[질 의]

당 공사는 조세감면규제법 제59조 제1항에서 규정한 공공법인에 대한 법인세 특례세율을 적용받는 정부투자기관으로서 1994. 7. 1 이후 종료하는 사업연도분부터 10년간 조세감면규제법에 의한 법인세 감면액의 20％를 농어촌특별세로 납부하게 되는 바, 조세감면규제법 제28조 규정에 의한 (사회간접자본투자준비금 손금산입) 제도가 1992사업연도부터 시행되어 각 사업연도 사회간접자본 건설에 투자한 금액에 대하여 15％ 범위내에서 손금산입하여 그 사업연도종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3년간 익금산입함

이에 따라 1994사업연도 소득분부터 공공법인의 특례세율(조세감면규제법 제59조 제1항 제2호)의 감면세액에 대하여 20％ 농어촌특별세가 부과되고 있으며, 현재까지는 사회간접자본투자준비금 손금산입분에 대한 익금산입이 없었으나 환입제도에 따라 앞으로 이 부분이 익금산입되어 법인세가 과세됨

이러한 경우 농어촌특별세가 시행되기 전 사업연도인 1992년 - 1993년 사업연도 손금산입분이 환입제도에 따라 3년 기간에 걸쳐 그 준비금을 익금에 산입하게 되는데 이때 익금산입분에 대한 일반법인 법인세율(법인세법 제22조 제1항)과 공공법인 법인세율(조세감면규제법 제59조 제1항)의 차액인 감면세액에 대하여 농어촌특별세가 과세되는지 여부를 질의하오니 회신하여 주시기 바람

(갑설) 1992년 - 1993사업연도의 손금산입분은 익금산입시 법인세 과세금액에는 해당하지만 농어촌특별세 과세금액에는 해당하지 아니함

(사유) 첫째, 사회간접자본투자준비금제도에 따라 1992년 - 1993사업연도의 손금산입분은 그 당시 사업연도가 농어촌특별세의 적용 시행연도전의 사업연도이고 둘째, 농어촌특별세가 시행되기전의 사회간접자본투자준비금제도에 따른 손금산입분은 당시 법인세에 대한 유예분에 해당하며 세액감면을 받은 경우가 아님

(을설) 1992년 - 1993사업연도의 손금산입분은 환입제도에 따른 익금산입시 농어촌특별세의 과세금액에 해당함

(사유) 첫째, 손금산입분에 대한 익금산입연도가 농어촌특별세 시행연도에 해당하며, 둘째, 익금사업연도에 일반법인에 대한 법인세율과 공공법인에 대한 법인세율의 차액이 발생하므로 그 감면세액에 대하여 농어촌특별세가 과세됨

[질 의]

(당 공사의 의견) 농어촌특별세가 시행되기 전의󰡒사회간접자본투자준비금 손금산입제도󰡓에 따른 손금산입분이 농어촌특별세 시행기간에 익금산입시에는 농어촌특별세가 부과되지 아니한다고 생각됨

손금에 산입된 부분은 산입연도에 법인세가 부과되었어야 하나 사회간접자본시설 건설촉진 일환으로 세제지원에 따른 법인세 유예제도에 불과하며, 농어촌특별세가 부과되는 감면은 조세감면규제법 등(비과세, 세액감면, 세액면제, 세액공제 또는 소득공제)에 명시되어 있거나 감면의 실질내용이 이들과 동일한 경우에 해당하므로 단순히 법인세 유예부분에 대하여는 과세하지 않는 것이 타당하다고 사료됨