주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동에서 서적 제조업을 영위하는 영리법인으로 2008∼2013사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서 가지급금 인정이자 계산시 시○○정 이자율을 ‘당좌대출이자율’로 하였다가, 2014, 2015사업연도 법인세 과세표준을 신고할 때는 ‘가중평균차입이자율’로 변경하였다.

 나. 처분청은 청구법인에 대한 2014, 2015사업연도 법인세 사후검증 결과,

2010.12.30. 개정된「법인세법 시행령」제89조제3항제2호(이하 “쟁점시행령”이라 한다)에 따라 2010사업연도 법인세 신고분부터 회사가 당좌대출이자율을 시○○정 이자율로 선택한 경우 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 적용해야 하는 것임에도 청구법인이 2013사업연도에 가지급금 인정이자 계산시 당좌대출이자율을 적용하여 법인세 과세표준을 신고한 후, 2014 및 2015사업연도에도 당좌대출이자율이 아닌 가중평균차입이자율을 적용한 데 대하여 2014사업연도 94백만원, 2015사업연도 115백만원의 가지급금 인정이자를 추가 익금산입하여 2014사업연도 법인세 28백만원, 2015사업연도 법인세 32백만원, 합계 60백만원을 2017.10.2. 경정 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.청구법인이 2008사업연도 최초로 선택한 당좌대출이자율을 시행령 개정 이후에도 그대로 적용하여 개정세법상 의무적용기간인 3년 이상 계속하여 당좌대출이자율을 적용하였다면 그 이후에는 언제든지 금전 대여거래의 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율로 변경할 수 있다고 보는 것이 쟁점 시행령의 개정취지와 시가를 기준으로 적용여부를 판단하는 부당행위계산 부인규정의 취지 및 위임입법금지의 원칙 등에 더욱 부합된다.

나.부당행위계산 부인규정의 적용대상인지 여부는 시가를 기준으로 판단하는 것인바, 청구법인이 금전 대여거래의 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율을 적용하여 인정이자를 계산한 이상 부당행위계산 부인규정이 적용될 여지가 없고, 거래행위의 제반사정을 고려해 보았을 때에도 청구법인이 인정이자 계산시 적용이자율을 당좌대출이자율에서 가중평균차입이자율로 변경한 것은 경제적 합리성을 갖춘 의사결정으로서 어떠한 조세회피 의도도 발견할 수 없으므로 법인세법상 부당행위계산 부인규정의 적용대상이 아니다.

다.법인세법 시행규칙과 별지서식에 따르면 서식상 ‘적용이자율 선택’의 의미를 당좌대출이자율 선택에 따른 ‘의무적용기간 동안의 선택’과 ‘의무적용기간 경과 후의 선택’으로 명확하게 구분하고 있지 않아, 당좌대출이자율을 선택하여 제출한 회사는 서식 작성과 함께 매년 당좌대출이자율을 선택한 것이 되어 가중평균차입이자율로 변경할 수 없다는 모순이 존재하게 되고, 서식의 모호성은 납세자의 예측가능성을 침해할 뿐만 아니라, 해당 규정이 여러 번 개정된 것과 달리 서식은 크게 변동하지 않아 납세자들이 시가를 판단하고 서식을 작성하는데 혼동을 일으킬만한 충분한 사유가 있었음에도 불구하고 그 책임을 납세자에게 부담시킨 것은 위법‧부당하다.

3. 처분청 의견

 가.2013사업연도에 시가로 선택 적용한 당좌대출이자율을 2014, 2015사업연도에도 적용함이 타당하다.

 ○이 건과 동일한 사례에 대한 국세청의 과세기준자문사례(법령해석과-3238, 2016.10.12.)는 “내국법인이 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어「법인세법 시행령」제89조제3항제2호에 따라 당좌대출 이자율을 시가로 선택하여 3년간 의무적용하고 그 다음 사업연도(4년차) 법인세 신고시 당좌대출이자율을 다시 선택한 경우, 해당 사업연도(4년차)와 이후 2개 사업연도에도 당좌대출이자율을 시가로 하는 것”이라고 회신하였고

조세심판원의 조사결정사례(조심2008구0068, 2018.3.2)는 “2012사업연도에「법인세법 시행령」제89조제3항제2호에 의한 당좌대출이자율 의무적용 시기가 만료되었고, 2013사업연도 법인세 신고시 청구법인이 당좌대출이자율을 재차 선택하여 신고한 이상, 2013사업연도는 청구법인이 ‘당좌대출이자율을 시가로 선택한 사업연도’에 해당하고 이후 2개 사업연도(2014, 2015사업연도)는 2013사업연도에 선택 적용한 당좌대출이자율을 적용함이 타당하다”고 결정한 사실이 있다.

나.청구법인은 원칙적 시가인 가중평균이자율을 선택하는 경우에는 조세회피의도가 없다고 보아야 하므로 부당행위계산 부인규정이 적용되지 않는다고 주장하나, 청구법인의 주장이 인정된다면 「법인세법 시행령」제89조제3항제2호에서 규정하고 있는 “당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.” 라고 규정된 조문이 형해화(形骸化)되는 결과가 초래되므로 청구법인의 주장이 인정되어서는 안된다.

「법인세법 시행령」 제89조는 가중평균이자율을 시가로 규정하고 있고 법 소정 요건에 따라 가중평균이자율을 적용할 수 없거나 납세자가 선택한 경우 당좌대출이자율을 적용할 수 있도록 규정하고 있으며 납세자가 당좌대출이자율을 선택한 경우에는 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 계속해서 당좌대출이자율을 의무적으로 적용하도록 하고 있는바, 서식의 형태를 터잡아 납세의무자의 세법상 의무이행의 책임을 전가하는 주장은 인정되어서는 안 된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

2013사업연도에 당좌대출이자율을 선택한 경우 2014, 2015사업연도에 가중평균차입이자율을 적용할 수 있는지

나. 관련법령

1) 법인세법 제19조【손금의 범위】[2014.12.23-12850호]일부개정

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. <개정 2011.12.31>

 ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율・이자율・임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.<개정 2011.12.31>

2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】[2014.02.21-25194호]일부개정

 ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  6.금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

③제1항제1호・제3호・제6호・제7호 및 제9호(제1항제1호・제3호・제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

3) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】[2014.02.21-25194호]일부개정

 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.<개정 2007.2.28, 2009.2.4, 2012.2.2>

③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.<개정 2010.12.30, 2012.2.2, 2014.2.21>

  1.가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  2.해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

3-1) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】[2010.12.30 -22577호]일부개정

 ③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다. <개정 2010.12.30>

  1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 사업연도에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

3-1-1) 부칙 <제22577호, 2010.12.30>

 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

 제11조(특수관계자 간 금전대차 시 적용하는 시가 기준에 관한 적용례) 제89조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 사업연도 분부터 적용한다.

3-2) 구 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】[2010.12.30 -22577호로 개정되기 전의 것]

 ③제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 비율 중 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 선택하는 비율(선택하지 아니한 경우에는 제1호의 비율을 말한다)을 시가로 하되, 선택한 비율은 해당되는 모든 거래에 대하여 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 한다. 다만, 제2호의 비율을 선택하였으나 그 이후 사업연도에 제2호의 비율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 해당 사업연도에 한정하여 제1호의 비율을 시가로 할 수 있다.

   1. 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율

   2. 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율

 4) 국세기본법 제45조【수정신고】[2015.12.15-13552호]일부개정

 ①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

  1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

  2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

  3.제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

4-1) 국세기본법 시행령 제25조【과세표준수정신고】[2016.02.05-26946호]일부개정

 ②법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.<개정 2014.2.21>

  1. 원천징수의무자가 정산 과정에서「소득세법」제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것

  2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 것

  3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것

4-2) 국세기본법 시행규칙 제12조【과세표준수정신고서 등】[2016.03.07- 543호]일부개정

 ①영 제25조제2항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란「법인세법」제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연(移延)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다.

5) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】[2013.01.01-11604호]일부개정

 ①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

  2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

다. 사실관계

1) 기초 사실 관계

가) 청구법인의 가지급금 인정이자 신고내용

(천원, %)

  주) (인정이자-청구법인계상액)가 3억원 이상이거나 [(인정이자-청구법인계상액) / 인정이자]가 5% 이상인 경우 세무조정하여 익금산입

2) 청구법인의 세부주장

가)법인세법상 시가의 정의와 쟁점 시행령 규정의 개정취지, 위임입법금지원칙 등에 비추어 쟁점사항에 대한 당좌대출이자율 적용은 위법‧부당하다.

 (1)청구법인은 2008사업연도에 최초로 당좌대출이자율을 선택하여 인정이자를 계산하였고 당시「법인세법 시행령」규정에 따라 그 이후 사업연도에도 당좌대출이자율을 적용해오던 중 해당 시행령 규정이 개정된 것인바, 청구법인이 쟁점 시행령(대통령령 제22577호) 규정으로 개정된 이후에도 계속하여 당좌대출이자율을 적용한 것은 그 개정된 사업연도에 새롭게 당좌대출이자율을 선택한 것이 아니라 2008사업연도에 최초로 선택한 당좌대출이자율을 종전 시행령(대통령령 제21302호, 2009.2.4. 개정) 내용에 따라 그 이후 사업연도에도 계속하여 적용해온 것에 불과하다.

 (2) 법인세법 시행령 제89조 제3항 규정이 여러 번 개정되었을 뿐만 아니라 그 개정내용의 최초 적용시점을 정하는 부칙의 내용 또한 세법의 전문가가 아닌 이상 명확하게 판단하기 어렵게 규정되어 있어 청구법인이 쟁점 시행령 규정의 개정내용과 그 적용시점을 판단하는 데 어려움이 있었던 것이 사실이고, 이에 대한 논의를 유보하더라도 청구법인이 쟁점 시행령 규정의 개정내용이 최초로 적용되는 2010사업연도에 당좌대출이자율을 적용하여 그로부터 최소 3년간 이를 유지하였다면 그 이후 사업연도부터는 언제든지 법인세법에서 정하고 있는 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율을 적용할 수 있도록 하는 것이 쟁점 시행령의 개정취지는 물론 시가를 기준으로 적용여부를 판단하는 법인세법 제52조 부당행위계산 부인규정의 취지에도 더욱 부합한다고 판단된다.

(3)그럼에도 불구하고, 납세자가 당좌대출이자율을 선택하여 3년 동안 적용한 이후 4년차에도 당좌대출이자율을 적용하였다고 해서 이후 2개 사업연도까지 당좌대출이자율을 의무 적용해야 하므로 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율로 변경할 수 없고 그 이후 2개 사업연도까지 당좌대출이자율을 적용해야한다고 해석하여 과세처분하는 것은 쟁점시행령이 법인세법상 금전 대여거래의 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율의 적용을 배제하는 결과를 초래하며 이는 시가적용을 원칙으로 하는 법률규정(법인세법 제52조 제2항)에 반하는 결과가 되어 위임입법금지의 원칙에 위배되는 처분이다.

나) 청구법인이 2014, 2015사업연도 인정이자 계산시 적용한 가중평균차입이자율은 금전대여에 있어 법인세법상 원칙적인 시가에 해당하고, 거래 당시의 제반사정을 종합해 보았을 때에도 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위라고 보여지지 않으므로, 법인세법상 부당행위계산 부인규정의 적용대상이 아니다.

 (1)청구법인은 당좌대출이자율보다 가중평균차입이자율이 더 낮았음(아래 표3 참조)에도 불구하고 그 동안 청구법인의 실무담당자가 가중평균차입이자율을 계산하기가 복잡하고 어렵다는 점을 감안하여 실무편의상 2008사업연도부터 당좌대출이자율을 선택하여 계산한 인정이자를 계속 적용해오다 2014사업연도가 되어서야 비로소 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율로 변경하기로 한 것으로서 이는 청구법인의 입장에서 합리적인 의사결정에 해당한다.

<표3> 2008∼2013 청구법인의 가중평균차입이자율 및 규정상의 당좌대출이자율 현황

(%)

 (2)인정이자 계산시 처음부터 가중평균차입이자율을 적용하였다면 부담하지 않아도 되었을 추가적인 세부담을 실무편의상 청구법인이 감수해 온 것으로서, 쟁점 시행령 규정이 개정된 이후 3년이 지난 사업연도인 2014사업연도가 되어서 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율을 적용한 청구법인의 법인세 신고내용에 조세를 회피하려는 의도가 있었다고 보기 어렵다.

 (3)2010.12.30. 쟁점 시행령 규정으로 개정된 이후에도 계속해서 당좌대출이자율을 적용한 것은 그 개정된 사업연도에 새롭게 당좌대출이자율을 선택한 것이 아니라 2008사업연도 최초로 적용한 당좌대출이자율을 종전 시행령(대통령령 제21302호) 내용에 따라 그 이후 사업연도에도 그대로 적용해 온 것에 불과하며, 실제로 인정이자를 계산하는 경우 의무적으로 제출해야 하는 서식(이하 “별지서식”이라 한다.)이 쟁점시행령 규정의 개정내용을 쉽게 인지할 수 있도록 변경되지 않아 납세자들이 해당 규정을 인지하고 이를 실무에 적용하는 데 혼동을 초래하였다.

 (4)청구법인이 2008사업연도 인정이자 계산시 최초로 당좌대출이자율을 선택한 이후 2014사업연도에 가중평균차입이자율로 변경하기 전까지 계속하여 당좌대출이자율을 적용해왔음을 볼 때, 자의적으로 금전대여에 따른 시가를 변경하면서 인정이자를 계산해오지 않았음은 물론 법인세법 시행령 개정 이후부터 가중평균차입이자율로 변경하기까지 최소한 3년 이상을 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 계산한 사실 또한 명백하므로 쟁점 시행령 규정상 당좌대출이자율 선택에 따른 의무적용기간은 이미 충족되었다고 보아야 한다.

다) 「법인세법 시행규칙」제43조제4항과 쟁점서식에서는 당좌대출이자율을 선택하려면 서식상 ‘1. 적용 이자율 선택’에서 당좌대출이자율을 체크하여 제출하라고만 되어 있지 ‘당좌대출이자율 선택에 따른 의무적용기간 동안의 선택’과 ‘의무적용기간 경과 후의 선택’의 의미를 명확하게 구분하고 있지 않아, 법인세법 시행규칙과 별지서식을 문리적으로만 해석하게 되면 청구법인은 서식 제출과 함께 매년 당좌대출이자율을 선택한 것이 되어 다음 사업연도에는「법인세법 시행령」제89조제3항제2호에 따라 계속해서 당좌대출이자율을 의무적용해야 하므로 앞으로도 가중평균차입이자율로 변경할 수 없게 되는 모순이 발생하게 된다.

 (1)쟁점시행령 개정 이후 청구법인이 2013사업연도 당좌대출이자율을 적용한 것에 대하여 ‘회사가 새롭게 당좌대출이자율을 선택한 것’으로 보기 위해서는 최소한 당좌대출이자율의 최초 선택에 의한 적용과 이후 2개 사업연도 의무적용란을 따로 구분하여 기재할 수 있도록 하여 ‘의무적용기간 동안의 서식상 이자율 선택’과 ‘의무적용기간 경과 후 이자율 선택’의 의미가 다름을 명확히 하거나, 아니면 감가상각의 방법이나 내용연수의 변경 신고시 제출하는 서식처럼 별도의 신고서식을 만들어 납세의무자가 당해 서식 제출을 통해 당좌대출이자율을 최초 선택하였으므로 이후 2개 사업연도까지는 당좌대출이자율을 의무 적용해야 한다는 것을 명확히 인식할 수 있도록 하면서 이에 더하여 서식을 제출한 사업연도에 아래와 같이 법인세법 시행규칙 별지 제1호 서식(아래 ‘서식2’ 굵은 실선 박스 참조)에 제출여부를 표시[예컨대, (33) 당좌대출이자율 선택신고서 제출 여부]하도록 규정되어 있어야 함에도

현행 서식의 모호성과 불확실성으로 인해 납세자의 성실한 납세의무의 이행에 지장을 초래하였을 뿐만 아니라, 서식의 이러한 모호성은 납세자들의 예측가능성을 침해하고 나아가 납세자의 재산권을 침해하는 결과를 초래한다고 판단된다.

<서식1> 별지 제19호 가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑) 서식

<서식2> 별지 제1호 법인세 과세표준 및 세액계산서 서식

 (2)또한 금전 대여거래의 시가를 정하고 있는 법인세법 시행령 제89조제3항 규정이 여러 차례 개정되었음에도 불구하고 해당 서식의 큰 틀은 변경되지 않고 계속 사용하게 함으로써 납세자로 하여금 개정된 규정을 숙지하여 시가를 판단하는데 혼동을 주었고, 법률규정과 서식내용의 모호성과 불일치성으로 인해 납세자가 그러한 혼동을 일으킬 만한 사유가 충분히 있었음에도 불구하고 이에 대한 책임을 납세자에게 부담시킨 것은 조세회피목적 없이 선량하게 납세의무를 이행한 납세자들에게 위법‧부당한 행정처분인 것이다.

 (3)한편, 청구법인은 2013사업연도에 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 계산한 것이 단지 가중평균차입이자율로 변경해야 할 시점의 판단착오에 의한 것일뿐 새롭게 당좌대출이자율을 선택하고자 한 의도가 전혀 없었으므로, 이자율 적용의 단순착오는 수정신고의 대상이 된다고 판단하여 과세관청에 2016.11.30. 수정신고서^*를 제출하였으나 과세관청은 이를 받아들이지 않았다.

청구법인의 2013사업연도 법인세 과세표준 수정신고 내용

(천원)

 단순착오로 잘못 적용된 이자율을 변경하는 것은 국세기본법 규정과 국세청 유권해석(징세-955, 2009.2.17, 서면법규-72, 2014.1.27. 등 다수) 등에 비추어 수정신고(또는 경정청구)의 대상이 된다고 판단되고, 감가상각방법 및 내용연수를 변경하는 것과 같이 법인세법상 그 변경사유가 엄격하게 제한되어 있지 않음에도 불구하고 청구법인이 본인의 착오를 수정하기 위해 행한 수정신고를 정당한 사유 없이 받아들이지 않고 거래의 제반사정도 고려해보지 않은 채 청구법인이 2013사업연도에 당좌대출이자율을 선택한 것으로 단정하여 과세처분하는 것은 부당하다고 판단된다.

라) 2013사업연도에 당좌대출이자율을 적용하였던 청구법인이 2014사업연도부터 가중평균차입이자율을 적용하여 인정이자를 계산한 것이 쟁점 시행령 규정에 대한 국세청의 해석에 비추어 문제가 있다 할지라도, 법인세법상 금전대여의 원칙적인 시가에 해당하는 가중평균차입이자율을 이용해 인정이자를 계산한 이상 시가를 기준으로 적용대상 여부를 판단하는 부당행위계산 부인규정이 적용될 여지가 없다는 것은 너무나도 자명하며, 그럼에도 불구하고 2014, 2015사업연도 가중평균차입이자율로 인정이자를 계산한 행위를 부당행위로 보아 당좌대출이자율로 인정이자를 재계산하여 과세처분한다면 원칙적인 시가를 적용하여 계산한 법인세 신고내용을 예외규정인 보충적인 시가로 부인하는 어처구니없는 결과를 초래하게 되는 것으로서, 이는 부당행위계산 부인제도의 본질적인 취지에도 부합하지 않는다.

마) 또한 다음의 제반사정을 종합해 보았을 때에도, 청구법인이 2014, 2015사업연도 법인세 세무조정시 적용이자율을 당좌대출이자율에서 원칙적인 시가인 가중평균차입이자율로 변경하여 인정이자를 계산한 것은 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위로 보여지지 않으므로 법인세법상 부당행위계산 부인규정의 적용대상이 되지 않는다고 판단된다.

3) 처분청의 추가주장

가) 처분청은 청구법인이 단순착오로 잘못 적용된 이자율을 변경하는 것이 수정신고(또는 경정청구) 대상이라며 국세청 유권해석(징세과-955, 2009.2.17, 서면법규과-72, 2014.1.27)을 제시하였으나, 다음과 같은 점에서 수정신고(또는 경정청구) 대상이 아니라고 주장한다.

  (1) 청구법인이 제시한 징세과-955(2009.2.17)의 해석사례의 내용은 “수정신고는 과세표준이나 세액산정의 직접적인 근거가 되는 사항에 대한 오류 등이 있는 때에 한하여 할 수 있는 것이므로, 당초 신고한 과세표준이나 세액의 변동을 초래하지 않는 계정상의 오류 등은 수정신고를 할 수 없는 것임”인바, 청구법인이 ’13사업연도에 당좌대출이자율을 적용한 인정이자를 가중평균차입이자율로 변경하여 입금산입한 세무조정을 살펴보면, 당초 당좌대출이자율에 따른 세무조정액은 ‘0’원이고 수정신고한 가중평균차입이자율에 의한 세무조정액도 ‘0’원으로 변동이 없는바, 당초 신고한 과세표준이나 세액의 변동을 초래하지 않으므로 수정신고(또는 경정청구) 대상으로 볼 수 없다.

  (2) 청구법인이 제시한 서면법규과-72(2014.1.27)의 해석사례 내용은 “제조업을 영위하는 거주자가 당초 종합소득세 과세표준 확정신고시「조세특례제한법」제30조의4 고용증대세액공제를 적용받은 이후 해당 세액공제를 배제하고 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여「국세기본법」제45조에 따른 수정신고를 할 수 있는 것임”인바, 이 사례는 당초신고한 세액공제와 수정신고한 특별세액 감면에 대해 수정신고한 것으로 세액변경이 발생하는바, 적합한 사례로 볼 수 없다.

  (3) 청구인이 제시한 해석 사례보다 이 건에 보다 적합한 국세청 해석사례는 법인세과-217(2010.3.11)로 그 내용이 “내국법인이 2009.2.4. 이후 최초로 법인세를 신고하는 사업연도에 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호에 의한 당좌대출이자율을 특수관계자간 금전대차의 시가로 선택한 경우에는 모든 거래에 대하여 이를 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속하여 적용하는 것이므로 당초 선택한 이자율에 대해서는 수정신고 또는 경정청구 등을 통하여 변경할 수 없는 것임”인바, 이 건도 청구법인이 2013사업연도 법인세 신고시 가지급금인정이자 산정시 당좌대출이자율을 시가로 선택한 이상 의무적용기간인 ’14, ’15사업연도에는 그대로 적용되는 것으로 당초 선택한 당좌대출이자율에 대해 수정신고 또는 경정청구를 통하여 변경할 수 없다.

라. 판단

2010.12.30. 개정된 「법인세법 시행령」제89조제3항은 “제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.”라고 규정하고, 제2호에 “해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.”라고 규정하고, 부칙 제11조에서는 개정규정의 시행시기를 2011.1.1.이후 신고하는 사업연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있는바,

청구법인의 경우 개정규정이 최초로 적용되는 2010사업연도 법인세 과세표준 신고시 가지급금 인정이자를 계산하면서 당좌대출이자율을 적용하여 2012사업연도에 당좌대출이자율 의무적용 시기가 만료된 후, 2013사업연도에 법인세 과세표준 신고시 당좌대출이자율을 다시 적용한 이상 2015사업연도까지 당좌대출이자율을 적용함이 타당하다고 판단되는 점, 국세청 (법령해석과-3239, 2016.10.12) 및 조세심판원(조심2018구-0068, 2018.3.2 등)도 동일 사안에 대해 당좌대출이자율을 적용하는 것으로 해석하고 있는 점,

청구법인은 단순착오로 잘못 적용된 당좌대출이자율을 적용하는 것은 가중평균차입이자율을 적용하는 것으로 수정신고 대상이라고 주장하나, 국세기본법 제45조, 같은법 시행령 제25조 및 같은법 시행규칙 제12조는 수정신고대상을 규정하고 있는바, 이 건 이자율 적용 변경은 이에 해당하지 아니한 것으로 보이고 납세자에게 선택권이 있어 스스로 선택한 것에 따라 일정한 법률효과가 발생하는 경우 추후 자신에게 불리하다 하여 이를 임의로 수정신고 할 수는 없는 것으로, 국세청이 이 건과 유사한 사례에 대해 “내국법인이 2009.2.4. 이후 최초로 법인세를 신고하는 사업연도에 「법인세법 시행령」제89조제3항제1호에 의한 당좌대출이자율을 특수관계자간 금전대차의 시가로 선택한 경우에는 모든 거래에 대하여 이를 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속하여 적용하는 것이므로 당초 선택한 이자율에 대해서는 수정신고 또는 경정청구 등을 통하여 변경할 수 없는 것임(법인세과-217, 2010.3.11)”으로 회신하고 있는 점 등에 비추어 볼 때

 처분청이 청구법인의 2014, 2015사업연도에 업무무관 가지급금 관련 인정이자 산정시 가중평균차입이자율을 적용하여 법인세 과세표준을 신고한 것에 대하여 당좌대출이자율을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.