주 문

이 건 과세전적부심사청구는【불채택】결정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. XX 주식회사(XX, 이하 ‘XX’이라 한다)는 1963년 설립된 일본 법인으로, 반도체 제조설비의 제조·판매를 하며 한국, 중국, 대만, 미국 등에 그룹 계열사를 보유하고 있다.

청구법인은 XX의 100% 자회사로, 2006. 2. 14. ‘XY 주식회사’라는 상호로 ① 반도체 제조설비 등 제조 및 구입판매, ② 위 설비의 설치, 운영, 유지관리에 필요한 기술 지도 및 현장엔지니어링, ③ 관련 서비스 부품의 수입 판매 및 무역중개 등을 목적으로 설립되었고, 2012. 4. 2. XX의 다른 완전자회사인 YX 주식회사(1993. 9. 9. 설립)를 흡수합병하면서 현재와 같이 상호를 변경하였다.

나. 청구법인은 XX과 체결한 ‘SERVICES AGREEMENT’(이하 ‘쟁점계약’이라 한다)에 따라, XX이 YY 주식회사, ZZ 주식회사 등 국내 고객사에 판매한 반도체 제조장비의 ① 설치, 조립 서비스(Start-up Service, 이하 ‘스타트업 서비스’라 한다), ② 유지, 보수 서비스(Warranty Service, 이하 ‘보증수리 서비스’라 한다) 제공 업무를 XX로부터 위탁받아 국내 고객사에 제공하는 것을 주요 사업으로 하고 있다.

청구법인은 2016년 제2기 과세기간부터 2020년 제2기 과세기간까지 위 서비스 제공을 위하여 필요한 부품을 XX로부터 수입하였는데, ⑴ 스타트업 서비스 부품(이하 ‘쟁점부품’이라 한다)은 무상으로, 보증수리 부품 중 ⑵ 무상보증기간(1년) 내의 것(이하 ‘무상수리부품’이라 한다)과 ⑶ 위 무상보증기간 만료 후의 것(이하 ‘유상수리부품’이라 한다)은 유상(일부 무상)으로 각 수입하였다.

<거래 구조도> - 그림 생략

다. 청구법인은 2016년 제2기 과세기간부터 2020년 제2기 과세기간까지 위 각 부품에 대한 수입부가가치세를 신고·납부하고, 세관장으로부터 이에 대한 수입세금계산서를 발급받았다. 이후 청구법인은 위 과세기간에 대한 부가가치세 환급신고 시 수입세금계산서 상의 부가가치세 납부세액에 대하여 매입세액공제를 적용하였다.

라. ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. 3. 16.부터 2021. 6. 30.까지 청구법인의 2016~2018 사업연도* 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점부품 수입에 대한 실질적인 책임은 XX에 있으며 청구법인은 XX로부터 위탁받아 쟁점부품을 수입대행하였을 뿐이고, 청구법인은 그에 따른 수입위탁수수료 및 쟁점부품 설치에 대한 인적용역료를 XX로부터 지급받은 것으로, 쟁점부품은 청구법인의 책임과 계산 하에 수입한 것으로 볼 수 없다는 이유로 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보았다.

* 3월말 결산법인으로, 2015. 4. 1.~2018. 3. 31. 사업연도 조사

이에 조사청은 2021. 7. 12. 청구법인에 2016년 제1기 내지 2020년 제2기 부가가치세 합계 000원 등을 과세하겠다는 내용의 세무조사 결과 통지를 하였다.

(표 생략)

마. ○○세무서장은 위 통지세액 중 부과제척기한이 임박한 2016년 제1기 부가가치세 000원을 2021. 7. 8. 청구법인에 고지하였고, 청구법인은 나머지 2016년 제2기 내지 2020년 제2기 부가가치세 000원 관련 세무조사 결과 통지에 불복하여 2021. 8. 6. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구주장

청구법인의 쟁점부품 수입은 XX이 국내 고객사에 판매한 장비를 구성하는 일부 부품의 단순 수입대행이 아니라, 청구법인이 XX로부터 위탁 받아 영위하는 자신의 사업(스타트업 서비스)에 사용하기 위해 수입한 것으로서 사업 관련성이 인정된다.

부가가치세법은 매입세액공제 요건으로 사업 관련성을 두었을 뿐 재화·용역의 공급 및 대가의 지급 유무를 따지지 않으므로, ‘용역의 공급’을 위하여 쟁점부품을 ‘무상으로 수입’하였더라도 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하고, 매입세액공제를 허용하여도 전체 거래 구조 상 조세의 일실이나 탈루가 발생하지 않는다.

3. 통지관서(조사청) 의견

쟁점부품은 XX이 국내 고객사에 판매한 반도체 제조장비의 일부를 구성하는 것(반도체 제조장비의 대가에는 쟁점부품의 대가도 포함됨)으로, 그에 대한 소유권과 책임을 갖는 실질적인 수입주체는 XX(또는 국내고객사)이고 청구법인은 형식상 수입신고 명의자에 불과하다.

쟁점부품은 청구법인의 장비 설치 서비스 사업에 ‘투입 또는 사용하는 재화’가 아니라 XX이 국내 고객사에 판매한 장비(재화)의 일부로 본체와 함께 청구법인이 ‘설치해야 하는 대상’일 뿐이어서 청구법인의 사업과 직접적인 관련이 없는 재화이다. 따라서 그에 대한 매입세액공제는 허용될 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 일본 모법인(XX)으로부터 반도체 제조설비 스타트업 부품을 무환수입하여 자기의 사업을 위하여 사용하였으므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제할 대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

 2) 부가가치세법 제35조【수입세금계산서】

  ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(괄호 생략)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

 2-1) 부가가치세법 시행령 제72조【수입세금계산서】

  ① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

 2-2) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(괄호 생략)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. (단서 생략)

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 3) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

 4) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

  ② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 4-1) 부가가치세법 시행령 제77조【사업과 직접 관련이 없는 지출】

  법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

 4-2) 법인세법 시행령 제50조【업무와 관련이 없는 지출】

  ① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

   1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략)

다. 사실관계와 과세요건별 세부주장·근거

 1) 기초사실

  가) 청구법인과 XX 간의 거래

   (1) 쟁점계약 주요 내용(청구법인 제출 번역문)

   (2) XX의 완전자회사로서 청구법인의 역할(청구법인 2017 사업연도 개별기업보고서 참조)

    (가) 반도체 제조장치의 판매 지원

     XX이 판매하는 제조장치는 그 대부분이 커스터마이즈(주문 제작) 제품이기 때문에 수주가 확정된 후 청구법인은 고객 요구에 맞춘 사양 결정, 가격·납기 등 조건에 관한 교섭을 지원한다. 그 후 출하 조건이나 보증기간 등 구체적인 내용은 XX과 청구법인 사이에 조정하고, 그 내용을 XX이 최종 확인한 후 XX이 고객과 계약을 체결한다. 위 과정에서 청구법인은 고객을 직접 방문하여 기술자와의 논의 등을 통해 개별적으로 국내 고객사의 요구를 이끌어내며, 고객과의 관계를 유지하는 업무를 담당한다.

    (나) 스타트업 서비스

     청구법인은 XX로부터 위탁을 받아 반도체 제조장치의 설치, 성능 확인 및 기술 검수 등의 스타트업 서비스를 고객에게 제공한다. 구체적으로, 반도체 제조설비를 국내 고객사의 유틸리티(수도, 전기, 가스 등) 공급장치에 연결시키는 작업(Set-up)과 반도체 제조설비를 가동하면서 성능을 확인하는 작업(Sign-off)을 수행한다.

     국내 고객사는 XX로부터 반도체 제조설비 본체를 직접 수입하고 반도체 제조설비의 송품장 발행일 30일 이내에 대금 90%를 지급하며, 최종 검수 이후 나머지 10%를 지급하는데, 위 대금에는 스타트업 서비스 비용이 포함되어 있다.

     청구법인은 스타트업 서비스 대가를 XX에 청구하므로, 최종적으로는 XX이 스타트업 서비스 전체에 대해서 책임을 지고 있다. XX은 고객과 협의하여 스타트업 일정을 마련하고, 그에 따라 고객에 대한 제조장치의 납품 시기를 결정한다.

     제조장치의 스타트업은 XX 일본자회사의 기술자가 대응할 수도 있으나 대부분 청구법인이 담당하며, XX의 일본자회사 기술자가 직접 대응하는 경우로는 ① 신기종인 제조장치의 스타트업에 관한 지원이 필요할 경우, ② 청구법인에서 기술자가 부족할 경우, ③ 청구법인에서는 대응할 수 없는 문제가 발생하였을 경우이다.

    (다) 보증수리 서비스

     (ㄱ) (무상보증기간 종료 전) 청구법인은 XX과의 계약에 따라 보증기간 동안 해당 업무에 필요한 부품을 XX로부터 유상(일부 무상)으로 조달하여 국내 고객사에 무상으로 보수 서비스를 제공하고, 그 부품(마진 10〜12% 포함)과 서비스의 대가는 XX에 청구한다.

     (ㄴ) (무상보증기간 종료 후) 보증기간 종료 후에는 청구법인이 국내 고객사와 직접 보증수리 서비스 계약을 체결하고 그에 따라 유지보수·개조 등 서비스를 제공하며, 필요한 부품은 XX로부터 유상으로 수입하고 고객으로부터 그 부품 및 서비스 대가를 지급받는다.

<거래 구조도> - 그림 생략

    (라) 위험의 부담

     (ㄱ) (제품품질보증위험) 무상보증기간(Warranty) 종료 전 XX이 판매한 제조장치의 성능, 품질 등과 관련하여 문제가 발생하였을 경우에는 보증에 관한 비용은 제조자인 XX 일본내 자회사가 부담한다. 청구법인은 보수 서비스를 제공하지만, XX이 관련 비용을 부담하기 때문에 청구법인은 실질적으로 위험을 부담하지 않는다.

     무상보증기간(Warranty) 종료 후에는 청구법인이 독자적으로 고객과 계약을 맺어 보수 서비스, 부품을 제공하지만 해당 부품의 품질 등과 관련하여 문제가 발생하였을 경우에는 보증에 관한 비용은 제조사인 XX 일본자회사가 부담하기 때문에 청구법인은 실질적으로 위험을 부담하지 않는다.

     (ㄴ) (재고위험) XX 및 일본자회사는 제조장치의 제조로부터 판매에 이르기까지의 일련의 프로세스를 총괄하고 있으며, 제조장치에 관한 재고 위험을 부담한다. XX은 보수 서비스를 위해 필요한 부품을 보유하며 고객의 요청에 따라 신속히 대응할 수 있도록 청구법인에 부품을 공급한다. 청구법인이 보유하는 부품 재고에 대한 위험은 기본적으로 XX이 부담한다.

     (ㄷ) (가격변동위험) XX이 판매하는 제조장치는 실리콘사이클이나 경쟁 격화에 의한 영향을 받아 가격인하 압력이 높고 기술적 진부화의 속도도 빠르다. 이러한 점으로 인하여, 무상보증기간(Warranty) 종료 전의 부품 및 스타트업 서비스에 대해서는 제조장치의 판매를 수행하는 XX이 시황의 변화나 기술진보에 의한 가격변동 위험을 항상 부담한다.

   (3) 부품의 수입 거래

    청구법인은 ① 스타트업 서비스에 필요한 쟁점부품은 XX로부터 무상으로 수입하였고, ② 무상보증기간 만료 이내의 보증수리 서비스 부품[무상수리부품 : 고객에 무상으로 수리, 청구법인은 XX에 대가(부품 수입가격의 110~112% + 인적용역료 시간당 65,000원) 청구]과 ③ 무상보증기간이 종료된 후 필요한 보증수리 서비스 부품(유상수리부품 : 고객에 유상으로 수리)은 각 XX로부터 유상(일부 무상)으로 수입하였다.

  나) 청구법인의 부가가치세 신고

   청구법인은 쟁점부품에 대하여 수입 당시 납부한 관세의 과세가격 및 제세를 합한 금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였고, 그에 따라 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받아 이를 청구법인의 부가가치세 매출세액에서 매입세액으로 공제하였다. 청구법인은 쟁점부품 수입통관을 위해 부담한 금액 중 부가가치세액을 제외한 관세, 수입제반비용, 수입위탁수수료(인보이스 장당 11만 원)를 XX에 청구하여 수취하고 영세율매출로 신고하였다.

<연도별 쟁점부품 관련 부가가치세 신고내역>

(단위 : 백만원)

  다) 관련 관세 판결의 선고

   (1) 관세 등 부과처분

    청구법인은 2009. 10. 12.부터 2014. 2. 8.까지 쟁점부품의 수입가격을 ‘유상 수입하는 동일한 규격의 A/S용 부품의 수입신고가격인 청구법인과 XX 사이의 이전가격(Transfer Price, 이하 ‘TP’라 한다)’으로 신고하였다.

    청구법인이 쟁점부품을 무상으로 수입하면서 유상수입물품의 수입신고가격인 TP를 기준으로 과세가격을 신고한 것의 적법 여부가 문제되었고, 부산세관장의 청구법인에 대한 기업심사, 관세청장의 과세전적부심사청구 결정, 조세심판원 심판결정 등을 거친 끝에 ○○세관장은 XX과 국내 고객사 간의 거래가격을 원가비율대로 안분하는 방법으로 쟁점부품의 과세가격을 결정하여 관세 등 부과처분 및 그에 대한 감액경정처분을 하였다.

   (2) ○○고등법원 판결(심리일 현재 대법원 소송 계속 중-2021두000)

    (가) 청구법인이 ○○세관장을 상대로 관세등부과처분취소 소송을 제기하였고, 위 소송에서 ○○지방법원은 2020. 2. 13. 청구기각 판결을 선고하였다(2019구합000). 청구법인이 항소하였으나 ○○고등법원은 2021. 2. 5. 청구법인의 항소를 기각하였다(2020누000, 이하 ‘관련 관세 판결’이라 한다).

    (나) 관련 관세 판결문 중 본 건과 관계된 부분을 발췌하면 다음과 같다.

  라) 조사청의 세무조사 결과 통지와 ○○세무서장의 부가가치세 경정·고지

   (1) 조사청은 쟁점부품 수입에 대한 실질적인 책임은 XX에 있으며, 청구법인은 XX의 위탁에 따라 쟁점부품을 수입대행하여 국내 고객사에 설치하고 수입위탁수수료 및 반도체 제조설비 설치에 따른 인적용역료만 받은 것으로서, 자기의 책임과 계산 하에 쟁점부품을 수입한 것이 아니므로 그에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 파악하였다.

   그에 따라 조사청은 2021. 7. 12. 청구법인에 2016년 제1기 내지 2020년 제2기 부가가치세 합계 000원 등을 과세하겠다는 내용으로 세무조사 결과 통지를 하였다.

(표 생략)

   (2) ○○세무서장은 위 통지세액 중 부과제척기한이 임박한 2016년 제1기 부가가치세 000원을 2021. 7. 8. 청구법인에 고지하였다(2021. 10. 1. ○○지방국세청장에게 이의신청).

 2) 청구법인 세부주장 및 제출증빙

  가) 청구법인은 XX이 국내 고객사에 판매한 장비를 구성하는 일부 부품(스타트업 부품)의 단순 수입대행을 한 것이 아니라, 청구법인이 ‘자신의 사업(스타트업 서비스 제공)’에 사용하기 위하여 XX로부터 부품(스타트업 ‘서비스용’ 부품)을 수입한 것이므로 사업관련성이 인정된다.

   (1) 쟁점부품은 XX이 국내 고객사에 판매한 반도체 제조장비의 구성(부분)품이 아닌, 청구법인이 고객사에 추가로 제공하는 ‘스타트업 서비스용 부품’이다.

    (가) 스타트업 서비스 내용에 따른 쟁점부품의 분류

     스타트업 서비스는 총 5단계로 구분되고, 그에 필요한 부품도 크게 2가지로 나눌 수 있다.

     전송품은 XX이 국내 고객사에 판매한 반도체 제조설비를 국내 고객사의 수도, 가스 등 유틸리티 중 어디에 연결시킬지 배관의 위치(lay-out)와 방향을 청구법인이 사전에 정하는 과정에서 사용되는 부품이다. 케이블(cable), 템플릿(template), 파이프(pipe), 피팅(fitting), 브라켓(bracket) 등이 있다.

     위치와 방향이 정해지면 정해진 유틸리티에 실제로 장비를 연결, 도킹, 조립하는 셋업(set-up) 작업이 진행되고, 케이블(cable), 라벨(label), 튜브(tube), 피팅(fitting), 브라켓(bracket), 파이프(pipe), 케미컬(checmical) 등 후송품이 이용된다. 1 내지 4단계까지 조립이 완료되어도 설비가 국내 고객사의 제조라인 내에서 당초 고객사가 요구한 성능에 도달하지 못하는 경우가 있는데, 그럴 경우 부품 교체, 개조(업그레이드)가 필요하고 여기에도 후송품이 투입된다.

<반도체 제조장치> - 그림 생략

<쟁점부품 일부> - 그림 생략

     쟁점부품의 입출고 기록에 따르면, 쟁점부품에는 단가가 108원인 것부터 10억 원이 넘는 것까지 다양한 부품이 포함되어 있는데 그 평균금액은 약 700만 원 정도에 불과하여 반도체 제조장비 전체 가격(약 40억 원)과 비교하여 볼 때 유의미한 수준이라 보기 어렵다. 스타트업 서비스에는 고객이 요구한 성능(수율)을 맞추기 위한 부품의 교체 내지 업그레이드 작업이 포함되고, 이처럼 교체되는 부품에는 당연히 고가의 부품도 포함될 수 있는 바, 단가가 높은 부품은 이러한 경우에 해당한다.

    (나) XX과 국내 고객사 사이의 관련문서 상 쟁점부품 내역이 존재하지 않는데, 이는 청구법인이 별도로 XX로부터 수입하여 자기의 스타트업 서비스 제공 사업에 사용하기 때문이다.

     쟁점부품은 여러 가지 전/후송품으로 구성되어 있지만, 모두 국내 고객사가 XX로부터 수입하는 반도체 제조장비(system)의 본체(main) 내지 본체를 구성하는 부분품(component)과는 엄연히 다른 부품이다.

     XX과 국내 고객사 사이의 견적서, 발주서, 선하증권, 상업송장 등 서류에도 반도체 제조설비의 유닛별로 납품할 장비의 가격(unit price)만이 표시될 뿐 쟁점부품의 명칭이나 가격은 표기되어 있지 않은 바, 쟁점부품이 국내 고객사가 수입하는 장비의 일부라는 조사청의 주장은 타당하지 않다.

<XX 견적서, YY 발주서> - 그림 생략

<상업송장> - 그림 생략

※ 청구법인은 위 서류 상 물품리스트는 쟁점부품 목록이 아니라고 주장함

    (다) XX의 반도체 제조설비 판매 사업과 청구법인의 스타트업 서비스 제공 사업은 별개이고, 쟁점부품은 청구법인의 사업에 직접 사용되는 부품으로 청구법인은 단순 수입대행자가 아니다.

     (ㄱ) 조사청은 국내 고객사가 XX에 지급하는 대금에 반도체 제조설비 본체와 ‘스타트업 부품 대금’이 포함되어 있고 쟁점부품의 대금 일체도 고객이 XX에 지급하고 있다는 점을 근거로, 쟁점부품이 청구법인의 사업인 ‘스타트업 서비스’와 별개로 ‘XX의 스타트업 부품 판매’, 즉 재화의 판매에만 관련된 것으로 보고 청구법인은 쟁점부품의 단순 수입대행업자에 불과하다고 주장하나 이는 타당하지 않다.

     XX과 국내 고객사 사이의 계약은 단순한 재화의 매매계약이 아니라 일정한 성능 보장을 전제로 한 매매와 도급의 혼합계약이다. 따라서 고객사가 XX에 지급한 대가에는 ‘반도체 제조설비’ 매입 대가와 ‘스타트업 서비스 등’ 서비스 제공 대가가 포함되어 있는 것이다. 이는 에어컨 구입 고객이 에어컨 본체의 매입대금과 에어컨 설치대가까지 포함하여 판매업체에 지불하는 것과 유사하다.

     XX과 국내 고객사의 거래(매매와 도급의 혼합 거래)에 따라 반도체 제조장비 본체는 고객이 XX로부터 수입하여 XX이 매매계약상의 의무를 이행하였고, 스타트업 서비스는 쟁점계약에 따라 XX로부터 도급계약상의 의무를 위탁받은 하수급업체의 지위에서 청구법인이 쟁점부품을 수입하여 서비스를 제공하였다. 청구법인은 XX의 반도체 제조장비 판매 사업을 위한 부품의 수입만을 위탁받은 것이 아니라, 스타트업 및 보증수리 서비스 제공 자체를 위탁받아 자기의 사업으로 위 서비스를 제공한 것이다.

     그럼에도 조사청은 ‘스타트업 부품의 매매’가 반도체 제조장비 본체의 매매와 별도로 구분되어 XX과 고객 사이에 이루어졌고 그 대가 역시 구분 지급된 것처럼 주장하고 있으나, 이는 청구법인의 ‘스타트업 서비스’ 용역의 제공에 사용된 부품으로서 XX과 고객 사이에 위 부품 매매거래가 별도로 있었던 것이 아니다(위 견적서, 발주서, 송장 등 서류 참조). 만일 장비 본체와 스타트업 부품을 분리하여 판매한 뒤 통관하고자 했다면 적어도 통관 서류에라도 부품의 개별 품목이 특정되어 있었어야 할 것이지만, 그러한 사실은 없다.

     (ㄴ) 한편, 조사청은 쟁점계약 상 청구법인의 책임 란 ‘importer of record’라는 문구에 비추어 청구법인이 실질적인 수입주체인 XX을 대신하여 수입통관절차 상의 수입 역할을 대행하는 단순 수입대행업자인 것처럼 치부한다.

     그런데 Importer of record는 미국 관세법 상 “수입업자(Importer)”에 속하는 개념으로(19 Code of Federal Regulations 101.1¹⁾), 수입물품 통관 시 서류 작성, 물품 분류 및 관세 납부 등 ‘수입업자’의 의무를 명확히 하기 위해 미국 관세국경보호청(United States Customs and Border Protection, CBP)이 창설한 용어이다. CBP가 수입물품에 관한 정보를 입력하는 양식인 CBP Form 7501의 작성요령(CBP FORM 7501 INSTRUCTIONS)에 의하면, “The importer of record”를 ‘수입의 결과로 발생하는 모든 법적 및 규제적인 요건을 충족하고 관세를 납부할 책임이 있는 개인 또는 회사’라고 정의하고 있다.

<CBP FORM 7501 INSTRUCTIONS 발췌>

     ‘Importer of record’는 수입통관절차에 대한 모든 책임을 부담하는 자로, 단순한 수입대행자를 의미하는 것이 아니라 원칙적인 수입업자를 지칭하는 개념인 바, 조사청이 쟁점계약서 상 ‘importer of record’라는 문구에 비추어 청구법인을 단순 수입대행자라고 본 것은 부당하다.

     만일 조사청의 주장과 같이 XX이 청구법인에 수입대행업무만을 위탁하고자 하였다면 “청구법인 shall be the import agent regarding〜”라는 문구를 기재한 수입대행(위탁)계약을 체결하였어야 할 것이지만, 쟁점계약 상 위와 같은 조항을 두어 약정한 바 없다.

     (ㄷ) 조사청은 청구법인이 ‘무상수입위탁수수료’ 명목으로 인보이스 장당 11만 원을 수취한 내역을 들어 단순 수입대행자라고 주장한다. 그러나 위 ‘무상수입위탁수수료’라는 것은 수입대행수수료라는 의미가 아니라 청구법인이 XX로부터 위탁받은 서비스를 대행하면서 이에 사용되는 부품을 무상으로 수입함에 따라 수취한 수수료를 의미하는 바, 조사청의 주장은 타당하지 않다.

     청구법인은 다양한 사유로 XX로부터 ‘위탁수수료’ 명목의 대가를 수취하였다. ① 스타트업 서비스와 보증수리 서비스를 위탁받아 수행한 대가로 ‘업무위탁(수수)료(業務委託料)’, ② 수탁 개발을 수행한 대가로 ‘위탁(수수)료(委託料)’, ③ 판매지원 서비스를 위탁받아 수행한 대가로 ‘판매지원수수료(Sales Commission, SC)’ 등을 수취하여 온 점을 여러 인보이스를 통해 확인할 수 있다.

(인보이스 – 그림 생략)

     청구법인은 XX의 위탁을 받아 여러 업무를 수행하는 과정에서 해당 업무를 자신의 사업으로 수행하는 데에 필요한 부품을 무상으로 수입한 것으로, ‘무상수입위탁수수료’라는 문구만으로 쟁점부품에 대하여 청구법인이 단지 수입대행자에 불과하다고 볼 수는 없다.

     청구법인은 보증수리 부품 중 무상으로 수입한 부품에 관하여도 ‘무상수입위탁수수료’ 명목의 대가를 수취하였는데, 조사청은 위 보증수리 부품에 대해서는 사업 관련성을 인정하였다. 쟁점부품만을 들어 무상수입위탁수수료를 이유로 단순 수입대행이라고 본 것은 부당하다.

    (라) 스타트업 서비스는 고도로 전문화된 용역이고, XX 그룹의 전사적인 사업상 필요에 의하여 한국 자회사인 청구법인이 한국 내 고객사에 대한 위 서비스 제공을 자신의 사업으로 수행한 것이다.

     (ㄱ) XX과 국내 고객사 사이의 반도체 제조장비 매매는 세부 부품의 품목 단위로 결정되는 것이 아니고, 보다 큰 단위인 설비 유닛을 기준으로 결정된다. XX이 고객에게 장비 본체(main)를 인도함으로써 매매계약에 따른 재화의 공급이 이행되고, XX은 고객에게 상업송장(Invoice)를 발급하며, 고객은 XX에 계약상 약정된 대금 전체를 지급한다.

※ 청구법인 개별기업보고서에 따르면, 국내 고객사는 XX에 반도체 제조설비의 송장 발행일 30일 이내에 대금 90%를 지급하며 스타트업을 거쳐 최종 검수(Sign-off) 이후 나머지 10%를 지급함

     반도체 제조장치가 고객의 생산 라인에 설치, 조립되어 원하는 성능으로 정상적으로 가동되기 위해서는 XX의 ‘재화의 공급’ 뿐 아니라 별도로 전문성을 요하는 청구법인의 스타트업 ‘용역의 공급’이 필요하다. 위 스타트업 서비스는 XX의 위탁에 따라 청구법인이 수행하므로, 청구법인은 장비 본체와 별개로 쟁점부품을 수입하여 국내 고객사에 서비스 일환으로 제공하는 것이고 이는 청구법인의 사업이다.

     (ㄴ) 반도체 제조장비는 규모가 크고 복잡한 설비이고 그 ‘설치, 조립, 성능 달성’은 고도의 전문성을 요하는 까다로운 작업이다.

     청구법인의 ES GROUP 총괄 리더 김AA에 대한 조사청의 문답서에서도 스타트업 서비스에 약 40일 정도의 장기간이 소요되며, 고객의 승인(sign-off)을 받아야 비로소 완료될 수 있는 대규모 작업이라는 사실을 확인할 수 있다. 일단 레이아웃(lay-out)과 셋업(set-up) 작업을 거친 후라도 실제 고객이 원하는 성능까지 달성하여 승인(sign-off)을 받기까지 3~6개월의 기간이 추가로 소요되는 경우도 있다.

<김AA 문답서 발췌>

     청구법인의 CST[Confirmation of Set-up and Testing, 설정 및 시험 확인서*] 서류 샘플을 통해 2020. 2. 7. 설치(Installation) 작업이 시작되어 2020. 4. 24. 고객의 승인을 받아 종료되었음을 확인할 수 있고, 이는 현장조사 시 조사청에도 제출하였던 자료이다.

* 고객의 요구조건에 따른 최송 승인(Sign-off) 전 1차 승인(Set-up 작업까지 완료 후)

<CST 샘플> - 그림 생략

     (ㄷ) XX이 반도체 제조설비를 판매하면서 그 설치, 조립을 거쳐 고객의 승인을 받기 위한 성능검사 단계에 이르기까지 필요한 부품을 사전에 모두 파악하기는 불가능하다. 결국 청구법인의 현장 엔지니어들이 스타트업 서비스를 이행하는 과정에서 교체·추가 장착이 요구되는 부품을 확인하고 XX에 요청하는 과정이 필수적으로 수반된다.

     신규장비의 경우 일본에서 미리 가동 작업을 해보는 것이 요구되기에 XX이 소요 부품을 사전에 파악할 수 있겠지만 이는 예외적인 경우이고, 일반적으로는 청구법인의 현장 엔지니어들이 스타트업 서비스 수행 과정에서 필요한 부품을 즉각적으로 파악하여 XX에 요청한 뒤, 어떠한 부품을 수출할지에 관한 XX의 승인을 거쳐 수입하게 된다.

     청구법인 Order Process 팀 리더 정BB에 대한 조사청 문답서를 통해, 청구법인의 현장 엔지니어 요청에 의해 쟁점부품 등이 수입되는 것이라는 사실을 확인할 수 있다. 재고관리담당자 정BB은 무환수입부품이나 유상수입부품이나 전부 청구법인의 시스템 상 관리가 되고 있다는 측면에서 동일하다는 취지로 진술하였다. 이는 쟁점부품의 수입이 국내 고객사 등 다른 제3자가 아니라 청구법인의 사업과 관련 있다는 사실을 명확하게 드러낸다.

<정BB 문답서 발췌>

     스타트업 부품 중 일부가 미리 XX의 결정에 의하여 배송되어 온다고 하더라도 위 부품이 청구법인의 스타트업 서비스에 사용하기 위한 것이라는 사실에는 변함이 없는 바, ‘사업 관련성’을 부정할 근거가 되지 못한다.

     조사청은 청구법인이 XX로부터 쟁점부품을 수입할 때에 부품 포장 박스에 배송처인 국내 고객사와 설비명 등이 기재되어 있다는 점을 근거로 사업 관련성을 부정하나, 쟁점부품이나 무상수리부품[유상 NCDR(no charge delivery) 수입품*] 모두 XX이 청구법인에 보내올 때 이미 부품을 배송할 국내 고객사와 설비명을 부품 포장 박스에 표기한 채로 수입이 이루어지는 점은 동일하다. 그럼에도 조사청이 유상 NCDR 수입품과 달리 쟁점부품만을 들어, 청구법인 자신의 사업상 필요에 의한 수입이 아니라 XX의 사업상 필요에 의해 XX이 결정한 부품을 단순히 수입대행만 한 것이라고 본 것은 타당하지 않다.

* XX로부터 유상으로 수입하여 고객에게 무상으로 제공하는 보증수리 서비스용 부품

<무상수리부품 포장 박스 – 고객사와 설비명 표기> - 그림 생략

     (ㄹ) XX이 각국에 위치한 고객사에 위와 같이 까다롭고 전문적인 서비스를 장기간에 걸쳐 직접 제공하기 어려우므로, XX은 주된 고객사가 소재한 각국에 청구법인 등 자회사를 두고 그들로 하여금 위 전문적인 스타트업 서비스 등을 고객사에 제공하도록 위탁하는 방식을 택한 것이다. 이는 XX이 그룹 전사적 차원에서 서비스 제공의 효율성을 제고하기 위해 내린 필수불가결하고 합리적인 사업상 의사결정에 해당한다.

     조사청도 청구법인이 설치용역을 제공한다는 점은 인정하고 있는 바, 계약상의 의무이행 및 장비 관련 서비스 제공의 효율성을 극대화하기 위하여 취한 위와 같은 거래구조 하에서 ‘청구법인의 설치용역’에 사용되는 쟁점부품을 청구법인이 수입하는 것에는 ‘사업 관련성’이 인정된다.

   (2) 청구법인은 XX의 위탁을 받아 국내 고객사에 스타트업 서비스를 제공하고 XX로부터 수수료를 받는 것을 사업으로 하고, 위 사업을 위해 쟁점부품을 무상으로 수입하였으므로 매입세액공제 대상이다.

    (가) 쟁점계약서에 의하면 XX은 그의 비용으로 스타트업 서비스와 보증수리 서비스를 제공할 책임이 있고 청구법인은 XX의 요청 하에 국내 고객사에 위 서비스들을 제공하며 서비스 제공에 필요한 부품을 XX로부터 수입한다.

    요컨대 청구법인이 ① XX로부터 대가를 지급받아 ② XX의 요청 하에 국내 고객사에 스타트업 서비스와 보증수리 서비스를 제공하고 ③ 그에 필요한 부품을 XX로부터 수입할 것이 쟁점계약서에 명시되어 있다.

    (나) 단계별로 ① 설비를 도입하기 전에 고객사 현장에서 적절한 위치(lay-out)를 설정하여 바닥에 천공을 하는 등 사전 준비 작업을 위해 전송품을 XX로부터 수입하고 ② 위와 같이 선정한 위치에 장비를 설치, 조립(set-up)한 뒤 부품의 추가·교체 등을 거쳐 고객이 요구하는 성능에 달하게 작동하도록 하여 고객의 최종 승인(sign-off)을 받는 과정에 필요한 후송품도 XX로부터 수입한다.

※ 국내 고객사들은 XX 등 반도체 제조장치 제조·판매업체에 빠른 납기를 요구하는 경우가 많고, XX은 우선 고객이 요청한 납기 내에 고객에게 본체를 배송하고 부수적인 후송품은 청구법인으로 하여금 스타트업 서비스 과정에서 수입하게 함으로써 고객의 최종 승인(sign-off)을 받는 방식으로 거래하고 있음

   반도체 제조설비를 고객사의 제조 라인에 설치, 조립하고 목표한 성능에 맞게 가동되도록 하기 위하여, 전문성을 갖춘 청구법인의 숙련된 현장 엔지니어들이 위 단계별 스타트업 서비스를 수행하면서 필요한 부품이 무엇인지 즉각적으로 파악한 뒤 XX로부터 해당 부품을 수입하도록 한다.

    (다) 물류관리의 측면에서도, 청구법인은 유상수리부품과 마찬가지로 무환수입부품에 대해서도 청구법인이 자체적으로 마련한 시스템 상 입출고 현황과 물류(창고)상 재고관리를 하고 있다.

<ILS 시스템 - 기준 월별 무상 입고/재고 현황> - 그림 생략

    조사청의 주장과 같이 쟁점부품의 실질적인 수입주체는 XX이고 청구법인은 단순히 XX을 위해 수입대행을 한 것에 불과하다면, 청구인이 쟁점부품에 대해 별도로 재고관리를 할 필요가 없었을 것이다.

  나) 사업 내용이 재화의 공급인지 용역의 공급인지 또는 관련 부품을 유상으로 수입하였는지 무상으로 수입하였는지 여부에 따라 매입세액공제 여부가 달라져서는 안된다.

   (1) 부가가치세법은 ‘사업 관련성’만을 매입세액공제 요건으로 정하고 있고, 기획재정부와 국세청은 ‘용역의 공급’을 위하여 부품을 ‘무상’ 수입한 경우에도 매입세액공제가 허용된다고 해석하고 있다.

    (가) 「부가가치세법」 제38조 제1항 제2호는 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적’으로 수입하는 재화의 수입부가가치세액을 매입세액 공제 대상으로 하고, 같은 법 제39조 제1항 제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 정하였다.

    부가가치세법은 매입세액공제 대상을 유상 수입으로 한정하지 않는 바, 수입자가 ‘재화의 (재)판매’를 통해 그 판매차익에 상응하는 이윤을 창출하기 위하여 재화를 ‘유상으로 수입’한 것이 아니라 ‘용역의 공급’을 통해 수수료에 상응하는 이윤을 창출하기 위하여 재화를 ‘무상으로 수입’한 경우라 하더라도, 자기의 사업에 사용하기 위하여 수입한 것이라면 그 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하고 현행 과세실무의 입장도 같다.

    (나) 기획재정부와 국세청은 내국법인이 외국법인의 위탁에 따른 ‘용역의 공급 주체’로서 이를 위한 부품을 외국법인으로부터 ‘무상으로 수입’하면서 부담한 부가가치세액도 내국법인의 매입세액으로 공제한다고 해석하고, 유지보수, 무역(운송)대행, 견본품 배포나 임상 용역 등 각종 용역의 공급이 문제된 사례에서 기획재정부와 국세청은 그러한 용역의 공급이 재화의 판매와 엄격히 구분되어 독자성을 갖는지 여부를 불문하고 사업관련성을 인정하여 왔다.

    (다) 이와 달리, 조사청이 제시한 조세심판원 결정이나 과세관청의 유권해석은 수입대행의 사례들에 대하여 매입세액공제를 부인한 사례들이다. 단순 수입대행 사례를 청구법인에 적용할 수는 없다.

    (라) 청구법인은 위와 같이 매입세액공제가 인정되지 않는 사례들, 즉 실제 소유자를 위해 수출입배송과 통관을 대행만 하고 그 물건을 실제 소유자에게 넘겨준 경우에 해당하지 않는다. 청구법인은 단순한 수입대행이나 무역(운송, 배송)대행을 넘어서 ‘스타트업 서비스’라는 별도의 용역을 제공하면서 그 서비스에 필요한 쟁점부품을 XX로부터 수입하여 자기의 사업을 위하여 사용하였다.

    조사청은 청구법인이 쟁점부품을 무환수입하여 스타트업 서비스를 제공하고 XX로부터 단순히 ‘수입대행수수료’(장당 11만 원)만을 수취하였다고 주장하지만 이는 타당하지 않다. 청구법인은 스타트업 서비스를 대행한 대가로 XX로부터 ‘스타트업 서비스 수수료’(시간당 65,000원)를 수취하는 거래구조를 취하였고, 이와 같은 청구법인 자신의 사업에 사용하기 위하여 쟁점부품을 수입한 것이다.

   (2) 스타트업 서비스와 보증수리 서비스 모두 XX의 위탁에 따라 청구법인이 자신의 사업으로 영위한 것인 바, 위 서비스 제공을 위하여 유상으로 수입한 부품 뿐 아니라 무상으로 수입한 부품의 매입세액도 ‘사업 관련성’이 있어 공제 대상이 된다.

    (가) 만약 부품의 설치·조립 서비스를 제공하는 국내사업자가 다른 국내사업자로부터 부품을 100에 구매하여 현장 설치작업을 한 뒤 110을 대가로 지급받았다면, 매출액 110, 매입액 100으로 계상할 것이다. 그런데 부품을 무상(매입액 0)으로 제공받아 설치를 완료하였다면, 순수한 설치용역의 대가는 10이므로 사업자는 매출처로부터 10을 지급받을 것이다.

    위 두가지 예시 모두 사업자가 창출하는 부가가치는 용역의 공급대가인 10이므로 사업자는 종국적으로 10에 대해서만 부가가치세를 납부하여야 한다. 후자(무상매입거래) 사례에서는 애초에 공제받아야 할 기신고납부세액이 없으므로 10을 부가가치세 과세표준으로 매출세액을 신고·납부하면 되는 한편, 전자(유상매입거래)에서는 110을 부가가치세 과세표준으로 한 매출세액에서 기신고납부한 매입세액 100의 10% 상당 부가가치세를 매입세액으로 공제받게 된다.

    (나) 그런데 재화 수입의 경우에는 무상수입이라 하여도 사업자는 관세법에 따라 양(+)의 값으로 산정되는 관세의 과세가격에 상응하는 금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 수입부가가치세를 신고·납부하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받아야 한다(「부가가치세법」 제29조 제2항). 국내사업자가 외국 모회사로부터 부품을 유상(매입액 100)으로 수입하지 않고 무상(매입액 0)으로 수입하였더라도, 사업자는 수입 시 부가가치세 과세표준 100의 10% 상당 수입부가가치세를 부담하여야 하고 대신 위 부품을 사용한 설치용역의 대가 10을 수취할 때에 매입세액으로 공제받아야 하는 것이다.

    조사청은 청구법인이 XX로부터 수령한 수수료의 액수와 쟁점부품의 매입세액을 단순히 비교하여 후자가 전자보다 과다하여 청구법인이 부당한 환급을 받게 된다는 취지로 주장하나, 이러한 조사청의 논리에 의하면 청구법인은 자신이 창출한 부가가치(용역의 공급대가)를 넘어서는 금액에 대해서까지 부가가치세를 납부해야 한다는 결과가 초래된다. 이는 각 거래 단계에서 사업자 본인이 창출한 부가가치에 대해서만 세부담을 지도록 전단계세액공제 제도를 채택한 우리 부가가치세제의 체계에 정면으로 위배된다.

    (다) 부가가치세법은 수입부가가치세의 경우에도 ‘사업 관련성’이 인정되는지 여부만 따져 매입세액공제를 하도록 정하고 있고(「부가가치세법」 제38조 제1항 제2호), ‘재화의 재판매거래’를 사업의 내용으로 하는 경우 뿐 아니라 무상수입부품을 사용한 ‘서비스 제공거래’를 사업의 내용으로 하는 경우에도 ‘자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 수입’한 부품에 대한 수입부가가치세는 매입세액공제 대상이 된다.

    결국 청구법인이 ‘스타트업 서비스 제공’이라는 ‘자기의 사업’을 위하여 사용할 목적으로 수입한 쟁점부품의 수입에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제되어야 하는 것이다.

    (라) 조사청은 보증수리 부품의 수입에 대하여는 매입세액공제를 인정한 바, 유상수리부품과 쟁점부품을 비교할 때 유상수입인지 무상수입인지 여부에만 차이가 있고 청구법인의 사업 관련성은 모두 인정된다.

    즉, ① 청구법인이 쟁점부품을 무상으로 수입하여 XX의 위탁에 따라 국내 고객사에 스타트업 서비스를 제공하는 사업과 ② 수리용 부품을 수입하여 국내 고객사에 유상으로 보증수리 서비스를 제공하는 사업은 모두 청구법인이 영위하는 사업인 것이다. 따라서 보증수리 서비스용 부품과 달리 쟁점부품은 청구법인의 스타트업 서비스(용역) 매출이 아니라 XX의 장비 매출과 관련된 것이라 하여 사업관련성을 부정한 세무조사 결과 통지는 위법·부당하다.

    (마) 조사청은 타이어 판매회사로부터 타이어를 구매한 고객이 카센터로부터 타이어 장착 서비스와 함께 타이어 배송 서비스를 받는 경우를 예시로 제시한다.

    첫째로, 고객과 XX 사이에 이루어지는 반도체 제조장비 ‘매매’ 거래에 있어 거래당사자가 아닌 청구법인으로서는 XX이 고객에게 직접 배송하는 장비 본체와 관련한 매입세액공제를 받을 것이 없다. 카센터 사례에서도 카센터는 (타이어 장착 서비스가 아닌) 타이어 판매회사와 고객 간 타이어 ‘매매’ 거래에 따라 판매회사로부터 고객에게 귀속되는 타이어와 관련해서는 매입세액공제를 받을 것이 없다.

    둘째로, 타이어 판매회사와 고객 사이의 ‘도급’ 거래와 관련하여 카센터가 타이어 판매회사로부터 장착 서비스를 위임받아 수행하기로 하고, 그 약정에 따라 타이어를 해외에서 ‘무상 수입’하는 경우를 상정해 보면, 카센터는 자신의 사업(타이어 장착 서비스 제공)에 필요한 타이어를 무상으로 수입하더라도 양(+)의 값으로 계산되는 관세 및 수입부가가치세를 납부하여야 한다. 위 부가가치세액은 타이어 장착 서비스 제공 대가인 장착 서비스 용역 매출액에서 매입세액으로 공제되어야 하는 것은 당연하다. 즉, 거래당사자 사이에 타이어 장착 서비스와 수입신고업무를 하기로 약정하였다면, 위 타이어 수입은 카센터의 업무와 관련된 것이다.

  다) 관련 관세 판결은 보증수리 서비스용 부품의 수입가격을 쟁점부품 수입 시 ‘관세’의 과세가격으로 삼을 수 없다고 판단하였을 뿐이고 ‘부가가치세’를 다투는 본 건은 위 판결과 별개이며, 스타트업 서비스와 보증수리 서비스 모두 청구법인의 사업이므로 이를 위한 부품 수입부가가치세는 모두 매출세액에서 공제될 대상이다.

   (1) 조사청은 관련 관세 판결문에서 ‘이 사건 물품(쟁점부품) 수입은 XX과 국내 고객사간의 계약이행을 목적으로 수입된 것으로 보아야 하고, 그 계약 이행에 있어 원고(청구법인)가 실질적인 거래당사자라고 인정하기 어렵다’, ‘이 사건 물품은 기본적으로 XX과 국내 고객사 사이의 이 사건 설비 판매 및 설치계약에 따른 이행으로서 제공되는 것이므로, 그 대금 지급은 XX과 국내 고객사 사이에서만 이루어지고, 원고는 스타트업서비스 대가로 XX로부터 별도로 수수료만을 지급받을 뿐이다’고 판시한 점에 착안하여, 보증수리용 부품은 청구법인이 자기의 사업을 위하여 사용한 것인 반면 쟁점부품은 XX의 사업을 위하여 사용한 것으로서 매입세액공제 대상이 아니라고 파악한 것으로 보인다.

   (2) 그러나 관련 관세 판결은 ‘① 이 사건 물품(쟁점부품)의 거래와 관련된 송품장(Invoice), 운송장 및 수입신고서에는 원고(청구법인)가 수입자로 기재되어 있는 점, ② 이 사건 서비스계약(쟁점계약)에 의하면 원고는 ‘고객의 평가목적으로 XX이 고객사에게 보내는 제품, 스타트업 또는 제품 보증 서비스에 사용되는 예비 부품의 수입자’가 되는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 물품의 거래 당사자는 원고와 XX이라고 봄이 상당하다’고 설시하였다.

   위 사건 재판부는 쟁점부품의 거래당사자를 XX과 청구법인으로 보면서도, 그에 대한 관세법상 관세의 과세가격을 동종의 유상수입물품의 가격으로 산정하는 것이 타당한지 여부를 판단하는 국면에서는 ‘청구법인이 스타트업 서비스 제공자로서 XX과 쟁점부품의 거래에서 담당한 역할’과 ‘청구법인이 유상수리부품의 판매자로서 XX과 유상수리부품의 거래에서 담당한 역할’이 서로 일치하지 않으므로 위 각 거래는 상업적 수준(Commercial level), 즉 거래 단계가 동일하다고 할 수 없다고 판단한 것이다.

   즉, 쟁점부품의 경우 청구법인이 XX로부터 무상으로 수입하면서 유상수리부품과 동일한 가격으로 수입신고 하였지만, 보증수리부품의 경우 청구법인이 XX로부터 유상 수입하여 고객에게 재판매 하였기에 후자의 수입가액을 전자의 관세 과세가격으로 삼을 수 없다고 판단하였다.

   (3) 법원은 위 판단에 대한 근거를 드는 과정에서 XX과 국내 고객사 간의 ‘반도체 제조설비(재화) 판매’ 계약에 있어 청구법인이 실질적인 거래당사자가 아니라고 보았을 뿐이고, 유상수리부품과 무환수입부품의 거래 단계가 달라 유상수리부품의 수입가격을 무환수입부품의 관세의 과세가격으로 삼을 수 없다고 판시한 것이다. ‘실질적인 거래당사자’가 아니라는 표현에 주목하여 청구법인이 쟁점부품의 ‘실질적인 수입 주체’도 아니라고 주장하는 것은, 애초에 청구법인에게 관세의 과세가격이 존재할 수도 없다는 것이나 다름 없다.

   부가가치세법상 매입세액공제와 관세법상의 과세가격 산정방식은 다른 차원의 논의이므로, 관련 관세 판결문은 쟁점부품에 대한 매입세액공제 여부를 결정하는 데에 고려될 여지가 없다.

   (4) 나아가 관련 관세 판결은 스타트업 서비스가 청구법인의 사업이 아니라거나 쟁점부품의 수입이 청구법인의 스타트업 서비스 제공 사업과 관련이 없다고 판단한 사실이 없다. 오히려 위 판결은 ‘이 사건 물품(쟁점부품)의 거래 당사자는 원고(청구법인)와 XX’이라고 확정하였고, ‘원고는 XX의 비용으로 이 사건 물품을 무상으로 수입한 다음 국내 고객사에게 스타트업서비스를 제공’한다고 명시적으로 인정한 바 있다.

   위 판결이 판시한 것과 같이 도급서비스에 사용되는 쟁점부품의 가치는 국내 고객사가 XX에 지급한 (매매·도급)거래대금에 포함될 수밖에 없다. 그런데 청구법인은 XX로부터 위탁을 받아 위 서비스 중 도급서비스인 스타트업 서비스 제공을 사업으로 하여 해당 사업에 필요한 쟁점부품을 수입하였고, 스타트업 서비스 제공 용역을 이행한 뒤 XX로부터 서비스 대가로 수수료를 수취하였다. 따라서 청구법인을 XX과 국내 고객사 사이의 계약당사자로 볼 수 없는 것과 별개로 청구법인이 자기의 사업을 위하여 쟁점부품을 수입한 (형식적 내지 실질적) 주체에 해당한다는 점에는 의문의 여지가 없다.

   (5) 조사청이 주장하는 바와 같이 청구법인이 쟁점부품의 수입거래에 있어 형식적인 수입명의자에 불과할 뿐 실질적인 거래당사자에 해당하지 않기 때문에 사업 관련성이 없다고 본다면, 실질과세의 원칙 상 청구법인은 애당초 관세의 납세의무자가 아니게 되고 관세당국의 청구법인에 대한 관세·부가가치세 추징은 위법하게 되는 바, 결국 관련 관세 판결과도 모순이 발생한다.

  라) 청구법인은 세관장에게 이미 납부한 부가가치세를 환급받고자 할 뿐인 바, 조세의 일실이나 탈루가 발생하지 않는다.

   (1) 국내 사업자끼리의 무상매입 거래와 달리 국경을 넘어 이루어지는 수입거래의 경우에는 무상이라도 부가가치세 과세대상이므로 그 수입자는 부가가치세를 납부하여야 하고, 수입한 물품을 자신의 사업에 사용한 이상 기납부하며 수입세금계산서를 교부받은 수입부가가치세액은 동 사업에서 창출된 매출의 매출세액에서 매입세액으로 공제하여야 한다. 그래야 ‘사업자가 동 거래 단계에서 창출한 부가가치’에 대해서만 과세한다는 부가가치세의 기본 과세 체계에 부합하는 것이다.

   요컨대, 국내 거래에서는 별도로 부가가치세 과세대상 및 세금계산서 발급 대상 거래(재화의 공급)로 취급되지 않기에 매입세액공제의 문제가 발생하지 않는 반면, 수입 거래에서는 부가가치세 과세대상 및 세금계산서 발급 대상 거래로 취급되는 이상 매입세액공제를 하여야만 당해 거래 단계를 통해 국가가 종국적으로 징수하는 부가가치세액의 총 세수에 변동이 없게 된다.

   청구법인은 관련 부가가치세를 모두 국가에 신고, 납부하였으므로 부가가치세 일실이 없고 그 세원 관리에 있어서도 문제가 발생할 여지가 없다.

   (2) 청구법인이 쟁점부품을 무상으로 수입하였다는 이유만으로 사업 관련성이 없다고 보아 수입부가가치세의 매입세액공제를 허용하지 않는다면, 청구법인이 창출한 부가가치를 넘는 과도한 세금을 부담하여야 하는 가혹한 결과가 발생한다. 만일 청구법인이 쟁점부품을 유상으로 수입하였다면 당연히 사업 관련성이 인정되어 매입세액공제가 허용되었을 것이라는 점을 고려하면, 무상 수입이라는 이유로 매입세액공제를 부인하는 것은 형평에 반한다.

   거래 주체는 합리적인 사업상 판단에 따라 부품을 유상으로 수입할지 무상으로 수입할지 여부를 결정할 수 있는 것인데, 위와 같이 유/무상 수입 여부에 따라 매입세액의 공제 여부가 달라지는 것은 부당하다.

   (3) 쟁점부품과 관련된 수입부가가치세는 청구법인이 XX의 위탁을 받아 국내 고객사에 제공하는 스타트업 서비스에 관한 것이므로 ‘사업 관련성’이 인정되고, 전체 거래 구조에 있어 국가에 신고·납부되어야 할 부가가치세는 이미 청구법인에 의해 전액 신고·납부되었으므로, 매출세액 상당 부가가치세 납부의무를 이행함에 있어 기납부한 수입부가가치세 상당액은 매입세액공제를 통해 청구법인에 환급되어야 한다.

 3) 조사청 세부주장 및 제출증빙

  가) 쟁점부품은 XX이 국내 고객사에 판매하는 반도체 제조설비에 포함된 부수적 부품으로, 쟁점부품 거래는 청구법인이 보증수리 서비스 제공을 위하여 수입하는 부품 거래와 성격이 다르다.

   (1) 쟁점부품 수입의 거래당사자는 XX과 국내 고객사이다.

    (가) XX의 반도체 제조장비 본체는 고객사가 XX로부터 직접 수입하지만 본체와 별개로 수입되는 쟁점부품은 XX의 의뢰로 청구법인 명의로 무환수입되어 위 장비의 설치에 사용되고, 고객사는 XX에 장비와 쟁점부품 대금 일체를 지급한다.

    쟁점부품은 반도체 제조설비에 포함된 부수적인 재화이므로 고객사에서 직접 수입하여야 할 것이지만, 고객의 일정에 따른 설치 편의를 위하여 XX의 의뢰에 따라 청구법인이 수입대행하여 고객사에 제공하는 것이다.

    청구법인 ES GROUP 리더 김AA에 대한 문답서 기재에 의하면 반도체 제조설비 본체인 챔버가 기본 한 대당 40억 원에서 70억 원 가량이다. 쟁점부품 입출고 기록에 따르면 무상수입된 쟁점부품 중 고가의 부품은 원화환산액 10억 원 이상인 것들도 있고, 단순한 케이블, 튜브, 파이프 등에 그치는 것이 아니다.

<쟁점부품 입출고 기록 발췌> - 그림 생략

    (나) 관련 관세 판결은 ① 쟁점부품의 가치는 XX이 국내 고객사에게 판매한 반도체 제조설비의 가치에 이미 포함되어 있으며 ② 쟁점부품은 기본적으로 XX과 국내 고객사 사이의 반도체 제조설비 판매 및 설치계약에 따른 이행으로서 제공되는 것이므로 그 대금 지급은 XX과 국내 고객사 사이에서만 이루어지고, 청구법인은 스타트업 서비스 대가로 XX로부터 별도로 수수료만을 지급받을 뿐이며 ③ 결국 쟁점부품의 수입은 XX과 국내 고객사간의 계약이행을 목적으로 수입된 것으로 보아야 하고, 그 계약 이행에 있어 청구법인이 실질적인 거래당사자라고 인정하기 어렵다고 설시하였다.

    (다) 청구법인은 관련 관세 판결문 상 ‘이 사건 물품의 거래 당사자는 원고와 XX’이라는 부분이 쟁점부품의 실질적인 수입자를 청구법인으로 인정한 것이라고 주장하나, 이는 쟁점계약 상 ‘importer of record’ 문구가 있고 그에 따라 청구법인이 수입 관련 서류에 수입자로 기재되어 있는 점 등에 비추어 관세등부과처분 취소소송의 당사자를 확정하기 위한 것이다.

    청구법인은 위 관세 소송에서도 쟁점부품 수입거래와 보증수리용 부품 수입거래가 동일한 거래라고 주장하였다. 그렇지만 법원은 쟁점부품 거래에 있어 청구법인에게 수리용 부품에서와 같은 판매자의 지위가 인정되지 않는다고 보았고, 청구법인은 XX과 국내 고객사 사이의 반도체 제조설비 판매 및 설치 계약 이행에 따라 쟁점부품을 수입한 것으로, 스타트업 서비스 대가로 별도의 수수료만 지급받았을 뿐이라고 판단하였다.

    이와 같이 반도체 제조설비 판매 및 설치 계약의 주체는 XX과 국내 고객사이며, XX은 국내 고객사에 반도체 제조장비 본체와 쟁점부품을 하나의 구성단위로 판매하였고 그 대가도 고객사로부터 전부 지급받았다. 그 과정에서 청구법인이 XX로부터 위탁을 받은 업무 범위는 쟁점부품을 그 명의로 국내에 수입통관대행하고, 그 대가로 XX로부터 수수료를 수취할 뿐이다. 결국 쟁점부품의 실질적인 수입 당사자는 XX(또는 국내 고객사)로 형식상의 수입신고명의자일 뿐인 청구법인은 쟁점부품 수입의 주체가 아니므로 그에 대한 매입세액공제를 받을 수 없다.

    대법원 판례(대법원2009두11546, 2011.4.28.)도 ‘형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다.’라고 판시하고 있다.

   (2) 스타트업 서비스와 보증수리 서비스는 청구법인의 사업 관련성 측면에서 차이가 있다.

    (가) 청구법인은 XX로부터 제공받은 부품을 스타트업과 보증수리에 동일하게 사용하므로 쟁점부품도 자기 사업을 위하여 사용한 것이라고 주장한다. 그러나 (i) XX이 국내 고객사에 반도체 제조장비(재화)를 판매하는 과정의 일부에 해당하는 스타트업 서비스와 (ii) 제조장비의 판매가 완료된 후 청구법인이 제공하는 보증수리 서비스에는 차이가 있다.

    (나) 스타트업 서비스는 XX이 고객사에 반도체 제조설비(재화)를 직접 판매하는 과정에 부수되는 용역이다. XX이 고객사에 본체와 쟁점부품을 포함한 제조장비 일체를 하나의 유닛으로 판매하는 거래는, 스타트업 용역이 완료됨으로써 하나의 매출이 완성된다.

    따라서 그 설치가 완료되기 전까지 쟁점부품을 포함한 장비 전체에 대한 실질적인 수입·제공 책임은 XX에 있으며, 청구법인은 제조장비 전체의 설치용역만을 XX로부터 위탁받아 수행하는 것이다. 결국 쟁점부품은 XX이 고객사에 판매한 설비의 일부로서 XX의 장비 매출과 관련한 부품일 뿐, XX을 대신하여 반도체 제조설비에 추가되는 설치용역만을 제공하는 청구법인의 용역매출과 관련된 부품이 아니며 쟁점부품은 청구법인이 설치해야 하는 ‘대상’이다.

    본체의 구성품을 이루어 판매된 부품이 본체와 시차를 두고 수입되었다거나 통관자가 다르다는 이유로 그 성질이 ‘용역에 부수되는 재화’로 바뀌지 않는다.

    (다) 반면 보증수리 서비스는 XX이 제조장비 판매를 완료된 뒤에 청구법인에 위탁하여 고객사에 제공하는 용역거래로, 청구법인은 수리 용역 제공에 필요한 부품을 XX로부터 직접 수입하여 XX의 고객사에 수리 용역과 함께 제공하고, 무상보증기간 만료 전후에 따라 XX(만료 전)과 국내 고객사(만료 후)로부터 부품 및 수리 서비스 대가를 수취한다.

    보증수리 서비스에 사용한 부품은 XX이 고객사와 약정한 보증기간 만료 여부에 따라 매출처가 다를 뿐 청구법인이 부품 판매자로서 동 부품을 수입하여 사용하고 대가를 수취한다는 점은 공통적이다. 따라서 보증수리 부품은 유·무상 수입을 불문하고 청구법인이 자기의 사업을 위하여 사용한 것으로 볼 수 있다.

   (3) 쟁점계약에도 쟁점부품에 관한 약정은 없고 청구법인이 스타트업 서비스를 제공한다고 명시되어 있을 뿐인데, 이는 쟁점부품이 반도체 제조설비에 포함되어 XX이 국내 고객사에 제공하는 재화이기 때문이다.

    (가) 쟁점계약에서 XX의 책임 (ii), (iii)을 살펴보면, ① 보증수리 서비스의 경우에는 XX이 자신의 비용으로 서비스 및 부품을 제공할 책임이 있다는 조항이 있지만 ② 스타트업 서비스의 경우에는 부품에 대한 언급 없이 서비스를 제공할 책임이 있다고만 정하였을 뿐이다.

    (나) 쟁점계약 상 청구법인의 책임 (xi), (xii)에도 ① 보증수리의 경우에는 청구법인이 XX의 요청에 따라 고객사에 전화상담, 엔지니어 출장 서비스를 제공하는 데에 있어 필요한 부품을 XX이 청구법인에게 무상제공하거나 관련 대금을 지급하도록 하는 조항이 있으나, ② 스타트업 서비스의 경우에는 부품에 관한 언급은 없다.

    (다) 위 계약의 전체 내용과 구조에 따르면, 쟁점부품은 XX이 청구법인의 서비스에 사용하도록 하기 위해 청구법인에 제공하는 재화가 아니다. 위 부품은 XX과 고객사 사이에 체결된 반도체 제조장비 판매계약에 따라 이미 그 설비에 포함되어 하나의 장비 ‘일체’로서 XX이 고객사에 제공하는 재화이기 때문에, 보증수리 서비스의 경우와 달리 부품에 대한 규정은 두지 않았던 것이다.

  나) 쟁점부품의 실질적인 수입 주체는 XX이고, 동 부품은 청구법인의 책임과 계산 하에 수입된 것이 아니다.

   (1) 쟁점부품 수입 관련 실질적인 책임의 주체는 XX이다.

    (가) 반도체 제조장치는 고객사가 요청하는 사양에 따라 개별적인 특성을 반영하여 맞춤형 설계로 제작되고, 이에 필요한 부품을 XX과 고객사가 결정한다. 그 과정에서 청구법인은 XX이 판매하는 반도체 제조장치에 대한 고객의 요청사양에 관한 정보 수집 역할, XX과 고객사 사이에서 가격·납기 등 조건을 조정하는 역할을 하면서 XX에 대한 판매 지원을 하는 것이다.

    (나) 청구법인 개별기업보고서에 따르면, 청구법인은 XX의 국내 대리점이 아니라 판매지원 업체에 해당하고 고객사와의 반도체 제조장치 판매 계약은 XX이 직접 체결한다. 해당 장비와 그에 부수적으로 공급되는 재화인 쟁점부품의 수입·제공에 관하여는 판매 종결시까지 XX이 결정하고 책임지며, 쟁점부품은 고객사의 일정에 맞추기 위하여 XX이 청구법인에 수입을 위탁한 것 뿐이다.

    만일 청구법인이 XX의 위탁을 받아 그 책임과 계산 하에 쟁점부품을 수입한 것이라면, 보증수리용 부품과 같이 청구법인이 XX 또는 국내업체 중 가격경쟁력이 있는 업체로부터 독자적으로 쟁점부품을 매입하여 스타트업 서비스에 사용하고 그 부품 대금과 용역 대가를 XX에 청구한 경우도 발생할 것이다. 그런데 쟁점부품은 XX의 판단 하에 국내 수입되며 청구법인은 그에 대한 수입대행수수료와 시간당 설치 용역료만 지급받는 바, 청구인이 자신의 책임과 계산으로 쟁점부품을 수입하였다고 보기 어렵다.

    (다) 청구법인은 반도체 제조장비 본체를 고객사가 직접 수입하는 것과 달리 쟁점부품을 스스로 수입하여 서비스의 일환으로 고객사에 제공하는 것이라고 주장하면서, XX과 국내 고객사가 견적서 등 관련서류에 쟁점부품을 특정하지 않은 점을 근거로 제시하였다.

    그런데 XX과 국내 고객사 사이의 반도체 제조설비 판매계약에는 스타트업 서비스가 포함되어 있고 쟁점부품은 본체에 수반제공되는 것으로, XX이 본체는 물론 쟁점부품까지 제공할 의무를 부담하는 것이 당연하기 때문에 견적서 등 관련 서류에 특정할 필요가 없는 것이다.

    쟁점부품을 포함한 전체의 장비 가격으로 발주가 이루어지고, 고객사가 관련대금 전체를 XX에 지급하였다는 점은 청구법인도 다툼이 없는 사실이다. 관련 관세 판결도 ‘XX은 국내 고객사에게 반도체 제조설비를 판매하고 그 일환으로 원고(청구법인)에게 이 사건 물품(쟁점부품)을 무상으로 공급하므로, 이 사건 물품의 가치는 XX이 국내 고객사에게 판매한 반도체 제조설비의 가치에 이미 포함되어 있다’고 설시하였고, XX 세무그룹 리더도 쟁점부품은 XX이 판매하는 반도체 제조장비의 가격에 포함되어 있고 출고 시점에 XX의 매출원가(비용)으로 처리한다고 진술하였다.

<XX 세무그룹 리더 CCCC 문답서 발췌>

    (라) 쟁점계약 상 청구법인은 ‘Importer of record’(공식적인 기록 상의 수입자)로 명시되어 있어, 수입의 당사자가 아니라 통관 시 기록 상의 수입자로서 수입대행자에 불과하다. 즉, 위 계약서 상 청구법인은 XX이 평가를 위해 고객에게 발송한 계약제품과 스타트업 또는 보증수리 서비스에 사용되는 예비부품에 대한 수입신고의 주체가 되는데, 이는 수입통관자 역할을 수행한다는 것이지 수입의 당사자라는 것이 아니다.

    청구법인은 ‘Importer of record’가 단순 수입대행자를 의미하는 것이 아니라 원칙적·일반적인 수입업자를 지칭하는 개념이라고 주장한다. 그러나 미국은 해외사업자가 사업자등록 없이 수입을 하는 경우에 서류 작성, 관세 납부 등 의무를 명확히 하기 위해 통관절차 상 책임을 지는 자를 미국 내에 지정하도록 하고 있다. 따라서 미국 수입통관 시 수입자의 역할을 해주는 IOR(The importer of record)이 반드시 필요하며, 수입에 있어 IOR이 된다는 것은 실질적 수입자인 해외사업자를 대신하여 수입통관절차 상 수입자 역할을 대행하는 자가 된다는 의미이다.

    쟁점계약서 상 ‘Importer of record’라는 문구를 둔 것은 실질적인 쟁점부품 수입 주체인 XX이 국내에 사업자등록이 없으므로 청구법인이 대신하여 수입자 역할을 대행하도록 의무를 부여한 것이고, 청구법인은 XX로부터 수입대행에 따른 위탁수수료(인보이스 건당 11만 원)를 수취하였을 뿐이다. 청구법인이 제출한 19 CFR § 101.1 – Definitions.(각주 1 참조)에서도 Importer는 실질적인 수입자 뿐만 아니라 그를 대신하는 에이전트도 포함하는 의미로 ‘The consignee’(수탁인), ’The importer of record‘ 등을 예로 들고 있다.

   (2) 쟁점부품과 보증수리 부품은 수입, 관리 과정에서 차이가 있고, 그 차이로 인해 쟁점부품의 수입 주체는 XX, 보증수리 부품의 수입 주체는 청구법인으로 달라진다.

    (가) 우선 수리용 부품의 수입, 관리 구조를 살펴보면, 청구법인이 XX에 구매주문서(PO)를 보내 요청하면 부품이 수입되고, 청구법인은 안전재고로 수천종의 부품을 다양하게 갖추어 두며 LOT 번호를 부여하고 바코드로 입출고기록 등을 관리하고 재고자산 및 매출원가로 계상하고 있다.

    청구법인 소속 엔지니어가 고객사 장비의 문제상황에 대해 조치방법을 판단하고 적합한 부품을 사용한 후 인건비와 부품 대가를 XX에 청구한다. 따라서 보증수리 서비스를 제공하며 그에 필요한 부품을 수입하는 것은 청구법인의 사업과 관련성이 있어 매입세액공제가 가능하다.

    (나) 쟁점부품의 경우에도 만일 청구법인의 책임과 계산 하에 부품이 수입되고 청구법인의 재고로 계상·보관하고, 스타트업 서비스 제공 시 해당 부품도 함께 사용한 후 XX에 부품 및 용역의 대가를 청구하는 경우라면 사업 관련성이 인정될 것이다.

    그런데 쟁점부품은 청구법인의 필요에 의하여 XX에 구매주문서(PO)를 보내 구매하는 것이 아니며, XX이 고객사에 판매하여 반도체 제조장비와 함께 제공되는 쟁점부품을 수입대행한 것이다. 부품을 배송할 국내 고객사를 XX이 직접 결정하여 인보이스 및 부품 포장박스에 고객사와 설비번호(S/N)가 기재된 채로 수입이 이루어진다는 측면에서도 이를 확인할 수 있다.

<쟁점부품 포장 박스 – 고객사와 설비명 표기> - 그림 생략

    청구법인은 ○○ ○○시 소재 물류창고에 청구법인의 재고자산 보관장소와 분리된 별도의 장소에 쟁점부품 수입 포장 상태 그대로 단기간(평균 40일 가량) 보관하였다가 배송 출고의뢰서에 지정된 국내 고객사의 사업장으로 배송한다.

<쟁점부품 보관 창고 (○○ ○○시 소재)>- 그림 생략

    청구법인은 쟁점부품도 시스템 상으로 입출고 및 재고관리를 하고 있다는 점을 실질적인 수입주체라는 근거로 제시하였으나, 수입대행의 경우에도 상품 관리를 위해 위와 같은 수준으로 관리하는 것은 당연하므로 이를 들어 청구법인이 쟁점부품의 실질적인 수입주체라고 보기 어렵다.

    또한 청구법인 OP팀 리더 정BB의 진술에 따르면, ① 청구법인은 쟁점부품을 재고로 관리하면서 부족한 부품이 발생했을 때 XX에 구매요청서를 보내 부품을 수입하는 것이 아니라 XX로부터 인보이스를 받은 때에서야 쟁점부품이 수입됨을 인지하게 되고 ② 재고로 계상하지는 않고 시스템 상 입출고 정도만 간단히 관리한다는 사실을 확인할 수 있다.

<청구법인 OP팀 리더 정BB 문답서 발췌>

    (다) 청구법인은 엔지니어들이 반도체 제조설비의 스타트업 서비스 제공 과정에서 필요한 부품을 직접 결정하여 수입한다고 주장하나, 쟁점부품 수입과 스타트업 서비스 과정을 조사한 바에 따르면 위 주장은 타당하지 않다.

    XX에서 부품이 사용될 고객사(ZZ)와 설비번호(0/0 ZZ0000)가 인보이스에 기재된 채 2016. 4. 4. 부품이 수입되고, 2016. 4. 12. 무상출고의뢰서 상 부품이 사용될 고객사의 설비(FOR ZZ0000)가 위치한 사업장으로 배송출고된 후 2016. 4. 14. 스타트업 작업을 9시간 한 것으로 작업일지 상 확인된다.

<Invoice 배송정보(ZZ ZZ0000)> - 그림 생략

<무상출고 의뢰서(ZZ ZZ0000)> - 그림 생략

    쟁점부품은 청구법인의 필요에 따라 장비의 성능 조건에 맞추어 수입이 이루어지는 것이 아니고 고객사가 요청하는 사양에 따라 맞춤형 설계로 판매된 제조설비에 필요한 부품을 고객사와 XX 사이에서 결정한 것이며, XX에서 부품의 사용처를 결정하여 청구법인에 의해 무환으로 수입되어 설치 작업에 사용될 뿐이다.

    더구나 신규 장비는 일본에 위치한 XX 본사에 설치하여 시험가동 작업을 하고 이상이 없는지 검토한 후에 판매가 되므로 가동에 필요한 본체와 구성부품은 판매 시 이미 결정되어 있으며, 설치 작업 중 불량이 발견되는 등 예외적인 상황에도 XX에서 출장 온 엔지니어들과 XX에 연락하며 조치를 취해 해결한다.

<XX 세무그룹 리더 CCCC 문답서 발췌>

    본체 설치에 필요한 쟁점부품은 고객과 XX간 계약에 따라 기본적으로 자동 배송되고 결함 등 문제 발생 시 추가적으로 부품이 요구되는데, 해당 부품을 청구법인에서 결정하는 것이 아니라 XX이 관리하는 ‘EE시스템’에 문제 현상 등을 입력하여 해결을 요청한다. EE시스템 상 지역승인자인 청구법인 내 관리자 결재를 거쳐, 최종적으로 글로벌 승인자인 일본 내 관리자가 입력된 현상이나 내용을 보고 최종결재 함으로써 부품이 국내로 수입된다.

<청구법인 ES GROUP 서비스 매니저 박DD 문답서 발췌>

<EE시스템 상 결재권자 – AIMI GG> - 그림 생략

    일본 내에서도 제품 자체의 결함이면 제조사인 FF이, 판매관리 상 문제이면 XX이 각 비용을 부담하는 바, 비용 부담의 주체를 판단하기 위해서도 쟁점부품의 문제 발생 원인과 그 결함을 확인하여 XX의 판단 하에 부품이 국내로 수입되는 것이다.

<EE시스템 상 비용책임구분 - 공장 또는 XX> - 그림 생략

    (라) 결국 XX이 고객사에 판매한 장비 전체(본체와 부품 등 구성품)가 준비된 상황에서 청구법인이 그 설치 등 스타트업 서비스를 제공하고 XX로부터 인적용역에 대한 대가(시간당 65,000원)를 받고, 여기에 청구법인의 쟁점부품 수입대행에 따른 수입위탁수수료(인보이스 장당 11만 원)를 수취하는 것이다. 또한 쟁점부품은 보증수리 부품과 달리 청구법인의 재고자산으로 계상하지 않고 별도로 입출고 정도만 관리하는 것에 그친다. 쟁점부품은 청구법인의 용역 매출이 아니라 XX의 제품 매출과 관련된 부품일 뿐이다.

*청구법인 부품 수입가격의 112% (2017. 3. 이후 110%)

    (마) 청구법인이 제출한 쟁점부품 입출고기록에 따르면, 쟁점부품이 청구법인에 입고 후 출고되는 기간은 평균 42일이다. 청구법인의 ES GROUP 총괄 리더 김AA의 진술에 따르면 고객사의 사업장 내 레이아웃(lay-out)을 짜는 YY의 하청업체가 별도로 있고 그 업체의 준비상황에 따라 40일 가량이 소요된다고 하였고, 청구법인 엔지니어들의 실제 작업에 소요되는 기간은 2~일에 불과하다고 답변하였다. 따라서 청구법인이 주장한 바와 같이 3개월에서 길게는 1년까지 걸리는 작업이라 할 수 없다.

※ ‘YY 등 국내 고객사의 하청업체가 레이아웃 작업을 40일 가량 수행하고 청구법인 엔지니어들이 반도체 제조설비를 연결하는 것은 2~일에 불과하다’는 구체적인 진술은 김AA 진술서(문답형) 상 기재되어 있지 않음

김AA의 진술 : “배관 등을 연결하는 레이아웃을 짜는 작업이 셋업작업이며, 이후에 설비를 연결하는 작업입니다. 연결작업은 2-3일 정도 소요되나 YY 준비상황에 따라 배관 등 연결작업이 완료되면, 그 후 각 항목 체크 포함 완료까지 특이사항이 없다면 약 40일 정도 소요됩니다. 설치 이후에 대량생산 전에 YY에서 원하는 스펙이 나오는지 확인하는 작업이 사인오프이고, 완료되면 워런티가 시작됩니다.”

    (바) 청구법인은 쟁점부품의 수입대행자로서 수입통관 관련 제반비용과 관세를 위탁자 XX에 청구하여 지급받고 이와 별도로 수입위탁수수료를 수취하고 있으나, 수리용 부품은 자기의 책임과 계산 하에 독자적으로 부품을 구입·판매하여 부품매출액을 자기 수입으로 하고 있다.

    조사청은 청구법인의 주장과 같이 단순히 ‘용역의 공급’에 필요한 부품을 ‘무상으로 수입’하였다는 이유로 그에 대한 매입세액공제를 부인하고자 하는 것이 아니며, 위와 같이 거래의 종류에 따른 청구법인의 지위 차이, 즉 ‘XX이 판매한 재화(쟁점부품)의 수입대행’과 ‘보증수리 서비스 제공을 위해 청구법인 자신의 계산과 책임으로 수리용 부품 수입’의 차이에서 세무조사 결과 통지를 한 것이다.

   (3) XX의 요청에 의해 청구법인은 단순히 쟁점부품 수입대행을 하며 수수료를 수취한 것으로, 그 매입세액은 매출세액에서 공제할 대상이 아니다.

    (가) 위 (2) (라)의 <표>와 같이 청구법인은 스타트업 서비스 제공 작업에 소요된 시간당 65,000원의 인적용역료를 XX에 청구한다. 이에 더하여 청구법인은 XX이 반도체 제조설비 판매 계약에 따라 고객사에 제공하는 쟁점부품을 자기 명의로 무환수입하는 과정에서 인보이스 한 장당 11만 원의 수입위탁수수료를 XX로부터 수취한다.

    2016년 제2기부터 2020년 제2기 부가가치세 과세기간까지 청구법인 명의로 무환수입된 쟁점부품은 2,340억 원 상당이고, 청구법인이 XX로부터 받은 수입위탁수수료는 21억 원으로 매입액의 0.9%이다. 위 수수료는 수입되는 부품의 가치와 관계 없이 거래 건당 수입업무 대행자로서 위탁받은 통관업무를 처리하고 수령한 대가이다.

<스타트업 관련 매출 및 매입금액>

(단위 : 백만원)

    (나) 청구법인은 주된 사업인 스타트업 서비스 제공에 따라 XX로부터 용역매출을 수수료로 받고 있으므로 위 용역과 관련하여 수입한 쟁점부품 매입세액은 공제 대상이라고 주장한다.

    그러나 쟁점부품 매입금액은 스타트업 용역 매출액의 132%로 매출액보다 매입액이 더 크고, 용역 매출은 청구법인의 엔지니어들이 제공한 시간당 서비스 대가로 쟁점부품의 매입 금액과도 대응하지 않아 청구법인이 창출한 부가가치를 왜곡하는 결과를 초래한다.

    쟁점부품 매입액에 대응하는 매출액은 소액 수입위탁수수료(부품 매입액의 0.9%)로, 쟁점부품 매입세액공제를 허용할 경우에는 결국 청구법인이 쟁점부품과 관계 없이 일으킨 여타의 매출세액에서 쟁점부품 수입 관련 매입세액이 공제되는 결과가 초래되는 바, 청구법인이 납부해야 하는 부가가치세가 과소계상된다.

    (다) XX은 반도체 제조설비 판매계약 당사자로서 청구법인의 청구에 따라 관련 관세 및 수입 제반비용을 부담하는 반면, 청구법인은 단순 수입명의자로 XX로부터 수입대행 수수료만을 수취하고 있다. 청구법인은 수입부가가치세액을 납부한 뒤 부가가치세 환급을 받아왔으나 관세 소송으로 인하여 추징된 부가가치세액은 XX에 청구한 것으로 확인된다. 쟁점부품의 대가 지불 관계, 제세 등 비용의 부담 주체, 소유권 소재 등에 비추어 청구법인은 쟁점부품의 실질적인 수입자로서 그에 대한 책임을 진다고 볼 수 없으며 결국 쟁점부품에 대한 매입세액공제를 받을 수 없다.

  다) 청구법인은 주요사업인 스타트업 서비스 제공에 쟁점부품이 사용되므로 쟁점부품 매입세액의 공제가 이루어져야 한다고 주장하나, 스타트업 서비스와 관련이 있다는 사실만으로 쟁점부품 수입부가가치세액이 매입세액공제 대상이 되는 것은 아니다.

   (1) 쟁점부품은 XX이 국내 고객사에 판매한 ‘재화’인 반도체 제조장비의 일부이고 청구법인이 본체와 함께 설치해야 하는 ‘대상’일 뿐, 용역에 부수적으로 사용하기 위해 수입한 것이 아니다.

   (2) 본 건과 유사한 거래구조로, 인터넷으로 타이어를 구매하여 카센터에서 장착 서비스를 받는 거래를 들 수 있다.

   고객은 인터넷 상에서 ‘타이어픽’으로부터 타이어(지정 카센터를 통한 장착 서비스 포함)를 구매하고 사전에 지정해둔 카센터를 통해 타이어 배송을 받으며 장착 서비스도 제공받는다. 고객은 모든 비용을 타이어픽에 지불하고, 카센터는 타이어 장착 서비스를 고객에게 제공하며 타이어 판매회사로부터 대가를 수령하게 된다. 이 경우에 타이어 매입세액은 카센터의 타이어 장착서비스 용역매출세액에서 공제할 대상이라고 할 수 없는 것이 당연하다.

   위 사례와 같이 서비스 제공과 함께 제공되는 재화의 공급 거래가 누구의 책임과 계산 하에 이루어지는가에 따라 실질적인 거래당사자가 달라지며, 두 거래가 얼마든지 별개의 거래로 인식될 수 있다.

(그림 생략)

   (3) 쟁점부품은 위 사례의 타이어와 같다. 국내 고객사는 XX로부터 반도체 제조설비(스타트업 포함)를 구매하고 청구법인은 XX의 위탁에 따라 스타트업 서비스를 제공하였다. 이 때 쟁점부품 매입세액은 청구법인의 용역매출세액에서 공제할 대상이 아니다.

(그림 생략)

   (4) 청구법인은 쟁점부품 거래가 에어컨 구입 사례와 유사하다고 주장한다. 고객이 YY로부터 에어컨을 구매하는 경우 에어컨 구매대금에는 실외기, 리모콘 등이 모두 포함되며 구매후 YY서비스 기사가 설치 일정에 따라 고객의 사업장에 실외기와 리모콘 등을 배송하고 실외기를 연결시키며 리모콘으로 에어컨이 정상 작동하는지를 확인한다. 그렇다고 하여 실외기, 리모콘 등 에어컨 관련 부품이 설치서비스 사업과 관련성이 있어 YY서비스의 매입세액 공제대상이라고 볼 수는 없다.

   실외기와 리모콘 등 관련 매출액은 에어콘의 판매자인 YY의 책임과 계산하에 제공되므로 YY의 매출액이고, YY서비스의 매출액은 설치서비스료만 해당함은 명백하다.

  라) 청구법인이 제시한 과세관청의 유권해석과 조세심판원 결정례는 단순 수입대행이 아닌 실질적인 수입 주체의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화를 수입한 건이어서 본 건에 원용할 수 없다.

   (1) 청구법인이 주장의 근거로 든 기획재정부 부가가치세제과-467(2010. 7. 2.) 등은 무상수입 재화가 수입자의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화인 경우에 그 매입세액을 공제한다는 내용이다.

   용역계약을 체결하고 그 계약이행을 위하여 무환으로 수입되는 재화라고 할지라도, 수입자가 해당 서비스를 제공하는 주체인지 여부에 따라 매입세액공제 여부가 달라진다. 따라서 누구의 명의로 수입되었는지 여부는 중요하지 않으며 누구의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화인지, 즉 ‘자기의 책임과 계산 하에 재화를 수입한 자가 누구인지’에 대한 사실판단이 필요한 것이다.

   (2) 국세청의 유권해석 사례에 의하면, 수입대행자가 수입세금계산서를 자기명의로 교부받은 경우 당해 매입세액은 수입대행자의 매입세액으로 공제받을 수 없고(서면-2016-부가-3533, 2016.7.12.), 골프공 추적시스템 장비임대업을 영위하는 외국법인과의 계약에 따라 장비를 무환수입하면서 수입에 관련된 관세를 외국법인이 대납한 경우로서 당해 장비의 수입주체가 실질적으로 외국법인인 경우에는 질의법인(국내 수입업자)이 수취한 수입세금계산서의 매입세액은 공제할 수 없다(서면-2019-법령해석부가-2944, 2020.1.21.).

   대법원 판례(대법원2009두11546, 2011.4.28.)도 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 판시하였다.

   청구법인은 자기의 책임과 계산 하에 쟁점부품을 수입한 것이 아니므로, 쟁점부품 수입세금계산서의 매입세액공제는 허용될 수 없다.

  마) 청구법인은 쟁점부품에 대한 매입세액공제를 받더라도 조세의 일실이나 탈루가 없다고 주장하나, 타당하지 않다.

   (1) 소비지국 과세 원칙과 전단계세액공제 제도를 채택한 부가가치세법에 의하면, 무환/유환에 관계 없이 대한민국으로 수입된 재화의 가치에 대해 부가가치세를 과세하고, 해당 재화가 사업자의 ‘자기의 사업’을 위하여 사용되는 경우 매출세액에 상응하는 매입세액을 공제하여 그 단계에서 창출한 부가가치에 대하여만 세금을 부담한다.

   국경을 통과할 때에 세관장에게 부가가치세를 납부하였다고 하여 무조건 환급대상이 되는 것이 아니라, 수입재화를 자기의 사업을 위하여 사용하여 매출을 일으킴으로써 부가가치를 창출한 경우에만 매입세액공제 대상이 된다.

   (2) 청구법인의 쟁점부품 관련 거래는 조세의 일실을 야기한다. 청구법인은 쟁점부품 가액에 일정한 마진을 붙여 공급한 금액을 매출액으로 하는 것이 아니라 수입대행수수료인 소액(매입액의 0.9% 수준)을 매출액으로 하고 매입세액공제는 수입액 전체에 대해 받고 있어, 쟁점부품과는 대응되지 않는 청구법인의 국내 매출액에서 공제가 이루어져 과다환급 결과가 초래된다.

   또한 청구법인의 주장과 같이 쟁점부품이 반도체 제조설비 판매와는 독립적으로 사업과 밀접한 관련성이 있어 청구법인을 통하여 공급하는 것이 타당하다면, 쟁점부품을 청구법인의 재고로 계상하고 자기의 책임과 계산 하에 수입한 뒤 국내 고객사에 일정한 마진을 가산하여 국내매출로 이어졌어야 할 것이다.

   XX이 국내 자회사에 설치서비스 이외에 장비 판매와 관련된 판매법인으로서의 지위를 인정하지 않으려는 이전가격 정책과 수입세금계산서는 부가가치세액을 환급받을 수 있는 점을 이용한 왜곡된 거래구조를 취할 것이 아니라, 청구법인이 쟁점부품의 판매자로 해당 부품을 수입하고 이익을 가산하여 국내 고객사에 공급하는 것이 보다 합리적이라고 볼 수 있다.

   청구법인이 XX의 수입대행자로서 쟁점부품을 수입하고 있는 현재의 거래형태 하에서, 쟁점부품의 수입 관련 매입세액은 환급 대상이 아니라 실질적인 수입당사자인 XX이 부담하여야 한다.

라. 판단

 1) 관련 법리

 「부가가치세법」 제35조 제1항에 의하면 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때 수입자에게 수입세금계산서를 발급하여야 하고, 같은 법 제38조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할’ 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두는 한편, 제39조 제1항에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없으나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 등 참조).

 2) 구체적인 판단

  아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점부품을 수입하면서 거래징수 당한 부가가치세액은 사업 관련성이 없는 지출에 대한 것으로서 「부가가치세법」 제39조 제1항 제4호의 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하므로, 세무조사 결과 통지에는 잘못이 없다.

  ① 위와 같이 「부가가치세법」제38조 제1항 제2호는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하였는데, 청구법인이 작성한 개별기업보고서에 따르면 XX이 국내 고객사에 판매한 반도체 제조설비의 설치 완료 및 고객사 승인이 있을 때까지 모든 책임을 XX이 부담하는 바, 쟁점부품은 위 제조설비 일체로서 청구법인이 XX의 위탁을 받아 설치해야 하는 대상일 뿐 청구법인 자기의 사업을 위하여 수입한 것이라고 보기 어렵다.

  ② 관련 관세 판결 역시 (i) 쟁점부품의 가치는 XX이 국내 고객사에 판매한 반도체 제조설비의 가치에 이미 포함되어 있고, (ii) 청구법인은 XX의 비용으로 쟁점부품을 무상으로 수입한 다음 국내 고객사에 스타트업 서비스를 제공하며, (iii) 쟁점부품은 기본적으로 XX과 국내 고객사 사이의 반도체 제조설비 판매 및 설치계약에 따른 이행으로서 제공되는 것이므로 그 대금 지급은 XX과 국내 고객사 사이에서만 이루어지고 청구법인은 스타트업 서비스 대가로 XX로부터 별도로 수수료만을 지급받을 뿐이며, (iv) 쟁점계약에는 XX이 판매계약상의 구입자의 계획에 따라 스타트업을 한다고 되어 있을 뿐 청구법인에 대한 언급이 없는 등 쟁점부품의 수입은 XX과 국내 고객사 간의 계약이행을 목적으로 수입된 것으로 보아야 하고, 그 계약 이행에 있어 청구법인이 실질적인 거래당사자라고 인정하기 어려우며, (v) 쟁점계약 상 XX이 XX의 비용으로 스타트업 서비스를 제공하여야 할 것을 규정하여 그것이 XX의 의무에 해당한다고 명시하고 청구법인에 대한 언급이 없는 등 쟁점부품의 거래에 있어 청구법인이 서비스 제공자의 독자적 지위에 있었다고 보기 어렵다고 판시하였다.

  ③ 쟁점부품에 대한 책임과 계산의 소재는 XX에 있어 그 실질적인 수입 주체는 XX이라 할 것이고 청구법인은 스타트업 서비스 제공에 따른 별도의 수수료를 XX로부터 지급받을 뿐인 바, XX이 국내 사업자등록이 없으므로 쟁점계약에서 청구법인을 쟁점부품 등에 대한 수입신고 명의자로 정하여 청구법인으로 하여금 XX을 대신한 수입자 역할을 대행하도록 한 것으로 보인다.

  쟁점계약 상 XX과 청구법인의 책임 조항에 ㉠ 보증수리 서비스에 관하여는 XX의 청구법인에 대한 부품 제공 관련 합의가 있으나 ㉡ 스타트업 서비스의 경우에는 ‘XX은 XX의 비용으로 본건 제품의 스타트업 서비스를 제공할 책임이 있다’, ‘XX이 요청하는 경우, 청구법인은 고객들에게 본건 제품의 스타트업 서비스를 제공한다’고 정하였을 뿐 부품에 관한 합의는 없으며, 청구법인의 개별기업보고서 상 위험부담 분석에 따르더라도 ㉠ 제품품질보증위험은 XX의 일본 자회사가 부담하고 ㉡ 재고위험 역시 XX 및 일본자회사가 제조 장치에 관한 재고 위험을 부담하며 청구법인이 보유하는 부품 재고에 대한 위험을 기본적으로 XX이 부담하고 ㉢ 무상보증기간(Warranty) 종료 전의 부품 및 스타트업 서비스에 대해서는 XX이 가격변동 위험을 부담하며 청구법인은 무상보증기간 종료 후의 가격변동 위험을 부담할 뿐이다.

  ④ 청구법인은 쟁점부품을 재고자산으로 계상하지 않고 전산 시스템 상 입출고 수준의 관리를 하고 있을 뿐이며, 청구법인의 재고자산 보관장소와 분리된 별도 장소에 쟁점부품을 포장 그대로 단기간 보관한다. XX 세무그룹 리더 CCCC의 진술에 의하더라도 쟁점부품은 출고 시점에 XX의 매출원가(비용)으로 처리한다.

  ⑤ 청구법인 개별기업보고서, XX 세무그룹 리더 CCCC 및 청구법인 소속 매니저 박DD의 각 진술, EE시스템 전산 화면 등에 따르면, 쟁점부품은 고객의 요구에 따른 성능을 달성할 수 있도록 XX과 국내 고객사가 반도체 제조장비 매매계약을 체결할 때 이미 결정되어 있다고 보이며 신기종 장비의 경우에는 XX에서 전문가가 지원을 위해 국내로 출장하여 업무를 수행하고 스타트업 서비스 제공 과정에서 문제가 발생한 때에는 XX이 관리하는 전산인 EE시스템에 문제 현상 등을 입력하여 해결을 요청하면 일본 내 관리자가 최종 승인하여 부품이 국내로 수입되는 바, 청구법인이 자기의 사업을 위한 독자적 지위에서 쟁점부품을 수입하였다고 보기 어렵다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.