주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분 내용

 가. 청구인은 ○○ ○○구 ○동 ○○○-○○ 토지 340.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1992.5.12.과 2002.3.4. 각각 지분 1/2씩 취득하고, 1996.10.7. 쟁점토지에 지하1층, 지상6층의 숙박시설 및 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 보존등기를 완료하였다.

 나. 청구인은 쟁점부동산을 1994.7.1.부터 숙박업에 사용하다가 2019.9.17. ◇◇건설㈜(이하 “◇◇건설”이라 한다)에게 총 53억원에 일괄양도하고,

 2019.11.20. 쟁점토지의 양도가액을 52억 9천만원, 쟁점건물의 양도가액을 1천만원(부가가치세 포함)으로 하여, 2019년 과세연도 양도소득세 814,520,970원을 신고･납부하였고, 2019.10.24. 쟁점건물 양도를 포함하여 2019년 제2기 부가가치세를 신고･납부하였다.

 다. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.6.4.부터 2020.6.19.까지 △△세무서(이하 “처분청1”이라 한다)에 대한 종합감사를 실시한 결과,

 청구인이 안분한 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액은 양도일 현재 각 자산별 기준시가로 안분한 금액과 30% 이상 차이가 발생하고, 감정가액 등 객관적인 안분기준을 제시하지 못한다 하여,

 2020.9.10. 처분청1에게 건물의 양도가액을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분한 1,585,879,910원으로 하여 양도소득세를 경정하고,

 쟁점부동산 사업장 관할세무서장인 ▽▽세무서(이하 “처분청2”라 하고, 처분청1과 처분청2를 “처분청”이라 한다)에 부가가치세 과세자료를 통보할 것을 처분지시 하였다.

 라. 이에 따라 처분청은 각각 2020.10.5.과 2020.10.16.에 청구인에게 감사결과 예고통지를 하였고, 청구인은 이에 불복하여 2020.10.19. 과세전적부심사를 제기하였으나, 2020.11.17. ‘심사제외’ 결정되었다.

 마. 이에 처분청1은 2020.12.4. 청구인에게 2019년 과세연도 양도소득세 211,666,360원을 경정･고지하고, 처분청2는 2020.12.15. 청구인에게 2019년 제2기 부가가치세 220,868,710원을 경정･고지하였다.

 바. 청구인은 이에 불복하여 2021.2.8. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구 주장

 가. 처분청이 청구인에게 한 과세처분은 사적자치를 심각히 훼손하고, 실질과세원칙에 위반되어 위법하다.

  1) 청구인은 매수인인 ◇◇건설에게 쟁점부동산을 매도하면서 쟁점건물은 철거가 예정되어 있었기에 철거 과정에서 나오는 철근 등의 가치를 1천만원으로 예상하고 쟁점건물의 매매가액을 1천만원으로 결정한 것이며,

 매수인인 ◇◇건설에서는 2019.9.18. 쟁점부동산의 소유권을 이전받은 뒤, 2019.9.28.부터 2019.10.30. 사이에 건물을 철거하여 쟁점건물이 멸실되었고, 쟁점건물 멸실 사실은 청구인이 제출한 부동산등기부등본, 건축물철거･멸실 신고필증, 건축허가표지판 사진, 건축현장 사진 등에 의하여 명백히 확인된다.

  2) 실질과세와 관련된 법문들과 다수의 조세심판례, 예규, 부가가치세법상 실질거래가의 정의, 매수인의 쟁점건물에 대한 사용가치 및 사용수익 여부, 멸실 예정 건물의 완전멸실 여부, 매매계약 당시 청구인과 매수인의 매수 이유 등 종합적인 사실관계를 고려해 볼 때,

 쟁점건물은 기존 용도와 동일하게 계속 사용되는 것이 아니라 철거될 예정이었으므로 기존 용도에 따른 실질가치는 전혀 없는 것이고, 다만 형식적으로 양도의 형식을 취하면서 철거와 관련하여 발생되는 고철의 가격 정도로 매매가격을 결정한 것이므로 1천만원이라는 쟁점건물의 가격은 거래사실을 그대로 반영한 정상적인 거래가액으로 정당한 실지거래가액이다.

 3) 또한, 대법원 판례(93누8914, 1995.2.24.)에 따르면, 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가라 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것이며(서울행정법원 2012구합36651 등 같은 취지),

 부가가치세법상 실지거래가액은 거래 당사자 간 합의에 의한 가액으로, 우리 법체계 기본원리인 ‘사적자치의 원리’에 입각한 가장 근본적인 거래가이며 이를 부인하는 것은 명백한 위법이다.

 4) 쟁점건물은 실제로 멸실되었고, 청구인과 매수인 간의 매매계약은 당초 의사의 합치대로 온전히 실현되어 그 거래가 객관적인 사실에 부합되는 것이 명백함에도 처분청은 이 사건 거래가 허위임이 의심할 여지없는 적극적인 반증도 없이 실질거래가를 부인하였으며,

 조사청에서 처분청1에 대한 감사를 실시한 시점에서도 이미 쟁점건물이 멸실되어 계약내용이 성실히 이행되었음이 실체적으로 확인 가능하였음에도 처분청은 이 사건 매매계약을 둘러싼 특수한 사정을 고려함이 없이 사적자치 및 실질과세원칙에 반하는 처분을 한 것이다.

 나. 처분청이 청구인에게 한 과세처분은 과세형평에도 어긋나므로 부당하다.

  1) 쟁점부동산과 인접한 곳에서 ‘□□□’을 운영하던 이○○은 2019.9.20. ‘□□□’을 ◇◇건설에 매도하였는데, 이○○과 ◇◇건설은 ‘□□□’ 건물을 철거하고 신축을 예정하고 있었기 때문에, ‘□□□’ 매매 시에도 청구인과 동일하게 ‘□□□’ 건물의 가격을 1천만원으로 정하고 매매계약을 체결한 바 있다.

  2) ‘□□□’을 매각한 이○○은 건물가액을 1천만원으로 하여 주소지 관할세무서인 ◎◎세무서에 양도소득세 신고를 하였고, 사업장 관할세무서인 ▽▽세무서에 부가가치세 신고를 하였으며, 당초 신고내용이 그대로 받아들여져 추가적인 경정내용이 없다.

  3) 청구인은 이○○이 ‘□□□’을 매각한 시점과 동일한 시점에 동일한 매수인에게 동일한 조건으로 쟁점부동산을 매각한 것임에도,

 이○○의 신고내용은 그대로 인정해 주면서, 청구인에 대해서만 쟁점건물 거래가액 1천만원을 부인하고, 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 양도소득세와 부가가치세를 과세하였는바, 이것은 과세형평에도 반하는 부당한 처분인 것이다.

3. 처분청 의견

 가. 처분청은 조세법률주의에 입각하여 관련 법령에 따라 과세처분 하였으므로 당초 처분은 정당하다.

  1)「소득세법」제100조제3항에서 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 각 자산별 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.”라고 규정하고 있고,

 「부가가치세법」제29조제9항제2호에서 “사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우”에는 각 자산별 기준시가로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있다.

 2) 청구인이 구분 기재한 쟁점건물 가액이 위 법령에 위배되므로 위 법령에 따라 기준시가로 안분하여 계산한 가액을 각 자산별 양도가액으로 하여 양도소득세 및 부가가치세를 계산하여야 하는 것이다.

 나. 쟁점건물 가액이 1천만원이라는 청구인의 주장은 객관성이 결여된 일방적인 주장에 불과하다.

  1) 청구인은 현재까지도 쟁점부동산에 대한 가액을 쟁점토지 5,290백만원, 쟁점건물 1천만원으로 결정(매매계약서에 구분 기재)하게 된 객관적인 기준을 제시한 사실이 없고, 다만, 쟁점건물이 멸실 예정이었으므로 쟁점건물에서 나오는 고철 값 정도를 쟁점건물의 매매가액으로 정하였다고 주장하고 있을 뿐이다.

  2) 양도일 현재, 위 건물은 6층의 모텔건물로서 외관상 깨끗하여 계속적인 모텔사업이 가능하고 2018.12.31. 현재 재무상태표 상 잔존 장부가액은 421백만원이며 기준시가는 737백만원으로 확인되는데,

 이러한 고액의 가치가 잔존하는 쟁점건물을 매수인이 단순히 멸실할 예정이므로 사용가치가 없어 쟁점건물 가액을 1천만원으로 정하였다는 청구인의 주장은 현실성이 결여된 이해하기 어려운 주장에 불과하다.

  3) 이 건과 관련한 매매계약서를 보면, 쟁점건물 가액은 1천만원으로 정하면서 비품 및 집기가액을 3억원으로 정한 사실을 확인할 수 있는데,

 멸실될 예정이므로 쟁점건물 가액을 1천만원으로 정하였다고 주장하면서 오히려 쟁점건물보다 가치가 없는 비품 등의 가액을 3억원으로 정하였다는 사실이 과연 가능한 것인지 납득하기가 어렵다.

  4) 또한, 철거비용 및 철거에 따라 부수적으로 발생한 고철 등의 처분이익을 고려해야 할 주체는 실제 쟁검건물을 멸실한 매수인인바, 청구인이 고철 등 처분가격 정도로 쟁점건물의 가격을 정하였다는 주장은 논리적으로 맞지 않다.

 매수인은 쟁점건물을 매수하여 즉시 멸실하고 신축할 목적이었으므로 쟁점건물과 관련한 부가가치세는 토지 관련 매입세액에 해당하여 부가가치세 신고 시 공제받을 수 없다.

 다시 말해, 매수인은 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 얼마로 구분하든 전체 매매대금의 합계 53억원만 지불하면 되는 것이므로 매수인의 입장에서는 구분기재의 의미가 없어, 결국 청구인의 요구로 쟁점건물 가액을 임의로 산정하였다고 밖에 볼 수 없는 것이다.

 5) 더욱이 청구인은 ‘□□□’ 매도 건과 본 건을 비교하며 본 건 처분이 부당하다고 주장하나, 이는 오히려 이와 유사한 거래를 함에 있어 토지 및 건물가액을 공정하게 정하여 성실하게 신고하는 납세자와의 형평성을 고려하면 절대 인용되어서는 안된다.

  6) 청구인이 이 건 전에 제기한 과세전적부심사청구에서 청구취지가 불분명하고 보정에 응하지 않는다는 이유로 “심사제외” 결정되었는바, 이것만 보아도 이 건에서 주장하고 있는 청구내용은 단순히 급조되었다고 밖에 볼 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ○ 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가를 기준으로 일괄양도가액을 안분계산한 처분의 당부

나. 관련 법령

  1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부 개정된 것)

    ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(괄호 생략)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(괄호 생략)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

    ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

    ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.<신설 2015.12.15>

 2)소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】(2019.2.12. 법률 제29523호로 일부 개정된 것)

    ⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는「상속세 및 증여세법」제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

 3) 부가가치세법 제29조【과세표준】(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부 개정된 것)

    ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.<개정 2018.12.31.>

      1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

      2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

 4) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】(2019.2.12. 법률 제29535호로 일부 개정된 것)

 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

    1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우:공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액.(단서 생략)

5) 국세기본법 제14조【실질과세】(2018.12.31. 법률 제16097호로 일부 개정된 것)

    ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계

 1) 다툼이 없는 사실관계

  가) 청구인은 2019.9.17. 쟁점부동산을 ◇◇건설에 53억원에 일괄양도하고, 2019.11.20. 부동산매매계약서에 구분 기재된 가액인 쟁점토지 52억 9천만원, 쟁점건물 1천만원을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고･납부 하였으며, 양도소득세 신고내역은 아래와 같다.

  청구인이 제출한 양도소득세 신고서에 의하면, 쟁점토지 취득가액은 환산가액으로, 쟁점건물 취득가액은 실지거래가액으로 신고하였음이 확인된다.

  나) 청구인이 제출한 부동산매매계약서는 아래와 같고, 매매대금은 총 53억원으로 기재되어 있으며, 특약사항 2에 “총매매금액 중 건물가격은 금 “일천만원”(부가가치세 포함)으로 한다.”고 하고,

  특약사항 5에 “잔금 시 현 집기 비품 등은 현물 실사 후 세부목록을 작성하여 (부가세 포함) 금 삼억원(총매매대금 56억원에 포함)에 인수･인계하며, 잔금 시 세금계산서를 교부하기로 한다.”라고 기재되어 있다.

  다) 조사청에서는 2020.6.4.부터 2020.6.19.까지 처분청1에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점부동산의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아,

  2020.9.10. 양도가액을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 청구인에 대한 양도소득세를 경정할 것을 처분지시 하였는바, 조사청의 ‘시정사항’ 중 일부를 발췌하면 아래와 같다.

  라) 처분청1은 조사청의 처분지시에 따라 쟁점부동산의 매매가액 53억원을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가를 기준으로 안분계산 하였고, 2020.12.4. 안분계산한 가액을 기준으로 청구인의 양도소득금액을 경정고지 하였는데, 그 내역은 아래와 같다.

   ① 매매가액 안분계산 내역

   ② 양도소득세 경정 내역

  마) 청구인은 쟁점토지 취득 후 쟁점건물을 신축하여 1994.7.1.부터 2019.9.17.까지 쟁점부동산에서 “☆☆☆☆☆(이하 “쟁점사업장”이라 한다)”이라는 상호로 숙박업을 영위하였는데, 국세청 전산자료에서 확인된 청구인의 사업자등록 내역은 아래와 같다.

  바) 청구인은 쟁점부동산 양도거래와 관련하여, 2019.10.24. 쟁점건물분 양도가액 1천만원(부가가치세 포함)과 집기･비품 등의 양도가액 3억원에 대한 부가가가치세를 신고･납부하였고,

  처분청2는 2020.12.15. 쟁점건물 양도에 대한 과세표준을 기준시가로 안분한 가액인 1,585,879,910원으로 경정하여 청구인에게 220,868,710원의 부가가치세를 경정하여 고지하였다.

  사) 청구인이 제출한 종합소득세 신고서 상 확인되는 최근 5년 간 쟁점사업장 관련 수입금액과 소득금액, 쟁점건물 장부가액은 아래와 같다.

  아) 청구인이 양도소득세 신고 시 증빙자료로 제출한 “2018.12.31. 현재 건물감가상각비명세서”에 의하면, 2018.12.31. 현재 쟁점건물의 장부가액은 451백만원으로 확인되며, 이 금액은 종합소득세 신고서 상 쟁점건물 장부가액 422백만원과 29백만원의 차이가 난다.

〈2018.12.31. 현재 건물감가상각비명세서〉

* 청구인은 양도소득세 신고 시 451백만원을 쟁점건물의 취득가액으로 신고하였음

  자) 한편, 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 가액을 임의적으로 구분하는 방법으로 조세를 회피하는 경우를 방지하고자,

  2015.12.15.「소득세법」제100조제3항이 신설되고, 2018.12.24.「부가가치세법」제29조제9항제2호가 추가되었는바, 국세청에서 발간한「개정세법 해설」책자의 내용을 발췌하면 그 내용은 아래와 같다.

   ①「소득세법」제100조【양도차익의 산정】제3항 신설(2015.12.15.)

   ②「부가가치세법」제29조【과세표준】제9항제2호 추가(2018.12.24.)

  차) 청구인이 신고한 자산별 양도가액과 기준시가에 따른 안분가액과의 차이를 계산하면 쟁점토지와 쟁점건물 모두 30% 이상 차이가 난다.

  카) 청구인은 이 건 청구 전, 감사결과 과세예고통지에 대해 2020.10.19. ○○지방국세청에 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2020.11.17. ‘심사제외’ 결정되었는바,

  청구인이 제출한 과세전적부심사청구서 상 “청구 내용 및 이유”와 과세전적부심사결정서(심사제외결정) 상 “결정내용”을 발췌하면 아래와 같다.

   ① 과세전적부심사청구서 상 “청구 내용 및 이유”

   ② 과세전적부심사결정서 상 “결정내용”

 2) 청구인이 제시한 의견과 자료

 청구인은 쟁점부동산의 매각 경위 및 매매계약의 구체적 내용과 증빙을 제시하며 처분청이 위법･부당한 처분을 하였음을 주장하고 있다.

  가) 청구인은 쟁점사업장에서 숙박업을 운영하던 차 2014년경부터는 성매매금지법의 단속이 강화되어 경영이 악화되기 시작하였고, 2019년도에 이르러서는 겨우 직원 인건비와 청구인의 노력에 대한 대가를 얻을 수 있을 정도의 수익밖에 올리지 못하고 있었다.

  나) 또한, 쟁점건물 지상 1층은 주차장, 지하 1층은 근린생활시설이었는데 1996.1월 쟁점사업장 개업 시부터 타인에게 지하 1층을 임대하여 단란주점이 운영되고 있었으나, 2015.5월경 업주가 운영을 그만두겠다고 하기에 임차보증금을 반환하여 주고 그 후에는 빈 공간으로 방치해 두었다.

  다) 더군다나, 쟁점부동산은 건축된 지 25년이 경과되어 지속적으로 노후화되고 있는 상황이었으나, 쟁점사업장 운영으로 인한 수입은 지속적으로 감소되어 쟁점건물을 수리하거나 리모델링할 자금이 없었고, 경제적 필요성도 느끼지 못하고 있는 상황이었다.

  라) 그런 상황에서 2019.6월경부터 인근의 ‘□□□’과 쟁점사업장을 모두 매수한 뒤 건물들을 모두 철거하고 20층의 주상복합건물를 건축하려는 계획을 가지고 있던 ◇◇건설이 쟁점부동산을 매도할 것을 제의해 왔고 이와 관련한 협상을 진행하게 되었다.

  마) 그러던 2019.7월 초 ‘□□□’이 ◇◇건설에 매도되었고, 이 사실을 안 청구인은 쟁점부동산의 매도를 서두를 필요가 없다고 판단하고 지속적으로 매도를 거절하며 높은 가격을 받으려고 시도하였으며,

  결과적으로 ‘□□□’의 매도가격인 49억 6천만원보다 높은 53억원으로 매매가격을 책정하고, 쟁점사업장 내의 집기를 3억원에 추가로 인수하는 조건으로 총 56억원에 매매계약을 체결하게 된 것이다.

  바) 청구인이 2019.7.23. ◇◇건설과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 쟁점건물의 가격을 1천만원으로 한 이유는, ◇◇건설에서 쟁점부동산을 매수하여 계속 사용하면서 모텔영업을 할 것이 아니라 쟁점건물을 철거하고 그곳에 주상복합건물을 신축하는 것을 전제로 매수하는 것을 예상하고 매매계약을 체결하였던 것이기 때문이며, 건물의 가치는 철거 시 나오는 폐 철근 등의 고물 가격 등을 고려하여 정한 것이다.

  사) 쟁점부동산보다 먼저 매각된 ‘□□□’에 대한 부동산매매계약서의 특약사항에도 건물가액을 1천만원으로 한다고 기재되어 있고, 당해 건물이 철거가 예정되었음을 알 수 있다. 이에 대한 증빙으로 ‘□□□’의 부동산매매계약서를 제출한다.

  아) 청구인과 ‘□□□’ 운영자인 이○○은 ◇◇건설과의 특약사항 조건에 따라 2019.8.14. ○○구청에 건축을 신청한다는 건축위원회 심의신청을 하여, 2019.9.2. 건축이 가능하다는 심의결과를 통보받았고,

  청구인은 또, 2019.8.30. ○○구청에 쟁점부동산을 철거하겠다는 건축심의위원회 심의신청을 하여, 2019.9.17. 철거가 가능하다는 심의결과를 통보받았다.

  자) ◇◇건설은 2019.9.18.과 2019.9.20. 쟁점부동산과 ‘□□□’의 소유권을 이전받은 뒤, 2019.9.25. ○○구청장에게 철거일자가 “2019년 09년 28일~2019년 10월 30일”로 작성된 “건축물철거･멸실신고 필증”을 교부받았으며, 관련 증빙은 아래와 같다.

  차) ◇◇건설은 2019.9.28.부터 쟁점건물과 ‘□□□’ 건물에 대한 철거를 시작하여 2019.10.30.경 철거를 완료하였고,

  2019.11.22. ○○구청장으로부터 건축허가를 받아 2019.12월 경부터 건축을시작하였으며, 2021.6월 공사가 완료되면 입주가 시작될 예정이다. 이에 건축현장 사진 등을 제출한다.

 카) 쟁점건물은 2020.12.30. 멸실등기 되었음이 부동산등기부등본 상 확인된다.

 3) 쟁점부동산 취득부터 불복청구까지 과정 정리 내역

 이상의 사실관계와 청구인이 제출한 증빙자료 등에 의해 쟁점부동산 취득 시부터 이 건 심사청구 접수까지의 과정을 날짜 순으로 정리하면 아래와 같다.

라. 판단

 1) 관련 법리

  「소득세법」제100조 및 같은 법 시행령 제166조,「부가가치세법」제29조 및 같은 법 시행령 제64조에서,

  양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 하도록 하는 한편,

 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위 규정에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 보고 있는바,

  여기서 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라, 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다.

 2) 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가를 기준으로 일괄양도가액을 안분계산한 처분의 당부에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 살펴보건대, 이 건의 경우 아래와 같은 이유로 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

   ① 청구인이 쟁점부동산을 양도하면서 청구인이 신고한 쟁점건물 안분가액(1천만원)이 기준시가에 따른 안분가액(1,586백만원)과 30% 이상 차이가 나므로 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당된다.

   ② 청구인은 쟁점건물을 신축하여 이 건 양도시까지 모텔로 운영하여 왔는데, 쟁점건물이 가치가 없는 것으로 보아 양도가액을 철근가치 추정액인 1천만원으로 신고하면서, 토지･건물 일괄양도로 보아 쟁점건물 장부가액 451백만원은 취득가액으로 모두 공제받았는바, 양도가액과 이에 대응하는 취득가액 간 모순이 있다.

   ③ ◇◇건설이 쟁점부동산을 매수하여 등기를 마친 후 쟁점건물을 철거하고 그 부지 위에 주상복합건물을 신축할 사업계획을 가지고 있었다 하더라도, 이는 어디까지나 매매계약에 의하여 쟁점건물이 매수인에게 공급된 후의 부가적인 사정에 불과하여 쟁점건물 양도가액 산정에 고려하여야 할 소요가 아니다.

  나) 따라서, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 양도소득세와 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.