[질 의]

1. 사실관계

폐사는 컴퓨터 관련 주변기기와 전자부품을 생산판매하는 일본국 법인으로서 1990. 4. 1부터 한국지점을 설치하여 한국에서의 판매촉진활동, 일부 부품의 재고판매, 한국의 기술제휴 및 투자선에 대한 기술지원 및 본사를 위한 한국에서의 대표자 역할을 수행하고 있음

한편 폐사에서는 한국의 S 컴퓨터 주식회사와 기술제공계약(Technical Assistance Agreement)을 체결하고 있으며 동 계약에 의하여 동사로부터 연2회에 걸쳐 사용료를 지급받고 있음. 폐사 한국지점은 기술제휴선에 대한 기술제공의 거점으로서 역할하고 있으며 기술료 해당품목 및 거래금액에 대한 검증업무를 수행하고 있음

이에 대하여 폐사 한국지점은 한일조세협약 제11조 제2항에 의거, 사용료소득에 실질적으로 관여하고 있는 항구적시설을 가지고 있는 경우에 해당된다고 보아 한국지점의 법인세과세표준에 이를 포함시켜, 한일조세협약상의 사용료소득에 대한 제한세율(12％)이 아닌 일반세율(실효세율 32.25％)에 의한 법인세 등을 납부해 오고 있음

또한 사용료의 지급자인 S 컴퓨터 주식회사에 대하여도 사업소득으로 국내사업장에 합산과세되는 소득이므로 원천징수하지 않도록 부탁하고 있으며, 부가가치세 세금계산서도 발행하고 있음

이에 대하여 지급자인 내국법인으로부터 원천징수 해당소득여부에 대한 의문이 제기되고 있어 이에 대한 질의를 함

2. 질의내용

상기와 같은 사실관계에 있어서 내국법인이 폐사 본사에 사용료를 지급할 때 당해 사용료 소득에 대하여 국내사업장에 귀속되지 않는 것으로 보아 원천징수를 하여야 하는지, 아니면 실질적으로 관련되고 폐사 한국지점의 귀속소득으로 보아 합산신고하여야 하므로 원천징수를 하지 않아야 하는지에 대하여 회신바람