1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2019. 12. 26. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정처분을 취소한다.

3. 소송 총 비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 4. 30. ○○시 ○○동 ○○번지 전 xx㎡(이하 ‘○○동 ○○ 토지’라 한다)의 xx분의 xx 지분을 xx만 원에 취득하여, 2004. 7. 23. 이를 다른 공유자 단독 소유의 ○○시 ○○동 ○○ 전 xx㎡와 원고 단독 소유의 ○○시 ○○동 ○○ 전 xx㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)로 분할한 다음, 2016. 4. 29. 주식회사 BB 이 사건 토지를 xx원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

나. 이 사건 토지는 원고의 소유권 취득 전인 1989. 8. 19. 도시지역으로 편입이 이루어졌는데, 편입 당시에는 상업지역에 속하였고 이후 2010. 11. 24. 용도지역 변경에 따라 주거지역에 속하게 되었다.

다. ○○도지사는 2008. 1. 14. 이 사건 토지를 포함한 ○○시 ○○동 ○○번지 일대를 ‘○○ ○○지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)’에 관한 도시개발구역으로 지정하여 개발계획수립을 고시하고(○○도 고시 제xx호), 2010. 11. 24. 사업시행자를 ‘○○ 도시개발사업조합’(이하 ’이 사건 조합‘이라 한다)으로 지정하여 환지방식으로 추진하는 이 사건 사업에 관한 실시계획인가를 고시하였다(○○도 고시 제xx호). 그 후 이 사건 토지에 관하여 2014. 5. 22. 환지계획 인가, 2014. 6. 13.환지 예정지 지정․공고가 각 이루어졌다.

라. 원고는 2016. 6. 17. 이 사건 토지가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정하기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제168조의14제1항 제1호에 따라 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 아니한다며, 장기보유특별공제 178,323,780원을 적용하여 계산한 양도소득세 xx원을 신고․납부하였다.

마. 피고는 2019. 9. 19.부터 2019. 10. 8.까지 세무조사를 실시한 후 2019. 12. 26. 원고에 대하여 이 사건 토지는 본래의 용도인 농지로의 사용이 금지 또는 제한된 토지로 볼 수 없으므로 비사업용 토지에 해당한다고 보아, 장기보유특별공제를 배제하고, 비사업용 토지에 대한 중과세율을 적용하여, 2016년 귀속 양도소득세 xx원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 3. 18. 이의신청을 하였으나 ○○지방국세청장이 2020. 5. 18. 이를 기각하였다. 원고는 다시 2020. 7. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원도 2020. 12. 7. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 5호증, 을 제1, 3부터 6, 9, 12, 13호증의 각

기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 토지는 2008. 1. 14. 도시개발구역 지정 이후에는 건축 등의 행위를 하려면 허가를 받아야 하는 등 관련 법령에 따라 권리행사의 제한을 받는 토지였고, 2010.11. 24.에는 주거지역으로 편입이 이루어졌다. 즉, 이 사건 토지는 위 2008. 1. 14.부터 또는 적어도 위 2010. 11. 24.부터 이 사건 양도일인 2016. 4. 29.까지 법령상 사용 금지 또는 제한을 받는 토지로서 ‘사업용 토지’에 해당한다. 원고가 이 사건 토지를 경작하였는지에 따라 비사업용 토지인지를 판단하는 것은 타당하지 않지만, 이 사건 사업부지에서 문화재 시굴 및 발굴조사가 이루어짐에 따라 원고는 이 사건 토지에서 경작할 수도 없었다. 따라서 이와 달리 이 사건 토지가 ‘비사업용 토지’에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과 제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하자는 데 그 입법 목적이 있다. 그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우까지도 해당 토지를 비사업용으로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항, 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 않도록 정하고 있는 것이다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두28950 판결 등 참조).

나) 도시지역에 있는 농지는 그 규모도 적고, 이미 농지법상 협의전용 절차를 거쳤기 때문에 언제든지 용도변경이 가능하며, 실제 농업 목적으로 이용할 가능성도 낮다. 이러한 점과 아울러 용도지역의 지정 목적에 맞게 사용하는 것이 국토의 효율적인 이용 및 관리 측면에서도 타당하다는 점까지 고려하여, 도시지역에 있는 농지에 대해서는 농지소유자격 요건을 완화하여, 농지취득자격증명 없이도 소유가 가능하게 하고, 농지소유상한 제한도 두지 아니하고 있으며, 농지전용․농업진흥지역 지정 등에서도 일정부분 예외를 인정하고 있다. 다만, 이를 농지로 계속 이용하는 것은 바람직하지 아니하므로, 일정한 기간에 이를 용도지역의 지정 목적에 맞게 사용하거나 처분하도록 하되, 이를 하지 아니하는 경우 양도소득세를 중과할 필요가 있는 것이다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두2921 판결, 헌법재판소 2015. 7. 30. 선고 2013헌바207 전원재판부결정 등 참조),

다) 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상의 제한 범위를 넘어 특별히 사용의 제한을 받는 토지를 의미한다. 여기서 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용의 제한을 받는 경우에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용 현황, 본래 용도의 변경 가능성 등까지 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다. 공부상 등재 현황이 대지인 토지에 대하여 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에는 원칙적으로 본래 용도에 따른 사용을 제한한다고 볼 수 있어 통상적 제한의 범위를 넘는 특별한 사용 제한에 해당하고, 공부상 등재현황이 ‘전’ 또는 ‘답’이지만 실제 이용현황은 ‘대’ 또는 ‘잡종지’인 토지에 대하여 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에도 토지의 이용현황이 불법적인 형질변경 등을 통하여 변경한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 특별한 사용 제한에 해당할 수 있다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조).

2) 이 사건의 경우

구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (나)목 소정의 도시지역 내 농지인 이 사건 토지는 도시개발구역 지정 시점인 2008. 1. 14.부터 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별한 사용 제한이 이루어졌다고 볼 수 있으므로, 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 그 이유는 다음과 같다.

가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지는 1989. 8. 19. 도시지역에 편입이 이루어졌고 상업지역 또는 주거지역에 속하는바, 비록 공부상 등재 현황은 ‘전’이지만 이미 농지법상 협의전용 절차를 거쳤기 때문에 언제든지 용도변경을 거쳐 대지로 사용할 수 있는 상태에 있었으며, 관련 법령에서는 이를 농지로 계속 이용하는 것이 국토의 균형있는 이용․개발이라는 측면에서 볼 때에도 바람직하지 않다는 점 등을 고려하여, 이를 일정한 기간에 용도지역의 지정 목적에 맞게 사용하거나 처분하도록 유도하면서, 농지로 계속 사용할 경우에는 원칙적으로 이를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하고 있다. 이와 같이 도시지역에 있는 농지는 용도변경을 거쳐 대지로 사용할 가능성이 매우 높은 토지이고, 실제로 용도변경을 거쳐 대지로 사용할 경우에는 일정한 요건만 충족하면 관계 법령에 따라 비사업용 토지로 보지 않을 수 있다.

나) 한편, 도시개발법상 도시개발구역으로 편입이 이루어진 토지의 소유자는, 해당 도시개발구역에서 토지의 형질변경 또는 건축물 기타 공작물의 신축․개축․증축 등의 행위를 하고자 하는 경우, 원칙적으로 특별시장․광역시장․특별자치도지사․시장 또는 군수(이하 ‘허가권자’라 한다)의 허가를 받아야 하고, 허가권자는 허가를 하기전에 사업시행자의 의견을 미리 들어야 하며(도시개발법 제9조 제5항 및 도시개발법 시행령 제16조 제2항), 도시개발사업에 지장이 없다고 인정하는 경우에만 허가를 할 수 있다(도시개발법 제9조 제9항, ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제58조 제1항제3호).

다) 위와 같은 사정들을 종합하면, 도시지역에 있는 농지가 도시개발구역으로 편입이이루어져 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어진 결과 소유자가 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 형질변경을 거쳐 대지로 사용하는 등 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에는, 비록 공부상 등재현황이 ‘전’이라고 하더라도 대지와 마찬가지로 원칙적으로 본래 용도에 따른 사용 제한을 인정하는 것이 타당하다. 따라서 도시지역 내 농지에 대하여 경작이 가능하였는지를 기준으로 본래 용도에 따른 사용 제한 여부를 판단하여야 한다는 취지의 피고 주장은 타당하지 않다.

라) 피고는 농지의 경우 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (가)목과 (나)목 (이하 각 목 번호만으로 호칭한다)에 모두 해당하지 않아야 비사업용 토지에 해당하지 않는 것인데, 원고가 이 사건 토지 소재지에서 거주하거나 자경한 바 없으므로 이 사건 토지는 도시지역에 있는 농지로서 (나)목에 따른 비사업용 토지에 해당할 뿐만 아니라, (가)목에 따른 비사업용 토지에도 해당한다는 취지로 주장한다(2022. 11. 15.자 준비서면 2, 3, 4면 등 참조). 그러나 앞서 본 관련 법리에 비추어 보면, 구 소득세법 제104조의3 제1항 (나)목은 도시지역에 있는 농지를 같은 항 (가)목의 농지 등과 달리 취급하기 위한 규정임이 명백하다고 할 것이므로, 도시지역에 있는 농지에 대해서 같은 항 (가)목의 요건에 따라 비사업용 토지인지 여부도 아울러 따져보아야 한다고 볼 수는 없다. 가사 피고처럼 그와 달리 보더라도, ‘주말․체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생 식물을 재배하는 것을 말한다)을 하려고 소유하는 농지’는 (가)목에서 정하는 비사업용 토지에해당하지 않는바[구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (가)목 단서, 구 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제1호 및 구 농지법(2016. 5. 29. 법률 제14209호로 개정하기전의 것) 제6조 제2항 제3호 참조], 갑 제9호증의 1, 을 제7호증의 각 기재에 의하면, 원고가 주말영농을 하기 위하여 이 사건 토지를 매수하여 실제로 주말 등을 이용해서 농작물을 경작한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 토지는 원고가 주말영농을 하려고소유하는 농지로서 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (가)목에서 정하는 비사업용토지에도 해당하지 않는다. 따라서 피고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다.

3) 소결론

이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호에서 정하는 기간 비사업용 토지에 해당하지 않으므로, 이 사건 양도에 대하여 비사업용 토지에 관한 구 소득세법 제104조 제1항 제8호의 세율을 적용할 수 없다. 따라서 이 사건 토지가 비사업용 토지에 대한 중과세 기준을 충족함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소를 면할 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하다. 원고의 항소는 이유 있으므로, 제1심 판결을 취소하고, 다시 주문과 같이 판결한다.