[질 의]

1. 당사는 외국해상운송업을 영위하는 법인으로서 화주에게 해상운송용역을 제공하고 해상운임(부대비용포함)과 화물입항료(WHARFAGE : WFG), 컨테이너지역개발세(CONTAINER TAX : CTX)를 징수하고 있음

2. 화물입항료는 󰡒항만법 및 해양수산부 고시 제1999-4호 : 무역항의 항만시설사용 및 사용료에 관한 규정󰡓에 의한 항만시설사용료로 납부의무자는 항만시설을 사용하는 화주이며 해상화물운송사업자는 화주를 대리하여 화물입항료를 화주로부터 징수하여 해당 지방해양수산청장에게 납부하고 있으며(동법 제27조, 동 규정 제9조 제1항, 제18조 제1항, 동조 제2항 제3호, 제19조), 컨테이너지역개발세는 󰡒지방세법 및 부산광역시세조례󰡓에 의한 지방세로 납세의무자는 컨테이너에 들어있는 화물의 화주이며 해상화물운송사업자는 특별징수의무자로 지정이 되어 화주로부터 징수후 해당 지방자치단체에 납부(동법 제253조, 제254조, 제256조, 동조례 제86조, 제91조, 제92조, 제93조)하고 있음

3. 또한, 당사는 해상운송용역 제공시 화주에게 부가가치세법에 의한 세금계산서를 발행하며 해상운임은 공급가액에, 당사가 징수대행을 하는 화물입항료와 컨테이너지역개발세는 비고란에 기재하여 청구하고 입금시 입금표에 해상운임과 화물입항료, 컨테이너지역개발세를 구분 기재하여 발급하고 있음

4. 한편, 1998. 12. 31부로 법인세법이 개정되어 손비의 증빙서류를 신용카드매출전표, 부가가치세법에 의한 세금계산서, 법인세법 및 소득세법에 의한 계산서로 제한하고 이를 수취하지 않는 경우 가산세를 징수하게 하고 있어(법인세법 제76조 제5항) 화주로부터 상기의 화물입항료와 컨테이너지역개발세를 세금계산서의 공급가액에 포함하여 청구하도록 요구를 받고 있는 실정임

5. 이에 대하여, 화물입항료와 컨테이너지역개발세는 당사가 화주에게 공급하는 용역이 아니며 정부와 지방자치단체를 대신하여 화주로부터 징수, 납부하는 조세공과금 성격이므로 부가세법상 세금계산서의 공급가액에 포함될 수 없고 화주측에서 증빙서류로 당사의 입금표를 사용하여도 화주가 손비처리 및 증빙불비로 인한 가산세의 부담이 없을 것으로 사료됨