주 문

동대문세무서장이 2017.10.11. 청구인에게 한 2016년 과세연도 종합소득세 986,138원의 부과처분은 이를 취소합니다.

이 유

1. 처분내용

 가. 청구인의 세무대리인은 회계프로그램에서 청구인의 2016년 종합소득세 신고서상 신고유형을 “자기조정”으로 선택하여 신고서 작성 후, 홈텍스 홈페이지에 종합소득세 신고서 및 조정계산서 등을 제출하였다.

 나. 서울지방국세청 성실납세지원국은 복식부기의무자 추계신고시 조세특례제한법 제128조 제2항에 따라 세액감면을 배제한다는 기획재정부 예규(조세특례제도과-335, 2017.3.27.)에 따라 복식부기의무자가 조정계산서를 제출하지 않는 경우에도 추계신고와 같이 무신고로 간주하므로 조세특례제한법에 따른 감면세액을 추징하라는 내용의 업무명령과 함께 감면세액 추징대상자의 명단을 각 관할세무서에 시달하였다.

 다. 이에 처분청은 복식부기의무자인 청구인이 외부조정계산서를 첨부하지 않고 자기조정계산서를 첨부하였으므로 소득세 신고를 하지 아니한 것으로 보아 중소기업특별세액감면을 배제하고, 무신고가산세를 부과하여 2016년 과세연도 종합소득세 986,138원을 경정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

 라. 청구인은 이에 불복하여 2017. 10. 18. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

   세무대리인이 기장대리를 수임하고, 세무대리인의 아이디로 종합소득세 신고를 전자로 하였다면 조정계산서를 세무사가 작성한 사실을 누구나 알 수 있으므로 외부조정에 의한 신고로 볼 수 있다. 단순한 착오로 ‘자기조정’을 선택하여 신고했다는 이유로 종합소득세 신고를 하지 않은 것으로 보는 것은 외부조정신고제도의 합목적성에 반한다.

3. 처분청 의견

   청구인은 외부조정신고대상자이므로 종합소득세 신고시 외부조정계산서를 첨부하여야 하나 자기조정계산서를 첨부하였으므로 무신고로 보아 한 쟁점처분은 타당하다.

4. 심리 및 판단

 가. 쟁점

    세무대리인이 외부조정대상자의 종합소득세 신고를 하면서, 회계프로그램에서 자기조정을 선택하여 세무대리인의 명의가 들어가지 않은 경우, 무신고로 보아 중소기업특별세액감면을 배제하고 무신고가산세를 부과한 것이 타당한지 여부

 나. 관련법령

 1) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

  ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

 2) 소득세법 제70조 【종합소득과세표준 확정신고】

  ④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

   3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서

  ⑥ 소득금액의 계산을 위한 세무조정을 정확히 하기 위하여 필요하다고 인정하여 제160조제3항에 따른 복식부기의무자로서 대통령령으로 정하는 사업자의 경우 제4항제3호에 따른 조정계산서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 대통령령으로 정하는 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다.

   1. 「세무사법」에 따른 세무사등록부에 등록한 세무사

   2. 「세무사법」에 따른 세무사등록부 또는 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사

   3. 「세무사법」에 따른 세무사등록부에 등록한 변호사

 3) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

 4) 소득세법 제160조 【장부의 비치·기록】

  ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다.

  ② 업종·규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치·기록한 것으로 본다.

  ③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다.

  ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 장부·증명서류의 기록·비치에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5) 소득세법 제161조 【구분 기장】

    제59조의5제1항제2호에 따라 소득세를 감면받으려는 자는 그 감면소득과 그 밖의 소득을 구분하여 장부에 기록하여야 한다.

 6) 소득세법 시행령 제131조 【조정계산서】

  ① 법 제70조제4항제3호 본문의 조정계산서(이하 이 조에서 "조정계산서"라 한다)는 수입금액 및 필요경비의 귀속시기, 자산ㆍ부채의 취득 및 평가 등 소득금액을 계산할 때 법과 기업회계의 차이를 조정하기 위하여 작성하는 서류로서 기획재정부령으로 정하는 서류로 한다.

  ③ 조정계산서에는 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여야 한다.

  ⑤ 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 요건을 갖춘 사업자는 제3항에 따른 서류 중 국세청장이 정하는 서류를 조정계산서에 첨부하지 아니할 수 있다. 이 경우 첨부하지 아니한 서류가 신고내용의 분석 등에 필요하여 납세지 관할지방국세청장 또는 납세지 관할세무서장이 그 제출을 서면으로 요구하는 경우에는 이를 제출하여야 한다.

 7) 소득세법 시행령 제131조의2 【외부세무조정 대상사업자의 범위】

  ① 법 제70조제6항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "외부세무조정 대상사업자"라 한다)를 말한다.

   1. 직전 과세기간의 수입금액이 다음 각 목의 업종별 기준수입금액 이상인 사업자. 이 경우 가목부터 다목까지의 규정에 따른 업종을 겸영하거나 사업장이 둘 이상인 사업자의 경우에는 제208조제7항을 준용하여 계산한 수입금액을 기준수입금액에 의한다.

   가. 농업ㆍ임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업(상품중개업은 제외한다), 제122조제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 나목 및 다목에 해당하지 아니하는 사업: 6억원

   나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기ㆍ가스ㆍ증기 및 수도사업, 하수ㆍ폐기물처리ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외하고, 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다), 운수업, 출판ㆍ영상ㆍ방송통신 및 정보서비스업, 금융 및 보험업, 상품중개업: 3억원

   다. 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업, 부동산관련 서비스업, 임대업(부동산임대업은 제외한다), 전문ㆍ과학 및 기술서비스업, 사업시설관리 및 사업지원서비스업, 교육서비스업, 보건업 및 사회복지서비스업, 예술ㆍ스포츠 및 여가 관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업，가구내 고용활동: 1억 5천만원

   2. 복식부기의무자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업자

   가. 직전 과세기간의 소득에 대한 소득세 과세표준과 세액을 추계결정 또는 추계경정을 받은 자

   나. 직전 과세기간 중에 사업을 시작한 사업자. 다만, 제147조의3 또는 「부가가치세법 시행령」 제109조제2항제7호에 따른 사업자로서 제208조제5항제2호에 해당하는 사업자는 제외한다.

   다. 「조세특례제한법」에 따라 소득세 과세표준과 세액에 대한 세액공제, 세액감면 또는 소득공제를 적용받은 사업자. 다만, 「조세특례제한법」 제7조, 제86조의3 또는 제104조의8의 어느 하나의 규정만을 적용받은 사업자는 제외한다.

  ② 제1항제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 사업자는 종합소득 과세표준확정신고를 할 때 정확한 세무조정을 위하여 법 제70조제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "세무사등"이라 한다)가 작성한 세무조정계산서를 첨부할 수 있다

 8) 소득세법 시행령 제131조의3 【조정반】

  ① 법 제70조제6항에서 "대통령령으로 정하는 조정반(이하 이 조에서 "조정반"이라 한다)"이란 대표자를 선임하여 지방국세청장의 지정을 받은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 이 경우 세무사등은 하나의 조정반에만 소속되어야 한다.

   1. 2명 이상의 세무사등

   2. 세무법인

   3. 회계법인

  ② 제1항제2호 또는 제3호의 법인은 법 제70조제4항제3호에 따른 조정계산서를 작성할 때에 2명 이상의 소속 세무사등을 참여시켜야 한다.

  ③ 제1항에 따른 조정반의 신청, 지정, 지정취소 및 유효기간 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 9) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】】

  ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

   1. 감면 업종

    마. 제조업

   2. 감면 비율

    나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20

 10) 조세특례제한법 제128조 【추계과세 시 등의 감면배제】

  ② 「소득세법」 제80조제1항 또는 「법인세법」 제66조제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조제1항ㆍ제3항, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항, 제121조의22제2항을 적용하지 아니한다.

 11) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

  ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20>

   1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

   2. 제1호 외의 경우: 100분의 20

  ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20>

   1. 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 하지 아니한 자가 「소득세법」 제160조제3항에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인인 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 금액과 제1항 각 호의 구분에 따른 금액 중 큰 금액

    가. 제1항제1호의 경우: 수입금액에 1만분의 14를 곱한 금액

    나. 제1항제2호의 경우: 수입금액에 1만분의 7을 곱한 금액

 다. 사실관계

  1) 청구인은 2006. 8. 10. “A”이라는 상호로 제조업체(세척제)를 개업하여 운영하고 있고, 2015. 7. 7. B 세무사를 세무대리인으로 선임하여 기장대리 및 종합소득세 신고 등을 위임하였다.

  2) 청구인의 2015년 내지 2016년 종합소득세 신고는 홈텍스 홈페이지에서 전자로 이루어졌고, 신고를 한 자의 아이디는 "C"이다.

  3) 국세청 내부망에서 홈텍스 아이디 "C"를 사용하는 사람을 조회하면 ‘B 세무사’로 조회된다.

  4) 청구인의 2016년 종합소득세 신고서에는 “⑧신고유형”이 “11 자기조정”으로 선택되어 있고, 신고서를 제출한 세무대리인란이 공란이며, 종합소득세 신고서에 첨부된 조정계산서의 세무대리인란도 공란이다.

  5) 청구인의 2015년 종합소득세 신고서에는 “⑧신고유형”이 “12 외부조정”으로 선택되어 있고, 신고서를 제출한 세무대리인은 “B”로 기재되어 있고, 종합소득세 신고서에 첨부된 조정계산서의 세무대리인도 “B”로 기재되어 있다.

  6) 중부지방국세청장은 2017. 1. 3. 조정반 지정번호 000호로 대표자 B, 구성원 김**을 유효기간 2017. 12. 31.까지 조정반으로 지정하였다.

  7) B 세무사 사무소는 “더존 스마트a”라는 회계프로그램을 사용하는데, 위 사무소에서 일하는 직원 D은 위 프로그램으로 청구인의 2016년 과세연도 종합소득세 신고서 및 조정계산서를 작성하면서 신고유형을 “자기조정”으로 선택하였다. D은 위와 같이 작성한 신고서 및 조정계산서를 홈텍스 홈페이지에 ‘파일변환’ 방식으로 업로드하였다.

 라. 판단

   소득세법 제70조 제4항 제3호, 제6항에 의하면 복식부기의무자가 종합소득세 신고를 하는 경우 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다. 이 사건에서 보건대, ① 청구인은 2015. 7. 7. 장부기장 및 종합소득세 신고 등을 B 세무사에게 위임한 점, ② B 세무사는 조정반에 소속되어 있는 점, ③ 청구인의 2016년 과세연도 종합소득세 신고서 및 조정계산서를 홈텍스 홈페이지에 제출한 사람이 B 세무사인 점에 비추어 보면, 청구인의 2016년 과세연도 종합소득세 신고서 및 조정계산서를 작성한 사람이 B 세무사라는 사실을 넉넉히 추단할 수 있는 점, ④ 비록 B 세무사 사무소의 직원이 회계프로그램으로 종합소득세 신고서 및 조정계산서를 작성하면서 실수로 신고유형을 ‘자기조정’으로 선택하여 세무대리인의 명의가 기재되지 않았으나, 실제로 위 신고서 및 조정계산서를 작성한 사람이 조정반에 속한 B 세무사라는 사실에는 변함이 없는 점 등을 종합하여 보면, 청구인은 조정반에 속한 세무사가 작성한 외부조정계산서를 첨부하여 적법하게 종합소득세 신고를 한 것으로 봄이 상당하므로 쟁점처분은 부당하여 취소되어야 한다.

5. 결론

   이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.