[질 의]

가. 국세청에 질의한 내용

- 본 재단은 서울특별시와의 위탁운영협약에 의해 서울특별시 소유의 ○○동에 소재한 서울산업지원센터를 수탁 받아 시설물을 효율적으로 관리․운영함으로써 재단 고유의 목적사업인 지방중소기업육성에 기여함을 목적으로 서울특별시에서 출연하여 설립한 비영리공익법인임

- 재단의 기능으로는 󰡒중소기업 애로사항 종합상담, 각종 정보 및 자료제공, 기술지원 제공, 창업자를 위한 개별공간을 제공하는 창업보육사업, 중소기업 경영․기술․자금 지원사업󰡓등이 있음

- 서울산업진흥재단에서 재단명의로 관리․운영되고 있는 서울산업지원센터의 시설 임대료 및 관리비, 공동시설사용료 등 사업추진 과정에서 발생되는 수입금은 분기별로 정산하여 시설소유주인 서울특별시에 예치이자 발생분을 포함하여 세외수입으로 납입조치하고 있음. 이때 수입금에 대한 부가가치세 과세여부에 대하여 질의함

나. 국세청 답변내용

서울산업진흥재단이 중소기업지원센터의 관리․운영 전반에 대하여 서울시로부터 위탁을 받아 운영함에 있어 입주업체와 외부 중소기업체로부터 임대료, 관리비, 시설사용료, 주차료를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되며, 동법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것임

다. 국세청 답변에 대한 재단의 재경부 질의 사항

(1) 서울산업지원센터의 사업비는 서울특별시 예산으로 편성되며, 센터의 사업비를 서울시로부터 월 단위로 수령하여 집행한 후 매월 사업비 정산보고서를 작성․보고하여 서울시의 승인과 지도․감독을 받고 있으며, 회계연도 종료시점에는 사업비의 집행잔액 및 예치금에 대한 이자발생액을 서울특별시에 전액 반납하고 있음

[질 의]

(2) 센터의 수입금에 있어서 관리비(전기료, 가스료, 상하수도료)는 부가가치세법 제7조의 규정을 적용하여 과세하고 있으나, 공동시설(회의실, 교육실, 강당, 전시장, 창고, 주차장) 사용료 및 임대료에 대해서는 서울특별시 공유재산관리조례 및 실비로 정한 요금 기준에 의거 사용자로부터 징수하여 이자발생분을 포함하여 분기별로 서울특별시 세외수입으로 납입조치하고 있음

(3) 따라서 공동시설 사용료 및 임대료에서 발생하는 수입금은 본 재단이 사용자로부터 요금을 징수하여 서울특별시(세외수입)로 납입만 대행하므로 이는 재단의 수입금으로 볼 수 없는 바 부가가치세법상의 과세적용 여부가 의문시 되고 있음

(4) 또한 국세기본법 제3조 및 제14조의 규정에 의하면 󰡒이 법은 세법에 우선하여 적용한다󰡓 󰡒과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 있을 때에는 사실상 귀속자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다󰡓라고 되어 있고,

이는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용한다는 세법의 기본원칙이라 할 것이므로 최종적인 사실상 수입금의 귀속주체인 서울특별시는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 해당됨에 따라 부가가치세 면세 적용함이 옳다는 견해가 있어 질의함