[질 의]

1. 비영리법인인 과학기술계 정부출연연구기관은 국가가 확보해야 할 기술을 개발하기 위해 정부출연연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률 및 한국과학기술원법 등 개별법령 등에 의해 설립되고 공익목적을 위해 운영되고 있는 기관임에도, 정부출연연구기관이 국가연구개발사업을 국가와 협약을 맺어 수행하는 경우 국가연구개발사업이 법인세법시행령 제2조에 의한 수익사업에 해당하는지의 여부에 대해서는 논란이 있으며,

2. 국세청에서는 국가와 협약을 맺어 수행하는 국가연구개발사업은 수익사업이라는 유권해석을 내렸음

3. 그러나, 국가연구개발사업은 국가가 확보해야 할 기술을 확보하기 위해 정부가 협약을 맺고 연구개발비를 지원하며, 이 경우 연구개발비에는 연구에 소요되는 실비용만을 지원하며 연구비의 성격도 대가성이 없는 출연금으로 지급되고 있는 등의 특성이 있어 법인세 부과대상에서 제외하는 것이 바람직하다고 봄

4. 이에 비영리법인인 정부출연연구기관이 국가연구개발사업(예 : 과학기술부 특정연구개발사업 및 원자력연구개발사업, 산업자원부 산업기반기술개발사업, 정보통신부 정보통신산업기술개발사업 등)을 수행하는 경우에는 법인세법시행령에 의한 수익사업 범주에서 제외되도록 검토하여 주기 바람