주문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이유

가. 청구인은 2017.12.28. 서울 AA구 BBB37길 58, 000동 604호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 475백만원에 양도하였으며, 쟁점주택 양도 당시 쟁점주택을 포함하여 주택 3채를 보유하고 있었으나,

    2018.2.28. 서울 AA구 ○○동 295-21 겸용주택(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)은 장기임대주택으로 보아 주택 수 계산에서 제외하고 쟁점주택의 양도가 거주이전을 위한 일시적 2주택 상태에서 양도한 것으로 보아 양도소득세를 비과세로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택의 양도일인 2017.12.28.에 쟁점임대주택이 「소득세법」제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택의 요건을 충족하지 못하여 주택 수 계산에서 포함하여 1세대 3주택자로 보아 2018.7.3. 청구인의 양도소득세 비과세 신고를 부인하고 청구인에게 양도소득세 59,270,981원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2018.12.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 쟁점임대주택에 대해 구청에 임대사업자등록을 하지 않았을 뿐 실제 주택으로 임대하였고 세무서에는 주택임대 사업자로 사업자등록을 하고 매년 임대소득에 대하여 소득세를 신고한 사실이 있음에도,

    구청에 임대사업자등록을 하지 않았다는 형식적 이유로 처분청이 주택 수에서 제외되는 장기임대주택으로 보지 아니한 것은 국세부과원칙인 실질과세원칙을 위반하여 부당하다.

나. 따라서 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택이므로 주택 수에서 제외하여야 하고,

    그 경우 쟁점주택은 거주이전을 위한 일시적인 2주택 상태에서 양도한 것이므로 비과세 양도소득에 해당하므로 청구인을 1세대 3주택자로 보아 양도소득세를 경정·고지한 처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

○ 청구인의 쟁점임대주택은 쟁점주택 양도당시 1세대1주택의 특례가 적용되는 장기임대주택의 요건 중 “「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록” 요건을 갖추지 못하여 쟁점주택의 양도당시 주택 수에서 제외될 수 없으므로 1세대1주택 비과세를 부인하고 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다

가. 청구인은 1988.11.11. 처분청에 쟁점임대주택의 임대와 관련하여 비거주용 건물임대업으로 사업자등록을 한 이후 쟁점주택의 양도일 이후인 2018.3.29.에서야 주택임대업 업종 추가하는 사업자등록 정정을 하고 같은 날 관할 AA구청에 주택임대사업자로 최초 등록을 하였다

나. 1세대 1주택 비과세특례를 규정한 「소득세법 시행령」제155조제20항제2호에서는 2년 이상 거주한 주택(이하 “거주주택”이라 한다)의 양도시 임대주택을 주택으로 보지 않기 위해서는 당해 임대주택이「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택에 해당하여야한다고 규정되어 있고,

    장기임대주택의 요건으로 “쟁점주택의 양도일 현재 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하고 있을 것”을 규정하고 있다.

다. 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하는데((대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조),

    쟁점주택의 양도 당시 쟁점임대주택은 「소득세법」 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 사업자등록이 되어 있지 않았으므로 쟁점주택의 1세대1주택 판단시 주택 수에 포함되지 않는 「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택에 해당되지 않는다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ○ 소득세법 및 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자로 등록하지 않았으나 실제 주택임대업을 영위하였으므로 당해 임대주택은 1세대1주택 판단시 주택 수에서 제외하여야한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 2) 소득세법 제12조【비과세소득】

  다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

   2. 사업소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

    나. 1개의 주택을 소유하는 자의 주택임대소득(제99조에 따른 기준시가가 9억원을 초과하는 주택 및 국외에 소재하는 주택의 임대소득은 제외한다) 또는 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 총수입금액의 합계액이 2천만원 이하인 자의 주택임대소득(2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세기간까지 발생하는 소득으로 한정한다). 이 경우 주택 수의 계산 및 주택임대소득의 산정 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 3) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

    나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 4) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

  ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.

 5) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

  ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

 󰊊󰊒제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

   1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

   2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

 6) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

  ① 법 제104조제4항제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

   2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택"이라 한다).

    가. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

  ⑦ 제1항제2호ㆍ제3호ㆍ제8호의2 및 제4항의 규정을 적용받고자 하는 자는 당해 임대주택등 또는 일반주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령이 정하는 신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

   1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항의 규정에 의한 임대사업자등록증 또는 「영유아보육법」 제13조의 규정에 따른 어린이집 인가의 인가증

   2. 임대차계약서 사본

   3. 임차인의 주민등록등본 또는 주민등록증사본

   5. 그 밖의 기획재정부령이 정하는 서류

 7) 소득세법 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

  ① 새로 사업을시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

 8) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

  ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

다. 사실관계

 1) 청구인은 1988.11.11.을 개업일로 하여 1993.11.26. 쟁점임대주택을 처분청에 비거주용 건물임대업으로 사업자등록을 하였고 쟁점주택의 양도일 이후인 2018.3.29.에 주택임대업 업종 추가하는 사업자등록 정정신고를 하였으며,

    같은 날 AA구청에 주택임대사업자로 최초 등록(2018-AA구-임대사업자-***33)하였음이 국세청 전산자료 및 처분청이 제출한 임대사업자 등록증에 의하여 확인된다.

 2) 쟁점주택의 취득일자와 취득가액, 양도일자와 양도가액 그리고 청구인이 쟁점주택에 2년 이상 거주한 사실에 대하여는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.

 3) 청구인이 양도소득세 신고서에 첨부한 주민등록등본에 의하면 쟁점주택 양도일 현재 청구인의 세대는 청구인과 청구인의 배우자로 구성되어 있음이 확인되며 청구인의 쟁점주택 양도 당시 주택보유 현황은 다음과 같다.

 4) 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점임대주택은 지층에서 4층으로 이루어진 건물로 그 내역은 지층에서 3층까지는 상가이고 4층은 주택으로 되어 있음이 다음과 같이 확인된다. (다음 생략)

 5) 청구인은 쟁점임대주택이 장기임대주택이라고 주장하며 쟁점임대주택에 대해 처분청에 주택임대업으로 사업자등록을 하였고 구청에 임대사업자 등록을 하지 않았을 뿐 실제 주택으로 임대를 하였으므로 장기임대주택에 해당한다며 등기사항전부 증명서를 제출하였으나 직접적인 증빙서류는 제출하지 않았다.

 6) 청구인은 쟁점임대주택에 대해 사업자등록을 하고 매년 소득세를 신고․납부하였다고 주장하나 국세청 전산자료에 의하면 주택임대에 따른 수입금액인 면세 수입금액 신고는 하지 않았다가,

     2017.9.18.에 부가가치세 수정신고와 2018.1.12. 확정신고를 통해 부가가치세 과세대상도 주택임대소득 과세대상에도 해당되지 않는 주택 임대보증금에 대한 다음의 이자상당액을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고·납부한 것이 확인된다.

라. 판단

   이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 주택의 양도에 따른 소득 중 비과세 양도소득으로 보는 1세대1주택 범위의 특례를 규정한 「소득세법 시행령」제155조제20항은 양도일 현재 같은 법 시행령 제167조의3 제1항제2호에 따른 ‘장기임대주택’ 요건을 갖춘 주택을 임대하고 있는 거주자가 2년 이상 보유 및 거주한 주택을 양도하는 경우 ‘장기임대주택’은 주택 수에 포함하지 않고 1세대1주택 여부를 판정한다는 것인데,

   청구인은 쟁점주택의 양도일 이후인 2018.3.29.에서야 처분청에 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록에 해당하는 쟁점임대주택에 대한 주택임대업종을 추가하여 하였고 같은 날 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 한 것으로 확인되어, 쟁점임대주택은 쟁점주택의 양도일 현재 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항제2호에 규정된 요건인 「소득세법」제168조에 의한 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 의한 주택임대사업자 등록이라는 요건을 갖추지 못한 것으로 확인되므로,

   처분청이 청구인의 양도소득세 비과세 신고를 부인하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

  이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.