주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분개요

가. 청구법인은 1996.2.7. 개업하여, 1997.1.16 ○○도 ○○시로 이전하여 수배전반, 자동제어반을 제조하는 업체이다.

나. 청구법인은 2015.12.9. 이사 AAA, BBB(이하 “AAA”, “BBB”이라 한다)의 퇴직금을 중간정산(급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니한 조건)하면서 AAA의 재임기간을 1996.2.9.부터 중간정산일인 2015.9.30.까지, BBB의 재임기간을 1993.4.1.부터 중간정산일인 2015.9.30.까지 계상하여 퇴직급여를 산출하고 각각 2,311,216,500원과 985,531,999원 합계 3,296,748,499원(이하 “쟁점퇴직금”이라 한다)을 지급한 후 2015년 사업연도 법인세 신고시 당해 법인의 손금으로 계상하여 신고하였다.

다. ○○지방국세청은 2017년 2월 □□세무서에 대한 업무 감사를 실시한 결과, AAA은 1993.4.1.부터 2005.12.31.까지 퇴직금급여 56,200,000원, BBB은 1993.2.9.부터 2008.12.31.까지 퇴직급여 44,462,000원(합계100,662,00원)(이하 중간정산 퇴직급여를 “1차 퇴직금”이라 한다)을 이미 정산하였음을 확인하고 중복 지급된 재임기간에 대한 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 법인세법상 손금불산입하고 해당 금액을 임원에 대한 상여로 처분하도록 지시하였고, 처분청은 2017.12.1. 청구법인에게 2015년 사업연도 법인세 533,079,315원을 결정고지하고, AAA에게 1,069,005,939원, BBB에게 701,879,167원 각각 상여처분하여 소득금액 변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2018.10.15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. AAA, BBB의 1차 퇴직금은 실질적으로 퇴직금이 지급되지 않았으며, 2015년 쟁점퇴직금은 정관에 위임한 임원퇴직금 지급규정에 따라 적법하게 지급하였다.

나. 2005년과 2008년에 이루어진 중간정산은 아무런 규정이나 절차를 따르지 않고 지급한 금액이므로 이는 가지급금에 해당하는 금액이다.

3. 처분청 의견

가. 청구법인은 2005년 전 임직원(AAA BBB 포함)에게 1차 퇴직금을 지급되었음이 청구법인이 제출한 퇴직소득지급명세서, 원천징수이행상황신고서 및 재무제표에서 확인되고, 이후 실제 퇴직한 직원의 경우 정산일 이후부터 기산하여 퇴직금을 지급하였고 퇴직자들이 이의를 제기한 사실도 없다.

나. 법인세법상 임원퇴직금규정은 형식적인 요건을 모두 갖추었다고 하더라도 해당 규정이 근로 등의 대가로서 퇴직금을 지급하려는 것이 아니라 퇴직금의 형식을 빌려 특정임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적인 방편으로 마련된 것이라면, 적법한 임원퇴직금규정으로 볼 수 없다(대법원2015두50153, 2016.2.18.).

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점퇴직금의 중간정산 금액이 정당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 법인세법 제19조【손금의 범위】(2015.03.27. 법률 제13230호 개정되기 전의 것)

  ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 2) 법인세법 제26조 【과다경비 등의 손금불산입】(2015.03.27. 법률 제13230호 개정되기 전의 것)

   다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

    1. 인건비

    2. 복리후생비

    3. 여비(여비) 및 교육・훈련비

    4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

    5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

 2-1) 법인세법 시행령 제44조【퇴직급여의 손금불산입】(2015.02.03. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것)

  ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

  ② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

    1. 법인의 사용인이 당해 법인의 임원으로 취임한 때

    2. 법인의 임원 또는 사용인이 그 법인의 조직변경ㆍ합병ㆍ분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직한 때

    3. 「근로자퇴직급여 보장법」제8조 제2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

    4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때

    5. 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유로 그 때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

  ④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

   1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

    2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[「소득세법」 제20조제1항 제1호 및 제2호에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.

  ⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.

  ⑥ 제3항에 따라 지배주주등과 제43조 제8항에 따른 특수관계의 유무를 판단할 때 지배주주등과 제87조 제1항 제7호의 관계에 있는 임원의 경우에는 특수관계에 있는 것으로 보지 아니한다.

 2-2) 법인세법 시행규칙 제22조【현실적인 퇴직의 범위등】(2015.03.13. 기획재정부령 제480호로 개정되기 전의 것)

  ② 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여는 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다.

 2-3) 법인세법 시행령 제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】(2015.02.03. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것)

   ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

 3) 소득세법 제22조 【(퇴직소득)】(2015.01.06. 법률 제12989호로 개정되기 전의 것)

   ③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(제1항 제1호의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 대통령령으로 정하는 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.

 4) 근로자퇴직급여 보장법 제2조【정의】(2018.06.12. 법률 제15664호로 개정되기 전의 것)

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

    5. "급여"란 퇴직급여제도나 제25조에 따른 개인형퇴직연금제도에 의하여 근로자에게 지급되는 연금 또는 일시금을 말한다.

 5) 근로자퇴직급여 보장법 제8조【퇴직금제도의 설정 등】(2018.06.12. 법률 제15664호로 개정되기 전의 것)

  ② 제1항에도 불구하고 사용자는 주택구입 등 대통령령으로 정하는 사유로 근로자가 요구하는 경우에는 근로자가 퇴직하기 전에 해당 근로자의 계속근로기간에 대한 퇴직금을 미리 정산하여 지급할 수 있다. 이 경우 미리 정산하여 지급한 후의 퇴직금 산정을 위한 계속근로기간은 정산시점부터 새로 계산한다.

다. 조사내용

 1). 사실관계

  가) 청구법인은 1996. 2. 9. 설립되었고, AAA은 1999. 9. 29.부터 2011. 5. 6.까지 대표이사로 재직하였고 현재는 사내이사로 재직중이고, BBB은 2010.2.11.부터 2019.3.3.까지 사내이사로 재직하였다. 2015년말 현재 AAA은 청구법인의 최대주주로 65%의 주식을 보유하고 있다.

  나) 청구법인의 법인세 신고내역은 아래와 같다.

  다) 청구법인에 대한 법인세 결정 및 소득금액변동 통지내역은 아래와 같다.

＊ 중복 재임기간 임원퇴직금 과다지급액 2,077,472천원 손금불산입

  라) 퇴직금지급명세서에 의한 AAA, BBB의 퇴직급여는 아래와 같다.

  마) 감사관이 제출한 AAA, BBB의 쟁점퇴직금 계산내역은 아래와 같다.

  바) 청구법인의 임원퇴직금 지급규정 변동연혁은 아래 표와 같다.

     ┌ 1차퇴직금정산 ┒

  사) 청구법인이 제출한 임시주주총회 회의록, 임원퇴직금 지급규정, 이사회 회의록, 정관, 2015년 AAA, BBB에게 지급한 퇴직금 산정내역은 아래와 같다.

   (1) 2011. 12. 15. 임시주주총회 의사록의 내용은 아래와 같다.

  (2) 2013. 9. 11. 임시주주총회를 개최하고 임원퇴직금 지급규정을 개정한 내용은 아래와 같다.

   (3) 청구법인이 제출한 정관상 임원퇴직금관련 규정은 아래와 같다.(그림3,4참조)

   (4) 2015. 10. 5. AAA, BBB은 청구법인과 연봉계약을 체결하고, 퇴직금 중간정산을 신청하였으며, 그 내용은 아래와 같다.

   (5) 2015. 10. 26. 개최한 이사회회의록에 임원퇴직금 중간정산 사유에 대한 내용이 기재되어 있고, 두 임원의 퇴직급여 계산내역은 아래와 같다.(그림5,6,7참조)

   (6) 청구법인이 제출한 두 임원의 퇴직금 지급신청 및 지급내역은 아래와 같다.

※ 계좌이체내역에 의해 지급내역 확인됨.

   (7) 청구법인은 1차 퇴직금 정산시 임원 AAA, BBB은 착오로 퇴직급여 신고하였으며, 퇴직금을 지급한 사실이 없다고 주장하며, 2005년 당시 청구법인명의 신한은행 거래내역과 전표를 증빙으로 제출하였다.(청구법인명의 퇴직금 지급내역 참조)

※ 청구법인이 1차 퇴직금 정산 당시 AAA과 BBB이 퇴직금을 지급받지 아니하였다는 청구주장에 대한 추가 제출 자료는 없음.

※ 미지급금계정의 연도말 회계처리에 대한 청구인 추가 제출 자료는 없음.

  아) 청구법인은 2005년부터 2011년까지 전 직원의 퇴직금은 매년 중간 정산하여 지급하였다.

 2) 청구법인 주장 근거와 입증 등

  가) 2005년과 2008년의 중간정산에서 AAA과 BBB은 사실상 제외해야 한다.

   (1) 회사의 모든 직원들을 대상으로 청구법인은 2005년과 2008년에 퇴직금중간정산을 실시한바 있는데 이때 임원이였던 AAA과 BBB은 굳이 정산을 할 필요도 없었고 퇴직금이 필요하지 않았다. 이러한 이유로 임원인 AAA과 BBB은 중간정산에서 제외하고 정산하였다. 대주주인 AAA은 더더욱 그러하다.

   (2) 경리직원은 일률적인 중간정산으로 AAA과 BBB을 포함시켜고 이에 대하여 AAA대표와 BBB이사는 해당 내용이 어떻게 진행되었는지 잘 인지하지 못했다. AAA의 경우에는 세무신고된 퇴직금이 실제로 지급되지 않았고, BBB의 경우 소액이여서 이에 대한 금액을 실제로 반환한 것으로 판단되고 있다.

  해당금액이 소액이라 직접 법인통장에 들어간 것은 아니고 대주주인 AAA과 개인적인 정산을 통하여 가지급금에 녹아들어간 것으로 판단된다.

   (3) 누구라도 임원인 신분에서 향후에 엄청난 퇴직금을 포기하고 소액을 받으면서 퇴직금을 정산할 사람은 없을 것이라는 점에서 분명히 이는 실질적인 퇴직금이 아니고 회사경리직원과의 의사소통 실수로 의한 결과라고 볼 수 밖에 없다.

  나) 청구법인의 쟁점퇴직금 중간정산은 정당하게 이루어졌다.

  회사는 2013년 9월에 임시주주총회를 통하여 퇴직금배수를 결정하였고, 이에 따라 퇴직금을 지급하였다. 퇴직금지급규정이나 이사회나 주주총회를 통하여 정당하게 이루어진 사안이다.

  다) 중간정산(1차 퇴직금)이 이루어졌다는 퇴직금을 실제로 지급 받지 못한 금액들이다.

   (1) 실제로 지급받지 못한 금액들의 퇴직금중산정산금액이 현재 재무상태표에 미지급금으로 남아있지 않은 이유는 당사는 자체기장을 하지 않아 업체로 비용처리 되어야 하는 부분의 영수증이나 증빙을 잘 챙겨서 회계처리를 해야 하는데 외부기장을 하다보면 이러한 증빙을 챙기지 않은 상태에서 (차) 가지급금 ××× (대)현금등×××으로 회계처리하는 경우가 있다.

   (2) 이렇게 지급은 되었으나 비용처리가 되지 못한 금액들은 가지급금으로 회계처리되는 경우가 많다. 이렇게 생성된 가지급금을 대표자가 받아가지 않은 급여등과 상계되는 경우가 많이 있고 중간정산으로 처리하였던 대표자(AAA)의 미지급퇴직금도 이렇게 상계되어 회계상으로는 미지급퇴직금으로 남아 있지 않게 된 것이다.

  라) 2005년과 2008년에 이루어진 중간정산은 아무런 규정이나 절차를 따르지 않고 지급한 금액으로 이는 가지급금에 해당하는 금액이다.

   국세청 해석례(법인46012-1849, 1998.7.7.)에 의하면 “퇴직급여지급규정을 개정하여 근로자가 실제 퇴직시 지급할 퇴직금을 당해 근로자의 최초 입사일부터 계산하여 퇴직금을 중간정산금액을 차감하기로 하고 근로자에게 근로기준법상의 중간정산명목으로 지급하는 퇴직금은 현실적인 퇴직으로 인하여 지급하는 퇴직금으로 볼 수 없는 것으로 근로자가 실제로 퇴직할 때까지 가지급금으로 보아 손금에 산입 할 수 없다”라고 하여 실지과세원칙에 입각한 의견임을 알 수 있다.

   세무신고상 내용이 기본적으로 중요한 것이지만 여러 반증이 있는 경우에는 세무신고서의 내용보다는 실질이 중요시 되는 판결이 난 사례들이 다수 있다.

 3) 처분청 의견 근거와 입증 등

 가) 퇴직금을 정산한 것이 청구법인이 신고 서류에서 확인되고, 복식부기를 채택하고 있는 기업회계기준에서 증빙없이 비용만 과대계상되었다는 것은 논리적 모순이다.

   (1) 청구법인은 AAA, BBB이 1차 퇴직금 중간정산시 퇴직금을 청구한 사실 및 실제로 지급받은 사실이 없으므로 실질적인 퇴직이 아니라고 주장하나,청구법인의 2005년 중간정산 당시 임원은 AAA, CCC(58**** -1******), BBB으로 법인 등기부등본 상 확인되고, 이들은 모두 2005년 퇴직금을 정산하면서 AAA은 56,200,000원, CCC은 50,838,000원, BBB은 24,680,000원(기타 연도 제외)을 정산한 것으로 청구법인이 제출한 퇴직소득지급명세서, 원천징수이행상황신고서 및 당해연도 재무제표에서 확인된다.

   (2) 청구법인은 청구서에서 임원인 AAA과 BBB은 퇴직금을 받은 사실이 없다고 주장하나 복식부기를 채택하고 있는 기업회계기준에서 법인이 퇴직금을 비용계상 하였다면 퇴직비용(충당금 포함)의 상대계정인 현금인출 등이 수반되는 것이 당연함에도 이에 대한 증빙없이 단순히 비용만 과대계상 되었다고 함은 논리적 모순이다.

 나) 임원퇴직금을 세법상 가지급금으로 보아 손금불산입하도록 하는 규정은 임원퇴직금 중간정산 요건을 위배한 것에 대한 손금산입을 제한하는 규정일 뿐 법률적 성격이 퇴직금에서 가지급금으로 변경되는 것이 아니다(조심2018중1947, 2018.10.15.).

   (1) 청구법인은 쟁점 퇴직금은 퇴직급여지급기준에 따라 지급된 것이므로 정당하고, 당초 지급한 퇴직금에 대해 업무무관가지급금으로 보아 관련 세무조정을 하면 된다는 주장이나, 이는 퇴직금에 대한 현실적인 효력과 법인세법상 취급을 혼동한 결과에서 비롯된 것이다.

   (2)법인세법에서는 실제 퇴직이 아님에도 연봉제 전환(향후 퇴직금을 지급하지 않는 조건^＊) 등 일정 요건을 충족하는 경우에는 현실적인 퇴직으로 허용하되 이를 위반하여 향후 퇴직금을 재차 지급하는 등 중간정산 요건 위배시에는 실제 퇴직(현실적인 퇴직 포함)시까지 당초 중간정산 퇴직금에 대해서는 업무무관가지급금으로 보도록 제재조치를 두고 있다.

   *중간정산으로 퇴직금 지급후 다시 퇴직금을 지급하기로 하는 경우 재직기산일을 당초 중간정산 기간을 포함하여 중복지급 하든지, 중간정산 이후부터 하든지, 재 전환일부터 하든지 당초 지급한 중간정산 퇴직금은 현실적인 퇴직의 조건에 해당되지 않아 모두 업무무관가지급금에 해당

   (3)다만, 이는 법인세법상 퇴직금 중간정산 요건을 위배한 것에 대한 손금산입을 제한하는 제재 규정일 뿐 실제 기업과 직원간의 중간정산한 퇴직금이 가지급금으로 변경되는 것이 아니어서 현실에서 퇴직금 지급은 유효한 경제행위 및 법률행위에 해당된다.

   (4) 청구법인의 경우 2005년 전 임직원이 동일하게 급여 및 근속연수에 비례하여 퇴직금 중간정산을 하였고, 이후 실제 퇴직시 근속기간을 정산일 이후부터 기산하여 퇴직금을 지급하였음에도 어느 누구도 퇴직금 청구에 대한 이의를 제기한 사실이 없고, 이러한 점에 비추어 보면 청구법인이 지급한 중간정산 퇴직금은 법인과 임직원 사이에는 그 효력은 유효한 것으로 볼 수 있다.

따라서 법인세법상 퇴직금이 가지급금으로 의제된다고 하여 기업이 임직원에게 중간정산 퇴직금을 가지급금으로 보고 처음부터 소급하여 퇴직금을 지급하는 경우는 현실적으로 지배력이 있는 임원에게 고의적으로 퇴직금을 지급하는 경우를 제외하고는 상정하기 어렵다.

   덧붙여, 통상 임직원에 대한 임원퇴직금규정은 기업마다 다양한 형태^*로 존재함에도 매년 퇴직금을 정산하는 경우 법인세법에서는 획일적으로 가지급금으로 의제한다는 점에서 이해가 된다고 하겠다.

    * 급여제를 적용하면서 퇴직금을 적립 또는 매년 지급하는 경우, 연봉제를 적용하면서 퇴직금을 적립 또는 매년 지급하는 경우, 연봉제를 적용하면서 퇴직금을 지급하지 않는 경우 등

   (5) 결국, 문제의 쟁점은 적법하게 지급한 퇴직금 중간정산 이후 법인이 퇴직금 규정을 제정하여 퇴직금 기산일을 소급적용하고 퇴직금을 과다지급한 것에 관한 것이며, 당초 지급한 중간정산 퇴직금을 가지급금으로 처리하였으므로 퇴직시 재직기간을 소급하여 지급하여도 된다는 논리는 현실과 세법상의 취급을 혼동한 결과에서 비롯된 것이다.

 근로자퇴직급여보장법 이외에도 법인세법에서도 퇴직금을 중간정산 했다면 정산일부터 새로이 기산하는 것을 기본 전제 (일반적인 사항)로 퇴직금 규정을 운용하고 있다.

   (6)「법인세법(2014.1.1 시행 기준)」 제44조 ②항에서 현실적인 퇴직의 범위에 근로자 및 임원(기획재정부령이 정하는 사유로 중간정산 하는 경우)에게 퇴직금을 중간정산하여 지급하는 경우를 포함하되 이후에는 중간정산시점부터 새로이 근무연수를 기산한 경우로 한정하였고, 일반적인 임원에 대한 퇴직금 중간정산의 경우에는 ‘급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때’에만 현실적인 퇴직으로 인정하고 있고, 이때에는 중간정산시점부터 새로이 근무연수를 기산하는 등의 명문상 규정은 없으나 문리해석 상 향후 퇴직금을 지급하지 않는다는 조건에서만 퇴직금으로 손금산입되기 때문에 퇴직금 관련 기산일 규정은 삽입할 이유가 없는 것이다.

   (7)「법인세법(2014.1.1 시행 기준)」제44조 제4항에서는 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.’ 라고 규정하고 있어 퇴직금을 중간정산 또는 지급한 경우 기산일을 소급적용할 수 없음을 명문화하고 있다.

   (8) 요약하면 법인세법에서는 중간정산 요건 위배로 중간정산 퇴직금이 업무무관가지급금으로 취급되는 것과 별개로 기본적으로 퇴직금 중간정산이 적법한 경우에는 정산일 이후부터 기산하여야만 손금산입하도록 규정하고 있다.

  다) 청구법인의 2005～2008년까지의 퇴직금 중간정산하여 임직원에게 지급한 중간정산금이 법적효력은 유효하다.

   (1) 청구법인의 2005년 퇴직금 지급은 모든 임직원이 공통적으로 중간정산을 실시하였고, 실제 퇴직시 중간정산 이후부터 퇴직금을 계산하였으나 어떠한 임직원도 퇴직금 정산이 잘못되었다는 이의를 제기한 사실이 없다.

실제 중도퇴사한 임직원의 퇴직금 내역을 보더라도 모두 일관되게 중간정산일 이후부터 퇴직금을 새로이 기산하였고, 이는 비록 법인세법상의 임원퇴직금규정이 없을 뿐 임원도 직원 퇴직급여지급규정을 준용하여 퇴직금 제도를 운영하였음은 자명하다.

   (2) 법인세법에서도 정관 등에서 규정한 임원퇴직금 지급규정이 없는 경우에는 법인세법시행령 제44조 제4항 제2호에서 근로자퇴직급여 보장법에 따른 퇴직금 수준을 손금으로 인정하므로써 중간정산 이후 퇴직금을 소급적용하지 않는 이상 전액 손금으로 인정하고 있고, 청구법인의 중간정산 퇴직금도 가지급금으로 의제되었으나 퇴직시에는 전액 손금산입된다.

    결국, 청구법인의 법인세법상의 임원퇴직금지급규정이 없을 뿐 임원도 직원 퇴직급여지급규정을 준용하여 퇴직금 제도를 운영하였음이 실제 퇴직금 정산결과에서 확인되고 임원에게 지급한 중간정산 퇴직금은 유효한 것이며, 적법하게 지급된 중간정산 퇴직금을 배제하고 재직기간을 다시금 소급적용한 임원퇴직금 규정이 상관행에 반하는 규정에 해당한다.

  라)청구법인의 임원퇴직금지급규정의 적격 여부

   (1)법인세법상 임원퇴직금지급규정은 형식적인 요건을 모두 갖추었다고 하더라도 해당 규정이 근로 등의 대가로서 퇴직금을 지급하려는 것이 아니라 퇴직금의 형식을 빌려 특정임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적인 방편으로 마련된 것이라면, 적법한 임원퇴직금지급규정으로 볼 수 없다(대법원2015두50153, 2016.2.18.).

   (2)쟁점법인의 임원퇴직금지급규정을 보면, “임원퇴직금 지급사유로 퇴직금 중간정산이 명기되어 있고, 퇴직금 지급기준인 재임연수는 선임일자로부터 실 근무 종료일까지로 한다”라고 명시되어 있다.

    명문상 임원퇴직금 중간정산 이후 퇴직금 기산일을 언제부터 할 것인지에 대한 규정은 없으나, 만일, 쟁점법인의 계산방식처럼 퇴직급여를 중간정산한 이후 퇴직급여를 재임연수 기간동안 소급하여 지급하는 것이 가능하다면 향후 실제 퇴직시(중간정산 포함), 또는 연봉제를 퇴직급여 제도로 재전환하는 경우 퇴직급여를 얼마든지 중복적으로 지급할 수 있다는 해석이 가능하고, 법인에 지배력을 행사하는 임원의 경우에는 일단 중간정산을 사유로 고액의 퇴직금을 수령하고 향후 상당기간 경과한 시점(예, 20년 후)에 퇴직 또는 중간정산 하면서 다시금 소급하여 지급할 수 있는 등 비통상적인 불합리성이 존재한다.

   (3) 쟁점 법인의 임원퇴직금지급규정이 퇴직금을 중간정산하였음에도 다시금 소급하여 지급할 수 있다는 전제하에서 만들어졌다면 이는 일반적이고 통상적으로 적용될 수 없는 임원퇴직금 규정에 해당하여 과다지급한 퇴직금에 대해 상여처분함은 타당하고, 통상적인 경우와 같이 임원퇴직금 규정이 최초로 중간정산(퇴직자 포함)하는 자를 가정하거나 중간정산 이후 퇴직금을 지급하지 않는 경우, 중간정산 이후부터 새로이 기산하는 경우를 가정하여 만든 일반적인 규정이라면 퇴직금급여지급규정을 위반하여 퇴직금을 과다 지급한 것이므로 소급하여 중복 지급한 기간에 대해 퇴직금을 배제하여 하는 것이 타당하다.

   (4)결론적으로, 당초 중복계산된 재직기간에 대한 퇴직금을 손금불산입하여 상여처분은 정당하다.

마) 청구법인은 이의신청시 퇴직금 제도의 시행취지는 근로자의 노후생활 보장으로 두 임원에 대한 공로에 비해 2005년 지급한 퇴직금은 너무 과소하다고 주장을 하였다.

   (1) 쟁점법인의 2005년 당시 임직원을 포함하여 전직원이 퇴직금 중간정산을 하였고 당시 임직원의 급여현황 및 퇴직금 현황은 아래와 같다.<아래참조>

   (2) 당시 임원퇴직금지급규정은 없으나 직원과 동일하게 근로자보장법에 따른 퇴직금 규정을 적용한 걸로 판단되고 재직연수에 비례하여 당시 연봉수준의 퇴직금을 수령한 것으로 파악된다. 국내 상당수 기업은 임원의 성과를 급여, 상여금, 성과금에 반영하여 지급하고 퇴직금은 이와 같은 방식을 채택하고 있다.

   (3) 2005년 지급한 퇴직금은 12년이 지난 현 시점에 보면 적은 금액으로 보이나 2005년 당시 직원들의 연봉 및 퇴직금을 고려할 때 급여액에 비례하여 상당히 큰 금액이다. 더욱이 당시 전 임직원이 동일하게 퇴직금을 정산하였음에도 AAA과 BBB 만이 과소하게 지급한 것으로 보아 소급적용함은 통상적인 기업에서는 발생할 수 없는 행위이다.

   실제 AAA의 급여는 2005년 57백만원(BBB, 22백만원, 이하 괄호표시), 2006년 109백만원(68백만원), 2007-2013년 120백만원(81백만원), 2014년 182백만원(90백만원), 2015-16년 264백만원(96백만원)으로 일반적인 직원들의 호봉제와는 달리 임원에 대한 성과가 반영되어 급여가 급증하였음을 알 수 있다.

   (4) 급여의 증가에도 불구하고 청구법인은 2011년 퇴직금 규정을 신설하고 지급배율을 6배, 근속기간을 소급적용하므로서 2011년 기말 누적 이익잉여금이 2,859백만원에 불과함에도 2011년말 AAA과 BBB의 퇴직금추계액이 17억원을 초과(타 임원 반영시 20억원 초과)하는 등 법인의 잉여금 전체를 퇴직금의 재원으로 사용한다는 것은 통상적인 기업에서는 일어날 수 없는 거래이다.

   (5) 통상적으로 퇴직금은 청구법인이 언급하였듯이 기본적인 노후 보장을 담보하기 위한 것으로서 연봉에 비례적으로 증가함이 보통이고, 그 임원의 공로가 큰 경우 급여를 증액하거나 성과 상여금 등을 지급함으로서 퇴직금도 비례적으로 증가하는 것이지 청구법인과 같이 임원의 급여가 급증하였음에도 어떠한 구체적인 공로에 대한 평가도 없이 지급배율을 6배로 적용하고, 전체 임직원이 공통적으로 퇴직금을 정산하였음에도 특정임원에 대해서만 소급하여 퇴직금을 지급함은 법인의 지배력이 있는 임원이 아니고서는 불가능한 비통상적인 행위에 해당한다.

 바) 결론

   (1) 심판례에 의하면 “현실적인 퇴직의 요건을 갖추지 못하고 지급하는 임원퇴직금을 세법상 가지급금으로 보아 손금불산입하도록 한「법인세법 시행령」제44조 규정 등은 『법인세법』상 임원퇴직금 중간정산 요건을 위배한 것에 대하여 손금산입을 제한하는 제재규정일 뿐 이를 근거로 실제 기업과 직원 간에 중간정산․지급된 금원의 법률적 성격이 퇴직금에서 가지급금으로 변경되는 것은 아니므로, 「법인세법」상 손금산입 여부와 무관하게 현실에서 퇴직금 지급은 유효한 경제행위 및 법률행위에 해당하여, 중간정산 이전 재직가간에 대하여 지급한 퇴직금은 법률상 지급의무 없이 과다지급한 손금에 해당한다” 라고 하고, “퇴직급여를 중간정산 한 이후 퇴직급여를 소급하여 지급하는 것이 가능하다면 법인의 지배력이 있는 임원의 경우 일단 중간정산을 사유로 고액의 퇴직금을 수령하고 향후 법인세에 대한 부과제척기간이 경과한 시점에서 다시 소급하여 퇴직금을 지급받을 수 있는 불합리성이 존재하는 점 등에 비추어 보면 퇴직금을 중간정산 이전으로 소급적용하여 지급함은 과다지급한 것으로 봄이 타당하다”(조심2018중1947, 2018.10.15.)라고 하였다.

   (2) 중간정산 후의 퇴직금 산정은 기본적으로 중간정산 이후의 기간부터 새로이 계산하는 것이 건전한 사회통념과 상관행에 해당된다고 판단되고 법인세법에서 규정하고 있는 정관에서 위임한 임원퇴직금 규정이란 모든 임원에게 차별없이 계속․반복적으로 적용가능해야 함에도, 당초 중간정산 기간을 중복적용함은 그 자체가 중간정산을 한 임직원과 타 임직원간 심각한 차별이 있는 바 이는 지배력이 있는 임원에 대한 퇴직금을 과다지급하기 위한 것일 뿐 통상적인 임원퇴직금 지급규정이라고 볼 수 없으므로 중간정산기간에 대한 퇴직금을 손금부인하여 상여처분은 정당하다.

라. 판단

 1) 관련 규정

  가) 구 「법인세법」제26조에는 ‘다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하면서 제1호에는 ‘인건비’규정하고 제5호에는 ‘제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것’이라고 규정하고 있다.

  나) 위 법에 위임을 받은 구 「법인세법 시행령」 제44조 제4항에는 ‘법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’ 라고 규정하면서 제1호에는 ‘정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액’, 그리고 제5항에는 ‘제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다’라고 규정하고 있다.

 2) 쟁점퇴직금의 중간정산 금액이 정당한지에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점퇴직금의 중간정간 금액이 정당하다고 보기 어렵다.

   ① 청구법인이 2005년 전 임직원(AAA, BBB 포함)에게 1차 퇴직금을 지급되었음이 청구법인이 제출한 퇴직소득지급명세서, 원천징수이행상황신고서 및 재무제표에서 확인되고, AAA, BBB이 1차 퇴직금을 받지 아니하였다거나 반환하였다는 사실이 객관적 증빙에 의해 확인되지 않아 AAA, BBB이 1차 퇴직금을 착오로 중간정산하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

  ② 또한 청구법인의 퇴직금 중간정산이 형식적인 요건을 모두 갖춘 임원퇴직금규정이라 하더라도 해당 규정이 근로 등의 대가로서 퇴직금을 지급하려는 것이 아니라 퇴직금의 형식을 빌려 특정임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적인 방편으로 마련된 것이라면(대법원2015두50153, 2016.2.18.), 이는 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에서 정한 적법한 임원 퇴직급여 규정에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다.

  나) 따라서 처분청이 쟁점퇴직금의 중간정산 금액 중 중복지급된 재임기간에 대한 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 과세처분한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구의 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.