주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인의 자녀 2명(홍일동, 홍이동)은 1996.11.4. 서울 ○○구 ○○동 494 AAA아파트 제30동 제109호를 상속으로 취득(청구인 지분 3/7, 자녀 각 2/7)하였고, 동 주택은 재건축되어 2017.4.14. 서울 ○○구 ○○동 688 외2 BBB 308동 1303호(이하 “쟁점주택”이라 한다)로 바뀌었다.

     청구인과 자녀들은 2019.4.11. 쟁점주택을 865,000,000원에 양도하고, 청구인 세대가 3주택인 상태에서 쟁점주택을 양도하였다 하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(기본세율+20%)을 적용하여 2019.6.27. 양도소득세 174,992,800원을 신고․납부하였다.

    한편, 쟁점주택 양도(2019.4.11.) 전후 청구인 세대[청구인, 자 홍일동, 자부 김며느리]는 ○○○○시 ○○동 648 CCC 제109동 제1103호(이하 “제2주택”이라 한다)와 ○○도○○시 ○○동 644 DDD 제1106동 제1801호(이하 “제3주택”이라 한다)를 보유하고 있었던바, 그 당시 주택보유 현황은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점주택 양도 당시 보유주택 현황

나. 청구인은 비록 일시적(15일간)으로 3주택을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도하였으나 3주택의 보유과정에 투기성이 없으므로 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소득세 105,439,741원을 감액․경정하여 달라는 취지로 2019.9.2. 경정청구하였으나, 처분청은 2019.10.15. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구인이 상속으로 취득한 쟁점주택을 양도한 것이어서 투기목적이 아니므로 쟁점주택 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하고, 중과세율이 아닌 일반 양도세율을 적용하여 양도소득세를 과세함이 타당하다.

  현재「소득세법」은 3주택자가 조정지역의 주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율을 적용하고 있는바, 이러한 규정의 입법 취지는 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위함에 있다(대법원 2009.12.24. 선고 2009두13788 판결 참조).

  따라서 청구인은 상속받은 쟁점주택을 양도하는 과정에서 일시적 15일간 3주택자인 상태였으나 투기목적이 없었으므로 입법 취지에 따라 장기보유특별공제를 적용하고, 중과세율이 아닌 일반 양도세율을 적용하여 이 건 양도소득세는 감액․경정되어야 한다.

3. 처분청 의견

청구인은 3주택을 보유하는 과정에서 부동산 투기의 의도가 없었고, 일시적으로 3주택인 된 사정을 들어 쟁점주택 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하고, 일반 양도세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 「소득세법」제95조 제2항에 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에는 이러한 주택을 양도하는 경우의 세율은 기본세율에 20%를 더한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 이러한 법 적용에는 예외 규정이 없으므로 이 건 부과처분은 적법하다.

  조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하므로(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 참조), 청구인이 1세대 3주택인 상태에서 쟁점주택을 양도한 사실에 다툼이 없는 이 건에서 「소득세법」상 명확하게 규정되어 있는 법문대로 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 적법․타당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점주택 양도일 현재 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 경정청구를 거분한 처분의 당부

나. 관련 법령

1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

    나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 1-1) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

  ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

 1-2) 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

  ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.(후단 생략)

  ② 상속받은 주택[법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 생략)

 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 3) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

  자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

 3-1) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

  ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

   1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

   2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

 4) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

  ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

   1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

   　제55조 제1항에 따른 세율

  ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

   1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

   2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

   3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4-1) 소득세법 제55조 【세율】

  ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

 4-2) 소득세법 제104조의2 【지정지역의 운영】

  ① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

  ② 제104조 제4항 제3호에서 "지정지역에 있는 부동산"이란 제1항에 따른 지정지역에 있는 부동산 중 대통령령으로 정하는 부동산을 말한다.

 4-3) 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

  ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

   1. 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」제6조 제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다. 사실관계

1) 다툼이 없는 사실관계

  가) 청구인 세대의 보유주택 현황

   (1) 부동산등기사항전부증명서 및 매매계약서 등에 의하면, 청구인은 1996.11.4. 상속으로 아파트 지분(3/7)을 취득하고 2017.4.14. 재건축을 통하여 쟁점주택을 취득하고, 청구인의 자부 김며느리는 2017.2.10. 추가로 제2주택을 취득하였으며, 2019.3.27.에는 제3주택을 취득한 뒤 그 취득일로부터 15일이 지난 2019.4.11. 쟁점주택을 양도한 것으로 나타나며, 쟁점주택 양도 당시 청구인 세대가 보유한 주택을 요약하면 다음 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점주택 양도 당시 보유주택 현황

   (2) 청구인 세대가 3주택을 보유하게 된 이유는 ① 2주택(쟁점주택, 제2주택)을 보유하고 있던 상태에서 2019.1.23. 제3주택을 취득하는 분양계약을 체결하고, ② 2019.2.13. 제2주택을 양도하는 계약을 체결하였고, ③ 그다음 2019.2.21. 쟁점주택을 양도하는 계약을 체결하였다. 신규로 입주하는 제3주택을 2019.3.27. 취득한 이후 쟁점주택 및 제2주택이 각 매도계약서상 잔금일자대로 계약이 이행됨으로써 쟁점주택은 3주택인 상태에서의 양도한 주택이 된 것으로 나타난다. 그리고 이들 주택의 양도시기(이 건의 경우 잔금청산일)가 부득이한 사유로 연기되거나 당겨가지는 등 변동된 사실은 없는 것으로 나타난다.

  나) 청구인 세대가 일시적으로 3주택을 보유(2019.3.27.～2019.4.11.)하게 된 내역을 날짜순으로 정리하면 다음과 같다.

  다) 청구인이 쟁점주택 양도에 대하여 기본세율(40% 누진세율)에 20% 포인트를 가산한 세율을 적용하여 양도소득세를 신고한 내역과 청구인이 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 경정청구한 내역은 다음 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점주택 양도에 따른 신고 및 경정청구 내역

  라) 국토교통부 공고 제2017-1305호(2017.9.6.)에 따라 쟁점주택이 소재한 서울 ○○구는 2017.9.6.부터 현재까지 조정대상지역으로 지정된 것으로 나타난다.

 2) 청구인이 3주택을 보유하게 된 이유에 관한 항변

  가) 쟁점주택의 이용 현황

    쟁점주택은 청구인과 두 자녀(홍일동, 홍이동)가 법정 상속지분대로 취득한 상속주택으로써 재건축 이후 차남 홍이동이 계속하여 거주하여 오다가, 손자녀의 취학때문에 매도하게 되었다.

  나) 제2주택을 양도하고 제3주택을 취득한 경위

    제2주택은 장남 홍일동이 배우자와 두 자녀(2015년생 남, 2018년생, 여), 그리고 청구인을 모시고 살다가 손자녀들의 성장으로 큰 집이 필요하여 같은 동네에 소재하고 있는 제3주택을 취득한 것이고, 현재는 1주택자이다.

    청구인 세대가 보유한 주택은 모두 가족들의 거주목적으로 사용되었지 타인에게 임대하는 용도로 사용한 사실이 없고, 투기목적으로 취득한 사실도 없다. 따라서 세법을 문리적으로 해석하는 대신 경제행위의 실질에 따라 합목적적으로 해석하여 이 건 쟁점주택 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하고 일반세율로 과세하는 것이 다주택자의 양도소득에 대하여 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하는 한편 부동산 투기를 차단하기 위하여 양도소득세를 중과세하는 「소득세법」의 입법 취지에도 부합한다.

라. 판단

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

 1) 관련 법리

    「소득세법」제95조 제2항은 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에는 이러한 주택을 양도하는 경우의 세율은 기본세율에 20%를 더한 세율을 적용한다고 규정하고 있다. 그리고 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 하겠다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

 2) 처분청이 쟁점주택 양도일 현재 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 경정청구를 거분한 것이 적법한지 여부

    청구인은 상속받은 쟁점주택을 양도하는 과정에서 일시적 15일간 3주택자인 상태였으나 투기목적이 없었으므로 다주택자의 양도소득을 중과세하려는 「소득세법」입법 취지에 따라 장기보유특별공제를 적용하고, 중과세율이 아닌 일반 양도세율을 적용한 청구인의 경정청구를 처분청이 인용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 사실은 명백하고, 투기 목적이 없었다거나 일시적으로 3주택에 해당한다고 하여 1세대 3주택자의 양도소득세 중과세 규정 적용을 배제하라는 명문 규정이 없는 점, 청구인이 쟁점주택 양도에 대한 매매계약서, 제2주택 양도 및 제3주택 취득에 대한 매매계약서를 각 작성한 후 부득이한 사정으로 각 계약의 잔금일 등을 변경하게 되어 예기치 못하게 1세대 3주택에 해당하게 되었다는 등의 특별한 사정이 없는 점, 청구인과 마찬가지로 쟁점주택의 지분을 보유하고 있는 자녀 홍일동(지분율 2/7) 역시 이 건과 동일한 취지로 심판청구를 제기하였으나 기각결정(조심2020중***, 2020.*.*.)된 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.