주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분개요

가. 청구법인은 2016.3.23. 자본금 10백만원으로 설립되었으며, ○○ ○○시 ○○읍 ○○로000번길 00, 0동 00호(○○아파트)를 사업장으로 하여 부동산매매업(부업종: 서비스/태양광분양업)으로 2016.4.1. 사업자등록(개업일: 2016.5.1.)하였다.

    그 후 2018.6.27. 사업장을 ○○ ○○시 ○○구 ○○로 00, 1층(○○동)으로 이전하였으며, 현재까지 계속사업자로 등록되어 있다.

나. 청구법인은 2016.4.12. 태양광 발전사업에 사용할 목적으로 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 산0 31,736㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 85,000,000원에 매수하였다가 2017.1.17. 210,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 양도하였으나, 2017사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 양도소득은 반영하지 아니하였다.

다. 처분청은 쟁점토지 매도에 따른 양도소득을 신고하지 아니한 사실을 발견하고, ① 쟁점토지 양도소득 121,090,000원을 익금산입하고, 쟁점토지를 비사업용 토지의 양도로 보아 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’(세율 10%, 세액: 14,049,466원)을 포함하여 2019.11.12. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 29,309,832원을 결정․고지하는 한편, ② 쟁점금액을 대표자(홍길동) 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.16. 이의신청을 거쳐 2020.5.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. (쟁점①) 청구법인은 부업종인 태양광분양업을 영위하기 위하여 쟁점토지를 매수하였으나, 현지 주민들의 방해로 더 이상 사업을 진행할 수 없어 다른 사업으로의 전환을 위하여 부득이 매각하였음에도 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다.

나. (쟁점②) 비록 쟁점토지의 양도대금을 장부에 계상하지 아니하였으나, 당시 대표자였던 홍길동의 자금 80,000,000원으로 쟁점토지 취득대금을 조달하였고[대표자가수금(임원단기차입금)으로 계상], 쟁점토지를 매각한 자금으로 동 가수금을 변제하였음에도 쟁점토지 양도가액(쟁점금액) 전부를 사외유출된 것으로 보아 홍길동에게 대표자상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

3. 처분청 의견

 가. (쟁점①) 청구법인은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다고 주장한다.

  청구법인이 2016.4.12. 쟁점토지를 취득한 후 2016.5.17. ○○ ○○군수에게 쟁점토지 일부 1,355㎡(쟁점토지의 4.3%)를 부지로 하여 전기사업 허가신청(사용연료: 태양광)을 하고, 당국으로부터 2016.6.28. 불허가 통보를 받은 사실은 나타나나, 이러한 사유가 비사업용 토지의 예외를 규정하고 있는 「법인세법 시행령」제92조의11 제1항 및 같은 법 시행규칙 제46조의2에 따른 부득이한 사유에 해당되지 아니하고, 임야는 원칙적으로 비사업용 토지로 보도록 규정하고 있으며, 쟁점토지를 취득한 후 9개월간 보유하다가 단기간 양도하면서 청구법인의 업무에 직접 사용한 사실이 없으므로 임야인 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것에는 잘못이 없다.

나. (쟁점②) 청구법인은 쟁점토지를 양도한 금액(쟁점금액)으로 대표자가수금을 변제하였음에도 동 금액 전부를 대표자 상여로 소득처분하는 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점토지를 양도한 2017사업연도 결산서를 보면 기존 전사업연도말 대표자가수금 잔액이 그대로 남아 있는 점, 쟁점금액을 장부 어디에도 계상한 사실이 없는 점, 쟁점금액 사용처에 대하여 소명을 요구하였으나 정확히 소명하지 못하고 있는 점 등에 비추어 사외유출된 쟁점금액의 귀속이 불분명하므로 쟁점금액 전체를 2017사업연도 당시 대표자에게 상여처분한 이 건 처분은 적법하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

  ② 쟁점토지의 양도가액 전부를 대표자 상여처분하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】 (2016.12.20. 법률 제14386호로 일부개정된 것, 이하 같다)

  ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

  ② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

   2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

    가. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)·시험림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

    나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

    다. 토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

   7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

  ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

  ⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.(단서 생략)

  ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2) 법인세법 시행령 (2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정된 것, 이하 같다)

 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

   3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

    가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

    나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 제92조의4 【토지지목의 판정】

  법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

 제92조의6 【임야의 범위 등】

  ① 법 제55조의2 제2항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다.

   1. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 채종림·시험림과 「산림보호법」에 따른 산림보호구역

   2. 사찰림 또는 동유림(洞有林)

   3. 「자연공원법」에 따른 공원자연보존지구 및 공원자연환경지구 안의 임야

   4. 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」에 따른 도시공원 안의 임야

   5. 「문화재보호법」에 따른 문화재보호구역 안의 임야

   6. 「전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률」에 따라 전통사찰이 소유하고 있는 경내지

   7. 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」에 따른 개발제한구역 안의 임야

   8. 「군사기지 및 군사시설 보호법」에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역 안의 임야

   9. 「도로법」에 따른 접도구역 안의 임야

   10. 「철도안전법」에 따른 철도보호지구 안의 임야

   11. 「하천법」에 따른 홍수관리구역 안의 임야

   12. 「수도법」에 따른 상수원보호구역 안의 임야

   13. 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 기획재정부령이 정하는 것

 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

  ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

   1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

   2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

    3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 3) 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】 (2017.3.10. 기획재정부령 제597호로 일부개정된 것)

  ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

   1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

   2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

   3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

   4. 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

   5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

 4) 법인세법 제67조【소득 처분】

  제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 4-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

    가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

    나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

    다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

    라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

   2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

다. 사실관계

 1) 다툼이 없는 사실관계

  가) 청구법인의 사업자등록 및 부동산 매매 내역

   (1) 법인등기사항증명서에 따르면, 청구법인은 2016.3.23. 부동산매매업, 태양광 발전업 등을 사업목적으로 하여 설립되었고, ① 상호는 당초 ㈜甲에너지에서 2018.6.14. ㈜乙로 변경되었다가 2019.9.17. 현재 상호인 ㈜丙으로 변경된 것으로 나타나며, ② 대표자는 당초 홍길동에서 2018.6.14. 김아무개로 변경된 것으로 나타난다.

   (2) 쟁점토지 2016.4.12. 취득 및 2017.1.17. 양도시 청구법인의 대표이사는 홍길동이라는 사실에 관한 다툼은 없으며, 청구법인이 부동산을 취득하고 양도한 내역은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인의 부동산 취득 및 양도 내역

  나) 청구법인의 법인세 신고 내역 등

   (1) 2016사업연도부터 2019사업연도까지 법인세 신고내역은 다음 <표2>와 같으며, 2017.1.17. 쟁점토지를 쟁점금액(210백만원)에 양도하였으나, 쟁점금액을 익금산입한 사실은 없는 것으로 나타난다.

<표2> 청구법인의 법인세 신고내역

   (2) 청구법인의 법인세 신고서 등에 따르면, 2016.4.12. 쟁점토지를 85,000,000원에 취득한 후 취득세 3,910,000원원을 포함하여 합계 88,910,000원을 2016사업연도 결산시 재고자산으로 계상한 것으로 나타나는 한편, 2016.4.7. 대표자가수금으로 80,000,000원이 계상되었고 동 금액은 2016사업연도 결산시 주주․임원․종업원 단기차입금으로 계상된 것으로 나타난다.

    청구법인이 쟁점토지를 2017.1.17. 양도하였으나 2017사업연도 결산시 이를 반영하지 아니하여 2016사업연도의 재고자산(88,910,000원)과 주주․임원․종업원 단기차입금(80,000,000원)이 그대로 계상되어 있는 것으로 확인된다.

  다) 청구법인이 쟁점토지를 활용한 내역

  청구법인은 다음과 같이 2016.5.17. ○○ ○○군수에게 쟁점토지 31,736㎡ 중 1,355㎡(전체 면적의 4.3%)를 사업부지로 하여 98.8kw 설비용량으로 태양광 전기사업 허가 신청서를 접수하였으나, 2016.6.28. 불허가 통보를 받은 것으로 나타난다(경제과-54912, 2016.6.28.).

 2) 청구법인의 주장 내용

  가) (쟁점①) 청구법인은 쟁점토지를 업무와 관련하여 매수한 후 부득이한 사유로 매도하였으므로 비사업용 부동산의 양도로 보는 것은 부당하다.

   (1) 청구법인은 태양광발전사업을 위하여 2016.4.12. 쟁점토지를 취득하고, 한국전력공사에 전기를 판매할 목적으로 사업계획서를 작성하여 2016.5. ○○군에 전기사업 허가 신청을 하였다. 그러나 주민들이 공사 차량 통행을 방해하는 등 민원이 제기되고 합의가 되지 않아 다른 사업으로의 전환을 위해 부득이 쟁점토지를 매각하게 되었다.

   (2) 청구법인의 사업목적에 포함되어 있는 태양광 발전업을 위하여 쟁점토지를 매수하였으므로 이는 청구법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 사유가 있는 토지로 볼 수 있고, 이후 부득이한 사정으로 매각하였으므로 쟁점토지를 취득한 후 양도할 때까지 전 기간은 사업용으로 사용한 것으로 보아야 한다.

  나) (쟁점②) 쟁점금액은 사외유출된 것이 아닌 대표자가수금 반제 등으로 청구법인에게 귀속되었음에도 대표자 홍길동의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하는 것은 부당하다.

   (1) 청구법인은 쟁점토지의 취득대금을 대표자 홍길동의 자금 8천만원으로 지급하고, 주주․임원․종업원 단기차입금 계정에 대표자가수금 입금으로 처리하였다.

   (2) 그리고 쟁점토지를 매각한 자금으로 2017.1.25. 5백만원, 2017.1.31. 45백만원, 2017.5.12. 40백만원 합계 90백만원을 대표자가수금 반제 목적으로 지급하였고 나머지도 법인의 다른 사업목적으로 사용하였다. 이와 같이 쟁점금액은 사외유출 된 것이 아니라 가수금 반제 또는 법인의 사업목적으로 사용되어 홍길동이 사실상 청구법인 자금을 유출한 사실이 없으므로 양도가액인 쟁점금액 전부를 대표자 상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

 3) 처분청의 조사내용과 의견

  가) (쟁점①) 쟁점토지의 이용 상황 및 소유 기간 등을 감안할 때 업무에 직접 관련이 있는 임야라고 인정하기 부족하므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 본 처분은 적법하다.

   (1) 토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획 변경과 같은 정도에 준하는 정당한 사유로 인하여 부득이하게 토지를 사용하지 못하게 된 경우에는 업무와 직접 관련 없는 부동산 및 비사업용 토지로 보지 않는다. 법인 업무와 직접 관련 없는 부동산 및 비사업용 토지인지 여부를 판단하는 기준으로서 부득이한 사유라는 것은 법인이 마음대로 할 수 없는 외부 사유는 물론 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였는데도 부득이하게 사업을 진행하지 못하고 중단할 수밖에 없게 된 내부 사유를 의미하므로 그와 같은 정당한 사유가 있는지 여부는 사업을 진행할 수 없는 법령상・사실상 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 사업을 진행하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(서울고등법원2011누39822, 2012.5.23. 참조).

   (2) 비사업용 토지란, 토지 소유기간 중 일정기간 동안 지목 본래의 용도 등으로 사용하지 않고 양도하는 토지를 뜻한다.

  청구법인은 임업을 주업으로 하지 아니하고 있으므로 임야인 쟁점토지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하는 점, 쟁점토지 중 일부를 부지로 하여 전기사업 허가신청서를 접수한 사실만 있을 뿐 승인되어 사업목적으로 사용한 내역이 없는 점, 보유기간 동안 쟁점토지를 사업용으로 사용하였다고 인정할 만한 토지이용내역이 확인되지 아니하는 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획 변경과 같은 정도에 준하는 부득이한 사유가 있었거나 청구법인에게 달리 특별한 사정이 있었는지 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용토지에서 제외하는 것은 어렵다고 판단된다.

  나) (쟁점②) 사외유출된 쟁점금액을 대표자 홍길동의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것은 적법하다.

   (1) 청구법인이 제시한 증빙을 보면, 2017.1.17. 쟁점토지를 양도하고 쟁점금액(양도대금 210,000,000원)을 청구법인의 계좌(모모 은행 351-***)로 수령한 내역과 이를 인출한 내역은 다음 <표3>과 같으며, 쟁점금액 중 100,000,0000원은 계약 당일(2017.1.17.)에, 잔금 110,000,000원은 2017.12.15. 받은 것으로 나타난다.

    그리고 동 금액 2017.1.25.～2017.12.20. 기간 동안 홍길동, 김아무개, 이아무개에게 송금되었고, 이에 대하여 청구법인이 장부에 회계처리한 내역은 없으며, 현재까지 구체적인 송금 사유를 소명하지 아니하고 있다.

<표3> 청구법인의 통장 거래내역

   (2) 청구법인이 신고한 2016사업연도 및 2017사업연도 법인세 과세표준의 내용에 쟁점토지 양도 관련하여 대표자가수금 반제 내역이 나타나지 아니하고, 2017사업연도 대표자가수금 잔액이 전년과 변동이 없어 쟁점금액 중 일부를 대표자가수금과 상계하였다는 청구주장이 사실과 다른 점, 청구법인이 제시한 2016.5.4.～2018.12.23. 기간 동안 법인계좌의 거래내역을 보면, 쟁점금액이 전액 인출되었으나 그 금액이 청구법인의 업무에 사용된 것인지 불분명한 점, 2016.5.9.～2017.5.12. 기간 동안 법인계좌를 보면 대표자 홍길동으로의 출금액은 121백만원이나 입금액은 40백만원에 지나지 아니하여 회사에 입금액 보다 출금액이 더 많은 점 등에 비추어 청구법인이 제시한 자료만으로 쟁점토지 매수자금의 출처가 홍길동이라는 청구주장 및 쟁점금액이 홍길동의 가수금 반제 등으로 청구법인에게 귀속되었다는 청구주장을 인정하기는 어렵다.

라. 판단

 1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  가) 관련 법리

   「법인세법」 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 ‘비사업용 토지’를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 같은 법 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하도록 규정하고 있다.

    이때 양도한 토지가 임야인 경우, 「법인세법」 제55조의2 제2항 제2호는 농지나 목장용지 등의 경우와 달리 임야는 원칙적으로 ‘비사업용 토지’에 포함되는 것으로 보고, 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지를 그 취득주체인 법인의 성격이나 토지의 용도 등에 비추어 투기 목적이 없는 사업용임이 명백한 사례에 한정하여 구체적으로 열거하는 규정방식을 취하고 있는바, 이는 임야의 경우 부동산 투기에 이용될 우려가 더욱 크다고 보고 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화하여 법인이 사업을 빙자하여 과다한 임야를 취득하는 것을 방지하려는데 그 목적이 있다고 할 것이다(수원지방법원 2011.11.24. 선고 2010구합18179 판결 참조).

    이와 같은 법령의 입법취지와 규정체계 등을 종합해 보면, 법인의 토지등 양도소득에 대한 과세특례 중 하나로서 양도대상인 비사업용 토지의 범위는 「법인세법」 제55조의2 제2항에 의하여 정해지고, 임야는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하나, 예외적으로 위 법 제2항 제2호의 각목에 해당하는 임야와 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우(제3항, 「법인세법 시행령」 제92조의11, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2)에 한하여 비사업용 토지에서 제외되는 것이다

  나) 청구법인이 양도한 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부에 대한 판단

    청구법인은 취득 후 9개월 뒤 양도한 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인은 임업을 주업으로 하지 아니하고 있고 임야인 쟁점토지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하며, 청구법인이 쟁점토지 중 일부(4.3%)만을 부지로 하여 전기사업 허가신청서를 접수한 사실만 있을 뿐이며, 전기사업 불허가라는 사유가 비사업용 토지의 예외를 규정하고 있는 법령에 따른 부득이한 사유에 해당되지 아니하는 점, 청구법인이 달리 쟁점토지를 사업용으로 사용하였다고 인정할 만한 토지이용내역을 제시하지 아니하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

 2) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  가) 관련 법리

    법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2002.1.11. 선고 2000두3726 판결 등 참조).

   「법인세법」 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다.’는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 「법인세법」상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 종합소득세를 납부할 의무가 있다 하겠다(대법원 2008.9.18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조).

  나) 쟁점토지 양도가액을 대표자 상여로 소득처분하는 것이 타당한지 여부에 대한 판단

    청구법인은 쟁점토지 양도가액(쟁점금액) 전부를 대표자 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하는 것은 부당하다고 주장하나, 자산을 양도한 금액이 있음에도 불구하고 그 금액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 금액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 청구법인이 신고한 2017사업연도 법인세 과세표준의 내용에 대표자가수금 잔액에 전 사업연도와 변동이 없는 것으로 확인된 이상 쟁점금액 중 일부가 사외유출되지 아니하고 대표자가수금으로 반제 등으로 사용되었다고 보기는 어려운 점, 2016.5.4.～2018.12.23.기간 동안 청구법인계좌(모모 은행 351-***)의 거래내역을 보면 쟁점금액이 전액 인출된 것으로 나타나고 이에 대하여 처분청이 소명을 요구하였으나 청구법인이 정확히 소명하지 못하고 있어 사외유출된 쟁점금액이 청구법인의 업무에 사용된 것이지 불분명 해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분한 이 건은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.