[질 의]

특허권자인 국외사업자로(B)부터 국내 특허 전용실시권을 취득한 법인(A)이 국내 특허권을 침해 중인 다른 국내 사업자(갑)가 특허권 소유자인 국외사업자를 대상으로 “특허에 대한 무효심판”을 제기함에 따라 특허법에 의한 이해관계자이면서 전용실시권자인 A법인이 소송 보조 참가인으로 참여하여 당해 소송에 대한 전반적인 소송을 수행하면서 지출한 소송 비용의 법인세법에 의한 손금으로 인정받을 수 있는지

〈갑설〉 소송의 당사자는 특허권자인 국외사업자인 B이므로, 전용실시권자인 A가 특허권자인 B를 대신하여 소송을 전반적으로 수행하면서 지출한 소송비용은 업무 무관 비용으로 보아, 손금불산입함

〈을설〉 전용실시권자의 손금으로 인정은 하되, 특허권자와 전용실시권자간의 소송 수행에 따른 이해관계에 따라 국제조세조정에관한법률 등에 의하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하거나, 접대비 등으로 의제될 수 있음

（이유） 국내 특허 전용실시권자인 A는 특허권자인 B로부터 국내에서 특허의 전용실시권을 허여받은 자이고, 당해 전용실시권에 의하여 독점적으로 사업을 영위하므로, 특허의 무효심판 여부에 따라, 사업의 계속 존속 여부 등, 지대한 영향을 미치는 소송이므로, 소송의 보조 참가인으로 참여하여 특허권자를 대행하여 소송을 전반적으로 수행하면서 소송 비용을 지출한 것임

* 특허권자는 특허 무효심판에서 패소할 경우, 국내 특허만이 취소됨

즉, 전용실시권자가 하등의 이유없이 소송비용을 지출한 것이 아니라, 국내 사업을 위하여 부득이하게 소송비용을 지출한 것이므로 업무 관련 비용으로 보아 손금은 인정을 하되 질의내용상 상세한 사실관계는 나타나 있지 아니하나, 통상 국외 특허권자가 국내 사업자에게 특허 전용실시권을 허여하면서 특허 침해 또는 특허 무효심판이 있는 경우 전용실시권자에게 소송을 전반적으로 수행하게 하고, 이를 특허권자에게 통보하도록 하는 것이 관례이고, 양 당사자간에 소송 결과에 따른 손해배상금의 안분 등 상세한 내용은 별도 계약 등에 의하는 것이 통상적이므로 소송 비용을 무조건 업무 무관비용으로 보는 것은 맞지 아니하고

다만, 특허권자와 전용실시권자가 국제조세조정에관한법률 등에 의한 특수관계가 성립하는지 여부, 양 당사자간 손해배상금의 안분 등에 의한 사용료 소득으로 보아 원천징수할 것인지 여부, 이해관계에 따른 부당행위여부, 접대비 의제 여부 등을 별도 사실관계에 의하여 검토하여야 할 것임