주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구법인은 2001.4.16. 설립된 ○○그룹의 지주회사로 2015사업연도말 현재 소유지분은 사주 홍길동이 24.5%, 차남 홍이남이 67.9%를 보유하고 있는 등 특수관계인이 99.6%를 소유하고 있는 비상장회사이다.

나. 청구법인은 2010.10.12. 다음 그림과 같이 청구법인이 100% 소유하고 있던 ㈜甲회사(이하 “甲회사”라 한다)의 주식 전부(18,910,797주)를 ㈜乙회사(이하 “乙회사”라 한다)에게 넘겨주는 대신 乙회사가 발행한 신주 724,973주(지분율 9.3%)를 받는 조건으로 주식의 포괄적 교환거래(이하 “쟁점주식교환거래”라 한다)를 하였다.

다. 한편, 청구법인은 2011.5.26. 2010.4.1.～2011.3.31.사업연도 법인세를 신고하면서 청구법인이 쟁점주식교환거래를 통하여 甲회사 주식을 양도함에 따라 발생한 주식양도차익 32,701,319,931원을 익금산입하여 즉시 법인세를 납부하지 아니하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】에 따라 대신받은 乙회사 신주( 724,973주)를 처분할 때까지 과세를 이연하는 신청서(‘주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서’)를 관할관서(서초세무서)에 제출하였다.

라. 그 후 2015.10.21. 청구법인은 2010.10.12. 쟁점주식교환거래하면서 계상한 기타자본잉여금 27,789,292,268원 중 24,039,731,206원과 주식발행액면초과액 7,846,148,794원 합계 31,885,880,000원을 재원으로 하여 동 금액을 자본에 전입하는 무상증자(이하 “쟁점무상증자”라 한다)를 실시하고, 신주 6,377,176주(31,885,880,000원=6,377,176주×@5,000원)를 발행하여 주주들에게 교부하였다.

마. 조사청은 2019.9.24부터 2020.1.16.까지 청구법인의 2014～2015사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 甲회사주식 양도차익을 재원으로 한 쟁점무상증자는 의제배당에 해당함에도 청구법인이 이에 대한 배당소득세 원천징수를 이행하지 아니하였다는 조사내용 등에 대하여 2020.2.3. 청구법인에게 2015년 10월 귀속분 배당소득세 3,502,580,921원과 2015사업연도 법인세 970,928,721원 합계 4,473,509,642원을 과세한다는 세무조사 결과통지를 하였다.

바. 청구법인은 그 중 쟁점무상증자에 대한 과세예고에 불복하여 2020.2.27. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

  완전모회사인 乙회사가 2010.10.12. 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 ‘주식의 포괄적 교환차익’뿐만 아니라 기존 완전자회사(甲회사)의 주주였던 청구법인이 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 교환차익 또한 「법인세법」제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】제1항 2호에서 규정하고 있는 익금불산입하는 자본거래로 인한 수익(‘주식의 포괄적 교환차익’)에 해당하여, 동 금액을 재원으로 한 2015.10.21. 쟁점무상증자 역시 과세대상 의제배당에 해당되지 아니한다.

3. 조사청 의견

청구법인이 2010.10.12. 쟁점주식교환거래에 따라 甲회사(완전자회사) 주식을 양도함에 따라 발생한 주식의 양도차익 32,701백만원은 법인세 과세대상이나 조특법 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】에 따라 과세이연하였으며, 동 주식양도차익을 재원으로 발행한 2015.10.21. 쟁점무상증자는 의제배당에 해당한다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점무상증자가 의제배당에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 1) 소득세법 제17조【배당소득】(2014.12.23. 법률 제12852호로 일부개정된 것, 이하 같다)

  ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

   2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금

   3. 의제배당(擬制配當)

   4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

  ② 제1항 제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.

   1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액(價額) 또는 퇴사·탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액이 주주·사원이나 출자자가 그 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

   2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.

    가. 「상법」 제459조 제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것

    나. 「자산재평가법」에 따른 재평가적립금(같은 법 제13조 제1항 제1호에 따른 토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외한다)

 1-1) 소득세법 시행령 제27조【의제배당의 계산】(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 일부개정된 것)

  ④ 법 제17조 제2항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「법인세법」 제17조 제1항 각 호에 해당하는 금액을 말한다. 다만, 「법인세법 시행령」 제12조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.

 1-2) 법인세법 (2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정된 것, 이하 같다)

 제15조 【익금의 범위】

  ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(순자산)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

  ③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

   1. 주식의 소각, 자본의 감소, 사원의 퇴사・탈퇴 또는 출자의 감소로 인하여 주주・사원 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)가 취득하는 금전과 그 밖의 재산가액의 합계액이 주주 등이 해당 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

   2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입(전입)함으로써 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.

    가. 「상법」 제459조 제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것

 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

  ① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(산입)하지 아니한다.

   1. 주식발행액면초과액: 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액(무액면주식의 경우에는 발행가액 중 자본금으로 계상한 금액을 초과하는 금액을 말한다). 다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식 등의 제52조 제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다.

   2. 주식의 포괄적 교환차익: 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 한 경우로서 같은 법 제360조의7에 따른 자본금 증가의 한도액이 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 그 초과액

   3. 주식의 포괄적 이전차익(이전차익): 「상법」 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전을 한 경우로서 같은 법 제360조의18에 따른 자본금의 한도액이 설립된 완전모회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과액

 1-3) 법인세법 시행령 (2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부개정된 것)

 제11조 【수익의 범위】

  법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

   1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액·판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다].(단서 생략)

   2. 자산의 양도금액

   2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액

 제12조【자본전입 시 과세되지 아니하는 잉여금의 범위 등】

  ① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 법 제17조 제1항 각 호의 금액에 해당하는 금액을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.

   1. 법 제17조 제1항 제1호 단서에 따른 초과금액

   2. 자기주식 또는 자기출자지분을 소각하여 생긴 이익(소각 당시 법 제52조 제2항에 따른 시가가 취득가액을 초과하지 아니하는 경우로서 소각일부터 2년이 지난 후 자본에 전입하는 금액은 제외한다)

   (3. 4. 생략)

 2) 상법(2014.5.20. 법률 제12591호로 일부개정된 것)

 제459조 【자본준비금】

  ① 회사는 자본거래에서 발생한 잉여금을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자본준비금으로 적립하여야 한다.

 제461조 【준비금의 자본금 전입】

  ① 회사는 이사회의 결의에 의하여 준비금의 전부 또는 일부를 자본금에 전입할 수 있다. 그러나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

  ② 제1항의 경우에는 주주에 대하여 그가 가진 주식의 수에 따라 주식을 발행하여야 한다. 이 경우 1주에 미달하는 단수에 대하여는 제443조 제1항의 규정을 준용한다.

  ③ 제1항의 이사회의 결의가 있은 때에는 회사는 일정한 날을 정하여 그 날에 주주명부에 기재된 주주가 제2항의 신주의 주주가 된다는 뜻을 그 날의 2주간 전에 공고하여야 한다. 그러나 그 날이 제354조 제1항의 기간 중인 때에는 그 기간의 초일의 2주간 전에 이를 공고하여야 한다.

 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

  ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

  ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

 제360조의7 【완전모회사의 자본금 증가의 한도액】

  ① 완전모회사가 되는 회사의 자본금은 주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액에서 다음 각호의 금액을 뺀 금액을 초과하여 증가시킬 수 없다.

   1. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 지급할 금액

   2. 제360조의6의 규정에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 주식의 회계장부가액의 합계액

   ② 완전모회사가 되는 회사가 주식교환 이전에 완전자회사가 되는 회사의 주식을 이미 소유하고 있는 경우에는 완전모회사가 되는 회사의 자본금은 주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액에 그 회사의 발행주식총수에 대한 주식교환으로 인하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하는 주식의 수의 비율을 곱한 금액에서 제1항 각호의 금액을 뺀 금액의 한도를 초과하여 이를 증가시킬 수 없다

 2-1) 상법 시행령 (2014.2.24. 대통령령 제25214호로 일부개정된 것)

 제15조【회계 원칙】 법 제446조의2에서 "대통령령으로 규정한 것"이란 다음 각 호의 구분에 따른 회계기준을 말한다.

   1. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따른 외부감사 대상 회사: 같은 법 제13조 제1항에 따른 회계처리기준

 제18조【적립할 자본준비금의 범위】 법 제459조 제1항에 따라 회사는 제15조에서 정한 회계기준에 따라 자본잉여금을 자본준비금으로 적립하여야 한다.

 3) 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】 (2010.1.1. 법률 제9924호로 일부개정된 것)

  ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 과세를 이연받을 수 있다.

   1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것

   2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상이고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 4) 소득세법 제127조 【원천징수의무】

  ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

   1. 이자소득

   2. 배당소득

 4-1) 소득세법 제129조 【원천징수세율】

① 원천징수의무자가 제127조 제1항 각 호에 따른 소득을 지급하여 소득세를 원천징수할 때 적용하는 세율(이하 "원천징수세율"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따른다.

   2. 배당소득에 대해서는 다음에 규정하는 세율

    가. 제17조 제1항 제8호에 따른 출자공동사업자의 배당소득에 대해서는 100분의 25

    나. 그 밖의 배당소득에 대해서는 100분의 14

 4-2) 법인세법 제73조 【원천징수】

  ① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

   2. 「소득세법」 제127조 제1항 제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 "투자신탁"이라 한다)의 이익만 해당한다]

 5) 국세기본법 제49조 【가산세 한도】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(「중소기업기본법」 제2조제1항에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 「소득세법」 제81조 제1항, 제3항부터 제6항까지, 제12항 및 제14항에 따른 가산세

   2. 「법인세법」 제76조 제3항, 제5항부터 제7항까지, 제9항(제4호는 제외한다), 제10항 및 제13항에 따른 가산세

 5-1) 소득세법 제81조 【가산세】

  ① 제164조, 제164조의2 또는 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 결정세액에 더한다. 다만, 「조세특례제한법」 제90조의2에 따라 가산세가 부과되는 분에 대하여는 그러하지 아니하다

   1. 해당 지급명세서를 그 기한까지 제출하지 아니한 경우: 제출하지 아니한 분의 지급금액의 100분의 2(제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 100분의 1로 한다)

   5-2) 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】

  ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

   1. 이자소득

   2. 배당소득

다. 사실관계

 1) 다툼이 없는 사실관계

  가) 2010.10.12. 주식의 포괄적 교환거래

   (1) 청구법인은 2010.10.12. 청구법인이 100% 소유하고 있던 甲회사 주식 전부(18,910,797주, 1주당 액면가 500원)를 상장법인인 乙회사에게 넘겨주는 대신 乙회사가 발행한 신주 724,973주(지분율 9.3%. 1주당 액면가 5,000원)를 받는 쟁점주식교환거래를 하였다.

   (2) 상장법인인 乙회사가 쟁점주식교환거래와 관련하여 전자공시시스템(금융감독원이 운영하고 있음)에 공시한 자료에 의하면, 주식교환비율은 乙회사의 신주 1주당 甲회사 주식 0.0383365주이며, 각 회사주식의 평가액과 교환비율 근거는 다음과 같다.

   (3) 청구법인은 2010년 10월 쟁점주식교환거래를 한 후 다음과 같이 乙회사주식 30,719,064,917원을 자산(종속투자주식)으로 계상하는 대신 보유하고 있던 甲회사 주식(종속투자주식) 2,929,772,649원을 제거하고, 27,789,292,268원은 기타자본잉여금으로 계상한 것으로 나타난다.

   (4) 청구법인은 2011.5.26. 2010.4.1.～2011.3.31.사업연도 법인세를 신고하면서 쟁점주식교환거래를 통하여 甲회사 주식을 양도함에 따라 발생한 주식양도차익 32,701,319,931원에 대하여 조특법 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】에 따라 법인세 7,170,290,385원을 과세이연하는 신청을 하였다.

    조특법 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】제1항을 이 사건의 여러 법인에게 대입하면, “① 내국법인(청구법인, 乙회사, 甲회사)이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인(乙회사)의 완전자회사(甲회사)로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사(甲회사) 주주(청구법인)의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사(甲회사)의 주주(청구법인)가 완전모회사(乙회사)의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.”라고 해석된다.

  나) 2015.10.21. 청구법인의 쟁점무상증자

   (1) 청구법인은 쟁점주식교환거래하면서 계상한 기타자본잉여금 27,789,292,268원 중 24,039,731,206원과 주식발행액면초과액 7,846,148,794원 합계 31,885,880,000원을 재원으로 하여 2015.10.21. 동 금액을 자본에 전입하는 쟁점무상증자를 실시하고, 다음 <표1>과 같이 주주의 소유지분 비율대로 신주 6,377,176주(31,885,880,000원=6,377,176주×@5,000원, 발행가액은 액면가액임)는 배정하였다.

<표1> 쟁점무상증자 내역

   (2) 청구법인이 2015.10.12. 쟁점무상증자에 대하여 회계처리한 내역은 다음과 같다.

  다) 쟁점무상증자와 관련하여 조사청의 과세예고 및 청구인의 불복내역

   (1) 쟁점무상증자한 재원 31,885,880,000원이 의제배당에 해당되지 아니하는 주식발행액면초과액 7,846,148,794원(24.61%)과 의제배당에 해당하는 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 양도차익 32,701,319,931원 중 24,039,731,206원(75.39%)으로 구성되어 있는바, 조사청은 ① 의제배당에 해당하는 24,039,731,206원에서, ② 쟁점무상주식수 6,377,176주에서 원천징수의무가 없는 법인주주[ㅇㅇㅇ(재),(재)ㅇㅇ, 청구법인]이 배정받은 무상주식 343,739주분을 제외한 다음, ③ 14%의 배당소득 원천징수세율 및 10%의 납부불성실가산세를 적용하여 배당소득세 3,502,580,918원을 과세예고하였다. 아울러 배당소득 지급조서미제출 가산세 100,000,000원은 법인세목으로 하여 청구법인에게 과세예고하였다.

   (2) 조사청이 청구법인을 조사한 후 과세예고한 4,473,509,642원 중 청구법인은 쟁점무상증자와 관련한 3,602,580,918원에 대하여 과세전적부심사를 청구하였다.

 2) 청구법인의 세부주장

  가) 「소득세법」【배당소득】제17조에 따르면 ① 「상법」제459조에 따른 자본준비금에 해당하고, ② 「상법」제360조2에 따른 주식의 포괄적 교환을 통하여 발생한 교환차익이고, ③ 의제배당 재원으로 사용한 금액이 「상법」제360조의7에 따른 “자본금 증가의 한도액에 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 그 초과액 범위”(이하 “완전모회사의 자본금 증가 한도액 범위”) 내의 것이라면 주주의 의제배당에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있다.

    완전모회사 乙회사가 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 ‘주식의 포괄적 교환차익’뿐만 아니라 기존 완전자회사(甲회사)의 주주였던 청구법인이 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 교환차익은 상기 요건을 모두 충족하므로 과세대상 의제배당에 해당되지 아니한다.

   (1) 과거 구「상법」이 완전모회사(乙회사)의 자본준비금 적립대상을 별도로 규정한 바 있었다고 하여 완전모회사(乙회사)에게 발생한 주식의 포괄적 교환차익만 제외 대상 교환차익에 해당하는 것이라고 해석할 수는 없다.

    「상법」【자본준비금】 제459조는 2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되면서 분명히 자본준비금 적립대상은 회사가 회계기준에 따라 적립한 자본잉여금을 말한다고 하여 그 범위를 포괄적으로 정하는 것으로 변경하였고, 이에 따라 의제배당 과세대상에 관하여 규정하고 있는 「소득세법」제17조【배당소득】제2항 또한 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되면서 자본에 전입하여 주식을 취득하더라도 의제배당 과세대상에서 제외하는 자본준비금은 「상법」에 따라 회사가 적립한 자본잉여금을 말한다고 명시적으로 정하였기 때문이다.

    청구법인이 2010년 쟁점주식교환거래 시 적립한 기타자본잉여금은 「상법」의 규정에 따른 적법한 자본준비금에 해당함이 분명한 것임에도 「소득세법」, 「법인세법」 및 「상법」의 문언에 반하여 ‘완전자회사의 주주가 되는 회사(청구법인)가 적립한 자본준비금인 주식의 포괄적 교환차익이 의제배당 제외대상 자본준비금에 해당하지 않는다고 보는 것은 타당하지 않으며, 청구법인이 적립한 자본준비금은 「상법」제459조에 따른 자본준비금에 해당한다.

   (2) 「상법」제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】 제1항에서 완전모회사가 되는 회사(乙회사)를 기준으로 주식의 포괄적 교환에 관하여 정하고, 제2항에서 완전자회사의 주주가 되는 회사(청구법인)를 기준으로 주식의 포괄적 교환에 관하여 규정하고 있다. 「법인세법」제17조 제1항 제2호는 자본에 전입하여 주식을 취득하더라도 의제배당 과세대상에서 제외되는 자본준비금인 “주식의 포괄적 교환차익”이란 「상법」제360조의2에 따른 포괄적 교환을 한 경우, 일정한 산식에 따라 산출한 금액을 말한다고 규정하고 있는바,「상법」제360조의2 제1항만을 그 적용대상으로 정하고 있지 않다.

    「상법」제360조의2에 따른 포괄적 교환을 하는 주체는 완전모회사(乙회사)와 완전자회사의 주주(청구법인) 모두가 그에 해당하므로 완전모회사(乙회사)가 적립한 자본준비금인 주식의 포괄적 교환차익뿐만 아니라 완전자회사의 주주가 되는 회사(청구법인)가 적립한 자본준비금인 주식의 포괄적 교환차익 27,789백만원 역시 의제배당에서 제외되는 교환차익에 해당한다.

    또한, 완전자회사의 주주(청구법인)는 교환을 통해 완전자회사(甲회사)의 지분을 완전모회사(乙회사)에게 이전하고, 완전모회사(乙회사)의 지분을 취득하는 교환행위가 있으나, 완전모회사(乙회사)는 완전자회사(甲회사)의 지분을 취득하고, 그 대가로 신주를 발행하여 지급하는 것이므로 교환행위가 발생하지 아니함에도 불구하고, 교환행위가 없는 완전모회사(乙회사)를 기준으로 교환차익을 해석하는 것은 문리해석상 타당하지 않다.

   (3) 청구법인은 201010.12. 「상법」제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】에 따라 쟁점주식교환거래를 한 완전자회사(甲회사)의 주주로서, 이때 발생한 기타자본잉여금 27,789,292,268원을 자본준비금으로 적립하였고, 2015.10.21. 기 적립한 자본준비금 중 24,039,735,206원을 자본에 전입하는 쟁점무상증자를 실시하였다.

    2015년에 청구법인이 자본에 전입한 자본준비금은 24,039,735,206원이고, 완전모회사의 자본금 증가 한도액 범위는 29,748,873,687원(쟁점주식교환거래일에 완전자회사가 되는 甲회사의 현존하는 순자산가액)이므로 청구법인이 자본에 전입한 자본준비금은 완전모회사(乙회사)의 자본금 증가 한도액 범위를 초과하지 않는다. 따라서 쟁점무상증자는 의제배당 과세요건을 충족하지 않는다.

  나) 조사청은 청구법인이 적립한 자본준비금에 대하여 조특법 제38조에 따른 과세이연을 적용받지 않았더라면 양도차익에 대한 법인세가 과세되었을 것이라고 하며, 이를 근거로 쟁점무상증자를 과세대상 의제배당에 해당한다는 의견은 타당하지 않다.

   (1) 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 참조). 「소득세법」제17조 제2항 제2호에서 “「상법」제459조 제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것”을 자본에 전입함으로써 취득하는 주식의 가액은 의제배당 과세대상에서 제외한다고 정하여 「상법」제459조 제1항에 따른 자본준비금을 자본전입 하는 경우를 의제배당 과세대상에서 제외하고 있을 뿐, 자본준비금이 법인세가 과세될 여지가 있는 것이라면 의제배당 과세대상에 해당한다고 규정한 바 없기 때문이다.

    특히, 의제배당 과세제도는 원래 배당이 아닌 것을, 주주에게 배당하는 경우와 유사하게 경제적 이익이 분여되었다고 볼 수 있는 경우에 예외적으로 배당으로 의제하여 과세대상으로 삼겠다는 것으로서, 판례는 이와 같이 본래 의미의 과세대상이 아님에도 불구하고 과세대상으로 의제하는 경우 납세자로서는 법상 의제규정의 요건사실에 해당하기만 하면 그 실질에 관계없이 과세대상으로 의제되므로, 과세요건이 되는 규정을 엄격하게 해석할 필요가 요구되다고 판결하고 있는바(서울고등법원 2011.5.9. 선고 2009누6263 판결), 청구법인이 적립한 자본준비금이 「상법」상 요건을 모두 갖추고 있는 적법한 것으로서 배당소득에서 제외되는 교환차익에 해당하는 것인데도, 이를 의제배당 과세대상에 해당한다고 볼 수는 없다.

    즉, 어떤 소득에 대하여 과세할 것인가는 조세정책의 문제인바, 잉여금을 자본에 전입하고 발행하는 주식의 가액을 배당으로 의제할 것인가 또는 의제하지 아니할 것인가도 세법이 정하는 바에 따라 결정된다. 이는 법인이 자본전입한 재원이 실질적으로는 이익잉여금으로 충당된 것이라고 하더라도 그러한 이유만으로는 「소득세법」의 명문의 규정에 반하여 회계상 자본준비금 계정에서 자본전입된 것을 이익잉여금이 자본전입된 것으로 보아 배당소득세를 부과할 수는 없다고 판결(대전고등법원 2013.1.24. 선고 2012누0605 판결)에서도 확인된다.

    따라서, 의제배당 여부의 판단은 자본전입 대상 재원이 법인세가 과세되는 재원인지 여부와는 무관한 것으로 해당 재원이 세법에서 정한 자본준비금에 해당하는지 여부로만 판단되어야 할 것이다.

   (2) 또한, 청구법인이 양도차익에 대한 과세이연을 적용받았다는 이유로 자본준비금이 의제배당 과세대상에 해당한다고 보는 것은 타당하지 않다.

    의제배당 여부의 판단은 자본전입 대상 재원이 법인세가 과세되는 재원인지 여부와는 무관한 것으로 해당 재원이 「상법」에서 정한 자본준비금에 해당하는지 여부로만 판단되어야 한다. 이러한 점에서 양도차익에 대해 과세이연을 적용받았다는 점은 의제배당 과세대상 해당 여부와는 아무런 관련이 없다.

    또한, 조사청은 청구법인이 과세특례를 적용하여 과세를 이연하였으나, 쟁점 자본준비금(자본잉여금)은 향후에 과세가 확실한 유보액이라고 주장하고 있으나, 쟁점 자본준비금 관련 유보액은 향후 감자 등의 거래로 추인되는 경우에는 자본거래에 해당하여 법인세 과세가 이루어지지 않을 수 있는 것인 바, 쟁점 자본준비금이 법인세가 과세되는 이익이라고 확정적으로 단정할 수 없는 것이다.

  다) 의제배당 과세제도 취지상으로도 청구법인이 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 자본잉여금을 자본준비금으로 적립한 재원으로 한 쟁점무상증자액은 과세대상 의제배당으로 볼 수 없다.

    이익잉여금과 달리 자본준비금은 본래 그 재원이 배당이 불가능한 것으로서 자본준비금의 자본전입은 배당가능이익의 변동을 유발하지 않으므로, 주주에게 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이 귀속되었다고 할 수 없다. 따라서 청구법인이 쟁점주식교환거래를 통하여 적립한 자본준비금을 자본에 전입하였다고 하여 이를 의제배당 과세대상에 해당한다고 보는 것은 타당하지 않다. 쟁점무상증자에 대하여 과세가 이루어지면 배당을 받을 수 없는 자본준비금을 재원으로 한 것을 배당가능이익을 배당한 것처럼 과세하는 것이 되고 만다.

 3) 조사청의 상세 의견

  가) 청구법인이 2010.10.12. 쟁점주식교환거래에 따라 甲회사(완전자회사) 주식을 양도함에 따라 발생한 주식의 양도차익은 법인세 과세대상이고, 조특법 제38조에 따라 과세이연하였으며, 동 주식양도차익을 재원으로 발행한 2015년 쟁점무상증자는 의제배당에 해당한다.

   (1) 2010년 10월에 쟁점주식교환거래에 따라 청구법인이 새로 교부받은 乙회사 주식 724,973주의 시가 47,732백만원에서 청구법인이 기존에 갖고 있던 甲회사 주식 18,910,797주의 장부가액 14,732백만원)을 차감한 32,701백만원은 ‘종속회사(甲회사) 투자주식’의 양도차익이지 「법인세법」제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】제1항 제2호에서 말하는 ‘주식의 포괄적 교환차익’이 아니다. 따라서 동 양도차익은 법인세 과세대상(즉 익금)이다. 청구법인도 이를 인정하였기 때문에 조특법 제38조의 과세특례를 신청하여 법인세 과세를 이연한 것이다.

   (2) 청구법인은 2010년 10월 쟁점주식교환거래에 따라 발생한 주식양도차익은 법인세가 과세되지 아니하는 ‘주식의 포괄적 교환차익’이고, 이러한 재원으로 한 쟁점무상증자는 의제배당에 해당되지 아니한다는 청구주장은 세법에 근거한 주장이라고 볼 수 없다.

  나) 「법인세법」제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】제1항 제2호에서 말하는 ‘주식의 포괄적 교환차익’의 내용은 다음과 같다.

   (1) ‘주식의 포괄적 교환차익’의 정확한 의미를 이 사건에 대입해 보면,「상법」제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】제1항에 “회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전 자회사"라 한다.”라고 규정하고 있어,「상법」상 주식의 포괄적 교환거래를 행하는 주체는 완전모회사인 乙회사이고, 乙회사가 주식의 포괄적 교환거래를 함으로 인해 발생하는 차익이 법인세 과세대상에서 제외하는 ‘주식의 포괄적 교환차익’이다.

    즉, 완전모회사 乙회사는 주식의 포괄적 교환거래(쟁점주식교환거래) 과정에서 완전자회사 甲회사의 주식 취득가액(자산항목, 차변)과 완전자회사의 당초 주주인 청구법인에게 교부한 완전모회사 乙회사의 주식 액면가액(자본금, 대변)과의 차익이 발생할 수 있는데, 이 차익 중 완전자회사인 甲회사의 순자산가액에서 甲회사의 주주 즉 청구법인에게 지급한 금액 등을 차감한 금액을 한도로 완전모회사 乙회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 초과액은 출자의 납입(주식발행초과금 성격)으로 보아 「법인세법」상 익금불산입하는 것이다.

    그러므로 청구법인이 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 손익은 법인세법」제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】제1항 제2호에서 말하는 ‘주식의 포괄적 교환차익’에 해당되지 아니한다.

   (2) 국세법령정보스시스템의 국세해설을 보아도 쟁점주식교환거래에 따라 완전모회사(乙회사)에서 발생한 ‘주식의 포괄적 교환차익’은 주식발행초과금 성격이어서 법인세 익금에서 불산입하는 것임을 명확하게 알 수 있다.

    청구법인은 기존에 갖고 있었던 ‘종속회사(甲회사) 투자주식’을 양도하고 대신 완전모회사 乙회사가 발행한 신주를 받았는바, ‘종속회사 투자주식의 양도차익은 법인세 과세대상일 뿐이지 법인세 과세에서 익금에서 불산입하는 ‘주식의 포괄적 교환차익’이 아니다.

 4) 국세청의 과세기준자문 결과

  가) 한편, 조사청은 2019.12.2. 청구법인에게 이 건 세무조사 결과를 통지하기 이전에 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 이익을 재원으로 한 쟁점무상증자가액이 의제배당에 해당하는지 여부에 대하여 국세청에 과세기준자문을 신청하였다.

    과세기준자문을 신청한 내용은 ① 「법인세법」제17조 제1항 제2호의 규정이 완전모회사(乙회사)에게만 적용되는지, ② 주식의 포괄적 교환차익으로 인한 주식 양도차익에 대하여 조특법 제38조 제1항에 따라 과세이연한 금액을 자본에 전입하는 경우 의제배당에 해당하는지 여부이다.

  나) 이에 대하여 국세청은 2020.1.31. 다음과 같이 쟁점무상증자액은 의제배당에 해당한다고 회신(법령해석과-313)한 것으로 나타난다.

라. 판단

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

 1) 관련 법리

    「소득세법」제14조 제1항은 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당뿐만 아니라 의제배당도 배당소득으로 보고 있고, 같은 조 제2항의 의제배당에는 법인의 잉여금을 자본에 전입함으로써 취득하는 주식의 가액이 포함되어 있으며, 이때 다만, 그 법인의 주식발행초과액 , 「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 한 경우로서 같은 법 제360조의7에 따른 자본금 증가의 한도액이 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 그 초과액 즉, 주식의 포괄적 교환차익, 주식의 포괄적 이전차익, 감자차익, 합병차익, 분할차익 등의 자본거래로 인하여 발행한 수익을 「상법」상 자본준비금으로 적립하고, 그 자본준비금을 자본에 전입함으로써 취득하는 주식의 가액은 의제배당에서 제외하고 있다.

    한편, 법원은 “「소득세법」제17조 제1항 및 「법인세법」제16조가 규정하는 의제배당은 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 위 각 법조 소정의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하는데 그 취지가 있다.”고 설명하고 있다(대법원 1993.5.25. 선고 91누9893 판결 참조).

 2) 쟁점무상증자가 의제배당에 해당하는지 여부

  가) 청구법인은 쟁점무상증자로 주주들이 취득한 주식의 가액(31,885,880,000원) 중 쟁점주식교환거래로 인하여 발생한 양도차익이 그 재원인 가액(24,039,731,206원)은 「법인세법」제17조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 ‘주식의 포괄적 교환차익’의 일부이어서 의제배당에 해당되지 아니한다고 주장한다.

    그러나 청구주장과 달리 법인의 잉여금을 자본으로 전입함으로써 취득하는 주식의 가액임에도 의제배당에서 제외되는 「법인세법」제17조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 ‘주식의 포괄적 교환차익’은 이 건의 경우 완전모회사인 乙회사가 쟁점주식교환거래과정에서 완전자회사인 甲회사의 주식 취득가액(자산항목, 차변)과 완전자회사의 당초 주주였던 청구법인에게 교부한 완전모회사 乙회사의 주식 액면가액(자본금, 대변)과의 차익이 발생할 수 있는데, 이 차익 중 완전자회사인 甲회사의 순자산가액에서 甲회사의 주주였던 청구법인에게 지급한 금액 등을 차감한 금액을 한도로 완전모회사 乙회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 초과액을 뜻하는 것이며, 이는 주식발행액면초과액과 유사한 성격으로 판단되고 국세청이 운영하고 있는 국세법령정보시스템의 국세해설도 이와 같이 설명하고 있는 것으로 볼 때 ‘주식의 포괄적 교환차익’은 乙회사에서만 발생할 수 있는 이익이지 청구법인에게는 발생할 수 없는 것으로 보인다.

  나) 한편, 청구법인은 쟁점주식교환거래를 통하여 기존에 갖고 있었던 甲회사 주식(종속투자주식)을 양도하고 대신 乙회사가 발행한 신주를 받았는바, 甲회사 주식을 양도한 차익은 「법인세법」상 과세대상이고 그 재원으로 한 쟁점무상증자 역시 의제배당에 해당되어 보이는 점, 이 건 쟁점무상증자와 관련하여 조사청이 국세청에 과세기준자문한 결과도 의제배당에 해당한다고 회신한 점(법령해석과-313, 2020.1.31.) 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.