[질 의]

(현황설명)

1. 한국자원연구소는 국무조정실 산하 정부출연연구기관임

2. 연구소에서 1997년 2월에 우리나라 국토의 해저 및 대륙붕에 대한 석유탐사를 위하여 정부예산으로 최첨단 석유물리탐사선을 외국에서 건조하여 도입, 통관 완료하였음

­ 통관 당시 관세는 0％(무세), 부가가치세는 면세로 통관되었음

3. 그러나 1999년 2월에 P세관(통관세관임)으로부터 자체감사 지적이라며 부가가치세를 납부하라는 고지서를 받았음

(관련법령)

1. 부가가치세법 제12조(면세) 제2항 제3호 및 동법시행령 제41조 제2호

- 과학용으로 수입하는 재화의 범위를 과학기술연구개발시설에서 연구개발에 제공하기 위하여 수입하는 물품으로 정의

- 본문내용 : 「과학용 등으로 수입하는 재화는 관세가 감면되는 재화로서 다음 각호의 1에 해당되는 재화로 한다」라고 되어 있음

2. 정부출연연구소는 지금까지 계속 연구과학용으로 수입하는 재화에 대해서는 위 법 조항에 의거 부가가치세를 90％ 감면 받아 오고 있음(연구용 재화인 경우 → 관세법에 감면율 90％로 명시되어 있음)

­ 이것은 국가에서 과학기술 육성과 연구개발을 지원하기 위하여 정책적으로 면세혜택을 주고자 제정한 것임

(질의사항)

그러나 세관측은 위 규정 중 󰡒관세가 감면되는 재화󰡓라고 되어 있어 연구용 탐사선이 통관 당시 관세율이 0％(무세)이므로 결과적으로 관세를 감면 받지 못하였다는 이유로 부가가치세를 100％ 과세하는 것은 부당하다고 사료되어 질의함

[질 의]

[부가가치세법의 법해석 및 적용에 대한 질의서]

(질의1)

부가가치세법시행령 제41조의 본문내용 중 󰡒관세가 감면되는 재화󰡓라는 문구의 뜻이 재화자체가 관세법의 감면조항에서 열거하고 있는 관세가 감면되는 재화를 뜻하는 것인지, 아니면 종국적으로 관세를 감면받은 재화로 뜻을 변경하여 한정되게 해석해야 하는 것인지 여부

(질의2)

부가가치세법 제12조(면세) 제2항 제3호 및 시행령 제41조와 관세법 제28조의 5(학술연구용품 감면세)를 제정한 입법취지는 국가에서 과학기술 육성과 연구개발을 지원하기 위하여 정책적으로 제정한 것으로 사료되는 바, 관세가 감면되는 재화인지 아닌지의 구별을 관세법에 명시하고 있는 감면조항에 의거하여 적용하는 것이 아니고 관세율표에 의한 관세율(예 : 0％(무세), 2.5％ 등)에 따라 관세가 감면되는 재화가 정해지는 것인지 여부

(질의3)

연구용 조사선은 도입 2개월전인 1997. 1. 1에 관세율이 2.5％에서 0％(무세)로 변경되었으나(과학기술지원 차원에서 세율을 내려줌), 만약 관세율이 무세로 감소되지 않고 계속 2.5％였다면 연구소는 감면율 90％를 감면받고, 부가가치세를 현재 부과고지한 26억여원의 10％인 2억6천만원만 납부하면 됨. 과학기술 육성측면에서 관세율을 내려주었는데 오히려 10배를 더 내야하는 법의 형평에 어긋나는 모순과 문제점이 발생되었는 바, 과연 이것이 법을 잘못 제정한 것인지, 법해석 및 적용을 잘못한 것인지 올바른 유권해석을 바람