주 문

○○세무서장이 2020. 8. 5. 청구인에게 한 2019년 과세연도 양도소득세 000원의 부과처분은 이를 취소합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 청구인은 2012. 11. 20. ○○ ○○구 ○○가 000 ○○아파트 000동 000호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인의 부친인 강AA는 2018. 7. 2. 사망하였고, 청구인을 포함한 상속인들은 상속재산분할 협의를 통하여 강AA 소유의 아래 표 기재 각 부동산(이하 통틀어 “쟁점 상속 부동산”이라 하고, 개별 부동산은 아래 표 약칭란에 기재된 대로 특정한다)을 상속하였다. 쟁점 상속 부동산, 피상속인 강AA의 취득일 및 취득원인, 상속인별 지분 등은 아래 표 기재와 같다.

다. 청구인과 공동상속인들은 2019. 3. 3. ZZ동 다세대주택을 양도하기로 하는 계약을 체결하였고, 청구인은 2019. 6. 3. 양수인에게 위 주택 중 1/3에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다. 청구인은 2019. 8. 29. ○○세무서장에게 위 주택 양도에 따른 양도소득세 000원을 예정신고 하였다.

라. 청구인은 2019. 8. 17. 조EE에게 쟁점주택을 8억 6,000만 원에 매매하기로 약정하고 2019. 10. 21. 위 양수인 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

청구인은 2019. 12. 24. 처분청에 쟁점주택 양도소득에 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 2020. 5. 25.부터 2020. 6. 13.까지 쟁점주택 양도소득세 실지조사를 한 결과 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당하지 아니한다고 보고 2020. 8. 1. 청구인에 대하여 2019년 과세연도 양도소득세 000원을 경정·고지하여 그 고지서가 2020. 8. 5. 송달되었다.

마. 청구인은 2020. 10. 21. 처분청에 이의신청을 하였으나 2020. 12. 9. 기각되었고, 이에 불복하여 2021. 3. 5. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

쟁점주택 양도 당시 청구인 소유인지 여부가 문제되는 주택은 쟁점주택, XX동 아파트, YY동 오피스텔이다. 그런데 XX동 아파트는 선순위 상속주택으로 모친이 그 주택을 소유한 것으로 보고 청구인의 주택으로 보지 아니하며(「소득세법 시행령」 제155조 제2항, 제3항), YY동 오피스텔은 청구인이 쟁점주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 취득하였다가 해당 오피스텔 취득일로부터 다시 3년 이내에 쟁점주택을 양도하여 일시적 2주택의 양도에 해당하므로(「소득세법 시행령」 제155조 제1항), 쟁점주택은 1세대 1주택으로 보아 양도소득세가 비과세 되어야 한다.

3. 처분청 의견

「소득세법 시행령」 제155조 제3항이 규정한 공동상속주택의 소수지분권자에 대한 특례는 공동상속주택이 1주택인 경우에 적용되는 규정이다. 그런데 청구인은 쟁점주택 양도 당시 공동상속주택으로 XX동 아파트와 YY동 오피스텔의 각 1/3 지분을 보유한 상태였으므로 「소득세법 시행령」 제154조의2에 따라 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보아야 한다.

따라서 쟁점주택은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례의 적용 대상이 될 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것))

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(괄호 생략)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

    나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 1-1) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. (단서 생략)

  ⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

 1-2) 소득세법 시행령 제154조의2【공동소유주택의 주택 수 계산】

  1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다.

 1-3) 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것)

  ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(괄호 생략)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[괄호 생략]에 종전의 주택을 양도하는 경우(괄호 생략)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. (후문 생략)

  ② 상속받은 주택[중략, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, (중략) 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(괄호 생략)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항제1호 및 제156조의2제7항제1호에서 같다).

   1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

   2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

   3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

   4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

  ③ 제154조제1항을 적용할 때 공동상속주택(상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다) 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

   1. 당해 주택에 거주하는 자

   2. 삭제 <2008.2.22>

   3. 최연장자

다. 사실관계

 1) 기초사실

  가) 청구인의 부동산 양도와 양도소득세 신고

   (1) 청구인은 공동상속인(모친 이CC, 형제 강DD)과 함께 2019. 6. 3. ZZ동 다세대주택을 양도(청구인 지분 1/3)하고 2019. 8. 29. ○○세무서장에게 위 지분 양도에 따른 양도소득세 000원을 예정신고 하였다.

   (2) 청구인은 2012. 11. 20. 취득한 쟁점주택을 2019. 8. 17. 조EE에게 8억 6,000만 원에 매매하기로 하는 계약을 체결하였고, 2019. 10. 21. 위 양수인 명의로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

   청구인은 ① 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 나목, 「소득세법 시행령」 제154조 제11항, 제155조 제3항 및 같은 조 제2항 단서 규정에 따라 XX동 아파트는 최연장자인 모친의 소유주택으로 보고 ② YY동 오피스텔은 상업용으로 사용되어 주택에 해당하지 아니한다고 판단하였고, 2019. 12. 24. 처분청에 쟁점주택 양도에 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

  나) 양도소득세 조사와 경정·고지

   처분청은 2020. 5. 25.부터 2020. 6. 13.까지 쟁점주택 양도소득세 실지조사를 한 결과, ① 「소득세법 시행령」 제155조 제3항이 규정한 공동상속주택의 소수지분권자에 대한 특례는 공동상속주택이 1주택인 경우에 적용되는 규정이지만 ② 청구인은 2018. 7. 2. 피상속인으로부터 상속받은 2채의 공동상속주택 소수지분을 보유하고 있어 「소득세법 시행령」 제154조의2에 따라 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보아야 하므로, ③ 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당하지 않아 그 양도소득이 과세대상이라고 파악하였다.

   이에 따라 처분청은 2020. 8. 1. 청구인에 대하여 2019년 과세연도 양도소득세 000원을 경정·고지하였고, 고지서가 2020. 8. 5. 송달되었다.

  다) 이의신청 결과

   청구인은 위 처분에 불복하여 2020. 10. 21. 처분청에 이의신청을 하면서 YY동 오피스텔 임차인은 청구인의 쟁점주택 양도 당시 위 오피스텔을 부동산 사무실로 사용하고 있었으므로 이를 주택 수에 포함할 수 없는 바, 쟁점주택 양도소득에는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례가 적용되어야 한다고 주장하였다.

   처분청은 2020. 12. 9. 이의신청 기각결정을 하면서, 그 근거로 ① 피상속인이 YY동 오피스텔을 취득할 때부터 구청에 주택임대사업등록과 세무서에 주택임대 면세사업자등록을 하고 쟁점주택 양도일 현재의 임차인과 임대차계약을 체결하였으며 청구인을 비롯한 공동상속인은 이를 그대로 승계한 점, ② YY동 오피스텔 임차인의 사업자등록이 없고 근로소득 외 사업소득이 전혀 발생하지 않은 점, ③ YY동 오피스텔은 주거용으로 사용하기에 적합한 내부시설을 갖추고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있는 점 등을 들었다.

  라) 다툼 없는 사실

   (1) 청구인은 2020. 12. 14. 이의신청 기각결정서를 송달받고 2021. 3. 5. 본 건 심사청구를 하면서는 YY동 오피스텔이 주택에 해당하는 것에 대하여는 더 이상 다투지 않으나, 청구인이 종전주택(쟁점주택)을 취득(2012. 11. 20.)한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택(YY동 오피스텔)을 취득(2018. 7. 2.)하여 일시적으로 2주택이 되었다가 신규주택(YY동 오피스텔)을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택(쟁점주택)을 양도(2019. 10. 21.)하였으므로 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에 따라 쟁점주택을 1세대 1주택으로 보아야 한다고 주장한다.

   (2) 청구인은 2018. 7. 2. 피상속인의 상속개시 당시 피상속인과 주민등록지가 동일하였으나, 처분청은 청구인이 미국에서 공인회계사 시험을 치르고 그곳에 정착할 목적으로 출국하였다가 부친의 임종을 지키기 위하여 입국한 것이라고 인정하였고, 청구인이 사실상 피상속인과 별도 세대를 구성하였다는 데에 다툼이 없다.

 2) 청구인 세부주장 및 제출증빙

  XX동 아파트는 선순위 상속주택으로 모친의 소유이지 청구인의 주택으로 보지 아니하고 YY동 오피스텔은 일시적 2주택 특례의 신규주택으로서, 쟁점주택 양도는 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상이다.

  가) 「소득세법 시행령」 제155조 제3항 본문에 의하면 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니하고, 여기에서 공동상속주택은 1주택을 말하며 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 위 시행령 제155조 제2항 단서에 따라 ① 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택, ② 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택, ③ 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택, ④ 기준시가가 가장 높은 1주택, ⑤ 상속인이 선택하는 1주택의 순위에 따른 1주택을 말한다고 규정하고 있다.

  공동상속주택 중 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택은 XX동 아파트이다(위 제155조 제2항 단서 제1호).

  나) 「소득세법 시행령」 제155조 제3항 단서는 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다고 규정하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 ① 당해 주택에 거주하는 자, ② 최연장자의 순서로 소유자를 결정한다.

  공동상속인의 XX동 아파트 소유지분은 1/3로 동일하고 당해 주택에 거주하면서 최연장자인 사람은 모친 이CC이므로, XX동 아파트는 이CC의 소유이며 청구인의 주택 수에 산입하지 아니한다.

  다) YY동 오피스텔은 「소득세법 시행령」 제155조 제3항이 정하는 공동상속주택으로서 청구인의 주택으로 보지 아니하는 주택에 해당하지는 않지만, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 일시적 2주택 특례에 따라 쟁점주택은 1세대 1주택이 된다.

 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 전문은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(종전의 주택)을 양도하기 전에 다른 주택(신규 주택)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다고 규정하였다.

  청구인은 국내에 쟁점주택 1채만을 소유하고 있다가 그 주택을 양도하기 전 상속으로 YY동 오피스텔을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 되었으나, 쟁점주택을 취득한 날(2012. 11. 20.)부터 1년 이상이 지난 후 상속주택을 취득(2018. 7. 2.)하였고 상속주택을 취득한 날부터 3년 이내에 쟁점주택을 양도(2019. 10. 21.)하였으므로, 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당한다.

 3) 처분청 세부주장 및 제출증빙

  피상속인이 상속개시당시 2이상의 주택을 소유한 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조 제2항 단서 각 호의 순서에 따른 1주택(선순위 상속주택)을 공동으로 소유한 경우에만 일반주택을 양도할 때 비과세 되므로, 쟁점주택 양도는 비과세 대상이 아니다.

  가) 국세청은 「소득세법 시행령」 제155조 제3항 공동상속주택의 소수지분자에 대한 특례 규정 적용 시 일반주택 1채와 공동으로 상속받은 주택 2채를 보유하다 일반주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 없는 것이라는 해석(상담4팀-813, 2008.3.27., 부동산거래관리과-0155, 2011.2.18. 등 다수)을 운영하여 왔다.

 「소득세법 시행령」이 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되면서 제155조 제3항은 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 선순위 상속주택을 공동으로 소유한 경우에만 일반주택을 양도할 때 소득세 비과세 대상이 된다고 규정하였다.

  나) 청구인은 XX동 아파트, YY동 오피스텔, ZZ동 다세대주택의 각 1/3 지분을 상속받아 2채 이상의 공동상속주택을 소유하고 있었으므로, 청구인이 쟁점주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 없다.

라. 판단

 1) 관련법리

  공동상속주택이 있는 경우 우선 「소득세법 시행령」 제155조 제3항에 따라 그 공동상속주택을 해당 거주자의 주택으로 볼 수 있는지를 판단한 후, 「소득세법 시행령」 제155조 제1, 2, 4 내지 6항의 각 특례에 해당되어 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용할 수 있는지를 판단하면 충분하다. 「소득세법 시행령」 제155조 제3항이 2017. 2. 3. 개정되어 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 공동상속주택을 소유한 경우에는 선순위 공동상속주택 1채에 대하여만 위 소유자 판정 기준이 적용되게 되었다고 하더라도, 이는 위 1채를 제외한 나머지 공동상속주택에 대하여 「소득세법 시행령」 제154조의2가 적용되어 위 공동상속주택을 각 상속인들의 소유로 본다는 의미에 불과하다(대법원 2020. 11. 12. 선고 2020두46042 판결 참조).

 2) 쟁점주택 양도소득이 비과세 대상인지 여부에 대한 판단

  다음과 같은 사정에 따르면 쟁점주택 양도소득에 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 적용을 배제한 양도소득세 부과처분은 위법하다.

  가) 「소득세법 시행령」 제154조의2는 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다고 정하였고, 제155조 제3항 본문은 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다고 정하면서, 그 공동상속주택은 1주택으로 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 제2항 각 호에 의해 피상속인의 소유기간, 거주기간, 기준시가의 순위에 따른 1주택을 말한다고 규정하였다. 위 규정에 의하면 공동상속주택 중 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 선순위 상속주택은 XX동 아파트이다.

  그런데 「소득세법 시행령」 제155조 제3항 단서는 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다고 하고, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 당해 주택 거주자, 최연장자의 순서에 따라 주택 소유자로 의제하는 사람을 결정한다. XX동 아파트는 청구인과 모친 이CC, 남동생 강DD이 각 1/3 지분씩 상속받았고 해당 주택에 거주하면서 최연장자인 사람은 이CC이므로, XX동 아파트는 이CC 소유로 보아야 하고 청구인의 주택으로 보지 아니한다.

  선순위 상속주택인 XX동 아파트를 제외한 나머지 소수지분 보유주택인 YY동 오피스텔은 「소득세법 시행령」 제155조 제3항이 정하는 공동상속주택으로서 청구인의 주택으로 보지 아니하는 주택에 해당하지 않고, 「소득세법 시행령」 제154조의2의 원칙으로 돌아가 YY동 오피스텔은 청구인의 소유 주택으로 본다.

  나) 한편, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 전문에 의하면 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(종전의 주택)을 양도하기 전에 다른 주택(신규 주택)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이때 상속받은 주택을 소유하고 있는 경우에도 일반주택 양도시 일시적 2주택 비과세 특례를 적용받을 수 있다(부동산거래관리과-373, 2012.7.16.).

  청구인은 국내에 쟁점주택 1채만을 소유하고 있다가 2019. 10. 21. 그 주택을 양도하기 전인 2018. 7. 2. 상속으로 YY동 오피스텔을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 되었으나, ① 쟁점주택을 취득한 날(2012. 11. 20.)부터 1년 이상이 지난 후 상속주택을 취득(2018. 7. 2.)하였고 ② 상속주택을 취득한 날부터 3년 이내에 쟁점주택을 양도(2019. 10. 21.)하였으므로, 쟁점주택은 1세대 1주택에 해당하고 그 양도소득에는 비과세 특례가 적용된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.