주 문

○○세무서장이 2021.4.6. 청구법인에게 법인세 000,702,180원(2013년 사업연도 000,951,300원, 2014년 사업연도 000,286,080원, 2015년 사업연도 000,313,760원, 2016년 사업연도 000,151,040원)과 법인(원천)세 000,993,100원(2013년 사업연도 000,720,980원, 2014년 사업연도 000,961,810원, 2015년 사업연도 000,030,030원, 2016년 사업연도 000,280,280원) 합계 000,695,280원을 과세한다는 과세예고통지는

납골당 분양사업의 전반적인 운영내용, 분양수입금액 관리ㆍ지배여부[청구법인의 감원인 AAA(○○○)의 0,061백만원 횡령부분을 포함한다]에 대한 금융조사 등을 통해 쟁점수익사업 소득의 실질 귀속자가 누구인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 실질 귀속자에게 법인세 과세표준과 세액을 다시 통지합니다.

이 유

1. 처분개요(사실관계 및 통지내용)

가. 대한불교조계종 총무원 산하에는 전국 ○○○개의 교구본사가 있는데, BBB는 대한불교조계종 제○○교구의 교구본사 사찰(이하 “BBB”라 한다)로서 ○○○ 종교의 보급 기타 교화사업을 목적으로 설립되었다.

나. 청구법인은 BBB 소속 승려였던 AAA(○○○, BBB 소속승려로 BBB의 제○○○대 주지 및 청구법인의 감원(관리책임자, 대표)을 역임하였다)와 BBB 간의 합의 등에 따라 불교 관련 복지사업 등을 위해 2005.10.7. BBB 산하 ‘산내암자’로 등록된 비영리단체이다.

 - 주식회사 CCC(이하 “CCC”이라 한다)은 청구법인의 암자와 DDD을 건립하여 납골당 사업을 청구법인과 공동으로 추진하기 위해 설립한 투자법인으로「사회복지법」에 의한 사회복지사업 등을 목적으로 하고 있다.

다. 청구법인은 BBB가 BBB 소유의 ○○○(종교용지 9,957㎡, 이하 “쟁점사찰부지”라 한다)를 CCC에게 무상임대한 후 CCC의 자금으로 2004.10.22. 청구법인 사찰을 건립(신축)하여 2005.10.7. 청구법인 사찰 건물을 BBB 명의(대표자 EEE)로 소유권보존등기 하였다.

라. 납골당 분양 및 관련사업에 대한 청구법인과 CCC의 사업추진내용

 1) AAA(○○○)와 CCC은 2003.11. BBB 소유 쟁점사찰부지(○○○에서 분할) 등에 CCC 자금 등으로 청구법인 사찰 건물과 납골당 건물을 신축한 후, 납골당 분양 등에서 수입이 발생할 경우 사찰건립과 추모시설(납골당) 신축에 을(CCC)이 투자한 금액과 소요비용에 우선 충당하고 남는 금액을 이익금으로 하여 배분(청구법인 30%, CCC : 40%, 적립금 : 30%)하기로 하는 내용의 이행합의서(이하 “2003년 이행합의서”라 하고, 2003년 이행합의서에 따라 추진하는 사업일체를 “납골당 분양 및 관련사업”이라 하고, 이 중 법인세가 과세되는 사업을 “쟁점수익사업”이라 한다)를 작성하였다.

 2) BBB는 2004.8.11. 종무회의를 통해 청구법인에 대한 산내암자 등록을 결의하였으며, AAA(○○○)는 2004.9.22. BBB 주지로부터 청구법인의 대표자(감원)로 선임되었고, CCC과 청구법인은 2005.4.4. 납골당 분양 및 관련사업 위탁관리 이행합의서를 작성하였다가 2005.6.8. ‘분양대금의 분배, 분양대금 관리 등’에 대한 추가합의서를 작성하였다.

 3) 이후 2004.10.22. 쟁점사찰부지 상에 사찰건물을, 2015.12.12. CCC 소유 ○○○(종교용지 6,543㎡, 이하 “납골당 부지”라 한다) 상에 납골당(봉안당, 사찰) 건물(이하 “DDD”이라 한다)을 각각 완공하였으며, DDD 건물을 청구법인[대표자 AAA(○○○)] 명의로 소유권보존 등기하였다.

 4) BBB의 산내암자인 청구법인은 2005.1.11. 2004.9.22.을 개업일로 하여 종교의 보급 기타 교화사업을 목적으로 BBB의 지점으로 사업자등록을 하였으며(○○○ 결정에 따라 2021.3.22. 본점으로 직권등록되었다), 2005.12.15. 쟁점사찰부지를 사업장으로 하여 묘지관리, 장의용품․불교용품 판매(납골당 분양 및 관련사업)에 관한 사업자등록을 하여 수익사업을 개시(납골당 분양사업 시행)하였고, 쟁점수익사업(납골당 분양 및 수의 판매)에서 발생된 소득에 대해 BBB 명의로 법인세 신고를 하였다.

 5) DDD의 추모시설 임대분양금액에서 발생하는 이익금은 청구법인 30%, CCC 40%, 적립금(CCC이 관리함) 30%씩 분배하고, 분양대행 수수료율은 최종 소비자 분양가의 50%로 하며 납골당 분양사업 일체를 CCC에게 위탁관리하게 하고 분양 완료 후에도 CCC이 계속 관리하였다(청구법인과 CCC 간에 작성한 이행합의서 등 참조).

 6) 그러나, BBB는 2016.6.7. FFF(○○○)를 청구법인의 사찰관리인으로 임명한 후, 2016.7.25. CCC의 청구법인 운영권(납골당 분양사업 운영권)을 박탈하면서 운영서류 일체를 인계받는 ‘검수인계’를 실시하였고, CCC은 제소하였으나, 대법원 확정판결로 청구법인의 납골당 분양 및 관련사업에서 완전 배제되었다.(생략)

마. 이 건 과세예고통지에 이르게 된 경위

 1) 조사청은 CCC에 대해 2018.3.29.부터 2018.6.15.까지 2013년부터 2016년까지 사업연도 법인세 통합조사를 실시하면서 BBB를 관련인으로 선정하여 조사하였다.

 2) 당시 청구법인은 BBB의 지점법인으로 사업자등록이 되어 있었고, 청구법인이 운영하는 납골당 분양 및 관련사업과 관련하여 매출신고누락, 수익사업과 종교사업 공통경비 안분계산 부적정으로 인한 비용 과다계상, 근로소득세 및 기타소득세 원천징수 누락분 등이 확인되어 조사청은 BBB에게 다음의 <표1>과 같이 2018.7.3. ○○○을 고지 및 소득금액변동통지 하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.(생략)

 3) BBB는 이에 불복하여 2018.8.6. 재결청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 재결청은 2018.9.6. 불채택 결정을 하였고, 처분청은 2018.10.5. BBB에게 법인세 등을 경정고지하였다.

 4) BBB는 2019.1.3. 조세심판원에 심판청구를 제기(○○○)하였으며, 조세심판원은 2021.2.19. 청구법인은 독립된 사찰로서 BBB와 독립된 별도의 납세의무자에 해당되므로 처분청이 BBB를 실사업자로 보아 법인세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단하고, 위 부과처분 중 BBB에게 한 2013년부터 2016년까지 사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분을 취소하라는 결정을 하여 처분청은 2021.3.11. 동 부과처분을 취소결정 하였다.

 5) (청구법인을 납세의무자로 하여 과세예고 통지) 조사청은 조세심판원의 심판결정(○○○, 2021.2.19.)에 따라, 쟁점수익사업의 실제 귀속자를 검토한 결과, 청구법인이 독립된 별도의 납세의무자로서 동 사업을 수행하였고, 실질 소득의 귀속 또한 청구법인으로 보아 2021.3.9. 청구법인의 납세지 관할세무서인 처분청에 관련 조사내용을 과세자료로 통보하였으며, 처분청은 2021.4.6. 청구법인에게 2013년부터 2016년까지 사업연도 법인세 ○○○원을 과세한다는 과세예고를 통지하였다.(생략)

바. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.4. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 본 사건과 관련된 계약서와 과세전적부심사청구 이전에 판결된 모든 판결문, 당사자 신문조서, 진술조서, 고소대리인 의견서 모두 실질사업자는 CCC으로 명시하고 있다.

 1) 청구법인과 CCC은 2003년 이후 이행합의서, 위탁관리 이행합의서, 추가합의서를 통해 ‘사찰의 준공 후 관리와 운영은 CCC이 책임 운영 및 후원하기로 한다.’, ‘분양대금에 대해서는 CCC이 그 수령, 보관, 지급, 분배 등 일체의 자금관리 권한을 가진다.’ 등의 내용을 명시하여 청구법인은 형식적인 사업자에 불과할 뿐, 명의와 달리 실질적으로 사업을 지배·관리하는 자는 CCC임을 알 수 있다.

 2) 또한, 청구법인과 CCC은 청구법인 사찰 건물과 추모시설(납골당, DDD)의 소유권 등과 관련하여 여러 건의 소송을 하였고, 그 판단내용 및 관련 진술, 신문조서 등 또한 실질사업자는 CCC이라는 점을 명백히 나타내고 있다. (생략)

나. 과세 쟁점기간(2013년～2016년)의 사업 운영권자는 CCC이고, 2018년 세무조사 당시 모든 업무는 CCC이 수행하고 있었으며, 청구법인은 사찰 건물에 출입도 못하는 상태였다.

 1) 2016.7.25. BBB는 CCC 대표이사 GGG에게 “청구법인의 운영권을 박탈하니, 청구법인 운영서류 일체를 인계하라” 통보하였고, 이에 대하여 CCC은 “HHH 운영권 박탈과 서류일체를 압류해간데 대한 법적근거를 제시 요구” 가처분을 청구하였는데, 법원은 ○○○지방법원 ○○○지원 ○○○ 직무집행정지가처분 결정을 통해 “CCC이 납골당 분양사업의 업무집행자 지위에서 사찰 및 납골당 건물에 출입하면서 납골당 분양 사업 운영에 필요한 업무 및 순수 종교사업에 해당하는 부분까지 집행할 권한이 있음”으로 결정하여, 2017.9.23. 이후 CCC이 청구법인의 모든 업무를 장악하고 있었는바, 2018년 세무조사 당시 청구법인의 모든 업무는 CCC이 수행하였고, 청구법인은 사찰 건물에 대한 출입이 불가능한 상태였다.

 2) 추가적으로 청구법인의 대표와 총괄실장이 청구법인 사찰건물에 출입한 것 등에 대하여 법원은 ○○○지방법원 ○○○지원 ○○○ 판결을 통해 이는 건조물침입에 해당하며, 청구법인 계좌의 금원을 청구법인 대표가 사용한 것은 업무상 횡령에 해당하고, CCC 직원의 사찰 건물 출입을 막은 것은 업무 방해에 해당한다고 판결하였다.

다. 처분청은 2008년 3월 DDD 운영 이행합의서(수정안)의 내용상 청구법인이 과세주체임을 주장하나, 위 문서는 기존의 이행합의서와는 달리 공증이 없고, CCC 측 소송대리인의 준비서면 주장을 통해 CCC과 청구법인 사이에 통정허위표시에 해당한다고 하여 소송당시 증거로 채택되지 않았다. 추가적으로 AAA(○○○)는 당사자 신문조서(○○○지방법원 ○○○지원 ○○○, 2017.6.15. 3차 변론기일)를 통해 청구법인 창건부터 사업이 강제로 종료될 때까지 사업의 주체가 CCC에서 청구법인으로 한 번도 바뀐 적이 없다고 진술한 바 있다.

라. AAA(○○○)는 2002.4.17. 주식회사 ○○(CCC의 이전 상호)를 설립할 당시 이사로 취임하였고, 2002.4.19. 대표이사로 취임하여 2003.4.11. 법인 상호를 CCC으로 변경하면서 대표이사직을 사임한 자로, 2014.8.～2016.1.까지 불법도박 사이트 범죄자금 세탁 관련 “범죄수익 은닉 및 수수죄”로 유죄확정판결을 받고, 1년 6개월 복역 후 현재 출소하였으며, 현재 조계종 종법으로 종단에 징계 회부되어 제적의 징계를 받은 자이다.

 그리고, 조계종 종법상으로 AAA(○○○)는 BBB 주지와 청구법인의 감원(대표)을 겸직할 수 없고(2008.8.12.～2012.4.22.) 청구법인의 감원(대표)을 사임(2012.4.22.)한 이후 청구법인의 감원(대표) 업무를 수행할 수 없으며, 감원(대표)직에서 사임한 AAA(○○○)는 청구법인을 대표하는 자가 아닌 CCC의 협력자로서의 개인이다.

마. [파기환송심, ○○○고등법원(○○○) ○○○, 방해배제청구소송 관련]

 1) 조사청은 파기환송심에서 CCC이 공동사업자로서 건물의 점유·사용에 관한 권리가 없음이 확인되었다고 주장하나, 파기환송심은 기존 판결 내용에 대한 최종판결이 아니라 대법원 판결 후 CCC이 동업계약에 기한 방해배제청구소송을 제기하여 새롭게 판결한 내용일 뿐이며, 그 내용도 CCC이 허가받은 안치기수를 초과하여, 납골당을 분양하였고, 앞으로도 안치기수나 관련법령에 비추어 CCC이 납골당에 대한 분양이라는 영업행위를 하기가 불가능할 것으로 보이니 방해배제청구도 받아들이지 못한다는 것이다.

 2) 더군다나 판결문을 살펴보면 ‘다음 사정들에 비추어 보면 원고는 이미 ○○○군수로부터 허가받은 안치기수를 초과하여 납골당을 분양하였고’ 라고 판시하여 CCC이 납골당을 초과 분양한 사실을 적시하고 있다.

3. 조사청 의견

가. 쟁점수익사업 소득의 주체는 청구법인이고 그 소득에 대한 납세의무자 또한 청구법인이다.

 1) 청구법인의 대표 AAA(○○○)가 청구한 심판청구(조심○○○)에 따라 조세심판원은 이미 다음과 같은 이유로 쟁점수익사업에서 발생된 소득의 납세의무자로 청구법인을 확정하였다.

  가) 청구법인은 납골당 건물을 소유하고, 자체적인 상당수의 신도를 보유하면서 운영위원회를 조직하는 등 독립한 사찰로서의 실체를 가지고 있어 독립된 납세의무자에 해당하고, 납골당 분양 및 관련사업의 경우 CCC과의 이행합의서상 당사자로서 청구법인의 대표가 참여하였고 제반 사업추진을 청구법인이 자체적으로 CCC과 협의하에 추진하였다.

  나) 그리고, 청구법인의 정관상 후임자가 취임할 때까지 감원(대표)인 AAA(○○○)가 그 직무를 수행하였고, 운영위원회 회의록에 의하면 AAA(○○○)는 감원 직무를 수행하면서 고액의 업무추진비를 지급받고 있었던 사실 등을 종합하면 2013년부터 2016년까지 청구법인의 감원(대표)은 AAA(○○○)이다.

  다) 2008.3. 체결된 이행합의서에 따라 청구법인의 권한과 책임 하에 일원화하여 운영하도록 하고 CCC이 감시하기로 한 사실, 납골당 운영에 따른 수익금은 우선적으로 운영관리비를 충당하도록 약정한 사실, 조사대상기간인 2013년부터 2016년 사이에 CCC이 청구법인으로부터 지급받은 금액 약 00억원은 신축시 지출된 공사대금을 회수한 수준으로 보이고 CCC에게 납골당 운영에 따른 수익을 배분된 사실이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점수익사업에서 발생된 소득의 납세의무자는 청구법인으로 봄이 타당하다.

 나. 청구법인과 CCC간 소유권보존등기 말소 등 청구소송관련 최종판결에서CCC은 허가받은 안치구수를 초과하여 납골당 분양한 시점에 이미 공동사업에 따른 납골당 분양계약이 완료되었으므로, CCC은 납골당 분양에 대한 법적 운영권(납골당 분양 및 관련사업에 대한 책임과 의무를 가진 실제 운영한 사업자가 아닌 위임받은 업무집행조합원 또는 공동사업자의 지위)은 조사대상기간 전에 이미 법적으로 소멸되었음이 확인되었고, 청구법인 사찰과 납골당(DDD)의 소유권은 BBB 및 청구법인에 있고, 운영권 또한 청구법인에 있으며, CCC은 운영을 통한 이익배분 권리가 없는 것으로 최종 판결된 점을 볼 때, 납골당(DDD)의 운영주체는 청구법인으로 보아야 한다.

다. 청구법인의 사업형태 및 사업관련 자료를 보더라도 쟁점수익사업의 주체는 청구법인이다.

 1) 납골당 분양 및 관련사업은 비영리사업이 동시에 발생하며 동 사업에서 발생된 수입으로 청구법인의 고유목적사업비 등에 사용하였고, 청구법인 직원들의 임명권은 청구법인의 대표(감원)에게 있으며, 청구법인과 JJJ의 불교문화홍보원 업무협약서, 안치단 사용약관, 관리이용 규칙, 봉안증명서 등 모든 대내·외적인 문서에 청구법인의 명의가 사용되었다.

 2) 또한, 청구법인의 종무원 현황내역에 따르면 GGG, KKK, LLL, MMM 등은 청구법인의 일반직 직원으로 근무한 것으로 확인되고, 일반직 직원들 급여명세서, 재직증명서 상 소속은 청구법인임이 명확히 확인된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ○ 쟁점수익사업 소득의 실질 귀속자가 주식회사 CCC이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

 2) 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체 등】

 ① 법인(「법인세법」제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2018.12.31>

 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

 2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

 ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. <개정 2010.12.27>

 1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

 2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

 3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

 ③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

 ④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. <개정 2010.12.27>

 3) 법인세법 제1조【정의】<2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것>

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2013.1.1>

 1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

 2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

 가. 「민법」제32조에 따라 설립된 법인

 나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

 다. 「국세기본법」제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

 4) 법인세법 제4조【실질과세】

 ① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

 ② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

 5) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. <개정 2014.12.23>

 1. 각 사업연도의 소득

 2. 청산소득(淸算所得)

 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

 4. 제56조에 따른 미환류소득

 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2013.1.1>

 1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

 3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

 6. 「소득세법」제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 5-1) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】<2016.11.29. 대통령령 제27619호로 개정되기 전의 것>

 ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. <개정 1999.12.31, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2008.6.5, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.12.8, 2012.2.2, 2012.8.3, 2013.2.15, 2013.6.28, 2014.3.24>

 7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역 중 「부가가치세법」제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

 5-2) 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 <2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것>

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2015.8.11., 2016.1.19>

 5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

 18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 5-3) 부가가치세법 시행령 제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】<2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정되기 전의 것>

 법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. <개정 2014.1.1, 2014.1.28, 2016.2.17, 2016.8.2>

 7. 「장사 등에 관한 법률」제14조 및 제15조에 따라 사설묘지, 사설화장시설 또는 사설봉안시설을 설치한 자가 제공하는 화장, 묘지분양 및 관리업 관련 용역

 5-4) 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

 법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다. <개정 2014.2.21, 2015.2.3>

 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

 6) 법인세법 제67조【소득처분】

 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 1. 제60조에 따른 신고

 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

 3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

 6-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

 ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2009.2.4, 2012.2.2, 2013.2.15, 2016.2.12>

 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는「소득세법」제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

 7) 장사 등에 관한 법률 시행령【별표3】(생략)

다. 사실관계

 2) 청구법인 세적변경(수익사업개시, 대표자, 본점사업자 등)(생략)

 3) CCC의 법인등기부등본 상 자본금, 목적사업 등 현황(생략)

 4) 청구법인 사찰에 대한 건물, 토지의 공부상 현황

  가) 건축물대장, 토지대장 현황(생략)

  나) 토지, 건물 등기부등본상 소유권 변동내역(생략)

 5) 납골당(DDD) 건물, 토지의 공부상 현황

  가) 건축물대장, 토지대장 현황(생략)

  나) 토지, 건물 등기부등본상 소유권 변동내역(생략)

 6) 2004년～2016년 청구법인의 근로소득지급명세서(총급여액) 제출내역 (원)

  - 2004년～2011년에는 근무인원이 0명이나, 2013년～2016년 근무인원은 매년 30명 이상이다.(생략)

 7) (청구법인 제출) 2005년～2016년 납골당 분양 및 안치현황 (기, 천원)

  - 아래 표에서 납골당 분양기수는 2012년에 2,500기를 초과하였고, 2014년에는 5,000기를 초과하였다.(생략)

 8) 이 건 관련 조사청 확인 내용(사실관계)

  가) 청구법인은 ○○○군청에 납골당 설치 신고서(설치자 : 청구법인)를 제출한 바 있으며, 이에 대하여 ○○○군청은 2005.12.5.경 ‘HHH 납골당 설치신고사항 이행통지’에 관한 공문서를 통지하고, 2005.12.15.경 ‘설치(변경)신고필증’을 교부하였다. (생략)

  나) 2005.11.11. 개업일을 2004.9.22.로 하여 청구법인의 법인설립신고 및 사업자등록신청 시, 대표자인 AAA(○○○)는 BBB의 주지로부터 소속확인서, 재직증명서, 감원임명장, 정관을 제출한 바 있다.

  다) 청구법인과 납골당의 모든 행정업무는 청구법인 종무소 사무실(○○○)에서 이루어지며, 청구법인의 차로 약 5분 거리 납골당 건물 내에 봉안당(납골시설), 위패실, 원불, 재실, 법당 등이 마련되어 있다. (생략)

  라) CCC과 BBB 간 HHH 및 납골당(DDD)에 대한 소유권 분쟁이 있었고, 그 결과 최종적으로 HHH(사찰건물)의 소유권자는 BBB로, 납골당(DDD)의 소유권자는 청구법인으로 확정되었다(대법원○○○, 2019.9.9. 판결 참조)(생략)

  마) 청구법인과 CCC은 사찰의 운영, 이익금 배분 등에 대하여 2003.11., 2005.4., 2005.6., 2008.3. 이행합의서를 작성하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다. (생략)

  바) 납골당(DDD)에 대한 AAA(○○○)의 ‘납골당 설치변경 신고서’ 및 ○○○군의 ‘HHH 납골당 설치 변경신고사항 이행통지’내용은 다음과 같다.(생략)

 9) 청구법인과 CCC간 체결한 이행합의서의 상세내용들은 다음과 같다.

  가) (2003.11.) CCC과 AAA(○○○)는 BBB 인근에 BBB 산하 사찰과 추모시설을 건축하여 납골당 분양 및 관련사업을 하기로 합의하고 2003.11.경 이행합의서를 작성하였다.(생략)

  나) BBB는 2004.8.11. 종무회의를 통해 청구법인에 대한 산내암자 등록을 결의하였고, AAA(○○○)는 2004.9.22. BBB 주지로부터 청구법인의 대표자(감원)로 선임되었으며, 이후 CCC은 청구법인과 사이에 2005.4.4. ‘2003.11. 이행합의’를 구체화하는 내용의 납골당 분양사업업무 위탁관리 이행합의서를 작성하였고, 2005.6.8. 추가합의서를 작성하였다.

   (1) 2005.4.4. 이행합의서(생략)

   (2) 2005.6.8. 추가합의서(생략)

  다) 2005.9.15. HHH, CCC, ○○○간에 작성한 이행합의서(생략)

  라) 2008.3.30. 이행합의서(수정운영안) ⇒ ※ 효력에 대한 다툼 있음(생략)

 10) 청구법인, BBB, CCC간 소유권보존등기 말소 청구, 방해배제청구의 소 등에 대한 판결내용을 <쟁점수익사업의 실질 귀속주체 판단> 위주로 정리하면 다음과 같다(1심인 ○○○지방법원 ○○○지원 2017.8.17. 선고 ○○○ 판결내용은 생략).(생략)

  가) ○○○고등법원(○○○)○○○, 2019.4.4. <소유권보존등기말소 등 청구의 소>(생략)

  나) 대법원○○○, 2019.9.9. <소유권보존등기말소 등 청구의 소>(생략)

  다) ○○○고등법원(○○○)○○○, 2020.2.6. <소유권보존등기말소 등 청구의 소>(생략)

  라) 대법원○○○, 2020.6.25. <소유권보존등기말소 등 청구의 소>는 심리불속행으로 확정되었다.

 11) 2016.7.25. BBB의 청구법인 사찰 및 납골당(DDD) 검수인계 과정에서 당시 청구법인 종무소 직원들간에 발생한 물리적 충돌에 대한 형사사건(○○○) 폭력행위 등 처벌에 관한 법률 위반 건)에서 GGG, LLL, NNN, MMM 등은 납골당 분양 및 관련사업의 운영, 분양대금 수금ㆍ관리 등에 대하여 진술하였는데, 그 내용은 다음과 같다.

  - 납골당 분양 및 관련사업 운영은 CCC이 하는 것이라고 주장하면서, 분양대금 수금ㆍ관리는 청구법인 명의 계좌를 통해 이루어졌다고 진술하고 있다.

  가) GGG(CCC의 대표이사) 진술내용(생략)

  나) LLL(HHH 종무실장, 2006년 CCC근무, 2007년 이후 근로소득 내역 없음) 진술내용(생략)

  다) MMM(HHH 회계업무 담당, 2006년 CCC 근무, 2007년 이후 근로소득 내역 없음) 진술내용(생략)

  라) NNN(HHH 종무소 근무, 2014년～2016년 근로소득 내역 없음) 진술내용(생략)

  마) 청구법인이 제출한 LLL, MMM, NNN의 급여지급, 퇴직금 정산자료(생략)

 12) 조사청의 납골당 분양 및 관련사업에 대한 조사내용(2018.3.29.～6.15.실시)

  (※ 2013년∼2016년 사업연도 법인세 통합조사, 수익사업에 대한 조사 결과)

  가) 청구법인이 운영하는 추모시설인 DDD에서 납골당․위패․원불․종불사․천도재․수의를 직영 ○○○사무소 및 각 독립된 개인문화원 등을 통해서 판매하고, 판매금액의 약 60%를 문화원 등에 판매수수료로 지급하고, 나머지 약 40%를 입금받고 있으며, 2013년～2016년 사업연도 납골당 등 각 항목별 판매현황은 아래와 같다.(생략)

  나) 청구법인(DDD)의 2013년～2016년 사업연도 수익사업인 납골당 및 수의를 직영 ○○○문화원 및 각 독립된 개인문화원을 통하여 판매하고 판매수수료를 차감한 금액만 매출신고(과소신고) 하는 등 매출신고누락내역을 확인하였으며, 그 내역은 다음과 같다.(생략)

다) 또한, 청구법인(DDD)의 2013년～2016년 사업연도 수익사업인 납골당 및 수의를 직영 ○○○문화원 및 각 독립된 개인문화원을 통하여 판매하면서 지급한 판매수수료(문화원수수료)에 대하여 비용처리를 누락한 사실을 확인하였다.(생략)

  라) 청구법인(DDD)에서 판매하는 납골당․위패․종불사․천도재․수의 등을 직영 ○○○사무소 및 각 독립된 개인문화원을 통해서 판매하면서 개인문화원에 판매수수료로 지급한 수익사업 및 종교사업 각 항목별 판매수수료 지급내역은 아래와 같으며, 각 개인문화원 전부 미등록사업자로 판매수수료에 대한 매출신고 누락자료로 자료통보하였다.(생략)

  마) 청구법인이 수익사업인 납골당 및 수의 판매사업과 관련하여 당초 법인세 신고시 판매관리비 등으로 계상한 비용은 청구법인(DDD)의 수익사업(납골당 및 수의) 및 종교사업(위패․원불․종불사․천도재) 판매관련 공통경비로 확인되어 수익사업과 종교사업 매출액 비율로 안분하여 수익사업에 대응하는 비용을 수익사업 비용으로 계상해야 하나, 전체 비용을 수익사업 비용으로 처리하였음이 확인되어 비용 과다 계상액을 손금부인하였다.(생략)

  바) 청구법인의 직영 ○○○사무소 소속으로 납골당 등 판매활동을 수행하는 직원들에 대한 인건비와 홍보를 위하여 소비자 등을 대상으로 강연을 의뢰하고, 강연료를 지급하면서 관련 근로소득세 및 기타소득세를 원천징수 누락하였음을 확인하였다.(생략)

 13) 이 건 과세처분 관련 불복청구 진행내용(조사청 제출)(생략)

 14) <○○○고등법원(○○○)○○○, 2019.4.4. 판결>을 통한 이 건 ‘쟁점수익사업 소득의 실질 귀속자’에 대한 검토

  가) 법원에서는 청구법인은 독립된 사찰로서 독자적인 권리능력과 당사자능력을 가지고 있다고 하면서, 납골당 분양 및 관련사업과 청구법인 직영매장을 운영하면서 납골당, 천도재, 수목장과 BBB의 상품인 ○○○ 미니동판 등을 판매하는 등 사회적 활동을 해왔다고 판시하고 있다.(생략)

  나) 청구법인 사찰 건물 및 납골당(DDD) 건물의 신축 및 소유권보존등기 과정

    (※ ○○○고등법원(○○○)○○○, 2019.4.4. 판결 상 ‘기초사실’ 참조)

   (1) 2003.11. 이행합의 후 CCC은 BBB 소유의 쟁점사찰부지 지상에 청구법인 사건 사찰 건물을 신축하기 위하여 2003.7.21. ○○군수로부터 AAA(○○○) 명의로 건축허가를 받아, CCC의 노력과 비용을 들여 2004.10.22. 청구법인 사찰 건물을 완공하였다.

   (2) BBB는 2005.5.19. 청구법인 사찰 건물의 건축물대장 상 소유권등록 명의인인 AAA(○○○)를 상대로 청구법인 사찰 건물의 소유권 확인을 구하는 제소전화해를 신청하여, 2005.6.27. BBB와 AAA(○○○) 사이에 제소전화해가 성립되자, 이를 집행권원으로 하여 ○○○지방법원 ○○등기소 2005.10.7. 접수 제15624호로 청구법인 사찰 건물에 관하여 BBB 명의의 소유권보존등기를 마쳤다.

   (3) CCC은 자신 소유의 납골당 부지 지상에 납골당(DDD) 건물을 신축하는 과정에서 청구법인과 사이에 청구법인 명의로 납골당(DDD) 건물에 관한 건축허가 및 사용승인을 받기로 약정한 후, 동 약정에 따라 2004.12.28. ○○○군수로부터 청구법인 명의로 건축허가를 받은 후, CCC의 노력과 비용을 들여 2005.12.12. 납골당(DDD) 건물을 완공하였고, ○○○지방법원 ○○○지원 등기계 2007.2.26. 접수 제0000호로 납골당(DDD) 건물에 관하여 청구법인 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌다.

  다) 청구법인 사찰 건물 및 납골당(DDD) 건물의 점유과정

    (※ ○○○고등법원(○○○)○○○, 2019.4.4. 판결 상 ‘기초사실’ 참조)

   (1) 청구법인은 2005.12.15. ○○○세무서에 청구법인 사찰 건물을 사업장으로 하여 묘지관리, 장의용품ㆍ불교용품 판매에 관한 사업자등록을 하였고, CCC은 그 무렵부터 청구법인과 함께 청구법인 사찰 건물 및 납골당(DDD) 건물을 점유하면서 2003.11. 이행합의, 2005.4.4. 납골당 분양사업 이행합의, 2005.6.8. 추가합의에 따른 납골당 분양사업을 운영하고 있었다.

   (2) BBB는 2016.6.7. ‘HHH 현안문제 해결을 위한 조사특별위원회’를 구성할 것을 결의하고, 같은 날 FFF(○○○)를 조사특별위원회 위원장으로 위촉함과 동시에 FFF(○○○)를 청구법인의 사찰관리인으로 임명하였으며, 2016.7.25. CCC에게 ‘CCC의 청구법인 운영권을 박탈하니, CCC은 청구법인 운영서류 일체를 인계하라’고 통보하였고, 같은 날 FFF(○○○)의 지시를 받은 BBB 소속 승려들이 청구법인의 업무를 인수받아 청구법인 사찰 건물 및 납골당(DDD) 건물을 점유하게 되었다.

 15) 심리담당은 심리일 현재 청구법인에게 청구법인 사찰건물 및 납골당(DDD) 건립과 관련된 자금집행ㆍ차입금 상환 등에 대한 자료를 보정요구하였으며, 청구법인은 총 공사비 000백만원(VAT제외) 전액을 2014년까지 지급완료하였다고 회신하였는데 그 상세내용은 다음과 같다.(생략)

 16) 청구법인과 CCC 간의 ○○○지방법원 ○○○지원 ○○○ 손해배상청구소송에서 피고인 CCC 측이 제출한 답변서(청구법인 제출자료) 내용은 다음과 같으며, <납골당 분양 및 관련사업>에 대하여 ‘동업관계’임을 주장하고 있다.(생략)

 17) 양측의 상세주장

  가) 청구법인 주장(생략)

  라) 조사청 주장(생략)

  자) (국세심사위원회 진술) 조사청은 2021.8.18. 국세심사위원회에 참석하여 “BBB에서는 쟁점수익사업에 대해 법인세를 신고하고, 고유목적사업준비금도 설정하였다.”고 진술하였다(아래 내용 참조). (생략)

  차) (국세심사위원회 진술) 조사청은 2021.8.18. 국세심사위원회에 참석하여 “BBB에서는 2016.8.31. 청구법인과 CCC간의 각종 업무협약 계약 내용ㆍ진행사항 등에 대한 전반적인 내용을 조사한 후, 실사보고서를 작성하였는데, 관련 보고서 내에 AAA(○○○)가 0,061백만원 상당을 쟁점수익사업 등과 관련하여 횡령한 사실을 확인한 사항도 있다.”고 진술하였다(아래 참조).(생략)

라. 판단

 1) 관련 규정 등

  가) 「국세기본법」(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 “국세기본법”이라 한다) 제14조 제1항에서는 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고 규정되어 있다.

  나) 「법인세법」(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 “법인세법”이라 한다) 제4조 제1항에서는 “자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.”라고 규정되어 있다.

  다) 법인세법 제1조 제2호에서는 “비영리내국법인이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.”라고 규정하고 있고, 가호에서는 “「민법」제32조에 따라 설립된 법인”을, 다호에서는 “「국세기본법」제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)”라고 규정하고 있다.

 2) 쟁점수익사업 소득의 실질 귀속자가 주식회사 CCC이라는 청구주장에 대하여

  가) 청구법인과 CCC간의 건물인도 소송 등 민사소송 판결과 조세심판 결정에 따르면, 청구법인을 별도의 독립된 납세의무자로 보는 것이 타당해 보인다.

   (1) 사찰이란 불교교의를 선포하고 불교의식을 행하기 위한 시설을 갖춘 승려, 신도의 조직인 단체로서 독립한 사찰로서의 실체를 가지고 있다고 하기 위해서는 물적 요소인 불당 등의 사찰재산이 있고, 인적요소인 주지를 비롯한 승려와 상당수의 신도가 존재하며, 단체로서의 규약을 가지고 사찰이 그 자체 생명력을 가지고 사회적 활동을 할 것이 필요하고(대법원 2001.1.30. 선고 99다42179 판결), 일반적으로 사설 사찰이 아닌 종단에 등록을 마친 사찰은 독자적인 권리능력과 당사자능력을 가진 법인격 없는 사단이나 재단이라 할 것이다(대법원94다45562, 1996.1.26. 판결, 대법원2005다10388, 2005.6.24. 판결 참조).

   (2) 청구법인은 비록 처분청에 BBB의 지점으로 사업자등록 하였으나, ① 사찰재산인 법당을 비롯한 이 사건 납골당 건물을 소유하고 있는 점, ② 청구법인내에는 승려로서 대표자인 감원과 그 예하에 사찰운영에 필요한 총무, 원주, 노전¹⁾ 등의 승려가 있고, 위원장 감원, 부위원장 1인 및 운영위원 15인 이내로 구성되는 운영위원회도 조직되어 있을 뿐 아니라 청구법인에 시주하는 신도들도 상당수 존재하는 점, ③ 청구법인은 이 사건 납골당 분양사업과 청구법인 직영매장을 운영하면서 납골당, 천도재, 수목장과 BBB의 상품인 ○○○ 미니동판 등을 판매하는 등 사회적 활동을 해왔던 점, ④ 청구법인은 2005.10.7. BBB의 산내암자로 등록되고, 2006.3.24.경 조계종 종단에 등록되어, 조계종 종헌과 종법의 적용을 받게 된 점 등을 종합하면, 청구법인은 불교교의를 선포하고 불교의식을 행하기 위한 시설을 갖춘 승려, 신도의 조직인 단체로서 독립한 사찰로서의 실체를 가지고 있는 비영리단체에 해당되므로 BBB와 독립된 별도의 납세의무자에 해당된다고 보는 것이 타당해 보인다[○○○고등법원(○○○)○○○, 2019.4.4. 판결, 조심○○○, 2021.2.19.결정 참조].

  나) 청구법인과 CCC간에 체결한 업무협약 내용, 관련 법원 판례, 2016년 BBB의 실사보고서 등 관련 증빙자료 등과 다음의 여러 사정에 비추어 볼 때, 쟁점수익사업 소득의 실질 귀속자가 누구인지 여부가 불분명하므로, 납골당 분양사업의 전반적인 운영내용, 분양수입금액의 관리ㆍ지배여부[청구법인의 감원인 AAA(○○○)의 0,061백만원 횡령부분을 포함한다]에 대한 금융조사 등을 통해 동 사업 소득의 실질 귀속자가 누구인지 여부를 명확히 하여 그 결과에 따라 실질 귀속자에게 법인세 과세표준과 세액을 다시 과세예고통지하는 것이 타당하다.

   (1) CCC이 청구법인 사찰 및 납골당 소유권과 관련하여 법원에 제기한 소송에서, 2심인 ○○○고등법원(○○○)(○○○, 소유권보존등기말소 등 청구의 소, 20194.4. 판결)에서는 청구법인은 물적요소와 인적요소가 존재하며, 단체로서의 규약을 가진 독립된 사찰로서의 실체를 가지고 있다고 판시하였고, 청구법인은 납골당 사업과 관련하여 청구법인 명의로 ○○○군에 납골당 설치신고서를 제출하였으며, ○○○군은 청구법인에게 ‘종교단체납골당 설치신고필증’을 교부하였는바, 청구법인은 납골당 분양 및 관련 사업에 대해 주무관청의 인가를 받았음을 알 수 있어 형식상 쟁점수익사업의 주체는 청구법인으로 보이나, 실질 운영자는 CCC이라고 하는 등 양측의 주장이 대립하고 있다.

   (2) 당초 조사청은 청구법인이 BBB의 지점으로서 쟁점수익사업에서 발생한 소득의 납세의무자를 본점인 BBB로 보아 과세하였으나, BBB는 이에 불복하여 조세심판원에 2019.1.3. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 조심○○○, 2021.2.19.결정에서 ‘BBB는 동 사업에 관여한 사실이 확인되지 않아 BBB를 납세의무자로 한 과세처분은 취소되어야 한다.’는 취지로 심판결정을 하면서, 동 사업의 실질 귀속자가 청구법인인지 CCC인지 여부를 명확히 하지 않았음에도 조사청은 충분한 자료 검토를 거치지 않고 납골당 건물 소유자가 청구법인이고, 납골당 설치신고▪허가자가 청구법인 명의로 되어 있다는 사실만으로 동 사업의 실질귀속자를 청구법인으로 한 것으로 보인다.

   (3) 청구법인의 감원 AAA(○○○)와 CCC은 2003.11., 2005.4.4., 2005.6.8. 3회에 걸쳐 업무협약을 체결하였다. 2003.11. 이행합의서 제4조에는 ‘사찰의 명칭은 HHH으로 하며, 창건주는 AAA(○○○)로 하여 BBB 말사로 종단에 등록하며, 사찰의 준공 후 관리와 운영은 CCC이 책임 운영 및 후원하기로 한’ 후, 2005.4.4. 납골당 분양사업업무 위탁관리 이행합의서를 작성하면서 제4조에 ‘마케팅 전략, 분양 가격결정, 광고 홍보 등 사업운영의 제반업무는 CCC이 주관하되 종교의식의 진행 등 종교업무와 관련된 사항은 청구법인의 협조를 받도록 한다.’라고 기재되어 있다. 2005.6.8.에 작성한 추가합의서 제1조에는 ‘CCC이 납골당을 분양하여 지급받는 분양대금에 대해서는 CCC이 그 수령, 보관, 지급, 분배 등 일체의 자금관리 권한을 가진다.’라고 기재되어 있는데, 이는 납골당 분양 사업은 CCC이 책임 운영하면서 마케팅 전략, 분양가격결정 등 사업운영 제반업무 뿐만 아니라 자금의 운영·분배까지 CCC이 관리하겠다는 것이고, 청구법인은 종교업무와 관련된 사항만을 운영하는 것으로 양 당사간의 업무영역을 구분한 것으로 볼 수 있으나 쟁점수익사업의 실제 운영자가 누구인지는 불분명해 보인다.

   (4) 2005.6.8. 추가합의서 제2조에는 ‘납골당 분양사업의 분양을 통해 CCC이 수령하는 분양대금을 납골당 건축 공사대금 등 비용의 지급, ○○○은행 및 ○○○은행에 대한 대출금 반환, 청구법인과 CCC 간의 수익배분의 순으로 분배된다.’고 기재되어 있으나, 실제 모든 운영은 ○○○ 폭력행위 등 처벌에 관한 법률 위반 사건에서 청구법인 종무소에 근무하였던 GGG, LLL 등 관련인들의 진술과 고소인인 CCC의 의견서에 의하면, CCC이 납골당 분양사업을 주도하면서 납골당 분양대금은 우선적으로 CCC의 건축공사대금 상환과 운영 제비용에 충당된 것으로 보여 수익금이 누구에게 귀속ㆍ배분되었는지 확인이 필요해 보인다.

    (5) CCC의 법인등기부등본 상 법인소재지는 ○○○로 되어 있으나, 실제 소재지는 GGG, LLL 등의 진술에서와 같이 청구법인의 종무소이고, 납골당(DDD)의 관리는 청구법인 종무소에서 이루진 것으로 보인다. 그런데, 납골당(DDD)에서는 영리사업인 납골당 소득만이 발생하는 것이 아니라 위패, 천도재, 원불 등의 비영리사업이 동시에 발생하였으며, 동 사업에서 발생한 수입으로 청구법인의 고유목적사업비 등에 사용되고 있었는바(청구법인의 본사인 BBB는 2013년도 사업연도부터 2016년 사업연도분에 대한 법인세를 신고하면서 쟁점수익사업의 일부를 신고하고, 동 수익사업소득에 대해 고유목적사업준비금을 설정하였는데, 동 법인세 신고를 누가 한 것인지 여부에 대하여 확인할 필요가 있다), 수입의 주체, 해당 수입금액의 귀속 등 쟁점수익사업에 대한 소득의 실질 귀속주체가 청구법인인지 CCC인지 분명해 보이지 않는다.

   (6) 대법원의 2심(○○○고등법원(○○○) 2019.4.4. ○○○)에 대한 파기 환송(변론주의에 의할 때 심판범위를 벗어나 심리)으로 진행된 파기환송심인 ○○○고등법원 ○○○, 2020.2.6. 판결에서는 ‘CCC은 이미 ○○○군수로부터 허가받은 안치구수(2,500기)를 초과하여 납골당을 분양하였고, 현재 분양된 납골당은 5,000기를 초과하여 향후 CCC이나 청구법인이 추가로 납골당을 분양할 수도 없으므로 이 사건 납골당 분양은 완료되었다고 봄이 타당하다.’라고 판시하며, CCC의 방해배제청구권을 기각하였는데(실제로 청구법인이 제출한 납골당 분양기수 현황을 보면, 2012년에 누적 3,717기가 분양되었고, 2014년에는 누적 5,204기가 분양되었음이 화인된다), 이는 납골당이 모두 분양됨으로써 청구법인 건물에서 납골당 사업이 종료되었기 때문에 CCC이 납골당 분양관리사업을 계속할 수 없다.’고 판단한 것이나, 납골당 분양수입금액을 누가(청구법인 또는 CCC) 관리ㆍ지배하였는지에 대해서는 금융조사 등을 통해 사실확인이 필요해 보인다.

   (7) 쟁점수익사업에서 발생한 수입의 실질적 수익금이란, 청구법인의 입장에서는 사찰 및 납골당(DDD) 건립대금으로 볼 수 있고, CCC 입장에서는 건립대금(투자금)에 대한 배당금액이라 할 수 있는데(2003.11. 이행합의서 제4조 제7항에 의하면, “이익금이란 ‘을’이 사찰의 불사와 추모시설을 설립하는데 투자한 금액과 분양용역회사의 홍보비와 판매수수료 등 제반원가를 공제한 금액을 말한다.”라고 되어 있다), 사찰의 소유권은 BBB에게 귀속되었고 납골당(DDD)의 소유권은 청구법인에게 귀속되어 청구법인은 수익금(경제적 이익)을 획득한 것으로 볼 수 있는 반면에, CCC은 건립대금에 소요된 투자원리금을 온전히 회수한 것으로는 보이지 않는다(CCC의 대표이사 GGG는 ○○○ 사건 관련 경찰에 피해자 자격으로 출석하여 CCC의 투자금은 000억원 가량되는데, 1～2년 후쯤에는 모두 회수할 수 있을 것으로 보인다고 진술한 점으로 보아 실질적인 수익금은 획득하지 못한 것으로 보인다).

   (8) 조사청은 2021.8.18. 국세심사위원회에 참석하여 “BBB에서는 2016.8.31. 청구법인과 CCC간의 각종 업무협약 계약 내용ㆍ진행사항 등에 대한 전반적인 내용을 조사한 후, 실사보고서를 작성하였는데, 관련 보고서 내용에 AAA(○○○)가 0,061백만원 상당을 쟁점수익사업 등과 관련하여 횡령한 사실을 확인한 사항도 있다.”고 진술하였는바, 이 부분에 대한 금융조사 등 사실확인이 필요해 보인다[또한, 조사청의 조사내용 중 판매수수료 귀속분 중 개인문화원에 대하여는 약 000억원에 대하여 자료파생하여 과세토록 하였으나, CCC의 대표자였던 KKK의 친족인 OOO(KKK의 형제), PPP(KKK의 배우자)에 대하여 지급된 판매수수료 000억원(아래 ‘OOO–○○○문화원 수수료 집계)에 대하여 과세자료를 파생하지 않았는데, 이에 대한 자료파생여부 검토가 필요해 보인다].

  다) 이상의 내용을 살펴볼 때, 쟁점수익사업소득의 실질 귀속자가 누구인지 불분명하므로, 납골당 분양사업의 전반적인 운영내용, 분양수입금액 관리ㆍ지배여부에 대한 금융조사 등을 통해 쟁점수익사업 소득의 실질 귀속자를 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15 제5항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.