주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가.청구종중은 2018.7.11. ○○ ○○군 ○○면 ○○리 산 1-13 임야 8,608㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ㈜○○에너지(이하 “매수인”이라 한다)에게 208,320,000원(계약금 41,664,000원, 잔금 166,656,000원)에 양도하기로 하는 계약을 체결하는 한편, 2018.7.26. 쟁점토지 매매대금을 26,040,000원으로 하는 다운계약서를 작성, 쟁점토지 양도가액을 26,040,000원으로, 취득가액을 18,798,218원(환산가액)으로 하여 2018.9.21. 양도소득세 신고를 하였다.

나.청구종중은 위 다운계약서 작성에 대하여 2019.8월 ○○군수에게 실거래가 허위신고 위반행위를 자진신고(과태료 면제)하였고, ○○군수는 2019.9.30. 청구종중의 부동산거래계약 허위신고에 따른 위반사항을 처분청에 통보하였다.

다.처분청은 2020.2.26.부터 2020.3.5.까지 청구종중의 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 양도가액을 208,320,000원으로, 취득가액을 8,614,405원(실지거래가액)으로 하여 2020.5.1. 청구중중에게 2018 과세연도 양도소득세 62,849,941원을 고지하였다.

라. 청구종중은 이에 불복하여 2020.7.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.(쟁점①)청구종중을 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점토지 양도차익에 대해 법인세로 결정하여야 한다.

 1)청구종중은 ○○○씨 ○○파 종중으로서, 지방자치단체에 부동산 등기용 등록번호를 등록하여 등록증명서를 교부 받았으며, 처분청으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인 등의 고유번호증(***-80-*****)을 교부받았다.

 2)또한, 종중규약에 따라 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 있으며, 수익사업 없이 고유목적사업만을 수행, 수익이 발생하는 경우에도 그 수익을 구성원에게 분배하지 않고, 종중의 고유목적사업에만 사용하고 있다.

 3)따라서 청구종중이 ｢국세기본법｣ 제13조에 따라 법인으로 보는 단체 등에 해당되는 것으로 봄이 타당하므로, 청구종중에게 고지한 양도소득세를 취소하고, 재무제표와 법인세 신고서를 제출받아 소득금액에 대해 법인세로 재결정하여야 한다.

나.(쟁점②)쟁점토지 매매대금 중 청구종중이 수령한 쟁점금액을 양도가액으로 보아야 한다.

 현재 청구종중과 매수인 사이에 쟁점토지 매매대금 반환 청구의 소가 진행 중에 있고, 현재까지 확정되어 청구종중이 수령한 금액도 108,320,000원(이하 “쟁점대금”이라 한다) 뿐이므로 쟁점토지 양도가액을 쟁점대금으로 경정하여야 한다.

다.처분청 의견에 대한 항변

 1)일반적으로 종중은 ｢국세기본법｣ 제13조의 법인으로 보는 단체 등으로 보아 수익사업이 있는 경우 법인세로 과세하고 있으므로, 이 건 역시 법인세로 과세하여야 한다. 종중을 법인으로 보는 단체로 본다는 것은 일반화되어 있으며, 법인세로 과세한 일례로 ‘○○○씨○○○파**대○○의*대종손○○,○○,○○ 종중’이 있다.

 2)청구종중이 사실상 수취한 금액은 108,320,000원 뿐이고, 매수인이 소송을 진행, 추가로 지급하지 않을 것임이 명백하며, 근저당권 설정금액 100,000,000원은 계약이 이행되었을 경우에 한하여 유효한바, 이 또한 소송 판결 결과에 따라 말소 또는 효력 상실이 명백하므로 쟁점대금을 쟁점토지 양도가액으로 보아야 한다.

3. 처분청 의견

가.(쟁점①)청구종중은 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는다.

 1)청구종중은 2011.6.15. ○○세무서에 ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서’를 제출하였으며, 2011.6.20. 당시 관할관서인 ○○세무서장으로부터 고유번호증(***-80-*****)을 교부받았다.

  가)청구종중이 위 고유번호 신청 시 제출한 종중 규약 내용에는 청구주장과 같이 ‘수익이 발생하는 경우에도 그 수익을 구성원에게 분배하지 아니한다’는 내용은 확인되지 않는다.

  나)청구종중이 교부받은 고유번호증은 개인으로 보는 단체에 해당하며, 교부된 등록번호에 의해서도 개인으로 보는 단체임을 확인되는바, 법인으로 보는 단체 등 비영리법인의 경우에는 사업자등록번호(또는 고유번호)의 가운데 두 자리가 ‘82’로 부여되고 있다.

 2)또한, 청구종중은 쟁점토지 외에도 2015년과 2017년 부동산을 양도한 사실이 있는바, 해당 부동산의 양도에 대하여 1거주자로 보아 양도소득세를 신고납부하였다.

  <표> 부동산 양도신고내역(생략)

나. (쟁점②)쟁점토지 양도가액은 매매계약서상 매매대금으로 보아야 한다.

 청구종중은 2018.7.25. 쟁점토지 매매계약변경을 통해 2018.7.26. 매수인으로부터 중도금 66,656,000원을 수취, 계약금을 포함하여 총 108,320,000원을 지급받았고, 잔금 100,000,000원에 대해서는 쟁점토지에 근저당권을 설정하여 채권을 확보한 상태이므로, 쟁점토지의 양도가액은 매매계약서상 매매대금 208,320,000원으로 하는 것이 타당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1)청구종중을 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점토지 양도차익에 대해 법인세로 결정할 수 있는지(주위적 청구)

 2)쟁점토지 매매대금 중 청구종중이 수령한 쟁점금액을 양도가액으로 볼 수 있는지(예비적 청구)

나. 관련 법령

 1) 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체 등】

  ① 법인(｢법인세법｣ 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

   1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

   2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

  ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

   1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

   2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

   3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

 1-1)국세기본법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

  ① 법 제13조제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(｢법인세법｣ 제2조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

   1. 단체의 명칭

   2. 주사무소의 소재지

   3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

   4. 고유사업

   5. 재산상황

   6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

   7. 그 밖에 필요한 사항

 2)법인세법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

    다. ｢국세기본법｣ 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

 3)법인세법 제4조【과세소득의 범위】

  ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 3-1)법인세법 시행령 제4조【과세소득의 범위】

  ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(｢국가균형발전 특별법｣ 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

 4)소득세법 제2조【납세의무】

  ③ ｢국세기본법｣ 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

 4-1)소득세법 시행령 제3조의2【거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분】

  법 제2조제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.

   1. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세

   2. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세

 5)소득세법 제96조【양도가액】

  ① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

다. 사실관계

 1)다툼없는 사실

  가)쟁점토지 양도에 대한 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 양도소득세 경정내역은 다음과 같다.

  <표> 양도소득세 신고 및 경정 내역(생략)

  나)①쟁점토지 매매계약서상 매매대금이 208,320,000원이라는 사실, ②청구종중이 매매대금 중 지급받은 금액은 계약금과 중도금 합계 108,320,000원이라는 사실, ③매매대금 중 잔금 100,000,000원에 대해서는 매수인이 청구종중에게 근저당권 설정 등기(근저당권자 ○○, 채권최고액 100,000,000원)를 해 준 사실, ④쟁점토지의 취득가액이 8,614,405원이라는 사실, ⑤위 기타토지의 양도가액 및 취득가액에 대해서는 청구종중과 처분청 간에 다툼이 없다.

 2)고유번호신청 및 고유번호증

  가)처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 청구종중은 2011.6.15. ○○세무서에 사업자등록신청서(개인사업자용, 법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)를 작성, 구비 서류와 함께 제출하였다.

  <그림> 사업자등록신청서(2011.6.15.)(생략)

  나)청구종중이 2011.6.20. 당시 관할서인 ○○세무서로부터 고유번호증(고유번호 ***-80-*****)은 다음과 같다.

  <그림>고유번호증(2011.6.20.)(생략)

 3)쟁점토지 매매계약

  가)청구종중은 쟁점토지를 2009.8.10. 취득한 후, 2018.7.11. 매수인과 매매계약을 체결(매매대금 208,320,000원)하였고, 매매대금 중 계약금 41,664,000원은 계약 시, 잔금 166,656,000원은 2018.12.27. 지급받기로 하였으며, 특약사항으로 ‘발전소, 개발행위 인․허가 불가 시 위약금 없이 전액 환불하고 본 계약은 해지한다’고 약정하였다.

  <그림> 쟁점토지 매매계약서(2018.7.11.)(생략)

  나)청구종중은 2018.7.25. 매수인과 쟁점토지 매매변경계약서를 작성한바, 매매대금의 변동 없이 2018.7.26. 중도금 66,656,000원을 지급받는 동시에 매수인 명의로 소유권 이전등기를 하고, 잔금 100,000,000원에 대해서는 매수인이 청구종중에게 근저당권 설정 등기를 해주기로 하였다.

  <그림> 쟁점토지 매매변경계약서(2018.7.25.)(생략)

 4)쟁점토지 등기사항전부증명서

  쟁점토지의 등기부등본에 따르면, 쟁점토지는 2018.7.27. 청구종중에서 매수인으로 소유권 이전되었고, 2018.8.29. 쟁점토지에 채권최고액을 100,000,000원으로, 근저당권자를 ○○으로 하는 근저당권이 설정되었다.

  <그림> 양도토지 등기사항전부증명서 중 일부(생략)

 5)매매 잔금지급 독촉

  청구종중은 매수인이 쟁점토지의 매매잔금을 지급하지 않자, 2019.7.22. 쟁점토지 매매잔금 지급 이행을 독촉하는 내용증명을 매수인에게 발송하였고, 그 내용은 다음과 같다.

  <그림> 통고서(청구종중→매수인, 2019.7.22.)(생략)

 6)실거래가 허위신고 자진신고

  청구종중은 2019.8. ○○군수에게 실거래가 허위신고 위반에 대하여 자진신고하였고, 그 신고내용은 다음과 같다.

  <그림> 자진신고서 중 발췌(생략)

 7)매매대금반환 청구의 소

  매수인(원고)은 청구종중(피고)을 상대로 쟁점토지 매매대금으로 지급한 계약금 및 중도금 108,320,000원을 반환하라는 취지로 2019.11.15.○○지방법원에 매매대금반환 청구의 소를 제기하였고, 그 주요 내용은 다음과 같다.

  <그림> 매수인의 소장 주요 내용(2019.11.15.)(생략)

 8)청구종중 제시 사례

 청구종중은 처분청 의견에 대한 항변에서, 종중을 법인으로 보는 단체로 본다는 것은 일반화되어 있다면서, 법인세로 과세한 일례로 ‘○○○씨○○○파**대○○의*대종손○○,○○,○○ 종중’에 대한 2020년 법인세 중간예납 신고 안내문을 제출한바, 국세청 전산시스템(NTIS)상 동 종중은 2018.3. 당시 관할서인 ○○세무서에 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’ 및 구비서류를 제출하여 고유번호증(***-82-*****)을 교부받은 것으로 확인된다.

라. 판단

 1)청구종중을 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점토지 양도차익에 대해 법인세로 결정할 수 있는지

  가) 관련 법리

  ｢국세기본법｣ 제13조 제2항은 법인 아닌 단체 중 ① 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것, ② 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유・관리할 것, ③ 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 ｢국세기본법｣과 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

  나)청구종중을 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점토지 양도차익에 대해 법인세로 결정할 수 있는지에 대한 판단

   (1)위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 청구종중을 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점토지 양도차익에 대해 법인세로 결정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

    ①종중이 법인으로 보는 단체로서 세법을 적용받기 위해서는 ｢국세기본법｣ 제13조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖추어 관할 세무서장에게 신청 및 승인을 받아야 하나 청구종중은 2011.6.15. 사업자등록신청서(개인사업자용, 법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서) 서식을 작성 제출하였고, 이후에도 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 사실이 없다.

   ②청구종중은 2015년과 2017년에도 부동산을 양도하면서 해당 부동산의 양도에 대하여 1거주자로 보아 양도소득세를 신고한 사실이 있을 뿐 아니라, 청구종중이 종중을 법인으로 보는 단체로 본다는 것은 일반화되어 있다면서 종중에 대해 법인세로 과세한 일례로 제시한 종중도 관할세무서에 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’ 및 구비서류를 제출하여 고유번호증(***-82-*****)을 교부받은 것으로 확인된다.

  (2)따라서, 처분청이 청구종중을 1거주자로 보아 쟁점토지 양도차익에 대해 양도소득세를 고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 2)쟁점토지 매매대금 중 청구종중이 수령한 쟁점대금을 양도가액으로 볼 수 있는지

  가) 관련 법리

   구 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항에 의하면, 토지의 양도로 인한 양도소득의 총수입금액(이하 ’양도가액’이라 한다)은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 ’실지거래가액’이라 한다)에 의한다고 규정하고 있고, 양도가액을 실지거래가액에 따라 계산하는 경우 양도차액의 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다고 할 것이다(대법원 2007.4.26. 선고 2006두7171 판결 등 참조)

  나)쟁점토지 매매대금 중 청구종중이 수령한 쟁점대금을 양도가액으로 볼 수 있는지에 대한 판단

   (1)위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 쟁점토지 매매대금 중 청구종중이 수령한 쟁점대금을 양도가액으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

    ①양도대상 물건의 양도가액은 양도대금 수령 여부와 관계없이 거래 당시에 실제 약정된 양도금액 전부로 보야야 하고, 청구종중이 지급받지 못한 매매잔금에 대해서는 쟁점토지에 근저당권이 설정되어 있을 뿐 아니라, 채권의 형태로 청구종중의 권리가 존속하고 있으므로 실제로 지급받은 쟁점대금만을 양도가액으로 볼 수 없다.

    ②청구종중은 매수인과 쟁점토지 매매대금 반환 청구의 소가 진행 중에 있으므로 쟁점대금을 쟁점토지 양도가액으로 보아야 한다고 주장하나, 판결에 의해 확정된 소송이 아닌 진행 중인 소송을 이유로 실제로 지급받은 쟁점대금만을 쟁점토지의 양도가액으로 볼 수 있는 법적 근거가 없다.

   (2)따라서, 처분청이 쟁점토지 매매계약서상 매매대금을 쟁점토지 양도가액으로 보아 청구종중에게 양도소득세를 고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.