주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가.청구인은 2018.4.6. 서울특별시 ○○구 ○○로 *** ○○아파트 101동 1903호(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 양도하고, 2018.5.25. 1세대1주택 고가주택으로 양도소득세 53,508,040원을 신고․납부한 후, 2018.7.27. 1세대2주택으로 수정신고하여 양도소득세 151,389,283원을 추가납부하였다.

나.이후 청구인은 2018.12.19. 쟁점양도주택이 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에서 규정한 1세대1주택의 특례에 해당하므로 추가로 납부한 세액 151,389,283원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.

다.이에 대하여 처분청은 2019.1.4. 청구인의 배우자 소유의 임대주택인 □□ □□시 □□구 □□읍 □□리 ***번지 □□아파트 804동 1202호(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)이 양도일 현재 ｢소득세법｣상 사업자등록을 하지 아니한 이상 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에 따른 장기임대주택(이하 “장기임대주택”이라고만 한다)에 해당하지 않음을 사유로 경정청구를 거부하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2019.4.10. 이의신청을 거쳐 2019.8.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가.청구인은 세법상 무지로 인하여 양도일 현재 쟁점임대주택에 대하여 관할 세무서에 ｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록은 누락하였으나, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 “｢민간임대주택법｣”이라 한다) 제5조에 따른 임대사업자를 2015.3.26. BB시에 등록하였으며, 사후적으로 ○○세무서에 동일 과세기간인 2018.10.24. 사업자등록을 하였고, 임대개시일도 소급하여 2015.3.26.로 하여 조세포탈의 의사가 없음이 자명하다.

나.비록 청구인이 관련 법령을 숙지하여 못하여 ｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록을 누락하였으나, ｢민간임대주택법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록을 BB시에 2015.3.26. 등록하였으므로 임대주택 여부는 충분히 전산상으로 확인될 사항인 점으로 미루어 볼 때, 단순히 납세자가 조세포탈 의사 없이 사업자등록을 하지 아니하였다는 이유만으로 쟁점양도주택에 대하여 1세대1주택 비과세 규정의 적용을 부인한 것은 부당하다.

다.또한 최근 2018년부터는 임대사업자등록과 관련하여 관할 지방자치단체와 국세청이 전산상으로 연계되어 지방자치단체에만 신고하면 자동으로 국세청에 신청되도록 하여 납세자의 편의가 증진되었다. 이러한 점으로 볼 때 과거 국세행정의 미비함으로 인한 불이익을 납세자에게만 전가하는 것은 불합리하다.

라.상기와 같은 이유로 쟁점임대주택은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에서 정하고 있는 장기임대주택으로 보아야 한다. 따라서 쟁점양도주택의 양도는 1세대1주택의 특례에 해당하므로 이 건 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.

3. 처분청 의견

가.쟁점양도주택 양도 당시 청구인의 배우자는 쟁점임대주택 1채를 소유하며 임대하고 있었으나, 1세대1주택 판정시 주택수에 포함하지 않는 장기임대주택이란 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록을 하고 ｢민간임대주택법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 하므로 청구인의 배우자가 쟁점임대주택에서 임대사업을 영위하였다 하더라도 사업자등록을 하지 아니한 이상 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에 따른 장기임대주택에 해당하지 않는다.

나.또한 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면 요건의 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것인바, 양도일 이후 사후적으로 사업개시일을 소급하여 사업자등록을 하였다 하더라도 양도일 현재 사업자등록이 되어 있지 않다면 해당 특례의 장기임대주택 요건을 충족하였다고 할 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

｢민간임대주택법｣상 임대사업자등록은 하였으나 ｢소득세법｣상 사업자등록을 하지 않은 주택을 장기임대주택으로 보아 1세대1주택 비과세 판단 시 보유주택 수에서 제외할 수 있는지 여부

나. 관련법령

1)소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1.～2. (생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(이하 생략)

1-1)소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략)

1-2)소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. (단서 생략)

1. 거주주택: 거주기간(괄호 생략)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

3. (생략)

1-3)소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

(각목 생략)

2)소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되고 2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

①새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록을 하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. <2014.12.23. 단서 신설>

2-1) 소득세법 부칙 <법률 제12852호, 2014.12.23.>

제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제12조제2호나목, 제45조제2항ㆍ제3항 및 제52조제4항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제163조제1항제1호의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제48조제1항ㆍ제2항, 제55조제2항, 제94조제1항제5호, 제99조제1항제7호, 제102조제1항제3호, 제103조제1항제3호, 제104조제1항제12호, 제105조제1항, 제118조의2, 제118조의5제1항, 제118조의7제1항, 제118조의8, 제163조제1항제2호 및 제174조의2의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행하고, 제14조제3항제7호, 제64조의2, 제70조제2항 및 제168조제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다. <개정 2016.12.20>

제4조(분리과세 주택임대소득에 관한 적용례) 제14조제3항제7호, 제64조의2, 제70조제2항 및 제168조제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 적용한다. <개정 2016.12.20>

2-2)소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. <개정 2018.12.31>

3)민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장․특별자치도지사․시장․군수 또는 구청장(구천장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장․군수․구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

다. 사실관계

1)국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘세대별 주택보유 현황 조회’에 의하면, 쟁점양도주택 양도 당시 청구인 세대의 주택보유 현황은 다음과 같다.

<쟁점주택 양도 당시 청구인 세대의 주택보유 현황>

2)2015.3.26. BB시장이 발급한 ‘임대사업자 등록증’에 의하면, 청구인의 배우자는 2015.3.26. 쟁점임대주택에 대하여 임대시작일을 2015.3.26.로 하여 임대주택법에 따라 임대사업자 등록을 한 것으로 확인된다.

3)국세청 전산시스템(NTIS)자료의 ‘사업자 기본사항 조회’에 의하면, 청구인의 배우자는 쟁점양도주택 양도일(2018.4.6.) 이후인 2018.10.24. 처분청에 주소지를 사업장으로, 업종을 부동산/주택임대업으로, 개업일자를 2015.3.26.로 하여 쟁점임대주택에 대한 사업자등록(부가가치세 면세사업자)을 신청하였고, 같은 날 처분청으로부터 사업자등록증을 발급받은 것으로 확인된다.

4)처분청의 ‘경정청구 처리 결과 통지서’에 의하면, 처분청은 “장기임대주택 소유시 거주주택 특례의 장기임대주택이란 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록을 하고 ｢민간임대주택법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것을 요건으로 하므로, 청구인의 배우자가 양도일 현재 사업자등록을 하지 아니한 이상 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에 따른 장기임대주택에 해당하지 않음”을 사유로 경정청구를 거부처분하였다.

5)2018.4.2. ｢민간임대주택법 시행규칙｣ 제2조 제2항에 지방자치단체에 임대주택을 등록하면서 부가가치세법상 사업자등록신청서를 제출하는 경우 이를 관할 세무서로 이송하도록 하도록 하는 규정을 신설하고, 2018.4.2.부터 주택임대사업자가 지방자치단체장에게 임대사업자 등록 신청 시, 신청서 상 ‘세무서 사업자등록 신청서 제출’에 동의하는 경우 세무서를 따로 방문할 필요 없이 기관 간 연계하여 신청정보를 주고받아 사업자등록 처리를 해주는 ‘주택임대 사업자등록 신청 간소화서비스’가 시행되고 있다.

라. 판단

1)｢소득세법｣ 제89조 제1항 제3호 가목, ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항, 제154조 제1항이 정한 1세대1주택 비과세 요건 중 하나인 ‘장기임대주택’에 해당하려면, ① 양도일 현재 1세대가 그 주택에 관하여 ｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록을 하였을 것, ② 양도일 현재 1세대가 그 주택에 관해 ｢민간임대주택법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였을 것, ③ 양도일 현재 1세대가 그 주택을 임대하고 있을 것의 요건이 모두 충족되어야 한다.

2)한편, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조),

양도소득세를 과세함에 있어 양도차익은 자산의 양도 당시를 기준으로 산출하는 이상 당해 자산의 양도가 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부도 양도 당시를 기준으로 판정하여야 한다(대법원 1998.7.10. 선고 97누20816 판결 등 참조)

3)이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택이 장기임대주택 요건을 충족하여 쟁점주택의 양도가 1세대1주택에 해당한다고 주장하나, 쟁점양도주택 양도 당시 쟁점임대주택의 임대와 관련하여 ｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록이 마쳐지지 아니하였으므로 쟁점임대주택은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에서 규정한 ‘장기임대주택’에 해당한다고 볼 수 없다(같은 뜻 조심2017서3559, 2017.10.16., 조심2016광3644, 2016.12.14. 등 다수).

따라서 처분청이 쟁점양도주택은 1세대1주택 특례대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.