주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.9.18. AA BB군 CC읍 DD리 743-118 답 3,067㎡를 270,000,000원에 취득하여 2015.8.28. 156㎥를 CC읍 DD리 743-237로 분할한 후 2,911㎥(이하 ″쟁점 농지″라 한다)를 2019.11.25. ㈜EE에 905,000,000원에 양도하고, 2019.12.27. 처분청에 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 1억원을 감면하고 66,060,476원을 예정신고․납부하였다.

나. 처분청은 2020.5.20.부터 2020.5.28.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 쟁점 농지는 2006.5.22. 공업지역으로 편입되었고, 청구인이 쟁점 농지를 공업지역 편입된 이후에 취득하여 양도하였으므로 「조세특례제한법」제69조에 의한 8년 이상 자경농지의 감면 요건에 해당하지 않는다고 보아 감면을 배제하고 2020.6.16. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 118,424,157원(가산세 13,993,682원 포함)을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.18. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구 주장

「조세특례제한법 시행령」제66조 제4항의 감면 제외대상에 군지역이 없으므로 쟁점 농지는 감면대상이다.

3. 처분청 의견

쟁점 농지는 2006.5.22. 공업지역에 편입된 이후 취득하여 양도하였으므로 8년 이상 자경농지의 감면대상이 아니다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ○ 공업지역 편입일 이후 취득하여 양도한 농지의 8년 이상 자경농지의 감면 배제 적정 여부

나. 관련법령

 1) 구 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
(2020. 06. 09. 법률 제17460호로 개정되기 전의 것)

 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 2) 구 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 것)

 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세・감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 부칙 <법률 제6538호, 2001.12.29.>

 제1조 (시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 단서 생략

 제2조 (일반적 적용례)

 ② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

 제28조 (자경농지에 대한 양도소득세 면제에 관한 경과조치)

 ① 이 법 시행 당시 도시계획법의 규정에 그밖의 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입되거나 도시개발법 기타 법률의 규정에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 농지의 양도에 대한 양도소득세의 면제에 관하여는 제69조 제1항 단서의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

 ② 거주자가 2002년 1월 1일부터 2003년 12월 31일까지 제69조의 개정규정에 의한 자경농지를 양도함으로써 발생하는 양도소득(제1항의 규정에 의한 양도소득을 포함한다)에 대하여 양도소득세를 감면받는 경우 그 양도소득세액 감면의 종합한도에 관하여는 제133조제2항 및 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 종전의 제133조 제2항 및 제3항 중 "3억원"은 각각 "2억원"으로 한다.

 3) 구 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것)

 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

  나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

  다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

 ⑤ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2001.12.31.>

 4) 구 조세특례제한법 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】
(2019. 12. 31. 법률 제16859호로 개정되기 전의 것)

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

5) 조세특례제한법 집행기준 69-66-22………주거지역 등에 편입된 토지의 감면 배제 8년 이상 자경한 농지를 주거지역 등에 편입된 날부터 3년을 경과하여 양도하면 감면을 배제하는 취지는 대도시 근교 주거지역의 대지 위에서 채소 등을 경작하는 경우에도 농지로 취급되어 감면되는 불합리한 점을 개선하고, 대지와 경제적 가치에서 큰 차이가 없는 도시지역 내의 농지를 감면배제하여 농지에 대한 투기수요를 억제할 수 있도록 하기 위한 것이다.

6) 조세특례제한법 집행기준 69-66-23………2001.12.31. 이전에 주거지역 편입 등으로 감면대상 농지에서 배제되는 농지 범위

7) 조세특례제한법 집행기준 69-66-24………2002.1.1. 이후에 주거지역 편입 등으로 감면대상 농지에서 배제되는 농지 범위

* 주거지역 등에 편입 후 3년 경과한 농지라도 주거지역 등에 편입 후 3년 이내에 대규모 개발사업이 시행되고 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인해 편입된 후 3년이 경과한 경우에는 감면 적용(2013.2.15.이후 최초 양도분부터 적용)

다. 사실관계

 1) 쟁점 농지의 공업지역 편입, 취득 및 양도일 등을 일자별로 정리하면 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점 농지 취득․양도 흐름도 (생략)

 2) 양도소득세 신고 및 경정 내역은 아래 <표2>와 같다. 청구인은 취득가액을 쟁점 농지의 분할 전 취득가액 270,000,000원에 취득세 등을 포함하여 279,180,000원으로, 감면세액을 1억원으로 하여 신고하였으나, 처분청은 취득가액을 당초 취득면적 3,067㎥ 중 쟁점 농지의 양도면적 2,911㎥ 비율로 안분하여 재산정하고 감면세액 1억원을 감면 배제하였다.

<표2> 양도소득세 신고 및 경정내역 (표 생략)

 3) 쟁점 농지는 2006.5.22. BB군 고시 제2006-17호에 의하여 일반공업지역으로 편입되었다.

 4) BB군은 양도일 현재 인구 11만 7,400만명의 도농복합도시이다. 따라서 쟁점 농지는 BB군 CC읍에 소재하므로 도농복합도시의 읍지역에 해당한다.

 5) 조세특례제한법 제69조 제1항 개정에 따른 감면(2001.12.29. 법률 제6538호)

  가) 개정 이유

  종전에는 8년 이상 자경한 농지를 주거지역 등에 편입된 후에 양도하는 경우에도 양도시까지 발생한 양도소득 전부를 비과세하였으나, 앞으로는 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세받을 수 있도록 하고, 감면한도 3억원에서 1억원으로 하향조정함(법 제69조, 현행 제133조 제2항 삭제)

  나) 개정 내용

  다) 개정에 따른 주거지역 등 편입 농지 감면

라. 판단

 1) 관련 법리

  「조세특례제한법」제69조 제1항은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률(이하 ‘도시개발법 등’이라 한다)에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다.

  이처럼 「조세특례제한법」제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다(대법원 2017.3.30. 선고 2016두57038).

 2) 아래의 사정들과 위 법리에 의하면 쟁점 농지의 양도소득은 8년 이상 자경농지의 감면대상이 아니다.

  가) 종전에는 「조세특례제한법」제69조 제1항에 8년 이상 자경농지를 주거지역 등에 편입된 후에 양도하는 경우에도 양도시까지 발생한 양도소득 전부를 감면하였으나, 2001.12.29. 개정되어 개정 이후에는 단서조항에 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 감면받을 수 있도록 개정되었다.

  나) 청구인은 쟁점 농지가 속한 BB군은 군지역으로서 「조세특례제한법 시행령」제66조 제4항 제1호의 감면 제외 대상에 해당하지 않으므로 감면대상이라고 주장하나, 쟁점 농지가 속한 BB군은 도농복합도시이므로 쟁점 농지는 도농복합도시의 읍지역에 해당한다. 쟁점 농지는 2006.5.22. 공업지역으로 편입되었으므로 개정규정에 의해 취득일부터 공업지역 편입일까지 양도소득에 대하여만 감면 받을 수 있다. 청구인은 쟁점 농지를 공업지역 편입일(2006.5.22.) 이후인 2008.9.18. 취득하여 2019.11.25. 양도하였으므로 쟁점 농지의 양도소득은 「조세특례제한법」제69조 제1항 단서에 따라 감면 대상이 아니다.

 3) 따라서 처분청이 쟁점 농지의 양도소득에 대하여 8년 이상 자경농지의 감면을 배제하고 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.