[질 의]

가. 사실관계

당해 법인은 법인세법 제1조 제2호에 규정하는 비영리내국법인으로 수익사업인 교육서비스업(학원)을 영위하던 중

ｏ 교육서비스업에 공하던 고정자산(토지)을 매각하고 이에 따른 계산서를 법인세법 제121조 규정에 따라 작성교부하지 아니하였으며

ｏ 수익사업 목적으로 토지를 취득하면서 교부받은 계산서를 관할세무서에 제출하지 못하였음

나. 질의사항

위와 같이 비영리내국법인이 수익사업에 공하던 고정자산을 처분하고 계산서를 발행하지 않았거나, 수취한 계산서를 제출하지 않았을 경우 비영리내국법인에 대하여 법인세법 제76조 제9항 규정에 의한 계산서 미교부(미제출)가산세를 적용할 수 있는 지에 대하여 다음 양설이 있어 질의함

〈갑설〉 계산서 미교부(미제출) 가산세를 부과할 수 없음

（이유）

① 법인세법 제76조 규정에서 계산서 미교부가산세를 부과할 대상 법인에 대통령령이 정하는 법인을 제외하도록 제한하였고 법인세법시행령 제120조 제2항에서 “시행령 제2조 제1항에 해당하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인”을 제외시켰으므로 계산서미교부(미제출)가산세 과세대상은 법인세법시행령 제2조 제1항에서 규정한 수익사업에 따른 재화나 용역의 공급에 한하여 적용하는 것이므로 수익사업과 관련 없는 고정자산(토지)의 취득과 처분에 대하여서는 비영리내국법인에게 계산서 미교부(미제출)가산세를 부과할 수 없는 것임

② 당해 비영리내국법인이 비록 시행령 제2조 제1항에서 규정하는 수익사업(학원)을 영위하고 있다 하더라도 이 건 고정자산 처분이익은 수익사업(학원)을 영위하여 발생한 소득이 아니며 이러한 고정자산처분이익에 대하여 당해 비영리법인에게 법인세 납세의무를 지우는 법적 근거도 시행령 제2조 제1항이 아니라 법인세법 제3조(과세소득의 범위) 제2항 제5호(고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입)이므로 고정자산 처분에 따른 계산서를 발행교부하지 아니하였다 하더라도 당해 비영리내국법인에 대하여 계산서 미교부(미제출)가산세를 부과할 수 없음

[질 의]

〈을설〉 계산서 미교부(미제출)가산세를 부과하여야 함

（이유） 법인세법시행령 제120조 제2항에서 시행령 제2조 제1항의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인에 대하여 계산서미교부가산세를 적용하지 않도록 규정되어 있으나 당해 비영리법인은 학원(교육서비스업)을 영위하고 있기 때문에 위 규정이 적용되지 아니하므로 당해 고정자산의 매각에 따른 계산서를 거래상대방에게 작성교부하여야 하며 이를 법소정 기한내에 제출하지 아니한 당해 비영리법인에 대하여는 계산서 미교부(미제출)가산세를 부과하여야 함 (국세청 예규 : 법인 46012-2538, 1998. 9. 9)