[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1989.7.13. OOO(이하 OOO를 “쟁점토지①”이라 하고, OOO를 “쟁점토지②”라 하며, 쟁점토지①과 쟁점토지②를 합하여 “쟁점토지”라 한다)을 상속을 원인으로 취득하여 보유하다가 쟁점토지를 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에 양도하고 2019.12.31. 쟁점토지①, 2020.1.10. 쟁점토지②의 소유권이전등기를 각 마쳐주었으며, 이를 2개의 과세기간에 걸친 별도의 거래로 보아 2019년 및 2020년 각각 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도(1억원)를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2022.7.5.부터 2022.7.25.까지 청구인에 대한 양도소득세 세목별조사를 실시하여 쟁점토지의 매매거래를 하나의 거래로 보아 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용하여 2022.8.4. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.10.15. 이의신청을 거쳐 2023.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 2017.12.22. 주식회사 BBB(이하 “BBB”이라 한다)과 쟁점토지 전체를 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 총 매매대금의 OOO에 해당하는 계약금을 수령하였다. 그러나 BBB은 쟁점토지의 잔금지급일인 2019.12.30.까지 잔금을 지급하지 못하였고, 이에 기존 계약을 해지하고 2019.12.31. AAA에 쟁점토지①을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 그 소유권이전등기를 마쳐주었으며, 2020.1.10. 동일한 양수인에게 쟁점토지②를 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.

 쟁점토지 양도당시 해당 지역은 OOO 도시개발사업이 진행되고 있었고, BBB은 그 사업시행자였다. 2017년 당시 BBB은 「농지법」상 농지를 취득할 수 있는 자격이 없었기 때문에 2017.12.22. 체결된 매매계약은 가계약에 불과하였고, BBB은 최종적으로 사업시행자로 선정되지 못하였으며 BBB을 대신하여 AAA가 해당지역의 사업시행자로 선정되었다. 이에 따라 청구인은 당초 BBB과 체결하였던 가계약을 취소하고, AAA와 새롭게 쟁점토지의 양도계약을 체결하게 되었으며 그 과정에서 쟁점토지를 쟁점토지①과 쟁점토지②로 나누어 양도하게 된 것이다.

 따라서 청구인은 「조세특례제한법」상 감면세액을 과다하게 받을 의도로 가장행위를 통해 쟁점토지를 쟁점토지①과 쟁점토지②로 나누어 양도한 것이 아니다.

 청구인과 2017년 쟁점토지에 대한 양도계약을 체결한 것은 BBB이고, 2019년 및 2020년 쟁점토지에 대한 양도계약을 체결한 것은 AAA로 별도의 법인이고, 쟁점토지는 연접한 토지이기는 하나 청구인이 이를 취득하였던 1989년 이전부터 구분등기되어 있었던 별개의 부동산으로, 이에 대한 보상가액, 보상방법 및 양도시기를 달리하여 청구인에게 유리한 방법으로 양도하기 위하여 이를 구분하여 별도로 양도한 것임에도, 처분청은 막연하게 쟁점토지 양도행위를 하나의 거래로 추정하여 이 건 양도소득세를 과세하였는바 이는 위법하여 취소되어야한다.

나. 처분청 의견

 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 시 첨부서류로 쟁점토지①․②에 대한 각 매매계약서를 제출하였으나, 처분청은 조사과정에서 2017.12.22. 쟁점토지 전체를 양도하는 내용으로 작성된 계약서(이하 “당초계약서”라 한다)를 확보하였다.

 당초계약서상 매매목적물은 쟁점토지 전체이고 계약체결시 계약금으로 총 매매대금의 OOO, 2019.12.30. 잔금으로 OOO를 지급하는 것으로 약정하였으나, 자필로 ‘쟁점토지②는 2020년 1월 예정’이라고 기재한 것을 확인할 수 있다.

 또한 당초계약서상 쟁점토지 전체의 매매대금은 OOO원으로 확인되는데 이후 쟁점토지①․②로 나누어 다시 매매계약을 체결하였을 때에도 그 매매대금을 합하면 OOO원으로 동일하고, 당초계약서상 쟁점토지의 양수인은 BBB이고 이후 체결된 매매계약의 양수인은 AAA이나 두 법인은 사내이사, 감사 등의 구성이 모두 같다.

 한편, 청구인은 BBB과 AAA는 별개의 법인이고 당초계약을 해지하고 새롭게 AAA와 계약을 체결한 것이라고 주장하나, 만약 청구주장 대로라면 청구인은 새로운 매매계약에 따라 계약금을 포함한 매매대금 전액을 지급하였어야 할 것이나 실제 매매대금 지급내역을 보면 청구인은 2017.12.22. BBB로부터 당초계약에 따른 계약금 OOO원을 지급받고, 이후 당초계약에 따른 매매대금 중 기지급된 계약금을 제외한 잔액 OOO원(2019.12.31. OOO원 및 2020.1.10. OOO원)을 지급받은 것으로 확인되어 당초 계약에 따른 매매대금을 지급받은 것으로 보는 것이 타당하다.

 따라서 쟁점토지 매매계약을 하나의 거래로 보아 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점토지의 매매거래를 하나의 거래로 보아 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1과세기간에만 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 1989.7.13. 쟁점토지를 상속을 원인으로 취득하여 보유하다가 2017.12.22. BBB에 OOO원에 양도하기로 하고 같은 날 계약금 OOO원을 받았다가 그 계약을 해지하고 2019.12.31. 쟁점토지①, 2020.1.10. 쟁점토지②를 각 AAA에 양도하기로 하고 같은 날 각 매매대금(잔금)을 지급받은 후 소유권이전등기를 각 마쳐준 것으로 확인된다.

 (2) 2017.12.22. 작성된 당초계약서에 의하면, ① 매매목적물은 쟁점토지 전체이고, ② 매매대금은 OOO원이며, ③ 양수인은 BBB 외 1이고, ④ 계약체결시 계약금으로 매매대금의 OOO, 2019.12.30. 잔금으로 OOO를 지급하는 것으로 약정하였으나, 자필로 ‘쟁점토지②는 2020년 1월 예정’이라고 기재한 것을 확인할 수 있다.

 (3) 당초계약서에는 (도시개발구역으로) 지정된 후 3개월 이내 또는 2019.12.30. 중 선도래일에 잔금을 지급하는 것으로 약정하고 있었으나, 2019.12.31. 새로 작성된 매매계약서에는 잔금지급조건과 관련된 규정이 없는 것으로 확인되고, 당초계약서에는 잔금지급일까지 잔금을 지급하지 못할 경우 본 계약은 해지되며 계약금은 매도인에게 귀속된다고 규정하고 있었던 것으로 확인된다.

 (4) 청구인이 BBB 또는 AAA로부터 쟁점토지에 대한 매매대금을 지급받은 내역은 OOO과 같다.

 (5) 법인등기부등본에 의하면, BBB은 부동산개발업 등을 목적으로 2017.2.2. 설립된 법인으로 대표이사는 CCC, 사내이사는 DDD이고, AAA는 2018.1.18. OOO 도시개발사업을 위하여 설립되었으며 사내이사는 DDD, 감사는 CCC으로 확인된다. 두 법인의 법인등기부등본상 2021년 2월 이전의 사업장은 OOO로 동일한 것으로 확인된다.

 (6) OOO에 의하면 OOO의 도시개발구역 지정일은 2019.12.20.이고, 사업시행자는 AAA로 확인된다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

 청구인은 쟁점토지 매매거래를 하나의 거래로 보아 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원만 적용한 처분은 부당하다고 주장한다.

 그러나 청구인은 2017.12.22. 쟁점토지 전체를 BBB에 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였으나 이를 해지하고, 2019.12.31. 쟁점토지①, 2020.1.10. 쟁점토지②에 대한 매매계약을 각 체결하면서 매매대금을 2019년과 2020년에 나누어 지급받음으로써 자경농지에 대한 양도소득세 과세기간별 감면한도(1억원)를 2번 적용하여 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고․납부한 것으로 확인되는데,

 당초계약을 해지하고 새로운 매매계약을 체결하였음에도 불구하고 새로운 매매계약상 계약금을 지급받지 아니하였고, 쟁점토지 전체 매매대금에서 당초계약에 따라 지급받은 계약금 OOO원을 제외한 매매대금 잔액인 OOO원(2019.12.31. OOO원 및 2020.1.10. OOO원)만을 청구인의 계좌로 지급받은 것으로 확인되는 점,

 2017.12.22. 작성된 당초계약서에 의하면, ① 매매목적물은 쟁점토지 전체이고, ② 매매대금은 OOO원이며, ③ 양수인은 BBB 외 1이고, ④ 계약체결시 계약금으로 매매대금의 OOO, 2019.12.30. 잔금으로 OOO를 지급하는 것으로 약정하였으나, 자필로 ‘쟁점토지②는 2020년 1월 예정’이라고 기재되어 있는 점,

 법인등기부등본에 의하면, BBB과 AAA는 그 인적구성이 유사(CCC, DDD)하고, 사업장 소재지도 유사(2021년 2월 변경등기 전 BBB 및 AAA의 사업장 소재지는 OOO였음)한 것으로 확인되는 점,

 쟁점토지를 두 과세기간에 걸쳐 각각 양도한 것에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 두 과세기간에 걸쳐 적용 받으려는 목적 외에 다른 특별한 사정이 있었던 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도를 2020년에 이루어진 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 소득세법

 제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

 (2) 소득세법 시행령

 제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

 (3) 조세특례제한법

 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 다. 삭제 <2017.12.19>