주 문

AA세무서장이 2017.8.25. 청구인에게 한 2011년 과세연도 종합소득세 1,080,765,888원의 경정청구에 대한 거부처분은, 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 실시한 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세 부분조사에서 이자비용 1,613,242,340원, 공사비용 1,249,600,000원 및 그 지연이자 275,149,726원을 필요경비로 추인하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분내용

가. 청구인은 2008.8.9. 개업하여 ‘DD산업개발’이라는 상호로 건물신축판매업을 영위하는 개인사업자로, 2008년부터 2011년까지 AA시 BB구 CC동 대 535.3㎡(161.93평) 위에 지하 3층∼지상 15층 규모의 근린생활시설인 DD빌딩을 신축하여 분양한 후, 2012.6.19. 2011년 과세연도의 총수입금액은 53,009,899,014원, 필요경비는 35,696,073,983원, 납부할 세액은 3,515,025,244원으로 하여 종합소득세 확정신고하였고, 세액은 납부하지 않았다. 이에 처분청은 2012.9.3. 같은 금액의 2011년 과세연도 종합소득세를 고지하였다.

나. 처분청은 2012.10.25. 청구인의 2011년 과세연도 부가가치세 신고서상 과세표준금액과 종합소득세 신고서상 총수입금액이 서로 다른바, 청구인의 종합소득세 신고서상 총수입금액 53,009,899,014원은 과다신고된 것으로 보아 부가가치세 신고서상 과세표준인 41,462,285,559원을 총수입금액으로 하여 감액함과 아울러, 필요경비는 확정신고서 상의 총수입금액 대비 매출원가비율인 65.7%로 하여 납부할 세액을 산정하여, 과다신고한 세액 1,659,542,795원을 감액경정하였다.

다. 한편, 처분청은 이후 2013.4.12.부터 2013.5.1.까지 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세에 대한 부분조사를 실시한 결과, 과소신고된 분양수입금액 8,182,484,318원을 증액하여 총수입금액을 49,644,769,877원으로 증액경정하면서, 청구인이 2012.6.19. 당초 종합소득세 신고시 반영하지 않은 대출금이자 1,371,024,639원, 외주공사비 4,620,718,182원 등 합계 7,664,445,085원의 필요경비를 추인하고, 기타 조사사항을 감안하여 추인 필요경비 중 분양된 총수입금액에 대응되는 필요경비 상당액 5,665,052,863원을 증액하여 2013.7.1. 청구인에게 2011년 과세연도 종합소득세 1,756,927,566원을 경정·고지하였다.

라. 이에 대해 청구인은 2017.6.30. ① 이자비용 1,613,242,340원(이하 “쟁점이자비용”이라 한다) 및 ② 공사비용 1,249,600,000원과 그 지연이자 275,149,726원, 합계 1,524,749,726원(이하 “쟁점공사비용 등”이라 한다)을 2012.6.19.자 당초 종합소득세 신고시 필요경비로 산입하지 않았다고 주장하며 2011년 과세연도 종합소득세 1,080,765,888원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.

마. 처분청은 2017.8.25. 청구인의 경정청구는 2013년 청구인에 대하여 실시한 2011년 과세연도 종합소득세 부분조사 당시 증액경정한 세액을 감액하여 줄 것을 청구하는 불복청구에 해당하는 것으로, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 경정청구기한 90일을 경과한 부적법한 청구에 해당한다고 보아 이를 거부하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 경정청구 적법성 관련

1) 청구인이 경정청구로 구하는 대상은 2013년에 실시된 부분조사 결과에 따라 증액된 세액이 아니라, 2012년 확정신고 당시 잘못 신고한 것을 바로잡아 감액해 달라는 것이므로, 처분청이 주장하는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서는 적용될 여지가 없다.

 2) 즉, 청구인은 2012.6.19. 상가분양에 대한 2011년 과세연도 종합소득세를 신고하면서, 미처 은행 등에서 빌린 상가신축비용에 대한 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 필요경비에서 누락한 이상 이를 반영하여 소득금액을 계산하여 과세표준 및 세액을 감액해 달라는 경정청구를 한 것이다.

 3) 이에 대해 처분청은 사실오인 및 경정청구에 관한 법리를 오해하여, 이 건 경정청구는 2013년 중 실시된 부분조사에 의해 증액경정된 세액을 다투는 것이므로 경정청구기간 90일을 경과하여 부적법하다는 의견이나, 청구인은 위와 같이 증액경정된 세액이 아니라 당초 신고시 누락한 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 필요경비로 인정하여 달라는 것으로, 이는 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따른 경정청구기간 5년 내에 이루어진 이상 이 건 경정청구는 적법하다.

나. 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등 필요경비 인정 관련

 1) 쟁점이자비용 1,613백만원 관련

  청구인이 2011.7.부터 2011.12.까지 지출한 총이자비용은 2,576백만원으로서, 이 중에서 ① 분양대행수수료계정에 비용으로 기반영한 지급이자 924백만원, ② 영업외비용 중 이자비용계정에 비용으로 기반영한 지급이자 39백만원을 제외한 쟁점이자비용 1,613백만원(2,576백만원-①-②)은 이자비용으로 추가 인정되어야 한다.

                  표1. 2011년도 지급이자 비용 미계상 명세서

(단위 : 백만원)

* 청구인은 기 비용으로 반영되었다고 주장하는 924백만원 및 39백만원에 대한 장부 등 증빙은 제시하지 않음

 2) 쟁점공사비용 등 1,524백만원 관련

  DD빌딩의 도급공사업체 ㈜CCC가 청구인에 대해 제기한 공사대금 사건(MM지방법원 2011가합****)의 판결 내용을 보면, 청구인은 ㈜CCC에게 2011.3.1. AA시 BB구 CC동 소재 DD빌딩 신축공사를 1,249백만원에 도급을 주어 2011.4.15. 위 공사가 완료된 사실이 나타난다.

  위 판결은 ① 법원의 주식회사 KKK 자산신탁(DD빌딩 신축공사 관련 수탁자)에 대한 사실조회결과, ② 도급계약서, ③ 추가금 지급계약서, ④ 공사대금 지급독촉을 받고 자금사정이 나아지면 지급하겠다는 취지의 답신 등 충실한 증거자료에 의해, 청구인이 ㈜CCC에게 2011년 쟁점공사비용 등을 지급할 의무가 2012.5.22. 확정된 사실이 확인되나, 2012.6.19. 당초 종합소득세 확정신고시 필요경비 미반영되었으므로 청구인의 2011년 DD빌딩 분양 관련 비용으로 인정되어야 한다.

  또한 청구인은 2011년 과세연도 종합소득세 신고부터 이 건 경정청구까지 세무업무를 모두 김JJ 세무사가 진행하였고 관련 서류도 그가 가지고 있으나, 현재 김JJ 세무사와의 분쟁으로 청구인이 2017.4.14. 김JJ 세무사를 상대로 손해배상 청구의 소를 제기하였고(NN지방법원 2017가합****), 이로 인해 추가적인 증빙서류의 제출이 어렵다.

3. 처분청 의견

가. 경정청구 적법성 관련

 처분청이 청구인에 대해 2013년에 실시한 2011년 과세연도 종합소득세 부분조사 당시 분양수입금액 8,182백만원을 증액경정하면서 이에 대한 대출금 이자, 외주공사비 등을 필요경비로 추가 인정하여 종합소득금액 4,678백만원을 증액경정하였던바, 이 건 경정청구는 부분조사에 따른 증액경정처분에 대한 경정(불복)청구로 판단되므로「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구 기간(경정처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내)을 경과한 부적법한 청구에 해당되어 경정청구 거부한 당초 처분 정당하다.

나. 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등 필요경비 인정 관련

 설령 이 건 경정청구가 당초 신고에 대한 경정청구기간 내 적법하게 청구된 경정청구라 하더라도, 청구인이 제출한 증빙은 청구주장을 입증하지 못하고 있어 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 1) 이 건 경정청구가 ’12년 당초 확정신고에 대한 것으로 적법한 것인지, ’13년 증액경정처분에 대한 것으로 부적법한 것인지 여부

 2) 쟁점이자비용 1,613백만원 및 쟁점공사비용 등 1,524백만원이 필요경비로 추가 인정되어야 하는지 여부

나. 관련 법령

 1) 국세기본법 제22조의2【경정 등의 효력】

  ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

  ② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

 2) 구 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정된 것) 제45조의2【경정 등의 청구】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (중략)

 2-1) 구 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것) 제45조의2【경정 등의 청구】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. (중략)

 2-2) 현행 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것)

  가) 제45조의2【경정 등의 청구】

   ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. (중략)

  나) 부칙 제7조【경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등】

   ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

   ② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 2-3) 국세기본법 시행령 제25조의3【경정 등의 청구】

  법 제45조의2 제1항ㆍ제2항 및 제4항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 결정 또는 경정 청구서를 제출(국세정보통신망을 활용한 제출을 포함한다)하여야 한다.

   1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소

   2. 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액

   3. 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액

   4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유

   5. 그 밖에 필요한 사항

 2-4) 국세기본법 시행규칙 제12조의2【경정 등의 청구】

  영 제25조의3에 따른 결정 또는 경정의 청구는 별지 제16호의2 서식의 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서에 최초의 과세표준 및 세액신고서 사본과 경정청구 사유를 객관적으로 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 하여야 한다.

 3) 국세기본법 제65조【결정】

  ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

    나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

    라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

 3-1) 국세기본법 기본통칙 65…0…1【 각하결정사유 】

  ① 법 제65조 제1항에 규정하는 각하결정을 하여야 하는 때에는 다음의 경우를 포함한다.

 1. 불복청구의 대상이 된 처분이 존재하지 않을 때(처분의 부존재)

 4) 소득세법 시행령 제55조 【사업소득의 필요경비의 계산】

  ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

13. 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자

27. 제1호 내지 제26호의 경비와 유사한 성질의 것으로서 당해 총수입금액에 대응하는 경비

 5) 소득세법 제39조【총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등】

  ① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

  ② 거주자가 매입·제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다.

다. 사실관계

 1) 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세 신고 및 경정내역 등

  가) 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세 확정신고 내역 대비 처분청의 2013.7.1.자 부분조사경정 내역을 비교하면([표2] 참조), ① 필요경비의 감액은 1,229백만원(부분조사 경정시 금액34,467백만원 - 당초 신고시 금액 35,696백만원)이나, ②총수입금액의 감액은 3,365백만원(부분조사 경정시 금액 49,644백만원 - 당초 신고시 금액 53,009백만원)으로 필요경비 감액금액보다 크고, ③부분조사로 인하여 증액된 과세표준은 24백만원(부분조사 경정시 금액 13,252백만원 - 당초 신고시 금액 13,228백만원), 증액된 총결정세액은 163백만원(부분조사 경정시 금액 4,777백만원-당초 신고시 금액 4,614백만원)으로 나타나는바, ④ 결국 경정청구세액 1,081백만원은 부분조사결과 확정신고 대비 증액된 세액 163백만원보다 크고, 당초 확정신고시의 총결정세액 4,614백만원의 범위 내에 있는 금액으로 확인된다.

  나) 위 내용에 대한 청구인의 종합소득세 신고(경정청구) 및 처분청의 경정내역과 관련된 필요경비의 주요 내용은 다음과 같다.

표2. 신고 및 경정내역

                                     (단위 : 백만원)

*1) 부가세신고서와 소득세 신고서간 수입금액 차이

*2) 경정청구세액(△1,081)

   - 경정청구시 산정한 납부세액 2,434백만원 - 당초 신고시 납부세액 3,515백만원

 2) 당초 신고시 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 계상내용

  가) 쟁점이자비용 관련 계상내용

   청구인이 확정신고시 이자비용으로 계상한 금액은 [표2. 신고 및 경정내역]상 ‘확정신고 필요경비’란에 기재한 바와 같이, 청구인이 종합소득세 신고시 첨부한 ‘표준손익계산서’상의 영업외비용 항목 중 ‘이자비용’ 계정과목에 기재된 39백만원으로 확인되고, 쟁점이자비용 중 청구인이 이미 필요경비로 계상한 금액이라고 주장하는 금액이다. 이 외에 이자비용으로 볼만한 금액은 아래 ‘표준손익계산서’ 및 ‘표준원가(공사원가)명세서’상만으로는 확인되지 않는다.

  나) 쟁점공사비용 등 관련

   청구인이 확정신고시 공사비용으로 계상한 금액은 [표2. 신고 및 경정내역]상 ‘확정신고 필요경비’란에 기재한 바와 같이, 청구인이 종합소득세 신고시 첨부한 ‘표준원가(공사원가)명세서’상의 경비항목에 기재된 562백만원(세금과 공과 432백만원, 기타 130백만원의 합계액)이며, ‘외주가공비’ 계정과목금액은 ‘0’원으로 나타난다.

이 외에 외주가공비로 계상되었다고 볼만한 금액은 위의 ‘표준손익계산서’ 및 아래 ‘표준원가(공사원가)명세서’상만으로는 확인되지 않는다.

 3) 처분청의 증액경정시 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 처리내용

  가) 쟁점이자비용 관련

   처분청은 청구인에 대한 부분조사시 DD빌딩의 2008년부터 2011년까지의 ‘공사원가 및 판관비의 연도별 대응원가 조정명세’를 작성하였는데, 다음 [표3]에서 확인되는 바와 같이 청구인이 당초 신고서상에 반영하지 못한 대출금이자 1,371백만원을 2011년도 필요경비에 추인한 사실이 나타나며, 청구인은 2008년부터 2010년까지 기간에는 대출금이자로 853백만원을 과다계상하였던 것으로 나타난다.

표3. DD빌딩 공사원가 및 판관비의 대응원가 조정명세

(단위 : 백만원)

*1)MM지방법원 판결(2011가합**** 공사대금)에 따르면, ㈜CCC에 대한 도급금액은 당초 8,065백만원, 추가공사비 1,249백만원(공급가액은 1,136백만원으로 위 표에서 필요경비로 추인한 것으로 나타남), 합계 9,314백만원으로 공급가액으로 환산한 금액은 8,468백만원으로 나타남

*2)청구인이 분양대행수수료계정으로 이미 이자비용으로 계상하였다는 924백만원 상당액임

  나) 쟁점공사비용 등 관련

   처분청은 위 [표3]에서 확인할 수 있는 바와 같이 당초 신고서상 반영되어 있지 않은 외주공사비 △4,620백만원을 2011년도 필요경비에 추인한 사실이 나타나며, 청구인은 2008년부터 2010년까지 기간에는 외주공사비로 3,484백만원을 과다계상하였던 것으로 나타난다.

 4) 청구인의 경정청구시 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등 검토내용

  가) 쟁점이자비용 관련

   (1) 청구인은 2012.6.19. 2011년 과세연도 종합소득세 확정신고시 수입금액을 53,009백만원, 필요경비를 35,696백만원으로 하여 신고하였다가, 2017.6.30. 경정청구시에는 수입금액 변동 없이 필요경비를 38,783백만원(신고서 대비 3,087백만원 증액)으로 하여 경정청구서를 제출하였다.

   (2) 처분청은 경정청구서의 추가제출서류 중 이자비용을 지급한 계좌의 통장 사본을 검토한 후, 쟁점이자비용 1,613백만원에 대하여 “원금상환, 이자지급 등 계좌이체 사유가 구분 표시되어 있지 않아 이자비용 지급 금액을 확인할 수 없음”을 이유로 보정요구하였고,이에 대하여 청구인은 이자비용 누락 명세서(표4), KKK 자산신탁 명의 □□은행 계좌의 통장 사본(1005-701-49****)(표5), @@저축은행으로부터 받은 대출원리금 상환요청에 대한 공문(붙임1) 등을 첨부하여 보정서류를 제출하였다.

  ※ 청구인은 DD빌딩 신축공사와 관련하여 2009.6.30. 청구인을 위탁자로, KKK 자산신탁을 수탁자로 하는 관리형토지신탁, 차주를 ㈜피**엔터(분양대행업체), 대출기관을 @@저축은행 등 5곳으로 하는 자금조달, 시공사를 ㈜CCC로 규정하는 사업약정서를 작성함(붙임2)

   (3) 한편, 청구인은 2011.7.부터 2011.12.까지 지출한 총이자비용 2,576백만원 중 이미 필요경비에 반영하였다는 963백만원(=924백만원+39백만원)을 차감하여 쟁점이자 비용으로 1,613백만원을 산정한바, ① 청구인이 분양대행수수료계정에 비용으로 기반영하였다는 이자비용 924백만원(923,341,090원)은, [표3] ‘DD빌딩 공사원가 및 판관비의 대응원가 조정명세’상 분양수수료 과다계상액 924백만원(923,341,086원)과의 차이가 불과 4원에 불과하고, 이는 표준손익계산서상 “Ⅳ 판매비 및 관리비 20. 기타 938백만원”에 포함되어 있는 것으로 보이고, ② 청구인이 영업외비용 중 이자비용계정에 비용으로 기반영하였다는 이자비용 39백만원은, ‘표준손익계산서’상 이자비용으로 39백만원이 계상된 내역이 확인된다.

   (4) 청구인은 다음 [표4]와 같이 2011.12월에 지급한 이자비용이 1,152백만원임에도, 이자비용 누락명세서에는 189백만원만 기재하였는데, 이는 청구인이 이미 필요경비에 반영하였다는 963백만원(=924백만원+39백만원)을 차감한 결과인 것으로 나타난다.

표4. 이자비용 누락명세(실제지급액 비교)

(단위 : 백만원)

* @@저축은행이 주식회사 KKK 자산신탁에게 2011.12월분 이자비용 1,152백만원을 청구한 날은 @@저축은행의 ‘대출원리금 상환 요청의 건’ 공문상 2011.12.29.임(붙임1)

표5. KKK 자산신탁 명의 □□은행계좌 통장사본(2011년 이자비용 지급내역)

(단위 : 백만원)

  나) 쟁점공사비용 등 관련

   (1) 청구인은 쟁점공사비용 등의 신고누락을 주장하면서 그와 관련한 소송의 판결문을 근거자료로 제시하였고, 그 내용은 다음과 같다.

   (2) 대법원 나의 사건 검색에 따르면, 위 MM지방법원2011가합****, 판결은 청구인이 2012.5.21. 항소하였다가 2012.6.18. 항소가 각하되어 2012.5.22. 확정된 사실이 확인된다.

   (3) 국세청 전산시스템(NTIS)자료에 의하면, 청구인은 ㈜CCC로부터 쟁점공사비용 등의 공사비용과 일치하는 금액인 1,249백만원(공급대가, 공급가액은 1,136백만원)의 전자세금계산서를 발행받은바 있으며, 해당 매입세금계산서는 청구인이 2011.1기 부가가치세 신고시 매입세금계산서 합계표에 포함하여 신고하였으나, 청구인의 2011년도 ‘표준원가(공사원가)명세서’상 계상된 내역은 나타나지 않는다.

라. 판단

 우선 처분청은 이 건 경정청구는 부분조사에 따른 증액경정처분에 대한 경정(불복)청구로 판단되므로「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구 기간을 경과한 부적법한 청구에 해당된다고 주장하므로, 이에 관하여 살펴본다.

결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구하여야 하나(국세기본법 제45조의2 제1항 단서 참조), 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 결정 또는 경정으로 인하여 증가되지 아니한 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액에 대하여는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 경정청구할 수 있다(법규과-808, 2012.7.18., 징세과-667, 2011.7.5. 참조).

이와 같은 법리 및 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 청구인은 당초 2012.6.19. 수입금액을 53,009백만원, 이자비용 39백만원, 공사원가 562백만원 등 필요경비를 합계 35,696백만원으로 하여 2011년 과세연도 종합소득세를 신고하였는데, 이 건 경정청구는 당초 신고한 위 필요경비에 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 추가로 필요경비로 인정하여 달라는 것으로, 이는 청구인이 당초 신고한 2011년 과세연도 종합소득세의 과세표준 및 세액에 관한 것이고, 2011년 과세연도 종합소득세 법정신고기한인 2012.6.30.이 지난 후 5년 이내인 2017.6.30. 이루어진 것으로 적법하다고 판단된다. 한편, 당초 2011년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고 및 납부계산서에 첨부된 “표준원가명세서”상 공사비용(당기제조비용)은 562백만원에 불과하고, 총결정세액은 4,614백만원인 반면, 처분청의 부분조사 결과 총결정세액은 4,777백만원으로 당초 신고시의 총결정세액보다 단지 163백만원이 증액된 것에 불과하여, 이 건 경정청구세액 1,081백만원은 처분청의 부분조사에 따라 증액경정된 세액에 대한 경정청구로 보기도 어렵다.

다음으로 청구인은 2011년 @@저축은행 등에 지급한 이자비용 2,576백만원 중 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 기반영한 지급이자를 제외한 쟁점이자비용, MM지방법원2011가합**** 판결에 따라 지급의무가 확정된 쟁점공사비용 등을 추가로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하므로, 이에 관하여 살펴본다.

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사․확인할 의무가 있고(대법원2006두13497, 2008.12.24. 참조), 납세의무자가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝힌 경우에는 과세관청이 해당 사유가 경정청구 사유가 되지 못한다는 사정을 입증하지 않는 한, 그 감액경정청구사유가 존재한다고 봄이 상당하다(수원지방법원2015구합60236, 2016.11.15. 참조).

이와 같은 법리 및 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 쟁점이자비용의 경우, ① 청구인은 DD빌딩 신축공사와 관련하여 2009.6.30. 청구인을 위탁자로, KKK자산신탁을 수탁자, 차주를 ㈜피**엔터(분양대행업체), 대출기관을 @@저축은행 등 5개 금융기관, 시공사를 ㈜CCC로 하는 사업약정서를 작성한 점, ② KKK 자산신탁 명의 □□은행 계좌를 통하여 2011년 9월～12월 @@저축은행 등 5개 금융기관에 2,576백만원의 이자비용을 지급한 점, ③ @@저축은행은 2011.12.29. KKK 자산신탁에 대하여 @@저축은행 등 5개 금융기관의 대출원리금 상환을 요청한 점 등으로 미루어 보아 쟁점이자비용이 실제로 지급되었다고 판단된다. 그러나 청구인이 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 표준손익계산서상 이자비용으로 기재된 금액은 39백만원에 불과한 점에 미루어 볼 때, 청구인은 당초 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점이자비용을 필요경비로 반영하지 않은 것으로 보인다.

한편 쟁점공사비용 등의 경우, ㈜CCC는 2011.4.15. DD빌딩 신축공사를 완료하고 청구인에게 공급대가 1,249백만원의 전자세금계산서를 발행하였고, 청구인도 이를 2011년 제1기 매입세금계산서 합계표에 포함시켜 부가가치세를 신고하였음에도 1,249백만원을 ㈜CCC에게 지급하지 않아, ㈜CCC가 청구인을 상대로 제기한 공사대금청구의 소 판결(MM지방법원2011가합****)에 따라 청구인에게 쟁점공사비용 등의 지급의무가 발생한 사실이 확정되었다. 그러나 청구인이 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 표준원가명세서상 외주공사비로 기재된 금액은 0원인 점에 미루어 볼 때, 청구인은 당초 2011년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점공사비용 등 역시 필요경비로 반영하지 않은 것으로 보인다.

반면 처분청이 작성한 “DD빌딩 공사원가 및 대응원가 조정명세서”에 따르면, 부분조사시 추인한 2011년 과세연도 이자비용은 1,371백만원으로 쟁점이자비용보다 242백만원이 적고, 대출금 이자 및 외주공사비 계정과목을 보면 구체적인 추인내용 없이 총액만 기재되어 있어, 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 필요경비로 추인하였는지 여부가 불분명하다.

따라서 처분청이 2013.4.12.～2013.5.1. 청구인의 2011년 과세연도 종합소득세에 대한 부분조사시 쟁점이자비용 및 쟁점공사비용 등을 필요경비로 추인하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 청구인의 2011년 과세연도 소득금액을 산출함이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으나 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요하다고 인정되므로, 「국세기본법」제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.