주 문

  **세무서장이 2017.7.3. 청구법인에게 한 2012년 사업연도 법인세 57,583,815원, 2013년 사업연도 법인세 211,718,241원 중 쟁점① 부외비용 추가 손금산입 대상금액은 청구법인의 금융계좌 거래내역, 회계장부 또는 거래근거자료, 지출금액의 귀속자, 지출 금원의 용도 등에 대한 확인을 토대로 부외경비인지 여부 및 부외경비 해당 금액을 재조사하고, 쟁점② 영농조합법인의 농업소득외 소득에 대한 법인세 면제 소득금액은 조합원 자격 유무, 실제 조합원 여부 등을 재조사하여 산정하고, 상기 재조사 결과에 따라 해당 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1994.8.1.개업하여 농산물인 호두, 잣, 곶감을 농민과 수집상 등으로부터 매입하여 선물세트로 포장하여 농협, 백화점 등에 판매하는 법인으로 2012∼2013년 사업연도에 대하여「조세특례제한법」제66조에 따른 농업소득외의 소득에 대한 법인세 면제를 받지 않고 법인세 신고를 하였다.

나. **세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2017.5.2.부터 2017.6.5.까지 청구법인의 2012∼2013년 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 수입금액을 과다계상한 432백만원, 가공매입 및 비용 과다계상분 903백만원 등을 적출하여 2017.7.3. 청구법인에게 2012년 사업연도 법인세 57,583,815원, 2013년 사업연도 법인세 211,718,241원 합계 269,302,056원을 경정·고지하고, 과다계상 비용 등 903백만원을 대표자 상여처분하여 소득금액 변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2018.3.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

[부외비용 등 관련 쟁점 요약]

(단위:천원)

2. 청구주장

가. 청구법인이 지출한 포장비, 냉동비, 원재료비, 인건비 등은 당좌어음, 수표, 무통장입금 등 대금결제사실이 명백하므로 손금으로 인정하여야 한다.

1) (포장비, 쟁점①-1,2,3,4,5) 청구법인은 농민 및 수집상으로부터 매입한 농산물을 포장 후 종합선물세트에 담아 대형유통업체(농협, 백화점 등) 및 통신으로 판매할 때 사용한 목상자, 인쇄, 보자기 등에 대한 비용에 대하여 장부상 계상하지 아니한 금액은 손금으로 인정하여야 한다.

 AA산업(목상자), BB커뮤니케이션(종이박스), CCC사(바구니) 등으로부터 포장 물품을 구입하고 청구법인이 발행한 당좌어음・수표로 결제한 사실이 어음・수표 이면 배서에서 확인할 수 있으므로 비용으로 인정하여야 한다.

 BB커뮤니케이션 거래증빙은 농협계좌에서 이체한 대금입금전표 및 제작청구서가 있다. 처분청은 BB커뮤니케이션과 거래가 2011년으로 추정된다고 주장하나, 청구법인이 증거자료로 제출한 것은 제작청구서이지 대금청구서가 아니다. 2012.1.13. 제작청구서에 기재된 미수금 2,372천원은 2011년 거래이고 나머지 금액은 앞으로 제작할 포장용 종이박스이다. 2012.12.3. 11,400천원의 금융거래가 확인되지 않는다고 하지만 분명 그날 지급한 것이고 설사, 지급하지 아니한 외상거래라고 하여도 비용으로 인정하여야 한다.

 DD무역으로부터 바구니를 매입하고 청구법인의 농협계좌에서 DD무역으로 계좌 이체하여 지급한 금액은 주문계약서, 입금전표 증빙이 있으므로 비용으로 인정하여야 한다.

2) (인쇄비, 쟁점①-6,7) 농산물을 목상자 등 포장용기에 담아 청구법인의 상호 등이 인쇄된 보자기에 싼 후 일반 소비자에게 판매하는바, 이에 따른 인쇄비(FF인쇄, GG인쇄), 보자기 구입대금(EE보자기)을 손금으로 인정하여야 한다. 증빙은 당좌어음・수표로 결제한 사실이 어음・수표 이면 배서에서 확인할 수 있으므로 비용으로 인정하여야 한다.

3) (냉동비, 쟁점①-8) 냉동비는 청구법인이 명절(설, 추석)에 대형마트에서 선물세트 판매행사를 하면서 이용한 (주)HH냉동산업 냉동고 사용비용이며, 증빙은 청구서가 있다.

 상기 청구서는 냉동고 사용 장소, 일수, 단가 금액이 기재된 대금지급 청구서이고 청구법인이 명절에 냉동고를 사용하였음이 분명하므로 대금지급 금융증빙 등 제출 여부와 관계없이 비용을 인정하여야 한다.

 금융거래내역상 2013.4.1. 10,000천원을 계좌이체했으나 (주)HH냉동산업이 세금계산서를 발급하지 않아 비용처리를 하지 못한 것이다.

4) (JJ농원 농산물 매입비, 쟁점①-9) JJ농원 JOO이 청구법인에게 생산자증명으로 농산물을 공급한 것으로, 거래증빙은 JJ농원(OOO, 김상진)거래표, 통장입금전표, 당좌어음, 수표내역 및 어음・수표 사본이 있다.

 처분청은 김상진이 2013년 생산자증명으로 청구법인에 농산물을 납품한 금액은 세무조사시 인정하였음에도, JOO이 납품한 182백만원은 인정하지 않는데, 청구법인이 JJ농원과 계산서(직접거래), 생산자증명(수집대행)으로 2012 ～ 2014년 상반기까지 거래한 금액은 554백만원이고, 청구법인이 당좌로 결제한 금액은 938백만원, 계좌이체로 지급한 50백만원 합계 988백만원으로 차액 434백만원은 2011년 말 청구법인이 지급하지 아니한 외상대금을 준 것이 확실해 JOO과의 거래도 인정하여야 한다.

 처분청은 생산자구매사실증명서는 국내산인 원산지 증명에 불과해 객관적인 증빙이 되지 아니한다고 주장하나, 그렇다면 처분청이 당초 조사 시 인정한 김상진의 생산자구매사실증명서는 어떠한 근거로 인정했는지 전후가 맞지 않는 주장이다.

 청구법인이 JOO에게 통장으로 입금한 2013. 11. 1. 50백만원, 2014. 2. 11. 당좌로 준 20백만원은 확실한 거래대금으로 손금 인정하여야 한다. 처분청은 상기 금액은 차용한 100백만원을 변제한 것이라 주장하고 있으나 차용한 100백만원은 2013. 4. 2. 50백만원, 2013. 4. 3. 50백만원을 법인통장에서 계좌이체로 변제하였으므로 처분청의 주장은 이유가 없으며, 이에 대한 증빙은 전표가 있다.

 처분청은 JOO이 청구법인에 대한 미수금이 500백만원이고 이에 대한 이자가 매월 4백만원 지급되었음을 JOO이 확인하였으므로 JOO에게 지급한 금액이 미수금 정산이라 주장하고 있으나, 그렇다면 청구법인이 매월 4백만원씩 지급한 2012년 이자비용 48백만원은 비용으로 인정하여야 한다.

5) (KKK 농산물 매입비, 쟁점①-10) 농민인 KKK에게 농산물을 매입한 원재료 매입비용으로, 2012. 10. 2. 당좌로 지급한 10백만원 증빙이 있다.

6) (인건비 등 쟁점①-11, 12) 청구법인이 기술개발 및 공동과제를 수행하면서 지출한 인건비, 부담한 비용에 대해 무통장입금한 사실이 있고, 증빙으로 기술개발 인건비 및 공동과제 비용명세서, 무통장입금증, 공동사업관련내부결의서, 공동과제계약서 등이 있다.

 2013년 기술개발로 인한 인건비 16백만원은 모든 근무자에게 무통장입금하였다.

 2013년 삼채김치 축제 판촉물제작 등을 하면서 부담한 비용 22백만원을 LL포트에게 무통장입금한 사실이 있다.

7) 상기 원재료비 등이 손금으로 인정되면 가공매입 등으로 대표자에게 귀속된 사실이 없으므로 대표자 상여로 통지한 소득금액변동통지서도 취소되어야 한다.

나. 조세특례제한법 제66조에 따라 2013년 농업소득외 소득금액 60백만원에 대하여 법인세 면제 규정을 적용하여야 한다.

 청구법인은 조세특례제한법이 규정한 영농조합법인으로 정조합원이 5명인바, 2013년 사업연도 농업소득외 소득금액 1인당 12백만원씩 합계 60백만원에 대하여「조세특례제한법」 제66조에 따른 법인세 면제 규정을 적용해야 한다.

3. 처분청 의견

가. 청구법인이 계상한 포장비, 냉동비, 원재료비, 인건비 등에 대한 구체적인 거래근거 자료의 제출이 없고, 금융거래상 확인되지 않아 손금으로 인정할 수 없다.

1) (포장비, 인쇄비, 쟁점①-1～7) 청구법인은 포장비 등 비용을 지출하였다는 사실을 확인할 수 있는 구체적인 거래일자, 거래내역, 거래품목 등 실거래 근거자료를 제출하지 않아 사실관계를 확인할 수 없으며, 제출한 금융증빙도 당좌어음의 발행일자와 비용 발생시기가 서로 달라 인정할 수 없다.

 청구법인이 제출한 금융거래내역으로는 실제 물품을 매입한 거래인지, 물품을 매입하였다고 하더라도 거래일자에 따른 귀속이 언제인지 정확히 알 수 없다.

 포장비 증빙으로 제출한 약속어음 중 AA산업 등 일부 거래처의 경우, 어음 등 발행연도는 2011년이고, 지급연도는 2012년으로 청구법인이 주장하는 2012∼2013년 포장비 지급과는 관련이 없는 등 거래일자에 따른 귀속이 언제인지 정확히 알 수 없다.

 DD무역(주) 매입분과 관련하여, 청구법인 계좌(***646)에서 28,225천원을 계좌이체하여 지급하고 입금 전표 처리한 것이 확인되나, 당초 회계처리 과정에서 포장비로 계상하지 않았던 사유와 사실과 다른 회계처리에 따른 사실관계 확인 없이 비용으로 인정할 수 없다.

 BB커뮤니케이션 관련하여 2012.1.13. 작성된 홈플러스용 곶감박스 제작에 따른 제작청구서는 당초 견적서에 의하여 물품납품계약이 체결되고 물품납품이 완료된 상태에서 BB커뮤니케이션이 청구법인에 제작비 대금 지급을 청구하면서 작성된 청구서로 거래시기가 2011년으로 추정되므로 2012년 거래로 인정할 수 없다.

 청구법인은 BB커뮤니케이션에 36,400천원을 지급한 것으로 주장하고 있는데, 이 중 2012.3.12. 15,000천원, 2012.11.1. 10,000천원의 계좌이체로 지급되었으나 상기와 같이 2011년 거래에 대한 대금으로 추정되며, 2012.12.3. 11,400천원의 금융거래는 청구법인 계좌에서 출금된 것은 확인되지만 물품거래 대가인지는 불분명하다.

 청구법인은 사업상 어려움으로 거래처에 외상매입거래가 많은 것으로 보아 2012년 사업연도의 매입거래가 아닌 이전 매입거래이거나 채무상환으로 판단되므로 2012년의 경비로 인정할 수 없다.

 청구법인의 매입거래처 중 2012.8.20. JJ농원과의 농산물 납품계약 내용을 살펴보면, 대형유통업체와 홈쇼핑 판매용을 JJ농원이 청구법인에 납품하면서 거래처 JJ농원에서 농산물을 포장까지 완료(스치로폼 포장까지, 상자 값은 별도)하여 납품하는 것으로 확인되는바, 청구법인이 포장비를 추가 지급하였다는 주장은 인정할 수 없다.

2) (냉동비, 쟁점①-8) 청구법인은 냉동고 사용 비용 증빙으로 (주)HH냉동산업 법인에서 작성한 청구서 4매를 제출하였으나, 청구서 자료만으로는 거래사실을 인정할 수 없고 추가 실거래 입증자료가 필요하며, 대금지급 금융증빙 자료를 제시하지 않아 비용으로 인정할 수 없다.

 청구법인이 거래처 (주)HH냉동산업에 냉동고 사용료로 지급하였다는 10백만원은 청구법인의 농협계좌(002646)에서 (주)HH냉동산업에 2013.4.1. 지급한 것으로, 2013.4.4.(주)HH냉동산업에서 10백만원을 청구법인의 동일 계좌로 재입금한 것으로 보아 청구법인이 냉동고 사용료를 지급하였다는 주장은 인정할 수 없다.

3) (JJ농원 농산물 매입비, 쟁점①-9) 청구법인이 JJ농원 농산물 매입비용이라고 주장하는 2013년 당좌지급 금액은 수 년 전부터 JJ농원과 거래한 외상매출채권을 지급하거나 농산물 매입과 관련없는 채권․채무 거래일 뿐, 이 건 쟁점 매입과는 관련이 없다.

 청구법인은 JOO에게 2013.11.1. 50백만원을 계좌이체 지급하고 2014.2.11. 당좌어음 20백만원을 지급한 금융증빙자료로 농산물 실거래를 주장하나, 청구법인 대표자의 농협 개인계좌 거래내역에 따르면 JOO으로부터 2013.4.1. 100백만원 등 200백만원을 입금(차용) 받은 것으로 보아 JOO과의 금융거래 내역은 농산물 매입거래와 관련 없는 청구법인과 대표자 대표자와의 채권, 채무에 따른 금융거래일뿐 청구법인의 농산물 매입거래와 관련이 없는 것으로 판단된다.

 JOO은 ** ** 황간에서 견과류, 버섯 소매업을 영위하는 JJ농원을 1993.2.1. 개업하여 사업을 영위하던 중 건강상의 사유로 2007.3.14. 폐업하였고, 이후 동생 김상진이 같은 날 개업하여 사업을 영위하고 있으며 JOO은 김상진 JJ농원 사업에 대한 자문을 하고 있다.

 JOO의 진술에 의하면, 청구법인 대표자 대표자의 농산물 납품거래에 따른 하면서 대금결제는 대부분 당좌거래로서 청구법인의 사업상 어려움으로 당좌결제를 위한 대금을 확보하지 못하여 결제를 연장하거나, 당좌결제를 위하여 JOO으로부터 현금 200백만을 차용하는 등 청구법인과 JOO이 수시로 금융거래가 있었던 것으로 진술하고 있는바, 이 건 쟁점①-9 금액은 상기 채권채무 금융거래일뿐 농산물 매입과는 관련이 없다.

 JOO은 미수채권액이 500백만원이고 관련 이자로 월 4백만원을 지급받은 것으로 진술한 것에 대하여 청구법인은 2012년 중 JOO에게 계좌이체 지급한 48백만원을 이자비용으로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나, 이자비용을 손금으로 인정하기 위해서는 청구법인과 JOO이 작성한 차용증에 따른 이자율, 이자지급 방법 등 객관적 근거자료를 제시하여야 하며 근거자료 없이 금융거래 내역만으로는 이자비용으로 인정할 수 없다.

 한편, 청구법인이 주장하는 JOO의 생산자구매사실증명서는 농산물을 판매하면서 수입농산물이 아닌 국내생산 제품임을 증명하기 위하여 홈플러스와 농협 하나로마트 등 대형마트에 원산지를 확인해주는 증명자료로 작성된 것으로 실제 농산물 매입거래와 관련한 객관적 증빙으로 인정할 수 없다.

4) (KKK 농산물 매입비, 쟁점①-10) KKK으로부터 농산물을 매입하였다는 거래내역 증빙 제출이 없으며, 금융거래가 농산물 매입비용인지 채무상환 목적인지 등이 불분명하여 비용으로 인정할 수 없다.

 청구법인이 2012.10.2. KKK에게 지급한 당좌수표 10백만원과 관련하여 KKK으로부터 매입하였다는 거래내역 증빙자료가 전혀 없고, 채무를 상환한 것인지 여부 또한 불분명하며, 2011.4.11. 당좌거래 내역과 같이 190백만원의 고액의 금융거래가 있는 것으로 보아 KKK은 청구법인과 채권채무의 금융거래가 있는 것으로 보이는 등 청구법인이 KKK으로부터 농산물을 매입하였다는 주장은 인정할 수 없다.

5) (인건비 등 쟁점①-11, 12) 청구법인이 기술개발 및 공동과제를 수행하였다는 관련 내용이 명확하지 않고, 기술개발에 따른 담당업무 등 사실관계를 확인할 수 있는 관련 증빙자료가 없고, 인건비 지급에 따른 근로자의 인적사항을 확인할 수 없어 청구법인의 선물세트 포장 관련 일용노무비 해당 여부를 확인할 수 없고, 청구법인의 무통장입금 거래에 대한 대금 성격을 확인할 수 없어 손금으로 인정할 수 없다.

 2013년 삼채김치 판촉물 제작 계약서에 의하면 주식회사 LL포트와 판촉물 제작을 계약하였음을 확인할 수 있고 11백만원을 청구법인이 입금한 것으로 확인되나 세금계산서는 2013.12.2. 영농조합법인 OOOOO에게 발행된 것으로 보아 청구법인의 비용으로 인정할 수 없다.

6) 청구법인이 지출한 것으로 주장하는 포장비, 원재료비, 인건비 등의 비용은 청구법인의 사업과 관련한 거래내역임을 확인할 수 있는 자료가 없어 인정할 수 없으므로 과다계상 비용에 대하여 당초 대표자에 대한 상여처분 소득금액변동통지는 정당하다.

나. 조세특례제한법 제66조에 따른 농업소득외의 소득에 대한 영농조합법인세 면제 요건에 해당하지 않는다.

 청구법인은 1994.8.1. 개업하여 농산물을 매입하여 농협 등에 판매하는 도소매 사업자로, 비조합원인 도매상으로부터 농산물을 매입하여 판매함으로써 발생한 소득은 법인세가 면제되는 농업소득외의 소득에 해당되지 않는 것이므로 조세특례제한법 제66조에 따른 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 요건에 해당되지 않는다.

 영농조합법인 법인세 면제를 적용받으려면 법인세 신고시「조세특례제한법」제66조 제8항에 따른 영농조합법인 법인세 면제 적용 신청서를 제출하여야 함에도 청구법인은 제출한 사실이 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   1. 부외비용 추가 인정 여부

   2. 영농조합법인의 농업소득외 소득에 대한 법인세 면제 여부

나. 관련법령

 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

 ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 2) 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】[2013.01.01-11614호]일부개정

 ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. <개정 2013.1.1>

 ⑧ 제1항・제2항・제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

 2-1) 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

 ① 법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다.

{1천200만원 × 조합원 수 ×(사업연도월수/12)}

 3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 【영농조합법인 및 영어조합법인의 설립】

  ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다. <개정 2009.5.27, 2015.1.6, 2015.6.22>

 3-1) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제17조 【영농조합법인 및 영어조합법인의 조합원 등】

 ① 영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다.

 ② 농업인이 아닌 자로서 대통령령으로 정하는 자는 정관으로 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다. 이 경우 의결권은 행사하지 못한다.

 3-2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 【조합법인의 사업】

　① 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.

　1. 농업의 경영 및 그 부대사업

　2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영

　3. 농산물의 공동 출하ㆍ가공 및 수출

　4. 농작업의 대행

　5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업

다. 사실관계

1) 쟁점법인 세무조사 내용은 다음과 같다.

 세무조사 종결보고서 및 보충조서에 따르면, 처분청은 2017.5.2.부터 청구법인에 대한 법인세 비정기통합조사를 실시하던 중 2017.5.31. 가공 계산서 수수혐의로 범칙조사 전환하였다.

 신고내용 및 주요 적출내용은 다음과 같으며, 세무조사시 원재료 가공매입 1,652백만원을 손금부인하면서 매입누락분 749백만원은 손금추인한 사실이 확인된다.

2) 쟁점별 사실관계 및 증빙은 다음과 같다.

 처분청은 이 건의 쟁점 및 증빙들은 모두 세무조사 후에 제기된 것이라고 주장하며 2017.5.25.자 자료제출 요구 공문을 제출한바, 원재료 매입, 주요경비 등의 지출증빙 자료제출을 요구한 사실이 확인된다..

 (포장비, 인쇄비, 쟁점①-1∼7) 청구법인이 금융거래증빙으로 제출한 약속어음 중 AA산업 등 일부 업체의 경우, 어음의 발행일자가 2011년이고, 지급일자는 2012년이기에 2012∼2013년 포장비 지급과는 관련이 없다는 처분청의 주장과 관련하여, AA산업, GG인쇄 등 일부 업체의 어음 발행일자와 지급일자는 다음과 같이 처분청의 주장과 일치한다.

 한편, 청구법인의 2012〜2013년 사업연도 법인세 신고시 제출한 제조원가 명세서상 포장비 계정에 2012년 52백만원, 2013년 185백만원 등 포장비가 이미 계상되어 있는데, 이 건 쟁점 포장비와 중복 여부 등은 관련 장부의 미제출 등으로 확인되지 않았다.

 (BB커뮤니케이션, 쟁점①-2) 2012.12.3. 11,400천원의 지급 여부에 대하여 청구법인과 처분청의 주장이 다른 것과 관련하여, 청구법인 계좌(농협, 044-1*-***646)에서 강지영에게 지급(인출)된 것으로 나타나며, 강지영의 인적사항은 심리일 현재 확인되지 않았다.

쟁점①-4) 2012년 과세기간 중 거래처 DD무역(주)로부터 포장용 바구니를 매입하고 청구법인계좌(농협, ***646)에서 28,225천원(2012.7.6 2,000천원, 2012.8.22. 11,740천원, 2012.8.23 2,000천원, 2012.9.12 9,000천원, 2012.9.13. △885천원)을 이체한 사실이 확인된다.

 (냉동비, 쟁점①-8) 청구법인은 (주)HH냉동산업 거래 증빙과 관련하여 냉동고 사용 장소, 일수, 단가 금액이 기재된 대금지급 청구서를 제출하였다. 2013.4.4.10백만원이 청구법인 계좌로 재입금되었다는 처분청의 주장과 관련하여 청구법인 금융거래내역(***264계좌)에는 2013.4.1.(주)HH냉동에 10백만원이 출금되었고, 2013.4.4.10백만원이 청구법인 계좌로 재입금된 사실이 확인된다.

 (JJ농원 농산물 매입비, 쟁점①-9) JJ농원 대표 JOO은 ** ** 황간에서 아래 사업내역와 같이 JJ농원(견과류, 버섯 소매업)을 영위하던 중 건강상의 이유로 2007.3.14. 폐업하였으며 이후 동생 김상진이 사업을 영위하고 있는 것으로 확인된다.

 JJ농원 JOO 확인서에 따르면 JOO은 2억원 이상을 빌려주고(OOO은 부도난 총액은 5억원이라고 확인), 일부를 상환받고 있고, 이자로 월 4백만원을 받은 사실이 있다고 확인하였다. 청구법인 대표자의 계좌(농협 044-01-***645)에는 2013.4.1.OOO이 100백만원을 입금한 사실이 확인된다.

 청구법인 계좌(농협 044-1*-***646)에는 2012.1.11.부터 2013.1.10.까지 JOO에게 매월 4백만원이 지급된 사실이 확인된다.

 청구법인이 JJ농원 JOO에게 통장으로 입금한 2013. 11. 1. 50백만원의 전표 및 2014. 2. 11. 당좌로 준 20백만원의 당좌수표는 다음과 같으며 당좌수표 뒷면에는 JOO이 배서한 사실이 확인된다.

 (KKK 쟁점①-10) 청구법인 대표자의 당좌거래내역 소명자료 중 2011.4.11.하나은행 대출 190백만원을 받은 사실과 이자 1백만원을 하나은행의 예금주 KKK에게 지급하는 내용의 자료가 있음이 확인된다.

 (인건비 등 쟁점①-11, 12) 청구법인이 기술개발 및 공동과제를 수행하면서 지출한 인건비, 부담한 비용 명세는 다음과 같으며, 각각의 무통장 입금증을 제출하였다. 기타 증빙으로 공동사업 관련 내부결의서, 공동과제 계약서 등이 제출되었으며, 관련 세금계산서들은 청구법인이 아닌 영농조합법인 OOOOO으로 발행된 것이 확인된다.

 (영농조합법인 법인세 면제, 쟁점②) 청구법인의 1994.6.30.자 정관 제5조의 사업목적은 ‘농림수산물의 가공 및 판매, 저장사업’이고, 제9조(조합원의 자격)은 ‘제15조(출자)의 규정에 의한 출자금을 납입한 자’로 규정되어 있다.

 상기 정관 부칙에 기재된 설립당시 출자자는 대표자, 주주A, 주주D, 곽정목, 주주k, 주주B 6명이고, 2013년에는 조합원이 5명이라는 것이 청구 주장이다.

 청구법인의 2013년 주주명부상 주주는 6명이고, 2014년에 주주A가 지분양도하여 5명이 되었다.

[2013년 주주현황]

 처분청은 조합원 주주A는 청구법인의 체납으로 인한 제2차 납세의무 지정 관련 대전청 이의신청(이의2018-35, 2018.6.8) 결정에서 주주A는 대표자 대표자에게 명의를 빌려주어 주주 및 조합원이 아니라고 주장하고 있는바 이의신청 결정문 내용은 다음과 같다.

[주주A 이의신청 결정문 일부]

 국세청 전산자료(NTIS)에 따르면 대표자 대표자는 사단법인 oo4-H본부, oo산림작물생산자협동조합, oo네잎클로버협동조합의 대표자임이 확인된다.

 청구법인은 법인세신고시「조세특례제한법」제66조 제8항에 따른 영농조합법인 법인세 면제 적용 신청서를 제출한 사실은 확인되지 않는다.

3) 청구법인은 사전열람 결과, 쟁점 경비들의 증빙자료 제출이 충분하지 않은 것에 대하여 2018.3.25.청구법인 공장건물 중 창고 60평이 소실되었기 때문이라 주장하며 2018.4.21.자 ****경찰서 및 ** **소방서장이 확인한 화재증명서 2통을 2018.6.13. 제출하였다.

4) 처분청은 사전열람 결과, 쟁점② 영농조합법인 법인세 면제와 관련하여 조합원 5명의 요건이 충족되지 않아 법인세 면제대상이 아니라는 내용으로 아래와 같이 추가 의견을 제출하였으며, 추가 의견 중 1994년 설립당시 출자 내역, 2013년의 의결권 행사 여부 등과 관련된 증빙자료는 별도로 제출한 사실이 없다.

 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조 및 제17조는 영농조합법인의 조합원은 반드시 농업인으로서 5인 이상으로 설립할 수 있다고 규정하고 있으며, 청구법인의 대양영농조합 법인 정관의 발기인 별지명단을 보면 대표자, 주주A, 주주D, 주주C, 주주k, 주주B 6명으로 기재되어 있으나 조합원의 요건이 충족되지 않았다.

 조합원 주주A는 청구법인의 주주로 등록되어 있었으며 청구법인의 체납으로 인하여 처분청에서 2차 납세의무 지정건과 관련하여 대전청 이의신청(이의2018-35, 2018.6.8) 결정과 같이 주주A는 대표자 대표자에게 명의를 빌려주어 주주 및 조합원이 아닌 것으로 확인된다.

 주주k는 2013년 주주명부에 출자지분이 없고 의결권 행사를 한 사실이 없는 것으로 확인되어 조합원이 아닌 것으로 확인된다.

 대표자 대표자는 사단법인 oo4-H본부, oo산림작물생산자협동조합, oo네잎클로버협동조합 등 서울 강동구에서 사업을 영위하는 것으로 보아 농업인 요건에 해당되지 않는다.

 이와 같이 청구법인은 조세특례제한법상 감면대상인 영농조합법인에 해당하지 않는 것으로 보인다.

라. 판단

 1) 먼저 부외비용 추가 인정 여부에 대하여 살펴본다.

 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임은 과세관청이 부담함이 원칙(대법원2005두16406, 2006.4.14.)이고, 사업과 관련하여 지급사실이 명백히 확인되는 비용은 응당 손금으로 인정하여야 할 것인바,

 청구법인은 포장비 등 비용을 지출하거나 실제 매입거래가 있었음에도 손금으로 계상하지 못한 부외경비가 있다고 주장하며 당좌어음, 수표, 무통장입금증, 금융거래내역 및 일부 실거래 근거자료들을 제출한바, 각 쟁점별 구체적인 손금산입 대상금액은 청구법인의 금융계좌 거래내역, 회계장부 또는 거래근거자료, 지출금액의 귀속자, 지출 금원의 용도 등에 대한 확인 등을 토대로 부외경비인지 여부 및 부외경비 해당 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 해당 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

[ 쟁점별 재조사 이유 ]

 (단위 : 천원)

 2) 다음으로 영농조합법인의 농업소득외 소득에 대한 법인세 면제 여부에 대하여 살펴본다.

 청구법인은 농산물을 농민과 수집상 등으로부터 매입하여 이를 포장하여 판매하는 영농조합법인으로 설립되었고, 정관 제5조에 따른 사업목적이 ‘농림수산물의 가공 및 판매, 저장사업’ 등으로서, 이는 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ가공ㆍ수출 등을 공동으로 하기 위한 영농조합법인의 목적달성을 위한 사업으로 보여지고,

 정관 제9조에 따른 조합원의 자격은 ‘제15조(출자)의 규정에 의한 출자금을 납입한 자’로 규정되어 있고 1994년 설립 당시 6명이 출자한 것으로 확인된다.

 다만, 해당 사업연도의 조합원 수와 관련하여 조합원 주주A에 대한 대전지방국세청 이의신청(이의2018-35, 2018.6.8) 결정에 따르면 주주A는 형식상 주주에 불과한 것으로 결정된바 있고, 대표자 대표자는 다수의 사업을 하고 있는데 조합원 자격 유무, 실제 조합원 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 법인세 면제소득을 산정하여야 함이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.