주 문

경기광주세무서장(2016. 3. 1. 신광주세무서에서 명칭변경되었음)이 2015. 5. 6. 청구인에게 한 2011년 과세연도 종합소득세 000원의 부과처분은,

   1. 주식회사 인000의 2011사업연도 과세표준과 세액을 실지조사의 방법으로 경정하고,

   2. 주식회사 인000의 계약 불이행으로 인하여 (주)I00 및 (주)스00이 계약보증금 명목으로 공사대금에서 상계한 금액이 얼마인지 재조사하여 이를 손금산입합니다.

이 유

1. 처분내용

  서울 서초구 잠원동 41-10 주식회사 인000(이하 “청구외법인”이라 한다)은 1999.9.16. 개업하여 정보통신기기 유지보수업을 영위하던 중 2011.4.30. 직권폐업되었으며, 2011사업연도 법인세 신고를 아니하였다.

  반포세무서장(이하 “조사관서”이라 한다)은 2011사업연도 청구외법인의 소득금액을 기준경비율에 의하여 000천원으로 추계결정하여 2013.3.4. 청구외법인에게 법인세 000천원을 결정ㆍ고지한 다음, 추계소득금액 000천원(이하 “추계소득금액”이라 한다)과 직권폐업 당시 미회수 가지급금 000천원 및 인정이자 000천원 합계 000천원을 청구인에게 상여처분하여 2013.3.8. 처분청에 과세자료를 통보하였으며,

  처분청은 2015.6.5. 청구인에게 2011년 과세연도 종합소득세 000천원을 결정․고지하였다.

  청구인은 이에 불복하여 2015.9.11. 이의신청을 거쳐 2016.1.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구외법인의 업황 및 파산경위

 1) 청구인이 27.7%의 지분을 소유한 청구외법인은 AA의 유지보수협력사로서 2007년도에 연매출 500억 원대 중견기업으로 성장하였으나, AA가 2008.1.1. 구조조정인력으로 출자회사인 (주)I00(전국 10개사)를 설립하여 청구외법인이 운영하는 대도시에 산재한 수익성이 좋은 60여개 흑자사업장을 흡수·귀속시키고 수익성이 저조한 40여개 적자사업장을 대체·배정함에 따라 현장직원의 퇴사·입사처리와 사업장 안정화와 관련한 과도한 비용이 발생하고 적자사업장 증가가 원인이 되어 2008년도의 매출액은 전년도 대비 45% 감소한 207억원에 영업적자는 54억원이 발생하였다.

 2) 이후 매년 사업장이 흡수·귀속되어 2009년도 매출액은 160억원으로 감소하고 영업적자는 7억원이 발생하였으며, 특히 잔존사업장이 10개로 축소된 2010년도에는 매출액이 101억원으로 급감하고 영업적자는 12억원이 발생하는 등 사세가 급격히 어려워졌다.

 3) 2011년도에는 7개 사업장이 남아 있었는데 연초에 매출대비 10% 이내에서 외주(매출대비 90% 이상 의무적으로 현장직원 정규직화)를 제한하라는 AA방침(2011. 4월 말까지 시행 불응시 사업장 회수조치)이 시달되면서 청구외법인은 무리한 인력채용에 따른 고정비용 급증으로 어쩔 수 없이 2011.4.13. 파산신청을 하였다.

나. 청구외법인의 2011년도 세금계산서 발행 및 대금정산 내역

 1) 청구외법인은 2011.1.1.부터 파산신청에 이르는 동안 (주)I00(I00서부, I00남부, I00중부, I00호남)와의 거래를 통하여 1,103,758천원(부가세 포함)의 세금계산서를 발행하였으며, ㈜스00 및 그 밖의 법인에게는 440,261천원 및 298,212천원의 세금계산서를 발행하였다.

(단위 : 천원)

 2) 유지보수 수수료는 용역의 대가가 1～3개월 뒤에 정산·입금되는 체계여서 청구외법인은 퇴사자의 임금지급을 위해 AA와 (주)I00(I00서부, I00남부, I00중부, I00호남)에 조기정산을 요청하였다.

    청구외법인이 (주)I00(I00서부, I00남부, I00중부, I00호남)에 발행한 2011년 1분기 세금계산서 1,103,758천원(부가세 포함) 가운데 (주)I00이 실제로 청구외법인에게 정산지급한 금액은 339,541천원이며,

    ㈜스00의 경우에도 청구외법인이 2011년 1분기에 440,261천원(부가세 포함)의 세금계산서를 발행하였음에도 실제로는 74,015천원만을 정산지급하였다.

 3) 결국 청구외법인이 2011년도 1분기에 (주)I00과 ㈜스00에 총 1,544,020천원(부가세 포함)을 발행하였으나 실제로 정산지급된 금액은 413,556천원이고, 나머지 1,130,463천원(쟁점금액)은 미지급되었다.

다. 쟁점금액은 실질적으로 손해배상금에 해당하므로 손금산입하여야 한다.

   청구외법인이 (주)I00과 ㈜스00과 체결한 도급계약을 이행하지 못함으로 인하여 거래상대방이 계약을 해지하고 계약보증금 명목으로 공사대금에서 쟁점금액을 상계하였는바, 이는 법인세법상 손금에 해당한다.

라. 실제 증빙에 의하여 청구외법인의 2011사업연도 소득금액을 계산할 수 있다.

   이미 조사관서가 기준경비율에 의하여 추계결정하면서 인정한 매출액, 주요경비, 그 밖에 증빙자료(통신비, 용역비, 파산비용 관련 증빙을 심리과정에서 추가로 제시하였음)에 의하여 지출사실이 추가로 확인된 비용 등을 반영하여 청구외법인의 2011사업연도 당기순이익을 계산하면 아래와 같이 △445,093천원이다.

(단위 : 천원)

마. 조사관서가 산정한 추계소득금액은 경정수입금액의 26.4%로 과다함

 1) 조사관서가 추계결정하여 산정한 과세표준액은 442,664천원으로 입금액 1,674,756천의 26.4%에 해당한다.

  2) 2010사업연도 청구외법인의 세무조정계산서상 수입금액 10,175,173천원이고, 과세표준액은 △3,270,493천원이며, 과세표준액 산출에 영향을 주는 매출총이익율은 2008년도에 1.3%, 2009년도에 18.5%, 2010년도에 6.7%이다.

    이는 당시 영업환경상 추계에 의하여 산정된 2011년 과세소득이 현저히 높은 수준이며, 심사청구 시 제출하는 비용에 근거한 손익이 타당성이 높음을 반증한다.

 3) 2011사업연도 비용지출과 관련된 금융거래내역은 모든 자료를 법원이 보관하고 있어 담당판사의 허락사항으로 확인하지 못했으나, 청구외법인의 법인금융거래 적법성 및 대표자인 청구인의 공금횡령 여부는 파산재단의 파산종료과정까지 판사와 파산관재인의 강도 높은 심문과 조사를 통해 충분히 검증되었으며 단 1건의 지적사항도 없었다.

바. 법인세 무신고 경위

 1) 2011년도에 청구외법인은 현장직원의 동요와 본사직원의 이탈, 금융권의 차입금 상환압력 및 채권추심, 거래은행의 금융계좌 압류 및 지급정지조치, 협력업체의 공사대금추심, 임금체불로 대표자 고용노동부 고발에 따른 조사, 기업파산신청 후 법원의 대표자 심리 등 산적한 일들을 직원이 모두 퇴사하여 청구인이 혼자 처리할 수밖에 없는 상황이었다.

 2) 2011.7.22. 파산결정 시점부터는 청구인이 청구외법인의 대표직과 대표자권한이 법적으로 모두 상실되고 일체의 회사업무 수행이 금지되었으며, 만약 파산선고 이후에 대표자가 회사업무를 수행하게 되면 과중한 형사처벌을 받게 된다.

 3) 위와 같이 청구인은 파산선고 이후에는 회사의 파산·청산과정에 일체 참여할 수 없어 법인세 신고에 필요한 회사의 재무정보의 파악과 법인세액의 산출 및 신고는 사실상 불가능한 상황이었다.

사. 결론

  청구외법인이 2011사업연도에 주식회사 AA(이하 “AA”라 한다)의 출자회사인 (주)I00과 (주)스00에 총 1,544,020천원(부가세 포함) 상당의 세금계산서를 발행하였으나, 청구외법인의 계약 불이행으로 인해 계약이 해지되어 실제로는 413,556천원만 회수되고, 나머지 1,130,463천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 거래상대방이 계약보증금 등으로 상계하여 회수할 수가 없었다.

  청구외법인의 파산으로 인하여 장부나 그 밖의 증명서류를 제시할 수는 없으나, 주요 계정과목의 수입ㆍ지출사항이 확인되므로 실지조사에 의해 청구외법인의 소득금액을 산정하여야 하며, 쟁점금액은 실질적으로 손해배상금에 해당하므로 이를 손금으로 인정하면 손실이 발생하므로 추계소득금액을 상여처분대상에서 제외하여 당초 고지세액을 경정하여야 한다.

3. 처분청 의견

  청구외법인이 2011사업연도 법인세를 무신고하여 조사관서가 2012. 10월 기한후 신고를 안내하였음에도 청구외법인은 기한후 신고도 이행하지 아니하고, 이의신청을 할 때까지도 어떠한 증빙자료를 제시한 바 없다.

  조사관서는 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 청구외법인의 과세표준과 세액을 결정할 수 없다고 보아 청구외법인이 2011.1.1.부터 2011.4.30.까지 교부한 세금계산서 및 신용카드 매출내역을 근거로 수입금액을 1,674,756천원으로 결정하였으며, 전산조회에 의하여 확인되는 매입세금계산서와 임차료 및 인건비를 주요경비로 인정하여 추계결정한 소득금액을 청구인에게 소득처분하여 종합소득세를 과세한 것은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  법인세 과세표준 및 세액을 실지조사에 의해 결정하고, 계약 불이행으로 인하여 위약금을 지급한 것으로 보아 이를 손금산입할 수 있는지 여부

나. 관련법령

 1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 일부 개정된 것)

  제19조【손금의 범위】

   ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

   ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

   ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제66조【결정 및 경정】

   ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

   ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

  제67조【소득 처분】

   제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2) 법인세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 일부개정된 것)

  제19조【손비의 범위】

   법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

    1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

    3. 인건비

    6. 자산의 임차료

    7. 차입금이자

    20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

  제104조【추계결정 및 경정】

   ① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

     1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

   ② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

    1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

     다. 사업수입금액에「소득세법 시행령」제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

  제106조【소득처분】

   ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

    1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

     나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 3) 민법 제398조【배상액의 예정】

  ① 당사자는 채무불이행에 관한 손해배상액을 예정할 수 있다.

  ② 손해배상의 예정액이 부당히 과다한 경우에는 법원은 적당히 감액할 수 있다.

  ③ 손해배상액의 예정은 이행의 청구나 계약의 해제에 영향을 미치지 아니한다.

  ④ 위약금의 약정은 손해배상액의 예정으로 추정한다.

다. 사실관계

 1) 청구인과 처분청 간에 아래의 사항에 관하여는 다툼이 없다.

  가) 청구외법인은 2011.4.30. 직권폐업되었고, 00지방법원 제00파산부에서 2011.7.22. 파산선고를 받은 후 2011.12.23. 파산등기되었으며, 2011사업연도 법인세 신고를 아니하였다.

 나) 조사관서는 2012.12.3. 청구인에게 2011사업연도 청구외법인의 법인세를 기한후 신고할 것을 안내하였음에도, 청구외법인이 이를 이행하지 아니하자,

   청구외법인이 2011.1.1.부터 2011.4.30.까지 발행한 세금계산서 및 신용카드 매출을 근거로 2013.3.4. 청구외법인의 2011사업연도 수입금액을 1,674,756천원으로, 국세청 대내포털시스템(NTIS) 조회 등에 의하여 확인되는 주요경비를 인정하여 기준경비율로 추계하여 소득금액을 436,764천원으로 각각 결정하였으며,

    위 추계소득금액 436,764천원과 2010사업연도 결산서상의 장기대여금(가지급금) 211,129천원 및 2011.4.30.까지의 인정이자 5,900천원 합계 653,794천원을 대표이사인 청구인에게 상여처분하여 2013.3.4. 청구외법인에게 소득금액변동통지하였다.

(단위 : 천원)

  다) 청구인은 가지급금 211,129천원과 그 인정이자 5,900천원을 청구인에게 상여처분한 것에 관하여는 본 심사청구에서 다투지 아니한다.

 2) 청구인이 제시한 증빙의 주요 내용은 아래와 같다.

  가) 00지방법원 제00파산부가 2011.7.22. 청구외법인에 대하여 한 파산선고 결정서(2011하X00)

  나) 청구외법인의 파산관재인이 2011.11.24. 작성한 파산관재인 보고서

  다) (주)I00서부가 2011.4.1. 청구외법인에게 발송한 ‘계약해지 및 계약보증금 납부 요청 공문(기획조정부-1X-2XX, 2011.4.1.)에는 아래와 같은 내용이 나타난다.

   (1) (주)I00서부 사업계획부에서 2011.3.21.부터 2011.3.30. 사이에 발송한 ‘현장상황 악화에 따른 귀사 입장 통보 요청’ 등 3건의 공문과 관련이다.

   (2) 당사와 귀사 간에 아래 공사건에 대하여 도급계약을 체결하였으나, 귀사의 임금체불, 실질적 현장파업에 따른 고객서비스 지장 초래 등 계약조건에 위반되는 사항이 발생되어 통신서비스의 특성상 고객서비스 계속성 유지를 위하여 사전에 귀사의 현장상황 및 조치계획을 수차례 요구하였으나, 당사로 통보한 사실도 없고, 현장상황이 전혀 개선되지 않음에 따라, 한시도 중단할 수 없는 대국민 통신서비스의 중요성에 비추어 불가피하게 아래 도급계약을 2011.4.1.자로 해지함을 통보한다.

   (3) 또한 귀사의 계약의무 미이행에 의한 계약해지에 따라 도급계약 체결 시 귀사에서 제출한 계약보증금 납부각서에 의거, 상기 계약보증금(495,144천원) 납부를 요청하오니 2011.4.10.까지 납부하여 주시기 바라며, 만약 납부하지 않을 시에는 개통, A/S공사 정산대금(3월 작업분)에서 공제처리 예정이오니 이점 유념하여 주시기 바란다.

  라) (주)I00서부 기획조정부에서 2011.5.6. 청구외법인에게 발송한 ‘2011.3월 개통, A/S 공사대금 정산내역 및 계약보증금 납부통보’에 의하면, (주)I00서부가 실제로 아래와 같이 청구외법인에게 지급할 공사대금 332,486천원에서 계약보증금 140,258천원을 상계하고, 하도급 공사대금 179,398천원을 하청업체에게 직접 지급한 것으로 나타난다.

  마) 청구외법인과 (주)아00남부(I00남부)* 간에 2011.1.1. 체결된 공사표준도급계약서 및 계약보증금 납부각서에 의하면, 양 측이 2011.1.1. 계약금액 1,051,026천원에 AA영통, 고덕 개통 및 AS공사를 계약을 체결하였고, 같은 날 청구외법인은 계약의무를 이행하지 못하여 (주)아00남부 계약규정(AA 계약규정 제38조 적용)에 따라 납부사유가 발생될 경우 계약보증금 상당액을 조건없이 현금으로 납부할 것을 확약하고 서약서를 제출한다는 내용의 계약보증금 납부각서를 (주)아00남부에 교부한 것으로 나타난다.

   * 청구인은 (주)I00남부와 (주)아00남부가 동일한 회사인데 편의상 상호를 (주)I00남부와 (주)아00남부로 혼용하였으며, (주)I00(I00서부, I00남부, I00중부, I00호남)은 같은 형식의 도급계약서 및 계약보증금 납부각서를 사용하였다고 주장하였다.

  바) 청구인이 심사청구 심리과정에서 2011년도 제1분기 청구외법인의 구체적인 공사대금 정산내역을 입증하기 위하여 (주)I00(I00서부, I00남부, I00중부, I00호남)와 ㈜스00의 각 업무담당자가 확인한 내용을 요약하여 추가로 제출한 보충자료에 의하면,

    계약보증금을 차감하고, 일부는 청구외법인의 하도급업체에게 직접 지급하였다는 내용이 기재되어 있으나 각 업체별로 얼마를 계약보증금으로 차감하고 지급하였는지 구체적인 금액은 확인되지 아니하며, 당시 계약보증금 처리는 AA방침에 따라 (주)I00의 4개 법인이 동일하게 시행하였다고 기재되어 있다.

  사) 청구인이 심리과정에서 추가로 제시한 증빙서류에 의하면, 청구외법인이 2011사업연도에 IDC센터 사용로(통신료) 6,652천원, 변호사 수임료 3,000천원 및 파산관재인 보수 등 9,465천원을 지급하였음이 확인된다.

  아) 청구외법인의 2008사업연도부터 2010사업연도까지의 요약손익계산서는 아래와 같다.

(단위 : 백만원)

   또한 손익계산서상 지급이자 계상내역을 보면, 2010사업연도에 437,841천원, 2009사업연도에 500,782천원이 각각 발생하였는바, 2011사업연도에도 지급이자가 발생하였을 개연성이 높아 보인다.

  자) 청구인은 청구외법인의 2011사업연도 장부가 분실된 상태이나 처분청이 인정한 주요경비와 쟁점금액만을 손금으로 인정하더라도 소득금액이 발생하지 아니하며, 과세관청이 거래상대방을 통해서도 충분히 확인이 가능하다고 주장하고 있다.

라. 판 단

 1) 먼저 청구외법인의 2011사업연도 법인세 과세표준과 세액을 실지조사의 방법에 의하여 경정할 수 있는지 여부를 본다.

   종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용 되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치․기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니된다(대법원 2012.9.13. 선고 2011두9560 판결, 심사소득2006-0400, 2007.3.30. 참조).

   본건의 경우 청구외법인이 2010사업연도까지 외부조정에 의하여 법인세를 신고하였고, 2011사업연도 수입금액이 1,674,756천원이라는 점에 대하여는 다툼이 없는 점, 조사관서가 청구외법인의 2011사업연도 법인세 과세표준과 세액을 추계결정하면서 1,075,540천원을 이미 주요경비로 인정한 점, 청구인이 심리과정에서 제시한 증빙서류에 의하여 19,117천원이 추가로 비용으로 지출된 사실이 확인되는 점, 2008사업연도 이후의 손익계산서에 계상된 비용항목에 비추어 지급이자 등도 별도로 지출되었을 개연성이 높아 보이는 점 등을 감안할 때, 청구외법인의 2011사업연도 법인세 과세표준과 세액을 실지조사 방법에 의하여 경정함이 타당하다고 판단된다.

 2) 다음으로 청구외법인이 도급계약을 불이행함에 따라 계약이 해지되어 계약보증금 중에서 쟁점금액 상당액이 위약금으로 공사대금에서 상계된 것으로 보아 이를 손금산입할 수 있는지를 본다.

  가) 도급계약서 및 그 계약내용에 편입된 약관에 수급인의 귀책사유로 인하여 계약이 해제된 경우에는 계약보증금이 도급인에게 귀속한다는 조항이 있을 때 이 계약보증금이 손해배상액의 예정인지 위약벌인지는 도급계약서 및 위 약관 등을 종합하여 구체적인 사건에서 개별적으로 결정할 의사해석의 문제이고, 위약금은 민법 제398조 제4항에 의하여 손해배상액의 예정으로 추정되므로 위약금이 위약벌로 해석되기 위하여는 특별한 사정이 주장ㆍ입증되어야 한다(대법원 2001.1.19. 선고 2000다42632 판결; 대법원 2000.12.8. 선고 2000다35771 판결 참조).

  나) 본건의 경우 (주)I00서부의 사업계획부와 기획조정부에서 2011.4.1.과 2011.5.6. 청구외법인에게 각각 발송한 공문, 청구외법인과 (주)아00남부(I00남부) 간에 2011.1.1. 체결된 공사표준도급계약서 및 계약보증금 납부각서, 그리고 (주)I00(I00서부, I00남부, I00중부, I00호남)와 ㈜스00의 각 업무담당자가 확인한 내용 등을 종합하여 볼 때, 청구외법인의 귀책사유로 인하여 2011사업연도에 도급계약을 이행하지 못함에 따라 (주)I00나 (주)스00이 계약보증금 명목으로 공사대금에서 일부금액을 상계한 것으로 보인다.

  다) 그렇다면 위 계약보증금은 사실상 위약금에 해당한다 할 것이고, 위약금은 민법 제398조 제4항에 의하여 손해배상액의 예정으로 추정되므로 손해배상금에 해당하지 아니한다고 볼 만한 특별한 사정이 주장ㆍ입증되지 아니한 이상 손금에 해당한다 하겠다(서이46012-11054, 2003.5.26., 법인22601-2122, 1990.11.9. 참조).

  라) 다만, 청구외법인이 2011사업연도에 지급받을 공사대금에서 각 업체별로 얼마를 계약보증금으로 상계하였는지 구체적으로 확인되지 아니하나, 조사관서가 거래상대방을 통해서도 그 상계내역을 확인할 수 있어 보이는바, 이를 재조사하여 손금산입할 금액을 산정함이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

  이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.