주 문
이 건 과세전적부심사청구는 불채택합니다.
이 유
1. 사실관계 및 통지내용
가. 청구법인은 1976.1.6. 설립한 법인으로 ○○시 ○○구에 본점을 두고 석유화학제품 등을 제조·판매하는 사업을 영위하고 있으며, 2014.12.31. ○○○○도시공사로부터 ○○시 ○○구 ○○산업단지 D**-*,*,* 토지 17,619㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 D**-*,*,* 토지 11,480㎡(이하 “D19블록” 이라 한다)를 944억원에 취득하여 현재까지 보유하고 있다.
나. 쟁점토지의 재산세 부과권자인 ○○구청장은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였음을 이유로 2020.12.10. 쟁점토지에 대한 취득세 및 재산세 등의 감면을 배제하였고, ○○구청장은 쟁점토지를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 청구법인에 2015∼2019 과세연도 재산세 등 441,829,310원을 추가로 부과고지 하였고, 국세청장에 재산세 변경내역 자료를 통보하였다.
다. 통지관서는 2021.6.30. 청구법인에 ○○구청장이 통보한 쟁점토지 ‘종합부동산세 수시세액 조정자료’를 근거로 2017∼2019 과세연도 종합부동산세 및 농어촌특별세 2,617,676,269원을 과세한다는 내용의 과세예고통지를 하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.7.29. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구 주장
가. 쟁점토지는 청구법인의 업무용도에 ‘직접 사용’되고 있는 산업용 건축물의 부속토지에 해당되어 종합합산과세대상으로 보아 한 이 건 처분은 취소되어야 한다. 청구법인은 Technical Service & Development Center(이하 “TS&D센터”라 한다) 조성사업을 계획하고, 2014.12.31. 쟁점토지 및 D19블록(이하 “전체토지”라 한다)을 ○○○○도시공사로부터 일괄로 취득하였고, 2017.7.25. D19블록 지상에 윤활·화학실험동을 준공한 이후 쟁점토지에 연구실험동 건축을 순차적으로 진행중에 있어, 경제적 일체성을 이루는 이 사건 전체토지는 ‘1구’에 해당하므로 쟁점토지는 기 준공된 윤활·화학실험동의 부속토지로서 ‘직접 사용’에 해당한다.
나. 쟁점토지가 ‘직접 사용’ 되지 아니한 경우라 하더라도 쟁점토지에서 착공 후 건축공사를 계속하여 진행하고 있으므로, 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용되지 아니한 ‘정당한 사유’가 존재한다.
1) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 2017.2.6. 착공신고를 하고 터파기 공사를 하는 등 쟁점토지의 연구실험동에 대한 공사는 지금도 계속 진행중에 있다.
○○구청장은 청구법인에게 2017 과세연도 토지분 재산세 부과 당시 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 과세한 바 있으나, 이에 대하여 청구법인이 착공을 하였다는 점을 소명하였고, ○○구청장도 이를 인정하여 다시 별도합산과세대상으로 분류하여 재고지하였는바, 청구법인이 쟁점토지에 착공을 하였다는 점은 다툼이 없는 사실이다.
2) 청구법인은 2017년 D19블록에 윤활·화학실험동의 신축을 완료하였고 순차적으로 쟁점토지에 연구동의 건축공사를 진행하고 있으나, 외부적 환경변화로 인해 건설공사가 다소 더디게 진행될 뿐 공사가 계속 진행 중에 있다.
청구법인은 ‘세계 유가시장의 극심한 변동’ 등 청구법인이 통제할 수 없는 상황 변화에도 불구하고 TS&D센터 조성을 위한 분명한 의지 아래 설계변경, 공사규모 축소, 시공사 변경 및 사업기간 연장 등 가능한 방법을 모두 동원하여 건축공사를 위한 노력을 기울여 왔다.
○○산업단지 정책심의위원회도 쟁점토지에 대한 연구동 건축공사 등 TS&D센터 조성 사업기간을 2023.2월까지 연장 승인을 하였으므로, 연장된 사업기간까지는 쟁점토지가 공사중에 있다는 정당한 사유로 인정되어야 한다.
다. 쟁점토지에 대해 감면된 재산세와 종합부동산세를 추징하는 것은 ‘정당한 사유’를 판단함에 있어 「지방세특례제한법」 제78조의 입법취지에도 어긋나는 것이다.「지방세특례제한법」 제78조 제4항의 입법취지는 산업단지를 조성·입주하여 산업용 건축물을 건립하는 경우 취득세 등을 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이며, 아울러 그 조문에서 감면된 취득세 등을 추징하기로 한 것은 그 건립 외에 부동산의 시세 차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있는 것이다.
청구법인은 부동산의 시세 차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 행위를 한 적이 전혀 없고, 쟁점토지에서 건축공사를 계속 진행하고 있으므로 다른 용도로 사용될 가능성도 전혀 없다.
3. 통지관서 의견
지방자치단체에서 통보된 쟁점토지의 ‘종합부동산세 수시세액 조정자료’를 근거로 청구법인에게 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 변경하여 이 건 종합부동산세 등을 과세예고한 통지는 정당하다.
가. 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여「지방세법」제106조제1항제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하는 것으로「종합부동산세법」제16조 및 제21조 규정에 따라 지방자치단체로부터 과세자료를 제공받아 과세하게 되어 있으며, 종합부동산세 과세대상 토지의 구분은 지방세법에 따른 것이다.
나.「지방세법」제115조제2항에서 지방자치단체의 장은 재산세 과세대상의 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과 하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과·징수할 수 있다고 되어 있으며,「종합부동산세법」제21조에서 시장·군수는 재산세의 세액변경 또는 수시부과 사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 행정안전부장관에게 제출하고, 행정안전부장관은 종합부동산세 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산하여 국세청장에게 통보하도록 되어 있다.「종합부동산세법」제17조 제4항에서 관할세무서장은「지방세법」제115조제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다고 되어 있다.
다. 쟁점토지의 재산세 부과권자인 ○○구청장은 2020.12.10. 쟁점토지를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 2015년부터 2019년까지의 과세연도 재산세 등을 추가로 부과한 후 수시세액 조정 자료를 통지관서에 통보한 것이다. 청구법인은 ○○구청장의 쟁점토지 재산세 부과처분에 대하여 쟁점토지는 산업용 건축물 등의 부속토지로 종합합산과세대상이 아니라 별도합산과세대상이라며, 2021.3.12. 이의신청을 제기하였으나 2021.6.3. 기각 결정 되었으므로 쟁점토지는 종합합산과세대상으로 보아야 한다.
라. 종합부동산세 과세체계상 하나의 토지에 재산세와 종합부동산세를 과세하면서 재산세는 종합합산과세대상으로, 종합부동산세는 별도합산과세대상으로 또는 그 반대로 분류하여 과세할 수는 없는 것으로 재산세 과세권자인 ○○구청장이 청구법인의 쟁점토지에 대한 재산세를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 추가로 부과한 사실이 확인되었고 이에 따라 통지관서는 통보된 쟁점토지의 ‘종합부동산세 수시세액 조정 자료’를 근거로 청구법인에게 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 변경하여 2017년부터 2019년까지의 과세연도 종합부동산세를 경정한다는 과세예고 통지는 정당한 것이다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
○ 쟁점토지가 건축물 등의 부속토지에 해당되지 않아 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령
1) 종합부동산세법 제2조【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. "시·군·구"라 함은 「지방자치법」 제2조에 따른 지방자치단체인 시·군 및 자치구(이하 "시·군"이라 한다)를 말한다.
2. "시장·군수·구청장"이라 함은 지방자치단체의 장인 시장·군수 및 자치구의 구청장(이하 "시장·군수"라 한다)을 말한다.
4. "토지"라 함은 「지방세법」 제104조제1호에 따른 토지를 말한다.
6. "토지분 재산세"라 함은 「지방세법」 제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.
2) 종합부동산세법 제3조【과세기준일】
종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.
3) 종합부동산세법 제5조【과세구분 및 세액】
① 종합부동산세는 주택에 대한 종합부동산세와 토지에 대한 종합부동산세의 세액을 합한 금액을 그 세액으로 한다.
② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조제 1항부터 제3항까지의 규정에 따른 토지분 종합합산세액과 같은 조 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다.
4) 종합부동산세법 제6조【비과세】
①「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.
② 「지방세특례제한법」제4조에 따른 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.
③ 제1항 및 제2항에 따라 재산세의 감면규정을 준용하는 경우 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.
5) 종합부동산세법 제11조【과세방법】
토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.
5-1) 지방세법 제106조【과세대상의 구분 등】
① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
다. 제13조제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세 하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
5-2) 지방세법 시행령 제101조【별도합산과세대상 토지의 범위】
① 법 제106조제1항제2호가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.
1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지
가. 읍ㆍ면지역
나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역
② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.
5-3) 지방세법 시행령 제103조【건축물의 범위 등】
① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.
2. 건축허가를 받았으나 「건축법」 제18조에 따라 착공이 제한된 건축물
3. 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.
5-4) 「지방세특례제한법」 제2조【정의】(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 「지방세특례제한법」 동일)
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
5-5) 「지방세특례제한법」 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】
① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 “기업부설연구소”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.
5-6) 「지방세특례제한법」 제58조【벤처기업 등에 대한 과세특례】
③ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의2에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 “산업용 건축물등”이라 한다)을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
5-7) 「지방세특례제한법」 시행령 제29조【산업용 건축물 등의 범위】
법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
1. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장・지식산업・문화산업・정보통신산업・자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육・연구・정보처리・유통시설용 건축물
2. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제6조 제5항에 따른 폐기물 수집운반・처리 및 원료재생업, 폐수처리업, 창고업, 화물터미널 또는 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업, 운송업(여객운송업은 제외한다), 산업용기계장비임대업, 전기업 및 농공단지에 입주하는 지역특화산업용 건축물, 「도시가스사업법」 제2조 제5호에 따른 가스공급시설용 건축물 및 「집단에너지사업법」 제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 건축물
3. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물
4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제30조 제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)
5-8) 「지방세특례제한법」 제78조【산업단지 등에 대한 감면】
④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역
가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역
다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지
2. 감면 내용
가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
5-9) 「지방세특례제한법」 시행령 제123조【직접 사용의 범위】
법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.
6) 종합부동산세법 제12조【납세의무자】
① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자
2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자
7) 종합부동산세법 제16조【부과⋅징수】
① 관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 "납부기간"이라 한다)까지 부과·징수한다.
② 관할세무서장은 종합부동산세를 징수하려면 납부고지서에 주택 및 토지로 구분한 과세표준과 세액을 기재하여 납부기간 개시 5일 전까지 발급하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다.
④ 제3항의 규정에 따라 신고한 납세의무자는 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장·한국은행 또는 체신관서에 종합부동산세를 납부하여야 한다.
8) 종합부동산세법 제17조【결정과 경정】
① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과·징수할 수 있다.
② 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제16조 제3항에 따른 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 해당 연도의 과세표준과 세액을 경정한다.
③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다.
④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.
8-1) 지방세법 제115조【납기】
① 재산세의 납기는 다음 각 호와 같다.
1. 토지: 매년 9월 16일부터 9월 30일까지
2. 건축물: 매년 7월 16일부터 7월 31일까지
② 제1항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과ㆍ징수할 수 있다.
8-2) 종합부동산세법 시행령 제9조【결정⋅경정】
① 법 제17조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제21조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 의한다.
② 법 제17조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 제8조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 현황 등에 대한 실지조사에 의한다.
③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.
8-3) 종합부동산세법 제21조【과세자료의 제공】
① 시장·군수는 「지방세법」에 따른 해당 연도 재산세의 부과자료 중 주택분 재산세의 부과자료는 7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지 행정안전부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 시장·군수는 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 매 반기별로 해당 반기의 종료일부터 10일 이내에 행정안전부장관에게 제출하여야 한다.
③ 행정안전부장관은 제12조에 규정된 토지에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 10월 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.
④ 행정안전부장관은 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 재산세 납세의무자별로 재산세 과세대상이 되는 주택 또는 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 과세표준과 세액을 재계산하여 매 반기별로 해당 반기의 종료일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.
⑤ 행정안전부장관은 제1항에 따라 시장·군수로부터 제출받은 재산세 부과자료를 제1항에서 정한 날부터 10일 이내에 국세청장에게 통보하여야 한다.
8-4) 종합부동산세법 제22조【시장⋅군수의 협조의무】
① 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 종합부동산세의 과세와 관련하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세물건 소재지 관할 시장·군수에게 의견조회를 할 수 있다.
② 제1항에 따라 의견조회를 받은 시장·군수는 의견조회 요청을 받은 날부터 20일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신하여야 한다.
다. 사실관계
1) 쟁점토지에 대한 ○○구청장의 재산세 변경 부과처분 내용은 다음과 같다.
청구법인이 ○○구청장의 쟁점토지 재산세 부과처분에 불복하여 2021.3.12.청구한 이의신청에 대해서 2021.6.3. 기각 결정 되었는 바, 이의신청 결정서상 ○○구청장의 재산세 부과처분에 대한 사실관계를 요약하면 다음과 같다.
가) 청구법인은 1976.1.6. 석유제품 등의 제조, 수송, 저장 및 수출입업 등을 목적사업으로 설립한 법인으로 ○○시 ○○구에 본점을 두고 있다.
나) 청구법인은 2014.2.19. ○○○○도시공사와 쟁점토지 및 D블록에 대한 토지분양 계약을 체결한 후, 2014.12.31. 잔금을 지급하여 94,400,479,480원에 전체토지를 취득하였으며, 청구법인은 전체토지에 대하여「지방세특례제한법」제78조제4항에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 전액 감면받았다.
다) 청구법인은 이 사건 전체토지 중 D19블록에 관하여는 2015.6.1. 건축허가, 2016.2.11. 착공하여 2017.7.25. 윤활실험동(지하1층, 지상2층, 4,224.35㎡)과 화학실험동(지하1층, 지상3층, 5,440.44㎡)을 각각 사용승인 받았으나, 쟁점토지에 관하여는 2015.6.1. 건축허가, 2016.5.20. 착공 연기, 2017.2.6.착공신고 이후 별다른 건축공사를 진행하지 못하였음이 2020.2.3. 기준 항공사진 등으로 확인된다.
라) 청구법인은 2019.10.18. 쟁점토지에 대하여 세계 유가 시장의 극심한 변동 등으로 인한 중장기 투자계획 이행 시기 조율 등의 사유로 ○○○○도시공사에 ‘사업기간 연장 신청’을 하였으며, 이는 2019.10.30. ‘제43차 ○○산업단지 정책심의위원회 심의결과’에 따라 2020.12월까지 토목공사 완료를 조건으로 2023.2월까지 준공기한 연장(기한내 토목공사 미 완료시 입주계약 해지)의 조건부 승인을 받았다.
마) ○○구청장은 2020.7.7. 현지 출장 결과, 이 사건 전체토지 중 쟁점토지는 산업용 건축물 등의 건축을 위한 본격적인 착공 작업도 이루어지지 않아,「지방세특례제한법」제78조제5항제1호에 따른 감면 추징사유에 해당한다고 보았고 이에 ○○구청장은 2015년부터 2019년까지의 과세연도 쟁점토지 재산세를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 2020.12.10. 재산세 및 지방교육세 441,829,310원을 부과고지 하였다.
2) 쟁점토지 ‘종합부동산세 수시세액 조정자료’ 내역은 다음과 같다.
○○구청장이 청구법인에 재산세 부과시 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 조정하여 통보함에 따라 통지관서에 ‘종합부동산세 수시세액 조정자료’가 발행되었는데, 청구법인의 종합부동산세 별도합산과세대상토지의 공시가격이 감소하고 종합합산과세대상 공시가격이 증가하였다.
3) 청구법인 종합부동산세 등 경정 과세예고 통지세액
통지관서는 2021.6.30. 청구법인에게 쟁점토지에 대한 ‘종합부동산세 수시세액 조정자료’를 근거로 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 조정하여 2017년부터 2019년까지의 과세연도 종합부동산세 및 농어촌특별세 2,617,676,269원을 과세예고 통지를 하였다.
4) 청구법인의 상세한 주장 내용은 다음과 같다.
가) 종합부동산세를 부과함에 있어서는「지방세특례제한법」 등에 의한 재산세의 경감에 관한 규정을 준용하게 되는 바, 결국 이 사건 과세예고통지의 쟁점은 쟁점토지가 「지방세특례제한법」제78조제5항제1호에서 규정하는 재산세 추징사유인 “정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”에 해당하는지 여부에 있다 할 것이다.
나) 쟁점토지는 청구법인의 업무용도에 ‘직접 사용’ 되고 있는 토지이다.
(1) ‘직접 사용’의 판단기준에 대한 판례와 유권해석을 아울러 살펴보면, 결국 ‘직접 사용’의 범위는 ‘1구’를 기준으로 판단해야 하고, ‘1구’의 범위는 도로에 의한 외형상의 단순한 분리나 필지구분으로 판단하는 것이 아니다. 여기서 ‘1구’란 건물의 소유자가 건물 사용을 위하여 사실상 공여하는 부속토지의 면적을 뜻하고, 이러한 ‘1구’에 부속된 토지인지 여부는 당해 토지의 취득당시 현황과 이용실태에 의하여 결정되는 것이다. ‘직접 사용’의 범위는 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 산업용 건축물과 부속토지가 전체로서 경제적 일체성을 이루고 있는지 등을 종합하여 합목적적으로 판단하여야 한다.
(2) 이 사건 토지는 ①토지의 취득경위, ②토지의 사용현황, ③토지의 경제적 일체성 등을 아울러 판단할 때, 쟁점토지와 D19블록은 외형상의 분리나 필지구분에도 불구하고 그 전체로서 ‘1구’의 토지를 구성한다고 보아야 한다.
① 토지의 취득경위
청구법인은 석유화학에 대한 R&D 역량의 단계적 확충이 절실하여, 연구개발 기능은 물론, 고객에 대한 토탈 솔루션(원료, 가공기술, 제품설계 등) 제공을 위한 기능까지 하나로 통합한 TS&D센터를 건설하게 되었고, 이 사건 전체토지를 하나의 TS&D센터 조성사업으로 계획하여 ○○○○도시공사로부터 전체토지를 하나의 지정용도(연구시설)로 일괄 취득한 이후 TS&D센터 조성 목적사업을 시차를 두고 단계별로 진행하고 있다.
② 토지의 사용현황
청구법인은 TS&D센터 건설계획 당시부터 D19블록의 실험동과 쟁점토지의 연구동을 하나로 묶어 우선개발의 범위로 지정하였고, 우선개발 계획에 따라 2017.7월 D19블록에 실험동 등 1차 연구소 건축을 준공하였으며 현재는 쟁점토지에 대한 건축(2017.2.6. 착공신고)을 순차적으로 진행중에 있어, 청구법인은 처음부터 이 사건 전체토지를 ‘1구’로 보아 사업계획을 수립하였던 것이다. 비록, 쟁점토지와 D19블록 사이에 도로가 있으나 연접한 토지로서 최종적으로 본 개발 사업이 완료된 이후에는 두 블록은 지하 주차장으로 연결되어 TS&D센터는 마치 하나의 건물처럼 사용될 예정이다.
③ 토지의 경제적 일체성
청구법인은 종합 에너지/화학 기업으로의 도약을 위해 석유화학복합시설 건설 사업을 진행하고 있으며, TS&D센터 건설은 이러한 석유화학복합시설 건설사업과 유기적으로 연계된 사업이다. 청구법인은 석유화학복합시설 건설사업의 1단계 투자로 2018.11. 석유화학복합시설(RUC/ODC)을 완공하였고, 현재는 그 2단계 투자로서 SC&D시설을 건설하기 위한 작업을 진행하고 있다. 한편, 청구법인이 D19블록에 완공한 실험동은 석유화학복합시설과 연계된 시설이며, 쟁점토지의 연구동은 석유화학복합시설사업의 2단계 투자인 SC&D 시설과 연계된 것으로 TS&D센터와 석유화학복합시설 건설 사업은 그 전체가 유기적으로 연결된 하나의 프로젝트인 것이다.
다) 쟁점토지는 건축공사 중에 있으므로 「지방세특례제한법」제78조제5항에 따른 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 있는 것이다.
(1) 대법원은 건축 중인 건축물이라 함은 과세기준일 현재 건축공사에 착수하여 건축을 하고 있는 건축물을 말한다고 하면서, 터파기나 구조물공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우는 물론이고 그보다 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우에도 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면, 그 시점에 이미 공사에 착수한 것으로 보아야 한다고 판시하였다(대법원2016두58406, 2017.3.15.). 쟁점토지에서 부지정지 및 터파기 등 토목공사를 진행하고 있는 청구법인은 대법원 판례에 비추어 볼 때에도 착공을 한 것이고, TS&D센터에 대한 건축공사 역시 계속하여 진행하고 있는 것이다.
(2) 세계유가시장의 극심한 변동 등 청구법인이 통제할 수 없는 상황 변화에 따른 석유화학복합시설에 대한 투자계획의 변동가능성 등을 감안하여, 2017년부터 2019년까지의 기간 동안 TS&D센터 조성사업의 당초 계획을 일부 수정 축소 한 것이지 철회하거나 중단한 사실이 없다.
TS&D센터 시설규모를 일부 축소하는 설계변경(연면적 34,952㎡, 지하3층/지상8층 ⇒ 연면적 27,004㎡, 지하2층/지상4층) 과정에서 ㈜○○건설이 공사규모 축소를 이유로 시공을 포기하는 일도 있었으나, 청구법인은 공사를 계속하고자 ㈜◇◇◇앤씨로 시공사를 변경한 사실이 있었는데, 쟁점토지에 대한 공사 진행경과로 알 수 있다.
(3) ○○산업단지 정책심의위원회도 청구법인이 그 동안 보여준 노력과 의지 및 공사 진행 상황 등을 바탕으로 2023.2월까지 TS&D센터 조성 사업기간을 연장하는 승인을 하였고, 이에 맞춰 청구법인도 2023.2월 완공을 목표로 쟁점토지에 대한 연구동의 건축물공사를 계속 진행중에 있으므로 쟁점토지에 대한 연장된 사업기간인 2023.2월 이전 공사 완료 시점까지는 쟁점토지가 공사 중에 있다는 ‘정당한 사유’가 인정되어야 할 것이다.
5) 청구법인은 ○○구청장의 쟁점토지 재산세 부과처분에 불복하여 2021.3.12. 이의신청을 제기하였고, 2021.6.3. 기각 결정 된 바 있으며, 이의신청 결정문상 쟁점토지에 대한 판단내용을 요약하면 다음과 같다.
가) 쟁점토지가 산업용 건축물 등의 부속토지에 해당하는지 여부에 대한 판단
쟁점토지가 D19블록의 지상 정착물인 윤활·화학실험동의 부속토지임을 전제로 하여「지방세특례제한법」제78조제4항에서 규정한 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(1) 청구법인은 이 사건 전체 토지는 ‘1구’에 해당하므로 쟁점토지는 기 준공된 윤활·화학실험동의 부속토지로써 ‘직접 사용’에 해당한다고 주장하나, 이 사건 전체토지의 3년간 항공사진 등에서 쟁점토지와 D19블록은 10m 도로를 기준으로 물리적 경계로 구분되고, 산업용 건축물 등의 건축 또한 D19블록은 2016.2.11.착공하여 2017. 7.25. 윤활실험동과 화학실험동이 예정대로 사용승인 되었음이 확인되는 반면, 쟁점토지는 나대지 상태에서 2017.2월이 지나서야 경계 펜스 설치 이후 간헐적으로 공사가 진행되어 현재까지 토목공사도 완료되지 못한 것으로 확인된다.
(2) 지상 정착물과 ‘1구’를 이루어 그 부속토지에 해당하는지는 취득목적 등도 고려되어야 할 것이지만, 결국 그 실체의 판단은 이용현황이 지상 정착물의 효용과 편익을 위해 사용되는지 여부에 따라 결정되는 것으로 이 사건의 경우에는 유예기간 이내에 지상 정착물의 부속토지로써의 요건을 갖추어야만 할 것임에도 앞서 살펴본 사실관계와 같이 쟁점토지와 D19블록 간에 이를 인정할 만한 경제적 일체성이 보이지 않는다.
나) 쟁점토지가 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용되지 아니한 것에 ‘정당한 사유’가 존재하는지 여부에 대한 판단
쟁점토지를 유예기간인 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 대한 ‘정당한 사유’가 있다고 보기는 어려운 것으로 보인다.
(1)「지방세특례제한법」제78조제5항에서 감면된 취득세를 추징하기로 한 것은 토지 취득자에게 조속한 산업용 건축물 등의 건축과 영업 착수를 독려함과 동시에 세제상의 혜택만을 활용하고 건축물 등 건축 외에 부동산의 시세차익을 노리는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있는 것으로 산업용 건축물 등을 건축할 목적으로 토지를 취득한 경우에는 산업용 건축물 등에 사용승인을 받은 시점부터 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다(대법원2014두43752, 2015.2.12. 판결 등 참조). 산업용 건축물 등의 착공시점을 직접 사용의 개시일로 해석할 경우 취득일로부터 3년 이내에 착공하고, 착공 후 2년만 경과하면 그 후 토지를 매각한다 하더라도 취득세를 추징할 수 없게 되어 이를 쉽사리 수용할 수 없다. 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격하게 해석하는 것으로 문리적으로 보더라도 착공 행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기 보다는 이를 위한 준비행위에 가까운 것으로 보인다.
(2)「지방세특례제한법」제78조제5항제1호에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에는 취득세를 추징하도록 규정하고 있는 바 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용·금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나, 내부적으로 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것으로 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다고 한 점(대법원2003두9978, 2003.12.12.판결 등 참조).
(3) 이 사건의 경우 청구법인은 세계 유가 시장의 극심한 변동으로 중장기 투자계획 이행시기 조율 및 청구법인의 Cash Flow를 감안하여 5조원이 소요되는 RUC/ODC 프로젝트 완공 이후 2단계로 SC&D 프로젝트 진행 등을 정당한 사유로 주장하고 있으나, 청구법인의 최상위 지배기업이 국제유가 형성에 가장 영향력이 큰 S**** A****** Oil Company인 점 등을 고려할 때 세계 유가 시장의 변동이 청구법인에게 경영상의 위기를 미쳤다기 보다는 내부적인 의사결정에 따른 사업 우선 순위의 조정으로 밖에는 볼 수 없는 점, 이 사건 전체 토지 중 D19블록은 취득일인 2014.12.31.부터 3년 이내인 2017.7. 25. 화학·윤활실험동의 산업용 건축물을 사용승인 받은 점에 비추어 같은 시기에 취득한 쟁점토지에 산업용 건축물 등을 건축할 만한 시간적인 여유가 없었다고 볼 이유도 없는 점
라. 판단
1) 관련 법리
종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여「지방세법」제106조제1항제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하는 것으로,「종합부동산세법」제16조 및 제21조 규정에 따라 지방자치단체로부터 과세자료를 제공받아 과세하게 되어 있어 종합부동산세 과세대상 토지의 구분은 지방세법에 따른 것이다.「지방세법」제106조제1항제2호에서는 재산세 과세대상 토지 중 공장용 건축물의 부속토지 등을 별도합산과세대상으로 구분하고 있고, 「지방세법 시행령」제101조제1항에서 건축물의 부속토지를 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지로 규정하고 있으며,「지방세법 시행령」제103조제1항에서는「지방세법」제101조제1항에 따른 건축물의 범위에 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물을 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외하고 있다. 한편,「종합부동산세법」제17조제4항에서 관할세무서장은「지방세법」제115조제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과 사유에 해당되는 때에는 시장·군수가 관할세무서장에게 회신한 자료에 의하여 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다고 규정하고 있으며, 법원판결(서울중앙지방법원2011가합99196, 2014.4.30.)에 따르면, 종합부동산세의 부과권한을 가지는 관할세무서장은 시장·군수로부터 제공받은 해당 연도의 재산세 부과자료를 토대로 종합부동산세를 부과하게 되고, 따라서 실제 과세대상인지 여부를 판단하기 위한 별도 조사의 필요성이 제기되지 않는 한 그 현황에 관한 조사를 하여야 할 의무까지는 없는 것으로 보고 있다.
2) 쟁점토지가 건축물 등의 부속토지에 해당되지 않아 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세 과세하는 것이 부당한지에 대한 판단
가) 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 비추어 보면, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세 과세하는 것이 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 보인다.
① 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행 세목으로 지방세법에 따라 재산세와 동일하게 과세대상 토지를 분류하고 있어 하나의 토지에 재산세와 종합부동산세를 과세하면서 재산세는 종합합산과세대상으로, 종합부동산세는 별도합산과세대상으로 또는 그 반대로 분류하여 과세할 수는 없는 것이다.
② 쟁점토지의 재산세 부과권자인 ○○구청장이 2020.12.10. 쟁점토지를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 재산세를 추가로 부과하였고, 통지관서는 ○○구청장이 통보한 내용에 따라 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세 등을 경정한다는 과세예고 통지는 당연한 것으로 잘못이 없어 보인다.
③ 청구법인은 ○○구청장의 쟁점토지 재산세 부과처분에 대하여 쟁점토지는 산업용 건축물 등의 부속토지로 종합합산과세대상이 아니라 별도합산과세대상이라며 2021.3.12. ○○구청장에게 이의신청을 제기하였으나, 2021.6.3. 기각 결정되었으므로 쟁점토지는 종합합산과세대상으로 봄이 상당하다.
나) 따라서, 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세 과세예고 통지한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.