 * 임대형 민자사업(BTL) : 사회기반시설의 건설 및 운영을 위한 민간투자사업의 한 방식으로서 민간사업자가 자금을 투자하여 사회기반시설을 건설(Build)한 후 준공과 동시에 국가나 지자체로 소유권을 이전(Transfer)하고, 국가나 지자체는 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 사업시행자는 그 시설을 국가 또는 지자체 등에게 임대(Lease)하여 약정 기간 동안 임대료(리스료)를 지급받아 투자금을 회수하는 사업

  임대형 민자사업(BTL)을 수행하기 위해서는 설계, 자금조달, 건설 및 운영을 총괄하여 책임질 특수목적법인(SPC, Special Purpose Company)이 반드시 필요한데 쟁점사업의 경우 쟁점법인이 바로 그 역할을 수행하기 위하여 2009.4.10. 청구법인을 포함한 민자시설사업단의 출자로 설립되었다.

  이와 같이 쟁점법인은 임대형 민자사업(BTL) 방식의 사회기반시설 확충이라는 공익목적을 위해 설립된 비영리법인으로서 일반기업처럼 이익을 추구하는 기업이 아니라 오로지 쟁점사업을 충실히 이행하기 위하여 설립된 특수목적법인으로서 ◊◊초등학교 외 4개 초⋅중⋅고등학교를 건설하여 ◎◎◎교육청에 기부체납한 후 운영개시일로부터 20년간 동 시설에 대한 관리운영업무를 수행, 운영기간 종료 후에는 동 시설에 대한 관리운영권을 ◎◎◎교육청에 이양하고 청산한다.

  나) 쟁점법인의 사업구조 및 자본금의 의미

  쟁점법인의 사업구조는 다음과 같다.

  위와 같이 쟁점법인은 ◎◎◎교육청으로부터 리스료 및 운영비를 수령하여 재무출자자에게는 원리금을, 전문운영사에게는 운영비를 지급하는 소위 도관(導管) 역할과 기타 쟁점사업의 설계, 자금조달, 건설 및 운영을 총괄하여 책임지는 역할만을 수행하는 특수목적법인이다.

  관리운영기간 동안 발생하는 쟁점법인의 비용은 수익자부담의 원칙에 따라 재무출자자, 전문운용사 및 청구법인을 포함한 건설사가 각각의 수익 향유 비율에 따라 부담하도록 협약이 이루어졌다.

  관리운영비용은 미리 납부하도록 협약이 체결되었는바, SPC 특성상 미리 받은 부담금을 쟁점법인의 자본금으로 처리하고, 대신 전문운용사 및 청구법인을 포함한 건설사가 부담금을 납부하고 취득한 쟁점법인의 주식은 ◎◎◎교육청에 대한 리스료의 최대 채권자인 재무출자자가 질권을 설정하였다.

  따라서 쟁점법인의 자본금은 형식만 자본금일 뿐 그 실질은 장래 예상되는 관리운영비용을 수익자로부터 선수한 선수금이며, 주주인 청구법인의 입장에서는 형식만 주식일 뿐 그 실질은 선급비용 또는 초기 매몰비용(Sunk Cost)인 것이다.

  이러한 실질은 쟁점사업 참여 시 민자시설사업단이 ◎◎◎교육청에 제출한 21년간(건설기간 1년, 운영기간 20년)의 추정손익계산서에서도 확인할 수 있다.

< 민자사업 참여 시 제출한 SPC의 21년간 추정손익계산서 >

(단위 : 백만원)

  추정손익계산서 상 ◎◎◎교육청으로부터 수령하는 이자수익은 차입원리금 상환계획에 의거 연도별 차입금 평균잔액에 차입이자율을 적용하여 산정된 이자비용으로 매년 재무출자자에게 모두 지급되는 구조이며, ◎◎◎교육청으로부터 수령하는 운영비수입 역시 전문운영사에게 모두 지급되는 구조로서 운영기간 동안 발생되는 추가적인 이자비용 등을 감안하면 쟁점법인은 자신의 자본금만큼 손실을 입을 수밖에 없는 구조(자본금 명목으로 참여주체로부터 선 수령한 금원으로 향후 20년간의 SPC 관리운영비용에 충당하는 구조임)로 설계되어 있다.

  다만, 쟁점법인의 21년간의 추정손익계산서 상 누적당기순손실은 2,364백만원, 자본금은 2,479백만원(최초 제안 자본구조상 자본금)으로 누적당기순손실이 자본금보다 약간 적으나 이는 SPC 운영 시 발생할 수도 있는 예상하지 못한 비용에 충당하기 위한 일종의 예비비 성격을 가지고 있다.

  그러나 실시협약에 따르면 쟁점법인은 청산시 잔여재산이 있을 경우 이를 전액 재무출자자에게 지급하기로 약정되어 있는바 청구법인의 경우에는 청구법인이 취득한 쟁점주식 가액 전액을 쟁점법인의 20년간 예상되는 관리운영비용으로 전액 부담한 것으로 보아야 한다.

  청구법인은 학교시설 건설용역을 제공하여 그 대가를 수령한 2011년에 쟁점법인과의 모든 정산관계가 종결되었는바, 비록 형식은 주식으로 되어 있지만 그 실질은 건설공사를 수주하기 위한 초기 매몰비용(Sunk Cost)이라는 점, 그리고 의결권은 물론 청산시 잔여재산 분배에도 전혀 참여할 수 없다는 점 등 그 실질을 반영하여 학교시설 건설용역의 제공이 완료된 2011년 결산 시 비망가액 1,000원만을 제외하고 쟁점주식을 투자증권손상차손의 과목으로 하여 전액 비용처리 하였다.

  다) 청구법인이 쟁점주식 30.5%를 취득하게 된 배경

  당초 2009.4.8. ◎◎◎교육청과 체결한 실시협약서 제81조 및 동 실시협약서 별표 2에 따르면 청구법인의 의무참여비율은 4.463%에 불과하였으나, 의무참여비율이 85%였던 재무출자자 “AAAA생명보험 주식회사”가 금융위기 등사유로 2009.8.18. 출자를 포기함에 따라 불가피하게 재무출자자의 의무참여비율을 30%로 낮추어 주식회사 BB은행을 재무출자자로 참여시키기로 합의하였으며, 대신 시공출자자의 비율을 10%에서 65%로 상향조정, 시공출자자인 청구법인의 의무참여비율도 29%로 증가하였다.

  이후 쟁점사업의 총 민간투자비 확정 시 물가상승률 변동 등으로 인하여 총 민간투자비 확정액이 예정액보다 증액되었는바, ◎◎◎교육청과 체결한 실시협약서 제15조제4항에 따른 “민간투자비의 5% 이상 자기자본 납입의무”로 인해 쟁점법인의 자기자본 증가가 불가피하였고, 동 자기자본의 증가는 주주협약 제7조제1항에 따라 시공출자자가 우선하여 부담할 수밖에 없었으며, 이에 따라 시공출자자인 청구법인의 의무참여비율은 당초 4.463%에서 29%로 증가하였다가 다시 30.522%로 최종 확정되었다.

< 최초 제안 자본구조와 최종 자본구조 >

(단위 : 백만원)

 AAAA생명보험주식회사의 출자 포기 등으로 인하여 쟁점사업이 중단될 위기에 놓인 상황에서 청구법인이 장래 예상되는 관리운영비용을 추가적으로 부담하더라도 해당 민자사업을 계속해서 이어갈 수밖에 없는 상황이었으므로 청구법인은 최종 의무참여비율 30.522%를 수용할 수밖에 없었다.

라. 쟁점법인을 조세특례제한법상 청구법인의 관계기업으로 볼 수 있는지 여부

 「구 중소기업기본법 시행령」(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호 및 동령 제3조의2 제1항 제1호에 의하면, 관계기업이란 “「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 다른 국내기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자가 됨에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단”을 의미한다.

 관계기업제도의 기본 개념은 어떤 기업이 다른 기업의 주식 등을 소유하여 중요한 지배력을 행사할 수 있는 요건을 가진 경우, 이를 지배 종속의 관계로 규정하고 이들 기업을 서로 독립된 기업이 아닌 하나의 기업으로 간주하여 상시 근로자 수, 매출액 등을 주식 등의 소유비율만큼 합산하여 중소기업 여부를 판정하는 것이다.

 청구법인의 쟁점주식은 ◎◎◎교육청과 체결한 쟁점사업 실시협약에 따라 시공출자자가 의무적으로 출자하여야 하는 규정에 따라 취득한 것이지 관계기업제도에서 언급하고 있는 다른 국내기업을 지배하기 위한 목적의 취득과는 전혀 무관하며, 특히 쟁점법인의 자본금은 그 실질이 장래 예상되는 관리운영비용을 수익자로부터 선수한 선수금이며, 청구법인의 입장에서는 선급비용 또는 초기 매몰비용(Sunk Cost)이므로, 관계기업 주식으로 볼 성격의 것이 전혀 아니다.

 뿐만 아니라 당초 청구법인의 의무참여비율은 4.463%에 불과하였으나 재무출자자의 출자포기 및 민간투자비 증액 등 불가피하게 30%를 초과하게 된 점, 30%를 초과하더라도 의결권 없으며 잔여재산 분배에도 전혀 참여할 수 없는 점, 쟁점법인은 공익목적을 위해 설립된 비영리법인으로서 자신의 자본금만큼 손실을 입을 수밖에 없는 구조로 설계되어 있다는 점 및 이러한 이유로 청구법인은 학교 건설용역 제공이 완료된 2011년 결산시 비망가액 1,000원만을 제외하고 쟁점주식을 투자증권손상차손의 과목으로 전액 비용처리한 점 등으로 미루어 볼 때 청구법인이 취득한 쟁점주식은 건설공사를 수주하기 위한 초기 매몰비용(Sunk Cost)으로서 일반적인 투자와는 그 성격이 전혀 다른 것이므로 이를 관계기업 주식으로 보는 것은 형식에만 얽매인 처분이라 할 것이다.

 또한 쟁점법인은 실질적인 매출이 없으며(손익계산서상 영업수익은 운영비수익과 금융리스이자로 구성되어 있는바, ◎◎◎교육청으로부터 리스료 및 운영비를 수령하여 재무출자자에게 원리금을, 전문운영사에게는 운영비를 지급하는 소위 도관(導管) 역할만을 수행하는 과정에서 발생한 것이므로 실질적인 매출이 없음) 상시 근로자도 없으므로, 설령 청구법인과 쟁점법인을 지배 종속 관계로 보아 독립된 기업이 아닌 하나의 기업으로 간주하여 상시 근로자 수, 매출액 등을 주식 등의 소유비율만큼 합산하더라도 증가되는 매출액 및 상시 근로자 수 등은 전혀 없다.

마. ‘중소기업 유예중인 기업’이 새로 도입된 관계기업 제도에 의해 유예기업에서 제외되는지 여부

 중소기업 유예 및 유예배제를 규정하고 있는 「구 조세특례제한법 시행령」(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항을 법문대로 해석하더라도 청구법인은 중소기업 유예를 적용받는 것이 타당하다.

 동항은 본문에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 ‘중소기업’이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나, 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 ‘중소기업에 해당하지 아니하게 된 때’에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다. 다만, ‘중소기업’이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다.

 위와 같이 동항 본문과 단서에서 각각 ‘중소기업’이라는 같은 용어를 사용하고 있는바, 본문에서 규정하고 있는 ‘중소기업’의 범위가 매출액 1천억원 미만 등의 기준을 충족하는 기업으로 한정하고 있는 것이 명백한 만큼 동항 단서에서 규정하고 있는 ‘중소기업’의 범위 또한 매출액 1천억원 미만 등의 기준을 충족하는 기업, 즉 ‘중소기업기준을 초과하기 전 기업’으로 한정하여 해석하는 것이 당연하므로, 동항 단서에서 규정하고 있는 ‘중소기업’의 범위만을 본문과 달리 ‘중소기업 유예중인 기업’까지 확대해석하여 청구법인의 중소기업 유예를 배제한 처분은 부당하다.

 청구법인은 매출액 1천억원 이상이 된 2011사업연도부터 이미 중소기업에 해당하지 않으므로 동항 단서에서 규정하는 관계기업제도에 따른 중소기업 유예 배제 규정은 적용할 여지가 없는 것이다.

 만약 처분청의 해석대로 중소기업 유예중인 기업까지도 관계기업 제도에 따라 중소기업 유예를 배제하기 위해서는, “다만, 중소기업 및 본문에 따라 중소기업으로 의제되는 기업이...”라는 형식으로 개정되어야만 중소기업 유예 배제가 가능하다고 할 것이다.

 동 규정상 ‘중소기업’을 ‘중소기업 유예중인 기업’까지 확대해석하는 것이 타당하다고 하더라도 청구법인은 “관계기업제도” 시행전인 2011년말 이미 종전 규정에 따라 2014년말까지는 중소기업으로 의제되는 권리를 부여받았는바, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 시행되는 관계기업제도를 인용하여 기존의 권리를 박탈한 처분청의 처분은 소급입법 금지의 원칙을 위반한 것으로 부당하다.

 최근 판례(서울행정법원2015구합55318, 2015.12.4.)에서도 이미 중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업에게 부여된 유예기간을 실효시키는 규정으로 해석하기보다는, 규모 기준 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업 중 독립성 기준 등에 의해 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업에게 유예기간을 적용하지 아니함으로써 유예기간을 부여하는 대상 기업의 범위를 제한․축소하는 규정으로 해석하는 것이 타당하고, 제2조 제2항 단서에서 말하는 중소기업에는 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다고 하였다(대전지방법원2014구합3176, 2015.01.14. 같은 뜻)

< 위 대전지법 판례와 청구법인의 상황 비교 >

라. 판단

 먼저 “연구·인력개발비세액공제”를 적용받던 ‘중소기업 유예기간중인 기업’이 관계기업에 해당하여 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 경우에도 계속 유예기간 적용을 받을 수 있는지에 대하여 살펴본다.

 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원2002두9537, 2003.1.24. 등 같은 뜻).

 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 ‘「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단’은, 「중소기업기본법 시행령」이 개정(2009.3.25.)되어 중소기업 규모・졸업기준 판단시 매출액을 관계회사간 합산하여 계산하도록 변경됨에 따라 조세특례제한법상 중소기업 규모・졸업기준 판단시에도 매출액을 관계회사간 합산하여 계산하도록 하여 중소기업 범위에 대한 일관성을 유지하기 위해 개정된 것으로 2012.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하였던바(심사법인2015-0041, 2015.11.23. 같은 뜻), 같은 법 시행령 제2조제2항 단서 및 제3호는 같은 법 시행령 제2조제1항제3호에 따른 관계회사간 매출액 합산액이 졸업기준에 해당하는 경우 유예기간 적용을 배제하도록 하였다(심사법인2015-0051, 2015.12.30. 같은 뜻).

 이 건에 있어, 청구법인은 2011사업연도 매출액이 1천억원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 본문 규정에 따라 2011사업연도부터 2014사업연도까지 중소기업으로 유예되고 있었으므로 2012사업연도부터 2014사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나,

 「조특법 시행령」제2조제2항 단서 및 제3호는 관계기업에 속하는 기업이 기준에 맞지 아니하는 경우 유예기간을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있고, 2015.2.3. 「조특법 시행령」제2조제2항(유예기간 규정)을 개정하여 관계기업에 따른 독립성 위배 시에도 유예기간을 적용받을 수 있도록 하였으나 그 적용 시기는 2015.1.1 이후 최초로 그 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 하여 청구법인의 경우는 동 개정 규정이 적용되지 않는 점(심사법인2015-0051, 2015.12.30. 같은 뜻), 청구법인은 2011사업연도에 최초로 매출액이 1천억원 이상이 되어 이미 중소기업을 졸업하고 유예기간 중인 법인으로 2010사업연도에 쟁점법인의 출자지분 30% 이상을 소유하는 최다출자자에 해당되어「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호 다목을 적용할 경우 조특법 시행령 제2조제1항제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 해당하여 2012사업연도부터 유예기간 적용이 배제되는 점(조심2015전1013, 2015.4.20., 심사법인2015-0062, 2016.2.5., 기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26. 같은 뜻) 등으로 볼 때 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 다음으로 청구법인과 쟁점법인이 조세특례제한법상 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 ‘관계기업’에 해당하지 않는다는 주장에 대하여 살펴본다.

 쟁점법인은 부동산업(민간투자사업 시설 임대)을 영위할 목적으로 ’09.4.10. 설립된 상법상 영리법인(주식회사)으로, 청구법인이 2010.3.24. 쟁점법인의 주식 30.5%를 보유하게 됨으로써 「중기법 시행령」제2조제3호 및 제3조의2제1항에 따라 관계기업에 해당하는 점, 청구법인이 취득한 쟁점법인의 주식은 “보통주”로서 의결권 있는 주식에 해당하고, 쟁점법인은 2010사업연도부터 계속 30억원 이상의 매출을 실현하고 있는 점, 관계기업 제도는 일정기준에 따라 산정한 관계기업들의 매출액 등이 「조특법 시행령」제2조제1항 단서에 해당할 경우 실질적인 중소기업으로 볼 수 없어 중소기업 특례 적용을 배제하겠다는 것이므로 종속기업 주식의 취득사유 등은 고려할 바가 아니라고 보이는 점 등으로 볼 때 이와 관련한 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심2014부601, 2014.4.23., 조심2014중0588, 2014.7.29. 등 다수 같은 뜻).

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.