주 문

 ○○○세무서장이 2023.3.23. 청구법인에 한 2021년 제2기 과세기간 부가차가치세 000원을 부과한다는 과세예고 통지는

 청구법인이 쟁점용역과 관련 AAA시에서 수령ㆍ집행한 위탁사업비를 청구법인의 책임과 계산으로 집행한 것인지, 단순히 대신 집행한 것인지에 대해 구체적인 사실관계를 재조사하고 그 결과에 따라 부가가치세 과세표준과 세액을 다시 통지합니다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구법인은 1999.6.23. 지방공기업법에 따라 AAA시 시설관리공단으로 설립되어 시설관리업무를 수행(사업개시일 같은 해 7.1.)하였으며, 조직변경에 따라 2017.12.29. AAA도시공사로 새롭게 설립되었다.

나. 청구법인은 AAA시와 위ㆍ수탁계약을 체결하여, 공영주차장․교통정보센터․문화센터․지하도상가․종량제봉투․충전소 등(주차, 체육, 교통, 문화 등 시민 생활과 밀접한 전(全)분야)의 사업 및 공공시설에 대한 관리업무(이하 “AAA시 위탁사업”이라 하고, AAA시 위탁사업의 대상이 되는 시설을 “AAA시 위탁시설”이라 한다)를 수행하기로 하고, 매년 위탁사업비¹⁾를 수령ㆍ정산한후, 남은 잔액은 AAA시에 반납하고 있다.

다. 한편, 청구법인은 법인세 신고 시 AAA시 위탁사업 수행에 따른 해당 위탁사업비를 수입금액에 포함하였으나, 동 용역제공 전부를 부가가치세 면제대상으로 보고 부가가치세 신고는 하지 아니하였다.

라. ○○청장(감사관)은 2022.10.24.부터 11.11.까지 통지관서에 대한 정기종합감사를 실시하여 청구법인의 부가가치세 신고 적정여부를 점검한 결과,

 1) 청구법인이 2021년 중 수행한 AAA시 위탁사업 중 공영주차장 등 관리ㆍ운영 사업, 레포츠센터 등 관리ㆍ운영 사업, AAA역지하도상가 관리ㆍ운영(부동산임대) 사업(이하 “쟁점용역”이라 한다)은 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특령”이라 한다)제106조제8항단서(이하 “쟁점단서조항”이라 한다)에서 정하는 부가가치세가 면제되지 아니하는 사업으로 보고,

 2) 2023.3.21. 쟁점용역과 관련한 위탁사업비 상당액 000백만원(공급가액 000백만원)에 대해 쟁점용역의 공급시기를 2021년 제2기로 보고, 관련 부가가치세 과세표준과 세액을 경정조치하라고 통지관서에 처분지시를 하였다.

  ※ 공영주차장(소관과:주차시설과) 관련 위탁사업비 000원, 운동시설 운영업(소관과:체육진흥과) 관련 위탁사업비 000원 및 지하도상가 부동산임대업(소관과:건설정책과) 관련 위탁사업비 000원 합계액 000원

마. 통지관서는 감사관의 처분지시에 따라 2022.3.23. 청구법인에 2021년 제2기 과세기간 부가가치세 000원을 과세한다는 과세예고를 통지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.25. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

 1) 청구법인은 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 사업형태를 갖추지 못하였고, 이에 따라 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로 볼 수 없는바, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는 것으로 볼 수 없다.

 2) 또한, 위탁사업비의 지출과 관련된 세금계산서의 수취가 위탁자인 AAA시를 공급자로 하고 있다는 점, 계약상 손해배상 조항은 실질상 실현가능성이 없어 그 의미가 선량한 관리자의 의무를 강조하기 위한 조항에 불과한 점, 위탁계약서 조항의 수익의 창출 및 결정의 주체가 AAA시라는 점을 종합하여 볼 때, 쟁점용역에 대한 부가가치세 과세예고 통지는 취소되어야 한다고 사료된다.

3. 통지관서 의견

 대법원 판시의 내용과 같이 ‘위탁계약에 따른 위탁사업비와 위탁수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 위탁사업비와 위탁수수료 전체가 용역의 대가’이므로 위탁사업비는 부가가치세 과세대상에 해당하나, 쟁점용역에 대한 위탁사업비는 쟁점단서조항에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것으로 보는 것이므로 이 건 과세예고 통지는 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 쟁점용역과 관련하여 수령한 위탁사업비는 단순히 AAA시를 대신하여 집행한 것이므로 부가가치세 과세대상에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제2조【정의】(2020.12.22. 법률 제17653호로 개정된 것)

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.24, 2020.12.22>

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

   3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

 1-1) 부가가치세법 시행령 제3조【용역의 범위】(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 개정된 것)

  ① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11>

   6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

    가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업

    나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

   7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업

   8. 공공행정, 국방 및 사회보장 행정

  ② 제1항제1호 및 제6호에도 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령으로 정하는 사업은 재화(財貨)를 공급하는 사업으로 본다.

 2) 부가가치세법 제3조【납세의무자】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다. <개정 2020.12.22>

   1. 사업자

 3) 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

   2. 재화의 수입

 4) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

  ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5) 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

   1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

   2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

  ⑫ 시가와 그 밖에 공급가액 및 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 6) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】(2021.3.16. 법률 제17926호로 개정된 것)

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2022년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. <개정 2020.6.9, 2020.12.29>

   6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 6-1) 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】(2021.5.4. 대통령령 제31661호로 개정된 것)

  ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2019.6.11, 2020.2.18., 2021.2.17>

   21. 「지방공기업법」에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사

   22. 「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

   22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사

    가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

    나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

    다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

  ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다. <개정 2010.2.18, 2013.6.28>

   1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

   2. 「부가가치세법 시행령」제3조제2항에 규정된 사업

   3. 부동산임대업

   4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

   5. 수상오락서비스업

   6. 유원지ㆍ테마파크운영업

   7. 주차장운영업 및 자동차견인업

 7) 지방공기업법 제67조【손익금의 처리】(2020.10.20. 법률 제17522호로 개정된 것)

  ① 공사는 결산 결과 이익이 생긴 경우에는 그 이익금을 다음 각 호의 순서에 따라 처리한다.

   1. 전 사업연도로부터 이월된 결손금이 있으면 결손금을 보전

   2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 이익준비금으로 적립

   3. 대통령령으로 정하는 바에 따라 감채적립금으로 적립

   4. 이익을 배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립

  ② 제1항제3호의 감채적립금은 공사의 사채를 상환하는 목적 외에는 사용할 수 없다.

  ③ 공사는 결산 결과 손실이 생긴 경우에 그 결손금을 제1항제4호의 적립금으로 보전하고, 그 적립금으로도 보전하지 못한 결손금은 제1항제2호의 이익준비금으로 보전하거나 이월한다.

 8) 지방공기업법 제71조【대행사업의 비용 부담】

  ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

  ② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

 8-1) 지방공기업법 시행령 제63조【대행업무의 비용부담등】(2020.12.8. 대통령령 제31229호로 개정된 것)

  ① 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

  ② 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

   1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역등에 소요되는 경비

   2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

   3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물등을 관리하는 데 소요되는 경비

   4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

   5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

  ③ 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

  ④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

  ⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

 9) 지방공기업법 제76조【설립ㆍ운영】

  ① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립할 수 있다.

 10) AAA도시공사 설립 및 운영 조례 제25조【결산】(2017.12.29. 경기도AAA시조례 제3246호로 개정된 것)

  ① 공사는 매 사업연도의 결산을 해당 사업연도 종료 후 2개월 이내에 완료하여야 한다.

  ② 공사는 결산 완료 후 결산서를 작성하여 지체 없이 시장에게 보고하여 승인을 받아야 한다.

  ③ 시장은 결산서에 부당하다고 인정되는 사항이 있을 때에는 그 시정을 요구할 수 있다.

 11) AAA도시공사 설립 및 운영 조례 제26조【손익금의 처리】

  공사는 결산 결과 손익이 생긴 때에는 그 손익금에 대하여 법 제67조에 따라 처리하여야 한다

 12) AAA도시공사 설립 및 운영 조례 제27조【일반회계 등이 부담할 경비】

  ① 법 제71조제2항에 따라 공사가 국가나 시의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 시에서 부담하여야 하는 경비는 다음 각 호와 같다.

   1. 영 제63조제2항에 따른 경비

   2. 국가나 시의 공공의 목적에 따라 무상으로 공급하거나 평균공급가격 이하의 낮은 가격으로 공급하는 급부에 대한 평균공급가격과 실제공급가격의 차액

  ② 제1항제2호의 비용부담에 관해서는 공사는 국가나 시와 협의하여야 한다.

 13) 행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정 제2조【정의】(2021.2.17. 대통령령 제31450호로 개정된 것)

  이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   3. “민간위탁”이란 법률에 규정된 행정기관의 사무 중 일부를 지방자치단체가 아닌 법인·단체 또는 그 기관이나 개인에게 맡겨 그의 명의로 그의 책임 아래 행사하도록 하는 것을 말한다.

   5. “위탁기관”이란 자기의 권한을 위탁한 해당 행정기관의 장을 말하고, “수탁기관”이란 행정기관의 권한을 위탁받은 다른 행정기관의 장과 사무를 위탁받은 지방자치단체가 아닌 법인·단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인 설립, 연혁, 조직안내 등 기본사항은 다음과 같다.(생략)

 2) 청구법인(前 AAA시시설관리공단)이 AAA시와 체결한 시설관리ㆍ운영에 관련된 위ㆍ수탁계약, 위탁협약 등 내용은 다음과 같다.(생략)

 3) (통지관서 제출) 감사관이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 본 사유, 근거는 다음과 같다.(생략)

 4) 위탁사업비 수취ㆍ정산내역과 부가가치세 과세대상으로 본 쟁점용역 내역은 다음과 같다.(생략)

 5) 청구법인에 대한 2021년 제2기 과세기간에 대한 매출ㆍ매입세금계산서 제출내역 및 부가가치세 경정내역은 다음과 같다.(생략)

 6) 청구법인의 2021 사업연도 법인세 신고 시 제출한 재무상태표, 손익계산서 주요 계정과목 내용은 다음과 같다.(생략)

 7) 2018～2021 사업연도에 대한 청구법인의 법인세 신고내용은 다음과 같다.(생략)

 8) 정부대행업무에 대한 부가가치세 면세제도의 개정연혁(쟁점을 중심으로)을 살펴보면 다음과 같으며, 정부대행업무란, ‘정부 등으로부터 위탁을 받아 수행하는 업무’라고 정의하고 있음을 알 수 있다.(생략)

 9) 사전열람 후 청구법인이 추가ㆍ수정요청한 사항은 심리자료애 반영하였으며, 통지관서 의견에 추가로 반박한 주장은 다음과 같다.(생략)

 10) 청구법인은 국세심사위원회에 참석하여 위탁사업비는 2020.12.31.까지는 AAA시 명의 은행계좌로 수령하였고, 2021.1.1.부터는 청구법인 명의 계좌로 수령하였다고 진술하였다.(생략)

 11) 감사관은 국세심사위원회에 참석하여 ‘평가급 및 성과금’, ‘사무관리비’, ‘기타보상금’ 등 일부 지출 위탁사업비에 대한 계산주체가 누구인지, 통지관서에 대한 감사 당시 소명을 받지 못해 검토되지 못했다고 진술하였다.

라. 판단

 1) 관련 법리

  가)「조세특례제한법」(2021.3.16. 법률 제17926호로 개정된 것, 이하 같다) 제106조제1항제6호는 ‘정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있다.

  나) 「조세특례제한법 시행령」(2021.5.4. 대통령령 제31661호로 개정된 것, 이하 같다)제106조제8항은 “법 제106조 제1항 제6호에서 ‘재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’이라 함은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한다”고 하면서 각 제3호, 제4호, 제7호에서 “3. 부동산임대업, 4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업, 7. 주차장운영업 및 자동차견인업”을 규정하고 있다.

  다) 「조세특례제한법 시행령」제106조제8항의 내용 및 개정연혁 등을 종합하여 보면, 정부업무대행단체의 면세사업의 범위는 일단 이 사건 시행령 조항의 본문과 그 위임에 의한 시행규칙 규정에 의하여 정해지고, 그 중 일부는 쟁점단서조항(「조세특례제한법 시행령」제106조제8항단서, 이하 같다)에 따라 면세사업의 범위에서 제외되는 형식으로 규정된 것이라고 못 볼 바 아니다.

  그렇게 보면 청구법인이 영위하는 ‘주차장 등의 사용에 관한 업무’는 쟁점단서조항에 따라 일단 면세사업의 범위에 포함되었다가 쟁점단서조항에서 면세제외 대상 사업으로 규정됨으로써 결국 면세사업에 해당하지 않게 되었다고 할 것이다.

  그리고, 부가가치세의 납부의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 「부가가치세법」제2조제1항의 취지 등에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없다(대법원 2012.10.25. 선고 2010두3527 판결 참조).

 2) 쟁점용역과 관련하여 수령한 위탁사업비는 단순히 AAA시를 대신하여 집행한 것으로 부가가치세 과세대상에서 제외하는 것인지에 대한 판단

  가) 관련 법리와 다음의 여러 사정들을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점용역과 관련하여 AAA시에서 수령한 위탁사업비를 청구법인의 책임과 계산으로 집행한 것인지, 단순히 대신 집행한 것인지 불분명하므로, 이에 대한 구체적인 사실관계를 재조사하고 그 결과(부가가치세 과세표준에 포함 여부)에 따라 부가가치세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.

   (1) 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지고, 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부는 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하여야 하고, 각 사업분야 전체를 기준으로 판단할 수는 없다(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결 참조).

   (2) 쟁점단서조항의 내용과 개정연혁 등을 종합해 보면, 이들 업종들은 처음에는 부가가치세 면세사업의 범위에 포함되었다가 쟁점단서조항의 제3호, 제4호, 제7호에 따라 면세사업 대상에서 제외된 것으로 보이는바, 결국 청구법인이 AAA시에 제공한 쟁점용역은 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당해 보인다.

   아울러, 쟁점용역에 대한 부가가치세의 납부의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 「부가가치세법」제2조제1항제1호의 취지 등에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없다(대법원 2012.10.25. 선고 2010두3527 판결 참조).

   (3) 청구법인은 쟁점용역이 AAA시를 대신하여 수행한 것으로 이와 관련하여 AAA시에서 수령하여 집행한 위탁사업비가 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하는데, 다음의 사정들을 종합하여 보더라도 쟁점용역에 대한 위탁사업비 대부분은 청구법인의 책임과 계산으로 집행된 것으로 보인다. 다만, 일부의 위탁사업비는 AAA시를 대신하여 단순 집행된 것으로도 볼 수 있어 그 부분에 대한 사실관계 확인이 필요해 보인다.

     ① 「부가가치세법」제29조제1항 및 제3항에 따르면, ‘용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액’으로서 ‘대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함한다’고 규정하고 있다.

     ② 청구법인은 AAA시에서 위탁사업관련 위탁시설에 대한 시설운영, 시설유지․보수, 사용료 징수 등 관리․운영 업무 일체를 위탁받았고, 이 사건 위탁시설의 관리․운영 과정에서 발생하는 민·형사상 책임을 청구법인이 부담하기로 약정하였다.

     ③ 청구법인과 AAA시는 1999.7.31. 위탁사업에 대한 위․수탁계약을 체결하면서 위탁사업비의 지급방식과 관련하여 위탁사업비의 연간 총 예산액을 먼저 정하고 이를 분기별로 배분하여 청구법인의 청구에 따라 지급하되 분기별로 정산을 하여 AAA시에 보고하도록 되어 있고(사업위탁계약서 제7조ㆍ제8조), 위탁기간이 만료되거나 계약이 해지된 때 정산을 하여 잔액을 반납하도록 정하였는데(공공체육시설 관리ㆍ운영 위탁 협약서 제6조),

     청구법인은 위탁사업관련 각 위ㆍ수탁계약에 따라 AAA시에서 수령하는 전체 위탁사업비를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하면서, 법인세 신고 시에도 전체 위탁사업비를 수입금액으로 신고하였으나, 이는 지방공기업 결산기준에 따라 회계처리한 것일 뿐, 청구법인에 귀속되었음을 인정하는 것은 아니라고 주장한다.

     그러나, AAA시는 쟁점용역 관련 위탁시설의 관리․운영과 관련한 일체의 업무를 청구법인에 위임하고 청구법인은 수임인의 지위로 본인의 계산과 책임으로 해당 업무를 대부분 수행한 것으로 보이고(연도말에 위탁사업비 중 집행하고 남은 잔액을 반환하는 점에서 그렇다, 공공체육시설 관리ㆍ운영 위탁 협약서 제6조),

     AAA시에서 지급받은 선급 위탁사업비를 청구법인 명의의 계좌로 예치(청구법인은 2021.1.1.부터 청구법인 명의 계좌로 수령하였다고 진술한다)한 이상, 이는 청구법인의 소유로 귀속되며 그에 대한 처분권한 역시 청구법인이 갖는 점(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결 참조) 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 AAA시의 승인을 얻은 범위 안에서 위탁사업비를 집행하고, 지출하고 남은 위탁사업비는 모두 AAA시에 반환함으로써 당초 약정한 위탁수수료만 취득하였다는 사정만으로는 청구법인이 쟁점용역 관련 위탁사업비의 지출에 관하여 단순히 AAA시를 대행하는 지위에 있었다고 보기는 어렵다(수원지방법원 2018.2.6. 선고 2017구합65365 판결 참조).

     ④ 한편, 감사관은 통지관서에 대한 감사과정에서 청구법인이 AAA시에서 수령한 위탁사업비의 집행실태를 살펴보면서, 평가급 및 성과금, 사무관리비, 기타보상금 등 일부 지출 위탁사업비에 대해서는 계산주체가 누구인지에 대해 사실관계를 확인하지 못했던 것으로 보인다(감사관은 국세심사위원회에 참석하여 이 부분에 대해 당시 소명을 받지 않아 검토하지 못했다고 진술하였다).

   (4) 위의 내용을 종합해 보면, 청구법인이 쟁점용역과 관련 수령하여 집행한 위탁사업비 중 그 집행실태를 구체적으로 확인하여 청구법인의 책임과 계산으로 집행한 것은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 타당하고, 그 외 단순히 AAA시를 대신하여 집행한 것에 불과한 부분에 대해서는 부가가치세 과세대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

  나) 따라서, 청구법인이 AAA시에서 수령한 위탁사업비의 집행실태를 재조사하고 그 결과(부가가치세 과세표준에 포함 여부)에 따라 부가가치세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.