[질 의]

부가가치세법 제12조의 규정과 관련하여 국립식물검역소, 국립수의과학원, 국립농산물품질관리원, 국립농업과학기술원, 국립수산진흥원, 국립보건원, 기술표준원 등이 동법 제12조 제2항 제3호의 과학․교육․문화용으로 수입하는 재화가 동법시행규칙 제12조의 2 제1항 제1호의 규정에 의한 국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소․연구소에 해당하는 지의 여부에 대하여 다음과 같이 이견이 있어 질의함

- 다 음 -

[갑설]

부가가치세가 면제됨

(이유）

정부조직법 제4조 및 지방자치단체 조례에 의하여 설립․운영되는 기관은 󰡒국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 기관󰡓으로 보아야 하며 국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소․연구소의 의미는 기관의 명칭이 시험소․연구소로 직제되어 있는 기관뿐만 아니라, 시험소․연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험․연구를 관장하게 되어 있으며 시험연구장비를 갖추어 실제 시험․연구를 수행하고 있으면 부가가치세법시행규칙에서 규정하는 시험소․연구소에 해당하므로 부가가치세가 면제되는 것임

[을설]

부가가치세가 과세됨.

(이유）

부가가치세법시행규칙 제12조의 2 제1항 제1호에 규정한 국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소․연구소의 의미는 시험소․연구소로 직제되어 있어야만 부가가치세가 면제가 가능하며, 비록 직무 및 소관사무에 시험․연구기능이 있다 하더라도 시험소․연구소로 직제되어 있지 않은 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임