주 문

 ○○세무서장이 2021.12.13. 청구법인에게 한 2018년부터 2020년까지 사업연도의 법인세 각 730,080,000원, 504,300,000원, 257,235,000원 합계 1,491,615,000원의 과세예고통지는, 쟁점상여금 중 성○○의 업무기여도 및 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급한 금액 등에 따른 적정한 성과급과 특별상여금이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 산정하여 다시 통지합니다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

 가. 청구법인은 2001.1.6. 설립되어 ○○ ○○시 ○○읍 ○○로 ○○○○에서 반도체장비 및 부품제조, 수출입업을 주업으로 하는 법인으로, 청구법인의 지배주주이자 회장인 성○○에게 2018년 27억원, 2019년 20억원, 2020년 11억원, 총 58억원의 성과급 및 특별상여금(이하 “쟁점상여금”이라 한다)을 지급하고, 쟁점상여금을 손금산입하여 2018년부터 2020년까지 사업연도의 법인세 신고를 하였다.

 나. 통지관서는 청구법인이 성○○에게 지급한 쟁점상여금을 지배주주에게 급여 형식을 취하여 지급한 사실상 이익처분 성격의 상여금에 해당하는 것으로 보아 손금불산입하고, 2021.12.13. 청구법인에게 2018년부터 2020년까지 사업연도 법인세 합계 1,491,615,000원(2018년 사업연도 730,080,000원, 2019년 사업연도 504,300,000원, 2020년 사업연도 257,235,000원)을 과세예고통지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.7. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구 주장

 가. 쟁점상여금은「법인세법 시행령」제43조(이하 “쟁점법조항”이라 한다) 제1항에서 규정한 ‘이익처분에 의하여 지급하는 상여금’이 아니므로 손금불산입 대상이 아니다.

  1) 통지관서가 과세근거로 제시한 쟁점법조항 제1항의 ‘이익처분에 의하여 지급하는 상여금’이란 원칙적으로 주주총회 또는 이사회결의에 의한 이익처분계산서 승인 및 그에 따른 ‘이익잉여금의 처분’만을 의미하는 것으로 해석하여야 한다.

  더욱이 청구법인은 결산을 확정할 때 이익잉여금의 처분항목으로 기재하여 주주총회 승인을 통해 상여금 지급을 결정하지도 않았을 뿐만 아니라, 쟁점상여금은 과거 청구법인에 누적적으로 유보된 이익잉여금을 재원으로 지급한 보수가 아니므로 이익처분에 의하여 지급된 상여금에 해당하지 않는다.

  통지관서는 아무런 근거제시 없이 지배주주에게 지급된 쟁점상여금 전액을 ‘이익잉여금의 처분’으로 보고 손금불산입 하였으나, 지배주주에게 지급한 상여금을 이러한 방법으로 처분한다면 법인이 지배주주에게 지급하는 상여금은 언제나 전액 손금불산입되는 것으로 해석하게 되어 불합리하다.

  이러한 해석은 쟁점법조항 제2항에서 법인이 임원에게 지급하는 상여금을 손금에 산입할 수 있음을 전제하는 것과 상충될 뿐만 아니라 조세법률주의를 훼손하고 있으므로 부당하다(조심2018중2268, 2019.7.5., 조심2016중4350, 2017.6.30.).

  2) 통지관서는 월 급여에 해당하는 임금(이하 “임금”이라 한다)과 비교하여 지배주주에게 지급된 성과급 및 특별상여금이 과다하다고 판단하였다. 그러나 연봉은 임금과 성과급, 특별상여금으로 구성되어 있고, 급여체계를 설정함에 있어 매출액 증대라는 성과를 유인하기 위해 임금과 성과급 등을 구분한 것이므로 성과급과 특별상여금을 임금과 비교하여 과다 여부를 판단함은 부적절하다.

  3) 통지관서는 당기순이익과 비교하여 쟁점상여금이 과다하다고 판단하였다. 쟁점상여금은 청구법인이 보다 많은 매출을 발생시키기 위한 비용이며, 보다 높은 매출총이익률을 달성하기 위해 지출한 비용이다.

  수익비용대응원칙을 기준으로 해당 비용으로 얼마만큼의 수익을 창출하였는가, 매출총이익 등을 기준으로 한 질 높은 수익을 창출하였는가가 비용의 지출 규모가 적정하였는지를 판단하는 기준이 되어야 한다.

  따라서 쟁점상여금의 과다 여부는 전체 매출액 대비 비율, 매출액 성장성, 매출총이익률 등 매출액을 기준으로 판단하는 것이 합리적이다. 당기순이익은 잔여이익에 불과한데 이를 쟁점상여금의 과다 여부에 대한 판단기준으로 삼을 경우 당기순이익이 작아질수록 쟁점상여금이 더욱 극단적으로 과다하게 보여지는 순환 오류가 발생하게 된다.

  또한 당기순이익의 결정에는 쟁점상여금 이외에 많은 비용들이 영향을 미침에도 불구하고 쟁점상여금만이 당기순이익에 영향을 미치는 것처럼, 쟁점상여금이 당기순이익을 과도하게 감소시킨 것처럼 결과를 왜곡하여 수익에 비용이 대응된다는 기본 원칙을 호도하게 만든다.

  4) 통지관서는 매출액 100억원 초과분에 성과급을 지급하는 것에 대해 연매출액이 100억원 미만으로 감소하지 않는 한 고액의 성과급을 지배주주에게 지급하기 위함이라고 판단하였다.

  이러한 판단은 지배주주가 향후 매출액 발생에 기여함이 없을 것이라는 근거없는 미래를 가정한 주장이다. 청구법인의 성과급 구조는 매출액이 감소하는 경우 지배주주에게 성과급을 적게 지급하기 위함으로 판단함이 적절하다. 청구법인의 2018년부터 2020년까지 매출액 중 79%의 매출이 지배주주의 기여로 발생하였다.

  전체 매출액 중 지배주주의 매출 기여율이 유사할 경우 매출액이 200억원으로 감소할 경우 지배주주인 성○○의 평균 기여 매출액은 약 160억원이나 100억원을 차감한 60억원에 대해서만 성과급을 지급받을 수 있으며, 매출액이 100억원 이하로 감소할 경우 성과급은 전혀 받지 못하는 결과를 초래한다.

  5) 쟁점상여금의 수준이 과도한지 여부를 판단하기 위해서는 적절한 수준에 대한 판단이 선행되어야 한다. 따라서 적절한 수준에 대한 기준을 먼저 정해야 할 것이며, 쟁점상여금의 전체 금액이 과도할 지라도 적절한 수준 이내의 지급액은 법인의 손금으로 인정되어야 한다.

   6) 통지관서는 지배주주가 주주총회에서 사실상 독자적인 의결권 행사가 가능함을 이유로 급여지급기준의 신뢰성에 의문을 제기하였다. 그러나 상법은 주식회사에 대하여 1인이 100% 지분을 보유할 수도 있고, 특수관계자와 함께 독자적인 의결권 행사도 가능하게 하고 있다.

  지배주주가 상법적으로 주주총회에서 사실상 독자적인 의결권 행사가 가능할지라도 이사회와 주주총회라는 절차적 요건을 갖추고 합리적인 범위 내에서 급여지급기준을 가지고 있다면 해당 지급기준은 신뢰성이 있다고 판단함이 적절하다.

  통지관서의 주장대로라면 극히 일부를 제외한 대부분 주식회사의 지배주주는 해당 회사에서 근로를 하거나 경영을 할 경우, 그에 따른 보수는 근로소득으로 받을 수 없고 배당의 형식으로만 가능하다는 판단으로 이어진다. 이러한 판단은 지배주주의 노동권을 침해하며, 상법에서 규정하고 있는 주식회사 제도를 위축시킬 뿐이다.

 나. 쟁점상여금은 쟁점법조항 제2항에서 규정한 ‘급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우’가 아니므로 손금불산입 대상이 아니다.

 쟁점법조항 제2항에 의하면, 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관, 주주총회, 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액을 손금불산입 하도록 하고 있는데, 청구법인의 경우 “임원 성과급 및 특별상여금 지급규정”(이하 “성과급 등 지급규정”이라 한다)에 상여금 지급에 관한 지급기준을 설정하였고 해당 규정에 의거 산출된 금액 이내에서 성과급 등을 지급하였으므로 쟁점법조항 제2항에 의한 손금불산입 항목에 해당하지 않는다.

  1) 청구법인은 ‘성과급 등 지급규정’ 제4조와 제5조 및 제6조에 따라 쟁점상여금을 지급하였는데, 쟁점상여금은 아래와 같이 ‘성과급’과 ‘특별상여금’으로 구성되어 있다.

  2) 성과급 산출기준액은 매년 12월까지의 매출액에서 기준매출액인 100억원을 초과하여 달성한 금액이고, 회장에 대한 지급기준율은 성과급 등 지급규정에 사전적으로 규정된 비율인 6%이며, 최종 성과급 지급액은 성과급 산출기준액에 지급기준율을 곱한 금액의 범위 내에서 주주총회의 결의에 의하여 그 금액을 확정하도록 규정되어 있다.

  청구법인의 2018년 매출액은 약 489억원이고, 성과급 등 지급규정에 따른 성과급 산출기준액은 38,972백만원이며, 해당 금액에 6%를 곱한 금액은 2,338백만원이므로, 청구법인은 주주총회의 결의를 통해 성○○에 대한 성과급을 23억원으로 확정하여 지급하였다.

  2019년과 2020년의 매출액은 각각 약 445억원과 약 257억원이며, 성과급 등 지급규정에 다른 성과급 지급액 상한액은 각각 2,071백만원, 945백만원이며, 주주총회의 결의에 따라 확정된 성○○ 회장의 성과급은 2019년 20억원, 2020년 9억원이다.

  3) 특별상여금의 지급액은 각 임원별 연간 급여 총액에 등급별 지급기준율을 곱한 금액을 한도로 하여, 해당 한도 내에서 주주총회 결의에 의하여 그 금액을 확정하였으며, 각 임원에 대한 등급은 이사회 결의에 의해 확정하였다.

  성○○ 회장의 경우 2018년부터 2020년까지 각각 A등급, E등급, C등급을 받았으며, 주주총회 결의전 특별상여금의 한도는 2018년부터 2020년까지 각각 450백만원, 0원, 210백만원이며, 주주종회에서 결의하여 확정된 특별상여금 2018년 4억원, 2019년 0원, 2020년 2억원을 지급한 것이다.

  4) 쟁점상여금의 경우 주주총회 및 이사회 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우에 해당하지 않으므로 쟁점법조항 제2항의 규정에 따른 손금불산입 대상에 해당되지 않는다.

 다. 쟁점상여금은 쟁점법조항 제3항에서 규정한 ‘정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우’가 아니므로 손금불산입 대상이 아니다.

  1) 임원들 중 성○○ 회장은 청구법인 주식 60%를 보유(배우자 지분율 포함 총 85% 보유)한 ‘지배주주’이고, 김□□과 김△△는 각각 10%, 5% 지분을 보유한 임원이며, 김□□과 김△△는 성○○과 쟁점법조항 제8항에 정한 특수관계 요건을 충족하지 않으므로 ‘지배주주등 외의 임원’에 해당한다.

  쟁점법조항 제3항의 적용 가능 여부를 판단함에 있어 먼저 지배주주인 성○○과 지배주주등 외의 임원들간의 직위가 동일한가를 비교해야 하는데, 이들은 동일직위의 임원으로 볼 수 없다.

  성○○은 청구법인을 설립하였고 이후 계속적으로 대표이사직을 수행하였는데, 2016년 ◇◇㈜(이하 “◇◇”라 한다)의 협력사들 간의 관계로 인하여 부득이 대표이사(등기이사)에서 물러났으나, 그럼에도 변함없이 상근직 회장의 직책으로 더욱 청구법인의 매출 확대 및 수익성 증대를 위해 노력하였으므로 성○○은 지배주주등 외의 임원들과 동일직위에 있다고 보기 어렵다.

  2) 설령 성○○을 김□□과 김△△와 동일직위에 있는 비교대상 임원으로 본다 하더라도 쟁점법조항상 정당한 사유를 판단함에 있어서 단순히 ‘지배주주등인 임원’에게 지급한 보수액이 동일직위에 있는 ‘지배주주등 외의 임원’에게 지급한 보수액보다 많다는 이유만으로 ‘정당한 사유’가 없다고 해석해서는 아니되며,

  지배주주등 임원에게 지급된 상여금이 법인의 규모와 영업환경, 해당 임원의 직무내용, 해당 임원의 직무가 법인의 매출액과 영업이익에 미치는 영향, 법인의 수익 및 재무상태 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하므로, 경영의 최종 의사결정자 및 청구법인의 최대 영업력 보유자로서의 역할 및 책임을 맡고 있는 성○○에게 청구법인이 지배주주등 외의 임원보다 많은 상여금을 지급한 것을 ‘정당한 사유’가 없다고 볼 수 없다.

  3) 청구법인의 경우 2018년 매출액은 약 489억원으로 청구법인 사업 영위기간 중 사상 최대 매출액이며, 2017년 매출액인 약 322억원 대비 52.0%(약 167억원) 증가하였다. 2019년 매출액은 소폭 감소한 약 445억원이며, 2020년 매출액은 전년도 대비 42.2%가 감소한 약 257억원이다.

  이는 코로나19로 인한 전 세계적 경기 침체에 기인한 것이며, 이러한 영향으로 2020년 청구인과 유사업종 업체들의 평균매출액변동율이 △59.7%였던 점을 감안하였을 때 청구법인의 매출액 감소는 타 기업에 비해 우수한 영업실적이라고 판단된다.

  2018년부터 2020년까지 청구법인의 매출총이익율은 각각 22.5%, 25.6%, 25.1%로 유사업종 업체들의 평균매출총이익율 각각 10.7%, 21.8%, 11.0%보다 훨씬 상회한다. 청구법인의 2018년부터 2020년까지 3개년 평균 매출총이익율은 24.4%인데 반해 유사업종 업체들의 3개년 평균 매출총이익율은 15.9%이다.

  한편, 청구법인의 매출총이익은 2017년 약 53억원, 2018년 약 110억원, 2019년 약 113억원, 2020년 약 64억원이며, 2018년 매출총이익은 전년 대비 약 57억원이 증가하였다.

  4) 청구법인이 2018년, 2019년, 2020년에 걸쳐 매출액과 매출총이익을 증대시키고 유사업종 업체들 대비 월등히 높은 수준의 매출총이익율을 이룬 것은 성○○의 영업 능력에 기인하다. 성○○은 1987년부터 1998년까지 ◇◇에 근무하였으며, 이 때의 경험과 인맥을 근거로 ◇◇와 관련된 영업과 해외 영업을 도맡으면서 청구법인 대표이사로 근무하여 왔다.

  2018년부터 2020년까지 청구법인의 매출액의 71.1% 이상이 ◇◇와 관련된 매출이고, 이는 성○○의 영업으로 이루어진 것이며, 2018년 ▽▽▽(해외, 중국) 매출액 약 95억원 역시 성○○의 영업으로 성사되었다. 이러한 노력으로 인하여 청구법인은 그 이전 대비 매출 뿐만 아니라 매출총이익율도 대폭 증가하게 된 것이다.

  5) 청구법인은 성○○ 이외에도 지배주주등 외의 임원인 김□□과 김△△에게도 각각 2018년 300백만원과 250백만원, 2019년 500백만원과 200백만원, 2020년 450백만원과 150백만원의 성과급 등을 지급하였다.

3. 통지관서 의견

 가. 쟁점상여금은 아래와 같이 청구법인이 이익잉여금을 지배주주인 성○○에게 배분하기 위하여 급여의 형식을 취한 것일 뿐이므로, 실질적으로는 이익처분에 의한 상여금에 해당한다.

  1) 청구법인은 2001.1.6. 설립일 후 미처분이익잉여금이 2020년말 기준 20,850백만원에 이르나, 배당금 등으로 이익처분한 이력이 전무하다.

  2) 쟁점상여금의 액수가 2018년부터 2020년까지 매년 당기순이익의 약 40%~80%, 지배주주인 성○○ 연봉인 3억원의 약 3.5배~9배에 이르는 고액이어서 이를 지배주주인 임원 개인의 인건비로 보기 어렵고, 당기순이익이 약 40%~80%이상 더 증가할 수 있음에도 특수관계인에 대한 급여 과다지급이라는 손쉬운 방법을 통해 당기순이익이 작아지고 결국 법인의 조세부담을 부당하게 감소시킬 수 있음을 고려하면 더욱이 그러하다.

  3) 또한, 쟁점상여금의 액수가 2018년부터 2020년까지 매년 매출총이익의 약 17%~24%에 이르는데 매출총이익에서 근로자 1인의 인건비가 비용으로 차지하는 비율이 비정상적으로 과도하게 높아 이를 지배주주인 임원 개인의 인건비로 보기 어렵다.

〈지배주주 상여금이 매출총이익, 당기순이익에서 차지하는 비율〉

  4) 청구법인은 2008년 매출액이 이미 100억원을 초과하기 시작하여 2013년 이후 매출액이 매년 200억원을 훨씬 상회하고 있으나, 성과급 등 지급규정상 기준 매출액을 100억원으로 낮게 책정하여 연매출액이 100억원 미만으로 감소하지 않는 한 고액의 임원 성과급을 계속 지급할 수 있게 기준을 설정하였다.

  5) 특히 매출액이 2019년 △9.1%, 2020년 △42.2% 감소에도 불구하고 고액의 임원 성과급을 지급했음을 감안한다면, 쟁점상여금은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것으로 법인세법 제19조 2항에서 요구하는 ‘손금의 통상성’을 만족하지 못하는 것으로 보인다.

  6) 성과급 등 지급규정상 성과등급이 구체적이고 객관적인 등급부여 기준이나 성과평가 방법 없이 연매출액만을 반영하여 2명의 이사(대표이사 김□□, 이사 김△△)와 1명의 감사(유○○)로 구성된 이사회결의에 의해 결정되었다.

  7) 지배주주인 성○○의 지분율 60%와 재배주주의 배우자 유☆☆의 지분율 25%의 합계는 총 85%로, 주주총회에서 사실상 독자적인 의결권 행사가 가능하여 급여지급기준의 신뢰성이 현저히 떨어진다.

  8) 청구법인과 같이 형식적인 성과급 등 지급규정 등을 갖추었다 하여 모두 법인의 손금으로 인정하여 준다면, 이익처분에 의한 상여를 법인의 손금으로 인정하는 결과가 됨으로써 다른 법인과의 과세형평에도 어긋난다.

 나. 따라서, 통지관서가 쟁점상여금을 지배주주에게 급여 형식을 취한 실질적인 법인의 이익처분으로 보아 손금불산입하고 청구법인에게 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ○ 쟁점상여금을 이익처분에 의한 상여로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 2) 법인세법 제19조【손금의 범위】

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 3) 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

  다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

   1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액

 4) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】

  다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

   1. 인건비

 5) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

   ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

  ② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관･주주총회･사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

  ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

  ⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

  ⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

   1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

    가. 친족(「국세기본법 시행령」제1조의2제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

    나. 제2조제5항제1호의 관계에 있는 법인

    다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인(이하 생략)

다. 사실관계

1) 청구법인은 2001.1.6. 설립된 법인으로, ○○ ○○시에 소재하고 반도체장비 및 부품제조, 수출입업을 주업으로 하고 있고, 성○○이 대표이사직을 역임하다가 2016.1.8. 김□□로 변경되었으며, 현재 청구법인의 조직도는 아래와 같다.

2) 국세청 전산자료에서 확인되는 2018년부터 2020년까지 청구법인 주주현황은 아래와 같으며, 청구법인 주주는 2009년부터 변동사항이 없다.

3) 청구법인은 2017.4.26. 주주총회를 개최하여, 회장의 선임･임기･직무 및 의무･보수와 퇴직금 규정을 추가하고, 임원보수규정･임원 성과급 및 상여금 지급규정(성과급 등 지급규정)･임원 퇴직금 지급규정, 임원 복리후생비 규정을 신설하였으며, 회장을 선임하였는데, 청구법인이 제출한 “주주총회서면결의서”의 내용은 아래와 같다.

4) 2017.4.26. 개최한 주주총회의 의결내용에 따라 청구법인은 2017.4.26.자로 정관을 개정(제2차 개정)하였는데, 개정된 내용을 살펴본바, 회장의 선임 등과 관련하여 주주총회에서 의결한 내용대로 추가되었으나, 제40조(회장의 보수와 퇴직금) 규정과 관련하여서는 아래와 같이 개정되었다.

한편, 2017.4.26. 신설된 “임원 성과급 및 특별상여금 지급규정”의 전문을 발췌하면 아래와 같다.

5) 청구법인은 2018~2020 사업연도 성과에 대해 임원들에게 성과급 및 특별상여금을 지급한바, 그 지급내역은 아래와 같다.

가) 청구법인은 2018.12.21. 작성된 이사회의사록과 2018.12.28. 작성된 주주총회서면결의서를 제출하였는데, 이를 근거로 2018년 귀속 성과급 등 지급액 계산내역을 요약하면 아래와 같다.

(단위:백만원)

 * 지급범위:성과급 산출기준액×지급기준율

나) 청구법인은 2019.12.20. 작성된 이사회의사록과 2019.12.30. 작성된 주주총회서면결의서를 제출하였는데, 이를 근거로 2019년 귀속 성과급 등 지급액 계산내역을 요약하면 아래와 같다.

(단위:백만원)

 * 지급범위:성과급 산출기준액×지급기준율

다) 청구법인은 2020.12.18. 작성된 이사회의사록과 2020.12.30. 작성된 주주총회서면결의서를 제출하였는데, 이를 근거로 2020년 귀속 성과급 등 지급액 계산내역을 요약하면 아래와 같다.

(단위:백만원)

 * 지급범위:성과급 산출기준액×지급기준율

6) 국세청 전산자료에서 청구법인이 회사를 설립한 2001년부터 2020년까지 성○○, 김□□, 김△△에게 지급한 상여금 내역을 조회한바, 그 내용은 아래와 같다.

7) 국세청 전산자료에서 확인되는 청구법인의 연도별 매출액･영업이익･매출총이익･이익잉여금 변동내역은 아래와 같다.

* 2018년~2020년 평균 매출총이익율은 24.4%임

청구법인의 매출액 변동추이를 그래프로 나타내보면 아래와 같다.

청구법인의 매출액은 2008년부터 성과급의 기준매출액인 100억원을 넘기 시작하였고, 청구법인은 회사 설립 이후 배당금을 한 번도 지급한바 없으며, 2020년말 현재 이익잉여금은 약 209억원으로 확인된다.

청구법인은 ◇◇ ◇◇시에 소재하는 법인 중 청구법인과 유사한 업종을 영위하는 것으로 판단한 3개 업체를 선정하여 매출총이익율과 매출액변동율을 제시하며, 이들 업체와 비교하면 청구법인의 영업실적이 월등히 우수한 수준이며, 이는 성○○이 과거 ◇◇에 근무하면서 얻은 경험과 인맥을 근거로 한 영업능력에 기인한 것이라고 주장하고 있는데, 청구법인이 제시한 유사업종 업체들의 매출액 등 관련 자료는 아래와 같다.

청구법인은 성○○이 1987년부터 1998년까지 ◇◇에 근무하였고, 이를 바탕으로 ◇◇와 관련된 영업과 해외영업을 도맡아 하면서 청구법인 매출 확대 및 수익성 증대를 위해 노력하였으며, 쟁점상여금은 그 성과에 대한 보상이라고 주장하면서 청구법인 매출액의 71.1%가 ◇◇와 관련된 매출임을 입증하는 자료로 ‘매출처별 매출액 규모’를 제출하였는데, 그 내용은 아래와 같다.

청구법인은 위 ‘매출처별 매출액 규모’의 10 ▽▽▽(해외, 중국) 매출 약 95억원 역시 성○○이 영업으로 성사되었으며, 이러한 노력으로 청구법인은 그 이전에 비해 매출액 뿐만 아니라 매출총이익율도 대폭 증가하게 되었다고 주장하면서, 성○○이 ▽▽▽와 관련하여 해외출장을 다녀온 증빙을 다수 제출하였는데, 그 중 2018.5.31. 작성된 ‘출장신청(연장)/지급결의서’를 발췌하면 아래와 같다.

8) 통지관서는 쟁점상여금이 2018년부터 2020년까지 매년 당기순이익의 약 40%~80%에 달하는 고액이어서 이를 지배주주인 임원 개인 인건비로 보기 어렵다는 주장인데 반해, 청구법인은 당기순이익에는 쟁점상여금 외에 많은 비용들이 영향을 미치므로 쟁점상여금의 과다를 매출액을 기준으로 판단하는 것이 합리적이라고 주장하는바, 매출액･영업이익･매출총이익 대비 쟁점상여금의 비율을 계산하면 아래와 같다.

9) 청구법인은 성○○이 2016.1.7. 부득이 대표이사직에서 물러났으나, 상근직 회장으로 근무하며 회사의 매출증대에 노력하였음을 입증하는 자료로, 성○○이 2018년부터 2020년까지 기간 중 회장으로서 결재한 서류를 아래의 자료를 포함하여 117건을 제출하였다.

10) 청구법인은 이사회와 주주총회 결의에 따라 직원들에게도 특별상여금을 지급한바, 2018년부터 2020년까지의 지급내역은 아래와 같다.

가) 2018년에 직원들을 S등급, A~J등급으로 구분하여 특별상여금을 지급하였다.

(단위:백만원)

나) 2019년에 직원들을 S등급, A~H등급으로 구분하여 특별상여금을 지급하였다.

(단위:백만원)

다) 2020년에 직원들을 S등급, A~F등급으로 구분하여 특별상여금을 지급하였다.

(단위:백만원)

라. 판단

 1) 관련 법리

  「법인세법」제19조제1항과 같은 법 제20조 제1호에 따르면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 같은 법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’라고 규정하고 있다.

  법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 「법인세법」제26조, 같은 법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적･계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로「법인세법 시행령」제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

 2) 쟁점상여금을 이익처분에 의한 상여로 볼 수 있는지에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때 쟁점상여금을 이익처분에 의한 상여로 볼 여지가 있으나, 전부를 이익처분에 의한 상여로 보기는 어려워 보이므로, 쟁점상여금을 이익처분에 의한 상여로 보는 것은 부당하다는 청구주장을 모두 배척하기는 어려워 보인다.

   ① 임원의 보수는 법인의 재량에 속하는 것으로 경영실적, 재무현황, 그 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것이고, 특별한 사정이 없는 한 법인의 주주총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정한 급여지급기준에 따라 지급하는 상여금은 이를 손금으로 인정하여야 한다.

   ② 한편 청구법인은 설립일 이후 이익잉여금을 배당금으로 이익처분한 사실이 없어 미처분이익잉여금 208억원이 누적되어 있고, 성과급 등 지급규정 상 기준매출액(100억원)이 2017.4.26. 임원 성과급 및 특별상여금 지급규정을 신설하기 직전 5개연도의 매출 평균액 213억원에 비하여 너무 낮게 되어 있고 지급기준율 산정내역에 대해 구체적･객관적 이유를 제시하지 못하고 있으며, 쟁점상여금이 당기순이익의 40%에서 80%에 달하는 등 고액인 점을 감안하면 쟁점상여금을 이익처분에 의한 상여로 볼 여지는 있다.

   ③ 그러나, 지배주주인 성○○이 1987년부터 1998년까지 ◇◇에 근무하였고, 2018년부터 2020년까지 청구법인 매출액의 71.1%가 ◇◇와 관련된 매출액으로 확인되는바, 성○○이 ◇◇에 근무한 때의 경험과 인맥을 바탕으로 ◇◇와 관련된 영업을 도맡아 하면서 매출액 및 영업이익을 큰 폭으로 증가시키는데 공헌하였다는 청구주장은 상당부분 사실로 보인다.

      이러한 사정을 감안하고 쟁점상여금의 지급이 주주총회 결의로 정한 정관 및 성과급 등 지급규정에 따라 매출액에서 기준매출액인 100억원을 차감한 후 회장에 대한 지급기준율 6%를 적용하여 성과급을 산출하고, 연간 급여총액에 등급별 지급기준율을 곱하여 특별상여금을 산정하여 이를 주주총회 및 이사회 결의를 거쳐 최종 지급액을 결정하는 일련의 절차에 따라 이루어진 점과 대표이사인 김□□과 사내이사인 김△△에게 지급한 성과급 각 1,250백만원과 600백만원을 손금으로 인정한 점 등으로 볼 때, 성○○에게 지급한 쟁점상여금 전액을 이익처분에 의한 상여로 보아 손금불산입하는 것은 무리라고 보인다.

   ④ 그러므로, 통지관서가 청구법인의 회장인 성○○에게 지급한 쟁점상여금의 산정 기준인 임원 성과급 및 특별상여금 지급규정상 기준매출액(100억원)이 적정한 것인지, 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급한 금액에 비하여 얼마나 과다한 것인지 등에 대한 조사를 통하여 손금불산입 금액을 다시 산정하여야 할 것으로 보인다.

  나) 따라서, 청구법인이 성○○에게 지급한 쟁점상여금을 전부를 이익처분에 의한 상여로 보아 손금불산입하여 한 이 건 통지에는 잘못이 있으므로, 성○○의 업무기여도 및 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급한 금액 등에 따른 적정한 성과급과 특별상여금이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 정하여 통보하여야 할 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.