주 문

1. 피고가 2018. 12. 7. 원고에 대하여 한 2015년 1기 부가가치세 73,000,740원, 2015

년 2기 부가가치세 289,000,000원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 1. 20.부터 부산 ○○구 ○○동 ○○○-○에서 ‘AA스틸’이라는 상호로 고철 도·소매업을 운영해 오고 있다.

  나. 원고는 2015년 1기부터 2015년 2기까지 각 부가가치세 과세기간에 ㈜BBB산

업(이하 ‘BBB산업’이라 한다), CC스틸, DD스틸로부터 아래와 같이 공급가액 합계

2,233,000,000원의 매입세금계산서를 교부받고, 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공

제하여 해당 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였다.

  다. △△지방국세청장, ◇◇세무서장, □□세무서장은 BBB산업, CC스틸, DD

스틸(이하 통틀어 ‘이 사건 매입처들’이라 한다)에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사

건 매입처들이 발행한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)는 실물 거래 없

이 발행한 가공의 세금계산서에 해당한다고 보아 피고에게 이를 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 해당 매입세액을 불공제하여 2018. 12. 7. 원고에게 2015년 1

기분 부가가치세 73,190,740원, 2015년 2기분 부가가치세 289,330,320원을 각 경정·고

지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 2. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나

2019. 10. 15. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증 및 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은

가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

  1) 원고는 이 사건 매입처들로부터 실제로 고철을 매수한 후 적법하게 이 사건 세

금계산서를 교부받은 것이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당

하지 않는다.

 2) 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도 원

고는 이 사건 매입처가 자료상 또는 위장사업자임을 알지 못하였고, 알지 못한 데 과

실이 없다.

 3) 따라서 이 사건 각 세금계산서의 해당 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 함

에도 이를 공제하지 않은 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

  별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

 1) 원고는 매입처로부터 고철을 매입하여 운송해 오면 원고의 사업장에 설치된 계

량기를 통해 중량을 측정한 다음 계량증명서를 운송기사들에게 교부하고, 고철을 수령

한 다음날 각 매입처의 사업용 계좌로 대금을 입금하는 방식으로 거래하여 왔다.

 2) 원고는 2015. 3. 10.경 BBB산업과, 2015. 2. 3.경 CC스틸과, 2015. 8. 3.경

DD스틸과 각 고철 거래를 개시하였는데, 그 무렵 원고는 BBB산업, DD스틸로부터

사업자등록증을 교부받았고, DD스틸로부터는 대표이사인 오EE의 신분증 사본과 명

함도 교부받았다.

 3) 원고는 해당 과세기간동안 BBB산업으로부터 총 544,000,000원 상당의, CC

스틸로부터 총 560,000,000원 상당의, DD스틸로부터 1,129,000,000원 상당의 각 고철

을 매입하는 거래를 하였고, 각 거래 다음날에 그 매입대금을 이 사건 매입처들 명의

의 각 사업용계좌로 입금하였다.

  4) 원고와 이 사건 매입처들 사이의 위 고철 거래에 관하여 원고가 이 사건 매입

처들을 받는 자로 하여 발행한 계량증명서에는 공차중량과 실중량이 기재되어 있다.

  5) 피고는 과세사실판단자문위원회에 원고가 선의의 거래당사자에 해당하는지 여

부에 대한 과세사실판단자문을 신청하였고, 이에 대한 과세사실판단자문위원회 조사

내용의 요지는 다음과 같다.

   6) 검찰은 2016. 11. 29. DD스틸의 대표이사 오EE의 특정범죄가중처벌등에관한

법률위반(허위세금계산서교부등) 피의사건 및 CC스틸의 대표이사 김FF의 허위세금

계산서 발급으로 인한 조세범처벌법위반 피의사건에 관하여 각 혐의없음(증거불충분)

결정을 하였다.

 라. 판단

  1) 관련 법리

  부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경

우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데, 위 ‘사실과 다른

세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원

2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 여기에서 세금계산서의 기재내용이 사

실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이

명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자

로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계

산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래

계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나

공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다

(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

한편, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세

금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데 과실이 없다는 특별한 사정

이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은

명의위장사실을 알지 못한 데 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장

하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 참조). 그

러나 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로

조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를

판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼

때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는

사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1997. 9. 30. 선고

97누7660 판결 등 참조).

 2) 판단

    가) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정,

즉 ① 원고는 이 사건 세금계산서에 기재된 매입금액에 상응하는 실물 고철을 매입하

여 매출처에 납품한 점, ② 이 사건 매입처들의 사업장에 대한 과세당국의 현장조사는

원고들과 이 사건 매입처들 사이의 거래가 종료한 이후에 이루어진 것이어서 위 현장

조사 당시 사업장의 현황이 존재하지 않았다고 하여 위 거래 당시에도 이 사건 매입처

의 사업장이 존재하지 않았다고 단정하기 어려운 점, ③ 피고의 부가가치세 조사종결

보고서에 의하더라도 이 사건 매입처들과 사이에 실물거래가 있었고 가공세금계산서

수취혐의를 둘 만한 혐의점을 발견할 수 없다는 내용으로 조사된 점, ④ 피고는 이 사

건 세금계산서에 기재된 매입금액에 상응하는 고철을 실제 공급한 자는 이 사건 매입

처가 아니라고만 주장할뿐 실제 공급한 제3자를 전혀 특정하지 못하고 있고, 비록 피

고에게 실제 공급한 제3자를 특정할 정도로 증명책임이 있다고 할 수 없을지라도 이

사건 매입처들이 원고와의 거래 직후 거래대금을 현금으로 인출하였다는 사정 이외에

제3자가 위 거래에 관여하였다거나, 이 사건 매입처들이 명의만 위장하여 세금계산서

만 발급하였다고 의심할 만한 구체적인 증거나 정황을 밝히지 못하고 있는 점, ⑤ 원

고는 2011. 1. 20.경부터 고철 거래를 하여 왔고, 2015년 1기부터 2015년 2기까지 부

가가치세 과세기간 중 총 11,157,000,000원의 매입세금계산서를 수취하였는데, 그 중

과세관청이 위장사업자로부터 수취한 세금계산서로 판단한 것은 이 사건

2,233,000,000원의 세금계산서에 그치는 점, ⑥ 검찰에서 DD스틸의 대표이사 오EE

의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 피의사건 및 CC스틸의

대표이사 김FF의 허위세금계산서 발급으로 인한 조세범처벌법위반 피의사건에 관하

여 원고와의 거래가 실질 거래가 아니라고 단정하기 어렵다는 이유로 혐의없음(증거불

충분) 결정을 한 점 등에 비추어 볼 때, 피고가 주장하는 사정만으로는 원고와 이 사건

매입처들 사이의 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위 세금계산서에 해당한다고 인

정하기에 부족하다.

    나) 나아가 설령 이 사건 매입처들이 원고에게 실제로 고철을 공급한 자가 아니

어서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위 세금계산서라고 하더라도, 앞서 본 인정

사실 및 가)항 기재 사정에 더하여 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같

은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 매입처들의 사업자등록증 등을 교부받았고, 이 사건 매

입처들 명의의 계좌에 정상적으로 대금을 송금하였으며, 원고가 대금의 전부 또는 일

부를 되돌려 받았다거나 이 사건 매입처들과의 거래의 고철 단가가 일반적인 시세보다

현저히 저렴하다는 등의 의심스러운 정황이 없는 점, ② 위와 같이 의심스러운 정황이

없음에도 원고가 고철의 실제 출처, 매입처 대표자의 경제적 능력까지 면밀히 살펴볼

주의의무가 있다고 보기 어려운 점, ③ 원고는 이 사건 매입처들에게 부가가치세를 포

함하여 대금을 지급하였는바, 통상 이른바 ‘자료상’이나 ‘위장거래자’를 이용하는 목적

은 사실과 다른 세금계산서를 이용하여 부가가치세의 매입세액을 공제받는 방식으로

조세를 포탈하기 위한 것인데, 원고가 이 사건 매입처들과의 거래가 위장거래라는 점

을 알면서도 부가가치세 등을 지급하였다면, 이는 스스로 부가가치세를 이중으로 부담

할 위험을 떠안는 것이 되어 사회통념상 이례적인 점, ④ 원고가 이 사건 세금계산서

수취로 조세 회피나 경제적인 이익을 취득하였다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보

면, 원고로서는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 알지 못하였고, 그

와 같이 알지 못한 데 과실이 없다고 봄이 상당하다.

다) 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.