주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2005.11.24. 취득한 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 000-0 등 7필지 333㎡ 토지에 2006.8.10. 건물 530.84㎡(이하 이 토지 및 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 ‘***어린이집’이라는 상호로 어린이집을 운영하다가, 2015.12.16. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청에 1,592,104,700원에 양도한 후 2016.2.29. 양도소득세 145,310,746원을 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2018.7.4. 쟁점부동산의 양도가 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조에서 규정하고 있는 ‘공익사업용 토지 등’의 양도라며 동 조에 따른 양도소득세 감면율 15%를 적용하여 과다납부된 양도소득세 21,796,610원을 환급하여 달라는 취지로 처분청에 경정청구하였으나, 처분청은 2018.8.16. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.12. 처분청의 이의신청을 거쳐 2019.3.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

   ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청의 국․공립 어린이집 확충사업은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “토지보상법”이라 한다) 제4조 제3호에서 규정하고 있는 ‘그 밖의 공공용시설에 관한 사업’에 해당하고, 동 법 제68조에 따라 3곳의 감정평가기관의 감정평가를 거쳐 ㅇㅇ구청이 쟁점부동산을 취득한 후 ’@@어린이집’으로 사용(공익사업으로 사용)하고 있다.

 따라서 청구인의 쟁점부동산 양도는 ‘공익사업에 필요한 토지 등’을 양도한 것임이 객관적으로 입증되므로 쟁점부동산의 양도소득은 조특법 제77조에 따라 양도소득세 감면대상에 해당함에도 처분청이 청구인의 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.

 청구인과 동일한 형태로 어린이집을 구청에 매각한 ㅇㅇ 〇〇어린이집,ㅁㅁ시 △△어린이집 양도자는 관할 세무서에 경정청구하여 양도소득세 감면을 적용받아 환급받은 사실이 있으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

   ㅇㅇ구청이 공립어린이집의 확충 정책에 따라 2015.12.16. 쟁점부동산을 매수한 것은 사실이나, 쟁점부동산을 매수함에 있어 토지보상법 또는 그 밖의 법률에 따른 ‘사업인정고시’ 또는 이를 갈음할 수 있는 ‘보상계획공고(보상계획통지)’ 절차 없이 매수하였다.

 처분청이 ㅇㅇ구청에 질의한 결과 쟁점부동산은 토지보상법에 따른 매수가 아니라는 회신을 받았고, 부동산등기부상 이전등기 원인이 ‘공공용지의 협의 취득’이 아닌 ‘매매’로 기재된 것으로 나타난다.

 따라서 설령 어린이집 운영이 토지보상법에서 열거하고 있는 공익사업에 해당된다고 하더라도 조특법 제77조는 토지보상법에서 정한 사업인정고시에 따라 ‘토지 등’을 양도한 경우에 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있는바, 이러한 사업인정고시 없이 계약당사자의 쌍방합의에 의하여 일반적인 부동산매매거래 절차에 따라 발생한 쟁점부동산 양도소득은 조특법 제77조에서 규정한 양도소득세 감면요건을 갖추었다고 볼 수 없다(ㅇㅇ행정법원 2018.8.29. 선고 2018구단63108 판결, 상고심 대법원 2019.3.28. 선고 2018두65897 판결 같은 뜻임).

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 양도가 「조세특례제한법」상 감면대상인 ‘공익사업용 토지 등’의 양도에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 1) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부 개정되기 전의 것)

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지 등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

   1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

   2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지 등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

   3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

  ② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지 등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지 등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지 등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

  ⑥ 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 2) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2014.3.18. 법률 제12471호로 일부 개정된 것)

  제1조 【목적】이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다.

  제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   2. "공익사업"이란 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

   3. "사업시행자"란 공익사업을 수행하는 자를 말한다.

   7. "사업인정"이란 공익사업을 토지 등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다.

  제4조 【공익사업】이 법에 따라 토지 등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

   3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사・공장・연구소・시험소・보건시설・문화시설・공원・수목원・광장・운동장・시장・묘지・화장장・도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

   4. 관계 법률에 따라 허가・인가・승인・지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교・도서관・박물관 및 미술관 건립에 관한 사업

  제14조 【토지조서 및 물건조서의 작성】① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지 등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자와 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다.(단서 생략)

  제15조 【보상계획의 열람 등】 ① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서와 물건조서를 작성하였을 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기・방법 및 절차 등이 포함된 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장・군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자와 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.

  ② 사업시행자는 제1항에 따른 공고나 통지를 하였을 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 둘 이상의 시・군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, 시장・군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다.

  제16조 【협의】사업시행자는 토지 등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제17조 【계약의 체결】사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.

  제19조 【토지 등의 수용 또는 사용】① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있다.

  제20조 【사업인정】 ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지 등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

  제22조 【사업인정의 고시】 ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시・도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시・도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 시장・군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

  ③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

  제26조 【협의 등 절차의 준용】 ① 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업시행자는 토지조서 및 물건조서의 작성, 보상계획의 공고・통지 및 열람, 보상액의 산정과 토지소유자 및 관계인과의 협의 절차를 거쳐야 한다. 이 경우 제14조부터 제16조까지 및 제68조를 준용한다.

  ② 사업인정 이전에 제14조부터 제16조까지 및 제68조에 따른 절차를 거쳤으나 협의가 성립되지 아니하고 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업으로서 토지조서 및 물건조서의 내용에 변동이 없을 때에는 제1항에도 불구하고 제14조부터 제16조까지의 절차를 거치지 아니할 수 있다. 다만, 사업시행자나 토지소유자 및 관계인이 제16조에 따른 협의를 요구할 때에는 협의하여야 한다.

  제68조 【보상액의 산정】 ① 사업시행자는 토지 등에 대한 보상액을 산정하려는 경우에는 감정평가업자 3인(제2항에 따라 시・도지사와 토지소유자가 모두 감정평가업자를 추천하지 아니하거나 시・도지사 또는 토지소유자 어느 한쪽이 감정평가업자를 추천하지 아니하는 경우에는 2인)을 선정하여 토지 등의 평가를 의뢰하여야 한다. 다만, 사업시행자가 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 직접 보상액을 산정할 수 있을 때에는 그러하지 아니하다.

3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령

  (2014.12.23. 대통령령 제25883호로 개정된 것)

 제7조 【토지조서 및 물건조서 등의 작성】 ① 사업시행자는 공익사업의 계획이 확정되었을 때에는 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 지적도 또는 임야도에 대상 물건인 토지를 표시한 용지도(용지도)를 작성하여야 한다.

  ② 사업시행자는 제1항에 따라 작성된 용지도를 기본으로 하여 법 제14조 제1항에 따른 토지조서(이하 "토지조서"라 한다) 및 물건조서(이하 "물건조서"라 한다)를 작성하여야 한다.

  제8조 【협의의 절차 및 방법 등】 ① 사업시행자는 법 제16조에 따른 협의를 하려는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 보상협의요청서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인에게 통지하여야 한다.(단서 생략)

   1. 협의기간ㆍ협의장소 및 협의방법

   2. 보상의 시기ㆍ방법ㆍ절차 및 금액

   3. 계약체결에 필요한 구비서류

  ③ 제1항 제1호에 따른 협의기간은 특별한 사유가 없으면 30일 이상으로 하여야 한다.

   ⑤ 사업시행자는 제1항 제1호에 따른 협의기간에 협의가 성립되지 아니한 경우에는 국토교통부령으로 정하는 협의경위서에 다음 각 호의 사항을 적어 토지소유자 및 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다.(단서 및 각 호 생략)

다. 사실관계

 1) 다툼이 없는 사실관계

  가) 청구인이 2015.12.16. 쟁점부동산을 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청에 양도하고 신고한 양도소득세 내역 및 쟁점부동산이 공익사업용 토지 등에 대한 양도라고 주장하며 2018.7.14. 경정청구한 내역은 다음 <표1>과 같으며, 쟁점부동산의 양도가액 및 산출세액에 관한 다툼은 없다.

<표1> 양도소득세 신고 및 경정청구 내역

  나) 쟁점부동산 건물의 부동산등기사항증명서를 보면, 쟁점부동산의 양도원인은 ‘매매’인 것으로 나타난다.

 2) 처분청이 경정청구를 검토한 내용

  가) 처분청은 다음과 같이 쟁점부동산 양도가 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단하였다.

  나) 처분청이 쟁점부동산 양도가 토지보상법에 따라 협의취득한 것인지 여부에 관한 정보를 요청한 결과, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청장은 2018.8.13. 다음과 같이 그러하지 아니하다는 취지로 회신한 것으로 나타난다.

 3) 청구인과 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청장과 맺은 쟁점부동산에 관한 ‘부동산매매계약서’는 다음과 같다.

 4) 청구인이 쟁점부동산 양도가 ‘공익사업용 토지 등’의 양도라는 취지로 이 건 심사청구하면서 제출한 증빙은 다음과 같다.

  가) ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청으로부터 수집한 ① ‘국공립 어린이집 확충을 위한 민간어린이집 구립 전환 시행계획(2013.9.2. 작성, 쟁점부동산이 국공립어린이집으로 전환을 희망하는 내용의 신청서가 접수되어 있는 것으로 나타남), ② 2013년도 제6차 공유재산심의회 개최결과 보고(2013.10.16. 작성, 민간어린이집 매입안이 포함되어 있음), ③ 2013년도 수시분 구유재산 관리계획(안)(쟁점부동산 매입안이 포함되어 있음), ④ 제210회 ㅇㅇ구의회 임시회 의안처리결과 송부(2013.11.8.작성, 쟁점부동산매입안이 가결된 내용이 포함되어 있음), ⑤ 국공립 어린이집 확충을 위한 민간어린이집(@@창의) 매입계획(2015.7.23.작성, 쟁점부동산 매입계획임) 등을 제출하였다.

  나) 청구인과 동일한 형태로 어린이집을 구청에 매각한 ㅇㅇ 〇〇어린이집 양도자 〇〇〇이 양도소득세 감면을 적용해달라고 〇〇세무서에 경정청구한 결과, 2018년 10월 37,484,130원(환급가산금 포함)을 환급받았다면서 ‘국세환급금 충당통지서’를 제출하였다.

라. 판단

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

 1) 조특법 제77조 제1항 제1호는 세액감면 요건을 정한 규정으로 명백한 특혜규정에 해당하므로 이를 법문대로 엄격히 해석하여야 하는바, 동 규정에서 세액감면 대상 소득을 “해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득”으로 정하고 있다. 따라서 위 규정에 따라 세액감면을 받기 위해서는 토지보상법에 따라 사업인정고시가 이루어지고, 양도 목적물인 토지 등이 사업구역 내에 위치한 경우이어야 한다.(ㅇㅇ행정법원 2018.8.29. 선고 2018구단63108 판결 참조).

 2) 청구인은 쟁점부동산 양도가 조특법 제77조의 감면대상인 ‘공익사업용 토지 등’의 양도에 해당하므로 과다납부된 양도소득세는 환급되어야 한다고 주장하나, 동 조항의 취지가 공익사업의 시행자가 공익사업 용지 등을 확보하는데 있어서의 어려움을 덜어주고 토지 등의 이용을 효율화하기 위하여 당해 토지 등을 공익사업 용지 등으로 양도한 자에 대하여 양도소득에 대한 소득세를 감면해 주는 데 있다. 이 건의 경우 ㅇㅇ특별시 ㅇㅇ구청이 쟁점부동산을 구립어린이집으로 사용하기 위하여 매수하기는 하였으나, 국토교통부 장관으로부터 토지보상법에 정한 사업인정을 받은 적이 없고, 국토교통부 장관의 사업인정고시 역시 없었던 점, 쟁점부동산의 거래가 토지보상법에 정한 협의취득 절차를 거치지 아니하고 자유로운 의사에 따라 시가대로 거래된 것으로 보이는 점, 법원도 일관되게 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도한 경우에만 양도소득세 감면대상이라고 판결하고 있는 점(대전고등법원 2014.12.4. 선고 2014누10972 판결, ㅇㅇ고등법원 2018.11.29. 선고 2018누64384 판결 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.