주 문

처분청이 청구인에게 2010.1.4. 고지한 2000년 과세연도 종합소득세 1,027,284, 150원, 2001년 과세연도 종합소득세 688,368,590원, 2002년 과세연도 종합소득세 276,175,120원, 2003년 과세연도 종합소득세 2,159,360,150원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 청구인은 1985년 서울시 성북구 삼선동*가 **에서 무역중개업을 영위하기 위하여 설립된 주식회사 AA공영(2014년 주식회사 BBB코퍼레이션으로 사명 변경하였으며 이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 1992년부터 2009년까지 대표이사로 근무하였다.

나. 처분청은 2008.9.2.부터 2009.6.25.까지 쟁점법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여 쟁점법인이 2000년경부터 대한민국 정부와 러시아 정부 사이에 차관경협사업의 일환으로 이루어진 러시아제 무기도입사업의 에이전트로 활동하면서 29,796,460,624원을 중개수수료로 받아 해외계좌에 은닉해 두었다가 국내 차명계좌에 입금하는 방식으로 수입금액을 누락한 것을 확인하고 2009.7.8. 쟁점법인에 2000∼2008 사업연도 법인세 합계 14,085,094,770원, 부가가치세 합계 297,964,530원을 경정·고지하고 쟁점금액이 쟁점법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 27,357,360,543원을 인정상여 처분하면서 청구인에게 2000년∼2008년 과세연도 소득금액변동통지하고 다음과 같이 종합소득세를 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.12.9. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 이 사건 처분 당시 적용되던 개정 전 국세기본법에 의하면 법인세법 제67조에 따라 처분된 인정상여에 대한 소득세의 부과제척기간은 5년이다.

국세기본법이 2011. 12. 31. 개정되어 ‘부정행위로 포탈한 국세가 법인세이면 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세의 부과제척기간은 10년’이 되지만, 위 개정규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용하므로 이 사건에는 적용되지 않는다.

 이 사건 처분 당시 적용되던 개정 전 국세기본법은 법인세를 부정행위로 포탈한 경우에도 인정상여 처분에 따른 소득세 부과제척기간은 5년을 적용하도록 규정되어 있고, 대법원 2011. 1. 13. 선고 2010두 20300 판결 역시 허위 세금계산서를 수취하여 매입액을 과다계상한 경우 사기 기타 부정한 방법으로 법인의 소득을 포탈하기 위한 행위로 보아 10년의 부과제척기간이 적용되지만, 허위세금계산서에 수취에 따른 인정상여 소득세의 경우 5년의 국세부과제척기간이 적용되는 것이라고 하는바, 법인세 포탈을 사기 기타 부정한 행위로 했는지 여부와 무관하게 인정상여로 인한 소득세의 부과제척기간은 5년이 적용된다.

나. 부과제척기간 도과 후 이루어진 이 사건 처분은 무효에 해당한다.

국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효에 해당한다.(대법원 1993. 12. 28. 선고 93누17409 판결, 1995. 5. 23. 선고 94누15189 판결 등 참조).

 처분청이 2009.7.1. 청구인에게 소득금액변동통지하고 2010.1.4. 종합소득세 결정·고지한 처분 중 2000부터 2003까지 과세연도 인정상여금액에 대한 종합소득세 결정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)는 부과제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분이므로 무효에 해당한다.

3. 조사청 의견

가. 청구인의 청구는 청구기간을 도과하여 각하 대상이다.

1) 구 국세기본법 제61조 제1항은 “심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.”라고 규정하였다.

2) 처분청이 2009.7.1. 청구인에게 소득금액변동통지하고 2010.1.4. 종합소득세 결정·고지한 것에 대하여 청구인은 2019.12.5. 심사청구를 하였으므로 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일이 경과된 이후에 제기된 청구로 각하처분이 타당하다.

나. 쟁점 처분은 당연 무효에 해당하지 않는다.

1) 대법원은 “과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2017다242409, 2018.07.19.)”라고 판시하였다.

2) 즉, 인정상여에 대한 처분 당시에 부과제척기간에 적용에 있어 10년의 부과제척기간이 적용되는지 또는 5년의 부과제척기간이 적용되는지가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석의 다툼에 여지가 있었다면 그 하자가 명백하다고 할 수 없다.

3) 쟁점처분은 2009.7.1.에 이루어졌고, 가공매입 등에 관련한 인정상여에 대한 부과제척기간은 5년의 기간이 적용된다고 결정한 대법원 판결은 그 이후인 2010.04.29. 선고 되어 쟁점 사안에 대한 소득 처분 당시에는 법인세 등에 10년의 부과제척기간이 적용될 경우 이와 관련된 소득처분에 있어서는 5년의 부과제척기간이 적용되는지는 명백하지 아니 하였다. 그러므로 처분청이 구 국세기본법의 부과제척기간의 규정을 10년이 적용되는 것으로 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 그 하자가 명백한 것이라고 할 수 없으므로 당연 무효라고 할 수 없다.

4) 더불어 가공매입 등에 관련한 인정상여에 대한 부과제척기간은 5년이 적용된다고 대법원이 선고한 동일 사건의 2심 판결에서는 부과제척기간이 10년이 적용된다고 2007.05.16. 선고한 점을 고려하면 동 쟁점사안은 그 하자가 명백하다고 볼 수 없다. 왜냐하면 2007.05.16. 대전고등법원은 국세를 포탈한 유형이 사기·기타부정한 방법에 해당하면 인정상여처분에 의한 소득세의 부과제척기간도 10년임을 선고하여 처분청이 쟁점 사안을 처분할 당시에는 법원에서도 10년으로 해석하고 있었기 때문이다.

5) 따라서 쟁점처분은 당연 무효인 처분에 해당하지 않고, 쟁점처분에 대한 청구는 국세기본법 제61조 제1항에서 규정한 심사청구의 청구기간을 도과하였으므로 각하 대상이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 청구기간을 도과하여 제기되어 각하대상인지 여부

 ② 쟁점처분이 부과제척기간 도과 후 이루어져 무효인지 여부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간】(2011.12. 31.법률 제11124호로 개정된 것)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

   1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

 부칙<제11124호, 2011. 12. 31.>

 제2조【국세부과의 제척기간에 관한 적용례】

 ① 제26조의2제1항제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

 2) 국세기본법 시행령 제12조의3【국세부과제척기간의 기산일】

  ① 법 제26조의2제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

   1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 과세표준신고기한 이라 한다)의 다음날.

 3) 국세기본법 제55조【불복】

  ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다

 4) 국세기본법 제61조【청구기간】

  ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

 5) 국세기본법 제65조【결정】

  ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2016.12.20>

    1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

    나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우나. 판례 등

다. 조사내용

1) 쟁점법인은 1986.3.3. 개업하였으며 현재 휴업 중으로 나타난다.

2) 처분청은 쟁점법인에 대한 법인세통합조사 후 2000사업연도부터 2008사업연도의 매출누락금액을 익금에 산입하고 귀속이 불분명하다고 보아 대표이사인 청구인에게 인정 상여처분을 하였으며, 소득금액변동통지는 소득세법 시행령 제192조 제1항 단서 규정에 따라 청구인에게 하였으며 적법하게 송달되었음이 확인된다.

3) 쟁점처분 기간 중 청구인은 쟁점법인의 대표이사로서 매 연도에 36백만원의 급여를 수령하고 연말정산한 사실이 확인된다.

4) 청구인의 종합소득세 부과제척기간을 5년으로 보는 경우와 10년으로 보는 경우 각각에 대한 청구인의 종합소득세 부과제척기간 만료일은 다음과 같다.

라. 판단

 1) 관련 규정

  가) 국세기본법 제61조제1항은 심사청구를 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고, 이에 대한 예외규정을 두고 있지 않다. 그러나 청구인이 법원에 조세소송을 제기하는 경우에는 제소기간의 제한을 받지 않아 본안심리의 대상이 되는데, 전심절차인 심사청구단계에서 청구기간을 도과하였다는 이유로 무효인 처분을 심리대상으로 삼지 않는다면 납세자는 항상 곧바로 법원에 소송을 제기할 수밖에 없어서 남소(濫訴)를 유발하게 되고, 납세자의 권리구제가 지연되어 신속한 권리구제와 적정한 조세행정운영을 목적으로 하는 심사청구절차의 취지에 맞지 않게 된다. 또한 이미 기존의 심판결정례 및 심사결정례는 무효인 처분에 대하여 청구기간의 제한을 두고 있지 않다.

  나) 법인의 대표이사가 장차 법인의 소득이 유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인하여 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 가공세금계산서를 수취하는 등의 행위를 한 것으로 보기는 어려워 구 국세기본법 제26조의2제1항제1호 소정의 ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 대표이사의 종합소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제25조의2제1항제3호에 의하여 3년이라고 봄이 상당하고, 부과제척기간이 도과하여 이루어진 처분은 무효이다(대법원2012.9.27. 선고 2012두12167, 대법원 2011.1.13. 선고 2010두2030, 대법원 2010.4.29. 선고 2007두11382 판결 등 참조).

  다) 또한 근로소득만 있는 거주자가 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 경우에는 연말정산에서 누락된 다른 근로소득이 있다고 하더라도 그 소득세에 대한 부과제척기간은 인정상여로 처분된 근로소득에 대하여 원천징수 및 연말정산을 거쳐 근로소득세를 납부하였다면 그 소득세에 대한 부과제척기간은 5년으로 보아야 한다(대법원 2013.7.11. 선고 2013두5555 판결 참조).

 2) 이 건 심사청구가 청구기간을 도과하여 제기되어 각하대상인지 여부

   위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 쟁점처분이 부과제척기간의 도과로 무효에 해당하는지를 다투는 이 건 심사청구는 청구기간이 도과하여 제기되었다고 하더라도 본안심리의 대상으로 삼는 것이 타당하다.

 3) 쟁점처분이 부과제척기간 도과 후 이루어져 무효인지 여부

  위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 인정되는 사실과 다음의 내용에 의하면 쟁점처분은 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 처분으로서 무효에 해당한다

  ① 쟁점법인은 청구인에게 2000년 내지 2003년 급여를 지급하면서 원천징수를 하고 연말정산을 하였으므로, 청구인에게 인정상여로 처분된 쟁점금액에 대한 종합소득세의 부과제척기간은 5년이라 할 것이다. 그러므로 쟁점처분은 모두 5년의 부과제척기간이 도과된 후 이루어져 무효에 해당한다.

  ② 처분청은 쟁점처분 당시에는 법원에서도 부과제척기간을 5년을 적용할 지 10년을 적용할지에 대하여 다투고 있었던 상황으로 쟁점처분에 대한 부과제척기간이 5년이라는 사실이 명백하지 않았다sms 주장이다. 그렇지만 대법원이 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 대하여 법인세 부과제척기간을 10년으로 적용하는 경우에도 인정상여 소득처분으로 인한 종합소득세의 부과제척기간은 5년이라고 판결한 이상 이를 달리 볼 것은 아니다.

  ③ 국세기본법이 2011.12.31. 개정되어 ‘부정행위로 포탈한 국세가 법인세이면 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세의 부과제척기간은 10년’이 되지만, 개정규정은 2012.1.1. 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용하므로 이 사건에는 적용되지 않는다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.