주 문

○○세무서장이 2021.10.6. 청구법인에게 한 법인세 ○○원(2019.1.1.∼12.31. 사업연도 ○○원, 2020.1.1.∼12.31. 사업연도 ○○원)의 부과처분 및 2019년 과세연도 ○○원의 소득금액변동통지 처분은 이를 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구법인은 2008.10.13. 설립되어 AA시 BB읍에서 건설기계부품, 트렉아셈블리부품 제조업을 영위하고 있다.

 나. 청구법인은 2019.7.16. 대표이사 정□□(2022.3.29. 대표이사 사임, 이하 “대표이사” 또는 “정□□”라 라 한다)로부터 그의 명의로 등록된 특허권(3건, 이하 “쟁점특허” 또는 “쟁점특허권”이라 한다)을 ○○원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 2019.8.12. 대표이사의 기타소득에 대한 원천세 ○○원을 원천징수하여 납부하였고, 2019·2020사업연도 법인세 신고 시 결산서상 쟁점특허권을 무형고정자산으로 계상하고, 동 특허권에 대한 감가상각비 ○○원(2019사업연도 ○○원, 2020사업연도 ○○원)을 손금산입하여 법인세 과세표준을 신고하였다.

다. 처분청은 2020년 10월 CC지방국세청에 대한 국세청의 업무종합감사 결과 ‘무형자산 허위계상을 통한 법인 자금 유출 점검부분’에 대하여 ‘시정권고 대상’이 됨에 따라, 청구법인의 연구개발 성과인 쟁점특허권을 대표이사 명의로 등록한 후 청구법인이 대표이사로부터 이를 취득하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아, 2021.10.6. 쟁점특허권에 대한 감가상각비 ○○원을 손금불산입하여 2019사업연도 법인세 ○○원, 2020사업연도 법인세 ○○원을 경정고지하고, 쟁점금액을 청구인의 2019년 과세연도 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.24. 이의신청을 거쳐 2022.6.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 정□□의 개인 이력을 보면 쟁점특허의 발명을 위한 개인 역량이 충분하다.

 정□□는 관계회사인 ㈜◎◎기술(이하 “◎◎기술”이라 한다)에서 약 17년동안 공장자동화 장치들을 개발하여 납품해온 회사의 개발자로서, 자동차 제조회사인 △△자동차, ♧♧자동차, 공작기계 제조회사인 ◇◇, ♤♤, ♠♠기계 등에 자동화 설비 등을 개발하여 납품한 이력이 있다.

 ◎◎기술 설립 전부터 본인의 노력으로 30년에 걸쳐 자동화 장치들을 개발하고 CAD 활용 능력을 바탕으로 여러 도면을 제작하고, 특허를 출원해 왔으며 그 경험을 바탕으로 업무 외 시간에 정□□가 직접 공정의 자동화에 대한 도면을 제작하고, 특허를 출원하였다.

나. 쟁점특허는 정□□ 개인의 노력으로 발명 및 출원한 것이라는 점이 관련 증빙으로 확인된다.

 쟁점특허권은 정□□가 자신의 업무 외 시간을 활용하여, 자택(청구법인과 자동차로 15분 거리)에서 자신의 노트북 및 CAD 프로그램을 이용하여 직접 만든 도안에 대한 특허권이며, 청구법인에게 양도할 당시 적정한 가액으로 양도하였다.

  2017년부터 퇴근 후 시간을 이용해 도면을 설계하고 잠깐 취침하다 새벽 3시에 알람을 맞춰놓고 기상하여 또 도면을 설계하기도 하였다. 쟁점특허권에 대한 CAD프로그램 백업 파일 저장 시간이 모두 새벽 시간대 및 퇴근 후 시간대로 정□□가 일과시간 외에 쉴 시간 없이 도면을 수정하고 보완했다는 것이 확인된다.

다. 쟁점특허권 출원 당시에는 청구법인 내에 연구소가 존재하지 않았으며 쟁점특허 개발을 위한 인적 자원 및 물적 설비도 존재하지 아니하였다.

 청구법인 내의 연구소는 2018년 한국산업기술진흥협회에서 조사한 현장 확인 당시 연구 활동이 없는 명목상의 연구소라는 사실이 확인되었으며 주무관청이 직권으로 연구소를 폐쇄하였다.

 이는 쟁점특허권을 개발할 당시 청구법인 내에 연구소가 존재하지 않았으며 청구법인이 쟁점특허를 개발하는데에 기여 여지가 없었음을 의미한다.

 또한, 쟁점특허권 개발 당시부터 출원할 때까지는 청구법인 내에 자체적으로 이를 출원할 인적 자원 및 물적 설비가 존재하지 않았으며, 제출증빙과 같이 쟁점특허권은 정□□가 업무 외 시간에 개인의 경험과 역량으로 출원한 것이다.

라. 쟁점특허권의 평가액은 감정평가법인을 통한 적정가액이며, 쟁점특허권 취득으로 청구법인은 인건비를 절감할 수 있었다.

 쟁점특허권 평가 방법의 경우, 해당 가액을 공인된 감정평가법인인 특허법인 HH에서 감정평가를 받았으므로, 양도가액을 산정함에 있어 절차상 하자 가 없으며,

 특허권 취득으로 인하여 청구법인은 2020년 ○○원, 2021년 ○○원 이상의 인건비를 절감하였고, 매년 ○○원 이상의 인건비 절감 효과가 발생했으며 이에 따라 수익성뿐만 아니라 안전성까지 개선되었다.

마. 청구법인의 주주는 청구법인의 이익을 위해 쟁점특허권의 취득을 결정한 것이며, 쟁점특허권의 취득이 경제적인 손실과 부당한 사외유출임을 인지한다면 본건 거래를 선택할 수 없다.

바. 정□□의 자동화 개발 경력 및 쟁점특허의 발명 능력이 인정되는 점, 쟁점특허를 개발할 당시 청구법인의 개입 여지가 없다는 점, 업무시간 외에 정□□가 독립적으로 쟁점특허를 개발하였다는 것이 확인되는 점, 실제로 쟁점특허권 양수 이후 청구법인의 수익성 등이 매우 개선된 점, 청구법인의 주주 구성의 과반수 이상이 비특수관계자이기에 굳이 청구인에게 이익을 분여할 목적으로 쟁점특허권을 양수할 수 없다는 점 등으로 미루어 쟁점특허의 발명자는 정□□임이 명백히 확인된다.

사. 처분청 의견에 대한 항변

 1) 쟁점특허권은 정□□ 단독 개발 건으로 볼 수 없다는 의견에 대한 항변

  가) 정□□는 쟁점특허권을 출원하기 위해 단순히 아이디어, 노하우만 제공한 것이 아니라, 기술적 사상의 착상으로 고도한 자이며, 「발명진흥법」제2조제3호의 개인발명가¹⁾에 해당한다.

   (1) 「발명진흥법」상 용어 정의 중 ‘직무발명’은 사용자 등의 업무 범위에 속하는 경우를 말하는데, 회사의 경영 및 전반적인 영업활동을 하는 정□□에게 새로운 특허를 계속하여 개발하는 것은 당연히 기대되는 업무 및 직무상 수행하여야 할 업무가 아니다.

   청구법인의 정관에서도 이러한 경영 전반의 활동이 대표이사의 주된 업무에 해당한다고 나타나 있다.

    연구개발 업무는 정관에서 “대표자는 회사를 대표하고 업무를 총괄한다”에서 언급하고 있는 대표이사의 ‘업무’에 해당하지 않는다.

    정□□의 특허의 출원 및 발명은 「발명진흥법」제2조제3호의 개인발명에 해당한다.

   (2) ▣▣제철㈜에서 보낸 공문, 대표이사의 오랜 기간동안 작성한 연구노트, 개인 노트북에 보관되어 있는 수차례 기술적 검증과정이 기록된 자료, 쟁점특허권을 출원하기 위해 개인 이메일로 변리사와 직접 소통한 내역, 직원의 확인서 등을 보면 쟁점특허를 출원하기 위해 기술적 사상의 착상으로 고도한 자는 정□□임이 나타난다.

  나) 특허권 출원은 대표이사에게 당연히 기대되는 직무가 아니다.

   (1) 2018년 쟁점특허권의 연구 당시 청구법인의 조직도를 보면 대표이사 총괄 아래 생산, 관리, 영업, 경리, 정보화, 품질관리팀만 존재하고 있으며, 연구 개발에 관한 팀은 없었다.

    기술 개발을 제공할 인적, 물적시설이 없기에 대표이사 뿐만 아니라 청구법인의 직원 중 특허권 출원 업무를 담당한 사람은 없었음을 알 수 있다.

   (2) 조세심판원에서는 “쟁점특허의 성질상 청구법인의 업무범위에 속한다고 하더라도 쟁점특허 발명을 하게 된 행위가 대표이사에게 당연히 예정되는 직무에 속한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 쟁점특허 매입거래를 부인하여 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다”라고 판단한 바 있다(조심2021전1862, 조심2019중2524 외 다수).

   (3) 특허를 연구하고 개발하는 것은 대표이사에게 기대되는 업무로써 당연히 수행하여야 할 활동이 아니며, 업무 외 시간에 대표이사가 청구법인과는 독립적인 지위에서 행하여지는 활동이다.

 2) 쟁점특허권 관련 특허출원수수료 외 시제품 제작 비용이 없기에 청구법인이 출원한 특허로 볼 수 있다는 의견에 대한 항변

  가) 쟁점특허권은 시제품 제작이 필요한 발명이 아니다.

   쟁점특허권은 그라인딩 시스템, 트랙슈용 밴딩장치 및 이를 이용한 밴딩 방법, 마그네틱 크레인 및 이를 이용한 트랙슈 이송 방법으로써,

   해당 기계장치가 아닌 도면 등의 시스템상 기술이기 때문에 직접 컴퓨터 지원 설계 프로그램(CAD프로그램)을 이용하여 만든 도안을 통하여 검증이 가능하여 이를 직접 만들어보거나 제작하는 것에 대한 직접 재료 비용은 소요되지 않는다.

   정□□의 경험과 경력 및 프로그램 활용 능력을 이용하여 기계의 오작동 여부를 충분히 판단할 수 있다.

  나) 쟁점특허권은 수십차례의 프로그래밍을 통해 기술적 검증을 완료하였다.

   (1) 쟁점특허권에 대한 도면은 CAD프로그램의 특성상 정□□가 1mm의 길이까지 직접 하나하나 측정하여 제작하여야 한다.

   이러한 측정 과정을 거쳐 도면을 직접 수정하고 보완하는 작업을 거친 정□□만이 기계장치로 제작을 하였을 때 작동이 가능한지 여부에 대해 검증이 가능하다.

   (2) 정□□는 자동화 관련 시스템 분야에서 위상이 높은 ㈜▣▣제철에도 해당 분야와 관련된 자문을 많이 했다.

   ▣▣제철 주식회사 중기생산부(책임매니저)의 의견에 의하면 정□□는 도면에 대한 적정성을 검증을 할 수 있는 능력을 갖춘 자임을 보장하고 있고, CAD프로그램을 통하여 만든 도안의 경우 샘플 제작 없이 도면으로 바로 제작하여 사용할 수 있음을 명시하고 있다.

 3) 쟁점특허권에 대해서만 정□□ 명의로 출원한 것으로 볼 때 쟁점특허권도 청구법인이 출원한 특허로 판단할 수 있다는 의견에 대한 항변

  가) 처분청은 과세의 근거가 되는 사실관계를 잘못 알고 있다.

   (1) 2000년부터 2014년까지 ◎◎기술 및 청구법인에서 발명된 특허권의 경우 ◎◎기술에서 발명한 것이며 <표15>와 같이 특허 출원하였다.

<표15> ◎◎기술 특허권 출원 내역

   ◎◎기술이 존재할 당시 해당 법인 내에는 기술을 개발할 수 있는 엔지니어 등의 인력이 있었고, 연구소도 별도로 설치되어 있었다.

   (2) 정□□가 독립되어 독자적으로 개발한 특허권이라면 정□□의 명의로 특허를 출원하는 것이 타당하다고 할 것이지만, ◎◎기술에서 개발한 4개의 특허권은 대표이사 정□□를 포함한 법인 내의 연구개발 인력들이 연구소 내에서 개발한 것이며, 법인의 사업과 관련하여 종속적으로 개발되었으므로 ◎◎기술 명의로 출원한 것이다.

   (3) 정□□가 독자적으로 직접 개발한 쟁점특허권을 청구법인이 양수하기 전, 2017년에 ○○원의 인건비를 지출한 내역은 직원에게 지급한 급여성 항목을 연구개발비로 계정 처리한 것일 뿐, 연구개발비가 아니며 김○○, 조○○의 경우 CAD프로그램을 다룰 수 있는 능력이 없다.

  나) 법인과는 구분되는 개인발명에 해당한다.

   정□□는 2010년부터 총 9건의 특허를 출원 신청하여 8건을 모두 성공시킨 이력이 있으며, 이와 같이 계속하여 특허를 출원한 이력이 있는 정□□의 발명 성과는 무시한 채 잘못된 사실을 근거로 과세한 이 처분은 위법하다.

 4) 정□□의 급여가 과다하기에 직무발명으로 볼 수 있으며, 직무발명이라면 청구법인이 출원한 특허로 볼 수 있다는 의견에 대한 항변

  가) 정□□는 과거 3년 동안 급여를 받지 못하였다.

   특허출원 당시인 2017년 이전의 근로소득 원천징수 영수증 및 청구법인 내의 급여대장을 확인해보면 ㈜○○글로벌 설립(2008.10.) 당시부터 2009년까지, 2014년부터 2016년 상반기까지 약 3년 6개월 이상 무급으로 근무를 하였다.

   2016년 하반기부터 회사의 실적이 좋아지고 당기순이익이 증가함에 따라 지급한 급여로서 과다하게 보일뿐이다.

  나) 직원 평균 연봉 대비 정□□의 근속연수, 나이, 업무의 범위 등을 고려했을 때 고액의 연봉이라고 단정 짓기 어렵다.

   (1) 처분청은 구체적인 확인 과정 없이 “대표이사가 오랫동안 청구법인의 대표이사직을 유지하면서 고액의 연봉을 받는다는 사실” 만으로 미루어 대표이사의 직무에 특허의 출원 행위도 포함되어 있다고 판단하고 있다.

   (2) 그러나, 청구법인의 임원 및 직원의 급여는 기본급 이외에 성과급으로 구성되어 있으며 회사의 매출액 및 사업실적 달성 여부에 따라 임직원 급여 및 상여 규정에 맞게 공정하게 지급되고 있다.

   (3) 오히려 과거 대표이사는 임직원 상여 규정에 따른 업무의 기여도, 직급 및 직책 별 부과 기준 및 임원 보수 한도 규정보다 훨씬 더 적은 액수를 수령하였으며 이는 직원에게 더 많은 보수를 지급하고자 하는 청구인의 경영 이념에 따른 것이다.

3. 처분청 의견

가. 쟁점특허권은 정□□ 단독으로 개발한 것이 아니며 본연의 업무 수행 차원에서 행한 것으로 보아야 한다.

쟁점특허권은 청구법인의 공장 라인에서 사람이 직접 제품의 가공을 하는 대신 자동화 설비로 대체하기 위해 고안된 자동화설비(로봇핸드) 도면이다.

 청구법인의 주장에 의하면 쟁점특허권의 발명 목적은 인건비 절감 및 생산성 향상이다. 실제 청구법인은 쟁점특허권을 취득함으로써 원가절감액이 크세 증가하였고 이로 인한 수익성이 크게 개선되어서 쟁점특허권의 사업기여도가 매우 높다고 주장하나,

 청구법인 내 대표이사인 정□□의 직무가 회사의 경영 및 전반적인 영업활동이라면, 청구법인의 인건비 절감 및 생산성 향상을 위한 업무는 대표이사가 회사의 경영을 수행하는 본연의 업무를 수행하는 차원에서 행한 것으로 보아야 한다.

 청구법인은 자동화 설비를 제작하기 위해 쟁점특허를 외부로부터 취득하는 것보다는 정□□로부터 취득하는 게 가격적인 측면에서 더 유리하기에 비록 특수관계자간 거래임에도 불구하고 정□□로부터 쟁점특허권을 취득하였다고 주장하나,

 쟁점특허를 발명할 때부터 발명의 의도가 청구법인의 자동화 설비를 제작하기 위한 필요가 있었고,정□□는 대표이사로서 자동화설비를 통해 청구법인의 인건비 절감 및 생산성 향상이라는 본연의 업무 수행을 위해 쟁점특허를 발명한 것이다.

나. 쟁점특허 관련 수수료 외 시제품 제작 등의 비용 증빙 없어 정□□가 직접 발명하였다고 보기 어렵다.

 청구법인의 쟁점특허권은 시장 출시용 제품이 아니라 하더라도 기술의 실현가능성, 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고 상당한 설비와 비용이 소요되는 것이 일반적인 절차임에 비해, 한 차례의 시제품 제작 없이 단지 시뮬레이션만으로 기계장치를 만들어내는 것은 통상적인 상황으로 보기 어렵다.

 이에 대한 증빙으로 청구법인이 제출한 연구노트를 보면 제작 및 실험에 필요한 업체의 연락처가 있고, 제품의 세부 치수 및 크기 등을 상세히 나타내고 있어 쟁점특허권은 시제품 제작을 통해 실현가능성 및 유용성이 검증되어야 ○○원의 평가가 가능하다 판단되고, 시제품 제작여부가 특허권 소유권의 주요 판단기준이 될 것이다.

  청구법인이 제출한 특허 감정평가서는 평가액만 나오며 이 특허에 대한 실 현가능성, 효율성, 안전성 등을 평가한 내용 전체를 미제출하여 시제품 제작 여부를 판단하기 위한 중요한 근거임에도 제출하지 않는 것은 대표자가 시제품 제작에 관여하지 않음을 숨기기 위한 것으로 판단된다.

다. 쟁점특허권을 출원하기 이전에는 법인 명의로 특허권을 출원한 점으로 볼 때, 쟁점특허도 청구법인이 발명한 것으로 보아야 한다.

 청구법인은 2000년부터 2014년까지 4건의 특허권을 등록하면서 ◎◎기술 및 청구법인의 설비 및 인력을 통해 특허권이 발명된 것으로 특허권 등록을 하였으나, 쟁점특허권에 대해서만 정□□ 개인의 명의로 출원 등록을 하였으며,

 쟁점특허권 출원 등록 시기인 2017년에는 제조원가 중 경상개발비는 ○○원이 지출되었으며, 그 중 ○○원이 김○○, 조○○의 연구인력개발비로 사용된 법인세 신고서 상 확인되며, 이를 근거로 청구법인은 지속적인 연구개발을 하고 있었으며, 이를 통해 쟁점특허권이 발명된 것으로 보인다.

 청구법인은 직원에게 지급한 급여서 항복을 연구개발비로 계정처리 한 것일 뿐, 연구개발비가 아니라고 주장하나, 2017사업연도 법인세 연구인력개발비로 세액공제까지 받은 사실로 볼 때, 청구법인의 주장은 납득하기 어렵다.

라. 정□□ 급여 지급현황 및 주주총회 결의 내역 등으로 볼 때 최대주주인 정□□에게 자금유출을 위해 개인 명의로 쟁점특허권을 출원하고 청구법인에 양도한 것이다.

 청구법인의 주주 현황을 보면 정□□ 및 그의 자녀가 소유주식이 48.2%를 소유하는 최대주주로서, 두 번째 최대주주인 김○○는 자금만 투자한 순수 주주이다.

 대표이사 정□□의 급여는 쟁점특허권 출원당시인 2017년 ○○원, 2018년 ○○원이고, 두 번째로 급여가 많고 연구개발자로 신고된 김○○의 급여(2017년 ○○원, 2018년 ○○원)보다 5∼6배가량 많은 금액이다.

 청구법인은 2016년부터 회사의 실적이 좋아지고 당기순이익이 증가함에 따라 지급한 급여라고 주장하나, 이월결손금이 있는 법인으로서 2017년에 고액의 보수를 갑자기 지급한 것으로 볼 때 쟁점특허권의 연구개발과 관련되어 있음을 볼 수 있다.

 특히, 청구법인은 2018.1.1.∼12.31. 사업연도 기준으로 매출액이 감소추세에 있고 이월결손금이 있음에도 2019년 쟁점특허권을 정□□에게 ○○원에 현금을 지급하면서 취득하였고 정□□의 단기대여금과 상계하였다.

 청구법인의 주주현황과 정□□의 급여가 직원급여의 5∼6배 이상인 것을 볼 때 청구법인의 의사결정을 대표이사 정□□ 본인이 하였음을 유추할 수 있으며, 이를 통해 쟁점특허권 취득은 정□□에게 자금을 유출하기 위해 개인 명의로 쟁점특허권을 출원하고, 청구법인에 양도한 것으로 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  대표이사 명의로 등록된 특허권의 실지 소유권이 법인에게 있는 것으로 보아 특허권을 대표이사로부터 매수한 거래를 부인하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】

  ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

  ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

 3) 법인세법 제67조 【소득 처분】

  제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 4) 발명진흥법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "발명"이란 「특허법」ㆍ「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

   2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

   3. "개인발명가"란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

 5) 발명진흥법 제10조 【직무발명】

  ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

   2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정

 6) 특허법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

   2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다.

   3. “실시”란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.

    가. 물건의 발명인 경우 : 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위

    나. 방법의 발명인 경우 : 그 방법을 사용하는 행위

    다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우 : 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위

 7) 특허법 제33조【특허를 받을 수 있는 자】

  ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

다. 사실관계

 1) 청구법인의 2018년부터 2020년까지 연도말 주주현황은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인 주주현황

 2) 청구법인의 2016사업연도부터 2021사업연도까지 법인세 신고현황은 다음 <표2>와 같으며 2018사업연도를 기준으로 매출액 감소추세이다.

<표2> 2016∼2021 사업연도 법인세 신고 현황

 3) <표2>에서 보는 바와 같이 2017년 제조원가 중 경상개발비가 ○○원이 지출되었으며, 그 중 ○○원은 김○○, 조○○의 인건비로 지출되고 ○○원의 세액공제를 신청한 사실이 <표3>의 연구인력개발비 명세서로 확인된다.

<표3> 2017 사업연도 연구인력개발비 명세서

 4) 청구법인이 제출한 손익계산서와 제조원가명세서에 따르면 급여의 경우 2018년부터 2020년까지 비슷한 수준으로 지출되었으며, 노무비는 당기총원가에서 차지하는 비율이 2016년 이후 매년 감소하는 추세이며, 특히 2019년은 전년보다 2.4%P 감소한 사실이 아래 <표4>에서 확인된다.

<표4> 2016∼2021 사업연도 표준손익계산서 및 제조원가명세서

 5) 쟁점특허권 출원(등록)과 관련한 대리인은 특허법인 HH이며, 정□□는 2018.6.26. 특허법인 HH과 수수료 ○○원에 ‘쟁점특허권 획득에 관한 계약’을 체결하고, 특허법인 HH으로부터 2018.6.28. ○○원, 2019.6.7. ○○원의 현금영수증을 교부받았다.

<표5> 2018.6.26.자 쟁점특허권 획득에 관한 계약서 요약

 6) 쟁점특허권의 출원 및 등록현황은 다음 <표6>와 같이 2018.12.7. 출원하여 2019.6.7. 등록하였으며 출원자 및 발명자가 정□□로 되어있다.

<표6> 쟁점특허권의 출원 및 등록현황

 7) 청구법인은 특허법인 HH에게 2019.7.8. 기준시점의 쟁점특허권의 기술가치를 평가의뢰하였고, 가치평가액은 ○○원이며 세부내역은 <표7> 및 <그림1>과 같다.

<표7> 기술가치평가표

<그림1> 기술가치 평가 분석결과 요약

 8) 청구법인은 정□□로부터 쟁점특허권 ○○원에 취득한다는 내용으로 2019.7.16. 임시주주총회를 개최하였다.

 9) 청구법인은 2019.7.16. 주주총회의 내용대로 정□□로부터 쟁점특허권을 취득하고 ○○원에 현금으로 지급한다는 내용의 양도계약서를 체결하였다.

 10) 청구법인은 2019.7.16. 정□□로부터 쟁점특허권을 ○○원에 취득한 후, 2019.7.19. 쟁점금액 중 ○○원을 정□□의 단기대여금과 상계처리하고, 기타소득에 대한 원천징수세액 ○○원을 차감한 잔액은 정□□ 개인계좌로 송금하였다.

 11) 청구법인은 2019. 11. 29. 쟁점특허권을 담보로 ○○은행에서 ○○을 대출받았다.

  대출실행을 위해 청구법인과 ○○은행은 IP 담보대출용으로 정보서비스업체인 ㈜이○○에 쟁점특허권 가치를 평가의뢰하였고, ㈜이○○은 2019.10.1. 평가기준일 현재의 쟁점특허권의 기술적 가치를 ○○원으로 평가하였다.

 12) 정□□의 주요사업이력 및 근로소득발생내역은 다음 <표9> 및 <표10>과 같다.

<표9> 정□□ 사업이력

<표10> 정□□ 근로소득 발생내역

 13) 청구법인의 제출증빙 및 세부주장

  가) 쟁점특허권의 내용 및 양수도 거래

  (1) 쟁점특허권의 내용은 자동화 설비 도면이다.

   쟁점특허권은 청구법인의 공장 라인에서 사람이 직접 제품의 가공을 하는 대신 자동화 설비로 대체하기 위해 고안된 자동화 설비(로봇핸드) 도면이다.

  (2) 쟁점특허의 양수도 거래

   (가) 청구법인은 이사회 및 주주총회 의결을 통해 쟁점특허의 취득을 의결하였고 양수도 거래의 대가를 지급하기 위해 감정평가법인 등을 선임하였다.

   (나) 청구법인의 입장에서는 자동화 설비를 제작하기 위해 외부로부터 취득하는 것보다 정□□로부터 취득하는 게 가격적인 측면에서 더 유리하기에 비록 특수관계자간 거래임에도 불구하고 정□□로부터 쟁점특허를 취득하기로 결의하였다.

나) 쟁점특허의 발명자

 (1) 정□□의 개인적 역량

   (가) 정□□는 ★★기계공업고등학교를 졸업하고 공작기계 생산업체인 ♤♤기공(현, ♤♤)에 약 7년간 근무했으며 그 후 전용기, 공장자동화 장치업을 영위하는 기업에 10년을 재직 후 1998년에 ◎◎기술을 창업, 약 17여년 동안 자동화 관련 회사를 운영한 경험을 보유하였다.

   ◎◎기술은 공장자동화 장치들을 개발하여 납품하는 회사로, 자동차 제조회사인 △△자동차, ♧♧자동차 공작기계 제조회사인 ◇◇, ♤♤, ♠♠기계 등에 자동화 설비 등을 공급하였으나 자금 및 경영난으로 인하여 2015년에 폐업한 기업이다.

   정□□는 약 30년간 자동화 기계 분야에서 근무한 경험과 지식을 바탕으로 2010년부터 총 9건의 특허를 출원 신청했으며 이 중 1건을 제외하고는 모두 성공시킨 경험이 있으며 상세내용은 <표11>과 같다.

<표11> 정□□의 2000년∼2020년 특허 출원 및 등록 현황

   (나) 또한 정□□의 쟁점특허 관련 연구노트 및 연구노트에 대한 필적 감정, 개인 노트북에만 보관되어 있는 쟁점특허 관련 정보, 쟁점특허 출원 과정 중에 특허출원 법인과 직접 주고받은 이메일, 쟁점특허 출원시 항상 회사 메일이 아닌 개인 메일로만 주고받은 점 등으로 쟁점특허를 직접 출원한 사람이 정□□ 뿐이라는 사실이 입증되며, 쟁점특허권은 정□□ 개인이 출원하였기 때문에 특허출원비용 또한 70%를 감면 받았다.

  (2) 청구법인의 기술연구소 존재여부

   청구법인 내에 기술연구소가 설립되었던 것은 사실이나 기술연구소에서 실제로 연구 개발활동을 수행한 적이 없다.

   기술연구소는 명목상으로만 존재할 뿐 실제로는 존재하지 않았다는 사실이 한국산업기술진흥협회의 현장 실사를 통해 확인되어 쟁점특허의 출원 이전 시점인 2018.9.7.에 이미 직권 폐쇄된 바 있다.

  (3) 청구법인 내 발명자 여부

  청구법인에서는 쟁점특허를 출원할 수 있는 연구소도 없으며 쟁점특허를 발명할 수 있는 인력 또한 확인되지 않으며 수명의 직원(조○○, 문○○ 등) 확인서를 통해서도 정□□ 이외에 다른 직원의 개발 개입은 일체 있을 수 없다는 사실이 확인된다.

 다) 쟁점특허의 직무발명 여부

   (1) 직무와 업무의 구분

    (가) 「발명진흥법」상 직무발명은 종업원등²⁾이 그 직무에 관하여 발명한 것이 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 직무에 속하는 경우를 말하는데, 여기서 말하는 직무란, 종업원 등에게 당연히 기대되는 업무를 말한다.

    (나) 예를 들어, 연구개발팀에 소속된 직원의 직무는 연구개발이며 영업팀에 소속된 직원의 직무는 영업행위이다.

   만약, 연구개발팀에 소속된 직원이 특허를 개발하면 이는 직무발명이라 하며 회사에서 이를 승계할 권리가 있지만 영업팀에 소속된 직원이 특허를 개발하면 이는 직무발명이 아니기에 회사에서 이를 승계할 권리가 없다.

  (2) 정□□의 직무 범위

   (가) 청구법인 내 정□□의 직무는 회사의 경영 및 전반적인 영업활동을 하는 것이지, 새로운 특허를 계속하여 개발하는 것은 정□□에게 당연히 기대되는 업무가 아니다.

   (나) 정□□는 특허개발을 하는 업무를 수행하는 것도 아니고, 그 업무가 당연히 기대되는 직무에 해당하는 것도 아닐 것이며, 다만 관련 업무를 통해 습득한 다양한 경험을 바탕으로 회사의 전반적인 경영활동을 하는 것일 뿐이고, 이러한 경영전반의 활동이 대표이사의 주된 업무에 해당한다.

 라) 쟁점특허의 사업관련성

  (1) 쟁점특허 취득 후 비용 절감효과

  청구법인이 쟁점특허권을 취득한 이후, 2020사업연도의 절감한 인건비는 약 ○○원, 2021사업연도 절감한 인건비는 ○○원에 해당함을 알 수 있으며 쟁점특허를 통해 기대되는 향후 원가 절감은 매년 약 ○○원에 이를 것으로 기대된다.

   외부의 사업 환경 및 대외 변수가 악화되었음에도 불구하고 쟁점특허로 인한 청구법인의 원가 절감액이 크게 증가한 점 및 이로 인한 수익성이 크게 개선된 점은 쟁점특허권의 사업 기여도가 높다는 것과 함께 실질적으로 법인의 수익 증가에 영향을 끼쳤다는 것을 의미한다.

  (2) 쟁점특허와 청구법인의 제품과의 관계

   (가) 청구법인의 사업은 기계 부품을 제조하여 판매하는 것이다. 청구법인은 포크레인, 굴삭기 등의 바퀴에 사용되는 트랙링크 및 트랙슈를 제조하는 회사이며, 제품을 제조하기 위한 기계장비는 ▣▣제철㈜에서 약 20년 동안 사용했던 설비를 2010년에 이전받은 것이다.

   (나) 이 기계장비는 30년 전 생산된 설비이며 전 작업 공정이 수동 방식으로 가동되고 있기에 산업의 트랜드가 변경된 지금 시점에는 사용하기가 어려운 상황이다.

  (다) 쟁점특허권을 취득하기 전, 청구법인은 트랙슈를 제조하기 위해 기계장치 라인에서 사람이 수작업하였지만 쟁점특허 취득 후에는 사람 대신 로봇이 작업하고 있다.

  쟁점특허는 자동화 장치이며 로봇핸드를 제작하는 도면이다. 청구법인은 기계 자동화 장치를 제작하는 회사가 아니며, 그러한 기술도 보유하고 있지 않고 설비 또한 없다.

  (라) ▣▣제철㈜에서 보내온 공문에 의하면, 정□□가 개발한 쟁점특허와 관련하여 자문을 수차례 요청한 사실이 있다.

   정□□는 도면에 대한 적정성을 검증을 할 수 있는 능력을 갖춘 자임을 보장하고 있고, 이 기술은 ▣▣제철㈜에서도 아직까지 완성하지 못한 기술이다.

<표13> 쟁점특허권별 특징

라. 판단

 1) 관련 법리

  가) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원2012두23341, 2014.8.20. 같은 뜻).

  나) 발명이란, 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말하고, ‘발명자’라고 함은 기술적 사상의 창작 행위를 현실적으로 담당한 사람으로서, 발명의 기술적 사상의 창작 행위에 실질적으로 이바지하여야 하는데, 기존 기술과 동일하거나 사소한 부분을 추가한 원고는 발명자로 볼 수 없다(서울중앙지방법원2012가단275945, 2013.11.21. 같은 뜻).

  다) 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언․지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원2011다77313, 77320, 2014.11.13. 같은 뜻).

 2) 대표이사 명의로 등록된 특허권의 실지 소유권이 법인에게 있는 것으로 보아 특허권을 대표이사로부터 매수한 거래를 부인하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부에 대한 판단

  가) 이상의 사실관계 및 법리와 아래의 사정들을 종합하여 살펴보건대, 쟁점특허권의 실지 소유권은 청구법인이 아니라 대표이사 개인에게 있다고 봄이 타당하다.

  ① 정□□의 기계공고 졸업, 공작기계 생산업체인 ♤♤기공에 7년간 근무, 공장자동화 장치를 개발 및 납품하는 관계회사 ◎◎기술에서 약 17년간 근무 등 이력으로 볼 때 정□□는 쟁점특허를 발명할 수 있는 역량이 있어 보인다.

  ② 한국산업기술진흥협회의 현장 실사 결과 청구법인의 기술연구소가 연구 활동이 없는 명목상의 연구소라는 이유로 2018.9.7. 연구소 인정이 취소되었으며, 쟁점특허는 공장자동화설비 제작을 위한 설계도면으로서 CAD 프로그램을 이용한 작업이 필요한데 청구법인 내에서는 CAD 작업을 할 수 있는 인력이 대표이사 정□□밖에 없다는 것이 청구법인 직원 및 매출거래처의 확인서, 공문 등으로 확인된다.

  ③ 청구법인이 제출한 발명을 위한 정□□의 연구노트와 필적감정서, CAD프로그램 백업 파일이 정□□ 개인 노트북에 저장된 내용, 특허권 취득을 위한 정□□와 특허법인 간 용역계약서, 용역수수료 ○○원을 정□□가 부담하였다는 현금영수증 등의 증빙과 업무용이 아닌 개인 메일로 특허법인과 거래한 사실 등으로 볼 때, 정□□는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리한 자가 아니라 중장비 부품 제조공정의 자동화설비를 위한 새로운 착상을 구체화한 자로서 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여한 자로 보인다.

  ④ 청구법인의 법인세 신고내용을 보면 당기총제조원가 중 노무비가 차지하는 비율이 2018년 21.3%에서 2019년 18.9%, 2020년 16.9%, 2021년 15.9%로 떨어져 쟁점특허권 취득 이후에 인건비 절감의 효과가 나타난다고 보인다.

  ⑤ 처분청은 쟁점특허권은 청구법인의 인건비 절감을 위한 것으로서 대표이사 단독으로 개발한 것이 아니며 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점특허의 성질상 청구법인의 업무범위에 속한다고 하더라도 쟁점특허 발명을 하게 된 행위가 대표이사에게 당연히 예정되는 직무에 속한다고 보기 어렵다.

  ⑥ 처분청은 쟁점특허권 취득을 위한 수수료를 대표이사가 부담한 사실만 있을뿐 쟁점특허권 개발을 위한 시제품 제작 등의 비용 증빙이 없다는 의견이나, 기존의 법인 명의로 등록한 특허권은 실물이 있는 장비 등에 대한 특허권인 반면 쟁점특허권은 실물이 없는 자동화를 위한 도면에 대한 특허권이라는 점에서 새로운 착상 또는 프로그램 시뮬레이션만으로 발명이 가능하다는 청구주장이 설득력이 있어 보인다.

  나) 따라서 처분청이 쟁점특허권의 실지 소유권이 청구법인에 있는 것으로 보아 청구법인에게 한 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

7. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1)발명진흥법 제 2조(정의) 제3호. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

2) 「발명진흥법 제2조 제2호」에 의하면, 종업원 등에는 종업원, 법인의 임원이 포함된다.